An Introduction to Medical Genetics

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4 1. 高通量测序技术发展 2. 基因组学研究方法 1) 传统遗传分析的局限性 2) 一代 二代 三代测序 3. 后基因组学研究方法 1) 外显子组测序技术 2) 全基因组关联分析技术 3) 基于高通量测序的各种分析技术 4

5 21 FOXO3A BRCA1 研究基因组信息是揭开表型之谜的金钥匙

6 Hemophilia Queen Victoria X-linked recessive genetic disease

7 Ploy-genetic inheritance/complex disease The genes are difficult to identify, because they typically exert small effects on disease risk Modified by other unrelated genes as well as environmental factors One study population often cannot be replicated in other populations Cancer,diabetes,schizophrenia Paula K, Roberts L, Science 2002: Vol. 296 no. 5568

8

9 Driver or Passenger? 9

10 与个体 LDL 胆固醇水平密切相关

11 DNA

12 DNA Heliscope Single molecule real time(smrt) DNA 双螺旋 (1953) 中心法则 (1958) 遗传密码 (1966) PCR (1983) 荧光 ddntp 第一台商用全自动测序仪 (1987) 3700 (1998) Nanopore DNA 是遗传物质 (1952) 化学降解和 Sanger (1977) 毛细管电泳 Sequencer (1996) Illumina (2006) Solid System (2007) 第一台自动测序仪 (1986) 454 (2005)

13 Sanger

14 DNA ddntp 14

15 Sanger 读长 1000bp=1Kb 原始数据准确率 % 测序成本 0.5 美元每千碱基 测序通量 每天 600Kb=0.6Mb ABI377 MegaBASE1000 ABI3730

16 (Sequencing by Synthesis) Roche 公司 -454 ABI 公司 -Solid Illumina 公司 - Solexa

17 DNA DNA DNA 1 DNA DNA 96 1 DNA / dntp 17

18 Solexa DNA DNA DNA DNA DNA DNA cluster DNA dntp 18

19 Solid SOLiD:SBL(sequence-by-ligation) 连接法测序 DNA PCR Emulsion PCR DNA DNA dntp

20 Read reads Contig reads overlap Contig Scaffold de novo reads Contigs 454 Paired-en d Illumina Mate-pair 3Kb 6Kb 10Kb 20Kb Contig Contigs Scaffold

21 20M 2M 10X GC Gap

22 第一 二代测序技术比较 bp Sanger AB DNA d 0.6Mb 454 Roche 800 1d 1Gb Solexa Illumina 200 8d 600Gb Solid AB 100 7d 200Gb

23 bp Heliscope Helicos /DNA bp 8d Gb SMRT Pacific Bioscienc es /DNA bp Nanopore Oxford Nanopore /

24 Nanopore sequencing technology Nanopore

25 SMRT Pacific Biosciences SMRT

26 NGS Histo Seq Exome Seq Promoter Seq Whole genome Seq Target DNA Seq mt Seq Methy Seq ChIP Seq Small RNA Seq mrna Seq

27 第一代测序 以高通量为特征的第二 三代测 序技术从 2005 年开始相继出现, 成为当前主流测序技术 Next Generation Sequencing 第二 三代测序新一代测序技术

28 外显子组测序技术 DNA Science 2010

29 研究思路 :exome sequencing 29

30 技术流程图 30

31 外显子组测序用于单基因病研究 Nature Genetics, 2009 年 11 月 DHODH 31

32 国内第一个外显子测序捕获致病基因案例 TGM6 是小脑共济失调家族新的致病基因, 属于 SCA23 亚型 32

33 33

34 外显子组测序用于肿瘤研究 Science,2010 年 9 月 ARID1A (OCCC)

