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1 生物信息学 第十一章转录组与转录调控分析 (2)
2 基因集富集分析 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) 考虑所有的基因而不仅是差异表达基因 根据差异表达水平将所有基因排序 发现基因集里的基因是否倾向于分布在所有基因列表的前部 ( 上调 ) 或后部 ( 下调 ) 计算流程 : 计算一个富集分值 (Enrichment score, ES) 根据 ES 分值估计统计显著性 针对多重检验进行校正
3 GSEA 的输入 基因表达数据 D, 包括 N 个基因和 k 个样本 排序产生基因列表 L 上调 - 不变 - 下调 差异表达基因的 p-value 用指数 p 来控制每一步的权重 p=0, 标准 Kolmogorov Smirnov 统计 p=1,gsea 软件 独立的基因集 S, 如 GO, KEGG 包括 N H 个基因
4 Enrichment Score ES(S) 基因集 D 排序为 L= {g 1,..., g N },r(g j ) = r j 对基因列表 L, 计算每一个位置 i 以上, 包括在基因集 S 中的 ( hits ) 部分, 以及不在 S 中的 ( misses ) 部分 ES = P hit -P miss 的最大值
5 ES 计算 : 实例 基因列表 Gene E-ratio 基因集 S= 1, 3, 4, 5 P hit (S, 1) = 5/5=1 P miss (S, 1) = 0 P hit (S, 2) = 5/5=1 P miss (S, 2) =0.33 P hit (S, 3) = 1 + 4/(5+4) =1.44 P miss (S, 3) =0.33 P hit (S, 4) = /(5+4+3)=1.69 P miss (S, 4) = 0.33 ES(1) = 1 ES(2) = 0.67 ES(3) = 1.11 ES(4) = 1.36
6 ES 计算 : 实例 基因列表 Gene E-ratio 基因集 S= 1, 3, 4, 5 P hit (S, 5) = /( )=1.8 P miss (S, 5) = 0.33 ES(5) = 1.47 P hit (S, 6) = 1.8 ES(6) = 1.14 P miss (S, 6) = 0.66 P hit (S, 7) = 1.8 ES(7) = 0.8 P miss (S, 7) = 1
7 显著性估算 计算 ES 的显著性 : 与 ES NULL 比较 将原数据的 p-value 取出, 随机分给每个基因, 重新排序 重新计算 ES 值, 重复 1,000 次置换 (Permutation), 建立 ES NULL 分布的直方图 估算 p-value = 大于或等于 ES 的个数 / 总数 Null distribution of enrichment scores Actual ES
8 GSEA 算法总结
9 Kolmogorov Smirnov 检验 GSEA, p = 0, 不考虑 p-value 的权重 非参检验方法 (Nonparametric test) 检验分布是否符合正态分布 两样本的 Kolmogorov Smirnov 检验 差异最大的值算显著性
10 基因调控网络 早期观点 : 表达谱相似的基因可能存在功能上的关联, 可能相互作用 ( 直接作用 ) 当前的观点 : 表达谱相似的基因可能具有共同的调控元件 ( 基因 UTR 区域存在共同的启动子 ), 能够被同一个上游因子所调控
11 相关系数 : 基因共表达网络 与光合效率和气孔发育相关的基因 :ERL2 在 Wild-type 中与之显著相关, 但在 Mutant 中显著不相关的基因 Wild-type Mutant ERL2 SKP1 Unknown ChS1
12 相关系数 : 基因共表达网络
13 Microarray: 工具 & 数据库
14 GEO - NCBI
15 Array Express - EMBL
16 SMD - Stanford
17 RNA-Seq 分析流程 分离纯化所有的 mrna 利用反转录酶将 mrna 转变成 cdna cdna 测序 将序列映射到基因组上 序列检测到越多, 则表达越高 RNA-Seq 数据分析 : 挑战! 将读段映射到参考基因组上 定量已知的基因 发现新的转录本 定量可变剪切异构体
18 RNA-Seq 数据 : 序列读段 FASTQ: Illumina 测序读段文件 Line 1: Line 2: Line 3: Line TNTCTGTGTCCTGGGGCATCAATGATAGTCACATAGTACTTGCTGGTCTCAAATTTCCACAAGGAGATATCAATGG +EAS042_0001:1:1:1061:20798#0/1 ab\^^y]a^]cde`daayaaa_bc\\`b^y\a\aauqy\]a\`aa\w ]HVZ]VQF^[`UH]\J^F^T^\\I] Line 1 EAS042_0001 the unique instrument name 1 flowcell lane 1 tile number within the flowcell lane #0 'x'-coordinate of the cluster within the tile 'y'-coordinate of the cluster within the tile index number for a multiplexed sample (0 for no indexing) Line 2: 原始序列 Line 3: +? Line 4: 序列的质量分值 -5 ~ 62 使用 ASCII 59 ~ 126 /1 the member of a pair, /1 or /2 (paired-end or mate-pair reads only)
19 RNA-Seq 分析流程 Poly(A) end-reads 样品准备 高通量测序 数据分析 : 读段映射 可视化 重头组装 定量
20 RNA-Seq vs. DNA 芯片 RNA-seq 可以发现新的转录本和可变剪切异构体,DNA 芯片只能检测已知转录本的表达 RNA-Seq 比全基因组铺瓦芯片的解析度更高 : 单个碱基 RNA-Seq 相同的实验流程可以做不同的分析 单核苷酸多态性 (SNP 芯片 ) 外显子连接点 ( 连接点芯片 ) 基因融合 ( 基因融合芯片 )
