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2 Course No will lead you Computational Biology / Bioinformatics? NIH Computational Biology (The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological, behavioral, and social systems. ) Bioinformatics (Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire, store, organize, archive, analyze, or visualize such data.) Bioinformatics Computational Biology

3 Walter Gilbert (1932- ) Harvard University W. Gilbert, Towards A Paradigm Shift in Biology, Nature, 1991

4

5 / 3 /3 2 hqzhu@pku.edu.cn Tel: (office) URL OR ~ % 60%

6 1. Zeelebil Pevsner HGP

7 ( ) ( ) Why HGP 1961 Kennedy (HGP Human Genome Project) (1962 Kennedy Rice )

8 DNA DNA: ( ) A, C, G, T Gene DNA (Genome) Winkles 1920 GENes+chromosOEs ( ) ( ) bp 2

9 HGP DNA Dulbecco Science : (DOE) 1987 NIH Watson James Watson Walter Gilbert HGP HGP DNA Watson,1990, Science

10 HGP 15 ( )30 DNA 10 4 HGP DNA HGP 1995 (H. inf) 1996 H. inf Saccharomyces cerevisiae Caenorhabditis elegans

11 1997 (E. coli) 1998 Celera Celera Celera Nature Science Celera Drosophila melanogaster Arabidopsis thaliana

12 Nature Science At the White House on June 26, 2000, Francis Collins (r), Director of the National Human Genome Research Institute, President Clinton, and J. Craig Venter, President of Celera Genomics, lauded the thousands of scientists who contributed to the genome sequence.

13

14

15 17,075 (Archaea) 202 (Archaeal virus) 66 (Bacteria) 3,316 2 (Eukaryo) 179 (Virus) 4,026 (Viroid) 60 (Phage) 2,010 (Organelle) 6,149 (Plasmid) 1,

16 Gene-swapping collectives Microbiota Microbiome Metagenomics Microbiome DNA

17 %

18

19

20

21 Celera HGP /

22 5 The Sun, the Genome, and the Internet Tools of Scientific Revolution Freeman Dyson HGP HGP Pandora's Box It s never the same!

23 DNA DNA X 1.2 /

24 1 2 / 3 high throughput data 1phenotypes 23 sequence polymorphism 4 5 PPI 6 DNA trans 7 open chromatin 8 nucleosome occupancy 9 DNA methylation 10 epigenetic modifications on histones 11 Comparative Toxicogenomics Database (CTD) non-coding RNA RNA editing data

25

26

27

28 Walter Gilbert (1932- ) Harvard University, Biological Laboratories W. Gilbert, Towards A Paradigm Shift in Biology, Nature, 1991 / 2121 /

29 Bioinformatics Dr. Hwa A. Lim 1987 Bio-informatique Bioinformatics 1955 University of Texas at DallasAdjunct Professor 1981 Imperial College, London University 1986 Rochester University D Trends / / DNA RNA DNA

30 When I give talks to young scientists seeking advice about areas of future intense scientific excitement, computational biology is my number one recommendation. Francis Collins, Director of HGP at NIH The next step in the project is the interpretation phase. That is really the fun part of the whole project because then we finally have the complete order of all layers of genetic codes and we have to discover what it all means. J. Craig Venter, Head of Celera Genomics Inc.

31 ( ) ( ) 1.3 /

32 1 DNA RNA data-mining, knowledge discovery

33 ( ) ( ) ( )

34 McCulloch-Pitts

35 / / RNA RNA / / Motif (HMM) ()

36 2 DNA RNA

37 Predict the dynamics of systems so that the validity of the underlying assumptions can be tested. 1 2 (Computation) (System Analysis) (New Biotechnologies) (Systems Biology) (Experimental Data)

38 System Nodes Edges (Systems Biology) (General Biology) (Experimental, Theoretical, Computational Biology ) (Biotechnology)

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