燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 1 页 在 晚 期 非 小 细 胞 肺 癌 患 者 中 前 瞻 性 地 进 行 燃 石 朗 清 ctdna 监 测 的 探 索 性 研 究 作 者 研 究 发 起 人 研 究 参 与 中 心 文 件 类 型 文 件 状 态 发 布 日 期 广 州 医 科 大 学 附 属 第 一 医 院 呼 吸 内 科 周 承 志 教 授 广 州 医 科 大 学 附 属 第 一 医 院 呼 吸 内 科 周 承 志 教 授 广 州 医 科 大 学 附 属 第 一 医 院 呼 吸 内 科 周 承 志 教 授 研 究 方 案 2.8 版 2016 年 1 月 20 日 版 权 所 有 机 密 未 经 许 可 禁 止 使 用 披 露 公 布 或 以 其 他 任 何 形 式 泄 露 本 文 件 内 容
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 2 页 目 录 目 录... 2 图 目 录... 3 1 设 计 原 理 和 目 的... 4 1.1 设 计 原 理 4 1.2 研 究 目 的 5 1.2.1 主 要 目 的... 5 1.2.2 次 要 目 的... 5 2 研 究 人 群... 5 2.1 入 选 标 准 5 2.2 排 除 标 准 6 3 研 究 设 计... 7 3.1 研 究 设 计 描 述... 7 3.1.1 分 子 病 理 学 液 体 活 检 筛 选... 7 3.1.2 接 受 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗... 8 3.1.3 液 体 活 检 随 访 期... 8 3.1.4 疾 病 进 展 随 访 和 肿 瘤 评 价... 9 3.2 研 究 结 束 的 定 义... 9 3.3 研 究 提 前 中 止... 9 4 血 液 样 本 的 生 物 标 志 物 评 估... 10 4.1 血 液 标 本 收 样 要 求... 10 4.2 生 物 标 志 物 检 测 及 报 告... 10 5 数 据 采 集 和 管 理... 10 5.1 数 据 保 密 性 10 5.2 对 研 究 参 加 单 位 的 访 问 和 临 床 数 据 采 集... 11 5.3 数 据 库 管 理 和 质 量 控 制... 11 6 统 计 学 方 法 和 数 据 分 析... 11 7 研 究 方 案 遵 守... 11 8 研 究 管 理 安 排... 12 9 法 规 和 伦 理 依 从 性... 12 10 研 究 医 生 和 伦 理 委 员 会 职 责... 12 11 研 究 结 果 的 发 布... 12
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 3 页 12 附 录 1 参 考 文 献... 13 13 附 录 2 研 究 访 视 日 程... 15 图 目 录 图 1-1 人 肺 腺 癌 中 的 分 子 异 常... 4 图 3-1 研 究 设 计 概 述... 7
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 4 页 1 设 计 原 理 和 目 的 1.1 设 计 原 理 肺 癌 是 数 十 年 内 世 界 范 围 内 最 常 见 的 癌 症 2012 年, 全 球 估 计 有 180 万 肺 癌 新 发 病 例, 占 全 球 所 有 新 发 癌 症 病 例 的 12.9%; 肺 癌 导 致 160 万 例 死 亡, 占 所 有 癌 症 死 亡 总 病 例 的 19.4% 中 国 的 肿 瘤 流 行 病 学 数 据 显 示 在 2012 年 有 652,000 名 新 发 肺 癌 病 例, 597,000 人 死 亡, 在 恶 性 肿 瘤 中 均 占 首 位 (GLOBOCAN 2012) 预 计 到 2025 年, 中 国 肺 癌 患 者 将 达 到 100 万, 成 为 世 界 第 一 肺 癌 大 国 (Peto et al 2000) 非 小 细 胞 肺 癌 (NSCLC) 是 最 常 见 的 一 类 肺 癌, 约 占 所 有 肺 癌 病 例 的 80-85%(Jemal et al 2010), 而 这 些 患 者 中, 约 有 70% 患 者 在 确 诊 时 已 经 处 于 疾 病 晚 期 (IIIB 期 或 IV 期 )(Alvarez et al 2007) 在 过 去 的 数 年 里, 对 NSCLC 生 物 学 认 知 取 得 的 进 步 促 使 人 们 识 别 出 对 于 恶 性 肿 瘤 转 化 和 癌 细 胞 生 存 至 关 重 要 的 一 些 分 子 事 件 这 些 异 常 的 分 子 事 件 是 关 键 的 致 癌 驱 动 因 子, 同 时 也 代 表 了 潜 在 的 治 疗 靶 点 (Gettinger et al 2011) 肺 癌 中 常 见 包 括 受 体 酪 氨 酸 激 酶 ( 例 如 EGFR) 激 活 在 内 的 肿 瘤 信 号 通 路 异 常, 这 些 受 体 位 于 细 胞 表 面, 通 过 与 配 体 结 合 和 受 体 二 聚 化 或 异 源 二 聚 化 引 起 细 胞 内 酪 氨 酸 激 酶 域 的 自 身 磷 酸 化, 从 而 启 动 多 种 信 号 级 联 反 应, 包 括 RAS/RAF/MEK( 丝 裂 原 活 化 和 胞 外 信 号 调 节 激 酶 的 激 酶 ) 和 PI3K/AKT/mTOR 通 路 等 ( 图 1-1) 这 些 异 常 通 路 为 靶 向 治 疗 带 来 大 量 新 的 可 能 性 例 如 研 究 已 经 证 明 表 皮 生 长 因 子 受 体 (EGFR) 酪 氨 酸 激 酶 抑 制 剂 (TKI) 厄 洛 替 尼 和 吉 非 替 尼 用 于 治 疗 具 有 EGFR 基 因 突 变 的 NSCLC 患 者 (Gettinger et al 2011), 以 及 ALK 抑 制 剂 LDK378( 塞 瑞 替 尼 ) 治 疗 初 治 和 经 治 的 晚 期 ALK 阳 性 NSCLC 患 者 (Shaw et al 2013) 目 前 晚 期 NSCLC 患 者 的 治 疗 已 经 发 展 至 基 于 相 关 驱 动 致 癌 事 件 的 各 肿 瘤 分 型 进 行 决 策 在 具 有 特 定 分 子 分 型 的 患 者 中 使 用 靶 向 药 物 ( 包 括 正 处 于 临 床 研 究 中 的 新 靶 向 药 物 ) 有 望 使 更 多 的 晚 期 NSCLC 患 者 获 益 图 1-1 人 肺 腺 癌 中 的 分 子 异 常 人 肺 腺 癌 中 常 见 的 分 子 异 常 及 常 见 治 疗 靶 点 信 号 通 路 (An et al 2012, Wang et al 2012, Sasaki et al 2007, Bergethon et al 2012)