35 8 外显子测序 :Agilent, Illumina GA Ⅱ,84X, 覆盖 18,000 基因 Tolal 268 突变, 经 Sanger 测序验证了 237 个 (88%) Sanger 测序验证 : 针对 237 个突变进行了 Sanger 测序验证 发现有 4 个基因在至少 2 个样本中出现突变 : PIK3CA, KRAS,PPP2R1 A 和 ARID1A 扩大样本验证 : 在总计 42 个样本和 7 个 OCCC 细胞系中, 对 4 个基因进行了 PCR 测序验证 ARID1A 57% PIK3CA, 40%, PPP2R1A,7.1%, KRAS, 4.7%, ARID1A(5/7), PPP2R1A(3/7), KRAS(1/7), PIK3CA(4/7)

36 2 OCCC PIK3CA 3- KRAS 2 PPP2R1A / ARID1A AT 1A ARID1A PPP2R1A

37 外显子组测序用于白血病研究 2011 年 3 月 & DNMT3A

38 筛选组实验 (A) 9 对 cases+controls, Exome-capture 测序 共鉴定出来 266 个潜在体细胞性突变, 其中 220 个 SNVs,46 个 indels 推测可引起蛋白编码序列改变的突变有 59 个 SNVs 和 10 个 indels Sanger 验证 :58 个 SNVs 和 8 个 indels 是阳性的, 这 66 个突变位于 63 个基因中, 其中有 3 个基因同时出现在 2 个 cases 中 筛选组实验 (B) 关注那 63 个基因中新的突变, 对找到的新突变, 在 509 个非亲缘健康人群中进行验证分析, 以便去除稀有 SNPs 大样本 cases 筛查 98 个 AML-M5 cases 中进行基因分型 在 112 个 cases (9+5+98) 中, 在 2 个以上 cases 中出现体细胞突变的基因共计有 14 个 根据文献资料分析, 本研究从 14 个基因中选择了 6 个基因, 在 98 个 AML-M5 样本中进行它们编码区域的 PCR 扩增和 Sanger 测序分析 在总计 112 个 cases 中, 带有体细胞性突变的 DNMT3A 基因的 cases 有 23 个, 出现频率为 20.5% DNMT3A 基因功能研究 大肠杆菌中表达蛋白, 进行体外酶活生化实验, 细胞系研究等 结果表明 DNMT3A 突变体显示出酶活性的下降或与组蛋白 H3 亲和力异常

39 外显子组测序用于库兴综合征研究 Nature Genetics, 2014 Advance online publication

40 Cushing 氏综合征病因研究 10% EGFR EGFR ACTH (corticotroph) EGFR MAPK ACTH EGFR Gefitinib( ) ACTH 40

41 Corticotroph 腺瘤的外显子测序 10 CD DNA/germline DNA 3~

42 Corticotroph 腺瘤有 USP8 突变 4/10 CD DNA USP8 DNA DNA DNA 42

43 突变位点高度保守且位于 USP8 关键结构域 SH3 MIT Rhodanese 43

44 Corticotroph 腺瘤有 USP8 突变 / Corticotroph USP8 6/17 35% / WT 44

45 全基因组关联研究 (Genome-wide Association Study, GWAS ) GWAS 是在全基因组范围选择几十万甚至上百万个 SNPs, 快速筛查这些遗传标志以发现与特定表型如某种疾病相关的遗传变异, 所采用的研究样本量较大, 并通常辅以多个独立的研究进行后期的验证和筛选 GWAS 是特别适用于鉴定常见的复杂性疾病如肿瘤 心脏病 精神病等易感基因的研究方法

46 GWAS 研究设计 Stage Sample Size SNP Number Discovery > 500,000 Internal Replicate External Replicate <10 Feero WG et al. New Eng J Med

47 全基因组关联研究的重要性 在全基因组范围内发现新的疾病相关区域或位点 New Candidate Regions/Genes 为疾病的机制和药物靶点研究提供新的线索 Etiology Druggable targets 发现遗传标志物用于遗传评估和危险度预测 ( 预防医学 ) For individual or public health decisions

48 GWAS 技术流程图 Cases & Controls SNP 芯片 / 外显子测序 生物信息分析 SNP/InDel/SNV/CNV Stage I 候选位点 / 基因 基因分型验证 疾病相关位点 / 易感基因 Stage II 48

