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1 7 12 Vol. 7 No Journal of Food Safety and Quality Dec., 2016 PCR 杨纯佳, 张 * 娟, 周臣清, 霍丽斯, 崔海萍, 王力清 (, ( ), ) 摘要 : PCR, PCR,, PCR PCR PCR PCR O157:H7 PCR, 关键词 : PCR; PCR; PCR; Research progress on the application of digital PCR in detection of foodborne pathogenic microorganisms YANG Chun-Jia, ZHANG Juan, ZHOU Chen-Qing, HUO Li-Si, CUI Hai-Ping, WANG Li-Qing * (Guangdong Testing Institute of Product Quality Supervision, China National Quality Supervision and Testing Center for Foods (Guangdong), Foshan , China) ABSTRACT: Foodborne diseases are mostly caused by foodborne pathogens, so it is very important to establish effective detection methods of foodborne pathogenic microorganisms for food safety risk monitoring and people's health ensuring. Compared with the traditional PCR, digital PCR has good accuracy and reproducibility, which has provided a new platform for rapid detection of food safety. This article mainly summarized the basic principles, varieties, application and research progress of digital PCR technology including droplet digital PCR and chip digital PCR. The applications of digital PCR technology in detection of Salmonella, Escherichia coli O157:H7, Listeria monocytogenes, Enterobacter cloacae, Staphylococcus aureus and other foodborne pathogenic microorganisms were also discussed in depth. The technology digital PCR has gotten good applications in quantitative detection of genetically modified organisms and animal derived ingredients, but was remained to be better in the application of foodborne pathogenic microorganisms. KEY WORDS: digital PCR; droplet digital PCR; chip digital PCR; foodborne pathogenic microorganisms 基金项目 : (2016A ) Fund: Supported by Science and Technology Project of Guangdong Province (2016A ) * 通讯作者 :,, sdwlq@21cn.com *Corresponding author: WANG Li-Qing, Professor Senior Engineer, Guangdong Testing Institute of Product Quality Supervision, Foshan , China sdwlq@21cn.com

2 12, : PCR 引言,,,,, 70% [1] [2],, [3], PCR, [4-6], PCR,,,, DNA,, DNA, [7] PCR PCR PCR PCR PCR PCR 2 数字 PCR 技术概述 PCR(digital PCR, dpcr) 1992, Sykes [8] PCR, PCR PCR, PCR C t ( ),,,, [9], PCR PCR, PCR PCR [10-14] PCR dpcr(droplet dpcr, ddpcr) dpcr(chip dpcr, cdpcr) PCR PCR,,, PCR,, 1, 0, [15,16] ddpcr PCR(qPCR),,, [17-20] cdpcr PCR,, [21] [22] PCR, PCR 3 dpcr 在食源性致病微生物检测中的应用 3.1 dpcr 检测食品中沙门氏菌,,, [23,24] [25] SD-PMA-ddPCR( - - PCR, sodium deoxycholate-propidium monoazide-droplet dpcr), ddpcr 8.0 copy/20 μl, 10 2 CFU/mL SD-PMA-ddPCR, Rothrock [26] ddpcr,, ddpcr dpcr, 3.2 ddpcr 定量检测大肠杆菌 O157: H7 (enterohemorrhagic Escherichia coli, EHEC) O157:H7,,,, [27] O157:H7, 1982 O157:H7 O157:H7 [28-30] 1999 O157:H7,

3 , 177, 7 [27], [31] O157: H7 rfbe, ddpcr ddpcr 300 nmol/l O157:H7 DNA 4~ copy/20 μl ddpcr, ddpcr DNA 760~88400 copy/20 μl, (RSD<5%) 4 copy/20 μl, 3 copy/20 μl, ddpcr, 13, PCR Bian [32] ddpcr O157:H7, PCR, ddpcr 10 CFU/mL PCR, dpcr 3.3 dpcr 定量检测单核细胞增生李斯特氏菌 (Listeria monocytogenes),,,, 20%~50% [33] 4,,, [34] [35] SD-PMA-ddPCR, (sodium deoxycholate, SD), (propidium monoazide, PMA) DNA, DNA ddpcr SD-PMA-ddPCR 2.0 copy/20 μl, Rothrock [26] ddpcr,, ddpcr Bian [32] ddpcr, 10 CFU/mL SD-PMA-ddPCR, 3.4 dpcr 定量检测阴沟肠杆菌 1980 (Enterobacter sakazakii) ( ), 50% [36] dpcr, qpcr,, 8.9 copy/μl,, 3.5 dpcr 定量检测金黄色葡萄球菌 (Staphylococcus aureus, SA),, [37-39], 33%, 45%, [40-42] Kelley [43] ddpcr, qpcr ddpcr SA0140(SA) (MECA) 397, qpcr ddpcr, ddpcr qpcr,,, dpcr, 4 结语与展望 dpcr,, :(1)dPCR, ; (2) PCR, ;(3)dPCR PCR, PCR PCR,,, ;, 参考文献 [1] Groundwater PW, Todd A, Worsley A J, et al. The technology and techniques used in the detection of pathogenic bacteria [J]. Pharm J, 2009, 283(7569): [2]. PCR [J]., 2006, CFI(11):

