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1 1 月细说 FDA 批准的基于 NGS 技术的检测产品 臻和 ( 北京 ) 科技有限公司 医学事务部编二 O 一八年一月 ( 下 ) 目录 JAMA 子刊 液体活检双平台对比结果大不同 FoundationFocus TM CDx BRCA Oncomine TM DX Target Test Praxis Extended RAS Panel MSK-IMPACT TM FoundationOne CDx TM BRACAnalysis CDx TM 导读 2005 年, 第一次提出 NGS 概念, 经过 12 年飞速发展, 目前 NGS 已经广泛应用于各种临床检测 NGS 在肿瘤方向, 主要应用于遗传性肿瘤综合征筛查和体细胞突变分析, 而体细胞突变分析领域的应用最为广泛 2016 年 12 月,FDA 批准首个基于 NGS 的伴随诊断方案 FoundationFocus TM CDx BRCA, 至今已批准 6 个体外诊断产品, 从单突变 单基因向多基因 大 Panel 平台化的改变, 帮助医生更精准地给病人选择治疗, 同时也有效地累积了大量研究数据

2 JAMA Oncology 液体活检双平台对比结果大不同 两家顶尖基因检测公司给同一批癌症患者做了液体活检, 结果竟然大不同, 发表于 JAMA Oncology, IF , 引发对于液体活检技术重复性与稳定性的争议 事件回顾 一致性 细胞游离 DNA 转移前列腺癌 JAMA Oncol Dec 14. Guardant Health (G 家 ) Personal Genome 液体活检 40 名晚期前列 腺癌患者同一 血液样本 panel 相同基因 的检测吻合率 远低于 预期 Diagnostics(P 家 ) 一致性分析结果 患者人数 阳性突变相同基因无突变检出, 但各家公司均有突变检出全阴 1

3 深入分析 1 双平台对比结果的差异到底是平台差异还是样本差异? 没有变异报道 仅 G 家 panel 覆盖 相同变异仅 P 家检出 2 家变异相同 相同变异仅 G 家检出 仅 P 家 panel 覆盖 JAMA Oncol Dec 位患者检测结果完全不吻合,11 位患者仅在 P 家检出突变,G 家为全阴结果 ( ), 1 位患者仅在 G 家检出突变,P 家为全阴结果 ( ),4 位患者为两家均有阳性结果但检出突变不吻合 ( ) 如此不平衡的阳性检出率推测是由于两个检测平台的突变阈值或过滤机制不同造成 2

4 深入分析 2 造成双平台对比结果差异的原因是什么? (1) 医生送检的 panel 并非专门针对前列腺癌的 panel (2) 肿瘤负荷较低 (3) 前列腺癌在液体活检的应用非最佳癌种 Sci Transl Med Feb 19;6(224):224ra24. Sci Transl Med Feb 19;6(224):224ra24. 液体活检依赖于血浆 cfdna 浓度, 与肿瘤 负荷密切相关 低肿瘤负荷的队列, 可能 造成检出率过低 不同瘤种间 ctdna 突变检测阳性率的比 较可知, 前列腺癌几乎是所有实体瘤中 ( 脑瘤以外 ) 阳性率最低的癌种之一 NGS 正在以更高 的标准, 快速进 入临床服务患者 FDA 自 2016 年底至今已批准 6 款 NGS 技术产品, 以期降低 NGS 技术产品潜在的检测错误和解读错误风险, 保证该类产品检测的安全性 有效性 3

5 FDA 审批 NGS 技术一览表 Oncomine Dx Target Test EGFR ROS1 BRAF 非小细胞肺癌吉非替尼 克唑替尼 达拉菲尼 曲美替尼 MSK-IMPACT TM FFPE 样本的 468 个基因 MSI MMR 所有实体瘤补充诊断 BRACAnalysis CDx TM 生殖系 BRAC1/2 晚期卵巢癌 乳腺癌奥拉帕尼 FoundationFocus CDx BRCA BRCA 1/2 晚期卵巢癌 Rucaparib Praxis Extended RAS Panel KRAS (exons 2, 3, 4) NRAS (exons 2, 3, 4) 转移性结直肠癌帕尼单抗 1 个癌种 3 个基因 癌种 基因 等级逐步增加 FoundationOne CDx FFPE 样本的 324 个基因所有实体瘤替换 插入 缺失 拷贝数变化 基因重排等突变, MSI TMB 多癌种 468 个基因 补充诊断 2 个癌种 2 个基因 1 个癌种 2 个基因 1 个癌种 2 个基因部 分外显子区域 多癌种 324 个基因 伴随诊断 4

