SciFinder Web 使用介绍 CAS 中国代表处培训专员 : 祁晶晶 2011.10.11 1
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 特色功能 SciFinder 网络资源平台 2
美国化学文摘社 Chemical Abstract Service 创建于 1907 年 ACS 的分支机构 密切关注, 索引和提炼着全球化学相关的文献和专利 最早创立了 化学文摘 总部坐落于俄亥俄州的哥伦布市 3
SciFinder 中的内容 期刊专利论文会议报告 Chemcats CAPlus Medline Chemlist 溶剂, 催化剂, 产率等 Registry CASReact 物质 基因 合成信息 4
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 特色功能 SciFinder 网络资源平台 5
SciFinder 的注册和登陆 SciFinder Web 的系统要求 Windows 用户支持 IE 8.x 或者 FireFox 2.x Mac 用户支持 Firefox 和 Safari Java 安装 ( 初次使用结构时自动安装 ) 在图书馆相关页面上找到 SciFinder Web 注册用的网址 6
7
点击 URL 创建 SciFinder 账号 开始创建 SciFinder 帐号 8
每个用户必须输入各自信息 用大学后缀名的邮箱注册 @suda.edu.cn 或是 @mail.suda.edu.cn,@lib.suda.edu.cn 9
设置用户名及密码注意事项 用户名 : 必须是唯一的, 且包含 5-15 个字符 它可以只包含字母或字母组合 数字和 / 或以下特殊字符 : -( 破折号 ) _( 下划线 ). ( 句点 ) @( 表示 at 的符号 ) 密码 : 必须包含 7-15 个字符, 并且至少包含三个以下字符 : 字母 混合的大小写字母 数字 非字母数字的字符 ( 例如 @ # % & *) 10
使用这个链接登陆 SciFinder Http://scifinder.cas.org Http://origin-scifinder.cas.org 11
SciFinder 登陆界面 输入 SciFinder 帐号和密码 12
SciFinder 登陆后主界面 文献, 物质, 反应检索入口, 默认文献检索入口 检索完, 请点击退出 可用的检索方法 保存过的结果集 邮件提醒结果集 13
课题研究中的检索需求 Synthesis of Amino Acids 1JACS 1995 2JOC 1987 问题? 选题 : 现有的研究条件 背景 能力 课题申报 开题论证 : 国内外研 究前景 信息检索 分析 精选 实验 : 实验方法, 活性评价方法 课题总结 : 期刊 专利 会议报 告 14
选题 课题申报 开题论证 课题的国际发展现状是什么?( 有哪些国家参与? 发展趋势是什么?) 课题的国内外的研究成果有哪些?( 研究方法是什么? 存在的问题?) 课题在国内的核心研究人员是谁? 核心研究机构有哪些? 本课题的研究都涉及到哪些交叉学科?( 是否有重大研究进展?) 课题未来可能的应用领域涉及哪些方面? 本课题的研究适合在哪些期刊投稿? 15
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 特色功能 SciFinder 网络资源平台 16
Explore References 文献检索 可用的检索方法 提前限定出版年限 文献类型等 17
SciFinder 中的文献检索 研究天然产物中的抗肿瘤物质 anticancer natural products 使用 at in by with of 等介词来连接关键词, 点击 Search 18
主题检索的候选项 Concepts 表示做了同意词的扩展 Closely associated with one another 表示同时出现在一个句子中 were present anywhere in the reference 表示同时出现在一段话中 19
课题在国内外的核心研究机构 研究人员有哪些? 文献的分析工具 Anticancer 的同义词 Antitumor Antitumoral Antineoplastic 20
Author Name Company organization 分析 作者名分析, 了 解本领域的主要 研究人员 组织机构分析, 了解本领域的核心研究机构, 有哪些国际机构参与, 寻找国际合作伙伴 查找中科院的研究成果 21
点击 keep analysis 继续分析 课题的研究都涉及到哪些交叉学科? 22
Categorize 系统分析工具 化学学科一级分类 二级分类 和二级分类 有关的主题词 在合成化学中获得纯化的三萜 双萜类物质文献 23
Categorize 精选特定学科的文献 获得动物病理学中关于肺癌 肝癌的文献 24
历史导航 返回原先的检索界面 对文献结果集进行新的筛选 25
课题的发展趋势是什么? 700 600 500 出版年限分析, 了解近年来的发展趋势 400 300 200 100 0 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 依据出版年限排序 26
