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1 347 RT-PCR 方 法 检 测 贝 类 中 诺 沃 克 样 病 毒 的 研 究 张 颖 1, 吴 风 亮 2 (1. 中 国 环 境 管 理 干 部 学 院 生 态 学 系, 河 北 秦 皇 岛 ; 2. 河 北 农 业 大 学 农 村 发 展 学 院, 河 北 保 定 ) 摘 要 : 目 的 : 本 研 究 从 病 毒 富 集 和 核 酸 提 取 两 方 面 进 行 探 索, 旨 在 建 立 一 个 反 转 录 (RT)PCR 技 术 检 测 贝 类 中 诺 沃 克 样 病 毒 (NLVs) 的 方 法 方 法 : 利 用 脊 髓 灰 质 炎 病 毒 作 为 参 照 毒 株, 优 化 了 甘 氨 酸 缓 冲 液 - 聚 乙 二 醇 (PEG) 病 毒 浓 缩 方 法 ; 同 时 比 较 了 异 硫 氰 酸 胍 法 SDS- 蛋 白 酶 K 法 Trizol- 异 丙 醇 法 试 剂 盒 法 四 种 RNA 提 取 方 法 ; 对 市 售 贝 类 样 品 进 行 了 检 测, 并 利 用 基 因 测 序 对 阳 性 样 品 进 行 验 证 结 果 : 本 研 究 采 用 的 ph9.5 甘 氨 酸 缓 冲 液 -16% 聚 乙 二 醇 病 毒 浓 缩 法, 病 毒 的 回 收 率 为 16.8%, 利 用 Trizol- 异 丙 醇 法 提 取 RNA, 检 出 限 为 RT-PCR50/5g 贝 肉, 实 际 检 测 贝 类 样 品 25 件, 其 中 3 件 样 品 为 阳 性, 基 因 测 序 结 果 亦 证 实 为 阳 性 结 论 : 本 研 究 建 立 了 一 个 灵 敏 度 较 高 较 为 有 效 的 RT-PCR 技 术 检 测 贝 类 中 诺 沃 克 样 病 毒 的 方 法 关 键 词 : 诺 沃 克 样 病 毒 ; 反 转 录 P C R ; 贝 类 ; 检 测 Study on Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction Assay for Detection of Norwalk-like Virus in Shellfish ZHANG Ying 1,WU Feng-liang 2 (1.Department of Ecology, Environment Management College of China, ainhuangdao , China; 2. College of Rural Development, Agricultural University of Hebei, Baoding , China) Abstract :Objective:To explore the methods of both virus enrichment and nucleic acid extraction for establishing a Norwalklike viruses (NL Vs) detection method by RT-PCR. Method: In this study, with poliovirus as the model to optimize glycine-peg concentration method; The effects of 4 methods of extracting RNA from NLVs in shellfish were compared; Detection of Norwalklike viruses in commercial shellfish samples was performed, and positive samples were demonstrated by DNA sequencing. Results: This study conducted virus enrichment with ph 9.5 glycine buffer-16% polyethylene glycol (PEG) and RNA