21 RNA-Seq 的优势 转录组分析方法 :RNA-Seq 比其他方法更有优势
22 RNA-Seq vs. DNA 芯片 营养丰富的培养基里的芽殖酵母 仅在中等表达时, 两者有较高一致性 基因表达低或者高的时候, 关联性差 DNA 芯片的对基因表达低或高的检测不够敏感
23 RNA-Seq 的问题 : 建库 mrna 与 cdna 碎裂的不同 利用 oligo-dt 引物得到的 cdna 更倾向于获得转录本的 3 端 RNA 碎裂在 5 和 3 端都较少
24 RNA-Seq 的准确性 HiSeq 2000 和 SOLiD 测序分析结果 HuGene2:Affymetrix 芯片数据 利用 qpcr (Taqman 或 PrimePCR) 验证表达水平 不同方法一致性较高
25 RNA-Seq 数据 : 基因模型 基因 C17orf45 Bioinformatics, (ENSG ) 2018, HUST 的结构
26 RNA-Seq 数据的归一化 不同样本之间比较 : 测序深度不同 不同基因之间 : 表达相同时序列越长读段越多 RPKM (The number of reads per kilobase of transcript per million mapped reads) 每百万可映射读段每千 kb 的读段数 例如, 测序 10 7 读段,8*10 6 可映射 (N) 1kb 转录本 (L), 总共有 1000 个读段 (C) RPKM = 1000/(1 * 8) = 125 Multiread ( 多重定位读段 ) 计数时需要除以定位个数
27 归一化的 RNA-Seq 数据 技术重复的结果一致性较高 体外合成的转录本加入样本中检测 RPKM 与加入量线性相关
28 多重定位读段 RNA-Seq vs. DNA 芯片 不考虑多重定位读段造成部分基因 RPKM 值偏低 考虑多重定位读段提高与芯片结果的线性关系
29 归一化 : 不同样本之间的比较 不同样本相同基因的比较不需要考虑长度因素 Y gk : 基因 g 的读段数目,N k : 读段总数
30 差异表达基因分析
31 λ < 10: 有偏分布 λ < 10: 近似为正态分布 差异表达基因分析 利用 Fisher s exact test qpcr 与芯片结果拟合更好!? R=0.86 R=0.82
32 二次泊松分布? TSPM: two-stage Poisson model 测序可以看成是泊松过程 建库也可以近似看成是泊松过程 两者的 λ 不同, 需要分别估计 mrna 分子 读段 接头 连接扩增测序
33 负二项分布 :DESeq NB: Negative Binomial (Pascal) Distribution 每次试验的成功率 p, 失败率 1-p 经历 r 次失败后观察到 k 次成功事件, 则 RNA-Seq 数据的归一化 总共 m 个样本 基因 i 在样本 j 中检测到 K ij 个读段 样本 j 的采样深度 s j
34 负二项分布 :DESeq RNA-Seq 数据的归一化 总共 m 个样本 基因 i 在样本 j 中检测到 K ij 个读段 样本 j 的采样深度 s j 样本 j 的条件 p(j) q ip 基因 i 在条件 p 下的平均归一化表达量 用最大似然性估算 (MLE) 获得
35 DESeq: 差异表达基因分析 两样本的 p-value 计算 p(a, b) = Pr(K ia = a) Pr(K ib = b) K is = K ia + K ib
36 负二项分布 vs. 泊松分布 DESeq ( 橙 ),EdgeR ( 橙虚线 ), 泊松 ( 紫 ) NB 估算的方差更大
37 负二项分布 vs. 二次泊松分布 DESeq 和 EdgeR 的重合较高 :NB 分布 TSPM ( 二次泊松 ) 与其他工具重合较低
38 RNA-Seq 差异表达基因分析工具 目前最好 :DESeq 和 EdgeR DESeq: EdgeR: R 语言 + Bioconductor 实现
39 可变剪切 AS, Alternatively Splicing 92 94% 的人类多外显子基因存在可变剪切现象 Major isoform vs. minor isoform 86% 包括至少有一个次要异构体 ( 比例 15%) SLC25A3 基因
40 果蝇 Dscam 基因的可变剪切 12*48*33*2=38,016 个不同的异构体 果蝇 : ~250,000 个神经元 轴突导向 (Axon guidance) 调控神经发育 神经元之间的连接
41 可变剪切的类型 8 种类型 仅统计外显子上的读段数 不全面
42 可变剪切的组织特异性 脑的可变剪切特异性最高 不同个体之间存在差异 细胞系有特别的剪切模式
43 可变剪切鉴定 :Cufflinks 用 Bowtie ( 领带 ) 将所有读段映射到基因组上 不能完美匹配的, 用 TopHat ( 礼帽 ) 发现剪切位点
44 可变剪切鉴定 :Cufflinks OLC 算法 (Overlap graph) 读段是图中的结点, 若可以匹配则置边 用 OLC 算法计算多条路径 用最大似然性方法估算每个异构体的表达水平
45 可变剪切鉴定 :Scripture DBG 算法 (Connectivity graph) 单个碱基是结点, 边是两个读段共有的序列 用 DBG 算法算出多个路径 Cuffdiff: 利用双端测序数据校正不同异构体的比例 RPKM 归一化表达
46 常用的 RNA-Seq 分析软件
47 表观遗传学 (Epigenetics) Dolly Ian Wilmut 多莉 : 生于 1996 年 7 月 5 日, 死于 2003 年 2 月 14 日
48 Dr. Evil Dr. Evil s Clone Mini Me Dr. Evil
49 The calico cat? Rainbow Allie Copy Cat
50 PEV: 位置效应斑 Position Effect Variegation white 基因 vs. 转座子
51 表观遗传学 基因的 DNA 序列不发生改变的情况下, 基因的表达水平与功能发生改变, 并产生可遗传的表型 特征 : (1) 可遗传 ;(2) 可逆性 ;(3) DNA 不变 表观遗传学机制 : DNA 甲基化 组蛋白修饰 MicroRNA 染色质重塑
52 Waddington's epigenetics 基因型 表型
53 DNA 甲基化 SAH, S-adenosylhomocysteine; SAM, S-adenosylmethionine
54 DNA 甲基化
55 叶酸 : 很重要?