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 5 页 另 外, 在 多 种 恶 性 肿 瘤 的 血 浆 中 都 能 发 现 循 环 肿 瘤 DNA(ctDNA)(Bettegowda C et al 2014, Leary RJ et al 2012, Newman AM et al 2014, Forshew T et al 2012, Diehl F et al 2005, Dawson SJ et al 2013) 在 例 如 结 直 肠 癌 和 恶 性 黑 色 素 瘤 中 都 观 察 到 ctdna 的 水 平 与 肿 瘤 负 荷 在 手 术 或 化 疗 后 的 变 化 之 间 具 有 相 关 性 (Diehl F et al 2008, Momtaz P et al 2014) 许 多 研 究 也 在 探 讨 液 体 活 检 与 靶 向 治 疗 (Jung K et al 2010, Newman AM et al 2014, Nygaard AD et al 2014, Yu J et al 2014) 以 及 获 得 性 突 变 耐 药 的 关 系 (Del Re M et al 2014, Murtaza M et al 2013) 燃 石 医 学 采 用 基 因 芯 片 目 标 区 域 捕 获 和 高 通 量 测 序 检 测 技 术, 开 发 了 基 于 第 二 代 测 序 技 术 的 测 序 平 台 产 品 燃 石 朗 清, 捕 获 168 个 与 肺 癌 发 生 发 展 的 生 物 学 原 理 及 个 性 化 治 疗 方 案 高 度 相 关 的 基 因, 在 NSCLC 中 高 发 突 变 或 融 合 的 外 显 子 及 内 含 子 区 域 进 行 超 深 度 测 序, 从 而 测 量 这 些 基 因 中 出 现 的 低 频 及 超 低 频 的 来 自 ctdna 的 突 变 重 排 拷 贝 数 增 加 等 变 异 事 件 本 研 究 试 图 探 讨 基 于 燃 石 朗 清 检 测 的 外 周 血 浆 游 离 ctdna 与 晚 期 NSCLC 治 疗 疗 效 及 其 后 续 进 展 之 间 的 相 关 性 即 在 靶 向 治 疗 前 已 知 存 在 基 因 组 异 常 ( 如 基 因 突 变 ) 信 息 的 晚 期 NSCLC 患 者 中, 使 用 燃 石 朗 清 连 续 检 测 血 液 标 本, 结 合 常 规 的 临 床 随 访 进 行 综 合 分 析, 以 考 察 基 于 ctdna 检 测 的 分 子 异 常 与 疾 病 发 展 及 治 疗 反 应 的 相 关 性, 同 时 找 寻 潜 在 的 药 效 或 耐 药 相 关 基 因 及 其 与 临 床 进 展 之 间 存 在 的 关 系, 并 为 在 可 能 存 在 的 下 一 步 更 大 规 模 的 前 瞻 性 研 究 中 验 证 由 此 建 立 的 诊 断 方 法 进 行 准 备 除 非 与 燃 石 医 学 进 行 沟 通 并 获 得 准 许, 本 研 究 入 选 的 患 者 总 例 数 不 超 过 50 例 计 划 的 入 组 期 限 为 第 一 例 患 者 入 选 后 一 年 1.2 研 究 目 的 1.2.1 主 要 目 的 通 过 跟 踪 检 测 晚 期 NSCLC 病 人 一 系 列 的 血 浆 ctdna 突 变 谱, 评 估 ctdna 作 为 病 程 监 控 工 具 的 可 行 性 1.2.2 次 要 目 的 通 过 比 对 用 药 的 NSCLC 患 者 治 疗 前 出 现 缓 解 时 以 及 进 展 后 的 ctdna 分 子 分 型, 寻 找 可 能 的 耐 药 机 制 2 研 究 人 群 这 项 研 究 在 晚 期 NSCLC 患 者 中 进 行 患 者 需 满 足 下 列 入 选 标 准 并 且 不 满 足 任 何 排 除 标 准 患 者 需 按 照 方 案 规 定 的 采 样 要 求 提 供 足 够 的 血 液 标 本 才 可 以 进 入 本 研 究 2.1 入 选 标 准 1. 组 织 学 或 细 胞 学 确 诊 的 AJCC TNM 分 期 ( 第 7 版 ) 中 IIIB 期 或 IV 期 NSCLC 患 者 ; 2. 初 诊 或 复 发 均 可, 既 往 是 否 接 受 过 针 对 晚 期 NSCLC 治 疗 均 可 ; 3. 不 限 制 组 织 学 类 型, 鳞 癌 腺 癌 或 其 他 类 型 NSCLC 均 可 ; 4. 身 体 状 况 和 器 官 功 能 允 许 开 展 下 一 步 抗 肿 瘤 全 身 治 疗 尤 其 是 靶 向 药 物 治 疗 ;