6 FDA 审批 NGS 技术一览表 FoundationFocus TM CDx BRCA FoundationFocus CDx BRCA 为第一个 FDA 审批的 NGS 伴随诊断产品 Rucaparib 获批用于携带 BRCA 致病突变 ( 体细胞或胚系 ) 的卵巢癌患者 Oncomine TM DX Target Test Oncomine TM DX Target Test 获批, 标志着 FDA 在监管理念上的一大突破 针对 NSCLC 检测 EGFR/ROS1/BRAF, 关联 4 个靶药 Praxis Extended RAS Panel 基于 Illumina MiSeqDx 平台检测 RAS 基因的 56 个突变 用于确定帕尼单抗在转移性结直肠癌治疗中获益 5

7 臻和基因学术内刊 MSK-IMPACT TM MSK-IMPACT TM 检测平台是第一个 基于 NGS 的补充诊断, 为学术和商 业实验室开发的测试授权开创先例 结合 MSKCC 开发的 OncoKB 数据库 对检测数据进行解读 FoundationOne CDx TM FoundationOne CDx TM (F1CDx) 是第一个基于 NGS 的多癌种 多位点伴随诊断产品, 覆盖 324 个基因与 2 个基因组学特征 MSI 和 TMB 能够诊断所有实体瘤, 指导非小细胞肺癌 黑色素瘤 乳腺癌 结直肠癌和卵巢癌 5 个癌种靶向用药 BRACAnalysis CDx TM FDA 批准奥拉帕尼扩大适用范围, 用于治疗携带 BRCA 突变转移性乳腺癌和卵巢癌 FDA 批准 BRACAnalysis CDx TM 扩大适用范围, 检测乳腺癌和卵巢癌患者生殖系 BRCA 突变 6

8 1.FDA 批准 FoundationFocus TM CDx BRCA 首个基于 NGS 的伴随诊断 1.1 Rucaparib 治疗使携带 BRCA1/2 突变的卵巢癌患者获益 两个开放 多中心 单臂 II 期临床试验,2016 年 3 月发表于 British Journal of Cancer, IF: 6.176,rucaparib 显著提高携带 BRCA1/2 突变卵巢癌患者的总缓解率 CO Study 10 和 CO ARIEL2 研究设计 试验编号试验设计剂量研究终点研究人群参与患者 CO Study 10 临床 I/II 期开放 单臂 I 期 : 剂量递增 II 期 :Rucaparib 600mg 口服一天两次周期 /21 天 主要 : 安全 最大耐受剂量 ORR DOR 次要 :OS Part1: 实体瘤 Part2:BRCA 突 变卵巢癌患者 Part2:42 CO ARIEL2 临床 II 期开放 单 Rucaparib 600mg 口服臂一天两次周期 /21 天 主要 :PFS ORR 次要 :OS 铂类敏感 BRCA 突变卵巢癌患者 64 CO Study 10 和 CO ARIEL2 研究结果 观察指标 研究者鉴定 (N=106) ORR [95% CI] 54%[44%, 64%] CR 9% PR 45% 中位 DOR/ 月 [95% CI] 9.2[6.6,11.6] Rucaparib 治疗携带 BRCA1/2 突变卵巢癌患者的总缓解率为 54%[44%,64%], 中位 缓解时间为 9.2 个月 [6.6, 11.6] Br J Cancer Jun 14;114(12):e ORR: Objective response rate, 客观缓解率, 包括完全缓解和部分缓解 2. DOR: Duration of response, 持续缓解时间, 患者接受治疗后疾病持续缓解时间 7

