PowerPoint 演示文稿
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- 贞 黄
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1 利用 CiteSpace 进行课题背景及发展态势分析 常江
2 拿到课题不知所措? 例 :TS=( stem cell OR stem cells AND PY= ( 1990 to current ) = 302,903 篇 对课题一无所知, 如何快速了解课题 ( 学科 ) 背景和发展历程? 有什么方法在短时间内阅读大量文献吗? 怎么找到领域内时下研究的热点?
3 Web of Science 不是有数据分析功能吗? 干细胞研究 年间发文量趋势图 USA ENGLAND GERMANY JAPAN 干细胞研究领域各国发文量百分比 CANADA FRANCE PEOPLES R NETHERLANDS ITALY SPAIN SWITZERLAND AUSTRALIA SWEDEN SCOTLAND ISRAEL SINGAPORE BELGIUM AUSTRIA SOUTH KOREA Web of Science 自带的分析功能基本都是基于数据统计的分析 如何进行引文的网络分析? 如何深度挖掘 / 提取领域关键词 / 方向 / 特征词 有没有可视化的图谱? 做到一目了然
4 绘制科学知识图谱 通过数据挖掘 信息处理 分析计量和图形绘制, 把复杂的信息直观地在图形上展现出来 分析方法 : 引文分析 聚类分析 网络分析 多维度分析等 软件 :CiteSpace Pajek Ucinet Gephi Vosviewer 等 Vosviewer Ucinet CiteSpace TDA 学科 : 热点 前沿领域, 新兴子领域, 学科交叉 ; 水平 : 国家 机构 作者 ( 领军人物 ); 文献 : 高被引论文 期刊 ;
5 What is CiteSpace for? CiteSpace is a freely available computer program written in Java for visualizing and analyzing the literature of a knowledge domain. A knowledge domain is broadly defined to capture the notion of a logically and cohesively organized body of knowledge. CiteSpace 是一款基于 Java 语言编写 的可视化文献分析软件, 能够分析和 显示一个主题或一个学科在一定时期 发展的趋势与动向, 形成若干研究前 沿领域的演进历程
6 CiteSpace 的下载安装 CiteSpace 是一个免费软件 下载地址 : 系统要求 : 需要安装 Java 8 JRE 下载解压缩文件包, 运行 StartCiteSpace.bat 即可
7 主要内容 Contents 如何发现领域内的核心论文? 如何发现领域内不同时期的研究热点? 如何发掘出子领域或学科间的交叉关系? 如何发掘发文国家或机构间的合作关系?
8 Data Collection 数据源的确定 Although only Web of Science and PubMed are displayed, CiteSpace allows you to analyze data set from a variety of sources. Data input was initially based on the format of Web of Science, while CiteSpace is now able to converting the data format of PubMed, Scopus, ADS, arxiv, Derwent, etc.
9 How to prepare your dataset? Web of Science 1. 在 Web of Science 中进行 指定课题的检索, 并精炼所需检索结果 ; Make a general search in Web of Science; 2. 将检索结果中的所有记录添加到标记结果列表 ; Mark all search results;
10 How to prepare your dataset? Web of Science 3. 导出相应记录的字段 ( 一定要有参考文献字段!!!) 保存为纯文本 (txt) 格式 ; Save the records, including Cited References, in field tagged format. 4. 将文件均重命名为 download*.txt, 并保存至同一文件夹中 Name your files as download*.txt.
