NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 使用 1ng-1μg 的 DNA 样本, 在 2 小时或更短的时间内完成 DNA 测序中的建库过程 产品特点 样品 DNA 起始量可以在 1ng-1μg 间灵活选择 2 小时或者更短时间完成整个实验流程, 减少人工操作时间较高的接头连接效率, 产出大量不同的测序片段减少建库偏差兼容多种自动化建库流程灵活的接头方案供选 匹配多达 96 种接头的试剂盒用于多重测序与 Illumina HiSeq, MiSeq 和 GAIIx platforms 等测序平台兼容可用于单端测序 双端测序和多重基因组 DNA 测序的建库 产品介绍 Bioo Scientific 的 NEXTflex TM Rapid DNA-Seq Kit 允许在 Illumina 的测序平台进行建库, 样品 DNA 起始量可以少至 1ng, 整个建库流程仅 - 1 -
用 2 小时或更短的时间 此试剂盒适用于基因组 DNA 福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本 ChIP DNA 和低起始量的临床样本的建库 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 样品的起始量范围非常灵活, 跨越了 3 个数量级, 从 1ng 至 1μg 这是一个基于磁珠纯化 无需电泳进行片段选择的实验方案, 多达 96 种接头可有效运用于多重测序 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 与 Enhanced Adapter Ligation Technology 联合使用, 可以有效的连接更长的接头, 得到更长的 种类更多的测序片段 Bioo Scientific 公司的连接酶与聚合酶预混液可以确保建库过程的高质量进行 多重测序 :NEXTflex 接头较长, 包含 index 序列, 改进了多重建库实验流程, 样本起始量也可进行灵活的选择 这些接头可用于单端测序 双端测序和多重测序 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 与 NEXTflex DNA Barcodes NEXTflex-96 DNA Barcodes 和 NEXTflex Dual-Indexed Barcodes 搭配用于 10ng 或更多的起始材料的建库, 或者与 NEXTflex ChIP-Seq Barcodes 和 NEXTflex-96 ChIP- Seq Barcodes 搭配用于少于 10ng 的起始材料的建库 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 套装为了简化 DNA 测序,Bioo Scientific 公司现在提供一个套装, 包括 NEXTflex Rapid DNA-Seq 建库试剂和 NEXTflex DNA Barcodes 这个套装有两个不同的版本 每个套装包含 48 次的 NEXTflex Rapid DNA- Seq Kit 和 24 种 NEXTflex DNA Barcodes 如果想知道更多关于多重测序的信息, 请联系 info@sbsbio.com - 2 -
竞争性分析 Figure 1. NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 比同类产品更高产 Figure 2. NEXTflex Rapid DNA-Seq kit 与同类产品相比, 有更高的连接率 - 3 -
自动化系统兼容性 NEXTflex Rapid DNA-Seq Library Prep Kit 可与多种自动化建库平台匹配 目前可以运用于以下平台 :Bioo Scientific 的 SEQBOT NGS Library Prep Automation Platform Beckman Coulter Biomek FXP & FX Dualpod Tecan Freedom EVO NGS Workstation 和 Perkin Elmer SciClone NGS & NGSx 如果想要阅读关于 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 的白皮书, 请关注 http://www.biooscientific.com/whitepapers 引用文献 1.Gal, C. et. al. (2015) The impact of the HIRA histone chaperoneupon global nucleosome architecture. Cell Cycle. 14:1, 123-134. doi:10.4161/15384101.2014.9 67123. 2.Gan, H. M., Tan, M. H., Lee, Y. P. and Austin, C. M. (2014) The complete mitogenome of the Australian tadpole shrimp Triops australiensis (Spencer & Hall, 1895) (Crustacea: Branchiopoda: Notostraca). Mitochondrial DNA doi:10.3109/19401736.2014.974173. 3.Gan, H. M., Tan, M. H., Lee, Y. P. and Austin, C. M. (2014) The complete mitogenome of the river blackfish, Gadopsis marmoratus (Richardson, 1848) (Teleostei: Percichthyidae). Mitochondrial DNA doi:10. 3109/19401736.2014.974174 Cat # Product Quantity 5144-01 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 8 rxns 5144-02 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 48 rxns 5144-03 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit Bundle with DNA Barcodes 1-24 48 rxns 5144-04 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit Bundle with DNA Barcodes 24-48 48 rxns 514101 NEXTflex DNA Barcodes - 6 48 rxns 514102 NEXTflex DNA Barcodes - 12 96 rxns 514103 NEXTflex DNA Barcodes - 24 192 rxns 514104 NEXTflex DNA Barcodes - 48 384rxns 514105 NEXTflex DNA Barcodes - 96 768 rxns 514160 NEXTflex Dual-Indexed DNA Barcodes 768 rxns 514161 NEXTflex Dual-Indexed DNA Barcodes 768 rxns 514120 NEXTflex ChIP-seq Barcodes - 6 48 rxns 514121 NEXTflex ChIP-seq Barcodes - 12 96rxns 514122 NEXTflex ChIP-seq Barcodes - 24 192 rxns 514123 NEXTflex ChIP-seq Barcodes - 48 384 rxns 514124 NEXTflex ChIP-seq Barcodes -9 6 768 rxns - 4 -