9 1.2 FoundationFocus TM CDx BRCA 和 CLIA 实验室 NGS 检测一致性良好 观察指标 FoundationFocus CDx BRCA NGS 比对分析总样本量 BRCA+ BRCA- 无效 t BRCA t BRCA 无效 总样本量 阳性一致率 [95% CI] 100%[89.7%, 100%] 包含有效样本一致 率 (n=73) 阴性一致率 [95% CI] 94.9% [82.7%, 99.4%] 总一致率 [95% CI] 97.3% [90.5%, 99.7%] 阳性一致率 [95% CI] 85.0% [70.2%, 94.3%] 包含无效样本一致 率 (n=80) 阴性一致率 [95% CI] 92.5% [79.6%, 98.4%] 总一致率 [95% CI] 88.8% [79.7%, 94.7%] FoundationFocus TM CDx BRCA 和 NGS 检测 BRCA1/2 突变, 包含有效样本一致率为 97.3% [90.5%, 99.7%], 包含无效样本一致率为 88.8%[79.7%, 94.7%] 年 12 月 19 日,FDA 批准全球市场上第一个基于二代测序的伴随诊断试剂盒 FoundationFocus CDx BRCA, 用于鉴定携带 BRCA1/2 突变的晚期卵巢癌患者, 并指导 Rucaparib (Rubraca) 用药 该产品检测 BRCA1/2 所有编码外显子区域, 包括剪切位点, 以及某些内含子区域 8

10 2.FDA 批准 Oncomine TM DX Target Test 指导 NSCLC 3 种靶药治疗的 NGS 伴随诊断 2.1 达拉菲尼联合曲美替尼治疗 BRAF V600E 突变 NSCLC 患者获益 开放 多中心 临床 II 期 BRF (NCT ) 试验, 2016 年 7 月发表于 Lancet Oncology, IF: 33.9, 达拉菲尼联合曲美替尼治疗携带 BRAF V600E 突变的转移性非小细胞肺癌患者, 总缓解率显著提高 病变直径总和下降比例 ( % ) 观察指标 N=57 完全缓解 CR 部分缓解 PR 疾病稳定 SD 疾病进展 PD 不可评估 2 (3.5%) 34 (59.6%) 9 (15.8%) 7 (12.3%) 5 (8.8%) 总缓解率 (CR + PR) 36 (63.2%) [49.3, 75.6] 疾病控制率 (CR + PR + SD) 45 (78.9%)[66.1, 88.6] 中位缓解时间 (DOR)/ 月 9.0 [6.9, 18.3] 57 位患者接受治疗,36 位患者达到客观缓解, 总缓解率为 63.2%[49.3%, 75.6%], 中位缓解时间为 9.0 个月 Lancet Oncol Jul;17(7):

11 2.2 Oncomine TM DX Target Test 与 PCR 检测一致性良好 一致性衡量 包含无效样本 排除无效样本 %(N) 95% CI %(N) 95% CI 总一致率 95.3%(181/190) [91.2%,97.8%] 100.0%(181/181) [97.9%,100.0%] Oncomine TM DX Target Test 与 PCR 检测基因突变, 包含无效样本总一致率为 95.3%[91.2%, 97.8%], 排除无效样本为 100%[97.9%, 100.0%] 年 6 月 22 日,FDA 批准基于 NGS 技术 用于非小细胞肺癌 ( NSCLC ) 靶向治疗的伴随基因检测 Oncomine TM DX Target Test, 包括 3 个 FDA 批准的基因以及其他与 NSCLC 相关的 20 个基因变异 此次批准标志着 FDA 在监管理念上的一大突破, 即突破了原有的 One CDx, One Treatment 升级为 One CDx, Three Treatments Oncomine TM DX Target Test 检测位点及相应的伴随药物 癌种检测基因和位点靶药 非小细胞肺癌 EGFR 19 号外显子缺失 EGFR 21 号外显子 L858R BRAF V600E ROS1 重排 吉非替尼 (gefitinib) 达拉菲尼 (dabrafenib) 联合曲美替尼 (trametinib) 克唑替尼 (crizotinib) 10

