SciFinder Web 使用介绍俞靓 2011.10.19 1
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 特色功能 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 网络资源平台 2
美国化学文摘社 Chemical Abstracts Service 创建于 1907 年 ACS 的分支机构 密切关注, 索引和提炼着全球化学相关的文献和专利 最早创立了 化学文摘 总部坐落于俄亥俄州的哥伦布市 3
SciFinder 中的内容 期刊专利论文会议报告 Chemcats CAPlus Medline Chemlist 溶剂, 催化剂, 产率等 Registry CASReact 物质 基因 合成信息 4
SciFinder 中的内容 文献数据库 CAPlus(Pre 1907-) 覆盖化学相关众多学科领域的参考文献 3400 万条文献信息 上万种期刊和 61 个专利发行机构的专利 ( 含专利族 ) 会议录 技术报告 图书 学位论文 评论 会议摘要日更新 4500 条以上的记录 Medline 美国国立医学图书馆出品生命科学医学相关毒理, 病理学报告期刊 临床报告
SciFinder 中的内容 反应数据库 CAS React(1840-) 源自期刊, 专利中有机 有机金属 无机 生化反应 3650 万单步, 多步反应 1400 万制备信息周更新 6
SciFinder 中的内容 物质数据库 Registry (Pre 1957-) 世界上最大的物质数据库 6300 万个物质 ;6300 万个序列无机物 有机物 聚合物 混合物 合金 核酸蛋白质序列等所有具有 CAS No 物质日更新 12000 多个物质 ChemList 查询备案 / 管控化学信息的工具 Chemcats 5300 万化学物质提供商的联系信息包含价格情况 运送方式 质量等级等信息
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SciFinder 特色功能 KMP 定题查询 设定 Email 提醒, 一旦有新的记录, 会发邮件通知 设置提醒文件名和失效时间 9
SciFinder 特色功能 分析结果的导出 700 600 500 400 300 200 100 0 年文献量 年文献量趋势图, 帮助了解课题在全球范围内的研究状态 10
SciFinder 特色功能 根据引文排序 11
SciFinder 特色功能 物质标准菜单 在 SciFinder 中, 鼠标滑过物质, 可以打开物质的标准菜单, 通过标准菜单, 可以获得和物质有关的所有内容 12
SciFinder 特色功能 ---Markush 检索 直接检索和结构有关的专利, 用于做初步的专利评估 13
SciFinder 特色功能 反应关联度排序 N NO 2 N NH 2 提供按照关联度排序, 在亚结构检索反应时, 可以将和所画结构最相近的反应, 排在前面 14
SciFinder 特色功能 相似反应检索 相似反应检索, 依据相似级别的设定, 帮助获取反应中心相同的反应 15
SciFinder 特色功能 反应过程的获取 SciFinder 中的部分源自期刊和专利中的反应, 提供了反应过程信息, 使得科研工作者不需要阅读原文, 就可以获得对应的反应历程 16
SciFinder 特色功能 SciPlanner 17
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SciFinder 的注册和登陆 SciFinder Web 的系统要求 Windows 用户支持 IE 7.x 或者 FireFox 3.x Mac 用户支持 Firefox 和 Safari Java 安装 ( 初次使用结构时自动安装 ) 在图书馆相关页面上找到 SciFinder Web 注册用的网址 19
点击 URL 创建 SciFinder 账号 开始创建 SciFinder 帐号 创建 ID 所用的 IP 不能是代理服务器的 IP 20
每个用户必须输入各自信息 现在可以使用 163,Gmail 等公共邮箱注册 SciFinder Web 密码设置技巧 : 1: 不要和账号中有重复的字符 2: 密码格式最好是 abc@123 21
对新 ID 的 Email 确认 需要点击邮件中的确认链接 22
使用这个链接登陆 SciFinder Http://scifinder.cas.org 23
SciFinder 登陆界面 输入 SciFinder 帐号和密码 24
SciFinder 登陆后主界面 文献, 物质, 反应检索入口, 默认开始检索文献 检索完, 请点击退出 可用的检索方法 保存过的结果集 邮件提醒结果集 25
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SciFinder 中的文献检索 主题检索举例 : polypeptide drugs with using ( 多肽类药物的应用 ) 使用介词来连接关键词, 点击 Search 27
