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1 生物信息学 第三章生物信息学资源与数据挖掘工具 毛理凯

2 2 本课目录本课目录本课目录本课目录本课目录本课目录本课目录本课目录 基本信息搜索基本信息搜索基本信息搜索基本信息搜索基本信息搜索基本信息搜索基本信息搜索基本信息搜索 国外重要生物信息中心国外重要生物信息中心国外重要生物信息中心国外重要生物信息中心国外重要生物信息中心国外重要生物信息中心国外重要生物信息中心国外重要生物信息中心 数据库目录数据库目录数据库目录数据库目录数据库目录数据库目录数据库目录数据库目录 常用序列格式常用序列格式常用序列格式常用序列格式常用序列格式常用序列格式常用序列格式常用序列格式 核酸数据库核酸数据库核酸数据库核酸数据库核酸数据库核酸数据库核酸数据库核酸数据库 蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库 其他数据库其他数据库其他数据库其他数据库其他数据库其他数据库其他数据库其他数据库

3 一 基本信息搜索 3

4 Google ( 谷歌 ) 网上查资料 4

5 Google 查询结果 5

6 查中文生物文献 6

7 PubMed (pubmed.com pubmed.com) 查英文生物文献 可编程 7

8 关键词的选择 不是特殊情况, 尽量使用名词原形, 不使用复数 所有格等 尽量使用专业用语, 不使用 the, of, and, research 等常用词作为关键词 为了减少遗漏, 使用尽可能少而精的关键词 8

9 PubMed 查询结果 (1) 所有文章 9

10 10 10 PubMed PubMed PubMed PubMed PubMed PubMed PubMed PubMed 查询结果查询结果查询结果查询结果查询结果查询结果查询结果查询结果 (2) (2) (2) (2) (2) (2) (2) (2) 综述文章综述文章综述文章综述文章综述文章综述文章综述文章综述文章保存搜保存搜保存搜保存搜索结果索结果索结果索结果查看该查看该查看该查看该文摘要文摘要文摘要文摘要

11 显示单篇文章 ( 摘要 ) 11

12 增加搜索选项 12

13 精确使用 PubMed 查找 ( 高级搜索 ) 检索条件 (search terms) 关键词 (keyword) 标签 (tag) 操作符 (operator) 字段 (field) 13

14 查找帮助 (1) 14

15 查找帮助 (2) 15

16 Google vs 百度 16

17 二 国外重要生物信息中心 17

18 NCBI 美国国家生物技术信息中心 (National Center for Biotechnology Information) 前身是 NIH 所属的一个研究所的计算生物学研究室,1988 年独立为 NCBI, 形式上属于国家医学图书馆 (National Library of Medicine/NLM) 管理着许多著名数据库, 如 GenBank Medline dbsnp COG OMIM 等 提供 Entrez BLAST 等服务 18

19 19 EBI 欧洲生物信息学研究所 (European Bioinformatics Institute) 1994 年建于英国剑桥, 前身是德国海德堡的欧洲分子生物学实验室的信息服务部门 EBI 接收了原来 EMBL 数据库的管理和维护 是欧洲分子生物学网 (EMBnet) 的一个特别节点 ( 主页 ) ( 工具 ) ( 服务 )

20 NIG 日本国立遗传学研究所 (National Institute of Genetics) 创立于 1949 年 7 月 1 日, 属文部省管辖 信息服务始于 1984 年 维护管理着 DDBJ 1987 年 1 月发行 DDBJ 第一版 20

21 其他重要中心 HHMI (Howard Hughes Medical Institute) [ 美 ] MIPS (Munich Information Center for Protein Sequences) [ 德 ] SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) [ 瑞士 ] SWISS-PROT, ExPASy, ENZYME, NCGR [ 美 ], JIPID [ 日 ], HGMP[ 英 ], BioBase [ 丹 ], 21

22 三 数据库目录 22

23 NAR 数据库专辑 从 1994 年开始, 核酸研究核酸研究 杂志 (Neucleic Acids Research) 每年第一期是生物数据库专辑 每个专辑大约介绍 100 多种库 从 2000 年起, 该杂志的出版社 ( 牛津大学出版社 ) 设立了一个数据库目录网页 23

