五授课内容 : 1. DNA 测序技术的进化 a) 第一代测序技术 :Sanger 测序原理 b) 第二代测序技术 :Illumina,454, Ion Torrent 原理 c) 第三代测序技术 :PacBio, Hellicos 原理 d) 第四代测序技术 : Oxford NanoPore

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姑尹
5 years ago
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1 北京中科云畅应用技术研究院中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室 CCAT 关于举办高通量测序深度应用实操高级培训班的通知各有关单位 : 随着新一代高通量测序技术的快速发展, 在准确度大大提高的前提下, 进一步降低测序成本由此不断产生出巨量的分子生物学数据, 这些数据有着数量巨大关系复杂的特点, 以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析随着生物信息学作为新兴学科迅速蓬勃发展, 正在改变人们研究生物医学的传统方式, 高通量测序技术以及数据分析技术已成为探索生物学底层机制和研究人类复杂疾病诊断治疗及预后的重要工具, 广泛应用于生命科学各个领域, 是 21 世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口为进一步推动我国生物信息学特别是基因组学的发展, 提高从业人员的技术水平, 由北京中科云畅应用技术研究院与中科院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室联合举办高通量测序深度应用高级培训班, 由北京中科润开生物科技有限公司具体承办, 相关事宜通知如下 : 一培训特点及目标 : 培训立足于最新技术和工具, 强调融汇贯通, 强调综合应用 ; 采用互动式教学, 讨论式授课, 案例试学习的授课模式会议邀请的主讲专家都是有理论和实践经验的研究人员, 学员通过与专家的直接交流, 能够分享这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路, 在研究技术方面领悟更多二培训对象 : 大中专院校生物信息生物计算生命科学医学化学农学计算机科学数学类专业的课程负责人一线教师教研室骨干人员教学管理人员 ; 科研单位从事生物生命科学微生物研究的相关人员 ; 生物医药化学及相关企业的领导与技术骨干三报名办法及费用 : 每人 3900 元 ( 含报名费培训费资料费等相关费用 ) 食宿统一安排, 费用自理请各有关部门统一组织本地区行政企事业单位报名参加培训, 各单位也可直接报名参加, 报名回执表请邮件回复至会务组四时间地点 : 2018 年 6 月 29 日 7 月 2 日北京 ( 时间安排 : 第 1 天报到, 授课 3 天 )

2 五授课内容 : 1. DNA 测序技术的进化 a) 第一代测序技术 :Sanger 测序原理 b) 第二代测序技术 :Illumina,454, Ion Torrent 原理 c) 第三代测序技术 :PacBio, Hellicos 原理 d) 第四代测序技术 : Oxford NanoPore 原理 e) 其他技术 Hybridization based methods (NabSys) 2. High throughput Sequencing for various biological problems 2.1 RNA Transcription 1. Chromatin Isolation by RNA Purification (ChIRP-Seq) 2. Global Run-on Sequencing (GRO-Seq) 3. Ribosome Profiling Sequencing (Ribo-Seq) 4. RNA Immunoprecipitation Sequencing (RIP-Seq) 5. High-Throughput Sequencing of CLIP cdna library (HITS-CLIP) 6. Crosslinking and Immunoprecipitation Sequencing (CLIP-Seq) 7. Photoactivatable Ribonucleoside Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation (PAR-CLIP) 8. Individual Nucleotide Resolution CLIP (iclip) 9. Native Elongating Transcript Sequencing (NET-Seq) 10. Targeted Purification of Polysomal mrna (TRAP-Seq) 11. Crosslinking, Ligation, and Sequencing of Hybrids (CLASH-Seq) 12. Parallel Analysis of RNA Ends Sequencing (PARE-Seq) 13. Genome-Wide Mapping of Uncapped Transcripts (GMUCT) 14. Transcript Isoform Sequencing (TIF-Seq) 15. Paired-End Analysis of TSSs (PEAT) 2.2. RNA Structure 1. Selective 2 -Hydroxyl Acylation Analyzed by Primer Extension Sequencing (SHAPE-Seq) 2. Parallel Analysis of RNA Structure (PARS-Seq) 3. Fragmentation Sequencing (FRAG-Seq) 4. CXXC Affinity Purification Sequencing (CAP-Seq) 5. Alkaline Phosphatase, Calf Intestine-Tobacco Acid Pyrophosphatase Sequencing (CIP-TAP) 6. Inosine Chemical Erasing Sequencing (ICE) 7. m6a-specific Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing (MeRIP-Seq) 2.3. Low-Level RNA Detection, Digital RNA Sequencing 1. Whole-Transcript Amplification for Single Cells (Quartz-Seq) 2. Designed Primer Based RNA Sequencing (DP-Seq) 3. Switch Mechanism at the 5 End of RNA Templates (Smart-Seq) 4. Switch Mechanism at the 5 End of RNA Templates Version 2 (Smart-Seq2) 5. Unique Molecular Identifiers (UMI) 6. Cell Expression by Linear Amplification Sequencing (CEL-Seq) 7. Single-Cell Tagged Reverse Transcription Sequencing (STRT-Seq) 2.4. Low-Level DNA Detection 1. Single-Molecule Molecular Inversion Probes (smmip) 2. Multiple Displacement Amplification (MDA) 3. Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles (MALBAC) 4. Oligonucleotide-Selective Sequencing (OS-Seq) 5. Duplex Sequencing (Duplex-Seq)

