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1 土壤生物学研究前沿 贺纪正 中国科学院生态环境研究中心, 北京 School of Agriculture and Food, University of Melbourne 中国土壤学会第十三届二次理事扩大会议暨 健康土壤助推绿色发展 学术研讨会安徽合肥 2017 年 9 月 日

2 课题组研究方向 课题组名称 : 土壤微生物生态学 课题组归属 : 本研究组隶属于城市与区域生态国家重点实验室和中澳联合土壤环境研究室 主要研究方向 : 土壤微生物的组成 多样性 分布特征 C/N/S/Mn 等元素微生物转化的过程与机理污染土壤的生态风险评价及修复

3 Molecular Soil Ecology Group and Laboratory Soil microbial ecology Microbial processes of N transformations and N use efficiency Environmental fate of antibiotic resistance genes 招收博士生 博士后 访问学者, 发展国际合作

4 澳中健康土壤健康食品联合研究中心 Australia-China Joint Research Centre of Healthy Soils for Healthy Food (1) Soil resource and nutrient management, (2) Agricultural waste management, (3) Soil pollution and remediation, (4) Healthy soil indicators.

5 报告内容 土壤生物学及其研究意义 土壤生物组成及其多样性 土壤氮素循环和氨氧化菌 研究展望

6 土壤生物学 简介 土壤生物学是研究土壤生物组成与结构, 土壤生物与生物及与环境相互作用, 以及土壤生物在土壤元素循环 肥力培育 污染修复和全球变化等中的作用的科学 土壤生物包括病毒 细菌 真菌 原生动物和无脊类动物等, 其生物多样性极其丰富, 是陆地生态系统元素转化和物质循环的主要驱动者, 是土壤肥力形成和保育的核心动力, 是维持土壤健康和生态服务功能的重要保障 土壤生物学研究方向包括土壤生物组成和多样性, 土壤生物网络和生态系统, 土壤生物时空演变特征, 土壤生物与物质循环 元素转化和能量代谢, 土壤微生物与植物相互作用, 土壤生物与土壤污染, 土壤生物与全球变化, 土壤生物学研究技术及应用等 该报告将结合国内外研究进展阐述前沿领域科学问题, 结合实际介绍土壤生物学在相关环境科学与技术领域的应用

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8 单位体积土壤所含微生物量 1 cm 3 农田土壤 数十亿个细菌细胞 1 万个原生动物 5 公里长真菌菌丝

9 联合国人口基金会统计全球人口在 2011 年 10 月 31 日达到 70 亿 OM

10 地球微生物总碳量与植物相当, 而总氮和总磷量约为植物的十倍 单位 : 十亿吨 生物量 微生物 植物 微 / 植 总碳 :1 总氮 > 10:1 总磷 > 10:1 土壤是微生物的大本营, 土壤微生物约为海洋微生物总量的十倍 Data source: Whitman et al., PNAS, 1998

11 粮食安全的国家需求 土壤生物多样性和功能 细菌 古菌 土壤肥力演变与培育 99% 为未培养微生物 提高土壤生产力 真核生物

12 How Microbes Can Help Feed the World, Report on an American Academy of Microbiology Colloquium, Washington, DC // December

13 全球变化 的国家需求 CO 2 土壤微生物 CH 4 土壤碳库平衡 温室气体生产与消耗 N 2 O 全球变化

14 土壤污染修复的国家需求 土壤生物多样性 农药 有机 无机污染物降解与清除 土壤修复 农产品安全

15 Fertilizer consumption (M ton nutrient) Fertilizerconsumption ) Miliontonesnutrient ( 地表与地下水质安全的国家需求 土壤生物 生源要素转化 肥料去向 N Total 50 地面与地下水质安全 年来我国肥料总用量的变化

16 报告内容 土壤生物学及其研究意义 土壤生物组成及其多样性 土壤氮素循环和氨氧化菌 研究展望

17 植物区系和动物区系 (flora, fauna) 植物区系据生物个体大小分为 : 微型 : 藻类 真菌 细菌 放线菌 蓝绿藻 中型 : 地衣 大型 : 绿色植物动物区系据动物个体大小又分为 : 小 ( 微 ) 型 : 直径 <0.2mm, 原生动物 线虫 中型 : 直径 0.2 2mm, 包括小型节肢动物 ( 螨 弹尾目 假蝎 ) 和小型环节动物 ( 蠕虫 ) 大型 : 直径 2-20mm, 包括脊椎动物 ( 鼠 蛇 ) 大型节肢动物 ( 甲虫 蚂蚁 蜈蚣 蜘蛛 ) 大型环节动物 ( 蚯蚓 ) 软体动物 ( 蜗牛 蛞蝓 )

