356 研究论文 用 ABI 7500 定量 PCR 仪对斑马鱼胚胎发育过程主要 时间点 FGF3 基因 mrna 表达量进行检测 反应条件 : 预变性, 95 ºC, 30 s; PCR 反应, 95 ºC, 3 s; 60 ºC, 30 s; 循 环 40 次 每个标本共进行 3 批次检测, 同

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1 中国细胞生物学学报 Chinese Journal of Cell Biology 2012, 34(4): 斑马鱼胚胎发育过程中 FGF3 基因的表达 1 贾聪聪 1 张小晶 黄陈平 1* 1 林林 1 赵淑江 靳大庆 2 ( 1 温州医学院环境与公共卫生学院, 温州 ; 2 温州医学院水域科学与环境生态研究所, 温州 ) 摘要为了解斑马鱼胚胎发育过程中 FGF3 基因的时空性表达情况, 并探讨其对胚胎发育的调控作用, 该研究分别提取 2, 4, 8, 12, 24, 36, 48, 72 hpf 斑马鱼胚胎的总 RNA, 经逆转录成 cdna, 实时荧光定量 PCR 检测 FGF3 基因 mrna 表达量 ; 扩增 FGF3 基因特异片段, 构建 pgem-t/fgf3 基因片段重组质粒, 经克隆及测序验证后, 合成地高辛标记的反义 RNA 探针, 以整体原位杂交法检测斑马鱼胚胎 FGF3 基因的空间性表达 结果显示 : FGF3 基因在 2 hpf 胚胎就有表达, 并持续至胚胎孵化, 12 hpf 胚胎 FGF3 表达量达到高峰 (P<0.01); 胚胎发育过程中 FGF3 表达部位以头 尾 咽弓为主 由此得出结论, FGF3 主要在胚胎发育早期表达, 其表达可能与胚胎脑 眼 耳 咽弓及尾部器官的发育调控有关 关键词斑马鱼 ; 胚胎发育 ; 成纤维细胞生长因子 3; 实时荧光定量 PCR; 整体原位杂交 成纤维细胞生长因子 (fibroblast growth factors, FGFs) 是由多个生物学结构相似的多肽生长因子组 成的家族, 广泛分布于多细胞生物体中, 主要通过 受体酪氨酸激酶 (RTKs) 介导的信号通路参与调控 细胞增殖 迁移 分化 凋亡等过程 [1-2] 目前, 已 鉴定出斑马鱼 FGFs 有 27 个成员 ( 其中 5 个为旁系同 源 ), 人和鼠 FGFs 各有 22 个, 脊椎动物 FGFs 之间有 着高度的同源性, 按进化及功能可归类为 7 个亚族, FGF3/7/10/22 属同一亚族 [1,3] 在脊椎动物胚胎发育 过程中, 有研究显示 FGF3 参与多个器官的发育调控 [4-6], 但现有研究还仅局限于 FGF3 对胚胎某个发育阶段 或器官的调控作用, 尚无关于其在胚胎发育全程中 整胚时空性表达的研究报道 本文采用实时荧光定 量 PCR 和整体原位杂交技术, 研究模式生物斑马鱼 胚胎发育过程中 FGF3 基因 mrna 时空性表达的情 况, 旨在从整体的角度探讨其对胚胎发育的调控作 用 1 材料与方法 1.1 材料 实验动物野生型 AB 品系斑马鱼引自美 [7] 国俄勒冈州立大学, 按斑马鱼工具书描述的方法 进行养殖 取健康 性成熟的斑马鱼, 于饲养系统 关灯前按雌雄 1: 2 的比例放入孵化器内, 次晨给光后 完成交配和产卵, 收集 挑选正常发育的胚卵, 放入 含胚胎培养液的培养皿中, 置于 (28±1) ºC 光照培养 箱内孵养, 保持光周期为明 14 h: 暗 10 h 主要试剂 TRIzol 试剂 PCR 产物试剂盒 DNA 纯化试剂盒 小量质粒抽提和胶回收试剂盒购于碧云天生物技术研究所 ; 荧光定量 PCR 试剂盒 (DRR041A) 及 RT-PCR 试剂购于宝生物工程有限公司 ; 限制性内切酶 Not I 购于 NEB 公司 ; pgem-t 载体 T4 DNA 连接酶购于 Promega 公司 ; 地高辛探针标记试剂盒 SP6 聚合酶 T7 聚合酶购于 Roche 公司 1.2 方法 总 RNA 提取及 cdna 合成分别收集发育至 2, 4, 8, 12, 24, 36, 48, 72 hpf(hours post fertilization, 受精后小时 ) 斑马鱼胚胎各 35 枚, 剥除卵膜后, 用 TRIzol 法提取各自总 RNA, 核酸蛋白仪检测 D 260 /D 280 值在 1.8~2.2 范围内 提取的总 RNA 经反转录合成 cdna, 反应条件为 : 37 ºC, 15 min; 85 ºC, 5 s cdna 置于 20 ºC 保存备用 实时荧光定量 PCR 检测 FGF3 基因 mrna 表达量根据斑马鱼 FGF3(Gene ID: 30549) 的 cdna 序列, 设计荧光定量 PCR 引物, 上游引物为 : 5 -GTG GCA ATC AAG GGA CTG TT-3, 下游引物为 : 5 -GCC GTG ATG CAT AAG TGT TG-3 以 β-actin 基因作为内参对照, 上游引物为 : 5 -ATG GAT GAG GAA ATC GCT GCC-3, 下游引物为 : 5 -CTC CCT GAT GTC TGG GTC GTC-3 根据荧光定量 PCR 试剂盒操作步骤, 收稿日期 : 接受日期 : 国家自然科学基金 (No ) 资助项目 * 通讯作者 Tel: , wzhcp@263.net