24 其他数据库列表 NIH 全球数据库列表 CBI 的生物数据库镜像列表 24

25 四 常用序列格式 25

26 FASTA 序列格式 也叫 Pearson 格式 简单 使用最多 例子 ( 单序列 ) >Name of the sequence ctgcgagncgcgcgatgatagmmm-nnnnnnnatgancgcggcgagcatgtagcatgcta NNNnnnnatgancgcggcgagcatgtagcatgcta gctgtcgcgagcactuuuurrrrrrrrrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcaggga gcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctavvvvcgtaggcagccgcc - 表示间隔 26

27 多序列 FASTA >sequence1, E. coli ctgcgagncgcgcgatgatagmmm-nnnngnnatgancgcggcgagcatgtagcatgcta NNNngnnatgancgcggcgagcatgtagcatgcta gctgtcgcgagcactugaurrrrrrtrrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcaggga gcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctavagvcgtaggcagccgcc >sequence2, B. subtilis ctgcgagncgcgcgatgatagctgactnntnatganncgcggcgagcatgtagcatgcta gctgtcgcgagcactucturrrrrrcrrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcaggga gcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctavcgvcgtaggcagccgcc >sequence3, B. natto ctgcgagncgcgcgatgatagmcgatcccnatgannncgcggcgagcatgtagcatgcta gctgtcgcgagcactuggurrrrrrggrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcaggga gcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctavaavcgtaggcagccgcc 27

28 FASTA 序列格式中的核苷酸表示法 A 腺嘌呤 (adenosine) M A 或 C (amino) C 胞嘧啶 (cytidine ytidine) S G 或 C (strong) ( G 鸟嘌呤 (guanine uanine) W A 或 T (weak) ( T 胸腺嘧啶 (thymidine) B G 或 T 或 C U 尿嘧啶 (uridine ridine) D G 或 A 或 T R G 或 A (purine) H A 或 C 或 T Y T 或 C (pyrimidine) V G 或 C 或 A K G 或 T (keto) ( N A 或 G 或 C 或 T (any) 不确定长度间隔 28

29 29 FASTA 序列格式中的氨基酸表示法 A B C D E F G H I K L M N 丙 (alanine) D 或 N 半胱 (cystine ystine) 天冬 (aspartic acid) 谷 (glutamic acid) 苯丙 (ph phenylalanine) 甘 (glycine) 组 (histidine) 异亮 (isoleucine soleucine) 赖 (lysine lysine) 亮 (leucine eucine) 甲硫 (methionine ethionine) 天冬酰胺 (asparagi asparagine) P Q R S T U V W Y Z X * 脯 (proline) 谷氨酰胺 (glutamine) 精 (arginine) 丝 (serine) 苏 (threonine) 硒代半胱 (selenocysteine selenocysteine) 缬 (valine aline) 色 (tryptophan tryptophan) 酪 (tyrosine rosine) E 或 Q 任何氨基 (any) 翻译终止 (translation stop) 不确定长度间隔

30 PHYLIP 序列格式 例子 5 15 Sequence1 agctggcttaaggcc Sequence2 tcggactagagaatc Sequence3 gggacattacga-- --t Sequence4 gaataactag-gact gact Sequence5 ag-- --gata---gaag 第一行 : 序列数和序列长度 ( 包括间隔 ) 每一条序列长度相等 30

31 五 核酸数据库 31

32 32 国际核苷酸序列数据库联盟 International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) 包括 GenBank [ 美 ] EMBL [ 欧 ] DDBJ [ 日 ] 每天这三个数据库作数据这三个数据库作数据同步同步操作 在任何一个数据库操作 ( 查找 投递数据等 ) 是等效的

33 GenBank 主页 可编程 33

34 GenBank 结构 GenBank 包括三个子数据库 CoreNucleotide dbest dbgss 其中 CoreNucleotide 还分为更小的 BLAST 数据库 nr htgs wgs env_nt 34

35 35 35 GenBank GenBank GenBank GenBank GenBank GenBank GenBank GenBank 查询 (1) (1) (1) (1) (1) (1) (1) (1) 已知收录号已知收录号已知收录号已知收录号已知收录号已知收录号已知收录号已知收录号 (accession accession accession accession accession accession accession accession number) number) number) number) number) number) number) number) 的情的情的情的情的情的情的情的情况选数据库选数据库选数据库选数据库选数据库选数据库选数据库选数据库输入收录号输入收录号输入收录号输入收录号输入收录号输入收录号输入收录号输入收录号查询结果摘要查询结果摘要查询结果摘要查询结果摘要查询结果摘要查询结果摘要查询结果摘要查询结果摘要点击查看详细结果点击查看详细结果点击查看详细结果点击查看详细结果点击查看详细结果点击查看详细结果点击查看详细结果点击查看详细结果