NEXTflex PCR-Free DNA Sequencing Kits for Illumina 产品特点 消除扩增的偏差和微弱的序列表达 改进序列基因图谱的绘制 减少二聚体片段 更好的从头测序组合 完全免跑胶的实验方案 更快的建库时间 产品介绍 NEXTflex TM PCR-Free DNA Sequencing Kit 能够提供所有的 DNA 建库试剂盒的优势, 并且不需要扩增 在分析的时候, 扩增 AT 或者 CG 丰富的基因组区域通常会导致核苷酸序列的偏差 使用特殊设计的混合酶的 NEXTflex PCR-Free DNA Sequencing kit 完全不需要扩增, 能够更好的读取序列和减少重复序列, 减少读取序列的成本和偏差, - 5 -
更能有代表性和更好的从头测序 在评估偏差方面, 低质量基因的比 例和高 CG 读取经常不能一致的针对一个参考基因组 消除 PCR 对序列 造成的偏差, 从而更具代表性 PCR 也是形成大量基因副本的原因, 这会增加读取序列的成本, 二聚体的产生以及检测时的杂质 使用 NEXTflex PCR-Free DNA Sequencing Kit, 降低重复序列的数 量, 确保更有代表性的匹配数量的序列 虽然使用 NEXTflex PCR-Free DNA Sequencing Kit 模板生成的数量低于 NEXTflex DNA Sequencing Kit, 但通过 qpcr 定量证实, 从 0.5μg 的 DNA, 能够获得足够多的 300bp-500bp 的 PCR-free 文库用于测序 能够提供 48 种 barcodes 用于多重测序 Cat # Product Quantity 514201 NEXTflex PCR-Free DNA Sequencing Kit 8 rxns 514202 NEXTflex PCR-Free DNA Sequencing Kit 48 rxns 514110 NEXTflex PCR-Free Barcodes - 6 48 rxns 514111 NEXTflex PCR-Free Barcodes - 12 96 rxns 514112 NEXTflex PCR-Free Barcodes - 24 192 rxns 514113 NEXTflex PCR-Free Barcodes - 48 384 rxns - 6 -
RNA 测序的风向标 定量准确流程合理结果优异 NEXTflex qrna-seq Kit NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit NEXTflex Rapid RNA-Seq Kit NEXTflex Rapid Directional RNA-Seq Kit NEXTflex qrna-seq Kit 能够高精度的测量起始 RNA 的浓度 较高的接头连接效率, 产出大量不同的片段 起始量为 10-100ng mrna 或者去除 rrna 的总 RNA 内含 index 序列, 可用于 96 种样品的多重测序 匹配多种自动化建库流程 经过 Illumina 测序平台验证 Bioo Scientific 公司受专利保护的 NEXTflex TM qrna-seq TM Kit, 可以通过 RNA 测序高精准的测定基因表达量 该试剂盒与 Cellular - 7 -
Research 公司合作开发, 建库过程与传统的 RNA 测序建库相同, 但是引入了特定的分子标签 (molecular indexing) 起始步骤与传统的 RNA 建库相似, 将 RNA 样本反转录为 cdna 片段 但是, 在进行 PCR 扩增之前, 所有的 cdna 末端都连接一对接头, 这些接头从 9216 分子标签中随机选出 通过这些标签可区分 PCR 扩增前同一序列的不同的 DNA 拷贝, 这样即使经过了 PCR 扩增步骤也能得到较为准确的该序列的起始量 (figure 1) 使用分子标签信息的分析为基因表达水平提供一个绝对的 数字化的测量, 不需要顾虑大多数 RNA 测序实验中会出现的由于扩增导致的偏差 这个试剂盒对于 ChIP-seq 的定量分析同样有非常好的效果 不同 DNA 分子的随机标记 NEXTflex qrna-seq Kit 包含两套 96 种不同分子标签的测序接头 每个标签由 8 个核苷酸组成 在连接过程中, 与 cdna 片段的浓度相比, 这 96 种接头的浓度是过量的, 因此这些分子标签不会在连接反应结束前被消耗殆尽 每个 cdna 末端独立 随机的从 96 种接头中选择和连接一个单个的接头, 双末端可以选择的组合则有 96 96=9216 种 除了区分 DNA 片段的分子标签外, 该试剂盒还可以用于建库中在 PCR 步骤中作为 barcodes 来区分样品 关于 RNA 测序中分子标签应用更详细的描述, 可阅读我们的产品说明书 多重测序 NEXTflex qrna-seq Kits 包含 barcodes, 因此不需另外购买 barcodes 8 rxn 试剂盒包括 4 个 barcodes 用于多重测序 48 reaction 试剂盒有 4 种不同的版本, 每个都包含 24 种不同的 barcodes, 多达 96 种样品可同时进行测序 - 8 -
Figure 1. 举例, 起始于一个 mrna 转录本的 8 个片段, 连接或没有连接分子标 签的情况 不同的分子标签在每个片段的末端以不同的颜色进行表示 没有连接分子标签的片段的 cdna 的数量不可知, 但是连接有分子标签的片段的 cdna 的数量可测出 NEXTflex Rapid Directional qrna- Seq Kit 制备链特异性的 分子标签标记的文库 能够高精度 定量检测 RNA 转录 较高的接头连接效率, 产出大量不同的片段 比传统的 RNA 测序方案快 2 小时 起始量为 10-100ng mrna 或者去除 rrna 的总 RNA 内含 index, 可用于 96 种样品的多重测序 匹配多种自动化建库流程 与 Illumina HiSeq, MiSeq 和 GAIIx platforms 等测序平台兼容 NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit 能够通过 RNA 测序, 高精度定向性的分析基因的表达 与 Cellular Research 公司联合开发, 这个新的试剂盒进行定向性建库, 与传统的 RNA 测序建库相同, 但是增加了特色的分子标签 NEXTflex Rapid Directional qrna- Seq Kit 可以用于获取 RNA 转录中 DNA 模板链的信息 - 9 -