extraction with trizol-isopropanol. The recovery of viruses was 16.8% from seeded shellfish; and the detection limit was RT-PCR50/ 5 g shellfish. NLVs in 3 of 25 samples were found by RT-PCR and validated by DNA sequencing. Conclusion: In this study, a NLVs detection method from shellfish is established, which is sensitive and available. Key words:norwalk-like viruses;rt-pcr;shellfish;detection 中 图 分 类 号 :TS254.7 文 献 标 识 码 :A 文 章 编 号 : (2008) 诺 沃 克 样 病 毒 (Norwalk-like virus,nlvs) 属 人 类 杯 状 病 毒, 是 引 起 成 人 和 儿 童 非 菌 性 急 性 胃 肠 炎 暴 发 和 散 发 的 重 要 病 原 体, 它 所 致 的 腹 泻 在 世 界 多 个 国 家 均 有 报 道 N L V s 能 耐 受 不 良 的 外 界 环 境 感 染 持 续 时 间 长, [1] 它 的 危 害 性 不 可 低 估 我 国 1995 年 在 腹 泻 患 儿 的 粪 便 标 本 中 发 现 了 第 一 例 N L V s 之 后, 陆 续 的 调 查 报 告 显 [2-9] 示,NLVs 感 染 在 我 国 是 很 普 遍 的 因 此 建 立 一 种 快 速 的 检 测 方 法, 可 以 监 控 贝 类 及 其 他 食 品 质 量, 避 免 疾 病 发 生 近 年 来 我 国 研 究 者 分 别 利 用 ELISA 反 转 录 PCR 实 时 荧 光 PCR 技 术 对 粪 便 样 品 和 贝 类 样 品 进 行 了 诺 沃 克 [10-11] 样 病 毒 检 测 的 研 究, 但 均 缺 乏 对 于 病 毒 富 集 和 RNA 提 取 方 法 的 系 统 研 究 本 研 究 主 要 针 对 贝 类 样 品 中 的 病 毒 富 集 浓 缩 和 R N A 提 取 方 法 进 行 了 较 为 系 统 的 比 较 研 究, 建 立 一 套 灵 敏 度 较 高 较 为 有 效 的 RT-PCR 检 测 贝 类 中 诺 沃 克 样 病 毒 的 方 法 1 材 料 与 方 法 1.1 材 料 阳 性 病 毒 样 品 为 由 中 国 疾 病 预 防 控 制 中 心 提 供 的 N L V s 阳 性 粪 便 样 品 贝 类 为 保 定 市 售 海 产 品, 于 冷 冻 保 存 收 稿 日 期 : 作 者 简 介 : 张 颖 (1982-), 女, 助 教, 研 究 方 向 为 有 害 微 生 物 检 测 与 控 制 zhangyinguser2008@126.com

2 , Vol. 29, No. 05 食 品 科 学 分 析 检 测 病 毒 富 集 方 法 回 收 率 测 定 所 用 脊 髓 灰 质 炎 病 毒 参 照 株 为 由 保 定 市 疾 病 预 防 控 制 中 心 提 供 的 脊 髓 灰 质 炎 疫 苗 Hep-2 细 胞 株 为 河 北 省 疾 病 预 防 控 制 中 心 细 胞 培 养 室 提 供 1.2 方 法 病 毒 滴 定 NLVs 不 能 人 工 培 养, 其 病 毒 滴 度 用 RT-PCR 50 单 位 表 示 将 病 毒 原 液 进 行 连 续 的 1 0 倍 梯 度 稀 释, 取 每 1 个 稀 释 度 的 病 毒 液 进 行 病 毒 RNA 的 提 取 及 RT-PCR 实 验, 每 天 进 行 1 次, 连 续 进 行 5d, 找 到 阳 性 率 大 于 50% 及 小 于 50% 的 稀 释 度, 用 Reed-Muench 公 式 计 算, 得 到 RT-PCR50 单 位 参 照 株 脊 灰 病 毒 