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1 QuantStudio 7 Real-Time PCR System Training 钱晓霞 Field Application Scientist Clinical & Research Technical Support Team Tel: / cntechsupport@thermofisher.com 1 The world leader in serving science

2 Agenda QuantStudio7 仪器特点 相对定量实验原理 流程和注意事项 定量常见问题介绍 TAC 微流体芯片 2

3 3 QuantStudio 7

4 最灵活的光路技术 : OptiFlex system 有史以来最好的多重荧光 (Multiplex) 检测平台 6 个激发光通道和 6 个检测光通道, 可自由组合, 检测 21 种荧光 可在同一块板同时完成 TaqMan 和 SYBR 检测 灵敏度和均一性 - 读取 384-wells 1uL 反应体系 (TaqMan Array Cards) - 可分辨 1.5 倍差异 - 重复性可靠 : 批间差异和仪器间差异降至最低 4

5 Block 轻松切换 更换 Block 只需不到 1 分钟 热盖 (96 vs. 384) 反应板适配器 (96 vs. 384 vs. TAC) Validated Programmable TAC 1 µl 1 µl µl 1 30 µl µl µl Fast µl µl QuantStudio 7 Flex 96, 96F, 384, TAC blocks 6

6 7 Performance

7 前所未有的多重荧光能力 (Multiplex) 6 色荧光检测系统 :5 条探针 + 参比荧光 (Rox) 8

8 灵敏度 : 1.5 倍差异分辨 Quantity C t Std Dev 1, , , , , ,

9 实时 Genotyping 13

10 实时 Genotyping 14

11 15 Software

12 Start a run in less than 3 clicks! 16

13 Quickly set up experiments Copy/paste sample information within QuantStudio software to and from Microsoft Excel software 17

14 Recover data from instrument 仪器存储 100 多个运行数据 可以为仪器设置名称, 方便管理 将一些通用的程序设为快捷方式, 通过触摸屏快速启动 通过触摸屏显示实验的运行时间或剩余时间 18

15 相对定量 : 示例实验 未处理样本 处理后样本 目的基因 : Plat1 问题 : 不同处理组间,Plat1 基因表达量的差异? 19

16 相对定量 : 示例实验 未处理样本 处理后样本 目的基因 : Plat1 问题 : 不同处理组间,Plat1 基因表达量的差异? 20

17 选择合适的化学方法 TaqMan 探针法 染料法 21

18 TaqMan 水解探针作用机理 一对 PCR 引物 22

19 TaqMan 水解探针作用机理 引物之间一条寡核苷酸, 称作探针 23

20 TaqMan 水解探针作用机理 报告基团 淬灭基团 24

21 TaqMan 水解探针作用机理 完整的探针 :5 端荧光基团吸收能量后将能量转移给临近的 3 端荧光淬灭基团 ( 发生荧光共振能量转移,FRET) 激发光 能量 无荧光信号产生 25

22 TaqMan 水解探针作用机理 Light energy 26

23 27 变性 (95 C)

24 28 退火 (60 C)

25 29

26 30

27 31

28 32

29 33

30 34?

31 Taq is special 外切酶活性 将探针 5 端连接的荧光基团从探针上切割下来 35

32 36

33 37

34 38

35 39

36 40

37 41

38 42

39 43

40 44

41 45

42 46

43 47

44 48

45 49

46 50

47 51

48 52

49 53

50 54

51 55 Burp!

52 每个循环后... 理论上, 反应管中目的基因数量增加一倍 报告基团荧光信号按照相应的比例增加 荧光信号的增加可以在扩增曲线图上看到 荧光 循环数 56

53 荧光染料组合 报告荧光 : 6-FAM JOE VIC NED CY3 Texas Red CY5 淬灭荧光 : TAMRA MGB-NFQ 参比荧光 : ROX 推荐的 4 色组合 : FAM 目的基因 1 VIC 目的基因 2/ 内对照 NED 目的基因 3 ROX 参比荧光 57

54 58 SYBR Green I 染料

55 59 SYBR Green I 染料

56 60 SYBR Green I 染料

57 61 SYBR Green I 染料

58 SYBR Green I 染料 结合非特异任何双链 非特异产物信号 不准确结果 62

59 通过熔解曲线检查产物特异性 Tm 值 :DNA 的双螺旋结构打开一半时的温度 荧光 温度 63

60 熔解曲线 : Derivative View 只有一个峰 = 没有多余的产物 荧光 温度 64

61 多个 PCR 产物的熔解曲线 非特异扩增引物二聚体 65

62 阴性对照的作用 引物二聚体非特异性扩增污染样品孔阴性对照66

63 案例展示 OK 有污染 67

64 引物二聚体 阴性对照 样本 68

65 SYBR Green TaqMan 引物二聚体 上游引物 R TaqMan 探针 R Q Q 下游引物 FAM MGB 一个碱基不配对, 无信号 SYBR 特点 无模板特异性, 可以与所有双链 DNA 结合, 需熔解曲线或凝胶分析检查产物构成 实验方法较难优化 灵敏度低, 适合 5000 拷贝以上的基因定量 成本较低 TaqMan 特点 基于引物和探针特异性, 信号强度与结合探针的 DNA 分子数成正比 实验方法容易, 多重荧光定量 PCR 灵敏度高, 适合检测微量基因产物或 microrna 成本较高 69