56 DNA 甲基化 vs. 转座子 叶酸 : 很重要 IAP: intracisternal A particle 非甲基化 : 异常表达 Agouti 甲基化 : 正常表达
57 组蛋白的共价修饰
58 Paramutation 一个沉默的基因常常导致等位基因也发生沉默 maize P-rr gene:myb 转录因子
59 Paramutation 分子机理 (RNA-mediated trans-induction of chromatin):rna 参与调控
60 染色质重塑 染色质 (Chromatin): 染色体上高度致密的部分, 通常不表达基因
61 ChIP-Seq 转录因子 组蛋白等与 DNA 结合 Chromatin immunoprecipitation (ChIP) 结合高通量测序
62 ChIP-Seq 的读段分布 不同蛋白质与 DNA 结合的模式不同 A. 转录因子 ;B. RNA 聚合酶和组蛋白质等
63 ChIP-Seq 校正 测序读段的双峰校正为单峰 例如,CTCF 结合双峰的校正
64 常见的 ChIP-Seq 数据分析工具
65 不同软件结果获得的峰不同 人类三个转录因子 NRSF (neuron-restrictive silencer factor) GABP (growthassociated binding protein) FoxA1 (hepatocyte nuclear factor 3α)
66 qpcr 验证 NRSF: 大致相当 GABP:SISSRS 和 CisGenome 较差
67 DNA 甲基化的检测 : 芯片
68 MethylC-seq: Bisulfite Modification 重亚硫酸盐测序 : 非甲基化的 C 将被测序成 T, 反链为 A
69 Methyl-Seq 技术 Bisulfite-based MethylC-seq Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) Enrichment-based Methylated DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq) Methylated DNA binding domain sequencing (MBD-seq) MethylC-seq 全基因组覆盖度高, 测 CpG 岛其他方法有优势
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生物信息学引论 测序读段回帖和转录调控 薛 宇 华中科技大学生命科学与技术学院 课程相关资料 教师 : 薛宇, 华科东校区东 11 楼 618# E-mail: xueyu@hust.edu.cn 课件下载 : http://xue.biocuckoo.org References: MIT OCW:Foundations of Computational and Systems Biology http://ocw.mit.edu/courses/biology/7-91j-foundations-ofcomputational-and-systems-biology-spring-2014/index.htm
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Chinese Journal of Applied Probability and Statistics Vol.25 No.4 Aug (,, ;,, ) (,, ) 应用概率统计 版权所有, Zhang (2002). λ q(t)
2009 8 Chinese Journal of Applied Probability and Statistics Vol.25 No.4 Aug. 2009,, 541004;,, 100124),, 100190), Zhang 2002). λ qt), Kolmogorov-Smirov, Berk and Jones 1979). λ qt).,,, λ qt),. λ qt) 1,.
o -8 1 4 A 1A = 10 cm 1 44 A o o G1 S G2 M 68 31 72 15 89 22 88 22 99.6 28 27 4 95 87 80 13 32 3 77 19 84 37 89 7 1 1450O l 1700 8.5 35 1 23000 l 2200 10.5 40 l 40000
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![- 2 - Prog. Biochem. Biophys. 近年来, 新一代高通量测序技术得到了突飞猛进的发展, 在此基础上, 高通量 RNA 测序即 RNA-seq [1-5] 也迅速发展. 与基因芯片技术相比,RNA-seq 无需设计探针, 能在全基因组范围内以单碱基分辨率检测和量化转录片段,](/thumbs/88/114807294.jpg "- 2 - Prog. Biochem. Biophys. 近年来, 新一代高通量测序技术得到了突飞猛进的发展, 在此基础上, 高通量 RNA 测序即 RNA-seq [1-5] 也迅速发展. 与基因芯片技术相比,RNA-seq 无需设计探针, 能在全基因组范围内以单碱基分辨率检测和量化转录片段,")
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活 展 區 - 創 意 設 計 生 活 館 看 各 地 年 輕 人 的 創 新 設 計 與 改 變 ; 在 傳 統 文 化 展 區 - 非 遺 文 化 傳 承 館 看 中 國 優 秀 工 藝 美 術 大 師 作 品 與 文 創 百 態 內 容 其 活 潑 創 新, 展 現 杭 州 文 博 會 作 為
文 化 部 104 年 文 創 產 業 中 介 經 紀 人 才 培 育 計 畫 學 員 海 外 參 展 實 習 心 得 報 告 摘 要 工 藝 產 業 赴 中 國 大 陸 杭 州 文 化 創 意 產 業 博 覽 會 ( 一 ) 傳 統. 融 合. 新 生 - 直 擊 杭 州 工 藝 精 華 學 員 : 蔚 龍 藝 術 副 理 / 曾 久 晏 第 九 屆 杭 州 文 化 創 意 產 業 博 覽 會 於
國立中山大學學位論文典藏.PDF
國 立 中 山 大 學 中 國 文 學 系 ( 暑 期 專 班 ) 碩 士 在 職 專 班 碩 士 論 文 漢 初 異 姓 諸 侯 王 研 究 研 究 生 : 林 裕 斌 撰 指 導 教 授 : 劉 文 強 教 授 中 華 民 國 97 年 5 月 摘 要 本 篇 論 文 探 究 的 對 象 是 漢 朝 初 年 八 位 異 姓 諸 侯 王, 並 涵 蓋 與 操 縱 他 們 興 盛 殞 落 息 息 相
