SciFinder Web 使用介绍俞靓 2011.3.25 1 1
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 反应特色功能 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 中的个性化设置 SciFinder 网络资源平台 2 2
美国化学文摘社 Chemical Abstract t Service 创建于 1907 年 ACS 的分支机构 密切关注, 索引和提炼着全球化学相关的文献和专利 最早创立了 化学文摘 总部坐落于俄亥俄州的哥伦布市 3 3
SciFinder 中的内容 期刊专利论文会议报告 Chemcats CAPlus Medline Chemlist 溶剂, 催化剂, 产率等 Registry CASReact 物质 基因 合成信息 4 4
SciFinder 中的内容 文献数据库 CAPlus(Pre 1907-) 覆盖化学相关众多学科领域的参考文献 3200 万条文献信息 上万种期刊和 61 个专利发行机构的专利 ( 含专利族 ) 会议录 技术报告 图书 学位论文 评论 会议摘要日更新 3000 条以上的记录 Medline 美国国立医学图书馆出品生命科学医学相关毒理, 病理学报告期刊 临床报告 5
SciFinder 中的内容 反应数据库 CAS React(1840-) 源自期刊, 专利中有机 有机金属 无机 生化反应 2900 万单步, 多步反应 1300 万制备信息周更新 6 6
SciFinder 中的内容 物质数据库 Registry (Pre 1957-) 世界上最大的物质数据库 5400 万个物质 ;6200 万个序列无机物 有机物 聚合物 混合物 合金 核酸蛋白质序列等所有具有 CAS No 物质日更新 4000 多个物质 ChemList 查询备案 / 管控化学信息的工具 Chemcats 4000 万化学物质提供商的联系信息包含价格情况 运送方式 质量等级等信息 7
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SciFinder 反应特色功能 关联度排序 N NO 2 N NH 2 提供按照关联度排序, 在亚结构检索反应时, 可以将和所画结构最相近的反应, 排在前面 9 9
SciFinder 反应特色功能 相似反应检索 相似反应检索, 依据相似级别的设定, 帮助获取反应中心相同的反应 10 10
SciFinder 反应特色功能 反应过程的获取 SciFinder 中的部分源自期刊和专利中的反应, 提供了反应过程信息, 使得科研工作者不需要阅读原文, 就可以获得对应的反应历程 11 11
SciFinder 反应特色功能 溶剂, 不反应官能团设定 定义反应中的溶剂定义反应中不参与反应的官能团 12 12
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SciFinder 的注册和登陆 SciFinder Web 的系统要求 Windows 用户支持 IE 7.x 或者 FireFox 2.x Mac 用户支持 Firefox 和 Safari Java 安装 ( 初次使用结构时自动安装 ) 在图书馆相关页面上找到 SciFinder Web 注册用的网址 14 14
点击 URL 创建 SciFinder 账号 开始创建 SciFinder 帐号 15 15
每个用户必须输入各自信息 16 16
对新 ID 的 Email 确认 需要点击邮件中的确认链接 17 17
使用这个链接登陆 SciFinder Http://scifinder.cas.orgcas 18 18
SciFinder 登陆界面 输入 SciFinder 帐号和密码 19 19
SciFinder 登陆后主界面 文献, 物质, 反应检索入口, 默认开始检索文献 可用的检索方法 保存过的结果集 邮件提醒结果集 20 20
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SciFinder 中的文献检索 主题检索举例 :Catalyst for Suzuki Reaction 使用介词来连接关键词, 点击 Search 22 22
主题检索的候选项 Concept 表示做了同意词的扩展 Closely associated with one another 表示同时出现在一个句子中 were present anywhere in the reference 表示同时出现在一段话中 23 23
SciFinder 分析工具 文献分析工具 24 24
出版年限分析 700 600 500 400 300 200 100 0 年文献量 年文献量趋势图, 帮助了解课题在全球范围内的研究状态 25 25
SciFinder 限定工具 限定工具, 可以依据不同的选项, 来获得特定具体的内容 Document Type 工具可以帮助迅速获得 Review, 这在开题过程中, 是一个很重要的工具 26 26
Categorize 系统分析工具 一级目录 二级目录 和二级目录有关的 Index Term 这里可以选择感兴趣的内容, 用于文献的筛选 27 27
获得 PdCl2 作为催化剂的文献 使用 Export 将结果输出 28 28
将结果导入到 Endnote Citation manager: 保存成 RIS 格式, 用于导入 EndNote 等文献管理工具 Offline Review: 保存过成 PDF,RTF 格式, 用于脱机浏览 29 29