66 如何选择相对定量的方法 比较 Ct ( Ct) 法 相对标准曲线法 样本间的倍数关系 70

67 如何选择相对定量的方法 A-F = Ct 1 A Ct F B G C H 对应点相减 D I E J 目的基因 内参基因 [Template] 71

68 如何选择相对定量的方法 Ct A F B G 对应点相减 C A-F = Ct 1 B-G = Ct 2 C-H = Ct 3 D-I = Ct 4 E-J = Ct 5 H D [Template] I E J 目的基因 内参基因 72

69 如何选择相对定量的方法 在 Excel 中制作图表 A-F = Ct 1 Ct B-G = Ct 2 C-H = Ct 3 Ct 1 Ct 2 Ct 3 Ct 4 Ct 5 D-I = Ct 4 E-J = Ct 稀释点 73

70 如何选择相对定量的方法 根据斜率选择一种定量方法 斜率 0.1 比较 Ct ( Ct ) 法 斜率 0.1 相对标准曲线法 74

71 75 Ct 法

72 Ct 反应板设置 对未知样本的目的基因和内参基因进行定量 ( 每个样本三个重复 ) 无模板对照 (NTCs) 污染监测 76

73 Ct 法结果计算 步骤 1: 内参基因均一化样本差异 Ct 目的基因 Ct 内参基因 = Ct 步骤 2: 其他和对照样本比较 Ct 未知样本 Ct 对照样本 = Ct 步骤 3: 使用公式计算 倍数变化 = 2 - Ct 77

74 公式含义? 2 C T 2 = 循环间扩增产物量的倍数变化 (i.e. PCR 扩增产物量倍增 ) C T = 处理样本和对照样本之间校正过的循环数变化 对照样本和处理样本之间目的基因的倍数变化 78

75 Ct 计算示例 Control Sample 1 Sample 2 Ct targ. Ct norm. dct ddct 2 (-ddct) 重复样本平均 Ct 值 79

76 Ct 计算示例 Control Sample 1 Sample 2 Ct targ. Ct norm. dct ddct 2 (-ddct) 为了去除样本间加样量不同带来的误差, 需要对数据均一化处理 80

77 Ct 计算示例 Control Sample 1 Sample 2 Ct targ. Ct norm. Ct ddct 2 (-ddct) 为了去除样本间加样量不同带来的误差, 需要对数据均一化处理 Ct 值 = Ct 目的基因 Ct 内参基因 81.

78 选择一个对照样本 Control Sample 1 Sample 2 Ct targ. Ct norm. Ct Ct 2 (-ddct) 首先, 均一化所有样本 接着, 所有样本和对照样本进行比较 ( 未知样本 对照样本 ) 82

79 Ct 倍数计算 相对定量 (RQ) 值 Control Sample 1 Sample 2 Ct targ. Ct norm. Ct Ct 2 (- Ct) 最后计算出倍数关系 : 2 - Ct 83

80 84 相对标准曲线法

81 每对引物做一条标准曲线 18s Plat1 Control Ct Sample Ct 10, , Sample Ct 100 Ct 10 1 Control Ct Ct 10 1 Relative Quantity Relative Quantity 85

82 计算举例 Plat1 18s Normalized Q Control Q avg = Sample Q avg = 选择对照样本 : Control Control : = 1 Sample Control : = 表达倍数差异

83 两种方法的区别? 比较 Ct ( Ct) 法 相对标准曲线法 已知各个基因的扩增效率 不需要每次都做标准曲线 简单, 经济, 通量较高 每个基因都要做一条标准曲线 准确的扩增效率计算 工作量大, 成本高, 通量较低 87