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 6 页 5. 签 署 知 情 同 意 书 时, 年 龄 18 岁 ; 6. 在 签 署 本 研 究 的 主 要 知 情 同 意 书 之 前 的 近 一 个 月 内 进 行 的 NGS 检 测 中 已 知 具 有 下 列 至 少 一 个 明 确 的 基 因 异 常 ( 除 非 符 合 下 列 入 选 标 准 第 7 条 的 情 况 ); EGFR:18-21 号 外 显 子 COSMIC 或 TCGA 收 录 的 所 有 突 变 ALK:19 内 含 子 发 生 的 任 何 重 排 融 合 ROS1:31-34 号 内 含 子 发 生 的 任 何 重 排 融 合 RET:11 号 内 含 子 发 生 的 任 何 重 排 融 合 MET:14 号 外 显 子 可 变 剪 切 突 变 KRAS:2-4 号 外 显 子 COSMIC 或 TCGA 收 录 的 所 有 突 变 PIK3CA:10 号 与 21 号 外 显 子 COSMIC 或 TCGA 收 录 的 所 有 突 变 ERBB2:20 号 外 显 子 框 内 插 入 突 变 BRAF:15 号 外 显 子 COSMIC 或 TCGA 收 录 的 所 有 突 变 CTNNB1:3 号 外 显 子 COSMIC 或 TCGA 收 录 的 所 有 突 变 7. 如 果 在 签 署 本 研 究 的 主 要 知 情 同 意 书 之 前 的 近 一 个 月 内 进 行 的 NGS 检 测 中 没 有 发 现 入 选 标 准 第 6 条 所 示 的 至 少 一 个 明 确 的 肿 瘤 驱 动 基 因 异 常, 但 是 患 者 正 在 接 受 具 有 相 应 适 应 症 的 靶 向 药 治 疗 有 效 ( 影 像 学 疗 效 评 估 至 少 为 部 分 缓 解 ) 且 已 知 具 有 下 列 基 因 异 常, 也 可 以 纳 入 研 究 :ALK ROS1 或 RET 融 合, 或 MET 扩 增 或 突 变, 或 BRAF 突 变, 或 ERBB2 突 变, 或 EGFR 的 T790M 突 变 注 : 所 谓 相 应 适 应 症 是 一 个 较 为 宽 泛 的 定 义, 既 可 以 是 FDA EMA PMDA CFDA 等 批 准 的 适 应 症, 或 NCCN 等 国 际 权 威 临 床 指 南 推 荐 的 适 应 症, 也 可 以 是 在 clinicaltrial.gov 注 册 过 的 某 临 床 试 验 中 用 于 定 义 该 研 究 靶 向 人 群 的 某 条 入 选 标 准 8. 患 者 有 能 力 遵 循 计 划 的 日 程 积 极 配 合 回 到 医 院 进 行 规 律 的 临 床 随 访 以 及 必 要 的 治 疗 ; 9. 可 以 提 供 研 究 所 需 要 的 收 集 的 临 床 资 料, 并 愿 意 将 检 测 数 据 用 于 进 一 步 科 研 利 用 及 商 业 产 品 开 发 2.2 排 除 标 准 1. 同 时 有 其 他 恶 性 肿 瘤 ( 经 充 分 治 疗 的 子 宫 颈 原 位 癌 基 底 或 鳞 状 细 胞 皮 肤 癌 除 外 ); 2. 经 研 究 者 判 断, 患 者 同 时 患 有 可 能 影 响 随 访 和 短 期 生 存 的 其 他 严 重 疾 病 ; 3. 任 何 其 他 病 情 和 社 会 / 心 理 问 题 等, 经 研 究 者 判 断 患 者 不 适 合 参 与 本 研 究 的 ; 4. 不 能 接 受 使 用 造 影 剂 增 强 的 磁 共 振 成 像 (MRI) 或 造 影 剂 增 强 的 计 算 机 断 层 扫 描 (CT) 进 行 临 床 随 访 的
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 7 页 3 研 究 设 计 3.1 研 究 设 计 描 述 研 究 将 序 贯 收 集 来 自 指 定 合 作 医 院 的 晚 期 NSCLC 患 者 的 一 系 列 基 线 后 随 访 ( 跨 度 可 至 基 线 后 一 年 半 ) 中 的 血 液 标 本 ( 见 图 3-1) 参 加 研 究 的 患 者 将 会 在 基 线 ( 用 药 前 ) 进 行 下 列 检 测 : (a) 朗 清 DNA 1000X 测 序 ( 可 选 ) (b) 朗 清 ctdna 10000X 测 序 图 3-1 研 究 设 计 概 述 分 子 病 理 学 液 体 活 检 筛 选 已 发 现 明 确 的 肿 瘤 驱 动 基 因 突 变 的 晚 期 NSCLC 患 者 接 受 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗 根 据 所 明 确 的 肿 瘤 驱 动 基 因 等 情 况 结 合 临 床 给 予 患 者 相 应 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗 尤 其 是 靶 向 药 物 治 疗 后 续 液 体 活 检 随 访 * 序 贯 收 集 入 组 患 者 的 一 系 列 血 液 标 本 ( 每 2~6 个 月 一 次, 总 计 不 超 过 6 次, 具 体 采 血 时 间 由 医 生 结 合 临 床 确 定 *), 直 至 基 线 后 一 年 半 ( 除 非 患 者 失 访 自 愿 放 弃 或 死 亡 ) * 在 给 定 的 自 基 线 起 一 年 半 的 时 间 框 架 内, 结 合 患 者 临 床 状 况 以 及 回 访 时 间 安 排 朗 清 液 体 活 检 随 访 ; 检 测 间 隔 最 短 不 低 于 2 个 月, 最 长 不 超 过 6 个 月 ; 其 中, 第 一 次 随 访 检 测 距 基 线 2 个 月 且 6 个 月, 并 强 烈 建 议 距 基 线 3 个 月 3.1.1 分 子 病 理 学 液 体 活 检 筛 选 筛 选 在 燃 石 医 学 指 定 的 研 究 单 位 进 行 除 非 特 别 允 许, 患 者 筛 选 与 开 展 后 续 随 访 检 测 都 须 在 同 一 家 单 位 筛 选 时 须 确 认 患 者 具 有 明 确 的 肿 瘤 驱 动 基 因 改 变, 并 依 据 研 究 纳 入 和 排 除 标 准 进 行 评 价 后 经 过 燃 石 医 学 的 工 作 人 员 书 面 批 准 方 可 进 入 后 续 液 体 活 检 随 访 当 患 者 被 视 为 符 合 临 床 筛 选 资 格 时, 燃 石 医 学 将 收 集 研 究 医 生 或 指 定 研 究 人 员 填 写 的 患 者 登 记 表 筛 选 期 在 患 者 提 供 参 与 研 究 的 书 面 知 情 同 意 后 开 始, 在 患 者 开 始 相 应 的 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗 首 次 给 药 当 天 结 束 要 采 集 的 患 者 人 口 统 计 学 数 据 和 其 他 特 征 性 数 据 包 括 : 一 般 人 口 统 计 学 现 病 史 / 当 前 肿 瘤 疾 病 情 况 NSCLC 的 诊 断 用 于 评 价 入 组 标 准 的 癌 症 分 期 ( 使 用 AJCC TNM 分 期 第 7 版 ) 既 往 抗 肿 瘤 治 疗 ( 用 药 放 疗 手 术 )