一键获得文献中的反应 SciFinder 提供的文献到反应的链接, 方便快速获得文献中的反应 30 30
反应限定获得 Suzuki 反应 很多反应不是 Suzuki 反应, 使用对反应的限定工具, 通过对结构的限定, 获得 Suzuki 反应 31 31
限定后的反应 通过反应结构的限定, 能迅速获得符合要求的反应 32 32
文献检索小结 主题检索时, 使用介词作为连接 尽量选择包含 Concept 和 Closed Associated with 的候选项 通过 SciFinder 的 Analyze/Refine 功能来缩小检索的范围 尝试将不同的 Analyze/Refine 功能组合起来用, 会有更多的收益 使用 Categorize 可以让系统来实现自动分类 更多细节化内容, 请参考 www.igroup.com.cn/cas 33 33
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SciFinder 中的物质检索 物质名称检索举例 : 双酚 A( bisphenol A; BPA) 这里可以通过输入物质的名称,CA 号, 俗名, 商品名, 来进行检索 35 35
SciFinder 中的物质记录 在 SciFinder 中, 鼠标滑过物质, 可以打开物质的标准菜单, 通过标准菜单, 可以获得和物质有关的所有内容 Substance Detail 获得和物质有关的所有信息 36 36
双酚 A 的 CAS 号 分子式 结构式 化学名 别名 按照 CAS Role 分类的专利 非专利文献列表 对某类文献感兴趣, 仅需点击交叉处的即可方便快捷地获取 37 37
预测数据和实验数据 实验数据, 可以看到原始文献对应的链接 38 38
实验谱图信息 点击, 直接查看物质的实验谱图信息 39 39
SciFinder 中的结构检索 点击画图版来进行结构输入, 初次使用时需要安装 Java 插件 40 40
SciFinder 结构绘制工具 橡皮铅笔 结构和反应切换功能 元素周期表可变基团重复基团工具碳链工具选择工具环锁定工具旋转工具正电子 常用基团 R 基团定义工具可变位置连接工具模版工具索套选择工具原子锁定工具镜面旋转工具 C 原子和单键恢复工具 结构检索选择 单双键,RS 构型, 不确定键定义工具 负电子 常见环, 多元环工具 41
结构检索 获得双酚 A 如果想检索双酚 A 这个具体物质, 可以使用 Exact Structure 检索, 点击确定后, 可以在原 java 界面看到对应的结构 42 42
精确结构获取物质的本身, 盐, 混合物, 聚合物等 获得很多混合物, 可以使用 Refine 工具去除 43 43
物质检索中的 Refine 工具 Are a single compontent 帮助获得单一组分的物质 去除了所有的混合物, 盐之类的物质, 但是还存在一些同位素物质 44 44
继续使用 Refine 工具 继续使用 Refine, 去除出现同位素的物质精确结构帮助获得结构本身, 聚合物, 配合物等 45 45
结构检索 获得双酚 A 的衍生物 当需要去检索物质的衍生物时, 可以使用亚结构检索,Substructue 可以直接在检索界面修改检索模式 46 46
SciFinder 中的物质分析 Substance Role 分析, 帮助获得具有特定研究报道的物质点击 Keep Analysis 来获取当前的结果集 47 47
物质结果集的排序及历史导航条 SciFinder Web 中的历史导航条, 方便快速返回曾经检索过的界面 48 48
Refine-Atom Attachment t 获得结构中特定修饰情况 Refine 下的 Atom Attachment 工具, 帮助科研工作者了解结构中各个位点的可修饰性 49 49
获得特定位点上为非 CH C,H 的衍生物 特定位点上为 Q 的物质 50 50
结构检索 结构相似的检索 HOOC COOH SciFinder 中的相似结构检索, 帮助获得在结构上存在相似的物质 N Et 51 51
相似结构检索 相似结构检索, 可以获得相似度在 60 分以上的物质 与原结构存在以下的区别 : 取代基位置变化取代基变化母体结构变化 52 52
结构检索小结 精确结构检索 : 获得物质的盐, 聚合物, 混合物, 配合物等, 母体结构不能修改, 不能修饰 亚结构检索 : 所画的结构必须存在, 母体结构不能修改, 但可以被修饰 相似结构检索 : 获得相似度在 60 分以上的结构, 母体结构可以修改, 也可以被修饰, 用相似度来控制获得的结果 53 53
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Markush 检索 帮助获取和结构有关的专利 Markush 检索能帮助我们做初步的专利评估 举例 : 获取和该结构有关的专利 检索中的问题 : 通过结构检索, 能方便的获得真实物质所对应的专利 但是, 如何获取预测物质多对应的专利呢? 55 55
Markush 检索, 帮助获得预测物质对应的专利 56 56
Markush 检索直接返回保护了该结构的专利 我们能使用结构检索来获取这些专利吗? 我们先将这些结果保存到网络上 57 57
比较用亚结构检索的区别 SciFinder 提供从物质到文献的链接. 能帮助我们一次性获得这些物质所对应的文献 58 58
获得文献后, 限定出专利文献 这是刚才那些物质源自的文献和专利 限定文献类型为专利 59 59
仅仅只获得 500+ 专利, 与 Markush 检索有什么区别? 这些专利是刚才 5000 多物质对应的专利, 和 Markush 检索出来的专利有什么区别吗? 当前结果包含 Markush 检索结果吗? 使用 SciFinder 中的 Combine 工具来比较这两个结果的区别 60 60