11 Web of Science data format Web of Science 全记录信息解读 [AU]:Zheng, CX; Yang, Q; Xu, CL; Shou, PS; Cao, JC; Jiang, MH; Chen, Q; Cao, G; Han, YY; Li, FY; Cao, W; Zhang, LY; Zhang, L; Shi, YF; Wang, Y [TI]:CD11b regulates obesity-induced insulin resistance via limiting alternative activation and proliferation of adipose tissue macrophages [SO]:PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA [DE]:integrin CD11b; macrophage proliferation; alternative activation; c obesity; insulin resistance [C1]:[Zheng, Chunxing; Yang, Qian; Xu, Chunliang; Shou, Peishun; Cao, Jianchang; Jiang, Menghui; Chen, Qing; Cao, Gang; Han, Yanyan; Li, Fengying; Cao, Wei; Shi, Yufang; Wang, Ying] Shanghai Jiao Tong Univ, Sch Med, Chinese Acad Sci, Key Lab Stem Cell Biol,Inst Hlth Sci,Shanghai In, Shanghai , Peoples R China; [Zhang, Liying; Shi, Yufang] Soochow Univ, Inst Translat Med, Affiliated Hosp 1, Suzhou , Peoples R China; [Zhang, Li] Univ Maryland, Sch Med, Dept Physiol, Ctr Vasc & Inflammatory Dis, Baltimore, MD USA; [Shi, Yufang] Rutgers Robert Wood Johnson Med Sch, Child Hlth Inst New Jersey, New Brunswick, NJ USA 作者 标题 期刊 关键词 地址
12 CiteSpace window display 界面介绍 指令窗口 ( 双击 StartCiteSpace.bat ) 主窗口 可视化窗口
13 CiteSpace window display 界面介绍 菜单栏数据模块 项目设置 进度框 时间设置取词来源节点类型连线类型阙值选择可视化设置 分析角度设置 参数设置区域
14
15 各国发文量对比 各机构发文量对比 % 3% 3% 4% 4%3% 5% 5% 5% 5% 6% 6% 20% 11% 17% 年发文量百分比 出版物分布 PEST MANAGEMENT SCIENCE JOURNAL OF ECONOMIC ENTOMOLOGY PESTICIDE BIOCHEMISTRY AND PHYSIOLOGY ENTOMOLOGIA EXPERIMENTALIS ET APPLICATA BIOLOGICAL CONTROL ENVIRONMENTAL ENTOMOLOGY JOURNAL OF MEDICAL ENTOMOLOGY JOURNAL OF INSECT PHYSIOLOGY INSECT BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY JOURNAL OF INSECT SCIENCE FLORIDA ENTOMOLOGIST JOURNAL OF APPLIED ENTOMOLOGY BIOCONTROL SCIENCE AND TECHNOLOGY EXPERIMENTAL AND APPLIED ACAROLOGY ARTHROPOD PLANT INTERACTIONS
16 CiteSpace 的设置及使用 1. 打开 CiteSpace, 新建 Project 命名为 Pesticide Resistance 2. 设置 Project Home 及 Data Directory 的路径, 其中 Data Directory 的路径地址为 下载保存 Web of Science 检索结果 (txt) 的文件夹 3. 其余参数均保留为默认设置即可,Look Back Years 可根据实际需要更改 4. 一键式 GO! 按钮开启数据读取和分 析, 并反馈统计结果
17 CiteSpace 的设置及使用 在可视化窗口中, 可查找聚类并提取聚类关键词 ( 反映一类研究的主题 ), 发现研究热点, 新 兴点 也能一目了然高被引论文, 以及引文间的相互关系, 被引频率高低等 节点信息列表 图谱展示窗口 参数调节窗口
18 CiteSpace 可视化窗口工具栏 背景颜色 查找聚类 查找聚类 (SQL) 开始布局 停止布局 摘要选取 关键词选取 标题选取 节点大小 颜色等调节 聚类标签内容
19 **Node Types 四种运算方法 : 1. Co-author 共作关系 2. Co-citation 共引关系 3. Co-occurring 共现关系 4. Bibliography coupling 参考文献耦合 Time Slicing 1. 在一组数据集中, 时间切片可以是数据集整体, 也可以是任意时间子集 2. 时间切片默认按照每一年进行切片, 也可按照 N 年切片 Term Source CiteSpace 设置了四个取词来源,Title, Abstract,Keywords 以及 Keywords Plus, 建议全部勾选 Term Type 如果只分析共引关系, 此步骤可省略
20 Selection Criteria: 1. G-index (k=5) G index is the largest number that equals the average number of citations of the most highly cited g publications. 2. Top N = 50 Top N is 50 most cited or occurred items from each slice.