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 8 页 ECOG 体 力 状 况 临 床 ( 以 及 依 据 RECIST v1.1, 如 果 有 ) 进 行 的 肿 瘤 放 射 影 像 学 评 估 体 格 检 查 ( 如 果 有 ) 安 全 性 实 验 室 检 查 和 特 殊 实 验 室 检 查 ( 如 果 有 ) 这 些 数 据 的 收 集 最 好 在 抗 肿 瘤 药 物 首 次 给 药 前 2 周 (14 天 ) 内 完 成, 然 而 在 首 次 给 药 前 3 周 内 完 成 的 临 床 评 估 数 据 也 是 可 以 接 受 的 筛 选 期 进 行 的 肿 瘤 放 射 影 像 学 评 估 将 提 供 基 线 肿 瘤 测 量 结 果, 用 于 确 定 未 来 的 疗 效 和 / 或 进 展 3.1.2 接 受 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗 开 展 液 体 活 检 随 访 的 先 决 条 件 是 患 者 根 据 已 知 的 基 线 肿 瘤 驱 动 基 因 改 变 的 结 果 进 行 了 相 应 的 药 物 全 身 治 疗 患 者 接 受 何 种 治 疗 完 全 由 其 主 管 医 生 根 据 临 床 情 况 和 NGS 检 测 结 果 综 合 分 析 决 策 患 者 选 择 何 种 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗, 或 者 疗 程 的 长 短, 以 及 是 否 在 后 续 随 访 中 由 于 任 何 原 因 更 换 了 治 疗 方 案 并 不 影 响 其 参 加 后 续 液 体 活 检 随 访 但 是 如 果 患 者 在 后 续 既 定 的 液 体 活 检 随 访 期 间 ( 时 间 跨 度 最 长 可 达 一 年 半 ) 选 择 永 久 终 止 所 有 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗 而 仅 接 受 支 持 性 治 疗 和 对 症 治 疗, 则 不 能 继 续 参 与 此 液 体 活 检 随 访 研 究 基 线 定 义 为 患 者 在 签 署 知 情 同 意 书 后 接 受 的 第 一 个 全 身 性 抗 肿 瘤 治 疗 首 次 给 药 的 日 期, 且 此 日 期 距 离 入 组 前 NGS 检 测 结 果 报 告 日 期 不 超 过 30 天 抗 肿 瘤 药 物 定 义 为 任 何 在 其 药 物 说 明 书 中 适 应 症 为 任 何 恶 性 肿 瘤 的 靶 向 药 物 或 细 胞 毒 药 物, 但 不 包 括 中 草 药 局 部 治 疗 包 括 局 部 化 疗 给 药 例 如 胸 膜 腔 内 给 药 鞘 内 注 射 等 不 被 视 为 抗 肿 瘤 药 物 全 身 给 药 永 久 性 终 止 抗 肿 瘤 药 物 治 疗 定 义 为 在 参 与 本 研 究 期 间 连 续 12 周 内 没 有 给 予 任 何 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗, 不 管 原 因 是 由 于 疾 病 进 展, 或 出 现 不 能 耐 受 的 药 物 毒 性, 或 其 他 任 何 其 他 原 因 3.1.3 液 体 活 检 随 访 期 在 给 定 的 自 基 线 起 一 年 半 的 时 间 框 架 内, 结 合 患 者 临 床 回 访 的 时 间 安 排 朗 清 液 体 活 检 随 访, 总 次 数 不 超 过 共 六 次 朗 清 检 测 可 以 在 患 者 出 现 影 像 学 缓 解 和 进 展 时 进 行, 或 者 临 床 症 状 恶 化 提 示 可 能 还 有 疾 病 进 展 时 进 行, 但 是 仍 然 强 烈 建 议 在 基 线 后 不 迟 于 三 个 月 进 行 第 一 次 检 测, 以 获 取 可 能 出 现 影 像 学 缓 解 前 的 ctdna 动 态 变 化 信 息 朗 清 液 体 活 检 随 访 的 检 测 间 隔 最 短 不 低 于 基 线 之 后 2 个 月, 最 长 不 超 过 基 线 后 6 个 月 应 该 尽 一 切 可 能 将 为 朗 清 检 测 而 进 行 的 抽 血 步 骤 与 患 者 常 规 的 临 床 随 访 合 并 进 行 所 有 血 液 标 本 只 能 在 燃 石 医 学 指 定 的 医 院 按 事 先 规 定 的 要 求 进 行 采 集, 并 经 由 指 定 的 快 递 服 务 提 供 商 送 交 到 燃 石 医 学 检 验 所 的 NGS 实 验 室 分 析 在 每 次 为 朗 清 检 测 而 进 行 的 抽 血 步 骤 之 前, 由 燃 石 医 学 的 专 业 人 员 收 集 患 者 的 临 床 信 息 以 及 阅 读 患 者 当 前 的 临 床 资 料 以 了 解 主 管 医 生 对 患 者 的 肿 瘤 总 体 病 情 做 出 的 肿 瘤 评 价 对 于 不 能 提 供 临 床 资 料 通 过 既 定 的 肿 瘤 评 价 的 患 者, 燃 石 医 学 有 权 暂 停 其 该 次 液 体 活 检 对 于 连 续 两 次 既 定 的 液 体 活 检 抽 血 步 骤 前 均 不 能 提 供 临 床 资 料 以 供 审 核 者, 燃 石 医 学 有 权 随 时 停 止 其 参 加 后 续 液 体 活 检 随 访 的 资 格 如 果 患 者 永 久 性 终 止 所 有 抗 肿 瘤 药 物 全 身 治 疗 失 访 死 亡 或 撤 回 知 情 同 意 则 结 束 本 研 究 的 朗 清 随 访 检 测 失 访 定 义 为 在 三 个 月 期 间 内 连 续 至 少 三 次 电 话 和 书 信 联 系 没 有 回 复 所 有 患 者 都 将 追 踪 其 OS, 直 到 最 后 一 例 患 者 的 基 线 后 至 少 18 个 月