使用 Combine 来比较这两个结果集 获得只能通过 Markush 才能获取的专利. 61 61
仅能通过 Markush 检索出来的专利 为什么? Markush 检索能获得包含预测结构的专利, 在这些专利的 Claim 部分, 保护了这个预测结构 结构检索, 只能检索到具体物质所对应的专利, 不是只保护结构, 有的时候还保护了一些制备方法或者其他的内容 Markush 检索结果 Substructure 检索的结果 : 仅能通过 Markush 才能检索到的专利 : 1451 Patents 523 Patents 1338 Patents 62 62
一篇专利原文中的 Claim 这里描述了 RZ R,Z 的修饰当 : Z=SO2 R=C3-C10 有取代的 C 环时, 符合我们的检索要求 63 63
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SciFinder 中的反应定义工具 反应箭头 反应角色工具 反应原子标记工具 反应位置标记工具 反应官能团列表 65 65
反应检索 检索双酚 A 的合成 如果想获得该物质的合成的方法, 直接定义该物质为产物, 获得在特定位点上发生变化的反应 66 66
特定位点上发生变化的反应 让一篇文献出现一条反应 67 67
反应检索中的 Analyze Analyze 工具帮助分析反应中的溶剂, 催化剂, 产率等信息, 特别是通过分析工具, 可以获得存在实验过程信息的反应 68 68
获得包含实验过程信息的反应 点击 keep Analysis 来获得具备实验过程信息的反应 查看反应详情和实验过程 69 69
反应信息和反应过程 反应实验详情 反应实验过程 70 70
相似反应的获取 对于选择是全部反应中检索相似反应, 还是在当前结果集中检索相似反应 选择相似反应的相似限制 Broad: 仅反应中心相似 Miedum: 反应中心及附属原子和健 Narrow: 反应中心及扩展的原子和健 71 71
相似反应结果 获得反应中心和扩展键相同的反应 红色部分, 是和原反应中心完全相同的部分 72 72
反应检索 检索中的筛选 吡啶环的 3,4 位存在任意的非 C,H 原子或基团 检索在 6 位引入 Cl 的反应 Q Q Q Q N Cl N 73 73
定义反应结构 大多数科研工作者, 刚开始都会画成这样 但是, 这样足够吗? 尝试 SciFinder 中的初步检索 74 74
亚结构检索, 帮助获得所有的相关反应 75 75
SciFinder 中的反应筛选 我们获得 3200+ 条反应. 筛选的第一步是点击 ONE REACTION PER REFERENCE. 这项功能将重复的记录合并 76 76
简单的看一下这些反应 第一条获取符合我们的要求 第二条, 吡啶环系发生破坏, 不是我们想要的 77 77
反应中的 Refine 工具, 添加环锁定 环锁定工具, 当使用亚结构检索时, 不允许发生稠环 78 78
锁定环后的结果 这条反应, 原来的 6 位上就有 Cl, 不符合我们的要求 这条, 或许满足我们的要求, 这里需要大家思考, 到底需要什么类型的反应, 如果只想获得从 H 变成 Cl 的 79 79
继续使用 Refine 80 80
这是我们想要的反应 所有的反应都符合我们的结构要求 在吡啶环的 6 位存在 H 到 Cl 的变化 81 81
一些值得思考的问题 并不是所有的科研工作者, 一开始就能准确的定义反应结构 建议先大致浏览下反应结果集, 然后去思考如何去除我们不想要的反应 使用 Analyze/Refine 工具, 或其他的检索策略, 去除不想要的反应. 82 82
案例的衍生 在刚才的检索过程中, 我们认为以下的反应不是我们想要的反应 但是, 如果我们认为, 符合要求, 那该如何处理? 83 83
将结果保存在网络上 这里可以使用历史导航条返回曾经检索过的界面 将结果保存在网络上 84 84
Refine 工具来获取不需要的反应 因为我们很明确的知道, 我们不需要这类反应 所以可以先获得这些反应, 然后去除他们既可 85 85
使用 Combine 去除这些反应 这些是我们不想要的 如果将这些反应去除掉, 那么剩下的就是我们的目标反应 86 86
需要的反应结果集 87 87
检索策略 所有反应 不想要的反应 使用 Combine 88 88
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SciFinder 中的个性设置 KMP 实时跟踪 设定 Email 提醒, 一旦有新的记录, 会发邮件通知 设置提醒文件名和失效时间 90 90
SciFinder 中的个性设置 添加联系人 M C ti 在机构中寻 My Connection 在机构中寻找或添加联系人 91
SciFinder 中的个性设置 添加标记和评述 添加对文献的评论 (Comments) 和标记 (Tags), 可以和您的联系人分享评论, 或者使用标记检索被标记的文献 92 92
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网络在线资源平台 www.igroup.com.cn/cas 资源下载 :PDF 文件 在线演示 :Flash 演示 网络培训 : 不定期的网络专题培训 94 94
Flash 演示 在线演示, 录制了不同检索类型下的检索步骤, 帮助了解更加细节的内容. 95 95
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