如何获得课题相关的综述文献? Refine 限定工具 文献类型分析, 获得临床 研究 专利 综述等特定 类型的文献 27
综述文献 Citing references 引文索引获得最有参考价值的文献 28
点击文献标题, 查看 获取文献更多的详细信息 29
快速了解文献包含的主要内容 文献详细著录信息 摘要信息 重要概念索引 物质链接 30
保存 使用 Export 将结果输出 Citation manager: 保存成 RIS 格式, 用于导入 EndNote 等文献管理工具 Offline Review: 保存过成 PDF,RTF 格式, 用于脱机浏览 31
文献检索小结 主题检索时, 使用介词作为连接 尽量选择包含 Concepts 和 Closed Associated with 的候选项 通过 SciFinder 的 Analyze/Refine 功能来缩小检索的范围 尝试将不同的 Analyze/Refine 功能组合起来用, 会有更多的收益 使用 Categorize 可以让系统来实现自动分类 更多细节化内容, 请参考 www.igroup.com.cn/cas 32
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 特色功能 SciFinder 网络资源平台 33
物质检索 四种物质检索方式 : 结构检索 Markush 检索分子式检索物质标示符检索 34
物质标示符检索 只知道物质名, 能否找该物质的具体信息? 物质名称检索举例 : 喜树碱 Camptothecin 这里可以通过输入物质的名称,CA 号, 俗名, 商品名, 来进行检索 35
喜树碱的物质记录 获得与物质相关的文献 反应的多种链接途径 获得喜树碱晶体结构方面的文献 36
SciFinder 中的物质记录 在 SciFinder 中, 鼠标滑过 查看详细的物质信息 物质, 可以打开物质的标准 菜单, 通过标准菜单, 可以 获得和物质有关的所有内容 37
喜树碱的 CAS 号 分子式 结构式 化学名 别名 按照 CAS Role 分类的专利 非专利文献列表 对某类文献感兴趣, 仅需点击交叉处的即可方便快捷地获取 38
预测数据和实验数据 实验数据, 可以看到原始文献对应的链接 39
实验谱图信息 点击, 直接查看物 质的实验谱图信息 40
化学结构式检索 点击画图版来进行结构输入, 初次使用时需要安装 Java 插件 化学结构式有三种检索方式 : Exact search 精确结构检索 Substructure search 亚结构检索 Similarity search 相似结构检索 41
SciFinder 结构绘制工具 铅笔 橡皮 结构和反应切换功能 元素周期表可变基团重复基团工具碳链工具选择工具环锁定工具旋转工具正电子 常用基团 R 基团定义工具可变位置连接工具模版工具索套选择工具原子锁定工具镜面旋转工具 C 原子和单键恢复工具 结构检索选择 单双键,RS 构型, 不确定键定义工具 负电子 常见环, 多元环工具
Exact search 精确结构检索 精确结构检索 43
Java 界面 提前设置检索条件 44
精确结构获取物质的本身, 盐, 混合物, 聚合物等 45
亚结构检索 1 查找包含以下母核结构的物质 ; 2 所得物质都有反应信息 ; 3 该位点上的原子修饰情况? 46
Substructure search 亚结构检索 47
亚结构检索结果 分析工具 商品分析元素分析反应分析物质角色分析 48
通过反应分析, 获得参与反应过程的物质 49
Refine- 精选有特定要求的物质 PH LogP mp 通过 property value 可以对物质的各种参数进行二次筛选 50
Atom Attachment 获得结构中特定修饰情况 帮助科研工作者了解结构 中各个位点的可修饰性 51
相似结构检索 新设计的化合物, 预测其理化性质 Scifinder 化学结构检索 52
化学结构检索 Exact 精确结构检索 Substructure 亚结构检索 53
Similarity 相似结构检索 54
Similarity 相似结构检索 相似度越高, 结构越相近 55
获得相似度 75 分以上的物质 56
相似结构与原结构存在的区别 取代基不同 取代基位置不同 母核结构不同 57
如何获得有参考价值的反应信息? 定义为产物, 获得合成信息 58
获得有帮助的反应信息 逆合成分析 59
结构检索小结 精确结构检索 : 获得物质的盐, 聚合物, 混合物, 配合物等, 母体结构不能修改, 不能修饰 亚结构检索 : 所画的结构必须存在, 母体结构不能修改, 但可以被修饰 相似结构检索 : 相似度越高结构越相近, 母体结构可以修改, 也可以被修饰, 用相似度来控制获得的结果 60
化学结构检索 Exact 精确结构检索 Substructure 亚结构检索 无检索记录, 意味着我们设计的化合物就是新结构 61
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 特色功能 SciFinder 网络资源平台 62
Markush 检索 初步的专利评估 63
Markush 检索直接返回保护了该结构的专利 获得专利原文 64
查看专利权利要求说明书 65