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 9 页 3.1.4 疾 病 进 展 随 访 和 肿 瘤 评 价 燃 石 医 学 重 视 患 者 在 本 研 究 内 随 访 时 间 框 架 内 患 者 进 行 的 临 床 随 访, 尤 其 是 肿 瘤 放 射 影 像 学 评 价 数 据 对 于 连 续 半 年 及 以 上 没 有 进 行 任 何 临 床 随 访 不 能 提 供 肿 瘤 放 射 影 像 学 评 价 信 息 的 患 者, 燃 石 医 学 有 权 暂 时 或 永 久 停 止 其 参 加 后 续 液 体 活 检 随 访 的 资 格 肿 瘤 放 射 学 评 估 的 具 体 范 围 间 隔 时 间 及 评 价 标 准, 应 遵 循 各 个 医 院 的 本 地 常 规 标 准 但 燃 石 医 学 推 荐 患 者 在 随 访 期 间 至 少 每 12 周 一 次 进 行 肿 瘤 的 放 射 影 像 学 评 价 尤 其 是 如 果 有 临 床 症 状 或 体 征 证 据 提 示 有 疾 病 进 展 时, 应 尽 一 切 努 力 进 行 放 射 学 检 查 的 评 价 燃 石 医 学 同 时 鼓 励 主 管 医 生 根 据 RECIST v1.1 标 准 评 价 疗 效 和 确 认 疾 病 进 展 燃 石 医 学 推 荐 的 影 像 检 查 项 目 : 胸 部 腹 部 和 盆 腔 CT 或 MRI 扫 描 包 括 整 个 肝 脏 的 双 相 位 成 像 ; 脑 CT 或 MRI 扫 描 ( 基 线 时 最 好 有, 随 访 期 间 仅 当 存 在 临 床 指 征 需 要 排 除 CNS 转 移 时 ); 如 果 怀 疑 骨 转 移, 应 进 行 全 身 骨 扫 描 ( 例 如,Tc99m 骨 扫 描 NaF 正 电 子 发 射 断 层 摄 影 术 (PET) 或 全 身 骨 MRI); 胸 部 X- 线 或 超 声 不 应 用 于 肿 瘤 疗 效 评 估 燃 石 医 学 推 荐 的 肿 瘤 评 价 方 法 : 应 以 造 影 剂 静 脉 (i.v.) 给 药 进 行 所 有 扫 描 如 果 患 者 对 CT 静 脉 造 影 剂 不 能 耐 受, 可 用 MRI 替 代 ( 如 能 耐 受, 最 好 使 用 静 脉 造 影 剂 ) 不 推 荐 使 用 无 静 脉 造 影 剂 的 CT, 除 非 不 能 进 行 MRI 整 个 研 究 应 使 用 相 同 的 评 估 方 法 和 技 术, 以 描 述 基 线 和 随 访 期 发 现 和 追 踪 的 病 变 如 果 基 线 时 肝 脏 有 病 灶, 则 须 进 行 肝 脏 双 相 位 成 像 应 尽 一 切 努 力 在 适 当 时 间 注 入 造 影 剂, 以 便 在 首 次 显 影 时 获 得 整 个 肝 脏 的 高 质 量 动 脉 相 成 像, 在 第 二 次 显 影 时 获 得 整 个 肝 脏 的 高 质 量 门 静 脉 相 成 像 在 患 者 的 各 次 肿 瘤 评 价 时, 造 影 剂 给 药 的 时 间 点 也 应 该 一 致 每 个 患 者 都 应 该 由 同 一 个 主 管 医 生 负 责 扫 描 结 果 的 判 读 3.2 研 究 结 束 的 定 义 当 最 后 一 例 患 者 结 束 生 存 随 访 和 收 集 完 临 床 资 料 时, 本 研 究 结 束 3.3 研 究 提 前 中 止 燃 石 医 学 可 以 在 任 何 时 间 以 任 何 理 由 中 止 本 项 研 究 如 果 有 这 样 的 必 要, 应 尽 快 通 知 患 者 和 研 究 医 生 研 究 医 生 将 负 责 通 知 伦 理 委 员 会 此 研 究 提 前 结 束
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 10 页 4 血 液 样 本 的 生 物 标 志 物 评 估 燃 石 医 学 的 实 验 室 将 处 理 所 有 血 液 标 本 ( 除 了 可 能 的 当 地 离 心 分 离 血 浆 之 外 ) 燃 石 医 学 将 提 供 检 验 套 装 用 于 采 集 这 些 样 本 并 运 送 到 指 定 的 实 验 室 进 行 分 析 燃 石 医 学 在 实 验 室 指 南 手 册 中 提 供 有 关 采 集 运 输 和 结 果 报 告 的 步 骤 详 情 在 检 测 申 请 表 和 ecrf 上 将 收 集 样 本 采 集 信 息 4.1 标 本 收 样 要 求 血 液 标 本 收 样 要 求 1. 全 血 : 体 积 10ml 以 上, 保 存 于 streck 采 血 管 中, 管 盖 和 管 壁 标 记 姓 名 编 号, 15~35 C 运 输 2. 血 浆 及 白 细 胞 : 抽 血 后 2h 内 分 离 血 浆, 收 集 血 浆 及 白 细 胞, 详 细 操 作 流 程 参 考 血 浆 白 细 胞 分 离 操 作 流 程 -- 燃 石 医 学 组 织 标 本 的 收 样 要 求 : 1. 新 鲜 组 织 标 本 : 1) 穿 刺 1 针 以 上,1cm, 肿 瘤 细 胞 占 比 50%, 坏 死 组 织 区 域 <10% 2) 保 存 至 5 倍 体 积 的 10% 中 性 福 尔 马 林 固 定 液 中, 置 于 贴 好 标 签 的 标 本 瓶 中, 于 4-8 条 件 下 48h 内 送 达 实 验 室 2. 