36 GenBank 查询 (2) 查看详细结果 36

37 37 GenBank 序列格式 LOCUS AY bp DNA linear PLN 14-JUN 1 JUN-2004 DEFINITION Zea mays subsp. parviglumis voucher PI RFLP marker csu1171. ACCESSION AY VERSION AY GI: KEYWORDS. SOURCE Zea mays subsp. parviglumis ORGANISM Zea mays subsp. parviglumis Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; PACCAD clade; Panicoideae; Andropogoneae; Zea. REFERENCE 1 (bases 1 to 470) AUTHORS Tenaillon,M.I., U'Ren,J., Tenaillon,O. and Gaut,B.S. TITLE Selection Versus Demography: A Multilocus Investigation of the Domestication Process in Maize JOURNAL Mol. Biol. Evol. 21 (7), (2004) PUBMED REFERENCE 2 (bases 1 to 470) AUTHORS Tenaillon,M.I., U'Ren,J., Tenaillon,O. and Gaut,B.S. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (23-DEC DEC-2003) Ecology and Evolutionary Biology, UC Irvine, 321 Steinhaus Hall, Irvine, CA 92697, USA FEATURES Location/Qualifiers source /organism="zea mays subsp. parviglumis" /mol_type="genomic DNA" /cultivar="benito Juarez" /sub_species="parviglumis" /specimen_voucher="pi (USDA/NCRPIS)" /db_xref="taxon:76912" /chromosome="1" /country="mexico" misc_feature /note="rflp marker csu1171" ORIGIN 1 cagactacgc tgaaggcatg gtttcttctc agtgtcattc atgctctaaa tttgaaattc 61 aatataggtt gtcagcgact acgaaagttt ttattgacga tcctcttgcg attctgcagc 121 tatcaaagga ataaagacca gccaaagacc tctagctgta gccgcataag gagctggacg 181 tgtaatcatt tactctgtgc aagtttacca gtgatgcgat ctgtatagat gtgtgtcttg 241 tccagccata cgtataccgg agatgaaagg agatggaggc agtgaagaaa tatccttttt 301 tttttcttct catttttcac gaggatgcgg tgcactgctc ccagaatgct gtgtccaatt 361 tacaaacgca caggtggcat atgaactagc agagtagctt tatcttgaaa ggaaactgta 421 tttggggtcg atgaaccctc tggtgttatt cttcagactg gtaaacgatg // 注释部分序列部分

38 38 38 GenBank GenBank GenBank GenBank GenBank GenBank GenBank GenBank 查询 (3) (3) (3) (3) (3) (3) (3) (3) 也可用也可用也可用也可用也可用也可用也可用也可用 Entrez Entrez Entrez Entrez Entrez Entrez Entrez Entrez browser browser browser browser browser browser browser browser 来查来查来查来查来查来查来查来查询各种数据询各种数据询各种数据询各种数据询各种数据询各种数据询各种数据询各种数据 ( 集成搜索工集成搜索工集成搜索工集成搜索工集成搜索工集成搜索工集成搜索工集成搜索工具 )

39 39 向 GenBank 投递序列 GenBank 提供多种工具投递序列, 如 BankIt ( 网上投递 ) 适于少量少量的 注释简单的序列投递 Sequin ( 本地投递 ; 软件 ) 适于大量大量的 复杂的序列投递可投递变异 种系发生种系发生 群体数据集图形界面操作选项多 功能强可向 GenBank, EMBL, DDBJ 中的任一数据库投递

40 EMBL 主页 40

41 DDBJ 主页 41

42 BioSino 是中国自主开发的核酸序列公共数据库 发表我国学者提供的核酸序列, 并接受注册登记 有 CDNAP 和 DDIB 两个产品

43 DNA 结构数据库 CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank, 密码子使用频度表 ) [ 日 ] EPD (Eukaryotic Promotor Database, 真核生物启动子启动子数据库 ) [ 欧 ] TRANSFAC ( 真核生物基因表达调控表达调控因子的数据库 ) [ 德 ] RepBase ( 重复序列 ), MicroSatellite ( 微卫星 ), COMPEL ( 复合元件 ), MPDB ( 分子探针 ), dbsts, dbest, NDB ( 晶体 ), VectorDB ( 载体 ), EID ( 外显内含子 ), ASDB ( 剪接 ), 43