2 356 研究论文 用 ABI 7500 定量 PCR 仪对斑马鱼胚胎发育过程主要 时间点 FGF3 基因 mrna 表达量进行检测 反应条件 : 预变性, 95 ºC, 30 s; PCR 反应, 95 ºC, 3 s; 60 ºC, 30 s; 循 环 40 次 每个标本共进行 3 批次检测, 同批次检测设 3 个复孔, 分别计算同一样本 3 个复孔的 C t 均值, 以同 一样本中的 β-actin C t 值作为内参, 以 2 hpf 胚胎标本 为基准, 设其 2 -DDCt 为 1, 按公式 : 2 -[( 检测组 FGF3 Ct 检测组 β-actin Ct)-( 基准组 FGF3 Ct 基准组 β-actin Ct)] 分别计算各组 2 -DDCt, 用以表 示其 FGF3 基因 mrna 相对表达量 pgem-t/fgf3 基因片段重组质粒的构建 设计 FGF3 基因特异片段扩增引物, 上游引物为 : 5 - AGC GGC GAG ATG CTG GTG GA-3, 下游引物为 : 5 -TGG AGG AGG CTG GGT GGT TG-3, 扩增片段 长度为 353 bp 以 cdna 为模板, 进行目的基因的扩 增, PCR 反应条件为 : 94 ºC, 预变性 3 min; 94 ºC, 变 性 30 s; 60 ºC, 退火 30 s; 72 ºC, 延伸 1 min; 循环 30 次 取 10 μl PCR 产物, 1% 琼脂糖凝胶电泳检测, 拍照 记录 将扩增的 FGF3 片段连接 pgem-t 载体, 转化 DH5α 感受态细胞, 用氨苄西林培养板培养, 经筛选 克隆及质粒抽提, 送公司 ( 上海桑尼 ) 测序 FGF3 RNA 探针的制备根据 pgem-t 载体 的多克隆位点和 pgem-t/fgf3 重组质粒的测序结果, 选用限制性内切酶 Not I 酶切质粒, 经 T7 RNA 聚合酶 体外转录合成地高辛标记的反义 RNA 探针, 经纯化回 收, 保存于 20 ºC 备用 整体原位杂交法检测胚胎 FGF3 基因 mrna 的表达部位 挑取发育至 8, 12, 24, 36, 48, 72 hpf 的 [8] 斑马鱼胚胎, 经脱膜 固定 脱水, 按照 Thisse 等报 道的整胚原位杂交方法进行操作, 以不含探针的杂 交液处理胚胎作为空白对照, 显色后胚胎置于 100% 甘油中, 用体视显微镜 (Nikon SMZ1500) 观察并拍照 记录 统计分析方法 用统计软件 SPSS 14.0 进 行数据分析, 计量资料多组间比较采用单因素方差 分析, 进一步检验后多重比较用 LSD 法 2 结果 2.1 斑马鱼胚胎发育过程中 FGF3 基因 mrna 动态表达水平 实时荧光定量 PCR 检测斑马鱼胚胎发育各主要时点 FGF3 基因荧光信号 C t 值, 以 2 hpf 胚胎测定值为基准, 得到其它各时点 FGF3 基因 mrna 相对表达量 FGF3 在 2 hpf 斑马鱼胚胎就有表达, 之后 FGF3 表达量逐渐增多, 在 12 hpf 时达到高峰 (P<0.01), 24~72 hpf FGF3 表达量略高于基准值, 除 12 hpf 外, 其余各时点 FGF3 表达量间差别均无统计学意义 ( 表 1 和图 1) 2.2 FGF3 基因片段 PCR 产物凝胶电泳结果以斑马鱼胚胎 cdna 为模板, 扩增 FGF3 基因片段, 凝胶电泳结果呈现单一的条带, 大小与预期结果 (353 bp) 相符 ( 图 2) 2.3 pgem-t/fgf3 基因片段重组质粒的鉴定结果 pgem-t/fgf3 基因片段重组质粒测序结果经比对, 其 31~384 bp 的基因序列与基因库中斑马鱼 FGF3 基因的 cdna 序列 100% 匹配 ( 图 3) 2.4 FGF3 基因 mrna 空间表达情况用地高辛标记的 FGF3 反义 RNA 探针分别对 8, 12, 24, 36, 48, 72 hpf 斑马鱼胚胎进行整体原位杂交, 表 1 斑马鱼胚胎不同发育阶段 FGF3 基因 mrna 的表达水平 Table 1 FGF3 mrna levels at different stages of zebrafish embryonic development as quantified by Real-time Q-PCR 受精后小时数 FGF3 C t 值 β-actin C t 值 2 -DDCt hpf FGF3 C t value β-actin C t value 2 -DDCt ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ±5.33** ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ±0.48 数据用 _ x ±sx - 表示, **P<0.01, 与其它组比较 Values are means±se. **P<0.01 vs other groups of 2 -DDCt.