石 蜡 组 织 标 本 : 1) 切 片 15 张, 厚 度 5-10μm( 防 脱 玻 片 ), 肿 瘤 细 胞 占 比 50% 坏 死 组 织 区 域 <10% 2) 切 片 时 注 意 对 切 片 机 及 台 面 进 行 消 毒 处 理, 不 同 样 本 更 换 新 刀 片, 防 止 交 叉 污 染 3) 切 片 时 摊 片 即 可, 无 需 烤 片 处 理, 切 片 编 号 规 范 清 晰 4.2 生 物 标 志 物 检 测 及 报 告 燃 石 开 发 了 基 于 第 二 代 测 序 技 术 的 ctdna PANEL 测 序 平 台 产 品 朗 清, 捕 获 47 个 与 肺 癌 发 生 发 展 的 生 物 学 原 理 及 个 性 化 治 疗 方 案 高 度 相 关 的 基 因 的 全 外 显 子 及 部 分 内 含 子 区 域, 以 及 其 他 111 个 基 因 在 肺 癌 中 高 发 突 变 的 热 点 区 域, 进 行 高 达 10000 的 超 深 度 测 序, 从 而 测 量 这 些 基 因 中 出 现 的 低 频 及 超 低 频 的 来 自 循 环 肿 瘤 DNA 的 突 变 重 排 拷 贝 数 增 加 等 变 异 事 件 朗 清 检 测 和 后 续 结 果 分 析 将 在 燃 石 医 学 的 NGS 专 业 实 验 室 进 行, 从 样 本 接 受 到 结 果 报 告 的 时 间 平 均 为 10 个 工 作 日 5 数 据 采 集 和 管 理 5.1 数 据 保 密 性 参 加 COMPASS 的 患 者 的 信 息 将 会 保 密 在 主 要 知 情 同 意 书 中 将 告 知 受 试 者 下 列 信 息 :
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 11 页 这 项 研 究 将 从 患 者 处 收 集 必 要 的 临 床 和 基 因 检 测 信 息 燃 石 医 学 以 及 患 者 的 主 管 医 生 出 于 科 研 和 发 展 产 品 的 目 的 有 权 访 问 这 些 信 息 燃 石 医 学 以 及 患 者 的 主 管 医 生 将 会 在 匿 名 保 密 的 前 提 下 在 必 要 的 场 合 例 如 科 研 结 果 发 表 和 学 术 会 议 交 流 中 使 用 或 披 露 这 些 临 床 和 基 因 检 测 信 息 只 有 已 完 成 必 备 培 训 的 燃 石 医 学 的 工 作 人 员 才 能 处 理 本 研 究 采 集 到 的 数 据 数 据 的 访 问 和 处 理 遵 循 燃 石 头 医 学 内 部 的 保 密 工 作 流 程, 将 防 止 未 经 授 权 访 问 患 者 的 机 密 信 息 5.2 对 研 究 参 加 单 位 的 访 问 和 临 床 数 据 采 集 研 究 开 始 前 和 过 程 中, 燃 石 医 学 的 工 作 人 员 将 与 研 究 医 生 及 其 工 作 人 员 审 核 方 案 和 患 者 病 历 在 研 究 实 施 期 间, 燃 石 医 学 的 工 作 人 员 将 定 期 拜 访 参 加 研 究 的 医 院 中 心, 核 查 患 者 病 历 记 录, 并 对 方 案 和 研 究 质 量 规 范 的 遵 守 情 况 以 及 招 募 的 进 展 与 研 究 医 生 展 开 讨 论 在 这 些 拜 访 期 间, 必 须 有 关 键 的 医 院 相 关 研 究 工 作 人 员 现 场 协 助 总 的 来 说, 临 床 数 据 收 集 是 参 加 本 研 究 的 指 定 工 作 人 员 的 责 任, 并 在 燃 石 医 学 以 及 研 究 医 生 的 监 督 下 进 行 研 究 病 例 报 告 表 (CRF) 是 研 究 的 主 要 数 据 收 集 工 具 在 病 例 报 告 表 和 其 他 所 有 要 求 的 报 告 中, 燃 石 医 学 和 研 究 医 生 应 该 密 切 合 作, 使 燃 石 的 工 作 人 员 能 够 查 阅 相 关 源 文 件, 以 保 证 准 确 完 整 清 晰 和 及 时 地 报 告 临 床 数 据 病 例 报 告 表 中 填 写 的 资 料 应 源 自 每 例 患 者 的 原 始 文 件, 包 括 住 院 或 门 诊 病 历 以 及 各 相 应 医 学 检 查 及 评 估 的 结 果 内 容 应 该 与 源 文 件 一 致, 如 有 不 同 应 作 解 释 必 须 记 录 CRF 要 求 的 所 有 数 据 必 须 解 释 任 何 缺 失 的 数 据 对 纸 质 CRF 的 任 何 更 改 都 应 当 注 明 日 期 签 名 和 解 释 ( 如 有 必 要 ), 并 且 不 应 遮 掩 原 始 条 目 对 于 电 子 CRF, 系 统 将 保 持 稽 查 跟 踪 能 够 溯 源 的 患 者 的 病 历 原 始 文 件 和 原 始 签 署 的 知 情 同 意 书 都 需 保 留 5.3 数 据 库 管 理 和 质 量 控 制 如 果 使 用 ecrf, 燃 石 医 学 的 工 作 人 员 将 审 查 所 输 入 患 者 临 床 数 据 的 完 整 性 和 准 确 性 对 于 不 一 致 和 缺 失 数 值, 将 创 建 电 子 数 据 查 询 通 过 EDC 系 统 发 送 到 参 加 研 究 的 医 院, 说 明 问 题 的 性 质, 并 要 求 澄 清 要 求 指 定 的 工 作 人 员 及 时 响 应 查 询, 并 对 数 据 进 行 必 要 修 改 血 液 样 本 的 NGS 检 测 数 据 将 会 集 中 处 理, 结 果 将 以 检 验 报 告 的 形 式 在 规 定 的 时 限 内 发 送 到 医 生 和 患 者 处 6 统 计 学 方 法 和 数 据 分 析 所 有 统 计 分 析 将 在 燃 石 医 学 的 工 作 人 员 的 指 导 下 进 行 由 研 究 医 生 独 立 执 行 的 任 何 数 据 分 析, 应 在 发 表 或 报 告 前 提 交 至 燃 石 医 学 审 核 7 研 究 方 案 遵 守 研 究 医 生 应 确 定 他 们 将 谨 慎 处 理 患 者, 避 免 偏 离 方 案 如 果 研 究 医 生 认 为 偏 离 方 案 会 改 善 研 究 的 开 展, 那 么 必 须 将 偏 离 方 案 视 为 方 案 修 订 并 经 过 燃 石 医 学 的 同 意 并 且 得 到 伦 理 委 员 会 的 批 准, 否 则 将 无 法 实 施