21
22 Co-citation 共引关系 Node Type: Cited Reference Selection Criteria: G-index (k=5) Look back Years = 8 Link Retaining Factor = 2 ** ** **
23 Co-citation 共引关系 Node Type: Cited Reference Selection Criteria: G-index (k=5) Look back Years = 8 Link Retaining Factor = 2 Betweenness centrality Citation tree-rings
24 基本概念 Betweenness Centrality 中 介中心性是 CiteSpace 测度节点在网络中重要性的一个指标, 并用紫色圈对该类文献 ( 或作者 期刊以及机构等 ) 进行重点进行标注 Citation tree-rings 引文年 环代表着某篇文章的引文历史 引文年轮的颜色代表相应的引 文时间, 一个年轮厚度和与相 应时间分区内引文数量成正比
25 基本概念 Burst 检测突发主题 ( 或文献 作者以及期刊引证信息等 ) CiteSpace 中使用 Kleinberg 在 2012 年提出的算法进行检测
26 Citation Burst Dinsdale A, 2010, ANN ENTOMOL SOC AM
27 Clusters View 1 2 Find Clusters Label Clusters 节点 连线 字体等在右侧控制面板调节
28 隐藏较小的聚类 使用 Filter out Small Clusters 功能, 隐藏小聚类, 方便阅读分析结果
29 领域内主要的研究方向和热点 0# pesticide resistance 1# ddt resistance 2# biochemical characterization 3# culex-pipiens diptera, acetylcholinesterase gene 4# haematobia irritan, xenopus oocyte expression system 5# leptinotarsa decemlineata, carbamoyl phosphate 氨甲酰磷酸 6# life history characteristics, pancreatic lipase
30
31 领域内近期的新兴主题 ( 可能是未来的热点 ) 对照 Citation Burst 使用
32 领域内主要的研究方向和热点 ( 按年份切片 ) 生态毒性溴氰菊酯解毒作用甲氧虫酰肼 缩合丹宁 苏云金芽孢杆菌
33 Co-occurring terms 共现关系 1. Create POS Tags 2. Choose Node Type maize Induced resistance
34 Co-occurring terms 共现关系 Node Type: Keyword Selection Criteria: Top N (50)
35 Co-occurring terms 共现关系 Node Type: Keyword Selection Criteria: Top N (50)
36 Co-occurring terms 共现关系 Node Type: Keyword 氰戊菊酯 鞘翅目 瓢甲科
37 Co-occurring terms 共现关系 Node Type: Term Selection Criteria: Top N (50)
38 Co-author Node Type: Country Selection Criteria: Top N (50) 发现国家间的合作关系
39 Co-author Node Type: Country Selection Criteria: Top N (50) 发现国家间的合作关系 : 点 击单个节点可高亮显示具体 合作关系
40 Co-author Node Type: Institution Selection Criteria: Top N (50) 发现机构间的合作关系
41 不同参数设置下的图谱对比 调节参数 G-index Top N Link Retaining Factor Look Back Years
42 Timeline View
43 Timezone View 真菌分类学学科态势发展 ( )
44 Geographical Overlays Authors geographic locations in their publication records can be mapped to a geospatial map in KML. You can use Google Earth as the interface to explore the authors locations and links to their collaborators.
45 Geographical Overlays 可以查看全面的合作网络, 也可以查看单个地区的合作情况 ; 移动到红点的位置, 可以查看该文献记录并直接打开 位置 : 可在复选框中勾选单个 多个或全部
46 Dual-Map Overlays This function allows you to add overlays (maximum 12 layers) on JCR Journal Maps.
47 例 2 干细胞领域近 5 年发展态势 Co-occurring 共现关系 Node Type: Keyword Selection Criteria: G-index (k=5)
48 例 2 干细胞领域近 5 年发展态势 Co-occurring 共现关系 Node Type: Keyword Selection Criteria: G-index (k=5)
49 例 3 真菌分类学领域发展态势 ( ) Co-citation 共引关系 Node Type: Cited Reference Selection Criteria: G-index (k=5) Look back Years = 8 Link Retaining Factor = 2
50 CiteSpace 可以分析中文文献吗? CNKI 和 CSSCI 的数据可以导入 CiteSpace 进行分析, 但导入之前需要进行数据格式的转换, 具体方法是 : *CNKI 输出格式选择 Refworks 格式
51 用 CiteSpace 分析 CNKI 中文文献 中文文献分析使用 4.2.R3 之前的版本! 使用 4.2.R3 之前的版本! 使用 4.2.R3 之前的版本! 重要的事情说三遍!!! 共现关系
52 小结 : 巧用 CiteSpace 快速解读课题信息 数据的导入 : WoS 直接导入 PubMed 在线检索 多种数据库格式转换 四种运算方法 : 共引关系 共现关系 时刻注意节点的选择! 导致聚类的意义不一样! 巧用工具栏参数设置调节图谱 适时选用 Timeline 和 Timezone 视图 CiteSpace 帮你理清学科发展, 找出精品文章来阅读
53 CiteSpace 官网
54 常江
PowerPoint 演示文稿
利用 SCI 数据分析学科发展态势 常江 拿到课题不知所措? 常见问题 1: 领域方向比较新, 文献资料太少, 找不到? DNA 纳米技术 TS=DNA origami nanotechnology??? 常见问题 2: 文献资料太多, 不知从何下手开始阅读? 干细胞的相关研究 TS= stem cell OR stem cells 如何快速了解课题背景和发展历程? 怎么能短时间内阅读大量文献? 怎么找领域内时下研究的热点?
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