84 88 日常实验中的常见问题 : 重复性不好

85 重复性好 40 次相同的重复 (Std. dev of Ct = 0.03) 89

86 重复性差 3 次相同的重复 (large deviation in Cts) 90

87 造成重复性差的原因 基线, 阈值设置 加样误差 ( 操作? 移液器?) 没有将试剂和样品充分混匀 低拷贝的样品 泊松分布 没有使用 ROX 校准 91

88 造成重复性差的原因 基线, 阈值设置 加样误差 ( 操作? 移液器?) 没有将试剂和样品充分混匀 低拷贝的样品 泊松分布 没有使用 ROX 校准 92

89 基线设置太低影响精确度和准确度 基线终止位置设置太低 (3-6) 93

90 手动设置基线 起始位置 : 基线起始值 (Start) 设置为 3... 不同试剂? 94

91 手动设置基线 终止位置 : 基线终止值 (End) 设置在信号上升之前 信号在 20 个循环开始上升 95

92 基线终止位置向后调整 96

93 造成重复性差的原因 基线, 阈值设置 加样误差 ( 操作? 移液器?) 没有将试剂和样品充分混匀 低拷贝的样品 泊松分布 没有使用 ROX 校准 99

94 反应液混合不均匀 制备 PCR 反应液时 ( 包括 master mix 探针引物 纯水 ), 分 装入反应板 ( 管 ) 前没有充分混匀 加入到每个孔中的试剂成分有所不同 100

95 反应液混合不均匀导致重复性差 linear view log view 101

96 解决方法 分装反应液前将反应液充分混匀 ( 振荡 吹打 ) 上机前将 PCR 管或者 PCR 板离心, 使所有的液体都在反应管底部 102

97 造成重复性差的原因 基线, 阈值设置 加样误差 ( 操作? 移液器?) 没有将试剂和样品充分混匀 低拷贝的样品 泊松分布 没有使用 ROX 校准 103

98 泊松分布 10μL 10μL 10μL 9 molecules in 30 ul 每个反应管均匀的分配到 3 个模板的几率有多高? 如果每 30 ul 含有 9000 个模板呢, 又会怎样呢? 104

99 105 Digital PCR

100 什么是 Digital PCR( 数字 PCR)? 数字 PCR 是一种对单个核酸分子进行 PCR 扩增的技术, 不需要参照标准曲线, 对核酸进行绝对定量 Answer: same # as in reference jar Unknown Known Answer: 672 yellow, 912 red How many beans in the jar? 106

101 什么是 Digital PCR( 数字 PCR)? 将样品稀释后分配到众多反应孔, 使每个反应孔里的样品平均含量小于一个拷贝 所有反应孔荧光 PCR 扩增, 然后计算 PCR 结果有 / 无的数量, 最后通过统计学公式就可以得出初始样品的精确拷贝数 Preparation Distribution PCR Reaction Poisson fit and readout gdna, cdna, RNA, plasma Positive reactions Negative reactions Target Quantification Use the number of positive and negative PCR reactions to count the number of target molecules. 107

102 QuantStudio 3D Digital PCR 20K Chip 20,000 Reaction-wells 每张芯片 20,000 反应微孔 每个反应微孔 0.8nl 每张芯片检测一个样本 根据需要增加芯片, 灵活性高 密封系统, 污染几率极低 108

103 QuantStudio 3D System Workflow Details Apply lid 3-4 drops of immersion fluid Inject immersion fluid Seal chip with UV Kit Cycle chip on GeneAmp PCR System 9700 Place chip on block & load 15 μl of rxn mix Chip & rxn mix equilibrate to room temp (~15 ) Read chip on QuantStudio 3D Digital PCR Instrument 109

104 Digital PCR主要应用领域 Rare cancer target detection (稀有癌症目标检测) Copy number Variation (拷贝数变异) NGS library Quantification 文库构建 Confirmation of NGS variant detection (数据验证) GMO detection and monitoring (转基因成分的检测) Generation of references and standards (创建精确的 参考和标准) Low level pathogen detection (病原检测) Absolute quantification of viral load (病毒载量测量) 110

105 造成重复性差的原因 基线, 阈值设置 加样误差 ( 操作? 移液器?) 没有将试剂和样品充分混匀 低拷贝的样品 泊松分布 没有使用 ROX 校准 111

106 ROX 校准 : 参比荧光 Master Mix 中 ROX 浓度固定 ROX 不参与 PCR 扩增, 信号强度只与 Master Mix 用量有关 ROX 的功能 : 校准物理误差 耗材质量 : 管盖厚度 透光性能 仪器稳定性 : 孔间 批间波动 反应体系监控 : 蒸发 光学系统 凝结溶液 卤素灯 盖子 体积 Reporter Rox Reporter Rox R n = R FAM / R ROX Rn Rn 112

