The Growing Importance of Patinformatics

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番策禹
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1 SciFinder Web 源于化学, 超越化学的一站式检索平台 SciFinder Web 使用介绍刘霞妹 (Echo) CAS 中国代表处华南分区 SciFinder 培训专员 2013 年 10 月 28 日星期一

2 提纲 SciFinder Web 介绍 1.1 SciFinder Web 中的内容 1.2 SciFinder Web 特色功能 SciFinder Web 中的范例检索 2.1 SciFinder 的文献检索 2.2 SciFinder 的物质检索 2.3 SciFinder 的反应检索 SciFinder Web 的注册和常见问题 CAS is a division of the American Chemical Society. 2 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

美国化学文摘社 Chemical Abstract Service ACS 的分支机构, 创立于 1907 年致力于跟踪索引并提炼全球化学相关的科技文献信息最先创立了纸本化学文摘 Chemical Abstracts TM 总部位于俄亥俄州的哥伦布市 1300 名博士, 精通 50 多种语言

4 美国化学文摘社 Chemical Abstract Service ACS 的分支机构, 创立于 1907 年致力于跟踪索引并提炼全球化学相关的科技文献信息最先创立了纸本化学文摘 Chemical Abstracts TM 总部位于俄亥俄州的哥伦布市 1300 名博士, 精通 50 多种语言关注索引上万种期刊和 63 家专利客户覆盖全球 1900 所高校 500 强公司以及所有主要的专利局 CAS is a division of the American Chemical Society. 4 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

5 什么是 SciFinder 二次文献是对一次文献进行加工整理后所产生的文献, 如书目题录简介文摘等形式的检索工具书它是查找一次文献的线索 SciFinder 覆盖化学界 98% 的文献, 内容由 CAS 编者人工编目, 文献中的重要信息被提炼总结, 成为可检索和分析的条目 SciFinder 提供对所有文献的分析精选分类功能, 根据用户需要筛选众多信息, 迅速锁定兴趣点 CAS is a division of the American Chemical Society. 5 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

6 SciFinder 科学索引过程原始出版物 CAS 科学家 CAS 编辑发行题目摘要改写题目摘要改写索引词的编写索引词的编写物质索引的编写 ( 物质索引的编写 ( CAS.No., CAS CAS.No., CAS Role) Role) 信息检索者或用户 CAS is a division of the American Chemical Society. 6 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

7 SciFinder Web 中的内容物质商业信息期刊专利论文会议报告 Chemcats CAPlus Medline Chemlist 溶剂, 催化剂, 产率, 反应实验过程等物质管制信息 Registry Marpat CASReact 物质 CAS is a division of the American Chemical Society. 基因新物质查询专利 7 初步评估合成信息 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

新物质物质报道文献, 回溯到 1802 年物质信息包含了大量的实验数据, 预测数据,

万物质合成制备信息源自专利和期刊文献每周更新超过 15 万条单步多步反应反应回溯到

万专利和期刊信息 >10000 种期刊的覆盖 63 个专利发行机构每天更新 3000

篇专利引文, 以及 150-200 个 Markush 结构 ) CAS is a

8 SciFinder Web 中的几个主要数据库 CAS REGISTRY SM >7300 万有机无机物质 >6400 万生物序列每天更新约新物质物质报道文献, 回溯到 1802 年物质信息包含了大量的实验数据, 预测数据, 以及物质标签和谱图 CASREACT >5430 万单步和多步反应 >1400 万物质合成制备信息源自专利和期刊文献每周更新超过 15 万条单步多步反应反应回溯到 1840 年 CAS Databases CAplus SM >3800 万专利和期刊信息 >10000 种期刊的覆盖 63 个专利发行机构每天更新 3000 条记录文献回溯到 19 世纪初引文信息回溯到 1997 年之前, 超过 3 亿条引文信息 MARPAT >99.6 万专利中的有机, 有机金属结构回溯至 1961 年每天更新 (60-75 篇专利引文, 以及个 Markush 结构 ) CAS is a division of the American Chemical Society. 8 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

SciFinder Web 新功能 Non-Java Structure Editor CAS is a division of the American

SciFinder Web 新功能 SciPlanner 教程 SciPlanner 教程帮助初学者学习使用该功能 CAS is a division of the

SciFinder Web 特色功能反应过程的获取来源于原文的详细实验操作过程 SciFinder 提供 2000 年至今的杂志和专利中的实验操作过程 CAS is a division

SciFinder 检索界面用完后, 请点击退出保存过的结果集搜索条件设置文献物质反应检索入口, 默认文献检索 CAS is a division of the

18 文献检索检索主题 : 喹诺酮类抗菌药物 (quinolones with antibacterial) Note: 1. 关键词的个数一般不要超过 5 个, 以 1~3 个左右为宜 2. 用英文的介词 of with by beyond 连接关键词, 不建议使用布尔逻辑符 and

19 候选结果 as entered 如所输入 Concept 表示做了同意词的扩展 Closely associated with one another 表示同时出现在一个句子中 were present anywhere in the reference 表示同时出现在一段话中

20 去掉重复文献三种后处理功能 : 分析限定分类

21 本研究的主要作者研究机构 -Analysis 根据作者名分析, 了解本课题主要的研究人员根据机构名分析, 了解该课题的主要研究机构, 帮助我们寻找合作和交流伙伴

22 本研究的重要内容和学科领域 -Analysis 文献中出现了哪些重要概念? 文献主要涉及到哪些学科?

