如何利用 SciFinder 提高研究效率 钱欣 cqian@acsi.info 美国化学文摘社北京代表处
提纲 美国化学文摘社简介 SciFinder 简介及检索方式 文献检索 物质检索 Markush 检索 反应检索 SciPlanner 使用简介 SciFinder 常见问题及解决 2
美国化学文摘社 Chemical Abstracts Service ACS 的分支机构 创建于 1907 年, 简称 CAS 最早创立了 化学文摘 密切关注, 索引和提炼着全球化学相关的文献和专利 总部坐落于俄亥俄州的哥伦布市 3
CAS- 构建最高质量的化学数据库 U.S. Patent Office Patents, journals, web, catalogs, etc. CAS Scientists 4
CAS- 构建最高质量的化学数据库 期刊专利论文会议报告 各种合成信息 : 溶剂, 催化剂, 产率, 实验过程等 化学品供应商信息 CAS REGISTRY 专利中的 Markush 结构 化学工业札记 物质, 基因 化学品管控信息 5
CAS 数据库 源于化学, 超越化学 生物化学 : 农化产品管控信息, 生化遗传学, 发酵, 免疫化学, 药理学 有机化学各领域 : 氨基酸, 生物分子, 碳水化合物, 有机金属化合物, 类固醇 大分子化学各领域 : 纤维素 木质素 造纸 ; 涂料 墨水染料 有机颜料 ; 合成橡胶 ; 纺织品 纤维 应用化学各领域 : 大气污染, 陶瓷, 精油 化妆品, 化石燃料, 黑色金属 合金 物理 无机 分析化学各领域 : 表面化学, 催化剂, 相平衡, 核现象, 电化学 a 6
CAS 数据库最具价值的内容 人工索引 Tips: 1. 98% 以上的文献, 都经过人工索引 2. 用 Index Term 标引文献中的重要技术术语 3. 用 CAS RN 标引出文献中的重要物质 4. 用 CAS Role 标引文献中重要物质的研究领域 7
CAS 人工索引解决的问题 检索词的同义词拓展 : 解决不同科研人员由于教育背景 语言 表达习惯不同导致的对同一个技术术语描述的差异 用名称 分子式等检索化合物, 会导致检索不全 不准的问题 CAS RN 很好的解决了该问题, 帮助检索人员实现精准定位化合物的目标 利用 SciFinder 中的标引信息 (Index Term,CAS RN,CAS Role), 提高效率, 启发思路 8
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SciFinder 的内容 Chemcats CAPlus Medline Chemlist Registry Marpat CASReact 10
SciFinder 登录界面 输入 SciFinder 帐号和密码 https://scifinder.cas.org 11
SciFinder 主界面 工具栏 检索完, 请点击退出 已保存的结果集 检索页面 检索入口 定题跟踪, 及时捕捉最新动态 12
SciFinder 检索 文献检索 文献检索方法 主题检索 作者名检索 机构名检索 文献标示符检索 期刊名称和专利信息 ( 公开号, 申请号等 ) 从物质, 反应获得文献 检索策略推荐 关注某特定领域的文献 : 主题检索 关注物质有关的文献 : 先获得物质, 再获得文献 关注某科研人员的文献 : 作者名检索 关注某机构科研进展 : 机构名检索 13
文献检索 主题 : Suzuki 催化反应 检索式 : Suzuki reaction with catalyst 关键词之间可用介词连接 : in, with, of 14
文献检索 主题 : Suzuki 催化反应 检索式 : Suzuki reaction with catalyst 提前限制出版年限 文献类型 语言等 15
主题检索的候选项 Concepts 表示对主题词做了同义词的扩展 ; Closely associated with one another 表示同时出现在一个句子中或同时作为索引词 ; were present anywhere in the reference 表示同时出现在一篇文献中 ; 16
文献检索结果 文献处理工具 获取原文 涉及物质及引文链接 17
文献结果的排序功能 5 种排序方式, 可以按照进入数据库的时间 作者名 引 文排序 公开年限 标题对文献检索结果进行重新排序 Citing Reference: 可能帮助找到最重要的文献 18
文献检索结果 :Analyze 12 种文献分析工具 领域内主要研究人员, 专家 主要研究机构, 合作伙伴, 竞争对手 主要的期刊 19
文献检索结果的 Analyze Index Term: 帮助用户全景了解文献内容, 精选文献 选择感兴趣的内容, 点击 Apply 20
文献检索结果的 Refine 六种限定工具, 包括主题词 作者姓名 机构名称 出版年代 语言 所属数据库 在结果中筛选主题带有 ionic liquid 的文献 21
文献检索结果的 Refine 在结果中筛选专利文献 22
文献检索结果的 Categorize 学科主分类 学科副分类 学科副分类涉及的重要技术术语 选中的重要技术术语 Categorize 系统分类功能, 基于学科对文献进行自动分类, 帮助用户精准定位所关注的学科和技术术语 23