44 44 RNA 序列和核糖体数据库 The RNA Society snorna small RNA RNAse P tmrna grna (guide RNA) TransTerm (mrna) ncrna (non-coding) RNAmods (modification) trna, urnadb, RDP, SSU rrna,

45 基因图谱数据库 RHdb ( 辐射杂交 ; 人 鼠 ) Mouse RH GDB ( 人类 ) GeneMap ( 人类 ; NCBI) 45

46 46 人类基因组相关数据库 GDB ( 人类基因组 ) GDB 代谢数据库 HGVbase [ 瑞典 ] ( 变异, 双等位序列 ) HGMD [ 英 ] ( 变异 ) hum-molgen molgen ( 分子遗传 ) OMIM ( 遗传, 变异 ) HUGE [ 日 ] ( 未经证实的编码基因 ) CEPH Genotype [ 法 ] (SNP) ( p53 [ 法 ] HIB [ 德 ] ( 来自 UniGene)

47 其他模式生物的基因组数据库 DOGS Database of Genome Sizes [ 丹麦 ] 综合 线虫 ACeDB, Sanger 果蝇 FlyBase, Berkeley 小鼠 MGD, Japan 酵母 Stanford, MIPS 狗 Berkeley 大肠杆菌 WISC 47

48 六 蛋白数据库 48

49 49 多级蛋白序列数据库结构 一级 ( 次 ) 序列数据库 PIR( 全面, 注释少 ), MIPS, SWISS-PROT( 注释多 ), TrEMBL, NRL-3D( 三维 ) 序列复合数据库 : NRDB (NCBI, 全, 更新快 ), OWL( 注释多, 冗余低 ), MIPSX, SWISS-PROT+TrEMBL( 冗余更低 ) 二级 ( 次 ) 序列数据库 PROSITE (motif,msa), PRINTS (motifs,msa), BLOCKS( 非正则表达式 ), Profile( 全序列 ), Pfam (HMM) 三级 ( 次 ) 序列数据库 : INDENTIFY

50 50 50 SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS-PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT 蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库蛋白数据库最重要最重要最重要最重要最重要最重要最重要最重要的是瑞士的的是瑞士的的是瑞士的的是瑞士的的是瑞士的的是瑞士的的是瑞士的的是瑞士的 SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS-PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT 和美 德 日合建的日合建的日合建的日合建的美 德 日合建的日合建的日合建的日合建的 PIR PIR PIR PIR PIR PIR PIR PIR SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS-PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT 对数据对数据对数据对数据对数据对数据对数据对数据人工审核人工审核人工审核人工审核人工审核人工审核人工审核人工审核非常严格非常严格非常严格非常严格非常严格非常严格非常严格非常严格 只有实际存在的蛋白质才被收入只有实际存在的蛋白质才被收入只有实际存在的蛋白质才被收入只有实际存在的蛋白质才被收入只有实际存在的蛋白质才被收入只有实际存在的蛋白质才被收入只有实际存在的蛋白质才被收入只有实际存在的蛋白质才被收入 每一条数据都有详细注释一条数据都有详细注释一条数据都有详细注释一条数据都有详细注释一条数据都有详细注释一条数据都有详细注释一条数据都有详细注释一条数据都有详细注释 包括功能包括功能包括功能包括功能 结构域结构域结构域结构域 翻译后的修饰等翻译后的修饰等翻译后的修饰等翻译后的修饰等包括功能包括功能包括功能包括功能 结构域结构域结构域结构域 翻译后的修饰等翻译后的修饰等翻译后的修饰等翻译后的修饰等 还有齐全的引文还有齐全的引文还有齐全的引文还有齐全的引文 到许多其他数据库的链接到许多其他数据库的链接到许多其他数据库的链接到许多其他数据库的链接还有齐全的引文还有齐全的引文还有齐全的引文还有齐全的引文 到许多其他数据库的链接到许多其他数据库的链接到许多其他数据库的链接到许多其他数据库的链接 冗余度很低冗余度很低冗余度很低冗余度很低冗余度很低冗余度很低冗余度很低冗余度很低

