The Growing Importance of Patinformatics

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娇那殷
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1 SciFinder Web 源于化学, 超越化学的一站式检索平台西安交通大学 --SciFinder Web 使用介绍李凤梅 SciFinder 培训专员

2 提纲 SciFinder Web 介绍 SciFinder Web 中的内容 SciFinder Web 特色功能 SciFinder Web 中的检索 SciFinder Web 中的常规检索举例 SciFinder Web 中的反应检索举例 SciFinder Web 中的 SciPlanner SciFinder Web 的注册和常见问题 2

3 美国化学文摘社 Chemical Abstract Service ACS 的分支机构, 创立于 1907 年致力于跟踪索引并提炼全球化学相关的科技文献信息最先创立了纸本化学文摘总部位于俄亥俄州的哥伦布市 1300 名员工, 精通 50 多种语言关注索引上万种期刊和 63 家专利客户覆盖全球 1900 所高校 500 强公司以及所有主要的专利局 3

4 SciFinder Web 中包含的数据库期刊专利论文会议报告 Chemcats CAPlus Medline Chemlist 溶剂, 催化剂, 产率, 反应实验过程等 Registry CASReact 物质基因合成信息 4

5 SciFinder Web 中的几个主要数据库 CAS REGISTRY SM >6800 万有机无机物质 >6300 万生物序列每天更新约新物质物质报道文献, 回溯到 1802 年物质信息包含了大量的实验数据, 预测数据, 以及物质标签和谱图 CASREACT >4400 万单步和多步反应 >1400 万物质合成制备信息源自专利和期刊文献每天更新数千条单步多步反应反应回溯到 1840 年 CAS Databases CAplus SM >3600 万专利和期刊信息 >10000 种期刊的覆盖 63 个专利发行机构每天更新 4000 条记录文献回溯到 19 世纪初引文信息回溯到 1997 年之前, 超过 3 亿条引文信息 MARPART >93.3 万专利中的有机, 有机金属结构回溯至 1961 年每天更新 (60-75 篇专利引文, 以及个 Markush 结构 ) 5

6 CAplus SM 涵盖了上万种期刊及 63 个专利发行机构专利 Japanese Patent Office (JPO) China (CN) Republic of Korea (KR) India (IN) Taiwan (TW) Hong Kong (HK) Philippines (PH) Singapore (SG) 6

7 CAplus SM 中的索引词帮助解决各种描述歧义问题文献检索过程中经常遇到很多同义词近义词单复数不同时态的情况, 科研人员常常花费大量的时间进行检索式的编辑 ; 全球科研人员对同一概念的描述, 受语种习惯, 教育背景的不同而不同 SciFinder Web 中的 Index term 是一种标准化的索引词, 配合智能化的检索模式, 保证检索的全面性 7

8 CAS REGISTRY SM 是化学物质信息的黄金标准 8

9 CASREACT 是检索化学反应最权威的来源 CASREACT 是世界上最大的, 更新速度最快的反应数据库 9

10 MARPAT 全球专利文献中的 Markush 结构库 MARPAT 帮助最大程度的找到结构相关专利文献 10

11 SciFinder Web 登陆界面输入 SciFinder 帐号和密码 11

12 SciFinder Web 登陆后主界面文献, 物质, 反应检索入口, 默认开始检索文献检索完, 请点击退出可用的检索方法保存过的结果集邮件提醒结果集 12

13 提纲 SciFinder Web 介绍 SciFinder Web 中的内容 SciFinder Web 特色功能 SciFinder Web 中的检索 SciFinder Web 中的常规检索举例 SciFinder Web 中的反应举例 SciFinder Web 中的 SciPlanner SciFinder Web 的注册和常见问题 13

14 SciFinder Web 特色功能 KMP 定题查询设定提醒, 一旦有新的记录, 会发邮件通知设置提醒文件名和失效时间 14

15 SciFinder Web 特色功能根据引文排序依据被引次数排序 15

16 SciFinder Web 特色功能 Quick View (Reference) 16

17 SciFinder Web 特色功能物质的靶标和生物活性在物质详细信息栏, 可以查询到物质的生物活性信息和靶标信息 17

18 SciFinder Web 特色功能 Explore by Property 18

19 SciFinder Web 特色功能 Markush 检索直接检索和结构有关的专利, 用于做初步的专利评估 19 19

20 SciFinder Web 特色功能 SciPlanner 20

21 SciFinder Web 特色功能反应过程的获取 SciFinder 中的部分源自期刊和专利中的反应, 提供了反应过程信息, 使得科研工作者不需要阅读原文, 就可以获得对应的反应历程 21

22 SciFinder Web 新功能将 CAS RN 转化为结构可在结构绘制工具中直接将 CAS RN 转化为结构节省了结构绘制时间 22

23 SciFinder 最新功能将反应按转化类型分类 Group by Transformation 帮助研究人员根据反应的转换类型进行快速判断 23

24 提纲 SciFinder Web 介绍 SciFinder Web 中的内容 SciFinder Web 特色功能 SciFinder Web 中的检索 SciFinder Web 中的常规检索举例 SciFinder Web 中的反应检索举例 SciFinder Web 中的 SciPlanner SciFinder Web 的注册和常见问题 24