49 Genome Wide Association Studies, GWAS

50 GWAS 研究的疾病和表型 目前已经发表的 GWAS 研究超过 1000 项, 发现了 3000 多个相关的遗传位点, 涉及 300 多种疾病或性状 复杂性疾病 : 肿瘤 糖尿病 高血压 SLE 等 生理指标 : 体质指数 (BMI) 和血脂水平等 生理性状 : 身高和头发颜色等 行为方式 : 吸烟成瘾等

51 Complement Factor H Polymorphism in Age-Related Macular Degeneration Among 116,204 singlenucleotide polymorphisms genotyped, an intronic and common variant in the complement factor H gene (CFH) is associated with AMD. Klein RJ; Zeiss, ect. Science.2005 V308N5720:385-9

52 GWAS 揭示的肿瘤相关位点 More than 50 GWAS have identified about 200 loci for more than 20 cancer types Fletcher O et al. Nat Rev Cancer. 2011

53 Cancer related loci identified by GWAS Cancer Study Loci Gene or region Prostate cancer HNF1B, IGF2, ITGA6, PDLIM5, TNRC6B, 8q24, 10q11, 17q24, etc. Breast cancer FGFR2, CASP8, LSP1, TNRC9, MAP3K1, MRPS30, ECHDC1, RNF146, RAD51L1, 2q35, 8q24, etc. Lung cancer CHRNA3, CHRNA5, PSMA4, BAT4, GBC5, TERT, TP63, 13q12, 22q12, 17q24, 6p21, etc. Colorectal cancer Esophageal cancer 7 20 SMAD7, etc. 4 7 ADH6, ALDH2, PLCE1, C20orf54, 5q11, 6p21, 21q22 Gastric cancer 4 5 PSCA, PLCE1, MUC1, 3q13, 5p13

54 GWAS of Cancer in Chinese Population 8 Cancers Lung Gastric Esophageal 11 GWAS Breast Pancreatic Liver 37 Loci Prostate Nasopharyngeal

55 肺癌 GWAS 研究 Wu C Shen H. Cancer Res 2009

56 肺癌 GWAS 研究设计 Nanjing 1473 cases 1962 controls consistent Beijing 858 cases 1115 controls Samples from Nanjing and Beijing Phase I replication 2283 cases 2243 controls Samples from Nanjing and Beijing Phase II replication 4030 cases 4166 controls Samples from Nanjing, Beijing, Shenyang and Guangzhou In Total: 8644 cases and 9486 controls

57 我国人群肺癌的 GWAS 结果 Nature Genetics 2011

58 Two-step Replication Study Fast-track replication P<10-6 & P <0.01 for both Beijing and Nanjing studies Extensive replication 10-6 <P<10-4 & P <0.01 for both Beijing and Nanjing studies 32 SNPs stage I: 2283 cases/2243 controls stage II: 4030 cases/4166 controls 95 SNPs stage I: 2283 cases/2243 controls stage II: 5153 cases/5240 controls Two new loci 13q12.12 and 22q12.2 Three new loci 5q32, 10p14 and 20q13.2

59 SNP Summary of 5 NEW loci Study MAF c Cases Controls OR add (95% CI) d P add d rs GWAS ( ) q32 T/C Replication I ( ) Replication II ( ) Combined All ( ) rs GWAS ( ) p14 A/G Replication I ( ) Replication II ( ) Combined All ( ) rs GWAS ( ) q12.12 A/G Replication I ( ) Replication II ( ) Combined All ( ) rs GWAS ( ) q13.2 C/T Replication I ( ) Replication II ( ) Combined All ( ) rs36600 GWAS ( ) q12.2 G/A Replication I ( ) Replication II ( ) Combined All ( )

60 肝癌 GWAS 研究 军事医学科学院 2010 年发表 Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 5.0(440,794 个 SNPs) 对 355 cases 和 360 controls ( 来自广西 ) 进行 SNP 芯片杂交, 获得 294,566 个 SNP 的可信数据, 用于关联分析 60