实验方案 使用 NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit 时,mRNA 或者 rrna-depleted RNA 用阳离子 buffer 片段化 片段化 RNA 首先进行第一链和第二链的合成, 接下来为腺苷酸化 ( 加 A ) 连接接头和 PCR 这个试剂盒与 NEXTflex Rapid Reverse Transcriptase 搭配使用,NEXTflex TM Rapid Reverse Transcriptas 是一种稳定的 耐热的反转录酶, 优于市场上应用于 NGS 的其它反转录酶 NEXTflex Rapid RNA-Seq Kit 比传统的 RNA 建库流程更快全面的解决方案 : 试剂盒中包含 NEXTflex 耐高温快速反转录酶起始量为 :NEXTflex Poly(A) 磁珠富集纯化的 10ng-1μg 的总 RNA 1ng-100ng 分离的 mrna 或者去除 rrna 的总 RNA 多达 96 种 barcodes 可运用于混样建库 Sciclone NGS 和 NGSx 工作站可提供自动化的建库流程通过了 Illumina 测序平台验证正在申请专利的 NEXTflex 快速 RNA 建库试剂盒为 Illumina 的 RNA 单端测序 双端测序和多重测序的建库提供了一个简单 灵活的解决方案 该试剂盒包含 NEXTflex 耐高温快速反转录酶, 大大提高了反转录效率 多重测序 应用于多重测序时, 此试剂盒需要与 NEXTflex RNA-Seq 或者 NEXTflex-96 RNA-Seq Barcodes 一起使用 多达 96 种接头 (Barcodes) 的使用, 使得该试剂盒成为 RNA 测序文库构建通量最高的试剂盒 自动化的 RNA 文库构建流程 Sciclone NGS 和 NGSx 工作站的运用可以让使用 NEXTflex 快速 RNA 建库试剂盒的客户获得一个完美的 RNA 自动化建库流程 - 10 -
mrna 纯化磁珠 在客户使用 NEXTflex 快速 RNA 建库试剂盒进行文库构建时, NEXTflex Poly(A) 磁珠为批量 完整的分离 mrna 提供了理想的解决 方案 NEXTflex Poly(A) 磁珠利用 oligo(dt) 引物, 从前期提取的 10ng- 10μg 总 RNA 中分离出 mrna NEXTflex Rapid Directional RNA- Seq Kit 比传统的 RNA 测序方案快 2 小时 最少的人工操作时间 合理化的实验方案, 减少样本损失 利用基于 dutp 的方法 提供 mrna 链定向检测 稳定的 可靠的实验流程 起始量为 10-100ng mrna 或者去除 rrna 的总 RNA 多达 96 种 barcodes 运用于多重测序 匹配多种自动化建库系统 与 Illumina HiSeq, MiSeq 和 GAIIx platforms 等测序平台兼容 可用于单端或者双端转录组测序 NEXTflex TM Rapid Directional RNA-Seq Kit 利用 mrna 或去除 rrna 的总 RNA, 为单端测序 双端测序和多重测序的建库提供一个 简单 灵活的解决方案 这个试剂盒可以用于获取 RNA 转录中 DNA 模 板链的信息 与普通转录组测序相比, 它更能准确地统计转录本的数 量和确定基因的结构, 同时可以发现更多的反义转录本, 目前被广泛 地应用于研究基因结构和基因表达 调控等领域, 并能够减少每个样 本的测序费用 自动化系统兼容性 NEXTflex Rapid DNA-Seq Library Prep Kit 可与多种自动化建库平 台匹配 目前可以运用于以下平台 :Bioo Scientific 的 SEQBOT NGS - 11 -
Library Prep Automation Platform Beckman 的 Coulter Biomek FXP & FX Dualpod Tecan 的 Freedom EVO NGS Workstation 和 Perkin Elmer 的 SciClone NGS & NGSx 如果想要阅读关于 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 的白皮书, 请关注 http://www.biooscientific.com/whitepapers 多重测序 NEXTflex Rapid Directional RNA-Seq Kit 与 NEXTflex RNA-Seq Barcodes 或者 NEXTflex-96 RNA-Seq Barcodes 一起用于多重测序 这个多达 96 种独立接头的高通量试剂盒适用于 Illumina 的 RNA 测序平台 用于多重测序的 index 为了达到多重测序的目的,Bioo Scientific 除试剂盒以外提供单独的 index, 使研究人员可以灵活的选择实验中所需的 index 数目 分别有 6 12 24 48 和 96 重的 index 使用 NEXTflex RNA-Seq Barcode 和 NEXTflex-96 RNA-Seq Barcodes,index 在接头连接步骤中连接到目标序列 ( 不是在 PCR 过程中 ) 这些 Y 型 barcodes 与 Illumina 的 RNA 测序试剂盒兼容, 包括 NEXTflex Rapid Directional RNA-Seq Kit 和 NEXTflex Rapid RNA-Seq Kit 引用文献 1.Park, S. J., et al. (2014) Optimization of crop productivity in tomato using induced mutations in the florigen pathway. Nature Genetics. 46, 1337 1342. 2.Denzler, R., Agarwal V., Stefano J., Bartel DP. and Stoffel, M. (2014) Assessing the cerna hypothesis with quantitative measurements of mirna and target abundance. Mol. Cell. 54:4 pp 766-76. 3.Nam, J., Rissland, O.S., Koppstein, D. et al. (2014) Global Analyses of the Effect of Different Cellular Contexts on MicroRNA Targeting. Molecular Cell. http://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2014.02.013. - 12 -