STN 详细的专利评估判断是否具有申请专利的新颖性 设计的目标化合物 专利原文中保护的结构 X1,X2,X3 为 C N 原子, 至少有两个是 N 原子 R1 包括 COOH 基团,R6 包括 SH 基团保护了我们设计的目标化合物 66
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 特色功能 SciFinder 网络资源平台 67
SciFinder 中的反应定义工具 反应箭头 反应角色工具 反应原子标记工具 反应位置标记工具 反应官能团列表 68
反应检索 特定物质之间的反应 CHO COOH 精确反应检索帮助获得特定物质之间的反应, 点击确定 69
可以提前设定反应溶剂和不参与反应的官能团 可以自定义一些反应溶剂以及不参与反应的官能团 70
反应检索结果 点击 Overview 查看具体信息 71
反应结果分析 催化剂分析, 用于找到经济型催化剂实验过程分析, 用于找到有实验过程描述的反应 72
查看实验过程 73
获得反应中心相似的反应 相似反应检索, 依据和反应中心的相似程度, 查询反应中心彼此相似的反应 74
选择相似级别 对于选择是全部反应中检索相似反应, 还是在当前结果集中检索相似反应 选择相似反应的相似限制 Broad: 仅反应中心相似 Miedum: 反应中心及附属原子和健 Narrow: 反应中心及扩展的原子和健 75
如何加工整合得到一份完整的合成路线报告? 合成路线 合成步骤 中间体物质信息 76
阿司匹林的合成路线报告 定义为产物 阿司匹林 77
SciPlanner 检索结果的智能编辑器 勾选感兴趣的反应 点击 Send to SciPlanner 可以看到有 1 条反应推送到 SciPlanner 78
SciPlanner 主面板 创建一个新的 SciPlanner 文件 79
SciPlanner 拖入反应, 并尝试中间体的合成检索 将右侧的反应, 拖入 SciPlanner 中 如对其中一个物质的合成很感兴趣, 可以直接点击, 使用物质标准菜单, 获得它的合成方法 80
SciPlanner 将中间体的合成路线添加至 SciPlanner 类似上述的步骤, 将中间体的反应拖至 SciPlanner 中 可以看到这两条反应的产物和反应物是同样的 用鼠标将这两个结构拖至重贴状态 81
编辑为完整的反应路线 82
SciPlanner 获得反应对应的文献 框选所有的反应, 所有的结构都显示为红色 点击上面的 Goto, 选择 Selected References 83
SciPlanner 反应对应的文献 勾选文献 Send to SciPlanner 2 篇文献推送到 SciPlanner 中 84
SciPlanner 自由组合文献和反应的排列 获得结果后, 点击 WorkPlace 下的 Export, 将结果输出成 PDF 格式 获得完整的报告 85
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 特色功能 SciFinder 网络资源平台 86
SciFinder 特色功能 KMP 定题查询 设定 Email 提醒, 一旦有新的记录, 会发邮件通知 设置提醒文件名和失效时间 87
SciFinder 特色功能 分析结果的导出 700 600 500 400 300 200 100 0 年文献量 年文献量趋势图, 帮助了解课题在全球范围内的研究状态 88
SciFinder 特色功能 物质标准菜单 在 SciFinder 中, 鼠标滑过物质, 可以打开物质的标准菜单, 通过标准菜单, 可以获得和物质有关的所有内容 89
SciFinder 特色功能 ---Markush 检索 直接检索和结构有关的专利, 用于做初步的专利评估 90
SciFinder 特色功能 反应关联度排序 N NO 2 N NH 2 提供按照关联度排序, 在亚结构检索反应时, 可以将和所画结构最相近的反应, 排在前面 91
SciFinder 特色功能 相似反应检索 相似反应检索, 依据相似级别的设定, 帮助获取反应中心相同的反应 92
SciFinder 特色功能 反应过程的获取 SciFinder 中的部分源自期刊和专利中的反应, 提供了反应过程信息, 使得科研工作者不需要阅读原文, 就可以获得对应的反应历程 93
SciFinder 特色功能 反应溶剂, 不反应官能团设定 定义反应中的溶剂定义反应中不参与反应的官能团 94
SciFinder 特色功能 SciPlanner 95
提纲 介绍 SciFinder 中的内容 SciFinder 的注册和登陆 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder 中的文献检索 SciFinder 中的物质检索 SciFinder 中的 Markush 检索 SciFinder 中的反应检索 SciFinder 特色功能 SciFinder 网络资源平台 96
网络在线资源平台 www.igroup.com.cn/cas 资源下载 :PDF 文件 在线演示 :Flash 演示 网络培训 : 不定期的网络专题培训 97
Flash 演示 在线演示, 录制了不同检索类型下的检索步骤, 帮助了解更加细节的内容. 98
99