的 滴 度 用 半 数 细 胞 培 养 物 感 染 量 (TCID50) 表 示 将 病 毒 原 液 进 行 连 续 的 10 倍 梯 度 稀 释, 取 每 1 个 稀 释 度 的 病 毒 液 0.1ml, 加 入 已 长 成 单 层 的 敏 感 细 胞 培 养 物 中, 每 个 稀 释 度 的 病 毒 液 接 种 4~10 个 细 胞 孔 于 3 7 静 置 培 养, 观 察 细 胞 病 变 情 况, 用 R e e d - Muench 公 式 计 算, 得 到 TCID50 单 位 病 毒 回 收 率 的 测 定 病 毒 回 收 率 是 指 将 一 定 量 的 病 毒 加 入 贝 类 样 品 中 成 为 人 为 模 拟 的 阳 性 样 品, 进 行 样 品 中 病 毒 的 富 集, 将 最 后 一 次 沉 降 的 PEG 沉 淀 (RNA 提 取 前 ) 用 0.1mol/L PBS 缓 冲 液 重 悬 浮, 形 成 1ml 病 毒 混 悬 液 将 此 混 悬 液 接 种 于 细 胞 进 行 病 毒 培 养, 计 算 出 此 混 悬 液 中 的 病 毒 量, 用 下 面 公 式 进 行 计 算 便 可 得 到 此 方 法 的 回 收 率 RNA 提 取 前 病 毒 混 悬 液 中 病 毒 量 回 收 率 (%)= 100 样 品 中 加 入 的 病 毒 量 回 收 率 是 衡 量 病 毒 富 集 方 法 好 坏 的 直 接 标 准 贝 类 中 病 毒 浓 缩 富 集 [12-13] 基 本 方 法 参 照 Lees 等 的 方 法, 并 加 以 改 进 利 用 脊 灰 病 毒 作 为 参 照 毒 株 对 贝 类 样 品 进 行 人 工 污 染, 采 用 ph9.5 甘 氨 酸 缓 冲 液 - 聚 乙 二 醇, 浓 缩 贝 样 中 病 毒, 浓 缩 液 接 入 正 常 细 胞 中, 检 测 其 T C I D 50 值 取 融 冻 后 的 贝 类 样 品 5 g, 人 工 污 染 脊 髓 灰 质 炎 病 毒 向 人 工 污 染 的 贝 类 中 加 入 ph9.5 甘 氨 酸 缓 冲 液 35ml, 在 匀 浆 机 中 匀 浆, 室 温 放 置 15min g 离 心 30min, 取 上 清, 调 节 上 清 液 ph 值 至 7.0 并 转 移 至 50ml 离 心 管 中 上 清 液 中 加 入 等 体 积 的 16% PEG8000,4 沉 淀 2h,8000 g 离 心 30min, 沉 淀 用 15ml ph9.1 的 P B S 重 悬, 加 入 等 体 积 氯 仿, 充 分 混 匀,4, g 离 心 30min, 取 上 清 液 调 节 上 清 液 ph 值 至 7.0, 重 复 16% PEG8000 沉 淀 步 骤 1 次, 沉 淀 用 于 RNA 提 取 病 毒 富 集 方 法 分 别 对 沉 淀 剂 PEG8000 的 浓 度 做 了 16% 14% 12% 三 个 比 较, 对 16% PEG8000 沉 淀 次 数 做 了 1 次 和 2 次 的 比 较 病 毒 核 酸 的 提 取 利 用 中 优 化 的 病 毒 富 集 方 法 处 理 人 工 污 染 诺 沃 克 样 病 毒 的 贝 类 样 品 将 浓 缩 得 到 的 沉 淀 转 移 至 1.5ml RNase-free 的 无 菌 离 心 管 中, 用 Trizol 进 行 核 酸 分 离 和 纯 化, 异 丙 醇 沉 淀, 乙 醇 洗 提, 所 得 沉 淀 干 燥 后 用 DEPC H2O 溶 解,- 70 保 存 同 时 比 较 了 异 硫 氰 酸 胍 法 S DS - 蛋 白 酶 K 法 试 剂 盒 法 RNA 提 取 法, 其 中 试 剂 盒 采 用 的 是 Trizol- 柱 式 R N A 提 取 试 剂 盒 核 酸 扩 增 引 物 JV12Y JV13I 参 考 自 Koopmans [14-15] : JV12Y(+)5 ATACCACTATGATGCAGATTA 3 JV13I(-)5 TCATCATCACCATAGAAAGAG 3 反 转 录 反 应 体 系 : 总 反 应 体 系 为 20μl 包 