NEXTflex qrna-seq Kit Cat # Product Quantity 513001 NEXTflex qrna-seq Kit - 4 8 rxns 513002 NEXTflex qrna-seq Kit - 24 Set A 48 rxns 513003 NEXTflex qrna-seq Kit - 24 Set B 48 rxns 513004 NEXTflex qrna-seq Kit - 24 Set C 48 rxns 513005 NEXTflex qrna-seq Kit - 24 Set D 48 rxns NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit Cat # Product Quantity 513001D NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit - 4 8 rxns 513002D NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit 24 Set A 48 rxns 513003D NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit 24 Set B 48 rxns 513004D NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit 24 Set C 48 rxns 513005D NEXTflex Rapid Directional qrna-seq Kit 24 Set D 48 rxns NEXTflex Rapid Directional RNA-Seq Kit Cat # Product Quantity 513807 NEXTflex Rapid Directional RNA-Seq Kit 8 rxns 513808 NEXTflex Rapid Directional RNA-Seq Kit 48 rxns 513810 NEXTflex Rapid Directional mrna-seq Kit Bundle with RNA-Seq Barcodes 1-24 and beads 48 rxns 513811 NEXTflex Rapid Directional mrna-seq Kit Bundle with RNA-Seq Barcodes 25-48 and beads 48 rxns NEXTflex Rapid RNA-Seq Kit Cat # Product Quantity 513801 NEXTflex Rapid RNA-Seq Kit 8 rxns 513802 NEXTflex Rapid RNA-Seq Kit 48 rxns NEXTflex RNA-seq barcodes Cat # Product Quantity 512911 NEXTflex RNA-seq barcodes - 6 48 rxns 512912 NEXTflex RNA-seq barcodes - 12 96 rxns 512913 NEXTflex RNA-seq barcodes - 24 192 rxns 512914 NEXTflex RNA-seq barcodes - 48 384 rxns 512915 NEXTflex RNA-seq barcodes - 96 768 rxns NEXTflex Poly(A) Beads mrna 纯化磁珠, 应用于 RNA 测序 RNA 起始量为 10ng 10μg 的总 RNA 简化 mrna 文库构建前的准备 基于磁珠纯化的实验方案 无需有机溶剂或沉淀步骤 经过二代测序文库制备的验证 NEXTflex TM Poly(A) Beads 为二代测序中 RNA 建库起始阶段提供 了一个便捷的方式, 批量纯化完整的 mrna 结合有 oligo(dt) 的 磁珠用于从 10ng 10μg 总 RNA 中分离多聚腺苷酸化的 mrna 使用磁 力架高效分离回收 mrna 用较小的体积洗脱完整的 mrna, 无需沉 - 13 -
淀 使用简便 且有较好的实验一致性,NEXTflex Poly(A) Beads 成为 RNA 建库时分离纯化的理想方案 NEXTflex Poly(A) Beads 已应用于以下试剂盒 : NEXTflex Rapid RNA-Seq Kits NEXTflex Rapid Directional RNA-Seq Kits NEXTflex qrna-seq Kits v2 Cat # Product Quantity 512979 NEXTflex Poly(A) Beads 8 rxns 512980 NEXTflex Poly(A) Beads 48 rxns 512981 NEXTflex Poly(A) Beads 100 rxns - 14 -
减少 Sma11 RNA-Seq 建库中的偏差 NEXTflex Small RNA-Seq Kit v2 产品特点 与可减少偏差的随机性接头结合使用, 减少连接偏差比传统的 Illumina small RNA 测序建库更加准确利用 AIR 连接酶, 一种高效的截短型的 T4 RNA 连接酶, 提高测序的深度简洁的工作流程减少了操作时间兼容多种自动化建库流程 48 种 barcodes 运用于多重测序与 Illumina GAIIx 和 HiSeq 2000 等测序平台兼容 产品介绍 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit v2 为减少 small RNA 单个建库和多重建库中产生的偏差, 提供了一个人性化的 灵活的 价格合理的实验方案 该试剂盒应用于 Illumina 测序平台, 受专利保护 - 15 -
Bioo Scientific 随机性接头方案, 可以用来解决 small RNA 测序建库时在连接步骤中产生的偏差, 每种接头序列浓度都要远远高于样本中 small RNA 的浓度 实验表明, 接头连接中产生的偏差主要是由于目标序列连接位点连接的 2-4 个接头序列核苷酸引起的 没有任何一种接头序列可以有效的连接所有的 small RNA, 因此表明目标序列和接头序列是引起偏差的来源 新的 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit v2 使用随机接头, 可以让任何 small RNA 找到 与之匹配的理想接头, 显著的降低了 RNA 测序建库中的偏差 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit v2 与 AIR 连接酶一起使用,AIR 连接酶是一种截短型的 T4 RNA 连接酶, 可以增强 small RNA 与接头的连接效率, 增加测序深度 创新性的 NEXTflex 接头连接技术与 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit v2 同时使用, 可大幅度减少接头二聚体的形成, 降低接头二聚体的污染, 提高测序片段的质量和数量 减少连接偏差 Bioo Scientific 受专利保护的随机接头, 可以减少连接偏差, 使研究人员可以检测出 small RNA 的真实的表达水平 Figure 1.small RNA 测序中使用标准接头与测序时使用 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit v2 中的随机接头比较 23 个等摩尔的合成 mirna 建库 饼状图中的每个分块代表一种 mirna - 16 -