3 2.5. DNA Methylation 1. Bisulfite Sequencing (BS-Seq) 2. Post-Bisulfite Adapter Tagging (PBAT) 3. Tagmentation-Based Whole Genome Bisulfite Sequencing (T-WGBS) 4. Oxidative Bisulfite Sequencing (oxbs-seq) 5. Tet-Assisted Bisulfite Sequencing (TAB-Seq) 6. Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing (MeDIP-Seq) 7. Methylation-Capture (MethylCap) 8. Methyl-Binding-Domain Capture (MBDCap) 9. Reduced-Representation Bisulfite Sequencing (RRBS-Seq) 2.6. DNA-Protein Interactions 1. DNase l Hypersensitive Sites Sequencing (DNase-Seq) 2. MNase-Assisted Isolation of Nucleosomes Sequencing (MAINE-Seq) 3. Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) 4. Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements (FAIRE-Seq) 5. Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing (ATAC-Seq) 6. Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) 7. Chromatin Conformation Capture (Hi-C/3C-Seq) 8. Circular Chromatin Conformation Capture (4-C or 4C-Seq) 9. Chromatin Conformation Capture Carbon Copy (5-C) 2.7. Sequence Rearrangements 1. Retrotransposon Capture Sequencing (RC-Seq) 2. Transposon Sequencing (Tn-Seq) 3. Translocation-Capture Sequencing (TC-Seq) Data analysis (part 1):data pre-processing 3.1 evaluation of data quality 数据分析 Data format,fasta,fastq,quality value,gff3 3.2 Data cleanup Quality filter, trimmer, clipper 5. Data analysis (part 2):reference free analyses, 无参转录组分析 4.1 Trinity de novo transcriptome assembly 4.2 Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs) 4.3 Abundance estimation using RSEM 4.4 Differential expression analysis using EdgeR 4.5 Explore the results (cummerbund) 4.6 MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR) 4.7 hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles. 5 Data analysis (part 3):reference based analyses, 有参转录组分析 5.1 Mapping reads to the reference (tophat) 5.2 Assemble mapped reads (cufflinks) 5.3 Merge sample-specific assemblies (cuffmerge) 5.4 Analysis of Differentially Expressed Gene (DEGs) 5.5 Identify DEGs (cuffdiff) 5.6 Explore the results (cummerbund) 6 Data analysis (part 4):from gene list to gene function, 基因功能注释 6.1 File format for annotation information: GFF3

Lab 6.2 Annotation 6.3 Homology search (BLAST+/SwissProt/Uniref90) 6.4 Protein domain identification (HMMER/PFAM) 6.5 Protein signal peptide and transmembrane domain prediction (singalp/tmhmm) 6.

4 Lab 6.2 Annotation 6.3 Homology search (BLAST+/SwissProt/Uniref90) 6.4 Protein domain identification (HMMER/PFAM) 6.5 Protein signal peptide and transmembrane domain prediction (singalp/tmhmm) 6.6 Comparing to currently curated annotation databases (EMBL Uniprot eggnog/go) 6.7 Enrichment analysis using DAVID 6.8 Gene name batch viewer 6.9 Gene functional classification 6.10 Functional annotation chart 6.11 Functional annotation clustering Lab1: Lab2: Lab3: Lab4: Lab5a: Lab5b: Lab6: Lab7: Lab8: Lab9: Connection to cloudlab using Putty File transfer between cloudlab and local computer using filezilla Linux commands Reads quality evaluation: fastqc Reads quality control: fastx tool kit Processing the mapping file: samtool Reference free analysis: Tuxedo package Reference based analysis: Trinity package Annotation: Trinnotate Enrichment analysis using DAVID * 实际授课内容, 会根据参会学员反应的实际问题, 进行更有针对性的讲解, 欢迎大家随时反应平时在科研工做中遇到的问题六主讲专家 : 主讲专家来自中国科学院中国医学科学院科研机构的高级专家, 拥有丰富的科研及工程技术经验, 长期从事生物领域国家重大项目研究, 具有资深的技术底蕴和专业背景七颁发证书 : 学员经培训考试合格后可以获得 : 由北京中科云畅应用技术研究院颁发的生物信息培训班结业证书 ( 注 : 请学员提供身份证复印件一张, 正反面 ) 八联系方式 : 联系人 : 于慧移动电话 : 联系电话 / 传真 : 报名邮箱 :zkyict@vip.126.com 北京中科云畅应用技术研究院北京中科润开生物科技有限公司 2018 年 6 月 1 日 2018 年 6 月 1 日

5 参会学员信息表单位名称单位地址邮编联系人电话传真学员姓名性别学历身份证号手机邮箱费用合计万仟佰拾元汇款日期会场选择是否住宿是否户名 : 北京中科云畅应用技术研究院开户行 : 招商银行股份有限公司北京丰台科技园支行账号 : 开具发票需要提供以下信息 : 单位名称 : 纳税人识别号 : 地址电话 : 开户行及账号 : 发票内容 :( 培训费会议费 ) 参会联系人 : 于老师报名电话 :

一步一步教你使用NCBI

一步一步教你使用NCBI 查找 DNA mrna cdna Protein promoter 引物设计 BLAST 序列比对等作者 :urbest 2007-8-1 苏州大学生命科学学院最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列如何进行引物设计如何使用 BLAST 进行序列比对, 这些问题在 NCBI

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五授课内容 : 1. DNA 测序技术的进化 a) 第一代测序技术 :Sanger 测序原理 b) 第二代测序技术 :Illumina,454, Ion Torrent 原理 c) 第三代测序技术 :PacBio, Hellicos 原理 d) 第四代测序技术 : Oxford NanoPore