主题检索的候选项 Concept 表示做了同意词的扩展 Closely associated with one another 表示同时出现在一个句子中 were present anywhere in the reference 表示同时出现在一段话中 28
SciFinder 分析限定工具 文献分析工具 29
SciFinder 限定工具 Document Type Document Type 工具, 帮助迅速获得特定类型的文献, 如综述, 专利等等 30
获得记录中的综述文献 引文数量排序, 帮助获得历史上有重要意义的文献以及作者 31
SciFinder 分析工具 Index Term 分析 索引词 (Index Term): 可以帮助我们对文献的内容进行大致的了解 选择感兴趣的内容, 点击 Apply 32
SciFinder 分析工具 Publication Year 120 100 80 60 40 20 0 年文献量 将数据导入 Excel 可以依据出版年限来排序 33
综述文献 Categorize 系统分类 34
Categorize 系统分析工具 一级目录 二级目录 和二级目录有关的 Index Term 这里可以选择感兴趣的内容, 用于文献的筛选 35
获得和构效关系有关的文献 使用 Export 将结果输出 Citation manager: 保存成 RIS 格式, 用于导入 EndNote 等文献管理工具 Offline Review: 保存过成 PDF,RTF 格式, 用于脱机浏览 36
文献检索小结 主题检索时, 使用介词作为连接 尽量选择包含 Concept 和 Closed Associated with 的候选项 通过 SciFinder 的 Analyze/Refine 功能来缩小检索的范围 尝试将不同的 Analyze/Refine 功能组合起来用, 会有更多的收益 使用 Categorize 可以让系统来实现自动分类 更多细节化内容, 请参考 www.igroup.com.cn/cas 37
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SciFinder 中的物质检索 物质名称检索举例 : 双酚 A( bisphenol A; BPA) 这里可以通过输入物质的名称,CA 号, 俗名, 商品名, 来进行检索 39
SciFinder 中的物质记录 在 SciFinder 中, 鼠标滑过物质, 可以打开物质的标准菜单, 通过标准菜单, 可以获得和物质有关的所有内容 Substance Detail 获得和物质有关的所有信息 40
双酚 A 的 CAS 号 分子式 结构式 化学名 别名 按照 CAS Role 分类的专利 非专利文献列表 对某类文献感兴趣, 仅需点击交叉处的即可方便快捷地获取 41
预测数据和实验数据 实验数据, 可以看到原始文献对应的链接 42
实验谱图信息 点击, 直接查看物质的实验谱图信息 43
SciFinder 中的结构检索 点击画图版来进行结构输入, 初次使用时需要安装 Java 插件 44
SciFinder 结构绘制工具 铅笔 橡皮 结构和反应切换功能 元素周期表可变基团重复基团工具碳链工具选择工具环锁定工具旋转工具正电子 常用基团 R 基团定义工具可变位置连接工具模版工具索套选择工具原子锁定工具镜面旋转工具 C 原子和单键恢复工具 结构检索选择 单双键,RS 构型, 不确定键定义工具 负电子 常见环, 多元环工具
结构检索 获得双酚 A 如果想检索双酚 A 这个具体物质, 可以使用 Exact Structure 检索, 点击确定后, 可以在原 java 界面看到对应的结构 46
精确结构获取物质的本身, 盐, 混合物, 聚合物等 获得很多混合物, 可以使用 Refine 工具去除 47
物质检索中的 Refine 工具 Are a single compontent 帮助获得单一组分的物质 去除了所有的混合物, 盐之类的物质, 但是还存在一些同位素物质 48
继续使用 Refine 工具 继续使用 Refine, 去除出现同位素的物质精确结构帮助获得结构本身, 聚合物, 配合物等 49
结构检索 检索类似的环系结构 其中 R=Me,H 50
亚结构检索结果 检索界面可以看到对应的结构和检索方式 51
SciFinder 中的物质分析 Substance Role 分析, 帮助获得具有特定研究报道的物质点击 Keep Analysis 来获取当前的结果集 52
物质结果集的排序及历史导航条 SciFinder Web 中的历史导航条, 方便快速返回曾经检索过的界面 53
Refine-Atom Attachment 获得结构中特定修饰情况 Refine 下的 Atom Attachment 工具, 帮助科研工作者了解结构中各个位点的可修饰性 54
获得特定位点上为非 C,H 的衍生物 特定位点上为 Q 的物质 55
结构检索 结构相似的检索 HOOC COOH SciFinder 中的相似结构检索, 帮助获得在结构上存在相似的物质 N Et 56
相似结构检索 相似结构检索, 可以获得相似度在 60 分以上的物质 与原结构存在以下的区别 : 取代基位置变化取代基变化母体结构变化 57