51 51 51 TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL TrEMBL 是由是由是由是由是由是由是由是由 EMBL EMBL EMBL EMBL EMBL EMBL EMBL EMBL 库中的核酸序列翻译出来的库中的核酸序列翻译出来的库中的核酸序列翻译出来的库中的核酸序列翻译出来的库中的核酸序列翻译出来的库中的核酸序列翻译出来的库中的核酸序列翻译出来的库中的核酸序列翻译出来的氨基酸序列氨基酸序列氨基酸序列氨基酸序列氨基酸序列氨基酸序列氨基酸序列氨基酸序列 已完成已完成已完成已完成已完成已完成已完成已完成计算机计算机计算机计算机计算机计算机计算机计算机注释注释注释注释注释注释注释注释 但尚未完成人工审核但尚未完成人工审核但尚未完成人工审核但尚未完成人工审核但尚未完成人工审核但尚未完成人工审核但尚未完成人工审核但尚未完成人工审核 是 SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS-PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT 的补充的补充的补充的补充的补充的补充的补充的补充 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/tremb ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/tremb ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/tremb ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/tremb ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/tremb ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/tremb ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/tremb ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/tremb l/ l/ l/ l/ l/ l/ l/ l/

52 PIR(1) 蛋白质信息资源 (protein information resource) 是一个国际蛋白质序列数据库 包含所有所有序列已知的自然界中序列已知的自然界中野生型野生型蛋白质的信息 提供按同源性和分类学组织的 综合的综合的 非冗余的数据库 由 NBRF( 美 ) MIPS( 德 ) JIPID( 日 ) 共同维护 52

53 PIR(2) 1984 年建立, 每周更新 内容分四级 PIR1 完全分类清楚 PIR2 已检查和分类 PIR3 未检查 PIR4 未解码翻译 53

54 54 54 PROSITE PROSITE PROSITE PROSITE PROSITE PROSITE PROSITE PROSITE 数据来源于数据来源于数据来源于数据来源于数据来源于数据来源于数据来源于数据来源于 SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS SWISS-PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT PROT 经生物专家生物专家生物专家生物专家生物专家生物专家生物专家生物专家审编审编审编审编审编审编审编审编, 是蛋白质家族蛋白质家族蛋白质家族蛋白质家族蛋白质家族蛋白质家族蛋白质家族蛋白质家族和结构域数据和结构域数据和结构域数据和结构域数据和结构域数据和结构域数据和结构域数据和结构域数据库 包含有生物学意义的位点包含有生物学意义的位点包含有生物学意义的位点包含有生物学意义的位点包含有生物学意义的位点包含有生物学意义的位点包含有生物学意义的位点包含有生物学意义的位点 (site) site) site) site) site) site) site) site) 模式模式模式模式模式模式模式模式 (pattern) pattern) pattern) pattern) pattern) pattern) pattern) pattern) 轮廓轮廓轮廓轮廓轮廓轮廓轮廓轮廓 (profile) profile) profile) profile) profile) profile) profile) profile) 可帮助判断新发现的序列是否属于已有的蛋可帮助判断新发现的序列是否属于已有的蛋可帮助判断新发现的序列是否属于已有的蛋可帮助判断新发现的序列是否属于已有的蛋可帮助判断新发现的序列是否属于已有的蛋可帮助判断新发现的序列是否属于已有的蛋可帮助判断新发现的序列是否属于已有的蛋可帮助判断新发现的序列是否属于已有的蛋白家族白家族白家族白家族白家族白家族白家族白家族

55 酶数据库 酶的 EC 号 已经清楚的酶被赋予一个有 4 个数字的号码 如, 腺三磷酶 (ATPase) 的 EC 号是 ENZYME 资源 :EC: 号, 分类, 学名, 俗名, 所催化的反应, 来源, 功能, 辅助因子, 文献, 代谢图 BRENDA ( 内容广泛的酶数据库 ) 55

56 PDB (protein data bank) (1) 是重要的蛋白质结构结构数据库 包含实验 (X 射线晶体衍射, 核磁共振 NMR, 电子显微镜等 ) 测定的生物大分子的三维结构 大分子包括蛋白质, 核酸, 蛋白复合体等 1971 年始建于美国布鲁克海文国家实验室 1998 年起管理交给了 RCSB RCSB 是结构生物学合作研究组织 56