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19 Soil Organisms: sizes and abundances Organism Length or (diameter) mm Abundance (arable systems) Bacteria (0.001) 3,000,000,000 / g Fungi ( ) 50 meters / g Protozoa ,000 / g Nematodes ,000,000 / m 2 Earthworms / m 2 Potworms ,000 / m 2 Isopods 3-18?? Centipedes 5-80?? Millipedes 5-50?? Symphylans ,500 / m 2 Pauropods ,000 / m 2 Diplurans / m 2 Proturans ,000 / m 2 Springtails ,000 / m 2 Mites ,000 / m 2 自然土壤中 95%-99% 的微生物种群不能被分 离和描述, 土壤生物多样性仍是一个谜

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24 报告内容 土壤生物学及其研究意义 土壤生物组成及其多样性 土壤氮素循环和氨氧化菌 研究展望

25 N Cycling Processes 氮素循环过程 全球氮循环包括四个过程 : 固氮作用, 氨化作用, 硝化作用和反硝化作用 氨氧化作用是硝化作用的第一个反应步骤, 也是限速步骤, 是全球氮循环的中心环节

26 Ammonia monooxygenase Hydroxylamine oxidoreductase 一百多年来, 人们一直认为土壤生态系统中的硝化作用是氨氧化细菌 (AOB) 来完成的, 直到 2004 年在海洋中发现大量氨氧化古菌 (AOA), 2005 年从海水中分离培养出第一株氨氧化古菌, 2006 年在土壤中发现氨氧化古菌占优势, 对氨氧化微生物的认识才发生了革命性的变化

27 copies g -1 soil Ammonia oxidising archaea (AOA) vs ammonia oxidising bacteria (AOB) in soil AOA amoa AOB amoa ratio AOA/AOB Pristine Agricultural Leininger et al. Nature 442,

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29 amoa copies per g of soil Potential ammonia oxidation (nmol N g -1 dry soil h -1 ) 湖南祁阳酸性红壤 氨氧化细菌 (AOB) 与古菌 (AOA) r=0.835** AOB AOA PNR with AOB r = 0.91** PNR with AOA r = 0.87** Ratio of AOA to AOB CK0 CK N NP NK PK NPK NPK+OM Treatment CK0 CK N NP NK PK NPK NPK+OM treatment 不同施肥处理导致酸性红壤 AOB 和 AOA 数量显著变化,AOB 和 AOA 与土壤硝化潜势呈显著正相关关系, 预示土壤 AOB 和 AOA 都对土壤氨氧化起作用 He et al., 2007, Environ. Microbiol.

30 序列分布概率序列分布概率 % % 祁阳酸性红壤中 AOB 和 AOA 的组成也发生显著变化 Cluster 3a Cluster M Cluster Cluster 3b S Cluster 10& CK0 CK N NP NK PK NPK NPK+OM CK0 CK N NP NK PK NPK NPK+OM

31 Log number of amoa gene copies g -1 dry soil Shen et al., 2008, Environ. Microbiol. 河南封丘碱性潮土 8.00 AOB AOA Correlations of AOB (AOA) abundance and potential nitrification rates 5.00 AOB:r= 0.773, n=7, P <0.05 * 4.00 AOA:r= 0.331, n=7, P >0.05 AOA :AOB CK NP NK PK NPK 1/2OMN OM 在封丘碱性潮土上, 不同施肥处理导致 AOB 组成和丰度的变化, 但 AOA 组成和丰度没有显著变化, 预示着该土壤上起作用的主要是 AOB

32 Establishing SIP method for AOA and AOB investigation

33 % Maximum % Maximum % Maximum % Maximum % Maximum % Maximum Abundance of amoa gene in CsCl density gradients after 12 C- / 13 C-CO 2 incubation AOA AOA Day AOA Day AOA Day 28 CsCl buoyant density (g ml-1) CsCl buoyant density (g ml -1 ) CsCl buoyant density (g ml -1 ) 12 C incubation 13 C incubation AOB Day AOB Day 14 CsCl buoyant density (g ml -1 ) AOB Day 28 CsCl buoyant density (g ml -1 ) CsCl buoyant density (g ml -1 ) AOB

34 AOA/AOB amoa 基因在不同 CsCl 密度梯度上的 DGGE 图谱 - 1 AOA Buoyant density (g ml ) - 1 AOB Buoyant density (g ml ) 1 1 Day 14 Day CO 2 12 CO Day 28 Day 14 次为古菌参与土壤硝化作用提供了直接证据 Day 这些结果表明,AOA 能够固定 13 C-CO 2 进行自 1 1 养生长, 是该土壤中硝化作用的主要驱动者 ; 首 CO 2 Zhang et al. 2010, PNAS, , CO Day 14 Day 28 Day

35 Soil Sampling ph (H 2 O) ph (KCl) HZ YH QJ QY TY

36 Net nitrification activity AOB amoa gene copies AOA amoa gene copies

37 Relative abundance of amoa gene in CsCl gradient AOA AOB 12 C 13 C Day 0 13 C+DCD AOA AOA AOB Day 15 AOA AOA AOB Day 30 Light Buoyant density (g ml -1 ) Heavy