多重样本 12 种 NEXTflex Small RNA Barcode 分 4 种套装 (A-D), 内含 index 序列, 可有效的进行多重测序, 且更具灵活性 引物 barcoding 系统利用 6 个核苷酸的 index, 可在一个流动槽中区分 48 种不同的样本 microrna 测序和微阵列数据的相关性 Figure 2. 使用两种随机接头 (A) 和一种随机接头加一种标准接头 (B) 相对比的 mirna 测序和微阵列数据的相关性 数据说明使用两种随机接头对于减少连接偏差的重要性 为了满足客户对于大批量订购的要求, 我们可以定制和散装 ; 为了提高订购灵活性, 可以购买其中个别试剂 如果想知道更多的信息, 请联系 info@sbsbio.com 引用文献 1.Baker M MicroRNA profiling: separating signal from noise. Nat. Methods 2010;7:687-692. 2.Evrony, GD, et. al. (2012) Single-neuron sequencing analysis of L1 retrotransposition and somatic mutation in the human brain. Cell 151:483-96 3.Jayaprakash, A. D., Jabado O., Brown, B. D. and Sachidanandam, R. (Sept 2, 2011), Identification and remediation of biases in the activity of RNA ligases in small-rna deep sequencing Nuc Acid Res, 1 12. - 17 -
doi:10.1093/nar/gkr693 4.Nakashe, P. et al. (2011) Adapter Dimer Reduction in High- Throughput microrna Profiling. OMICS 1(1): 6-11. 5.Baran-Gale, J. et al. (2013) Massively differential bias between two widely used Illumina library preparation methods for small RNA sequencing. BioRxiv. 6.Hafner, M. et al (2011) RNA-ligase-dependant-biases in mirna representation in deep sequenced small RNA libraries. RNA. 17. 1697-1712. 7.Zhang, et al. (2013) High-efficiency cloning enables accurate quantification of mirna expression by deep sequencing. Genome Biology 14 R109. 8.Sun, G. (2011) A bias-reducing strategy in profiling small RNAs using Solexa. RNA. 17: 2256-2262 Cat # Product Quantity 513201 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit 24 513202 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit 48 513203 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit v2 24 513204 NEXTflex Small RNA Sequencing Kit v2 48 513305 NEXTflex Small RNA Barcode Primers (Set A) 48/96 rxns 513306 NEXTflex Small RNA Barcode Primers (Set B) 48/96 rxns 513307 NEXTflex Small RNA Barcode Primers (Set C) 48/96 rxns 513308 NEXTflex Small RNA Barcode Primers (Set D) 48/96 rxns - 18 -
运用甲基化 DNA 免疫共沉淀 (MeDIP) 或者甲基化 CpG 区域捕获 (MeCAP) 来富集甲基化片段并建库 NEXTflex Methyl-Seq 1 Kit 产品特点 通过较高的全基因组覆盖率来评估甲基化水平运用甲基化 DNA 免疫沉淀 (MeDIP) 或者甲基化 CG 区域捕获 (MeCAP) 来富集甲基化片段并建库绝对定量 DNA 甲基化水平鉴别不同甲基化区域 (DMRs) 与 NEXTflex Ligation 一起使用, 获得较高的接头连接效率 6 12 24 48 96 重接头为建库提供多种选择采用磁珠纯化, 无需电泳兼容多种自动化建库流程多重建库的接头中包含 index 序列与 Illumina HiSeq, MiSeq 和 GAIIx platforms 等测序平台兼容 - 19 -
产品介绍 NEXTflex Methyl-Seq 1 Kit 用于富集甲基化 DNA, 进行单端测序 双端测序和多重测序建库, 兼容于 Illumina 测序平台 NEXTflex Methyl-Seq Kit 运用甲基化 DNA 免疫共沉淀 (MeDIP) 或者甲基化 CpG 区域捕获 (MeCAP) 检测 DNA 甲基化区域, 使用者可以非常容易的评估基因组的甲基化水平 这个试剂盒的特色 Enhanced Ligation Adapter Technology 可在建库时生成大量的不同的测序片段 NEXTflex 连接酶混合液的优势在于, 连接步骤中可连接更长的接头并可达到更好的连接效率 酶预混液 磁珠纯化来简化甲基化检测, 可减少测序工作者移液步骤和建库消耗的时间 NEXTflex 和 NEXTflex-96 DNA Barcodes 与 NEXTflex Methyl-Seq 1 Kit 配合适用于多重建库 这些试剂盒包含 index 序列, 改进了多重建库实验流程, 样本起始量也可进行灵活的选择 此外, NEXTflex DNA Barcodes 有多达 96 种接头用于多重测序 此试剂盒包含自动化建库版本, 允许 96 种样本, 多达 768 次反应 这些接头分别有 6 12 24 48 96 和 384 重这几种套装,192 的套装不久之后也将面世 该实验方法可有效的减少实验耗时, 获得稳定的实验数据 NEXTflex 和 NEXTflex-96 DNA Barcodes 可用于单端测序 双端测序和多重测序 microrna 测序和微阵列数据的相关性 样本 捕获片段 PCR 循环数 捕获方法 测序方式 Reads Mapped DMRs 覆盖率 mcs 覆盖率 H1 25-27 10 MeDIP HDF - 9 MeDIP HDF - 9 MeCAP 单端测序 双端测序 双端测序 120,154,231 87.89% 91.38% 79,286,174 88.93% 93.49% 76,884,138 89.63% 94.50% HDFiPSC 15 8 MeCAP 双端测序 83,290,387 83.34% 87.64% - 20 -
