PubMed 生物医学数据库检索方法与技巧 北京大学医学图书馆信息咨询部
主要内容 PubMed 概况和数据来源 PubMedPubMed 检索技术 PubMed 检索方法 结果的显示 打印 保存 其他辅助功能
1. PubMed 概况 创建机构 : 美国国家医学图书馆 (NLM) 下设的美国生物技术信息中心 (NCBI) 是 Entrez 集成检索系统的重要组成部分 1997 年 6 月开始向全球开放 特色 : 具有收录范围广 内容全 检索途径多 检索体系完备等特点, 部分文献还可在网上直接免费获得全文
PubMed 概况 ( 数据来源 ) [PubMed-indexed for MEDLINE]: [PubMed]: [PubMed-in process]: 每天收录, 尚未经规范处理的数据 [Epub ahead of print]: 先于纸质期刊出版在网上发行 [PubMed - as supplied by publisher]: 由出版商提供的电子文献 来自 NCBI Bookshelf 的大部分书和书章节
2. PubMed 检索技术 布尔逻辑检索 自动转换匹配功能 (Automatic Term Mapping) 截词检索 短语检索
2.1. 布尔逻辑检索 采用布尔逻辑符连接检索词来表达用户的检索要求, 并通过一定的算法和实现手段进行检索 常用的布尔逻辑运算符有三种 : 逻辑与 and 逻辑或 or 逻辑非 not
检索技术 逻辑与 AND 运算符 也叫逻辑积, 也可用 * 表示 如检索 : 流行性感冒引起咳嗽 Influenza AND cough 其含义是 : 检出的信息中必须同时含有 A 和 B 两个检索词
检索技术 逻辑或 OR 运算符 也叫逻辑和, 也可用 + 表示 如检索 : 流行性感冒或者咳嗽 Influenza OR cough 其含义是 : 只要含有 A 或 B 中任何一个检索词即为命中的文献
检索技术 逻辑非 NOT 运算符 也叫逻辑差, 也可用 表示 如检索 : 流行性感冒不带咳嗽 Influenza NOT cough hepatitis B virus NOT human 其基本作用是缩小检索范围, 起到减少文献输出量的作用
检索技术 在一个检索式中, 可以同时使用多个逻辑运算符, 此时需要注意运算符的运算次序, 即运算符优先级 不同的检索系统对运算符优先级的规定可能会存在差异, 如有的系统规定 not>and>or, 有的则规定按运算符出现顺序从左至右依次运算 通常, 可采用优先处理算符 () 来改变运算次序, 控制最终的检索结果 (Influenza OR cough) AND virus NOT human
2.2 自动转换匹配检索 按顺序匹配, 找到即止 PubMed 会自动对输入的未加标签的检索词进行分析 转换 ( 同义词 截词等 ), 按照一定规则进行匹配检索, 是一种智能化的检索过程 Mesh( 医学主题词 ) 表 期刊表 作者全称转换表 (2002 年以后 ) 作者索引表 研究者 ( 合作伙伴 ) 全称转换表 研究者 ( 合作伙伴 ) 索引表 所有字段 并执行 OR 布尔逻辑运算
如果输入一个短语, 执行上述规则后, 在以上顺序表中找到相匹配的词, 则另外再用单个词在所有字段查找, 各词之间是 AND 逻辑关系, 这一组词与之前的检索词是 OR 逻辑关系 如果输入一个短语, 执行上述规则后, 在以上顺序表中都找不到相匹配的词, 则将短语进行拆分重复按上表顺序查询, 检索时各个词之间是 AND 逻辑关系
白血病 (leukemia) Leukemia "leukaemia"[all Fields] OR "leukemia"[mesh Terms] OR "leukemia"[all Fields]
临床癌症研究 (clinical cancer research ) HIV 感染 ( hiv infections ) "Clin Cancer Res"[Journal] OR ("clinical"[all Fields] AND "cancer"[all Fields] AND "research"[all Fields]) OR "clinical cancer research"[all Fields] "hiv infections"[mesh Terms] OR ("hiv"[all Fields] AND "infections"[all Fields]) OR "hiv infections"[all Fields] OR ("hiv"[all Fields] AND "infection"[all Fields]) OR "hiv infection"[all Fields]
人重组三叶因子 (human recombinant trefoil factor) ("humans"[mesh Terms] OR "humans"[all Fields] OR "human"[all Fields]) AND recombinant[all Fields] AND ("trefoil factor"[supplementary Concept] OR "trefoil factor"[all Fields])