23 快速查找本研究的综述 -Refine 获得最新的综述文献限定文献类型为 Review

24 喹诺酮类抗菌药物的合成 - Categorize 对应的文献一级学科二级学科关键词

25 喹诺酮类抗菌药物有哪些 - Categorize 获得与环丙沙星有关的文献环丙沙星左氧氟沙星诺氟沙星

26 与环丙沙星有关的文献获得被引用次数最多的文献点击文章标题, 获取详细的文献信息

27 一篇文献的详细信息获取全文人工编写文献的基本信息

28 一篇文献的详细信息文献中出现的关键词, 帮助我们快速地了解全文文献中出现的重要物质点击 CAS RN, 获取物质信息

29 环丙沙星的详细信息物质的结构 CAS RN 分子式名称已删除的 CAS RN 与物质有关的文献物质所在的文献类型

30 环丙沙星的详细信息环丙沙星及其衍生物在各类研究文献中的角色分类物质的生物活性物质的作用靶点

31 环丙沙星的详细信息预测性数据实验性数据

32 获取合成环丙沙星的反应 ( 物质 - 反应 )

33 合成环丙沙星的相关反应

34 获取制备环丙沙星的文献 ( 物质 - 文献 )

35 制备环丙沙星的文献

36 获取制备环丙沙星的专利文献限定文献类型为 Patent

37 结果集的保存 -save, print, export <50 条 Export: Citation manager: 保存成 RIS 格式, 用于导入 EndNote 等文献管理工具 Offline Review: 保存成 PDF,RTF 格式, 用于脱机浏览 Save: 保存在服务器上, 可登陆后查看

38 文献检索小结分析检索主题, 选择 1~3 个恰好的关键词关键词之间用介词 of, with, by 等进行连接选择同时包含 Concepts 和 closely associated with one another 的候选项使用分析限定功能了解课题的研究情况利用系统分类功能对文献进行按照学科分类请勿过量下载 CAS is a division of the American Chemical Society. 38 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

物质检索途径物质结构 Markush 分子式物化性质物质标识符 ( 名称 CAS RN) CAS is a division of the American

41 结构检索 - 绘制工具铅笔元素周期表可变基团重复基团工具碳链工具选择工具环锁定工具旋转工具正电子橡皮常用基团 R 基团定义工具可变位置连接工具模版工具索套选择工具原子锁定工具镜面旋转工具 C 原子和单键恢复工具结构和反应切换功能结构检索选择单双键,RS 构型, 不确定键定义工具负电子常见环, 多元环工具

42 结构检索精确结构检索 : 获得物质的盐, 聚合物, 混合物, 配合物等, 母体结构不能修改, 不能修饰亚结构检索 : 所画的结构必须存在, 母体结构不能修改, 但可以被修饰相似结构检索 : 获得相似度在 60 分以上的结构, 母体结构可以修改, 也可以被修饰, 用相似度来控制获得的结果

43 检索环丙沙星的衍生物 CAS RN 转换成结构 SciFinder 结构保存格式 : SciFinder(.caf)- 导入 SciFinder 中 ChemDraw(.mol)- 导入到 ChemDraw 中

44 检索环丙沙星的衍生物可提前设定要检索的物质的类型所处的研究领域等

45 亚结构检索结果物质本身同位素盐聚合物配合物衍生物亚结构检索得到精确结构检索的结果和衍生物

46 物质检索的分析限定功能生物活性有无商业性质元素有无相关反应物质角色作用靶点限定结构是否包含同位素是否包含金属元素有无商业性质有无物化性质物化性质有无参考文献原子取代

47 物质的分析功能

48 物质限定功能可变基团功能 - 获得特定位点为卤素取代的物质

49 特定位点为卤素取代的物质不想要这个环发生取代呢?