3 贾聪聪等 : 斑马鱼胚胎发育过程 FGF3 基因的表达 357 数据用 _ x ±sx - 表示, **P<0.01, 与其它组比较 Values are means±se. **P<0.01 vs the other groups. 图 1 斑马鱼胚胎不同发育阶段 FGF3 基因 mrna 的表达水平 Fig.1 FGF3 mrna levels at different stages of zebrafish embryonic development as quantified by Real-time Q-PCR F: FGF3 基因片段 ; M: DNA 分子量标准 F: FGF3 gene fragment; M: DL DNA marker. 图 2 FGF3 基因 PCR 扩增片段电泳图 Fig.2 Electrophoretic analysis of FGF3 gene fragment by PCR 31~384: pgem-t/fgf3 中 FGF3 基因片段序列 ; 170~523: 斑马鱼 FGF3 基因 cdna 序列 31~384: the sequence of FGF3 gene fragement from pgem-t/fgf3; 170~523: the sequence of zebrafish FGF3 cdna. 图 3 重组质粒 pgem-t/fgf3 中 FGF3 基因序列与斑马鱼 FGF3 基因 cdna 比对结果 Fig.3 The blast result of FGF3 gene fragement from pgem-t/fgf3 and zebrafish FGF3 cdna 在 8 hpf 和 12 hpf 斑马鱼胚胎背侧, 尤其在头 尾部显示出清晰的蓝紫色阳性杂交信号, 提示 FGF3 基因在此部位有明显表达 ( 图 4A 和图 4B); 在 24 hpf 时, 杂交信号见于中脑区域, 但较弱 ( 图 4C); 在 36 hpf 和 48 hpf 时, 中脑及咽弓处有较明显的杂交信号 ( 图 4D 和图 4E); 至 72 hpf 时, 在咽弓处仍有较弱的杂交信号 ( 图 4F) 相比 12 hpf 时胚胎的杂交信号强度和区域大小, 其它各胚胎发育时间点要明显弱小 以不含探针杂交液在同样条件下进行杂交, 无阳性杂交信号 ( 图 4A ~ 图 4F )

4 358 研究论文 A~F: FGF3 反义 RNA 探针整体原位杂交图, 蓝紫色阳性杂交信号主要出现在不同发育阶段胚胎的头 尾及咽弓处 ( ), 以 12 hpf 胚胎时最为明显 ; A ~F : 不含 RNA 探针整体原位杂交图, 作为对照, 胚胎上无杂交颜色反应 A~F: representative images of whole-mount in situ hybridization with FGF3 antisense RNA probe. Blue purple hybrid color was shown at the head, tail or pharyngeal arche regions (arrow indicating) in different embryo stages. The most positive hybrid reaction was detected at the time of 12 hpf; A ~F : representative images of whole-mount in situ hybridation from controls without RNA probes. No hybrid color was present in the embryos. 图 4 整体原位杂交检测 8, 12, 24, 36, 48, 72 hpf 斑马鱼胚胎 FGF3 表达结果 Fig.4 Whole-mount in situ hybridization detecting FGF3 in zebrafish embryos at 8, 12, 24, 36, 48, 72 hpf 3 讨论胚胎发育受基因表达和细胞间信号等综合调 控, 调控基因的表达具有时空性, 在胚胎发育不同阶段 部位适度表达是胚胎正常发育所必需的 在胚胎发育过程中, FGFs 起着重要的调控作用, 已有研究报道提示 FGF3 参与神经系统 内耳等器官的发 [2,4] 育调控, 但目前关于 FGF3 在胚胎发育全程中时空性表达的研究还存在空白 斑马鱼是近年来备受关注的模式生物, 广泛应用于遗传和胚胎发育学研究 斑马鱼胚胎发育迅速, 全程约 72 h, 历经卵裂期 (0.75~2.25 hpf) 囊胚期 (2.25~5.25 hpf) 原肠胚期(5.25~10.33 hpf) 体节期 (10.33~24 hpf) 咽胚期 (24~48 hpf) 和孵化期 (48~72 hpf) [9] 本研究实时荧光定量 PCR 检测结果显示 : 斑马鱼 FGF3 基因在囊胚期就已有明显表达, 并在原肠胚后期及体节期初始阶段时基因 mrna 表达水平达到高峰, 随后表达水平下降, 在 24 hpf 后基本上处于略高于 2 hpf 时的胚胎 FGF3 基因 mrna 表达水平, 直至胚胎发育结束 从斑马鱼胚胎发育过程 FGF3 基因 mrna 动态表达水平来看, 可以判断 FGF3 主要在胚胎发育早期发挥调控作用 迄今为止, 尚无其它关于 FGF3 在胚胎发育全程中动态表 达水平的研究报告, 但已有一些报道表明 FGF3 在 [10] 胚胎发育过程中发挥着重要调控作用 Wilson 等在用鸡胚进行研究时发现, 早在鸡胚原条形成之前已出现 FGF3 表达, 并与骨形成蛋白 (BMP) 共同调控早期外胚层细胞的诱导分化, 持续的 FGF 信号将下调 BMP 表达水平, 促使外胚层细胞向神经细胞分化, 反之则向表皮细胞转化 FGF3 与同亚族的 FGF10 [11] 在胚胎发育调控过程中还存在冗余作用 目前, FGF3 对胚胎调控的作用及机制尚未明了, 多数研究 [2,4] 报道提示 FGF3 主要参与胚胎早期发育调控作用, 这与本研究中 FGF3 表达高峰在胚胎发育早期的结果是一致的 在胚胎发育过程中, 基因表达部位 水平以及与周边形态发生的关系, 能够较好地揭示其对发育的调控作用, 而原位杂交技术是实施这种研究的主要手段 近年来, 对胚胎实施整体原位杂交技术日趋成熟, 斑马鱼胚胎直径仅约 1 mm, 适宜于实施该 [8] 项技术以显示特定基因的空间表达情况 整胚原位杂交的效果与探针特异性 分子大小等因素有关, 在保证探针特异性的前提下, 探针分子小则易于透过胚胎组织表层而进入内部 斑马鱼 FGF3 基因 cdna 序列为 849 bp, 本研究设计扩增其中长度

5 贾聪聪等 : 斑马鱼胚胎发育过程 FGF3 基因的表达 359 为 353 bp 的特异片段, 经重组质粒 克隆及测序验 证后, 合成反义 RNA, 并用地高辛标记制备 RNA 探 针, 用其检测 FGF3 表达可以获得清晰的杂交颜色信 号 本文用整体原位杂交法检测斑马鱼胚胎 FGF3 基 因的空间表达情况, 结果显示 : FGF3 在 8 hpf 和 12 hpf 斑马鱼胚胎的背侧, 尤其是头 尾部有明显的表达, 此后, FGF3 在中脑 咽弓处仍有表达, 但强度及区 域较小 FGF3 空间表达水平与荧光定量 PCR 结果 相符, 即 12 hpf 为 FGF3 基因的表达高峰期 在胚胎 发育早期, 胚轴头 尾端明显膨大 延伸, 头部外胚 层向神经细胞诱导分化, 是脊索前板 眼基和耳泡 的形成阶段, 尾部形成了尾芽, 为躯干后部器官发育 的原基 此时, FGF3 在头 尾部高表达, 提示 FGF3 参与胚胎早期脑 眼 耳及尾部器官的发育调控 Koshida 等 [12] 用原位杂交法检测斑马鱼早期胚胎 FGF3 表达, 发现在其原肠胚期 ( 约 5 hpf) 时, 就已在 胚胎背外侧缘有明显表达, 认为其具有促进胚胎神 经发育的作用 在胚胎发育的中 后期, FGF3 持续 在中脑 咽弓处表达, 提示其参与该部位器官的发 [13] 育调控 Vaccari 等检测斑马鱼 48 hpf 胚胎 FGF3 表 达时, 发现其在胚胎咽弓处有明显表达, 认为 FGF3 有 助于咽部软骨的形成 此外, 有报道显示 FGF3 还参 与胚胎背部形成以及内耳 视网膜 尾部等的发育 调控, FGF3 基因敲除可引起有关器官发育不全 [4,14-15] 人类 FGF3 基因突变可致先天性耳聋 小耳和小牙 畸形 [16] 因此, 本研究显示 FGF3 基因在胚胎早期头 尾部有高表达以及中后期在中脑 咽弓处持续表达 的结果, 有助于解释 FGF3 基因参与胚胎脑 眼 耳 咽弓及尾部器官发育的调控作用 总之, 在胚胎发育过程中, FGF3 表达高峰出现 在胚胎发育早期, 表达部位以头 尾及咽弓部为主, 其表达可能与胚胎脑 眼 耳 咽弓及尾部器官的 发育调控有关 参考文献 (References) 1 Itoh N, Ornitz DM. Fibroblast growth factors: From molecular evolution to roles in development, metabolism and disease. J Biochem 2011; 149(2): Dorey K, Amaya E. FGF signalling: Diverse roles during early vertebrate embryogenesis. Development 2010; 137(22): Tulin S, Stathopoulos A. Extending the family table: Insights from beyond vertebrates into the regulation of embryonic development by