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 12 页 8 研 究 管 理 安 排 燃 石 医 学 将 会 实 时 跟 踪 所 有 参 加 研 究 患 者 的 回 访 液 体 活 检 以 及 数 据 收 集 情 况, 并 与 参 加 研 究 的 医 生 进 行 交 流 9 法 规 和 伦 理 依 从 性 按 照 中 国 GCP 以 及 其 他 本 地 适 用 法 规, 和 赫 尔 辛 基 宣 言 中 规 定 的 伦 理 法 则, 设 计 执 行 报 告 本 临 床 试 验 10 研 究 医 生 和 伦 理 委 员 会 职 责 研 究 医 生 负 责 获 得 相 关 研 究 方 案 和 知 情 同 意 书 获 得 各 研 究 单 位 伦 理 委 员 会 批 准 获 批 准 的 知 情 同 意 书 中 应 该 包 括 患 者 自 愿 贡 献 组 织 和 血 液 标 本 进 行 基 因 检 测 和 分 析 的 相 关 内 容 患 者 的 知 情 同 意 的 声 明, 在 签 名 并 签 署 日 期 后, 由 研 究 医 生 保 存 11 研 究 结 果 的 发 布 燃 石 医 学 原 则 上 不 反 对 研 究 医 生 收 集 或 产 生 的 任 何 相 关 的 信 息 发 表 出 版 物 但 是, 为 了 保 证 避 免 研 究 医 生 不 慎 泄 露 保 密 信 息 或 者 未 受 保 护 的 发 明, 研 究 医 生 要 在 申 请 提 交 任 何 打 算 发 表 的 出 版 物 或 其 它 类 型 的 公 开 之 前, 提 交 燃 石 医 学 进 行 审 查 如 果 有 任 何 专 利 相 关 的 行 为 需 要 保 护 知 识 产 权, 研 究 者 要 同 意 推 迟 公 开 发 表 任 何 研 究 相 关 的 结 果 和 信 息
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 13 页 12 附 录 1 参 考 文 献 Alvarez M, Roman E, Santos ES, et al (2007) New targets for non-small-cell lung cancer therapy. Expert Rev Anticancer Ther; 7(10):1423-37. An SJ et al (2012) Identification of enriched driver gene alterations in subgroups of non-small cell lung cancer pateitns based on histology and smoking status. PLoS One, Volume 7, Issue 6. Bergethon, K., et al. ROS1 rearrangements define a unique molecular class of lung cancers. J.Clin.Oncol. 30.8 (2012): 863-70. Bettegowda C, Sausen M, Leary RJ, Kinde I, Wang Y, Agrawal N, Bartlett BR,Wang H, Luber B, Alani RM, Antonarakis ES, Azad NS, Bardelli A, Brem H, Cameron JL, Lee CC, Fecher LA, Gallia GL, Gibbs P, Le D, Giuntoli RL, Goggins M, Hogarty MD, Holdhoff M, Hong SM, Jiao Y, Juhl HH, Kim JJ, Siravegna G, Laheru D, et al: Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci Transl Med 2014, 6:224ra24. Dawson SJ, Tsui DW, Murtaza M, Biggs H, Rueda OM, Chin SF, Dunning MJ, Gale D, Forshew T, Mahler-Araujo B, Rajan S, Humphray S, Becq J, Halsall D, Wallis M, Bentley D, Caldas C, Rosenfeld N: Analysis of circulating tumor DNA to monitor metastatic breast cancer. N Engl J Med 2013, 368:1199-1209. Del Re M, Vasile E, Falcone A, et al. Molecular analysis of cell-free circulating DNA for the diagnosis of somatic mutations associated with resistance to tyrosine kinase inhibitors in nonsmall-cell lung cancer. Expert Rev Mol Diagn 2014;14:453-68. Diehl F, Li M, Dressman D, He Y, Shen D, Szabo S, Diaz LA Jr, Goodman SN, David KA, Juhl H, Kinzler KW, Vogelstein B: Detection and quantification of mutations in the plasma of patients with colorectal tumors. Proc Natl Acad Sci U S A 2005, 102:16368-16373. Diehl F, Schmidt K, Choti MA, Romans K, Goodman S, Li M, Thornton K, Agrawal