Figure 1. 四种甲基化组测序中, 使用 MeDIP 和 MeCAP 两种方法富集甲基化片段, 较高的基因组覆盖率使检测到的甲基化胞嘧啶达到 87-94% 使用两种不同方法进行 DNA 甲基化检测时, 与体细胞相比, 多能干细胞的覆盖率有很大的不同 Cat # Product Quantity 511801 NEXTflex Methyl-Seq 1 Kit 8 rxns 511802 NEXTflex Methyl-Seq 1 Kit 48 rxns 514101 NEXTflex DNA Barcodes - 6 48 rxns 514102 NEXTflex DNA Barcodes - 12 96 rxns 514103 NEXTflex DNA Barcodes - 24 192 rxns 514104 NEXTflex DNA Barcodes - 48 384 rxns 514105 NEXTflex DNA Barcodes - 96 768 rxns 如果需大量订购, 或有定制 散装订购的要求, 请联系 info@ sbsbio.com 引用文献 Winans, B., et al. (2015) Linking the Aryl Hydrocarbon Receptor with Altered DNA Methylation Patterns and Developmentally Induced Aberrant Antiviral CD8+ T Cell Responses. The Journal of Immunology. 194:9, 4446-4457. - 21 -
试剂盒可用于简化的表观亚硫酸氢盐测序 (Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS) 和全基因组亚硫酸氢盐测序 (whole genome bisulfite sequencing,wgbs) NEXTflex Bisulfite Sequencing Kit 产品特点 可用于全基因组亚硫酸氢盐测序和简化的表观亚硫酸氢盐测序分辨单碱基甲基化位点尿嘧啶不敏感聚合酶被用于扩增亚硫酸氢盐处理后的 DNA 通过较高的全基因组覆盖率来评估甲基化组水平与 NEXTflex Ligation 一起使用, 获得较高的接头连接效率基于磁珠纯化方法匹配多种自动化建库流程甲基化接头内含 index 序列可用于多重测序与 Illumina HiSeq, MiSeq 和 GAIIx platforms 等测序平台兼容 产品描述 NEXTflex TM Bisulfite-Seq Kit 可用于简化的表观亚硫酸氢盐测序和 - 22 -
全基因组亚硫酸氢盐测序的文库制备, 并且适用于 Illumina 测序平台上的单端测序 双端测序和多重测序建库 NEXTflex Bisulfite-Seq Kit 也可不使用 Msp1 限制性内切酶达到简化表观测序的目的,Msp1 限制性内切酶可以单独购买, 其有效的酶切位点为 CCGG, 用于将 CpG 区域富集出来, 从而达到更高的测序精度 NEXTflex Bisulfite-Seq Kit 同样可不使用 Msp1 限制性内切酶, 来进行全基因组甲基化测序分析, 包括检测不能在 RRBS 方法中被富集的 CpG 区域 Enhanced Ligation Adapter Technology 试剂盒的特色, 可在建库时生成大量独特的测序序列 NEXTflex 连接酶混合液的优势在于, 连接步骤中可连接更长的接头, 并可达到更好的连接效率 NEXTflex Bisulfite-Seq Kit 是一款有较高通用性, 用于全基因组甲基化位点检测的试剂盒 通过使用酶预混液 磁珠纯化来简化甲基化检测, 可减少测序工作者移液步骤和建库消耗的时间 mcg 浓度的层次聚类 Figure 1. 四种甲基化组测序中, 使用 MeDIP 和 MeCAP 两种方法富集甲基化片段, 较高的基因组覆盖率使检测到的甲基化胞嘧啶达到 87-94% 使用两种不同方法进行 DNA 甲基化检测时, 与体细胞相比, 多能干细胞的覆盖率有很大的不同 区域包含长度 1-12kb 范围的 1.83Mb 图中展示 ES 和 ipsc DNA 甲基化组中 mcg 密度的层次聚类多重测序 NEXTflex Bisulfite-Seq Barcodes, 包含 6 12 或者 24 重接头, 可与 NEXT-flex Bisulfite-Seq Kit 搭配使用 ; 也可适用于其他 Illumina 兼容的 bisulfite 测序方法 不同于其他 NEXTflex Barcodes, NEXTflex Bisulfite-Seq Barcodes 经过甲基化修饰 NEXTflex Bisulfite- Seq Barcodes 可提高建库的灵活性, 进行多重测序建库 NEXTflex - 23 -
Bisulfite-Seq Barcodes Kits 中含 6 个核苷酸的 index, 可在一个流动槽中 进行多重建库, 扩大测序规模的同时减少成本 这些接头可与 NEXTflex Bisulfite-Seq Kits 搭配用于单端测序 双 端测序和多重测序 Cat # Product Quantity 511901 NEXTflex Bisulfite-Seq Kit 8 rxns 511902 NEXTflex Bisulfite-Seq Kit 48 rxns 511911 NEXTflex Bisulfite-Seq Barcodes - 6 48 rxns 511912 NEXTflex Bisulfite-Seq Barcodes - 12 96 rxns 511913 NEXTflex Bisulfite-Seq Barcodes - 24 192 rxns 511921 NEXTflex Msp1 Restriction Enzyme 8 rxns 511922 NEXTflex Msp1 Restriction Enzyme 48 rxns 引用文献 1.MethylC-Seq Library Preparation for Base-Resolution Whole- Genome Bisulfite Sequencing - Nature Protocols 10, 475 483. 2.Agarwal, P., et al. (2015)CGGBP1 Mitigates Cytosine Methylation at Repetitive DNA Sequences. BMC Genomics, 16:390. 3.Berg, A., et al. (2015) Obesity is Associated With DNA Methylation in Population-Based Adolescents. Circulation. Poster: 131:AP260, Session Title: Obesity. 4.Urich, M. A., Nery, J. R., Lister, R., Schmitz, R. J. and Ecker, J. R. (2015) MethylC-seq library preparation for base-resolution wholegenome bisulfite sequencing. Nature Protocols 10, 475 483. doi:10.1038/ nprot.2014.114. 5.van der Graaf, A., et al. (2015) Rate, spectrum, and evolutionary dynamics of spontaneous epimutations. PNAS, doi: 10. 1073/ pnas.1424254112. - 24 -