61 Case-control 验证 第 1 步, 从关联分析结果中选择最有意义的 45 个 SNPs(P 值小于等于 ) 用于分析, 选用了北京人群 276 个 cases 和 266 个 controls, 基因分型数据显示有 5 个 snps 与第一阶段结果相一致第 2 步, 选用来自江苏 ( 华东地区 ) 的 507 个 cases 和 215 个 controls, 对这 5 个 snp 进行分析 只有 rs 在江苏人群中被重复出来第 3 步,rs 这 1 位点在来自广东的 751 个 cases 和 509 个 controls 及来自上海的 428 个 cases 和 440 个 controls 也都得到了验证在来自广西的 159 个家庭中分析, 也发现了 rs 与 HCC 的关联性 61

62 找到一个肝癌易感基因区 将以上所有分析数据整合在一起, 得到 rs 的 P 值是 1.7X

63 国内科学家发表的 GWAS 文章 时间刊物单位作者关注疾病基因 Nature Genetics 安徽医科大学张学军教授银屑病 1 个易感基因 Nature Genetics 安徽医科大学 张学军教授 红斑狼疮 5 个易感基因 4 个易感位点 Nature Genetics 中山大学曾益新院士鼻咽癌 3 个易感基因 Nature Genetics 安徽医科大学张学军教授白癜风 4 个易感基因 Nature Genetics 新乡医学院王立东教授食管癌 2 个易感基因 Nature Genetics 安徽医科大学张学军教授银屑病 6 个易感基因 Nature Genetics 军事医学科学院贺福初院士肝癌 1 个易感基因区 Nature Genetics 山东大学医学院陈子江教授多囊卵巢综合征 3 个易感基因 Nature Genetics 华中科技大学王擎教授冠心病 1 个易感基因区 Nature Genetics 中国医学科学院 / 北 京协和医学院 林东昕研究员食管鳞状细胞癌 5 个易感位点 Nature Genetics 瑞金医院陈竺院士甲亢 2 个新易感基因

64 单细胞基因组测序 通过对单个细胞进行基因组测序, 解决了用组织样本无法获得不同单个细胞的异质性信息, 以及样本量太少无法进行常规测序的难题 举例 : 单细胞全基因组及外显子组测序揭示乳腺癌克隆进化模式 对乳腺癌细胞进行单细胞测序后的变异结果展示

65 人体微生物菌群 正常人体的体表及与外界相通的腔道中, 都存在着不同种类和数量的微生物 在正常情况下, 这些微生物对人类无害, 称为正常菌群 居住在我们肠道内的细菌数量, 是人体细胞总数的 10 倍 已经鉴定出的细菌类群有百余个 如何研究? 促进消化吸收, 调节肠道免疫, 是体内尚未被认识的器官

66 宏基因组测序 宏基因组 (Magenomics): 以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象, 采用新一代高通量测序技术, 获得环境微生物基因信息总和, 研究环境微生物的群落结构 物种分类 系统进化 基因功能及代谢网络等 举例 : 婴儿肠道微生物 宏基因组分析 不同生产方式及不同年龄阶段肠道菌群的差异

67 1. 高通量测序技术发展 2. 基因组学研究方法 1) 传统遗传分析的局限性 2) 一代 二代 三代测序 3. 后基因组学研究方法 1) 外显子组测序技术 2) 全基因组关联分析技术 3) 基于高通量测序的各种分析技术 67

68 后基因组学 (Postgenomics) 又称功能基因组学 : 解析 DNA RNA 和氨基酸等遗传序列的功能 转录组学 (transcriptomics) 研究基因表达谱芯片转录组测序非编码 RNA 测序 蛋白质组学 (proteomics) 研究质谱 itraq 表观遗传组学 (epigenomics) 研究全基因组甲基化测序 ChIP-seq

69 表达谱芯片 将 cdna 或寡核苷酸探针固化在芯片上, 待测样品与对照样品 mrna 以两种不同的荧光分子标记后与芯片杂交, 检测两种荧光 强度比值来分析表达水平变化 A Cy5 Cy3 B Cy5 Cy3 C Cy5 Cy3