2.3 截词检索 星号 * : 对词干相同词尾不同的一组词同时进行检索 如 : 键入 flavor*, 系统会找到那些前一部分是 flavor 的单词 ( 如 flavored, flavorful, flavoring 等 ), 对其进行合并 如果这类词少于 600 个,PubMed 会逐个词检索, 若超过 600 个 ( 如 :ca*),pubmed 将显示警告信息, 要求增加词汇的开头字母数量 截词功能只限于单词, 对词组无效 如 : infection* 包括 infections, 但不包括 infection control 等 注意 : 使用截词检索功能时,PubMed 系统会自动关闭词汇转换功能
2.3 截词检索 注意 : 使用截词检索功能时,PubMed 系统会自动关闭词汇转换功能 如 : 检索 hiv infection* hiv infection[all Fields] OR hiv infection,[all Fields] OR hiv infectioned[all Fields] OR hiv infectioning[all Fields] OR hiv infections[all Fields] OR hiv infections,[all Fields]
2.4 强制检索 双引号 ( ): 强制系统进行短语检索 使用双引号检索, 系统会自动关闭词汇转换功能 如检索 : Single cell (27203 篇,2015-3-11) "Single cell"[all Fields] 如检索 :Single cell(393788 篇,2015-3-11 ) ("single person"[mesh Terms] OR ("single"[all Fields] AND "person"[all Fields]) OR "single person"[all Fields] OR "single"[all Fields]) AND ("cells"[mesh Terms] OR "cells"[all Fields] OR "cell"[all Fields])
2.5 限定字段检索 直接用字段标识符进行限定字段检索 例如,smith[AU] tumor[ti] German[LA] PubMed 中可检索的字段有 40 多个
字段标识符字段名称字段含义 AD Affiliation 第一著者的单位 地址 ( 包括 Email 地址 ) ALL All fields 所有字段 AU Author 著者 CN Corporate Author 团体著者 EDAT EC/RN Number 国际酶学委员会给特定酶的编号或化学物质的 CAS 登记号 EDAT Entrez Date 文献被 PubMed 收录的日期 1AU First Author Name 第一著者 FAU Full Author Name 著者全名 GN Grant Number 获资助项目的编号或合同号 IP Issue 期刊的期号 IR Investigator 对研究项目有贡献的主要调查者或合作者 TA Journal Title 期刊全称 缩写或 ISSN 号 LA Language 语种
LA Language 语种 LASTAU Last Author 排名最后的作者 MAJR MeSH Major Topic 主要 MeSH 主题词, 主题词后加 * 标记 SH MeSH Subheadings MeSH 副主题词 MH MeSH Terms MeSH 主题词 PG Pagination 文献在期刊中的起始页码 PL Place of Publications 期刊的出版国别 DP Publications Date 文献的出版日期 PT Publication Type 文献类型 NM Substance Name 化学物质名称 SB Subset PubMed 数据库子集 TW Text Words 文本词, 来自 TI AB MH SH PT NM 等字段 TI Title 文献的题名 TIAB Title/Abstract 文献的题名 / 摘要 PMID Unique Indentifer PubMed 中文献的唯一识别码 VI Volume 期刊的卷号
3. PubMed 检索方法 3.1 基本检索 3.2 高级检索 3.3 主题检索 3.4 临床咨询 3.5 期刊信息检索 3.6 单篇引文匹配器检索 3.7 临床试验研究信息检索
PubMed 网址 Http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed http://www.pubmed.gov
基本检索 高级检索 临床咨询 主题检索
3.1 基本检索 MeSH 主题词 作者 标题 文中单词或短语 期刊名称, 或者这些部分的任意组合
3.1 基本检索 关键词 词 ( 词组 ) 或短语 : ⑴ 输入任意关键词 :liver cancer Lung cancer; ⑵ 带有双引号 " 作为短语检索 :"cancer therapy"; ⑶ 带有连接号 - 作为一个词组检索 :interleukin-6 期刊刊名 : ⑴ 可用期刊全称 :GENE THERAPY[TA]; ⑵ 可用期刊简称 :JAMA[TA];(The Journal of the American Medical Association)
3.1 基本检索 作者 : ⑴ 姓全称, 名缩写 如 :Smith J ⑵ 仅知道作者姓, 则须加上字段标识, 如 : Smith[au] ⑶ 2002 年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索如 :Joshua Lederberg