FGFs. Birth Defects Res C Embryo Today 2010; 90(3): Hatch EP, Noyes CA, Wang X, Wright TJ, Mansour SL. Fgf3 is required for dorsal patterning and morphogenesis of the inner ear epithelium. Development 2007; 134(20): Sela-Donenfeld D, Kayam G, Wilkinson DG. Boundary cells regulate a switch in the expression of FGF3 in hindbrain rhombomeres. BMC Dev Biol 2009; 9: Tekin M, Hismi BO, Fitoz S, Ozdag H, Cengiz FB, Sirmaci A, et al. Homozygous mutations in fibroblast growth factor 3 are associated with a new form of syndromic deafness characterized by inner ear agenesis, microtia, and microdontia. Am J Hum Genet 2007; 80(2): Westerfield M. The zebrafish book: A guide for the laboratory use of zebrafish (Danio rerio), 4th ed. Eugene: University of Oregon Press, Thisse C, Thisse B. High-resolution in situ hybridization to whole-mount zebrafish embryos. Nat Protoc 2008; 3(1): Kimmel CB, Ballard WW, Kimmel SR, Ullmann B, Schilling TF. Stages of embryonic development of the zebrafish. Dev Dyn 1995; 203(3): Wilson SI, Graziano E, Harland R, Jessell TM, Edlund T. An early requirement for FGF signaling in the acquisition of neural cell fate in the chick embryo. Curr Biol 2000; 10(8): Alvarez Y, Alonso MT, Vendrell V, Zelarayan LC, Chamero P, Theil T, et al. Requirements for FGF3 and FGF10 during inner ear formation. Development 2003; 130(25): Koshida S, Shinya M, Nikaido M, Ueno N, Schulte-Merker S, Kuroiwa A, et al. Inhibition of BMP activity by the FGF signal promotes posterior neural development in zebrafish. Dev Biol 2002; 244(1): Vaccari E, Deflorian G, Bernardi E, Pauls S, Tiso N, Bortolussi M, et al. prep1.2 and aldh1a2 participate to a positive loop required for branchial arches development in zebrafish. Dev Biol 2010; 343(1/2): Picker A, Cavodeassi F, Machate A, Bernauer S, Hans S, Abe G, et al. Dynamic coupling of pattern formation and morphogenesis in the developing vertebrate retina. PLoS Biol 2009; 7(10): e Shi W, Peyrot SM, Munro E, Levine M. FGF3 in the floor plate directs notochord convergent extension in the Ciona tadpole. Development 2009; 136(1): Riazuddin S, Ahmed ZM, Hegde RS, Khan SN, Nasir I, Shaukat U, et al. Variable expressivity of FGF3 mutations associated with deafness and LAMM syndrome. BMC Med Genet 2011; 12: 21.