括 AMV (5U/μl) 1μl 5 Reverse transcriptase buffer 4μl,RNase Inhibitor(40U/μl)0.5μl,dNTPs 混 合 物 (10mmol/L each) 2μl 下 游 引 物 (10μmol/L)3.5μl, 模 板 4μl, 水 5μl 反 转 录 过 程 为 42 下 1h P C R 反 应 体 系 : 总 反 应 体 系 为 5 0μl 包 括 R T - Mixture 20μl,10 PCR buffer 5μl Taq(5U/μl) 1μl, dntps 混 合 物 (2.5mmol/L each) 5μl, 上 游 引 物 (10μmol/L) 2μl Mg 2+ (25mmol/L)6.6μl 水 10.4μl PCR 扩 增 程 序 :94 预 变 性 3min; 变 性 min, 退 火 min, 延 伸 min, 进 行 40 个 循 环, 最 后 72 延 伸 5min 取 10μl 扩 增 产 物 在 2% 琼 脂 糖 上 电 泳 (80mA)1h, 溴 化 乙 锭 染 色, 紫 外 照 射 观 察 结 果 并 成 像 阳 性 结 果 产 生 327bp 的 条 带 阳 性 扩 增 产 物 将 RT-PCR 阳 性 扩 增 产 物 送 至 大 连 宝 生 物 公 司 测 序 2 结 果 与 分 析 2.1 病 毒 滴 度 的 测 定 诺 沃 克 样 病 毒 阳 性 粪 便 上 清 液 滴 度 测 定 将 阳 性 粪 便 溶 于 ph7.0 的 PBS 中 制 成 10% 的 粪 便 悬 液,5000r/min 离 心 30min, 取 上 清 取 300μl 上 清 液, Trizol- 异 丙 醇 法 提 取 RNA, 由 Reed-Muench 法 计 算 得 该 病 毒 的 滴 度 为 26 RT-PCR50/μl 结 果 见 表 1 和 电 泳 图 脊 髓 灰 质 炎 病 毒 滴 度 测 定 取 脊 灰 病 毒 疫 苗 溶 解 在 细 胞 生 长 液 中, 对 该 液 体 进 行 连 续 10 倍 梯 度 稀 释, 将 这 一 系 列 病 毒 稀 释 液 接 入 到 长 有 正 常 细 胞 的 9 6 孔 板 中, 观 察 病 变, 计 算 T C I D 50 值 本 实 验 所 用 疫 苗 滴 度 为 , 结 果 见 表 贝 类 中 诺 沃 克 样 病 毒 富 集 方 法 的 选 择

3 349 表 1 RT-PCR50 的 测 定 和 计 算 (Reed-Muench 法 ) Table 1 Results of detection RT-PCR50 (Reed-Muench Method) 病 毒 液 RT-PCR 结 果 累 计 数 阳 性 百 总 数 稀 释 度 阳 性 数 阴 性 数 阳 性 数 阴 性 数 分 比 (%) DNA Marker 100 bp ;2~6. 将 NLVs 病 毒 原 液 稀 释 后 进 行 RT-PCR 的 实 验 结 果 ;7. 阴 性 对 照 ;8. 阳 性 对 照 图 1 NLVs 滴 度 测 定 结 果 Fig.1 Results of NLVs titer 表 2 脊 髓 灰 质 炎 减 毒 疫 苗 滴 度 (TCID50) 检 测 结 果 Table 2 Results of titer of poliomyelitis virus vaccine (TCID50) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 本 研 究 中 使 用 了 国 际 上 普 遍 采 用 的 聚 乙 二 醇 (PEG) 进 [16-18] 行 病 毒 富 集, 分 别 比 较 了 16% 14% 12% PEG8000 的 富 集 效 果, 结 果 见 表 3 5 6; 比 较 了 16% PEG8000 沉 淀 2 次 和 1 次 的 效 果, 结 果 见 表 3 4 方 法 1 为 16% PEG8000 沉 淀 2 次 ; 方 法 2 为 16% PEG8000 沉 淀 1 次 ; 方 法 3 为 