N, Sokoll L, Szabo SA, Kinzler KW, Vogelstein B, Diaz LA Jr: Circulating mutant DNA to assess tumor dynamics. Nat Med 2008, 14:985-990. Forshew T, Murtaza M, Parkinson C, Gale D, Tsui DW, Kaper F, Dawson SJ, Piskorz AM, Jimenez-Linan M, Bentley D, Hadfield J, May AP, Caldas C, Brenton JD, Rosenfeld N: Noninvasive identification and monitoring of cancer mutations by targeted deep sequencing of plasma DNA. Sci Transl Med 2012, 4:136ra68. Gettinger S, Lynch T (2011) A decade of advances in treatment for advanced non-small cell lung cancer. Clin Chest Med; 32(4):839-51. Jung K, Fleischhacker M, Rabien A. Cell-free DNA in the blood as a solid tumor biomarker-a critical appraisal of the literature. Clin Chim Acta 2010;411:1611-24. Leary RJ, Sausen M, Kinde I, Papadopoulos N, Carpten JD, Craig D, O'Shaughnessy J, Kinzler KW, Parmigiani G, Vogelstein B, Diaz LA Jr, Velculescu VE: Detection of chromosomal alterations in the circulation of cancer patients with whole-genome sequencing. Sci Transl Med 2012, 4:162ra154. Momtaz P, Gaskell AA, Merghoub T, Viale A, Chapman PB: Correlation of tumor-derived circulating cell free DNA (cfdna) measured by digital PCR (DigPCR) with tumor burden measured radiographically in patients (pts) with BRAFV600Emutated melanoma (mel)
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 14 页 treated with RAF inhibitor (RAFi) and/or ipilimumab (Ipi). ASCO Meeting Abstracts 2014, 32:9085. Murtaza M, Dawson SJ, Tsui DW, et al. Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by sequencing of plasma DNA. Nature 2013;497:108-12. Newman AM, Bratman SV, To J, et al. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med 2014;20:548-54. Nygaard AD, Holdgaard PC, Spindler KL, et al. The correlation between cell-free DNA and tumour burden was estimated by PET/CT in patients with advanced NSCLC. Br J Cancer 2014;110:363-8. Sasaki et al (2007) Nras and Kras mutation in Japanese lung cancer patients: Genotyping analysis using LightCycler. Oncol Rep. 2007 Sep;18(3):623-8. Shaw et al (2013). Clinical Activity of the ALK Inhibitor LDK378 in Advanced, ALKpositive NSCLC, ASCO. Yu J, Gu G, Ju S. Recent advances in clinical applications of circulating cell-free DNA integrity. Lab Med 2014;45:6-11.
燃 石 医 学 BURNINGROCK 保 密 第 15 页 概 要 方 案 编 号. BR002L105 13 附 录 2 研 究 访 视 日 程 筛 选 基 线 第 1 次 液 体 活 检 第 2 次 液 体 活 检 第 3 次 液 体 活 检 第 4 次 液 体 活 检 第 5 次 液 体 活 检 第 6 次 液 体 活 检 日 期 -14 天 第 1 天 距 基 线 2 个 月 且 6 个 月 ; 并 强 烈 建 议 不 超 过 基 线 后 3 个 月 间 隔 最 短 不 低 于 2 个 月, 最 长 不 超 过 6 个 月 ; 末 次 检 测 不 超 过 基 线 后 18 个 月 知 情 同 意 现 病 史 ( 包 括 诊 断 分 期 和 肿 瘤 病 情 评 价 等 ) 入 选 及 排 除 标 准 临 床 数 据 收 集 和 肿 瘤 评 价 采 血 进 行 朗 清 ctdna 检 测