基本检索举例 : 肝癌和酒精的关系 分析该检索课题, 包含两个方面 : 肝癌 :liver cancer; 酒精 :alcohol 两个主题之间的逻辑关系是 AND, 即 liver cancer AND alcohol
基本检索举例 : 肝癌和酒精的关系 输入 :liver cancer AND alcohol
肝癌和酒精的关系 的基本检索结果
3.2 高级检索 高级检索
3.2 高级检索
高级检索举例 : 北京大学医学部马大龙教授发表的文献 分析该检索课题, 包含两个方面 : 作者为 : 马大龙 (ma dl); 作者单位为 : 北京大学 (peking university)
高级检索举例 : 北京大学医学部马大龙教授发表的文献 输入 :ma dl Peking university
高级检索举例 : 北京大学医学部马大龙教授发表的文献
3.3 主题检索 点击 MeSH Database 打开主题检索界面 根据 medline 数据主题标引的规范性, 利用主题词进行的检索, 对提高查全率 查准率会有相当的帮助
主题检索
3.3 主题检索
主题词 (headings): 直接 准确表达主题概念的词或词组 每个概念只能用一个主题词表达如 : 肿瘤 cancer Carcinoma Tumor Neoplasm Neoplasm
副主题词 (subheadings): 副主题词 : 用于对主题词的某一特定方面加以限定, 强调主题概念的某些专指方面 如 : 治疗 (therapy) 外科学 (surgery) 代谢 (metabolism) 诊断 (diagnosis) 如 : 白血病的药物治疗 leukemia/drug therapy 但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用, 每个副主题词的使用范围都有规定
TI - [Bisoprolol: opportunities in the treatment of hypertension]. AB - Bisoprolol (bisoprolol fumarate) - -cardioselective blocker, does not possess intrinsic sympathomimetic and membrane stabilizing activity. The main indications for bisoprolol are arterial hypertension (AH) and heart failure. This article provides an overview of the literature on the potential uses of bisoprolol in the treatment of hypertension. The features of the pharmacokinetics of the drug. The data on the effectiveness of bisoprolol in hypertension and tolerability in patients with concomitant disorders. AU - Minushkina LO SO - Kardiologiia. 2012;52(6):80-5. MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Biological Availability MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Comorbidity MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology MH - Humans MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology MH - Perioperative Care/methods MH - Therapeutic Equivalency MH - Treatment Outcome
MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Biological Availability MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Comorbidity MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology MH - Humans MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology MH - Perioperative Care/methods MH - Therapeutic Equivalency MH - Treatment Outcome
主题词查找 Hypertension aids --- Acquired Immunodeficiency Syndrome Human Viral Hepatitis- Hepatitis, Viral, human 注意 : 一些新出现的概念没有相应的主题词 如 :e-cell
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 分析该检索课题, 有 2 个概念 : 长春新碱 (Vincristine ) 白血病 (leukemia): 对长春新碱来说是利用其治疗疾病, 故其应组配副主题词 治疗应用 (therapeutic use) ; 对白血病来说是利用药物来治疗, 故其应组配副主题词 药物疗法 (drug therapy) 同时这两个概念之间是 AND 的关系