14% PEG8000 沉 淀 2 次 ; 方 法 4 为 12% PEG8000 沉 淀 2 次 由 Reed-Muench 公 式 可 计 算 出 4 种 方 法 的 滴 度 分 别 表 3 方 法 1 浓 缩 后 脊 髓 灰 质 炎 减 毒 疫 苗 滴 度 (TCID50) 检 测 结 果 Table 3 Results of titer of concentrated seeding poliomyelitis virus vaccine (TCID50) by method 1 in shellfish 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 为 : 方 法 1 的 TCID50 值 分 别 为 , 方 法 2 的 TCID50 值 分 别 为 , 方 法 3 的 TCID50 值 分 别 为 , 方 法 4 的 TCID50 值 分 别 为 , 并 计 算 出 4 种 方 法 的 平 均 回 收 率 依 次 为 :16.8% 8.3% 12.2% 10.1% 由 检 测 结 果 可 知, 在 4 种 回 收 方 法 中, 方 法 1 的 回 收 率 最 高, 方 法 2 的 回 收 率 最 低, 方 法 3 4 居 中, 分 析 其 表 4 方 法 2 浓 缩 后 脊 髓 灰 质 炎 减 毒 疫 苗 滴 度 (TCID50) 检 测 结 果 Table 4 Results of titer of concentrated seeding poliomyelitis virus vaccine (TCID50) by method 2 in shellfish 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 表 5 方 法 3 浓 缩 后 脊 髓 灰 质 炎 减 毒 疫 苗 滴 度 (TCID50) 检 测 结 果 Table 5 Results of titer of concentrated seeding poliomyelitis virus vaccine (TCID50) by method 3 in shellfish 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 表 6 方 法 4 浓 缩 后 脊 髓 灰 质 炎 减 毒 疫 苗 滴 度 (TCID50) 检 测 结 果 Table 6 Results of titer of concentrated seeding poliomyelitis virus vaccine(tcid50)by method 4 in shellfish 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 病 变 孔 数 ( 总 共 8 孔 / 稀 释 度 ) 原 因 可 能 是 由 于 方 法 2 种 只 做 了 1 次 PEG 浓 缩 沉 淀, 其 浓 缩 液 的 浓 度 较 其 他 方 法 低, 因 此 其 回 收 率 明 显 低 于 其 他 方 法 ; 而 方 法 3 4 所 用 的 浓 缩 剂 浓 度 有 所 改 变, 均 低 于 方 法 1, 浓 缩 的 效 果 相 对 较 差 方 法 1 浓 缩 后 的 回 收 率 与 国 际 上 所 报 道 的 贻 贝 蚌 类 中 诺 沃 克 样 病 毒 检 测 [12] 的 回 收 率 为 17% 左 右 大 致 相 符 因 此 在 本 研 究 中 选 择 16% PEG8000 沉 淀 2 次 富 集 病 毒 2.3 RT-PCR 检 测 贝 类 中 诺 沃 克 样 病 毒 的 检 出 限 本 研 究 中 贝 类 人 工 污 染 诺 沃 克 样 病 毒 后, 经 过 病 毒 浓 缩 富 集 步 骤, 可 从 含 有 RT-PCR50 诺 沃 克 样 病 毒 的 贝 样 中 提 取 RNA, 成 功 检 测 出 诺 沃 克 样 病 毒 检 测 结 果 见 电 泳 图 DNA Marker 100bp;2. 阳 性 对 照 ;3. 阴 性 对 照 ;4~11. 诺 沃 克 样 病 毒 液 浓 度 依 次 为 RT-PCR50 的 RT-PCR 检 测 结 果 图 2 人 工 污 染 诺 沃 克 样 病 毒 RT-PCR 检 测 结 果 Fig.2 Results of detection seeding Norwalk-like virus in shellfish by RT-PCR 2.4 R N A 提 取 方 法 比 较 本 研 究 比 较 了 异 硫 氰 酸 胍 法 Trizol- 异 丙 醇 法