107 ROX 重复性 进行 ROX 参比染料校准的 36 个复孔分析结果 未进行 ROX 参比染料校准的 36 个复孔分析结果 113

108 ROX 设置 仪器软件自动进行 ROX 校准 ROX 校准为可选步骤, 如果使用的 PCR 试剂没有添加 ROX, 或者 ROX 添加浓度不合适, 请将 ROX 校准关闭 114

109 ROX 浓度不合适或未添加 115

110 116 修改软件中 ROX 的设置

111 如果反应体系存在蒸发也会导致重复性差 ROX 信号在反应过程中并不是完全平直 但是如果 ROX 信号有突然上升的现象 ( 类似扩增的信号 ), 则提示该反应孔有蒸发 查看问题反应孔的体积是否有变化 117

112 内参的选择 在所有待测样品中, 内参的表达量应当恒定不变 常用内参 microrna, 如人 RNU66, RNU48 等 实验重复 技术重复和生物学重复 重复次数须遵循统计学要求 小样本统计 n>6 118

113 其他注意事项 实验室分区 : 样品处理区 PCR 反应制备区 扩增区 标准品的稀释最好使用独立的一套移液器 移液器使用带滤芯的吸头 先阴性对照样, 后加样品, 再加低浓度标准品, 最后加阳性对照 PCR 管上不可用记号笔标记 PCR 管使用平盖或光膜, 不要裸手触摸光盖或光膜表面 PCR 管或 8 联排管要对称放置 反应后的 PCR 管应当直接废弃, 切不可在实验区域内开启 采用 UNG 防污染系统, 消除前次扩增产物的污染影响 119

114 TaqMan Assays 试剂盒大家族 mrna 分析试剂盒 ( 基因表达 ):TaqMan Gene Expression Assays( 超过 1,300,000 个预设计试剂盒, 覆盖 21 个物种 ) mirna 分析试剂盒 :TaqMan MicroRNA Assays( 超过 2000 个 MicroRNA,6 个物种 ) SNP 分析试剂盒 ( 基因分型 ):TaqMan SNP Genotyping Assays( 超过 4,500,000 个人类预设计分析试剂盒 ) DME( 药物代谢酶 )SNP 分析试剂盒 :2700 个 SNP 位点, 分布在 221 个药物代谢酶基因位点上 CNV 基因拷贝数分析试剂盒 :TaqMan Copy Number Assays( 超过 1,600,000 个人类预设计分析试剂盒 ) 蛋白表达分析试剂盒 :TaqMan Protein Expression Assays (4 种 hesc 多功能性标志物蛋白分析试剂盒,2 个对照蛋白分析试剂盒,Open kit) 蛋白热稳定性分析试剂盒 Protein Thermal Shift 非编码 RNA 分析试剂盒 :TaqMan Non-coding RNA Assays( 涵盖 3 个物种, 共 24,562 个已知非编码 RNA) Pri-miRNA 分析试剂盒 :TaqMan Pri-miRNA Assays( 涵盖 3 个物种, 共 1,291 个 pri-mirna) 稀有突变检测试剂盒 :Cast-PCR( 涵盖 45 个基因,586 个位点 ) 121 所有 TaqMan Assays PCR 反应条件一致, 扩增效率一致, 无需条件优化!

115 TaqMan 微流体芯片 122

116 TaqMan 微流体芯片 1 to 8 Samples 12 to 380 Targets (per card) 1, 2,3 or 4 Replicates 每个孔预装有 TaqMan Assays 123

117 操作简单 准备上样时间 :~5 minutes

118 TaqMan 微流体芯片 可选格式 Format 12 Format 24 Format 48 Format Format 16 Format 96A Format 32 Format 96B Format 64 Format 384

119 应用实例 - 外周血早期预警乳腺癌 TLDA,TaqMan Gene Expression Assay BCTest 乳腺癌定量 PCR 检测芯片 从 >30,000 个基因中筛选出几十个标志基因, 定制成 384 孔定量 PCR 芯片 每张定量 PCR 芯片检测 4 份血样 统计分析软件自动判定结果 定量 PCR 芯片操作简便, 结果准确 标准定量 PCR 操作, 只需很少的技术培训 每台机器 1 年检测量 >15,000 人份 检测金标准 Taqman 定量 PCR, 结果准确, 重现性好 DiaGenic 研发其他疾病检测芯片 阿尔氏海默症帕金森症 我们考察过许多平台, 最终选择了 Applied Biosystems 的 TaqMan Array 平台, 因为 TaqMan Array 具有最准确而便捷的检测能力 Applied Biosystems 的 TaqMan Array 使得我们的检项目测可以在全世界任何参考实验室开展 Dr Erik Christensen, CEO, DiaGenic. 126

120 提供荧光定量 PCR 完整解决方案 Solutions 127

121 159 Thank you!

SDS 1.3

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