商 周 三 代 年 代 學 的 研 究 經 過 近 五 年 的 努 力, 完 成 夏 商 周 年 表 本 大 事 概 覽 中 夏 商 周 三 代 的 大 事 紀 年, 即 採 用 夏 商 周 斷 代 工 程 的 考 論 成 果 對 於 無 法 考 證 年 份 的 史 事 或 發 生 在 史 前 時
中 外 歷 史 大 事 概 覽 編 者 說 明 : 1. 傳 說 時 代 與 夏 商 周 年 表 : 人 類 在 未 有 文 字 記 事 之 前, 口 耳 相 傳 的 神 話 傳 說, 是 先 民 對 自 然 變 化 的 體 驗 與 歷 史 經 歷 的 口 述 這 些 傳 說, 或 者 存 有 誇 張 和 穿 鑿, 隨 著 考 古 文 物 的 出 土 與 歷 史 學 家 的 努 力, 汰 偽 存 真,
第 三 条 实 验 室 技 术 安 全 工 作 贯 彻 以 人 为 本 安 全 第 一 预 防 为 主 综 合 治 理 的 方 针 各 单 位 及 教 职 工 学 生 应 树 立 安 全 意 识, 履 行 安 全 义 务 承 担 安 全 责 任 第 四 条 实 验 室 技 术 安 全 工 作 坚 持
校 发 2015 28 号 北 京 科 技 大 学 实 验 室 技 术 安 全 管 理 规 定 第 一 章 总 则 第 一 条 为 加 强 学 校 实 验 室 安 全 管 理, 防 止 实 验 室 安 全 事 故 发 生, 保 障 教 职 工 及 学 生 的 人 身 财 产 安 全, 促 进 学 校 各 项 事 业 健 康 稳 定 发 展, 根 据 国 家 相 关 法 律 法 规, 结 合 学 校
2015年全国硕士研究生入学考试
2015 年 全 国 硕 士 研 究 生 入 学 考 试 佛 山 科 学 技 术 学 院 自 命 题 考 试 科 目 考 试 大 纲 ( 科 目 名 称 : 农 业 知 识 综 合 二 科 目 代 码 :340 ) 一 考 查 目 标 农 业 知 识 综 合 二 侧 重 于 动 物 生 产 类 综 合 知 识 的 考 查 考 试 内 容 应 主 要 涵 盖 动 物 遗 传 学 动 物 生 理 学 动
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臺 北 縣 立 樟 樹 國 中 96 學 年 度 第 二 學 期 區 域 性 自 然 科 學 領 域 資 賦 優 異 教 育 方 案 實 施 計 劃 一 依 據 : ( 一 ) 特 殊 教 育 法 第 二 十 九 條 ( 二 ) 特 殊 教 育 法 施 行 細 則 第 四 條 第 二 項 ( 三 ) 身 心 障 礙 及 資 賦 優 異 學 生 鑑 定 標 準 二 目 的 : ( 一 ) 推 廣 資
中国商人必胜宝典--各地商人性格特征剖析
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www.pibb.ac.cn 生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biophysics 2010, 37(8):834~846 新一代高通量 RNA 测序数据的处理与分析 * 王曦 1) 汪小我 1) 王立坤 1, 2) 冯智星 1) 张学工 1)** ( 1) 生物信息学教育部重点实验室, 清华信息科学与技术国家实验室 ( 筹 ) 生物信息学研究部,
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每 天 早 晨 水 果 日 報 的 頭 條, 總 有 瘋 狂 的 肥 皂 劇 在 現 實 社 會 中 上 演 著, 諸 如 友 寄 隆 輝 毆 打 計 程 車 司 機 案 014 貪 瀆 案 黑 暗 騎 士 掃 射 案 ( 美 國 ) 李 宗 瑞 淫 照 外 洩 案 等, 太 多 太 多 不 可 思 議 的 刑 事 個 案 都 活 生 生 地 搬 上 現 實 世 界 演 出 而 這 也 說 明 了
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教 學 緣 起 在 引 領 學 生 進 行 讀 報 心 得 分 享 與 批 判 思 考 時, 發 現 學 生 普 遍 對 科 學 知 識 性 文 章 興 趣 缺 缺 ; 再 者, 近 年, 國 小 高 年 級 課 本 選 讀 科 普 文 章, 但 學 生 學 習 往 往 不 得 其 所, 無 法 融 入 課 文 中 因 此, 教 學 者 從 國 語 日 報 中 選 了 一 些 較 貼 近 生 活 的
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年 报 食 用 油 可 期 稳 定 改 善 稳 定 有 余, 油 脂 将 继 续 表 现 库 存 压 力 和 高 价 值 化 价 区 的 对 抗 性 投 资 机 会 更 多 是 油 脂 内 部 结 构 以 及 其 对 粕 类 相 对 强 弱 的 变 动 同 时 有 菜 籽 油 和 棕 榈 油 的 改 善 可 预 期 相 较 于 其 它 大 多 数 商 品 的 表 现, 油 脂 系 在 2015 年
席 远 杨 一 人 了, 正 当 她 开 枪 时 却 发 现 子 弹 没 了 该 死, 只 能 赤 手 空 拳 了 洛 水 云 与 席 远 杨 交 起 手 来, 洛 水 云 出 手 招 招 致 命 想 那 席 远 杨 也 不 是 泛 泛 之 辈, 很 快 掌 握 了 洛 水 云 出 招 路 数 看
美 人 洛 水 云 / 作 者 : 慕 橙 子 第 一 卷 第 一 章 : 惨 死 睁 开 双 眼, 洛 水 云 马 上 闭 上, 再 睁 开, 又 闭 上 如 此 反 复 几 次 之 后, 洛 水 云 确 认 自 己 不 是 在 做 梦, 她 是 真 实 的 躺 在 床 上 这 究 竟 是 怎 么 回 事, 她 不 是 死 了 么? 是 谁 救 了 她 么? 如 果 她 被 救, 那 席 远 杨
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行 政 法 導 讀 001 行 政 法 導 讀 大 綱 序 言 壹 行 政 法 解 題 思 維 貳 行 政 法 選 擇 題 概 覽 參 行 政 法 常 考 爭 點 一 考 題 趨 勢 二 行 政 法 考 試 上 所 關 心 的 重 點 序 言 一 行 政 法 並 不 難 行 政 法 科 目 考 題 內 容 可 以 說 是 包 羅 萬 象, 考 生 要 能 夠 精 確 掌 握 實 務 上 各 種 領
東區校園中法治教育種子師資教學研習營
