《中国科学》A、E、G与F小开本版式设计

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1 222 E 2006, 36(2): 222~234 * 1** 1,2 1,2 1,2 1, ,2 (1., ; 2., ; 3., ),. ;,, (human genome project, HGP), ; HGP 2003, 21. (proteomics) ; (computational proteomics),,, [1].,,,. : ; : * 973 (2002CB713807) (2004BA711A21) ** rxsun@ict.ac.cn

2 2 : 223,, 1)..,, (mass spectrometry, MS), 2002 MALDI ESI., [2~5]. 1 ; 2 3 KSDP pfind, ; 4 ; 5. 1 DNA ;, 20,. (primary structure), 1,. 1,,,. Edman 1)..,

3 224 E 36,, ; : (mass spectrometer) (, ), ;,, (protein identification)., ( ),,,. (ion source) (mass analyzer) (detector).,,,,,,, (peptide mass fingerprinting, PMF);, (collision-induced dissociation, CID),,, (MS/MS, Tandem MS). MS/MS, ( 2 ). MS/MS,. MS/MS, 2 2 MS/MS

4 2 : 225,, m/z;,. 14 EGVNDNEEGFFSAR CID, ( ) u. CID,, N a, b, c C x, y, z., a-x,b-y,c-z, 3 4..,.,,,,, 2 MS/MS. 2 b y,, KSDP pfind : 1)..

5 226 E 36 2) (de novo peptide sequencing).,. 3) (tag),,.,,. 2.1 KSDP [6].,,. SEQUEST (cross correlation) [7] Mascot [8]..,, 10,.,,,,.,,,.,,, (kernel spectrum dot product, KSDP). (SDP),,.,.,. 5 KSDP, 5(b) (c) 6 y,, (b), KSDP. KSDP SEQUEST, Sonar MS/MS [9] 1, ,, KSDP,

6 2 : KSDP (a) ; (b) 6 y ; (c) 6 y 1 KSDP KSDP SEQUEST Sonar MS/MS A-1, A a) a) Sonar MS/MS, 1323,, [6]. 2.2 pfind [10] KSDP, pfind, 6, ( ), 7, pfind,, 2.0, pfind. 6 pfind

7 228 E 36 7 pfind pfind,,. 3 [11],,,,,.,., C,H,N,O,S,P,,,,, 8..,.., FFP(fragment formula prediction) [11]. C,H,N,O,S,P,,,,.,, Q-TOF 500 u. 50 Q-TOF 9, (0~300 u),

8 2 : %, 5 97%; (300~500 u) 5 95%, [11].,. 8 9 FFP 4,,,

9 230 E 36,,,.,,. (quantitative proteomics).,, (disease proteomics),,.. 4.1,,,, [13].,. : (two dimensional gel electrophoresis, 2DE).,.., [12].,,,,.,, (liquid chromatography, LC).,. :,..., (signal-to-noise ratio, S/N).,,.,,,,,,,,

10 2 : 231,. 4.2,, (clinical proteomics) ( advance/cancer/200508/ html) HUPO(The human proteome organization) ( com/),,.,, (biomarker).,,,,.,,,, [13,14].,. 5, , CA125 [15].,,,,. Ciphergen SELDI-TOF(surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight, ).,,,.,. SELDI-TOF 10 [16]. ( ),,,, ; SELDI-TOF,

11 232 E 36 m/z, 10 ( m/z, );,,. 10, SELDI-TOF,, 10 SELDI-TOF [16].,,, m/z, ;,, ;,,,,., SELDI-TOF :.,,, (matrix) A/D.,,.,,., (overfitting).,

12 2 : 233,. 5,,,,,,, ;,. KSDP pfind,,.,,,,.,,.,,,,,,,,.,,,,,..,,., pfind. 1 Patterson S D, Aebersold R H. Proteomics: the first decade and beyond. Nature Genetics Supplement, 2003, 33:311~323[DOI]

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