12 3.FDA 批准 Praxis Extended RAS Panel 指导结直肠癌帕尼单抗用药的 NGS 伴随诊断 3.1 帕尼单抗 vs 支持治疗使 RAS 野生型结直肠癌患者获益 开放 多中心 随机 临床 III 期 (NCT ) 试验, 2016 年 10 月发表于 British Journal of Cancer, IF: 6.176, 帕尼单抗联合支持治疗 vs 支持治疗,RAS 野生型结直 肠癌患者, 临床疗效显著提高 Br J Cancer Nov 8;115(10): OS 死亡 ( 人 ) 中位时间 ( 月 ) HR PFS 疾病进展 ( 人 ) 中位时间 ( 月 ) HR 帕尼单抗加支持治疗 支持治疗 [0.53, 0.93] 帕尼单抗加支持治疗 支持治疗 [0.35, 0.59] 帕尼单抗对比支持治疗, 中位 OS 延长了 3.1 个月, 中位 PFS 延长了 3.5 个月,OS 和 PFS 的 HR 均小于 1, 疗效显著提高 11

13 3.2 Praxis Extended RAS Panel 与 Sanger 测序一致性良好 RAS Panel 阳性 Sanger 阴性 总计阳性一致率阴性一致率 阳性 阴性 % 97.6% 总计 Praxis Extended RAS Panel 和 Sanger 检测 RAS 基因突变, 阳性一致率为 98.7%[96.2%, 99.7%], 阴性一致率为 97.6%[94.6%, 99.2%] 年 6 月 29 日,FDA 批准 Praxis Extended RAS Panel, 用于筛查转移性结直肠癌患者 KRAS 和 NRAS 基因 56 个明确的突变 这款产品可以用来指导 EGFR 单抗帕尼单抗用药 3.3 Praxis Extended RAS Panel 伴随诊断检测位点 染色体基因外显子 氨基酸变异 chr12 KRAS 2 G12 chr12 KRAS 2 G13 chr12 KRAS 3 A59 chr12 KRAS 3 Q61 chr12 KRAS 4 K117 chr12 KRAS 4 A146 chr1 NRAS 2 G12 chr1 NRAS 2 G13 chr1 NRAS 3 A59 chr1 NRAS 3 Q61 chr1 NRAS 4 K117 chr1 NRAS 4 A146 12

14 4.FDA 批准 MSK-IMPACT TM 多癌种 多基因 (NGS) 补充诊断 4.1 MSK-IMPACT TM 检测获 FDA 批准的基石 本文是 1 万余例癌症患者 NGS 测序结果, 2017 年 5 月发表于 Nature Medicine, IF: , 极大提高精准诊断广度和深度 临床意义定义 总比例 各癌种比例 临床试验 Nat Med Jun;23(6): 约 37% 的患者至少有一项可作用 (actionable) 突变, 针对这些突变有靶药可用 11% 的 患者 ( 约 1000 人 ) 能够参与直接针对肿瘤基因突变治疗的临床试验 Level 1:FDA 批准 biomarker, 预测 FDA 批准药物在适应症中的敏感性 Level 2A: 标准治疗 biomarker, 预测 FDA 批准药物在适应症中的敏感性 Level 2B: 标准治疗 biomarker, 预测 FDA 批准药物在非适应症中的敏感性 Level 3A: 临床证据证明 biomarker 预测药物在样本肿瘤的敏感性, 但是 biomarker 和药物均不是标准治疗 Level 3B: 临床证据证明 biomarker 预测药物在其他肿瘤类型中的敏感性, 但是 biomarker 和该药物均不是标准治疗 13

15 MSK-IMPACT TM 获 FDA 批准 4.3 MSK-IMPACT TM 检测方法 FDA 批准美国纪念斯隆凯特琳癌症研究中心 (Memorial Sloan Kettering Cancer Center, 简称 MSKCC) 二代测序产品 MSK-IMPACT 用于肿瘤基因检测分析 该产品 ( 补充诊断 ) 作为一种肿瘤靶标的综合突变分析产品, 明确不用于伴随诊断 FDA 将该产品与肿瘤伴随诊断产品 (CDx) 进行区分, 批件中明确该类产品的检测结果不与任何特定治疗产品联用 检测基因 测序方法 468 个基因的 6284 个外显子体细胞突变 (SNV) 小的插入缺失 (Indel) 微卫星突变等二代测序 (NGS), 基于 Illumina HiSeq 2500 测序平台, 针对肿瘤患者的 FFPE 样本和正常样本 14