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差 異 化 教 學 在 老 梅 103 年 12 月 差 異 化 教 學 是 老 師 對 於 學 習 者 需 求 的 回 應, 這 句 話 雖 然 動 人, 但 要 瞭 解 每 個 學 生 不 同 的 需 求 並 予 以 回 應, 則 在 教 學 上 需 要 不 斷 的 嘗 試 觀 察 與 調 整, 老 師 不 僅 需 要 高 度 的 專 業 敏 銳 的 觀 察 十 足 的 創 意 等 等, 更 重
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騏 文 教 學 研 究 13 騏 文 教 學 研 究 國 文 教 學 專 題 研 究 之 三 張 學 波 中 國 先 奏 的 文 章, 奇 偶 互 用, 騏 散 相 間, 無 所 謂 駒, 亦 無 所 謂 散, 只 是 純 任 自 然 而 已 劉 擺 在 文 心 雕 龍. 麗 辭 篇 J 上 說 : 造 化 賦 形, 支 體 必 雙 ; 神 理 為 用, 事 不 孤 立 夫 心 生 文 辭, 運 裁
程汉良 夏德全 吴婷婷 孟学平 吉红九 董志国 陈淑吟 对文蛤 青蛤 硬壳蛤 江户布目蛤 薄片镜蛤 和菲律宾蛤仔 种帘蛤科贝类和 个地理种 群文蛤 大连 连云港 湛江 防城港 的细胞色素 氧化酶亚基 基因片段的核苷酸序列进行了分析 以探讨这一序列在种质鉴定 种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值 测序结果 表明 所有物种扩增片段长度均为 序列 含量 明显高于 含量 物种间共有变异位点 个 其中简约信息位点
2010; 37 (8) RNA 835 Illumina/Solexa (sequencing by synthesis SBS) [10 12] Poly (A) RNA DNA RNA-seq dntp Poly(A) RNA dntp RNA RNA 21~23 RNA mirna (mic
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Reviews and Monographs Progress in Biochemistry and Biophysics 2010, 37(8): 834~846 wwwpibbaccn * RNA 1) 1) 1, 2) 1) 1)** ( 1) ( ) 100084 2) 130012) DNA RNA (RNA-seq) RNA-seq RNA-seq Illumina/Solexa RNA-seq
目 录 第 一 部 分 档 案 局 概 况 一 主 要 职 责 二 部 门 决 算 单 位 构 成 第 二 部 分 档 案 局 2016 年 度 部 门 预 算 表 一 2016 年 度 市 级 部 门 收 支 预 算 总 表 二 2016 年 度 市 级 部 门 支 出 预 算 表 三 2016
档 案 局 2016 年 度 部 门 预 算 1 目 录 第 一 部 分 档 案 局 概 况 一 主 要 职 责 二 部 门 决 算 单 位 构 成 第 二 部 分 档 案 局 2016 年 度 部 门 预 算 表 一 2016 年 度 市 级 部 门 收 支 预 算 总 表 二 2016 年 度 市 级 部 门 支 出 预 算 表 三 2016 年 度 市 级 部 门 财 政 拨 款 支 出 预
2015 年 度 收 入 支 出 决 算 总 表 单 位 名 称 : 北 京 市 朝 阳 区 卫 生 局 单 位 : 万 元 收 入 支 出 项 目 决 算 数 项 目 ( 按 功 能 分 类 ) 决 算 数 一 财 政 拨 款 168738.36 一 一 般 公 共 服 务 支 出 53.83 二
2015 年 度 部 门 决 算 报 表 ( 含 三 公 经 费 决 算 ) 2015 年 度 收 入 支 出 决 算 总 表 单 位 名 称 : 北 京 市 朝 阳 区 卫 生 局 单 位 : 万 元 收 入 支 出 项 目 决 算 数 项 目 ( 按 功 能 分 类 ) 决 算 数 一 财 政 拨 款 168738.36 一 一 般 公 共 服 务 支 出 53.83 二 上 级 补 助 收 入
经 无 数 次 的 提 取 和 提 纯, 最 终 得 到 一 小 匙 东 西 这 种 东 西 在 显 微 镜 下 呈 现 出 针 状 晶 体 的 形 状, 在 水 中 溶 解 后 得 到 一 种 带 乳 光 的 汁 液 当 他 将 少 许 溶 液 涂 抹 健 康 烟 叶 上 几 天 后, 这 烟 叶
生 命 的 历 程 什 么 是 生 命 生 命 是 什 么? 人 类 是 生 命 体 的 一 类, 他 们 有 组 织 器 官 等 形 体 上 的 相 同 之 处, 但 也 有 性 别 年 龄 肤 色 等 巨 大 的 差 别 ; 我 们 知 道 成 千 上 万 种 动 物 植 物 直 至 微 生 物 都 是 生 命 体, 因 为 它 们 同 人 类 一 样 都 有 产 生 生 长 衰 老 及 消 亡
一 基础知识
高通量测序常用名词汇总 一代测序技术 : 即传统的 Sanger 测序法,Sanger 法是根据核苷酸在待定序列模板上的引物点开始, 随机在某一个特定的碱基处终止, 并且在每个碱基后面进行荧光标记, 产生以 A T C G 结束的四组不同长度的一系列核苷酸, 每一次序列测定由一套四个单独的反应构成, 每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸 (dntp), 并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸 (ddntp)
SDS 1.3
Applied Biosystems 7300 Real-Time PCR System (With RQ Study) SDS 1.3 I. ~ I. 1. : Dell GX280 2.8GHz with Dell 17 Flat monitor 256 MB RAM 40 GB hard drive DVD-RW drive Microsoft Windows XP Operating System
福建农业学报 材料与方法 试验菌株 引物 主要仪器 主要试剂 细菌培养 模板的制备 反应条件 扩增产物的检测 特异性试验 敏感性试验 分离菌株检测 产物的克隆及序列测定 结果与分析
90 古 籍 研 究 所... 63 903 原 子 与 分 子 物 理 研 究 所... 64 905 理 论 化 学 研 究 所... 66