4 12, : PCR 4729 Fang P. Application of PCR in rapid detection of some food-borne pathogenic microorganisms [J]. Acad Forum, 2006, CFI(11): [3],,. [J]., 2015, 6(9): Chen YM, Cheng N, Xu WT. Novel technologies for foodborne pathogenic microorganism detection [J]. J Food Saf Qual, 2015, 6(9): [4],,,. [J]., 2013, 34(18): Li JY, Zhao Z, Jia XC, et al. Advance on detection of foodborne pathogenic bacteria [J]. Food Res Dev, 2013, 34(18): [5],,. PCR [J]., 2010, 24(4): Zhang R, Dong HQ, Zhang TW. Development and standardization discussion of PCR detection for foodbornemicro-organis [J]. J Shandong Inst Light Ind, 2010, 24(4): [6]. [J]., 2014, 5(1): Chen AL. Technology application status and development trend of rapid detection of foodborne pathogenic microorganisms [J]. J Food Saf Qual, 2014, 5(1): [7],. [J]., 2007, 28(10): Zeng QM, Zhang DD. Bacterial detection methods in foods [J]. Food Sci, 2007, 28(10): [8] Sykes PJ, Neoh SH, Brisco MJ, et al. Quantitation of targets for PCR by use of limiting dilution [J]. Biotechniques, 1992, 13(3): 444. [9],. PCR [J]., 2014, 24(12): Lin CQ, Yao B. Recent advance in digital PCR [J]. Prog Chem, 2014, 24(12): [10],,,. PCR PCR [J]., 2015, 25(19): Yang DY, Yang YC, Li H, et al Comparation of digital PC and fluorescent PCR for detecting kitchen-waste vegetable oil [J]. Chin J Health Lab Technol, 2015, 25(19): [11] Kim TG, Jeong SY, Cho KS Comparison of droplet digital PCR and quantitative real -time PCR for examining population dynamics of bacteria in soil [J]. Appl Microbiol Biotechnol, 2014, 98(13): [12] Hindon BJ, Ness KD, Masquelier DA, et al. High-throughput droplet digital PCR system for absolute quantitation of DNA copy number [J]. Anal Chem, 2011, 83(22): [13] Phillip B, Stephanie CT, John FR, et al. Droplet digital PCR measurement of HER2 copy number alteration in formalin-fixed paraffin-embedded breast carcinoma tissue [J]. Clin Chem, 2013, 59(6): [14] Christopher MH, John RC, Hilary AB, et al Absolute quantification by droplet digital PCR versus analog real-time PCR [J]. Nat Methods, 2013, 10(10): [15],,,. PCR [J]., 2016, 37(08): Miao L, Zhang XP, Chen J, et al Quailtitative analysis of bovine aild porcine ingredients in meat products by droplet digital PCR [J]. Food Sci, 2016, 37(08): [16] Massanellam, Singhania A, Bellakova BN, et al Differential gene expression in HIV-infected individuals following ART [J]. Antiviral Res, 2013, 100(2): [17],,. PCR PCR [J]., 2015, 411(7): Wang S, Li ZJ, Miao L. Comparison of microsphere digital PCR and real-time fluorescence PCR for detection mutton-derived and porcine-derived ingredients in mutton products [J]. Meat Ind, 2015, 411(7): [18] Hindson CM, Chevillet JR, Briggs HA, et al. Absolute quantification by droplet digital PCR versus analog real-time PCR [J]. Nat Methods, 2013, (10): [19] Sanders R, Huggett JF, Bushell CA, et al. Evaluation of digital PCR for absolute DNA quantification [J]. Anal Chem, 2011, 83(17): [20] Pinheiro LB, Coleman VA, Hindson CM, et al. Evaluation of a droplet digital polymerase chain reaction format for DNA copy number quantification [J]. Anal Chem, 2012, 84(2): [21],,,. PCR [J]. ( ), 2015, 42(6): Zhan C, Yang L, Wang L, et al The development and application of digital PCR [J]. Fudan J (Med Ed), 2015, 42(6): [22],,,. PCR [J]., 2013, 34(3): Zhu QY, Yang WX, Gao YB, et al Microfluidic digital chip for absolute quantification of nucleic acid amplification [J]. Chem J Chin Univ, 2013, 34(3): [23],,,. PCR [J]., 2011, 44(16): Li XL, Liu B, Dan XL, et al. Development and application of an IAC-PCR kit for the rapid detection of Salmonella spp [J]. Sci Agric Sin, 2011, 44(16): [24],,,. PCR [J]., 2008, 30(3): Zhong WJ, Zhao MQ, Deng ZP, et al. Establishment and preliminary application of real-time PCR method for detection of Salmonella in food [J]. Chin J Prev Vet Med, 2008, 30(3): [25],,,. SD-PMA-ddPCR [J]., 2016, 37(10): Wang J, Zhang HM, Wei W, et al. Detection of Salmonella cells based on SD-PMA-ddPCR [J]. Sic Technol Food Ind, 2016, 37(10): [26] Rothrock MJ, Hiett KL, Kiepper BH, et al. Quantification of zoonotic bacterial pathogens within commercial poultry processing water samples using droplet digital PCR [J]. Sci Res, 2013, 3: [27],,,. PCR O157:H7[J]., 2010, 31(08): Chao QG, Yang XM, Ge Y, et al. Rapid PCR detection of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 in foods [J]. Food Sci, 2010, 31(08): [28],,,. O157:H7 PCR [J]., 2011, 32(12): Hu H, Chen YJ, Duan ZG, et al Real-time PCR detection of specific gene in Escherichia coli O157:H7 [J]. Food Sci, 2011, 32(12):

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CIP /. 2005. 12 ISBN 7-5062 - 7683-6 Ⅰ.... Ⅱ.... Ⅲ. Ⅳ. G624.203 CIP 2005 082803 櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶櫶 17 710001 029-87232980 87214941 029-87279675 87279676 880 1230 1/64 4.0 110 2006 2 1 2006 2 1 ISBN

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