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1 DOH94-DC-1019 参 1
2 参 2
3 ABSTRACT Research purposes: Enterovirus 71 (EV71) and Coxsackievirus B (CVB) infections can lead to devastating clinical outcomes in children, with increasing number of severe cases worldwide lately. It would be important to study the molecular evolution of these viruses to implement the related measurements for prevention. Research Methods: The genetic and antigenic variability of EV71 strains isolated in Taiwan from 1998 to 2004 was evaluated by partial nucleotide sequencing of the VP1 gene and neutralization assay. We also analyzed the nucleic acid sequences of CVB3 isolated from 2004 and 2005 in Taiwan area. Main findings: Phylogenetic analyses showed that most EV71 from the 1998 epidemic belonged to the sub-genogroup C2, while small portion of them were the sub-genogroups B1 and B4. The following five years between , EV71 strains classified into the sub-genogroup B4 became most prevalent, with a conversion of the predominant sub-genogroup to the C4 in Antibodies raised in rabbits or collected from infected patients were able to neutralize EV71 virus stocks to high efficacies regardless of the sub-genogroup of the challenging virus. While there was high sequence homology for the CVB3 isolates from the year 3
4 of 2004 and 2005, they exhibited significant diversity from those isolated in Conclusions and Suggestions: The presence of phylogenetically distinct yet antigenically similar populations of EV71 in Taiwan is of concern for herd immunity and vaccine development. Analysis of sequences of the Taiwan CVB3 strains provided the molecular evolution, benefiting development of the approaches for control of the virus. Keywords: Enterovirus 71; Coxsackievirus B3; Molecular evolution; Phylogenetic tree; neutralizing antibody (acute flaccid paralysis) 4
5 RDHEp-2Vero (cytopathic effectcpe) ( IFA ) (Chemicon) 5
6 RNA (RT) 酶 (PCR) (virus stock) TRIZOLGibco, BRL isopropanol RNA 50 µl 5 µl 75 mm KCl50 mm Tris-HCl3 mm MgCl 2 10 mm DTT0.5 mm dntp RNasin 38 U/ul50 pmole (antisense primer) #162 #159: ACY ATG AAA YTG TGC AAG G #162: CCR GTA GGK GTR CAC GCR AC 23,24 VP1 cdnacdna 50 mm KCl10 mm Tris-HCl 1.5 mm MgCl 2 0.1Triton-X 100 dntp 5 units Taq polymerasepromega Inc, WI, USA 94 denature % agarose QIA quick-gel extraction kit (Qiagen) (RT) 酶 RT-PCR Sanger dideoxy cycle sequencing reaction (PE Applied Biosystems) cycle sequencing reaction RT-PCR 6
7 ( Phylogenetic tree ) Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) version 2.1 Neighbor-joining Kimura 2 parameter (Bootstrap) 1, ~ µl PFU 37CO 2 0.5ml2% (Noble agar) (titer) 5CC TCID 7
8 苷 8
9 9
10 苷 10
11 疱 11
12 12
13 苷 苷 13
14 VP1 苷 ; (herd immunity) 14
15 1. Racaniello, V. R. (2001). Picornaviridae: the viruses and their replication. In Fields Virology, fourth ed., vol. 1, pp Edited by Knipe, D.M. & Howley, P.M. Philadelphia: Lippincott Williams 2. Brown BA, Pallansch MA. Complete nucleotide sequence of enterovirus 71 is distinct from poliovirus. Virus Res. Dec 1995;39(2-3): AbuBakar S, Chee HY, Al-Kobaisi MF, Xiaoshan J, Chua KB, Lam SK. Identification of enterovirus 71 isolates from an outbreak of hand, foot and mouth disease (HFMD) with fatal cases of encephalomyelitis in Malaysia. Virus Res. May 1999;61(1): Fujimoto T, Chikahira M, Yoshida S, et al. Outbreak of central nervous system disease associated with hand, foot, and mouth disease in Japan during the summer of 2000: detection and molecular epidemiology of enterovirus 71. Microbiol Immunol. 2002;46(9): Ho M, Chen ER, Hsu KH, et al. An epidemic of enterovirus 71 infection in Taiwan. Taiwan Enterovirus Epidemic Working Group. N Engl J Med. Sep ;341(13): Lin TY, Twu SJ, Ho MS, Chang LY, Lee CY. Enterovirus 71 outbreaks, Taiwan: occurrence and recognition. Emerg Infect Dis. Mar 2003;9(3): McMinn P, Stratov I, Nagarajan L, Davis S. Neurological manifestations of enterovirus 71 infection in children during an 15
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19 1A B4 B3 Genogroup B B2 B1 C1 C3 C2 Genogroup C C4 Genotype A CA
20 1B MAA00B MAA99B M0200TW 00 M0177TW B N5101TW MAA97B MAA97B MAA00B4 S1971-SAR-03MAB4 S19741-SAR-03MAB MAA97B MAA97B MAA97B MAA97B3 B MAA97B3 EV71MS 8102-W A87-B PA87-B W A87-B OH82-B2 B OR83-B ND79-B NY77-B NM78-B TN80-B VNR3 TW A US 74-B 1 B NY72-B A US 74-B A US 74-B 1 BrCr-USA70-A 20
21 1C NCKU9822 TW TW TX97-C OK97-C2 2381MA 2641-AUS95-C AUS95-C MAA97-C MAA97-C NM94-C CAN91-C VA95-C CT94-C CT94-C1 001-KOR-00-C3 KOR-EV71-07-C3 013-KOR-00-C3 KOR-EV71-06-C3 KOR-EV71-05-C3 H25-CHN-00-C4 SHH02-17CHN R1 HK1159 F1-CH-00-C CHN-CQ SHZH03-China BrCr-USA70-A C C1 99 C3 88 C4
22 2 22
23 23
24 24
25 VP1 EV71 subgenotypes Comparison %Homology range Mean % homology Within B Within B Within C Within C B2 B B2 C B2 C B4 C B4 C C2 C B1 A B4 A C2 A C4 A B1 B B1 B B1 C B1 C B2 B B4 B C2 B C4 B B2 C B4 C C2 C C4 C B2 C B4 C C2 C C4 C
26 EV71 subgenotypes Comparison %Homology range Mean % homology Within B Within B Within C Within C B2 B B2 C B2 C B4 C B4 C C2 C B1 A B4 A C2 A C4 A B1 B B1 B B1 C B1 C B2 B B4 B C2 B C4 B B2 C B4 C C2 C C4 C B2 C B4 C C2 C C4 C
27 a b Sera Virus B C c EV71B B1 > B2 > B3 >1024 >1024 B4 > B5 > B6 > B7 >1024 >1024 d EV71C C1 > C2 > C3 > C4 > C5 > C6 > # # B5 <8 <8 疱 <8 <8 16 <8 <8 a ) ( b ( ) c B d C 27
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