吉 林 大 学 06 年 博 士 研 究 生 专 业 目 录 0 哲 学 社 会 学 院... 3 0 文 学 院... 5 03 外 国 语 学 院... 7 0 经 济 学 院... 8 0 法 学 院... 9 03 行 政 学 院... 04 管 理 学 院... 05 商 学 院... 3 06 国 家 0 计 划 吉 林 大 学 司 法 文 明 协 同 创 新 中 心... 4 30 数
（精校版）陕西省语文卷文档版（含答案）-2011年普通高等学校招生统一考试.doc
绝 密 启 封 前 2015 年 普 通 高 等 学 校 招 生 全 国 统 一 考 试 生 物 试 题 ( 江 苏 卷 ) 一 单 项 选 择 题 : 本 部 分 包 括 20 题, 每 题 2 分, 共 计 40 分 1. 下 列 关 于 淀 粉 脂 肪 蛋 白 质 和 核 酸 4 种 生 物 分 子 的 叙 述, 正 确 的 是 ( ) A. 都 能 被 相 应 的 酶 水 解 B. 都 是
中国科学院水生生物研究所硕士生入学考试专业课考试大纲
中 国 科 学 院 水 生 生 物 研 究 所 硕 士 生 入 学 考 试 专 业 课 考 试 大 纲 生 物 化 学 (951) 本 生 物 化 学 考 试 大 纲 适 用 于 中 国 科 学 院 研 究 生 院 水 生 生 物 学 及 其 相 关 学 科 专 业 硕 士 研 究 生 入 学 考 试 生 物 化 学 (Biochemistry) 是 一 门 研 究 在 生 物 体 内 发 生 的
转录组测序常见问题 目 录 1. 什么是转录组测序? 为什么进行转录组研究而不是基因组研究? 相比与其他公司, 欧易生物转录组测序服务的优势是什么? 转录组测序可以同时检测 mrna mirna 及其他非编码 RNA? 测序深度和覆盖度
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经 济 高 速 增 长 和 其 后 又 比 其 他 发 达 资 本 主 义 国 家 更 为 顺 利 地 克 服 了 石 油 危 机 的 冲 击, 使 日 本 的 市 场 经 济 体 制 在 7 0 ~ 8 0 年 代 赢 得 了 国 际 社 会 的 广 泛 赞 誉 ( 其 间 虽 有 欧 美 国 家
第 三 章 面 向 2 1 世 纪 的 日 本 经 济 体 制 变 革 与 产 业 结 构 调 整 日 本 经 济 在 经 历 了 8 0 年 代 中 后 期 的 泡 沫 经 济 繁 荣 之 后, 于 1991 年 春 季 开 始 陷 入 长 期 停 滞 之 中, 至 今 已 达 8 年 之 久 造 成 这 场 战 后 日 本 经 济 发 展 过 程 中 史 无 前 例 的 经 济 停 滞 的 原
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第 六 課 愛 使 我 們 和 好 95 第 6 課 愛 使 我 們 和 好 經 金 文 句 創 世 記 卅 三 1 20 上 帝 一 向 以 仁 慈 待 我, 賜 給 我 一 切 所 需 要 的 ( 創 世 記 卅 三 11) 教 學 主 旨 教 學 目 標 信 仰 人 物 故 事 創 世 記 第 廿 七 章 記 載 雅 各 因 為 欺 騙 父 親 以 撒, 奪 走 父 親 以 撒 原 先 要 給
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國立嘉義高中９６學年度資優班語資班成班考國文科試題
國 立 嘉 義 高 中 96 學 年 度 資 優 班 語 資 班 成 班 考 國 文 科 試 題 一 選 擇 題 (70%, 每 題 2 分 ) 1. 下 列 各 詞 中 的 字, 何 者 讀 音 正 確? ( 甲 ) 抽 搐 :ㄒㄩˋ ( 乙 ) 贗 品 :ㄧㄢˋ ( 丙 ) 內 訌 :ㄏㄨㄥˋ ( 丁 ) 鞭 笞 :ㄔ ( 戊 ) 烘 焙 :ㄅㄟˋ ( 己 ) 泥 淖 :ㄓㄠˇ ( 庚 ) 猝
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Next Generation Sequencing NGS,NGS :,, Massively Parallel Sequencing, NGS Sanger 20 (~600 Gbp vs 3 Mbp) NGS, NGS, DNA RNA, NGS, NGS Illumina (Solexa)
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第 一 节 认 识 自 我 的 意 义 一 个 人 只 有 认 识 自 我, 才 能 够 正 确 地 认 识 到 自 己 的 优 劣 势, 找 出 自 己 的 职 业 亮 点, 为 自 己 的 顺 利 求 职 推 波 助 澜 ; 一 个 人 只 有 认 识 自 我, 才 能 在 求 职 中 保 持
第 一 篇 知 己 知 彼, 百 战 不 殆 基 本 评 估 篇 第 一 章 认 识 自 我 我 就 是 一 座 金 矿 人 啊, 认 识 你 自 己! 塔 列 斯 ( 希 腊 学 者 ) 要 想 知 道 去 哪 儿, 必 须 先 知 道 你 现 在 在 哪 儿 和 你 是 谁 茜 里 娅. 德 纽 斯 ( 美 国 职 业 指 导 学 家 ) 本 章 提 要 了 解 认 识 自 我 在 职 业 生
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国 民 经 济 和 社 会 发 展 第 十 个 五 年 计 划 信 息 化 发 展 重 点 专 项 规 划 前 言 信 息 化 是 当 今 世 界 科 技 经 济 与 社 会 发 展 的 重 要 趋 势 信 息 技 术 已 广 泛 渗 透 到 经 济 和 社 会 的 各 个 领 域, 推 动 人 类 社 会 生 产 力 达 到 一 个 崭 新 的 高 度 全 球 信 息 化 开 创 了 世 界 经
关于建立境内违法互联网站黑名单管理制度的通知
关 于 建 立 境 内 违 法 互 联 网 站 黑 名 单 管 理 制 度 的 通 知 各 省 自 治 区 直 辖 市 和 计 划 单 列 市 通 信 管 理 局 新 闻 办 教 育 厅 ( 教 委 ) 公 安 厅 ( 局 ) 国 家 安 全 厅 ( 局 ) 文 化 厅 ( 局 ) 卫 生 厅 ( 局 ) 工 商 行 政 管 理 局 广 播 影 视 局 新 闻 出 版 局 食 品 药 品 监 督 管
? 這 全 都 是 市 政 府 提 供 給 我 的 資 料 低 底 盤 公 車 計 畫 96 年 預 算 新 台 幣 4,500 萬 元 97 年 預 算 新 台 幣 1 億 6,500 萬 元 98 年 預 算 新 台 幣 3 億 2,300 萬 元, 共 有 307 台 低 底 盤 公 車,99