25 SciFinder Web 中的常规检索主题 : Catalysts of cross coupling reaction ( 交叉偶联反应的催化剂 ) 使用介词来连接关键词, 点击 Search 25

26 主题检索的候选项 Concept 表示做了同意词的扩展 Closely associated with one another 表示同时出现在一个句子中 present anywhere in the reference 表示同时出现在一段话中 26

27 SciFinder 中的文献检索结果 27

28 SciFinder 提供的引文排序 Citing Reference 文献分析工具 28

29 SciFinder 中的 Analysis 领域内主要研究人员, 专家主要研究机构, 合作伙伴, 竞争对手主要出版杂志, 机构, 潜在投稿期刊 29

30 SciFinder 中的 Analysis 索引词 (Index Term): 可以帮助我们对文献的内容进行大致的了解选择感兴趣的内容, 点击 Apply 30

31 SciFinder 中的 Refine Refine : 帮助用户迅速获得需要的文献中科院 31

32 文献结果集的保存 Export: Citation manager: 保存成 RIS 格式, 用于导入 EndNote 等文献管理工具 Offline Review: 保存过成 PDF, RTF 格式, 用于脱机浏览 Save: 保存在服务器上, 可登陆后查看 32

33 SciFinder 中的 Categorize 通过历史导航条回到任一检索界面 Categorize 系统分类功能, 基于 Index Term, 对文献依学科方向进行分类 33

34 SciFinder 中的 Categorize 一级目录二级目录和二级目录相关的 Index Term 选中的 Index Term 各种交叉偶联反应的催化剂 34

35 感兴趣的结果集点击标题查看具体文献 35

36 文献详情文献摘要部分, 描述了原文的主要内容文献来源 36

37 索引部分重要的物质原文中出现的重要的概念 37

38 具体物质的详细信息物质的 CAS 号结构式英文名称商品名俗名依据 CAS Role 做的文献类型分布 38

39 理化性质及谱图链接到原始文献查看更具体谱图信息直接查看物质的谱图 39

40 物质的反应信息点击 Get Reaction, 直接查看物质相关反应 40

41 二氯双三苯基磷钯作为催化剂参与的反应查看高收率的反应 41

42 收率在 90% 的反应 42

43 排序 --Group by transformation 43

44 按转化类型分类 44

45 查看具体类型的反应把有实验历程的反应排到前面 45

46 反应的详情及实验过程 46

47 提纲 SciFinder Web 介绍 SciFinder Web 中的内容 SciFinder Web 特色功能 SciFinder Web 中的检索 SciFinder Web 中的常规检索举例 SciFinder Web 中的反应检索举例 SciFinder Web 中的 SciPlanner SciFinder Web 的注册和常见问题 47

48 SciFinder 结构绘制工具铅笔元素周期表可变基团重复基团工具碳链工具选择工具环锁定工具旋转工具正电子橡皮常用基团 R 基团定义工具可变位置连接工具模版工具索套选择工具原子锁定工具镜面旋转工具 C 原子和单键恢复工具结构和反应切换功能结构检索选择单双键,RS 构型, 不确定键定义工具负电子常见环, 多元环工具

49 SciFinder 中的反应定义工具反应箭头反应角色工具反应原子标记工具反应位置标记工具反应官能团列表 49

50 SciFinder 中的反应检索检索符合以下条件的醛基还原为甲基醇的反应 50

51 定义反应 Variable Only at the Specified Positions: 仅在特定位点上面发生变化的反应 Substructure of more complex structure: 亚结构反应检索 51

52 反应检索结果 52

53 Find additional reaction Find additional reaction 后增加了三条记录 53

54 直接链接到相关文献 54

55 Substructure of more complex structure 亚结构反应检索当想获得更多的结果时, 有的人会尝试使用亚结构反应检索先不做任何限定进行亚结构的反应检索, 来看一下会得到什么样的结果集? 55

56 检索到了条反应! 如何精简检索结果? 56

57 大致浏览结果后, 发现有以下几类反应存在 1, 发现苯环环系变化 2, 发现羰基被加成而不是还原说明我们初始的反应定义太宽泛假设这两种检索结果都不是我们想要的, 怎么办? 57

58 重新定义反应或者在 Refine 下进行限定环锁定工具的作用是禁止已有的环稠合其他的环系原子锁定工具的作用是禁止被锁定的原子连接除氢之外的其他原子或基团 58

59 反应数缩减到了 1818 条 59

60 继续浏览发现存在以下反应这个反应中醛基发生了 wittig 反应, 产物中的羟甲基是反应物结构中本来就存在的这显然也是我们不想要的结果怎样排除这样的结果呢? 继续对反应进行限定 60

61 重新定义反应或者在 Refine 下进行修改限定原子对应工具使反应前后的原子相对应双击 61

62 获得符合要求的反应 (1488 条 ) 62

63 总结思考从以上检索过程总结, 满足检索条件的反应应该定义如左图或者最初开始检索时就定义好, 或者在 Refine 下进行修改限定 63

64 提纲 SciFinder Web 介绍 SciFinder Web 中的内容 SciFinder Web 特色功能 SciFinder Web 中的检索 SciFinder Web 中的常规检索举例 SciFinder Web 中的反应检索举例 SciFinder Web 中的 SciPlanner SciFinder Web 的注册和常见问题 64