NEXTflex 16S V4 Amplicon-Seq Kit for Illumina 产品特点 快速两步建库方案 灵活的 barcode 选择 包含 4,12,24,48,96,288 多种组合接头 兼容自动化操作流程 具有成本效益的建库方案 只需要 50ng 的起始样本 与 Illumina MiSeq 和 HiSeq 测序平台完美兼容 产品描述 NEXTflex TM 16S V4 Amplicon-Seq Kit 在 Illumina MiSeq 和 HiSeq 测序平台经过确认 这个试剂盒让使用者只要两个小时就能完成从样 本到文库的制备, 具有成熟的技术方案 NEXTflex 16S V4 Amplicon- Seq Kit 提供两步法, 无需跑胶, 从而使建库时间缩短到两小时, 同 时允许自动化的细菌宏基因组的研究 它包含两个主要的步骤 : 扩增 和纯化 NEXTflex 16S V4 Amplicon-Seq 包含与第 4 超变量微生物 16S - 25 -
rrna 杂交的引物, 允许 rrna 基因的扩增和测序变量区域 Cat # Product Quantity 420101 NEXTflex 16S V4 Amplicon-Seq Kit (4 Barcodes) 16 rxns 420102 NEXTflex 16S V4 Amplicon-Seq Kit (12 Barcodes) 48 rxns 420103 NEXTflex 16S V4 Amplicon-Seq Kit (24 Barcodes) 96 rxns 420104 NEXTflex 16S V4 Amplicon-Seq Kit (48 Barcodes) 192 rxns 420105 NEXTflex 16S V4 Amplicon-Seq Kit (96 Barcodes) 384 rxns 420107 NEXTflex 16S V4 Amplicon-Seq Kit (288 Barcodes) 1152 rxns - 26 -
NEXTflex ChIP Sequencing Kits for Illumina 产品特点 需要 1-10ng 的起始样本 ; 使用染色质免疫沉淀或基因组 DNA 样本 ; 更快的流程 磁珠纯化减少建库时间 ; 增强的连接技术提供了大量独特的测序序列 ; 包含 index 序列的 96 种 barcodes 用于多重测序 ; 匹配自动化工作流程 ; 灵活的 barcodes 选择 包含 6,12,24,48,96 barcodes; 兼容 Illumina GAIIx, HiSeq 和 MiSeq 测序平台 产品介绍 NEXTflex ChIP-Seq Kit 包含专门设计的酶和缓冲液, 染色质免 疫沉淀反应制备 DNA 或者二代测序小基因组 DNA 样本 NEXTflex ChIP-Seq Kit 具有 Bioo Scientific 的专利技术, 产生大量独特的测序序 - 27 -
列 用一种改进的混合连接酶, 该连接可以获得较长的连接序列和更好的连接效率 NEXTflex ChIP-Seq Kit 简化了工作流程, 通过混合试剂和基于磁珠的纯化, 在文库构建的时候减少了移液的步骤和时间 Cat # Product Quantity 514301 NEXTflex ChIP-Seq Kit 8 rxns 514302 NEXTflex ChIP-Seq Kit 48 rxns 514120 NEXTflex ChIP-seq Barcodes - 6 8 rxns 514121 NEXTflex ChIP-seq Barcodes - 12 48 rxns 514122 NEXTflex ChIP-seq Barcodes - 24 96rxns 514123 NEXTflex ChIP-seq Barcodes - 48 192 rxns 514124 NEXTflex ChIP-seq Barcodes -96 384rxns - 28 -
NEXTflex BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for Illumina Sequencing 产品特点 完全覆盖 BRCA1 和 BRCA2 基因 ; 100% 均一化所有编码的外显子和内显子 - 外显子界限 ; 提供最短的文库构建时间 需要更少的起始样品的 2 小时建库流程 ; 在单个 2 300 的 MiSeq 流动槽里, 遗传突变在 384 个样品的多路检测的深度是 100, 体细胞突变在 14 个样本的多路检测深度是 2000 ; 完整的目标测序解决方案, 包含特殊的 DNA 引物 PCR 混合液和 384 种 barcodes; 更低的样本起始量 只需要 20ng 来自新鲜或者冷冻组织或血液的 DNA 产品描述 NEXTflex BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel 是一个完整的, 经过验证的实验解决方案, 针对所有目标 BRCA1 & BRCA2 基因中的外显子使用 130 个 PCR 引物对 该试剂盒仅仅需要 20ng 的新鲜或冷冻的 DNA 样本, 不适用于福尔马林固定石蜡包埋样本和线粒体样本 方便 - 29 -
的预先设计可以让研究者将注意力集中在数据生成和分析, 而不是劳动密集型的引物设计和目标选择 竞争性产品通常需要几个小时来完成, 而 NEXTflex BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel 产生兼容 Illumina 的文库只用 2 小时 Cat # Product Quantity NEXTflex BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Illumina-Compatible 4220-01 (8 Barcodes) NEXTflex BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Illumina-Compatible 4220-02 (48 Barcodes) NEXTflex BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Illumina-Compatible (Barcodes 4220-03 1-96) NEXTflex BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Illumina-Compatible (Barcodes 4220-04 97-192) NEXTflex BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Illumina-Compatible (Barcodes 4220-05 193-288) NEXTflex BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Illumina-Compatible (Barcodes 4220-06 289-384) 8 rxns 48 rxns 96 rxns 96 rxns 96 rxns 96 rxns 更多信息请浏览 http://www.sbsbio.com/ngs/ - 30 -