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 第 1 步 : 检索长春新碱 / 治疗应用
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 第 1 步 : 检索长春新碱 / 治疗应用
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 第 1 步 : 检索长春新碱 / 治疗应用 副主题词
主要主题词 不扩展下位树
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献第 1 步 : 检索长春新碱 / 治疗应用
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 第 1 步 : 检索长春新碱 / 治疗应用
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 第 2 步 : 检索白血病 / 药物疗法
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 第 2 步 : 检索白血病 / 药物疗法
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 第 2 步 : 检索白血病 / 药物疗法
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献 第 2 步 : 检索白血病 / 药物疗法
主题检索举例 : 长春新碱 (Vincristine ) 治疗白血病 (leukemia) 的文献
3.4 临床咨询和系统评价检索 可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献, 如临床疾病的诊断 治疗 病因和预后等 ; 也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题, 如系统性综述 元分析 临床试验 循证医学 实践指导以及有关遗传学方面的问题等
3.4 临床咨询和系统评价检索 (Clinical Queries) 临床咨询 系统评价 检索医学遗传学研究方面的文献
查找 leukemia 临床问题
3.5 期刊信息检索 Journals in NCBI Databases 可通过输入期刊的主题 全称 缩写或 ISSN 号等进行检索, 检索结果仅为期刊信息
检索中国出版的期刊
3.6 单篇 / 批量引文匹配器检索 Single/Batch Ciation Matcher 快速查找某一篇或某一批特定文献
检索 Cancer research 期刊 2016 年第 2 期 329 页的文献
3.7 临床试验研究信息检索 Clinical Trials 查询临床试验研究信息, 提交临床试验结果数据
4. 结果的显示 打印 保存 显示 保存 打印
4.1 结果的显示 显示格式 : 系统提供的显示格式很多, 一般较常用的有以下 3 种 : (1)Summary: 为默认显示格式 显示的信息包括文献的标题 著者 出处 PMID 综述出版类型 非英文文献的原文语种等 (2)Abstract: 显示信息除了文献标题 著者 出处等基本信息外, 还包括摘要信息, 以便用户了解文献详细内容
4.1 结果的显示 (3)MEDLINE: 以 MEDLINE 数据库的记录格式来显示检索结果 字段内容主要包括 PMID 题目 摘要 作者 作者地址 语种 出版类型 出处 MeSH 文献 ID 出版状态等
4.1 结果的显示
4.2 检索结果的保存 保存记录 在 send to 下拉菜单中选择 File, 可完成将记录保存为文件 选择 E-mail, 则可将结果发送至邮箱 在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存 ; 而 Clipboard 页面可用于保存一次或多次检索的结果记录
4.2 检索结果的保存
5. 其他辅助功能 5.1 检索策略的存储和调用 5.2 全文链接 5.3 相关文献链接
5.1 检索策略的存储和调用 使用 My NCBI(Cubby) 首先要登记注册 保存检索策略 定期浏览新的检索结果
注册或登录个人帐号
注册后的功能 保存 修改 删除检索式
5.2 全文链接 - 摘要格式显示
5.2 全文链接 - 打开单篇详细页面
5.3 相关文献链接
综合检索实例 腹痛的并发症 检索课题中包含两个主要概念 : 腹痛 并发症 采用主题词途径和基本途径相结合方法进行检索
第一步, 输入相应的主题词 Abdominal Pain 为了不遗漏文献, 主题检索有关设置为 : 主题词扩展 不加权, 组配相应的副主题词 Complications ;
第二步, 在基本检索框中输入 (abdominal pain OR bellyache OR celiodynia OR celialgia OR coeliodynia)and complication 进行基本检索 ;
第三步, 点击 advanced, 根据尽量不遗漏文献的需要, 在检索框中输入 #7 OR #9 或者点选相应检索式前的方框, 再点击 OR 按钮, 进行检索