4 , Vol. 29, No. 05 食 品 科 学 分 析 检 测 SDS- 蛋 白 酶 K 裂 解 法 和 试 剂 盒 法, 从 贝 肉 中 提 取 诺 沃 克 样 病 毒 R N A 的 效 果 结 果 见 电 泳 图 DNA Marker 100 bp; Trizol- 异 丙 醇 法 分 别 从 人 工 污 染 NLVs 浓 度 为 RT-PCR50 的 贝 类 中 提 取 RNA 进 行 RT-PCR 检 测 结 果 ; 异 硫 氰 酸 胍 法 分 别 从 人 工 污 染 NLVs 浓 度 为 RT-PCR50 的 贝 类 中 提 取 RNA 进 行 RT-PCR 检 测 结 果 ; SDS- 蛋 白 酶 K 裂 解 法 分 别 从 人 工 污 染 NLVs 浓 度 为 RT-PCR50 的 贝 类 中 提 取 RNA 进 行 RT-PCR 检 测 结 果 ; 试 剂 盒 法 分 别 从 人 工 污 染 NLVs 浓 度 为 RT-PCR50 的 贝 类 中 提 取 RNA 进 行 RT-PCR 检 测 结 果 ;14. 阴 性 对 照 ; 15. 阳 性 对 照 ; 16. DNA Marker 100bp 图 3 贝 类 中 诺 沃 克 样 病 毒 RNA 提 取 方 法 比 较 结 果 Fig.3 Results of 4 methods for extracting RNA from Norwalk-like virus in shellfish 由 电 泳 图 3 可 知,Trizol- 异 丙 醇 法 异 硫 氰 酸 胍 法 试 剂 盒 法 3 种 RNA 提 取 方 法 均 能 检 测 到 浓 度 为 RT-PCR50 的 诺 沃 克 样 病 毒, 其 中 Trizol- 异 丙 醇 法 最 优, 试 剂 盒 法 胍 法 效 果 次 之,SDS- 蛋 白 酶 K 裂 解 法 仅 能 检 测 到 RT-PCR50 分 析 其 中 的 原 因 可 能 是 对 于 病 毒 的 RNA 提 取,SDS- 蛋 白 酶 K 的 变 性 裂 解 效 果 不 强, 提 取 过 程 中 不 能 保 护 R N A, 并 且 可 能 残 留 的 S D S 会 影 响 A M V 酶 的 活 性 试 剂 盒 法 是 通 过 Trizol 裂 解 病 毒, 柱 子 吸 附 RNA 来 提 取 核 酸 的, 诺 沃 克 样 病 毒 的 部 分 核 酸 与 蛋 白 结 合 非 常 紧 密, 很 难 去 除, 这 就 使 得 部 分 核 酸 会 带 正 电 荷, 分 析 柱 子 吸 附 R N A 的 原 理 是 其 上 吸 附 了 带 正 电 荷 的 试 剂, 可 以 吸 附 带 负 电 荷 的 R N A, 如 果 所 提 取 的 部 分 R N A 带 有 蛋 白, 柱 子 不 能 将 它 们 吸 附 上 去, 因 此 提 取 效 果 不 如 Trizol- 异 丙 醇 法 好 异 硫 氰 酸 胍 法 提 取 RNA 的 基 本 原 理 与 Trizol- 异 丙 醇 法 相 似, 在 应 用 胍 法 提 取 R N A 过 程 中, 加 入 了 专 门 溶 解 RNA 的 LiCl 试 剂, 酚 - 氯 仿 两 次 抽 提, 过 程 相 对 复 杂, 在 反 复 的 裂 解 抽 提 过 程 中 可 能 会 造 成 一 定 的 RNA 损 失, 但 相 对 与 其 他 方 法 来 说,RT-PCR 反 应 抑 制 因 子 的 去 除 效 果 较 好 考 虑 到 快 速 检 测, 因 此, 在 本 研 究 中 选 择 Trizol- 异 丙 醇 法 