文献信息详情 获取 PDF 原文 重要技术术语 重要物质 一篇完整的文献界面包括 : 1. 题录信息 2. 摘要信息 3. 文献中重要的技术术语 4. 文献中重要的物质 5. 书目信息 6. 获得文献中的物质, 反应 7. 参考文献 24
PatentPak 专利流程解决方案 点击 PatentPak, 获取 PatentPak Viewer 25
PatentPak 专利流程解决方案 PatentPak 浏览器 在 PatentPak Viewer 中点击物质 下面的页码, 快速定位到原文中 的物质信息 26
PatentPak--- 专利流程解决方案 在 PatentPak 浏览器中 直接进行 SciFinder 结构 马库什和反应检索 也可从 PDF 文件中与 PatentPak 进行互动 27
文献结果集的保存 --Save, Print, Export Save: 保存在服务器上, 方便以后登陆查看, 每次 可存 1 万条记录 文献详细信息 Export: 导出至本地电脑, 保存为 PDF 格式 Citation manager: 保存成 RIS 等格式, 可导入 EndNote 等文献管理工具 Offline Review: 保存成 PDF,RTF 等格式到本地电脑 28
文献检索小结 主题检索时, 使用介词作为连接 (of, with, in ) 可用 Analyze 对本领域文献进行全景分析, 获取到研究进展, 同行等信息 可用 Refine 快速获取到所需信息 可用 Categorize 实现精准定位学科信息 通过 PatentPak 快速定位专利文件中的物质, 实现专利原文与 PatentPak 的互动, 极大节省时间, 提高效率 29
提纲 美国化学文摘社及 SciFinder 简介 SciFinder 的检索和后处理 文献检索 物质检索 Markush 检索 反应检索 SciPlanner 使用简介 SciFinder 常见问题及解决 30
SciFinder 检索选项 物质检索 物质检索方法 结构式检索 Markush 结构检索 分子式检索 理化性质检索 物质标识符检索 : 化学名称,CAS RN 物质检索策略推荐 有机物化合物 天然产物 : 结构检索 无机化合物 合金 : 分子式检索 高分子化合物 : 分子式检索和结构检索 31
物质检索 -- 标识符检索 提示 : 1. 一次最多可输入 25 个物质 2. 每行一个物质标示符 物质标识符包括 CAS RN 和化学名称, 化学名称可以是通用名称 商品名 俗名 32
SciFinder 中的物质记录 点击 CAS RN 获得物质详细信息 在 SciFinder 中, 鼠标滑过物质, 即可打开物质标准菜单, 获得与物质相关的所有内容 33
由物质获得文献, 反应, 供应商等信息 物质详情 34
实验数据与实验谱图 预测数据与预测谱图
物质检索 --Property explore 36
物质检索 --Property explore 寻找分子量在 250-400 之间的物质 37
物质结果集的筛选 --Refine 3500 多万个结构, 如何筛选黄酮类物质? 38
物质结果集的筛选 --Refine 锁环工具 : 避免在现有环结构基础上出现新的稠环结构 39
物质结果集的筛选 --Refine 从 3500 多万个结构筛选出 7800 个黄酮类物质 40
物质检索 分子式 无机金属盐 : 金属离子和阴离子间用点 (.) 分开 分子式输入需要遵守 Hill 排序规则 : 不含碳化合物, 按元素符号的字母顺序排列 ; 分子式为含碳化合物时, 则 C 在前 ; 如有氢则紧随其后, 其它元素符号按字母顺序排在氢的后面 41
物质检索 -- 结构
SciFinder 结构编辑器 铅笔 橡皮 结构和反应切换功能 元素周期表可变基团重复基团工具碳链工具选择工具环锁定工具旋转工具 常用基团 R 基团定义工具可变位置连接工具模版工具索套选择工具原子锁定工具镜面旋转工具 结构检索选择 正电子 负电子 单双键,RS 构型, 不确定键定义工具 C 原子和单键恢复工具 常见环, 多元环工具
物质检索 精确结构检索 可以通过 CAS RN 转换结构 : CAS RN: 50-36-2 精确结构检索 44
浏览精确结构检索结果 可以通过分析限定再处理检索结果 可卡因 盐酸可卡因 可卡因组合物 45
物质检索 精确结构检索 精确结构检索 : 获得被检索结构的盐, 混合物, 配合物, 聚合物等, 被检结构不能被取代 46
物质检索 亚结构检索 47
物质检索 亚结构检索 同位素 48
浏览亚结构检索结果 取代物 离子 稠环物质 49
亚结构检索结果的限定工具 化学结构的再次限定 环锁定 原子锁定 50
化学结构的再次限定 51
同位素去除 去除同位素 52
物质检索 亚结构检索 亚结构检索 : 包括精确结构检索结果, 及被检索结构的修饰结构 53
物质检索 相似结构检索
相似结构检索候选项 相似度越高, 结构越相似 相似结构检索结果 取代基变化 取代基位置变化 母体结构变化 55
物质检索 相似结构检索 相似结构检索 : 获得片段或整体结构与被检索结构相似的结果, 母体结构可以被取代, 也可以被改变 56