38 Group I.1a-associated Group I.1b

39 IF 该研究揭示出酸性土壤中氨氧化古菌对硝化作用的主导贡献

40 Soil sampling 65 soil samples ph gradients 3.7 ~ 8.5 Habitat types Forest Agricultural Grassland Tea orchard Hu et al., 2013, SBB, JSS

41 Mechanism Discussion Availability of substrate ammonia NH3; ph influences NH3 availability and the growth of AOB; Different affinity of AOA and AOB to ammonia. He et al., 2012, Soil Biology & Biochemistry

42 Nitrogen source for ammonia oxidizers Nitrogen resources AOA and AOB AOA and AOB

43 Availability of ammonia under acidic conditions pka = 9.25; 25 C, Water Content: 25%

44 Influence of ph on specific growth rate of soil ammonia oxidisers Allison & Prosser 1991 SBB 23, 45-51

45 High affinity for ammonia substrate by AOA AOA AOB Martens-Habbena et al., 2009, Nature

46 Brochier-Armanet 等在 2008 年建议将中温环境来源的古菌 ( 中温泉古菌, nonthermophilic Crenarchaeota) 划分为一个新门, 作为古菌域的第三个主要类群 Thaumarchaeota ( 奇古菌门 ), 这一划分系统提出后迅速得到各方面研究证据的支持, 近来发表的多数文章也已将 Crenarchaeota 更名为 Thaumarchaeota.

47 完全硝化作用的发现与研究

48 Abundances of amoa genes from comammox Nitrospira, AOA, and AOB, and nxrb gene of NOB in 300 forest soil samples with soil ph ranging from 4.0~8.6. Hu & He, in press

49 IF 所得结果有助于对温室气体 N 2 O 排放的预测, 土壤氮素的管理和调控, 提高氮素利用效率

50 Highly cited papers and invited reviews He et al Quantitative analyses of the abundance and composition of ammoniaoxidizing bacteria and ammonia-oxidizing archaea of a Chinese upland red soil under long-term fertilization practices. Environmental Microbiology, 9(9): (SCI times cited: 472) Shen et al Abundance and composition of ammonia-oxidizing bacteria and ammonia-oxidizing archaea communities of an alkaline sandy loam. Environmental Microbiology, 10: (Times cited: 274) Chen et al Ammonia-oxidizing archaea: important players in paddy rhizosphere soil? Environmental Microbiology, 10: (203) Di et al Nitrification driven by bacteria and not archaea in nitrogen-rich grassland soils. Nature Geoscience, 2 (9): (Times cited: 294) Zhang et al Autotrophic ammonia oxidation by soil thaumarchaea. PNAS, 107(40): (Times cited: 172) Zhang et al Ammonia-oxidizing archaea play more important role than ammonia-oxidizing bacteria in ammonia oxidation of strongly acidic soils. ISME Journal, 6: (Times cited: 181) He et al New insights into microbial mechanisms of nitrification in acidic soils. Soil Biology and Biochemistry, 55: (Times cited: 86) Hu et al Ammonia-oxidizing archaea play a predominant role in acid soil nitrification. Advances in Agronomy, 125: Shen et al Frontiers in the microbial processes of ammonia oxidation in soils and sediments. Journal of Soils and Sediments, 14(6): Hu et al Microbial regulation of terrestrial nitrous oxide formation: understanding the biological pathways for prediction of emission rates. FEMS Microbiology Reviews, 39(5): (IF13.244)

51 Perspectives 展望 土壤功能微生物的研究受到广泛的重视, 特别是 C/N/S/Fe/Mn 等元素生物地球化学循环过程及耦合机理的研究, 可望在今后几年产生重要进展 ; 土壤微生物生态学理论 生物地理学及微生物生态功能的研究是学科前沿和热点研究领域 ; 地上地下生态系统之间的关系及其对土壤生产力影响的研究具有巨大潜力 ; 全球气候变化背景下微生物响应和反馈机制的研究值得重视 ; 土壤组学技术等发展带来的新机遇与挑战

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53 中国学科发展战略 -- 土壤生物学 第 1 章 学科发展的任务和战略地位 第 2 章 学科发展历程与态势 第 3 章 土壤生物网络与生态服务功能 第 4 章 土壤微生物时空演变规律 第 5 章 土壤生物地球化学循环的微生 物驱动机制 第 6 章 土壤生物与土壤肥力 第 7 章 土壤生物与全球变化 第 8 章 土壤生物与土壤污染 第 9 章 土壤生物 - 物理 - 化学界面过程 第 10 章土壤生物研究方法与平台 第 11 章资助机制和政策建议

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56 致谢 : 国家自然科学基金 科技部的项目支持! 中国科学院土壤生物专项 (B) 等项目的支持! 课题组同事和同学的努力与支持! 谢谢大家, 敬请批评指正!

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