6 360 研究论文 Dynamic Expression of FGF3 Gene during Zebrafish Embryonic Development Jia Congcong 1, Zhang Xiaojing 1, Huang Chenping 1 *, Lin Lin 1, Zhao Shujiang 1, Jin Daqing 2 ( 1 School of Environmental Science and Public Health, Wenzhou Medical College, Wenzhou , China; 2 Institute of Watershed Science and Environmental Ecology, Wenzhou Medical College, Wenzhou , China) Abstract The current study aimed to study the temporal and spatial expression of FGF3 gene during zebrafish embryonic development. Total RNA was extracted from zebrafish embryos at 2, 4, 8, 12, 24, 36, 48, 72 hours post fertilization (hpf), respectively, and was reversely transcripted to cdna. FGF3 mrna levels were then determined by Real-time quantitative PCR. The results showed that FGF3 gene expression started at as early as 2 hpf, and was present throughout the whole embryonic development. The expression level of FGF3 reached the highest (P<0.01) at 12 hpf. Wholemount in situ hybridization was then used to determine the spatial expression of FGF3 gene at the time points of 8, 12, 24, 36, 48, 72 hpf. Digoxigenin labeled antisense FGF3 RNA probe was synthesized by T7 RNA polymerase from pgem-t/fgf3 gene fragment recombinant plasmid. Our results showed that FGF3 was mainly expressed in the head, tail and pharyngeal arches of zebrafish embryos during embryonic development. In conclusion, FGF3 gene was expressed in a temporal dynamic pattern during zebrafish embryonic development and reached the highest at about 12 hpf. The spatial expression was mainly in the head, tail and pharyngeal arches, indicating an association of FGF3 with the regulation of embryonic brain, eyes, ears, pharyngeal arches and tail development. Key words zebrafish; embryonic development; fibroblast growth factor 3; Real-time quantitative PCR; whole-mount in situ hybridization Received: November 4, 2011 Accepted: January 18, 2012 This work was supported by the National Natural Science Foundation of China (No ) *Corresponding author. Tel: , wzhcp@263.net

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