57 PDB (2) PDB ID 一个四位的含有数字和字母的代号 如, 9ins ins 代表 insulin 检索 可按多种方法检索 :PDB: ID, 名称等等 高级检索 57

58 PDB (3) 检索结果 58

59 PDB (4) 数据格式 ( 简化 ) 59 HEADER HORMONE 23-OCT OCT-91 9INS 9INS TITLE MONOVALENT CATION BINDING IN CUBIC INSULIN CRYSTALS 9INSA 2 COMPND INSULIN 9INS 3 SOURCE PIG (SUS $SCROFA) 9INS KEYWDS HORMONE 9INSA EXPDTA X-RAY DIFFRACTION 9INSB 4 AUTHOR J.BADGER,G.G.DODSON 9INS REVDAT 2 04-MAY MAY-04 9INS 1 TITLE KEYWDS EXPDTA REVDAT 9INSA 5 REVDAT 07-NOV NOV-91 9INS 0 9INS 6 REMARK 9INS 7 REMARK REFERENCE 1 9INS 8 REMARK AUTH O.GURSKY,Y.LI,J.BADGER,D.L.D.CASPAR 9INS 9 REMARK REF TO BE PUBLISHED 9INS 12 REMARK 1 REFN 353 9INS 13 REMARK 9INS 32 REMARK 2 RESOLUTION. 1.7 ANGSTROMS. 9INS 33 REMARK 9INS 34 REMARK 3 CHI II ANGLES 26.8(20.0) 9INS 57 REMARK 9INS 58 REMARK 4 SOLVENT VOLUME IS 64 PERCENT OF THE CRYSTAL VOLUME. 9INS 63 REMARK 9INS 64 REMARK 5 ENTRY SUPERSEDE 5INS. 9INS 76 SEQRES 1 21 GLY ILE VAL GLU GLN CYS CYS THR SER ILE CYS SER LEU 9INS 77 SEQRES 2 A 21 TYR GLN LEU GLU ASN TYR CYS ASN 9INS 78 SEQRES 1 30 PHE VAL ASN GLN HIS LEU CYS GLY SER HIS LEU VAL GLU 9INS 79 SEQRES 2 30 ALA LEU TYR LEU VAL CYS GLY GLU ARG GLY PHE PHE TYR 9INS 80 SEQRES 3 B 30 THR PRO LYS ALA 9INS 81 FTNOTE 1 9INS 82 FTNOTE 9INS 86 FTNOTE 2 SEE REMARK 5. 9INS 87 FORMUL 3 HOH *81(H2 O1) 9INS 88 HELIX 1 A11 GLY 1 ILE INS 89 HELIX 2 A12 SER A 12 GLU A INS 90 HELIX 3 B11 SER 9 GLY B INS 91 TURN 1 1B1 CYS 19 ARG 22 9INS 92 TURN 2 1B2 GLY B 20 GLY B 23 9INS 93 SSBOND 1 CYS 6 CYS A 11 9INS 94 SSBOND 2 CYS 7 CYS 7 9INS 95 SSBOND 3 CYS A 20 CYS B 19 9INS 96 CRYST I INS 97 ORIGX INS 98 ORIGX INS 99 ORIGX INS 100 SCALE INS 101 SCALE INS 102 SCALE INS 103 ATOM 1 N GLY INS 104 ATOM 2 CA GLY INS 105 ATOM 3 C GLY A INS 106 TER 453 ALA B 30 9INS 556 HETATM 454 HOH INS 557 HETATM 455 HOH INS 558 HETATM 456 O HOH INS 559 CONECT INS 638 CONECT INS 639 MASTER INS 644 END 9INS 645

60 Pfam 可编程 蛋白域数据库数据库 搜索 五个官方镜像 (US US, UK, Swe, Fr, Ko) 基于 HMMER (Sean ( Eddy) 60

61 Pfam 主页 [ 美 ] 61

62 Pfam 搜索蛋白域 62

63 Pfam 搜索结果 可进一步点击查看蛋白家族 63

64 蛋白质组学数据库 COG 蛋白质直系同源直系同源聚类数据库 BIOBASE 的蛋白质组数据库群 8 HumanPSD ( 人 ) YPD, PombePD ( 酵母 ) WormPD ( 线虫 ) 64