70 RNA-seq 转录组学 (transcriptomics) 研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA( 包括 mrna 和非编码 RNA) 的类型与拷贝数 相比于基因表达谱分析, 不需要制作探针, 可发现新的基因或可变剪切

71 非编码 RNA 测序 非编码 RNA(microRNAs LncRNAs 和 pirnas 等 ) 是生命活动重要的调控因子, 在基因表达调控 生物个体发育 代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用 技术思路 : 将 RNA 从总 RNA 中分离出来, 两端分别加上特定接头后体外反转录做成 cdna 再做进一步处理后, 利用测序仪对 DNA 片段进行单向末端直接测序

72 全基因组 DNA 甲基化测序 将重亚硫酸盐处理法和高通量测序结合, 对有参考基因组的物种进行全基因组水平的甲基化研究 可达到单碱基分辨率, 精确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态, 从而构建精细的全基因组 DNA 甲基化图谱 举例 : 人脑全基因组 DNA 甲基化图谱构建 人脑基因外显子 - 内含子边界区域甲基化修饰水平

73 Chip-seq 染色质免疫共沉淀 (ChIP) 是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的有力工具, 通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究 ChIP-Seq 技术 : 将 ChIP 与第二代测序技术相结合的, 能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白 转录因子等互作的 DNA 区段

74 质谱 质谱法 (Mass Spectrometry) 即用电场和磁场将带电荷的蛋白质分子按它们的质荷比分离后进行鉴定的方法 通过与已知蛋白质的数据库进行对比, 实现对蛋白质的识别 蛋白质功能分析 蛋白质相互作用网络分析

75 itraq itraq (isobaric tags for relative and absolute quantitation) 一种体外多肽标记技术, 采用 4 或 8 种同位素特异性标记肽的氨基基团, 进行质谱分析, 比较不同标记样品中蛋白质的相对含量或绝对含量 技术流程 1 样本制备与定量; 2 itraq 试剂标记 ; 3 液相分离和质谱分析; 4 蛋白质定量分析; 5 生物信息分析

76 The Genome Project is 10 Years Old Where is the Health Care Revolution? The field of genomics is datarich and application-poor. Francis Collins, April 2010, Nature There is a flood of new genetic data and even more on the way but we still don t know how it works.

77 It is fair to say that the Human Genome Project has not yet directly affected the health care of most individuals. Environment vs. Gene

78 1. 高通量测序技术发展 2. 基因组学研究方法 1) 传统遗传分析的局限性 2) 一代 二代 三代测序 3. 后基因组学研究方法 1) 外显子组测序技术 2) 全基因组关联分析技术 3) 基于高通量测序的各种分析技术 78

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为 实 斲 这 项 收 贩 行 劢, 雅 培 将 支 付 21.2 亿 美 元 癿 预 付 款, 而 后 在 仍 2011 年 开 始 癿 4 年 里, 每 年 再 支 付 4 亿 美 元 该 仺 制 药 部 门 主 要 在 印 度 斯 里 兮 卡 和 尼 泊 尔 销 售 零 售 便 利 药 品 4

为 实 斲 这 项 收 贩 行 劢, 雅 培 将 支 付 21.2 亿 美 元 癿 预 付 款, 而 后 在 仍 2011 年 开 始 癿 4 年 里, 每 年 再 支 付 4 亿 美 元 该 仺 制 药 部 门 主 要 在 印 度 斯 里 兮 卡 和 尼 泊 尔 销 售 零 售 便 利 药 品 4 2010 年 国 际 医 药 并 购 事 件 2010 生 物 医 药 产 业 盘 点 2010 年 癿 国 际 医 药 市 场 风 于 发 幻 诺 华 雅 培 强 生 梯 瓦 百 旪 美 斲 贵 宝 赛 诺 菲 安 万 特 等 全 球 知 名 药 企 癿 一 系 列 收 贩 行 为 丌 断 搅 劢 着 全 球 医 药 市 场, 诺 华 516 亿 美 元 买 断 爱 尔 康, 赛 诺 菲 收 贩

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