民 政 部 門 質 詢 第 13 組 質 詢 日 期 : 中 華 民 國 98 年 10 月 6 日 質 詢 對 象 : 民 政 部 門 有 關 各 單 位 質 詢 議 員 : 陳 嘉 銘 周 柏 雅 陳 碧 峰 李 文 英 顏 聖 冠 王 孝 維 洪 健 益 計 7 位 時 間 126 分 鐘 速 記 錄 98 年 10 月 6 日 速 記 : 何 采 穎 主 席 ( 李 議 員 慶 元 ): 現
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篇 名 : 複 製 技 術 與 科 技 倫 理 之 初 探 作 者 : 魏 汝 詩 台 北 縣 立 安 康 高 級 中 學 高 二 4 班 指 導 老 師 : 林 嘉 琪 老 師 0 壹 前 言 一 研 究 動 機 在 二 十 一 世 紀 知 識 爆 炸 的 時 代, 科 技 以 日 進 千 里 的 速 度 進 步, 在 科 技 和 醫 學 的 相 輔 相 成 下, 許 多 的 謎 團 正 逐 一
用 2 小时或更短的时间 此试剂盒适用于基因组 DNA 福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本 ChIP DNA 和低起始量的临床样本的建库 NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 样品的起始量范围非常灵活, 跨越了 3 个数量级, 从 1ng 至 1μg 这是一个基于磁珠纯化 无需
NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit 使用 1ng-1μg 的 DNA 样本, 在 2 小时或更短的时间内完成 DNA 测序中的建库过程 产品特点 样品 DNA 起始量可以在 1ng-1μg 间灵活选择 2 小时或者更短时间完成整个实验流程, 减少人工操作时间较高的接头连接效率, 产出大量不同的测序片段减少建库偏差兼容多种自动化建库流程灵活的接头方案供选 匹配多达 96 种接头的试剂盒用于多重测序与
武洪庆 田 黎 张久明 温占波 用 方法对黄杆菌属产红色素菌株 的培养基进行了优化 首先用部分重复因子实验对培养基组分蛋白胨 酵母粉 葡萄糖及 浓度对菌株产红色素的影 响进行评价 找出主要影响因子为葡萄糖和 浓度 两者均为正影响 其他组分对色素含量的 影响不显著 第二步用最陡爬坡路径逼近最大响应区域 最后用中心组合设计及响应面分析确定主 要影响因子的最佳浓度 菌株在优化培养基中培养较初始培养基色素含量提高
lncRNA组学数据分析
lncrna 的鉴定与功能推断 姚茜岚 yaoqianlan@yahoo.com 提纲 lncrna 的生物学背景 lncrna 的计算鉴定 lncrna 的功能预测 非编码 RNA (ncrna) 经典的分子生物学中心法则 DNA RNA 蛋白质 RNA 作为遗传信息的载体编码蛋白质 随后 50 年来, 各类起调控作用的非编码 RNA 被大量发现 Annu. Rev. Biochem. 2012.
The Fred Factor
70 2010 IT IP 312,322 49,124 15.7% 161,569 51.8% 99,704 31.9% 1,925 0.6% 312,322 100% 71 2010 1 1 The Fred Factor 72 80% 2010 73 2010 4 2010 7,291 6,454 6,957 9,783 480 2010 2010 2 90% 74 2010 2010 6 491
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公 共 衛 生 核 心 課 程 基 本 能 力 測 驗 100 年 流 行 病 學 考 試 試 卷 一 選 擇 題 ( 答 案 4 選 1, 每 題 2 分, 共 50 題 ) 1. 若 研 究 調 查 有 工 作 者 的 心 臟 病 發 生 率 是 無 工 作 者 的 2 倍, 但 是 兩 者 之 盛 行 率 卻 相 近, 最 可 能 的 原 因 是? (A) 因 為 有 工 作 者 的 年 齡
中国注册营养师资格认证（上海试点）考试大纲（讨论稿）2015
中 国 注 册 营 养 师 资 格 考 试 ( 上 海 试 点 ) 考 试 大 纲 科 目 名 称 内 容 要 点 参 考 书 生 物 化 学 1 蛋 白 质 的 结 构 和 功 能 蛋 白 质 的 重 要 生 理 功 能 蛋 白 质 的 分 子 组 成 ; 氨 基 酸 的 结 构 特 点 和 分 类 ; 肽 键 肽 和 肽 单 元 的 概 念 结 构 特 点 蛋 白 质 的 分 子 结 构 结 构
Vol. 15 No. 1 JOURNAL OF HARBIN UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY Feb O21 A
5 200 2 Vol 5 No JOURNAL OF HARBIN UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY Feb 200 2 2 50080 2 30024 O2 A 007-2683 200 0-0087- 05 A Goodness-of-fit Test Based on Empirical Likelihood and Application ZHOU
37 立 豐 車 業 林 口 區 新 北 市 林 口 區 工 六 路 26 號 (02) CR 錡 銳 車 業 林 口 區 新 北 市 林 口 區 粉 寮 路 一 段 19 號 (02) 尚 捷 車 業 八 里 區 新 北 市 八 里 區 商 港 路
各 縣 市 安 裝 據 點 共 計 304 家 1 益 隆 車 業 士 林 區 台 北 市 士 林 區 重 慶 北 路 四 段 244 號 1 樓 (02)2812-7500 2 順 達 車 業 北 投 區 台 北 市 北 投 區 立 農 街 二 段 206 號 (02)2827-3761 3 悍 將 車 業 北 投 區 台 北 市 北 投 區 中 央 北 路 二 段 167 號 (02)2895-5121
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農 業 群 專 業 科 目 ( 二 ) 1. 有 關 生 命 現 象 之 配 對, 下 列 何 者 錯 誤? (A) 光 合 作 用 - 新 陳 代 謝 (B) 金 蟬 脫 殼 - 繁 殖 (C) 趨 光 性 - 感 應 (D) 狗 急 跳 牆 - 運 動 2. 下 列 何 者 是 膜 狀 構 造 的 胞 器? (A) 粒 線 體 (B) 核 糖 體 (C) 中 心 粒 (D) 染 色 體 3. 下