作 为 模 板 提 取 方 法 2.5 样 品 实 际 检 测 RT-PCR 方 法 实 际 检 测 贝 类 样 品 25 件, 共 检 出 阳 性 样 品 3 件, 检 出 率 为 1 2 % 检 测 结 果 见 电 泳 图 4 3 份 贝 类 阳 性 样 品 毒 株 序 列 同 源 性 较 高 在 89%~91% 之 间, 与 G e n e B a n k 上 诺 沃 克 样 病 毒 的 序 列 对 比, 与 DQ 株 的 同 源 性 最 高, 在 92%~94% 之 间, 造 1 16.DNA Marker 100bp;2. 阳 性 对 照 ;3. 阴 性 对 照 ;4~15.12 份 毛 蚶 样 品 检 测 结 果 A DNA Marker 100bp;2. 阳 性 对 照 ;3. 阴 性 对 照 ;4. 毛 蚶 样 品 检 测 结 果 ;5~8. 花 蛤 样 品 检 测 结 果 ;9~12. 青 蛤 样 品 检 测 结 果 ;13~16. 文 蛤 样 品 检 测 结 果 B 图 4 实 际 检 测 贝 类 样 品 中 诺 沃 克 样 病 毒 的 结 果 Fig.4 Results of detecting Norwalk-like virus in shellfish 成 这 种 结 果 的 原 因 主 要 是 诺 沃 克 样 病 毒 的 序 列 多 变 性 3 讨 论 3.1 病 毒 的 富 集 目 前, 国 际 上 对 于 诺 沃 克 样 病 毒 的 浓 缩 回 收 主 要 针 对 两 种 基 质 : 固 体 基 质 液 体 基 质 固 体 基 质 中 的 诺 沃 克 样 病 毒 一 般 采 用 絮 凝 沉 淀 剂, 处 理 制 成 匀 浆 的 固 体 样 品 ; 液 体 基 质 中 的 诺 沃 克 样 病 毒 富 集 一 般 采 用 过 滤 法, 利 用 带 电 荷 的 膜 或 柱 过 滤 样 品 还 有 抗 体 捕 捉 法, 在 微 孔 板 或 磁 珠 上 包 埋 上 提 前 制 备 好 的 抗 体, 利 用 抗 原 抗 体 的 免 疫 结 合 捕 捉 病 毒 贝 类 消 化 道 中 病 毒 粒 子 的 提 取 主 要 采 用 碱 性 缓 冲 溶 液 提 取 法 和 免 疫 抗 体 捕 捉 法 等 碱 性 缓 冲 溶 液 提 取 法 是 贝 类 中 肠 道 病 毒 分 离 提 取 的 主 要 方 法 碱 性 条 件 下 利 用 甘 氨 酸 能 快 速 便 捷 的 进 行 病 毒 粒 子 的 洗 脱, 甘 氨 酸 是 一 类 能 改 变 吸 附 特 性 的 洗 脱 剂, 强 碱 性 环 境 下 (ph9~10) 能 减 少 病 毒 和 吸 附 剂 之 间 的 静 电 作 用 [19-21] 有 研 究 报 道 利 用 ph 值 的 改 变, 使 病 毒 吸 附 在 贝 肉 微 粒 上 (ph < 5), 通 过 离 心 把 病 毒 粒 子 沉 淀 下 来, 再 用 碱 性 缓 冲 液 洗 脱 病 毒, 聚 乙 二 醇 (PEG) 浓 缩 该 方 法 可 将 贝 肉 混 悬 液 中 的 部 分 蛋 白 去 除, 减 少 RT-PCR 反 [16] 应 抑 制 因 子 ;Richards 等 人 利 用 甘 氨 酸 -PEG(16% PEG8000) 沉 淀 浓 缩 了 贝 类 中 的 诺 沃 克 样 病 毒 和 甲 型 肝 炎 病 毒, 样 品 只 取 富 含 病 毒 的 胃 肠 组 织, 总 体 积 控 制 在 50ml 以 内, 节 省 了 提 取 试 剂, 也 简 化 了 操 作, 回 收 率 为 17% 在 本 研 究 中, 利 用 了 ph9.5 的 甘 氨 酸 缓 冲 液 洗 脱,16% 的 PEG8000 沉 淀 两 次, 在 两 次 沉 淀 之 间,pH 值 调 整, 用 氯 仿 处 理 浓 缩 液, 去 除 贝 肉 混 悬 液 中 的 蛋 白 质 脂 肪 微 粒, 浓 缩 贝 类 中 的 诺 沃 克 样 病 毒, 回 收