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具体物质 [Specific Substance]: 以具体化学结构陈述的特定物质, 会被标示 CAS RN 预测性物质 [Prophetic Substance]: 使用 Markush 结构陈述的预测物质, 一个 Markush 可以陈述上百或上千个化学物质 专利中所陈述的预测物质, 不会被标示 CAS RN Markush 检索, 能检索到通过结构检索检不到的专利 R1 R1 = H, Br, Cl, I R2 = Br, Cl, I, CH 2 halogen, CH halogen, R2 CH 3 58
可用 SciFinder 中的 Markush 检索查看 专利中化合物结构保护范围 59
全部是专利文献 60
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SciFinder 检索选项 反应检索 功能方面 结构式 常用检索方法 已知物质 : 由物质获取反应 已知文献 : 从文献中获取反应 精确结构反应检索 亚结构反应检索 62
Scifinder 中反应定义工具 反应箭头 反应原子标记工具 反应角色工具 反应位置标记工具 官能团列表
SciFinder 反应检索 精确反应检索 精确反应检索 64
反应检索结果 浏览记录, 发现很多反应来自 同一篇文献, 通过 Group by Document 合并 获取相似反应 65
按照反应类型排序 更精确的查找需要的反应 66
反应过程 不用阅读全文, 直接获得包含实验过程的反应记录 67
反应检索结果的筛选 获得特定物质做还原剂的反应 68
SciFinder 反应检索 亚结构反应检索 吡啶环的 3,4 位存在任意的非 C,H 原子或基团检索在 6 位引入 Cl 的反应 69
SciFinder 反应检索 亚结构反应检索 环锁定工具, 当使用亚结构检索时, 不允许发生稠环 70
亚结构反应检索结果 通过 Analyze 或者 Refine 处理检索结果 71
提纲 美国化学文摘社简介 SciFinder 简介及检索方式 文献检索 物质检索 Markush 检索 反应检索 SciPlanner 使用简介 SciFinder 常见问题及解决 72
关于 SciPlanner 使用简介 勾选想要的反应 点击 Send to Sciplanner workspace 下新建一个文件 进入 Sciplanner, 将刚推送过来的反应拖动到屏幕中间 73
点击反应中的一个中间产物, 单击上面的双向箭头, 选择 Synthesis this 在检索到的反应中, 选择感兴趣的一条反应 将该条反应继续推送到 Sciplanner 中 74
同前页步骤, 将推送过来的反应拖动到 SciPlanner 中, 可以 看到两条反应中存在同样的结构 75
用鼠标将两个同样的结构拖动至重叠状态, 两条反应合并 点击 Workspace, 选择其中的 Export 输出结果 选择适当的输出格式, 输出结果 76
SciPlanner 导出结果 77
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SciFinder 浏览器选择建议 Windows 7 以上用户建议升级 IE 到 10 以上 Chrome 和 FireFox 浏览器在所有系统上的表现都优于 IE 浏览器 不建议使用 360 浏览器检索 SciFinder, 会被自动拦截相关功能或插件 79
如何获取 SciFinder 账号 请注意 : 1. 必须输入真实姓名和域名邮箱 2. 用户名必须是唯一的, 且包含 5-15 个字符 它可以只包含字母或字母组合 数字和 / 或以下特殊字符 : -( 破折号 ) _( 下划线 ). ( 句点 ) @( 表示 at 的符号 ) 3. 密码必须包含 7-15 个字符, 并且至少包含三种以下字符 : 字母 混合的大小写字母 数字 非字母数字的字符 ( 例如 @ # % & *) 3. 从下拉列表中选择一个密码提示问题并给出答案 单击 Register( 注册 ) 80
如何获取 SciFinder 账号 打开并阅读 CAS 的电子邮件 ( 必须在 48 小时内点击, 否则需要重新注册 ) 81
如何获取 SciFinder 账号 至此, 账号注册成功, 登录 scifinder.cas.org 开始使用 SciFinder 82
SciFinder 使用注意事项 一人注册一个帐号 严禁过量下载 严禁帐号分享 严禁将帐号用于非学术研究 83
SciFinder 常见问题 并发用户数已满, 请稍后再试 84
SciFinder 常见问题 帐号或密码错误 : 填好帐号 截图, 与图书馆联系 85
SciFinder 常见问题 任何需要反馈给图书馆的问题, 都需点击测试 IP 地址的链接, 并将页面做成截图, 一并发给图书馆 http://www.cas.org/cgi-bin/casip 86
获取更多 SciFinder 培训与支持, 请访问 http://www.cas-china.org/index.php?c=list&cs=scifinder-train 87
美国化学文摘社北京代表处 010-62508026 china@acsi.info 88