从 近 年 来 破 获 的 有 关 案 件 看, 涉 国 防 军 工 领 域 的 策 反 窃 密 案 件 呈 现 多 发 高 发 态 势 案 例 2. 科 研 人 员 被 利 诱 盗 取 高 科 技 情 报 案 犯 刘 某, 原 系 我 国 家 重 点 科 研 院 派 出 所 民 警, 其 同 案
国 家 安 全 教 育 广 东 披 露 一 批 窃 密 策 反 案 件 今 年 4 月 15 日 是 我 国 2015 年 7 月 1 日 颁 布 实 施 国 家 安 全 法 后 的 第 一 个 全 民 国 家 安 全 教 育 日 目 前 由 省 国 家 安 全 工 作 领 导 小 组 办 公 室 举 办 的 2016 年 广 东 省 国 家 安 全 教 育 展 览 正 在 广 州 农 讲 所 展
2010年全国执业兽医资格考试大纲
2013 年 全 国 执 业 兽 医 资 格 考 试 大 纲 ( 兽 医 全 科 类 ) 全 国 执 业 兽 医 资 格 考 试 委 员 会 二 〇 一 三 年 四 月 目 录 动 物 解 剖 学 组 织 学 及 胚 胎 学 考 试 大 纲... 1 动 物 生 理 学 考 试 大 纲... 5 动 物 生 物 化 学 考 试 大 纲... 9 动 物 病 理 学 考 试 大 纲... 13 兽 医
1 Rh Rh Rh Rh RR Rr rr Rr Rr rr Rh Rh Rh 2 75 60 60 50 40 30 10 20 10 20 10 20 3 A B AB O A B A B - B A - A B 5 X Y X X X X Y X X X X Y 6 X X X X X Y X X X X Y Y 80372 7 67195 7 8 8
标题
吉林农业大学学报 ２０１６ ３８ １ ８７ ９１ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｊｉｌｉｎ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｈｔｔｐ ｘｕｅｂａｏ ｊｌａｕ ｅｄｕ ｃｎ Ｅ ｍａｉｌ ｊｌｎｄｘｂ ｖｉｐ ｓｉｎａ ｃｏｍ 神 经 生 长 因 子 ｍｒｎａ 在 鹅 等 级 前 卵 泡 中 的 表达 刘璐璐 隋玉健 朱海洋 武惠岩 杨 辉 孙永峰 吉林农业大学动物科学技术学院 长春 １３０１１８
从菜鸟到高手-手把手教你qPCR教程II
从 菜 鸟 到 高 手 - 手 把 手 教 你 qpcr 教 程 II --- 定 量 PCR 原 理 常 见 问 题 分 析 和 数 据 统 计 分 析 前 言 由 于 Real-time qpcr 的 众 多 优 点, 现 在 已 经 是 生 命 科 学 领 域 的 一 项 常 规 技 术 越 来 越 多 的 研 究 文 章 中 涉 及 RT-PCR 的 实 验, 也 基 本 上 被 real-time
Microsoft Word - tck-103-4y-10-1(衛生)
103 學 年 度 技 術 校 院 四 年 制 與 專 科 學 校 二 年 制 統 一 入 學 測 驗 衛 生 與 護 理 類 ( 專 一 ) 試 題 試 題 分 析 : 今 年 衛 護 類 專 一 ( 基 礎 生 物 ) 部 分, 考 題 概 念 簡 單, 選 項 敘 述 也 不 繁 瑣, 且 大 部 分 皆 為 考 古 題 相 關 概 念, 要 拿 高 分 甚 至 滿 分 都 不 是 太 困 難
福建农林大学硕士学位论文番茄抗叶霉菌相关基因的鉴定及 TRV 16K 基因的功能分析姓名 : 郑璐平申请学位级别 : 硕士专业 : 分子病毒学指导教师 : 吴祖建 ; 蔡新忠 20070401 番茄抗叶霉菌相关基因的鉴定及 TRV 16K 基因的功能分析 作者 : 郑璐平
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1895-1912 1996 12 1997 8 1895-1912 (cultural nationalism) 1997 6 20 1996 12 26 1997 1 17 (Prasenjit Duara) "Linear History and Invention" "The Order of Authenticity: National History and Gender in Modern
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新一代高通量 RNA 测序和 ChIP 测序数据处理和分析方法 ( 申请清华大学工学博士学位论文 ) 培养单位 : 自动化系 学 科 : 控制科学与工程 研究生 : 王曦 指导教师 : 张学工 教授 二 一一年四月 新一代高通量测序和测序数据处理和分析方法RNAChIP王曦 Methods in Processing and Analyzing the Next-Generation High-Throughput
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第 五 章 分 子 生 物 学 研 究 法 ( 上 ) DNA RNA 及 蛋 白 质 操 作 技 术 主 要 内 容 模 式 生 物 核 酸 的 操 作 和 分 析 技 术 蛋 白 质 的 分 离 和 分 析 什 么 是 模 式 生 物? 分 子 生 物 学 有 一 个 著 名 的 说 法 : 基 础 问 题 可 以 在 最 简 单 和 最 容 易 获 得 的 系 统 中 得 以 回 答 能 够
材料 方法
生物技术通报 张发洲 杨慧兰 为了构建单纯疱疹病毒 型 感染细胞多肽 真核表达质粒 应用 技术从 株 的基因组中扩增 基因 并连接至真核表达载体 对阳性克隆进行菌落 酶切和测序鉴定后 成功构建了重 组质粒 用 转染试剂盒将重组质粒 转染至 细胞中 并用 及 检测其表达情况 结果显示 基因在 细胞中得到正确表达 真核表达质粒 的构建成功 为进 一步研究 对宿主细胞的影响奠定了基础 单纯疱疹病毒 型 感染细胞多肽
许丽花 等 应用 ３ 种遗传分析方法分析养殖鲤与天然群体的遗传差异 第４期 图２ Ｆｉｇ ２ ３９７ 图中不同颜色表示不同的聚类 Ｋ 值 ６ 个鲤群体的贝叶斯遗传聚类分析图 Ｂａｙｅｓｉａｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｌｕｓｔｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔ ｈｅ ｓｉｘ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｃｏｍ ｍｏｎ ｃａｒｐｓ 表 ２ 贝叶斯遗传聚类分析中每个群体分属 ４ 个聚类时的比例 Ｔ ａｂｌｅ ２