16 5.FDA 批准 FoundationOne TM CDx 多癌种 多基因 NGS 伴随诊断 FoundationOne CDx TM (F1CDx) 获 FDA 批准 FDA 和 CMS( 医疗保险和补助服务中心 ) 联合审批基于 NGS 首个多癌种 多基因伴随诊断 F1CDx F1CDx 覆盖 324 个基因 2 个基因组特征 TMB 和 MSI, 能对所有实体瘤进行检测 5.2 F1CDx 伴随诊断检测位点及对应靶药癌种检测基因和位点靶药 非小细胞肺癌 EGFR 19 号外显子缺失 EGFR 21 号外显子 L858R EGFR 20 号外显子 T790M ALK 重排 阿法替尼 (afatinib) 吉非替尼(gefitinib) 厄洛替尼 (erlotinib) 奥希替尼 (osimertinib) 艾乐替尼 (alectinib) 克唑替尼(crizotinib) 色瑞替尼 (ceritinib) 黑色素瘤 乳腺癌 BRAF V600E BRAF V600E 和 V600K ERBB2 (HER2) 扩增 达拉菲尼 (dabrafenib) 联合曲美替尼 (trametinib) 达拉菲尼(dabrafenib) 威罗菲尼 (vemurafenib) 曲美替尼 (trametinib) 卡比替尼 (cobimetinib) 联合威罗菲尼 (vemurafenib) 曲妥珠单抗 (trastuzumab) Kadcyla(adotrastuzumabemtansine) 帕妥珠单抗 (pertuzumab) KRAS 野生型 ( 密码子 12 和 13 位无突变 ) 西妥昔单抗 (cetuximab) 结直肠癌 KRAS 野生型 ( 外显子 无突变 ) 帕尼单抗 (panitumumab) NRAS 野生型 ( 外显子 无突变 ) 卵巢癌 BRCA1/2 突变 Rubraca(rucaparib) 15

17 6.FDA 批准 NGS 体外诊断 (IVD) 产品不同级别 6.1 伴随诊断 (CDx) 和补充诊断 伴随诊断 (CDx) 是对于接受相应的药物治疗必须进行的检测 补充诊断对于接受相应药物治疗不是必须的检测, 但可以提供治疗的相关信息 伴随诊断 阳性 接受治疗 诊断测试 阴性 不接受治疗 补充诊断 接受治疗 治疗医生在未知或 阴性的检测结果时, 可以决定开始治疗 Trends Cancer Dec;2(12): FoundationOne TM CDx(F1CDx) 和 MSK-IMPACT TM 的区别 美国 FDA 将癌症个体化基因检测试剂分为三级 : 第一级 : 伴随诊断预期用途的基因情况 ; 第二级 : 具有显著临床意义的癌症突变 ; 第三级 : 具有潜在临床意义的癌症突变 F1CDx 检测包括 FDA 的三种分级 MSK-IMPACT TM 检测结论仅包含第二级和第三级 16

18 7.FDA 批准 NGS 伴随诊断 BRACAnalysis CDx TM 扩大适用范围 7.1 奥拉帕尼 vs 化疗使携带 BRCA 突变乳腺癌患者获益 开放 随机 临床 III 期 (NCT ) 试验, 2017 年 8 月发表于 New England Journal of Medicine, IF: , 奥拉帕尼 vs 化疗治疗 BRCA 突变转移性乳腺癌, PFS 显著获益 ( 中位 PFS 7.0 vs 4.2 个月 ) 支持奥拉帕尼支持化疗 PFS 亚型分析结果显示,BRCA1/2 突变乳腺癌患者接受治疗,HR 均支持奥拉帕尼 N Engl J Med Aug 10;377(6):

19 7.2 奥拉帕尼治疗使携带 BRCA 突变卵巢癌患者获益 多中心 非随机 临床 II 期 (NCT ) 试验,2015 年 1 月发表于 Journal of Clinical Oncology, IF: , 奥拉帕尼治疗 BRCA 突变晚期卵巢癌患者, 显著获益 BRCA 突变晚期卵巢癌患者接受奥拉帕尼治疗, 中位 PFS 为 7.0 个月, 中位 OS 为 16.6 个月 J Clin Oncol Jan 20;33(3):