65 SciPlanner 更加直接的方法组织, 管理结果勾选感兴趣的反应点击 Send to SciPlanner 可以看到有 1 条反应推送到 SciPlanner 65

66 SciPlanner 主面板点击屏幕右上方的 SciPlanner, 可以看到 SciPlanner 的面板, 刚才推送的反应, 就在这里创建一个新的 SciPlanner 文件 66

67 SciPlanner 拖入反应, 并尝试中间体的合成检索将右侧的反应, 拖入 SciPlanner 中如对其中一个物质的合成很感兴趣, 可以直接点击, 使用物质标准菜单, 获得它的合成方法 67

68 SciPlanner 将中间体的合成路线添加至 SciPlanner 类似上述的步骤, 将中间体的反应拖至 SciPlanner 中可以看到这两条反应的产物和反应物是同样的用鼠标将这两个结构拖至重贴状态 68

69 SciPlanner 可以不断的重复上述的步骤两条反应的结果三条反应的结果, 反应都是从简单的原料开始的 69

70 SciPlanner 获得反应对应的文献框选所有的反应, 所有的结构都显示为红色点击上面的 Goto, 选择 Selected References 70

71 SciPlanner 反应对应的文献勾选文献 Send to SciPlanner 3 篇文献推送到 SciPlanner 中 71

72 SciPlanner 自由组合文献和反应的排列获得结果后, 点击 WorkPlace 下的 Export, 将结果输出成 PDF 格式 72

73 导出的内容 73

74 SciPlanner 小结针对要研究的物质, 快速查找合成路线并找到支持的文献信息简洁方便的工作平台, 帮助对合成路线进行整理所有文献物质反应信息都可以导出至一张工作表中节省大量的文献整理时间, 提高工作效率方便科研人员之间的信息分享 74

75 提纲 SciFinder Web 介绍 SciFinder Web 中的内容 SciFinder Web 特色功能 SciFinder Web 中的检索 SciFinder Web 中的常规检索举例 SciFinder Web 中的反应检索举例 SciFinder Web 中的 SciPlanner SciFinder Web 的注册和常见问题 75

76 SciFinder Web 的注册和登陆 SciFinder Web 的系统要求 Windows 用户支持 IE 7.x 或者 FireFox 2.x Mac 用户支持 Firefox 和 Safari Java 安装 ( 初次使用结构时自动安装 ) 在图书馆相关页面上找到 SciFinder Web 注册用的网址 76

77 西安交通大学 SciFinder Web 注册链接注册获得自己的 SciFinder Web 帐号时必须通过图书馆这个链接注册注册成功获得自己的帐号后, 在学校 IP 范围内的任意电脑上打开网页后输入自己的 SF 用户名和密码即可使用 SciFinder Web 77

78 点击 URL 创建 SciFinder Web 账号开始创建 SciFinder Web 帐号创建 ID 所用的 IP 不能是代理服务器的 IP 现在可以使用 163, Gmail 等公共邮箱注册 SciFinder Web 78

79 设置用户名及密码注意事项用户名 : 必须是唯一的, 且包含 5-15 个字符它可以只包含字母或字母组合数字和 / 或以下特殊字符 : -( 破折号 ) _( 下划线 ). ( 句点表示 at 的符号 ) 密码 : 必须包含 7-15 个字符, 并且至少包含三个以下字符 : 字母混合的大小写字母数字非字母数字的字符 ( # % & *) 密码设置小技巧 : 1: 不要和账号中有重复的字符 2: 密码格式最好是 abc@123 79

80 对新 ID 的确认需要点击邮件中的确认链接 80

81 SciFinder Web 常见问题并发用户数已满, 请稍后再试 81

82 SciFinder Web 常见问题账号或密码错误, 请在 username 处填写, 截图, 并与图书馆联系 82

83 SciFinder Web 常见问题任何需要反馈给图书馆的问题, 都请点击测试 IP 地址的链接将页面截图下来, 一并发给图书馆 83

84 SciFinder Web 网络在线资源平台资源下载 :PDF 文件在线演示 :Flash 演示网络培训 : 不定期的网络专题培训 84

85 SciFinder Web 使用注意事项禁止过量下载严禁账号分享严禁将账号用于非学术研究 85

86 Comprehensive Content Sophisticated Analysis Unprecedented Results Thank You 李凤梅 SciFinder 培训专员 Tel: 答疑 QQ:

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The Growing Importance of Patinformatics SciFinder Web 源于化学, 超越化学的一站式检索平台 SciFinder Web 使用介绍李凤梅 SciFinder 培训专员 2013.11 提纲介绍 SciFinder Web 中的内容 SciFinder Web 中的检索和后处理 SciFinder Web 中的物质结果及相关文献处理 SciFinder Web 中的物质检索方法 SciFinder Web 中的主题检索 SciFinder