50 获取吡啶环不发生取代的物质 - 进一步限定结构使用原子锁定工具可以避免发生取代

51 吡啶环不发生取代的物质

52 查看特定位点的取代情况获得特定位点为除 H 外所有原子取代的物质

53 符合要求的物质卤素取代 2 无取代 3 除了 H 以外所有原子的取代

54 物质检索小结物质的检索途径包括 : 结构式 Markush 分子式名称 CAS No. 结构检索分为精确结构亚结构和相似结构检索三种物质检索提供多种分析限定功能检索物质, 能得到物质的基本信息物化性质谱图等物质检索还是非常好的获取文献和反应的途径

56 SciFinder 中的反应定义工具反应箭头反应角色工具反应原子标记工具反应位置标记工具反应官能团列表 56

反应角色定义工具原子标记工具 ( 标记反应前后相对应的原子 ) 反应位置标记工具 ( 标记反应过程中形成或断裂的键 ) 代表任意的键, 可以是单键双键或者三键 CAS is a division

检索生成环丙沙星的反应精确反应检索亚结构反应检索 CAS is a division of the American Chemical

61 反应检索的分析方法催化剂分析反应步数分析

62 反应检索的限定方法限定产率进一步限定反应物质限定不参与反应的官能团

63 一条反应的详细信息反应的整体概述, 每一步的溶剂, 温度, 反应条件

64 一条反应的详细信息来源于原文的反应实验操作过程

SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线点击进入 SciPlanner 界面选中感兴趣的反应, 点击 Send to SciPlanner CAS is a division of

66 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线 SciPlanner 介绍

67 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线创建文件名刚刚推送过来的反应

68 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线 1 将反应至于编辑面板中 (a : 用鼠标直接拖入 b: Ctrl + 用鼠标直接拖入 ) 2 进一步合成中间体, 将鼠标放在中间体上, 弹出物质标准菜单, 选择 Synthesize this

69 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线跳转至反应检索界面, 选中感兴趣的反应, 点击 send to SciPlanner, 重复前面的操作

70 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线将刚刚推送过来的反应拖到编辑面板中第一条反应的底物是第二条反应的产物, 用鼠标将该物质拖至重合

71 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线重复前面的操作, 进一步合成中间体设计好的完整的逆合成路线, 反应都是从简单的原料开始的

72 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线选中逆合成路线, 点击 GoTo, 选择参考文献

73 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线逆合成路线设计的所有的参考文献, 选中后推送至 SciPlanner

74 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线刚刚推送过来的参考文献将参考文献拖至编辑面板中

75 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线输入文件名将逆合成路线打印成 PDF 格式

76 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线打印出来的逆合成路线每一步反应的详细信息

77 SciPlanner- 设计合成环丙沙星的路线逆合成路线涉及的物质逆合成路线涉及的参考文献

78 反应检索小结画出完整的或部分的反应式进行检索可进行精确反应检索或亚结构反应检索通过 Analyze/Refine 功能来分析反应条件或限定收率等提供反应的步骤信息和详细的操作过程 SciPlanner 帮助设计逆合成路线并形成直观简洁的报告

80 SciFinder Web 的系统要求 Windows 用户支持 IE 8.0 或者 FireFox 2.0 Mac 用户支持 Firefox 和 Safari Java 安装, 建议安装 Java 7.0 CAS is a division of the American Chemical Society. 80 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

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85 设置用户名及密码注意事项用户名 : 必须是唯一的, 且包含 5-15 个字符它可以只包含字母或字母组合数字和 / 或以下特殊字符 : -( 破折号 )_( 下划线 ). ( 句点 )@( 表示 at 的符号 ) 密码 : 必须包含 7-15 个字符, 并且至少包含三个以下字符 : 字母混合的大小写字母数字非字母数字的字符 ( # % & *) 密码设置小技巧 : 1: 不要和账号中有重复的字符 2: 密码格式最好是 abc@123 CAS is a division of the American Chemical Society. 85 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

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86 使用这个链接登陆 SciFinder 注册成功获得自己的帐号后, 在学校 IP 范围内的任意电脑上打开网页后输入自己的 SF 用户名和密码即可使用 SciFinder Web / CAS is a division of the American Chemical Society. 86 Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

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SciFinder Web 常见问题任何需要反馈给图书馆的问题, 都请点击测试 IP 地址的链接 http://www.cas.

91 Comprehensive Content Sophisticated Analysis Unprecedented Results Thank You 陈丹 CAS is a division of the American Chemical Society. SciFinder 销售代表 Tel: emma@igroup.com.cn 答疑 QQ: 刘霞妹 SciFinder 培训专员 Tel: echo@igroup.com.cn 答疑 QQ: Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.

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The Growing Importance of Patinformatics SciFinder Web 源于化学, 超越化学的一站式检索平台 SciFinder Web 使用介绍李凤梅 SciFinder 培训专员 2013.11 提纲介绍 SciFinder Web 中的内容 SciFinder Web 中的检索和后处理 SciFinder Web 中的物质结果及相关文献处理 SciFinder Web 中的物质检索方法 SciFinder Web 中的主题检索 SciFinder