65 七 其他数据库 65

66 TIGR 基因组研究所 (The Institute for Genomic Research) 是重要的测序中心 1992 年建立 1995 年参与完成首次全基因组测序 ( 流感嗜血杆菌 ) 拥有世界最大的 cdna 数据库之一 66

67 67 67 比较基因组学数据库比较基因组学数据库比较基因组学数据库比较基因组学数据库比较基因组学数据库比较基因组学数据库比较基因组学数据库比较基因组学数据库 Genecensus Genecensus Genecensus Genecensus Genecensus Genecensus Genecensus Genecensus 耶鲁大学耶鲁大学耶鲁大学耶鲁大学耶鲁大学耶鲁大学耶鲁大学耶鲁大学 基因组比较数据库基因组比较数据库基因组比较数据库基因组比较数据库基因组比较数据库基因组比较数据库基因组比较数据库基因组比较数据库 着重于折叠单元的结构对比着重于折叠单元的结构对比着重于折叠单元的结构对比着重于折叠单元的结构对比着重于折叠单元的结构对比着重于折叠单元的结构对比着重于折叠单元的结构对比着重于折叠单元的结构对比

68 基因表达数据库 Flyview [ 德 ] 果蝇 NEXTDB [ 日 ] 线虫 MAGEST [ 日 ] 海鞘 BodyMap [ 日 ] 人, 小鼠 AxelDB [ 法 ] 非洲爪蟾 TRIPLES [Yale] 酵母 EpoDB [ 美 ] 脊椎动物红细胞 toothexp [ 芬 ] 牙齿 68

69 69 基因突变 病理和免疫数据库 HGMD 人类基因突变 Collagen 人类胶原 ALFRED 人口多样性 DNA 多态性 KMDB 人类疾病有关的基因突变 日本庆应大学医学院 KMearDB, KMeyeDB, KMheartDB, KMbrainDB, KMcancerDB, OMIA 动物 Atlas [ 法 ] 肿瘤, 血液, 细胞

70 代谢途径和细胞调控数据库 WIT EMP MPW [ 美 ] 代谢 Boehringer Mannheim [ 瑞士 ] 著名代谢挂图 BioCyc EcoCyc 大肠杆菌 MetaCyc 微生物, KEGG [ 日 ] 核酸, 蛋白, 表达, 基因组, 代谢 LIGAND [ 日 ] 酶反应 70

71 农牧林相关数据库 AgDB [ 美 ] 农业资源总清单 UK CropNet [ 英 ] 农作物 INE [ 日 ] 水稻 TreeGenes ChickG BASE PiGBASE DogMap 71

72 生物医学文献数据库 MEDLINE 3800 多种生物医学期刊 ( 通过 PubMed 查询 ) SCI ISI 提供的文献引用检索 ( 收费 ) 72

73 其他数据库 Taxonomy 分类学 ETI 生物多样性 TAED 脊索动物, 植物的适应性进化 RegTransBase 原核生物转录调节 73

74 Taxonomy 主页 可编程 或者点击这里 74

75 Taxonomy 搜索结果 75

76 Taxonomy 搜索结果 ( 单个物种 ) 76

77 77 完

<4D6963726F736F667420506F776572506F696E74202D20A960A6CCA5CDA7DEAB4FB0B7A4B6B2D02DC2B2B3F82E707074205BACDBAE65BCD2A6A15D>

<4D6963726F736F667420506F776572506F696E74202D20A960A6CCA5CDA7DEAB4FB0B7A4B6B2D02DC2B2B3F82E707074205BACDBAE65BCD2A6A15D> 創 辦 人 智 慧 感 言 新 芳 奈 米 科 技 宇 宙 的 誕 生 創 造 了 萬 物 奈 米 科 學 以 實 踐 真 理 為 目 的 不 是 以 利 益 為 權 利 讓 自 己 盲 然 又 可 憐 盡 善 盡 美 永 遠 是 發 明 人 的 夢 想 創 造 人 生 智 慧 的 附 加 價 值 恆 河 世 界 亦 如 微 塵 知 無 常 覺 究 竟 即 所 創 造 元 始 自 然 無 為 發 明

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