NGS 文库构建服务 DNA 文库构建 流程介绍 DNA 文库构建始于随机断裂的 DNA, 经过末端补平 接头连接 及 PCR 扩增三个简单步骤, 生成可适用于 Illumina 测序的文库 流程优势 流程简单 :2 小时候以内即可完成 ; 起始 DNA 样本灵活 :1ng-1μg; 覆盖范围广 - 31 -
价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib DNA 文库构建 < 48 lib 48 96 lib 待询待询 无需 PCR 反应的 DNA 文库构建流程介绍 末端补平 ; 3 端加 A ; 连接接头 ; 磁珠纯化 流程图 - 32 -
流程优势 消除扩增的偏差和微弱的序列表达 改进序列基因图谱的绘制 减少二聚体片段 更好的从头测序组合 完全不需要胶回收的实验方案 更快的建库时间 价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib 免 PCR DNA 文库构建 < 48 lib 48 96 lib 待询待询 表观亚硫酸氢盐和全基因组亚硫酸氢盐文库构建 流程介绍 亚硫酸氢盐修饰基因组 DNA; 修饰后 DNA 纯化回收 ; 纯化后 DNA 用于 PCR 扩增, 生成可用于 Illumina 测序的文库 - 33 -
流程图 流程优势 可用于全基因组亚硫酸氢盐测序和简化的表观亚硫酸氢盐测序 ; 分辨单碱基甲基化位点 ; 尿嘧啶不敏感聚合酶被用于扩增亚硫酸氢盐处理后的 DNA ; 通过较高的全基因组覆盖率来评估甲基化组水平 ; 与 NEXTflex Ligation 一起使用, 获得较高的接头连接效率 ; 基于磁珠纯化方法 ; 匹配多种自动化建库流程 ; 甲基化接头内含 index 序列可用于多重测序 ; 与 Illumina HiSeq, MiSeq 和 GAIIx platforms 等测序平台兼容 - 34 -
价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib 表观亚硫酸氢盐和全基因组亚硫酸氢盐文库构建 < 48 lib 48 96 lib 待询待询 甲基化 CpG 区域捕获文库构建流程介绍 双链 DNA 末端修复及 3 末端加 A ; 使用特定的测序接头连接 DNA 片段两端 ; 高保真聚合酶扩增构建的测序文库 流程图 - 35 -
流程优势 通过较高的全基因组覆盖率来评估甲基化水平 ; 运用甲基化 DNA 免疫沉淀 (MeDIP) 或者甲基化 CG 区域捕获 (MeCAP) 来富集甲基化片段并建库 ; 绝对定量 DNA 甲基化水平 ; 鉴别不同甲基化区域 (DMRs); 与 NEXTflex Ligation 一起使用, 获得较高的接头连接效率 ; 6 12 24 48 96 重接头为建库提供多种选择 ; 采用磁珠纯化, 无需电泳 ; 兼容多种自动化建库流程 ; 多重建库的接头中包含 index 序列 ; 与 Illumina HiSeq, MiSeq 和 GAIIx platforms 等测序平台兼容 价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib 甲基化 CpG 区域捕获文库构建 < 48 lib 48 96 lib 待询待询 流程介绍 qrna 文库构建 PolyA 挑选 RNA; 逆转录合成 cdna; 腺苷化, 补平 ; 连接, 进行 PCR 扩增 - 36 -
流程图 流程优势 能够高精度的测量起始 RNA 的浓度 ; 较高的接头连接效率, 产出大量不同的片段 ; 起始量 10-100ng mrna 或者去除 rrna 的总 RNA; 内含 index 序列, 可用于 96 种样品的多重测序 ; 匹配多种自动化建库流程 ; 经过 Illumina 测序平台验证 价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib qrna 文库构建 < 48 lib 48-96 lib 待询待询 - 37 -
small RNA 文库构建 流程介绍 3 端连接 ; 5 端连接 ; RNA 逆转录 cdna; PCR 扩增 流程图 - 38 -
流程优势 与可减少偏差的随机性接头结合使用, 减少连接偏差 比传统的 Illumina small RNA 测序建库更加准确 利用 AIR 连接酶, 一种高效的截短型的 T4 RNA 连接酶, 提高测序的深度 简洁的工作流程减少了操作时间 兼容多种自动化建库流程 48 种 barcodes 运用于多重测序 与 Illumina GAIIx 和 HiSeq 2000 等测序平台兼容 价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib Small RNA 文库构建 < 48 lib 48-96 lib 待询待询 定向 RNA 文库构建 流程介绍 Poly(A) 筛选 mrna 第一条链合成及第二条链合成 加 A 及加接头 糖基化酶处理 PCR 扩增 - 39 -
流程图 流程优势 比传统的 RNA 测序方案快 2 小时 最少的人工操作时间 合理化的实验方案, 减少样本损失 利用基于 dutp 的方法 提供 mrna 链定向检测 稳定的 可靠的实验流程 起始量 10-100ng 的 mrna 或者去除 rrna 的总 RNA 多达 96 种 barcodes 运用于多重测序 匹配多种自动化建库系统 与 Illumina MiSeq 和 HiSeq 测序平台完美兼容 价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib 定量 RNA 文库构建 < 48 lib 48-96 lib 待询待询 - 40 -
16S V4 扩增子文库构建流程介绍 加入 V4 区的前端引物和后端引物 ; PCR 扩增 ; 纯化 流程图 流程优势 快速两步建库方案 ; 灵活的 barcode 选择 包含 4,12,24,48,96,288 多种组合接头 ; 兼容自动化操作流程 ; 具有成本效益的建库方案 ; 只需要 50ng 的起始样本 ; 与 Illumina MiSeq 和 HiSeq 测序平台完美兼容 价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib 16S V4 区文库构建 < 48 lib 48-96 lib 待询待询 - 41 -
染色质免疫沉淀文库构建流程介绍 免疫沉淀染色质 ; 末端补平, 加 A ; 连接接头 ; DNA 片段筛选,PCR 扩增 ; 磁珠纯化 流程图 - 42 -
流程优势 需要 1-10ng 的起始样本 ; 使用染色质免疫沉淀或基因组 DNA 样本 ; 更快的流程 磁珠纯化减少建库时间 ; 增强的连接技术提供大量独特的测序序列 ; 包含 index 序列的 96 种 barcodes 用于多重测序 ; 匹配自动化工作流程 ; 灵活的 barcode 选择 包含 6,12,24,48,96 barcodes; 兼容 Illumina GAIIx, HiSeq 和 MiSeq 测序平台 价格 服务项目文库数量价格 ( 元 )/lib 染色质免疫沉淀文库构建 < 48 lib 48-96 lib 待询待询 更多信息请浏览 http://www.sbsbio.com/ngs/ - 43 -