5 351 率 为 16.8%, 较 国 内 相 关 研 究 提 高 了 24.4% [22] 3.2 核 酸 提 取 R N A 非 常 不 稳 定, 暴 露 于 空 气 中 十 分 容 易 被 降 解 掉, 尽 可 能 获 得 完 整 的 RNA 对 于 RT-PCR 成 功 与 否 有 很 大 影 响, 待 检 的 样 品 中 往 往 含 有 一 些 抑 制 反 转 录 酶 或 D N A 聚 合 酶 的 因 子, 因 此, 衡 量 一 个 提 取 方 法 的 好 坏 主 要 有 两 个 方 面 : 一 是 提 取 效 率, 二 是 去 除 RT-PCR 反 应 抑 制 因 子 的 能 力 [23] Jiang 等 尝 试 用 氟 利 昂 处 理 病 毒 悬 液, 苯 酚 - 氯 仿 抽 提 热 裂 解 透 析 寡 聚 纤 维 素 层 析 都 不 能 去 除 反 应 抑 制 因 子 后 来 在 P E G 沉 淀, 蛋 白 酶 K 消 化 后, 十 六 烷 基 三 乙 基 溴 化 铵 (CTAB) 处 理,RT-PCR 阳 性 率 大 大 [24] 提 高 分 析 其 原 因 氟 利 昂 处 理 热 裂 解 透 析 等 方 法 的 变 性 蛋 白 能 力 相 对 CTAB 还 较 弱,CTAB 表 面 活 性 剂 可 以 使 细 胞 裂 解, 蛋 白 质 变 性, 释 放 核 酸, 去 除 多 糖 但 CTAB 的 变 性 裂 解 效 果 相 对 稍 低, 其 RT-PCR 阳 性 率 在 81%~87% 之 间 [25] Grinde 等 利 用 硫 氰 酸 胍 - 苯 酚 - 氯 仿 联 合 作 用, 乙 醇 沉 淀 处 理 诺 沃 克 样 病 毒 样 品, 成 功 的 提 取 出 其 R N A, [26] 并 且 RT-PCR 结 果 阳 性 Griffin 等 在 胍 - 酚 - 仿 抽 提 的 基 础 上 引 入 了 嵌 有 寡 聚 d T 的 二 氧 化 硅 颗 粒,R N A 的 多 聚 A 尾 与 寡 聚 d T 结 合, 从 而 就 吸 附 在 二 氧 化 硅 颗 粒 上, 通 过 硫 氰 酸 胍 缓 冲 液 7 0 % 乙 醇 和 丙 酮 的 洗 涤, 去 除 RT-PCR 反 应 抑 制 因 子 RNA 用 水 洗 脱 下 来, 也 有 用 吸 附 上 免 疫 血 清 或 寡 聚 d T 的 磁 珠 来 纯 化 R N A 的 目 前, 病 毒 中 RNA 提 取 较 常 用 的 是 一 种 商 品 名 为 Trizol 的 试 剂,Trizol 是 基 于 氰 酸 胍 - 酚 - 氯 仿 的 原 理 来 提 取 RNA 的, 它 比 常 规 的 氰 酸 胍 - 酚 - 氯 仿 方 法 操 作 更 为 简 便, 也 减 少 了 对 核 酸 的 损 伤, 能 较 好 的 得 到 完 整 的 目 的 基 因, 并 且 还 能 有 效 的 去 除 样 本 中 混 杂 的 P C R 反 应 抑 制 物 硫 氰 酸 胍 法, 包 括 Trizol 法, 是 现 在 使 用 最 成 功 的 提 取 R N A 去 除 反 应 抑 制 因 子 的 方 法 本 实 验 中, 对 Trizol- 异 丙 醇 法 异 硫 氰 酸 胍 法 试 剂 盒 法 SDS- 蛋 白 酶 K 裂 解 法 四 种 提 取 RNA 方 法 的 效 果 做 了 比 较, 结 果 证 实,Trizol- 异 丙 醇 法 效 果 最 好 4 结 论 采 用 甘 氨 酸 缓 冲 液 - 聚 乙 二 醇 富 集 贝 样 中 病 毒, Trizol- 异 丙 醇 提 取 病 毒 RNA, 病 毒 回 收 率 为 16.8%,RT- PCR 检 出 限 为 RT-PCR50, 整 个 过 程 可 在 11h 内 完 成 其 中 病 毒 回 收 率 与 国 外 水 平 相 近, 高 于 国 内 水 平, 但 其 水 平 仍 然 不 高, 有 待 加 强 后 续 研 究 灵 敏 度 高 于 国 内 水 平 参 考 文 献 : [1] European Commission Health & Consumer Protection Directorate-general. 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