20 7.3 回顾性研究证实 BRACAnalysis CDx 临床效益和 NGS 检测结果类似 中位 DOR 亚组缓解 n(%) ORR 95% CI 进展 n(%) ( 月 ) 95% CI 所有患者 46 (33.6) 0.34 [0.26, 0.42] 30 (65.2) 7.9 [5.6, 9.6] BRACAnalysis CDx 24 (40.7) 0.41 [0.28, 0.54] 14 (58.3) 8.0 [3.8, NC] 共 137 位卵巢癌患者,ORR 为 34%, 中位缓解时间为 7.9 个月 BRACAnalysis CDx 检测 61 位患者,ORR 为 41%, 中位缓解时间为 8.0 个月 BRACAnalysis CDx 与 NGS 检测临床效益类似 年 12 月 19 日,FDA 批准 Myriad Genetics 伴随诊断 BRACAnalysis CDx TM, 用于鉴定携带生殖系 BRCA 突变的卵巢癌患者, 并指导奥拉帕尼用药 2018 年 1 月 12 日,FDA 扩大 BRACAnalysis CDx TM 的适用范围, 指导奥拉帕尼用于生殖系 BRCA 突变乳腺癌患者 该产品覆盖 BRCA1/2 基因编码区域 内含子外显子交界区域 FDA 对 BRACAnalysis CDx 适用范围的进一步扩大, 使人们看到了伴随诊断为乳腺癌精准治 疗带来的巨大希望 伴随诊断有助于确定能够从某一治疗产品中获益的患者群体, 帮助医 生在更早的阶段鉴定和暂停失败的药物候选者 19

21 本期参考文献 1. Torga G, et al. Patient-Paired Sample Congruence Between 2 Commercial Liquid Biopsy Tests. JAMA Oncol Dec Bettegowda C, et al. Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci Transl Med Feb 19;6(224):224ra Zheng D, et al. MET exon 14 skipping defines a unique molecular class of nonsmall cell lung cancer. Oncotarget Jul 5;7(27): odiagnostics/ucm pdf. 5. Drew Y, et al. Phase 2 multicentre trial investigating intermittent and continuous dosing schedules of the poly(adp-ribose) polymerase inhibitor rucaparib in germline BRCA mutation carriers with advanced ovarian and breast cancer. Br J Cancer Jun 14;114(12):e Planchard D, et al. Dabrafenib plus trametinib in patients with previously treated BRAF(V600E)-mutant metastatic non-small cell lung cancer: an open-label, multicentre phase 2 trial. Lancet Oncol Jul;17(7): Kim TW, et al. A phase 3 trial evaluating panitumumab plus best supportive care vs best supportive care in chemorefractory wild-type KRAS or RAS metastatic colorectal cancer. Br J Cancer Nov 8;115(10): Zehir A, et al. Mutational landscape of metastatic cancer revealed from prospective clinical sequencing of 10,000 patients. Nat Med Jun;23(6): Jørgensen JT. Companion and Complementary Diagnostics: Clinical and Regulatory Perspectives. Trends Cancer Dec;2(12): Robson M, et al. Olaparib for Metastatic Breast Cancer in Patients with a Germline BRCA Mutation. N Engl J Med Aug 10;377(6): Kaufman B, et al. Olaparib monotherapy in patients with advanced cancer and a germline BRCA1/2 mutation. J Clin Oncol Jan 20;33(3):

22 臻和 ( 北京 ) 科技有限公司简介 国家高新技术企业, 清华控股等多家机构累计近投资 2 亿 ; 2 家独立医学检验所资质,1200m 2 符合卫计委高通量测序实验室标准 ; 北京 800m 2 医学检验所 无锡 1800m 2 检验所 ( 分子 病理 免疫 ), 泰州 1400m 2 符合 GMP 生产基地 ; 无锡 1800m 2 肿瘤精准诊疗大数据中心 ( 筹建中 ), 肿瘤专科门诊 ; 北京协和医学院 北京大学医学部检验医学教育培训实习基地 一定要关注我们哦, 下期内容更精彩! 臻于至善 和合致远

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