结构检索小结 精确结构检索 : 获得物质的盐, 聚合物, 混合物, 配合物等, 母体结构不能修改, 不能修饰 亚结构检索 : 所画的结构必须存在, 母体结构不能修改, 但可以被修饰 相似结构检索 : 获得相似度在 60 分以上的结构, 母体结构可以修改, 也可以被修饰, 用相似度来控制获得的结果 58
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Markush 检索 帮助获取和结构有关的专利 Markush 检索能帮助我们做初步的专利评估 举例 : 获取和该结构有关的专利 检索中的问题 : 通过结构检索, 能方便的获得真实物质所对应的专利 但是, 如何获取预测物质多对应的专利呢? 60
Markush 检索, 帮助获得预测物质对应的专利 61
Markush 检索直接返回保护了该结构的专利 62
一篇专利原文中的 Claim 这里描述了 R,Z 的修饰当 : Z=SO2 R=C3-C10 有取代的 C 环时, 符合我们的检索要求 63
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SciFinder 中的反应定义工具 反应箭头 反应角色工具 反应原子标记工具 反应位置标记工具 反应官能团列表 65
反应检索 基础检索 检索苯甲醛氧化成苯甲酸的反应 反应结构中的所有的伯醇不能参与反应 CHO COOH 66
SciFinder 中的反应定义 反应位置标记工具, 保证反应的精准性 官能团选择工具, 可以用官能团来定义反应, 或者保护某特定官能团 亚结构反应检索, 帮助找到所有相关的反应 67
SciFinder 中的反应结果 让一篇文献出现一条反应 68
SciFinder 中的反应后处理 SciFinder 中可以使用 Analysis/Refine 工具对反应进行处理, 这些工具的使用能让我们更好的了解反应的信息 69
获得有实验过程的反应 分析后的结果是一个预览结果, 需要点击 Keep Analysis 来获得最后的结果 70
反应信息和反应过程 反应的整体概述, 每一步的溶剂, 温度, 反应条件 71
反应信息和反应过程 反应实验历程的获取 72
SciPlanner 更加直接的方法组织, 管理结果 勾选感兴趣的反应 点击 Send to SciPlanner 可以看到有 1 条反应推送到 SciPlanner 73
SciPlanner 主面板 点击屏幕右上方的 SciPlanner, 可以看到 SciPlanner 的面板, 刚才推送的反应, 就在这里 创建一个新的 SciPlanner 文件 74
SciPlanner 拖入反应, 并尝试中间体的合成检索 将右侧的反应, 拖入 SciPlanner 中 如对其中一个物质的合成很感兴趣, 可以直接点击, 使用物质标准菜单, 获得它的合成方法 75
SciPlanner 将中间体的合成路线添加至 SciPlanner 类似上述的步骤, 将中间体的反应拖至 SciPlanner 中 可以看到这两条反应的产物和反应物是同样的 用鼠标将这两个结构拖至重贴状态 76
SciPlanner 可以不断的重复上述的步骤 两条反应的结果 三条反应的结果, 反应都是从简单的原料开始的 77
SciPlanner 获得反应对应的文献 框选所有的反应, 所有的结构都显示为红色 点击上面的 Goto, 选择 Selected References 78
SciPlanner 反应对应的文献 勾选文献 Send to SciPlanner 3 篇文献推送到 SciPlanner 中 79
SciPlanner 自由组合文献和反应的排列 获得结果后, 点击 WorkPlace 下的 Export, 将结果输出成 PDF 格式 80
SciPlanner 小结 针对要研究的物质, 快速查找合成路线并找到支持的文献信息 简洁方便的工作平台, 帮助对合成路线进行整理 所有文献 物质 反应信息都可以导出至一张工作表中 节省大量的文献整理时间, 提高工作效率 方便科研人员之间的信息分享 81
检索符合以下条件的反应 R O n O R O O O O O O O O O O O O 检索要求 : 检索上述的不定环系的成环反应 R 为任意的 C 链 82
定义反应结构 亚结构反应检索 重复基团定义工具, 帮助定义结构中的重复片段 原子标记工具, 帮助定义反应前后一致的原子 83
发现很多反应不符合要求 这些环系破坏的反应, 不是我们想要的 84
添加环锁定, 将所有成环的结构都去除 环锁定工具, 当使用亚结构检索时, 不允许发生稠环 85
去除成环结构的反应结果集 86
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网络在线资源平台 www.igroup.com.cn/cas 资源下载 :PDF 文件 在线演示 :Flash 演示 网络培训 : 不定期的网络专题培训 88
Flash 演示 在线演示, 录制了不同检索类型下的检索步骤, 帮助了解更加细节的内容. 89
SciFinder 使用注意事项 禁止过量下载 不要用一个账号超量使用 SciFinder 禁止将账号泄露给他人使用, 同一机构内也严禁共享 90
谢谢 Scifinder@igroup.com.cn 91