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- 理蹇 丁
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1 1 apability of cryo-em on medical and pharmaceutical researches ryoem X Y Z X Y Z espl Evidence-based Drug Development B Agnew, Science, 287, (2000) success rate <1/31,000 SGDD is useful SGDD: Structure-Guided Drug Development Guided Based 2 New strategy 6 60% 1000 Robert Kneller, Nature reviews, 9, (2010) espl Business Venture USA Japan UK Germany France Switzerland
2 3 Drug Repositioning (SGDD) First-in-class Best-in-class Drug Repositioning 50% In silico screening, Lead compounds target proteins Garbage box 2000 SGDD (SGDD) 4 First-in-class Best-in-class Drug Repositioning will be depleted Drug Rescuing Drug Rescuing In silico screening, Parts for Pharmacologic action Nature, (2016) Base camp
3 mitochondria 13 water channels Drug Rescuing Involved in numerous physiological processes AQP0: AQP1: AQP2: AQP3: AQP4: AQP5: AQP6: AQP7: AQP8: 5 high-speed water flow of 3 billion water molecules/sec + AQP9: AQP10: Domino toppling AQP11:NPA NP AQP12:NPA NPT AQP1 Nature, 387, (1997) Nature, 407, (2000) 6 NPA N N 3Å 2.8 Å Water molecule Ar/R HE N NPA N HB Na + 8.0Å Hydrated ion H-bond isolation mechanism
4 Electron crystallography X-ray crystallography 7 85% AQP4 AQP1 horoid prexus Ependymal cells AQP4 Endfoot of astrocyte AQP4 Glial lamellae of Hypothalamus M.A. Moghaddam, O.P. Ottersen, Nature Rev. Neurosci., 4, (2003) membrane AQP1 AQP4 Helix A B D D Enhanced helix dipole Durba Sengupta et al., Structure 13, (2005) Helix dipole X No helix dipole 8 =80 =2 =80
5 Drug Rescuing AQP4 AQP4 J. Struct. Biol., 166, (2009). AZA oncentration depending inhibition AZA AQP4 High Inhibition Human and Rodent V53L R216 T149M Drug Rescuing haqp4 * raqp4 Garbage box 9 Drug for human High Inhibition Acetazolamide (AZA) AZA AQP4 AZA 50% No inhibition * * No inhibition R. Katada et. al., Am. J. Pathol. 180, (2012) Structural information at high resolution is crucially important 10 ar/r R216 5 Microscopy 65, (2016) NPA 3.4 AZA at 2.8 resolution 3.0 Water Water Water 2.8 Drug Rescuing
6 Dramatic changes 11 laudin-3 0 citations laudin-pe 90 citations Booth & Mooney M&M, 348, (2013) K2 Summit camera MGST1 137 citations Rhodopsin 788 citations Nature, 10,816 (2019) HKATPase 17 citations Science, 347, (2015) laudin citations JMB, 360, (2006) AQP4 399 citations PNAS, 99, (2002) AQP1 1,669 citations Nature, 556, (2018) ET B R-Agonists 19 citations Science, 344, (2014) Na channel 19 citations JMB, 355, (2006) AQP0 613 citations Nature,407, (2000) br 541 citations NSMB 24, (2017) Nature, 3,793 (2012) ET B R-ET1 55 citations x citations Nature,438, (2005) AhR 1,427 citations Nature, 389, (1997) LH 2,117 citations Nature, 537, (2016) Nature,458, (2009) Nature,423, (2003) Nature, 367, (1994) The Nobel prize in chemistry 2017 expected to make big contribution to drug development 12 Atomic image hemica Scripta., 14, (1979) SPIDER; J Frank et al., Science 214, (1981). J Frank Ice embedded method; M Adrian et al., Nature 308, 32-6 (1984) J Dobochet Pioneer; SH Scheres, J. Struct. Biol. 180, (2012) R Henderson 2017 Nobel Prize N ontributed people in Japan Yoshi Fujiyoshi Structure analysis TRPV1 M Liao et al., Nature, 504, (2013) Yifan heng K2 Summit Booth & Mooney M&M, 348, (2013) K2 Summit >1K analyses by ryoem ryoem Ultramicroscopy 38, (1991) Nobel prize in chemistry 2003 He stage AQP1 br: R Henderson, N Unwin, Nature, 257, (1975) MR br: R Henderson et al., LHII: Nature, 367, (1994) AQP1: Nature, 407, (2000) JMB, 213, (1990) br: Nature, 389, (1997) AhR: Nature, 423, (2003) AQP0: Nature, 438, (2005) 2013 by Fujiyoshi s lab
7 13 Including free micelles Detergent removal GraDeR ryoem grid Larger back ground noise GraDeR Better image in thinner ice layer grid EMAN2 Picking up particle images RELION 2D class average by RELION Filter paper GraDeR; Structure 23, 1-7 (2015) ryoem 14 L Ethan 2 3D structure EMAN SJ Ludtke et al., J. Struct. Biol., 116, (1999) 2 3D analysis Nature ommun, 7, (2016) alculated innexin images by RELION RELION SH Scheres, J. Struct. Biol. 180, (2012)
8 Gap junction channels mammal connexin 1986 pannexin 2000~) homology innexin 1998~ 15 GJ channels permeate metabolites, nucleotides, peptides. Fast gating invertebrate Plug-like structure rayfish can take nimbly flight Prof. Toshiki Nagayama, Yamagata Univ. PNAS, 104, (2007) Plug-like : Electric synapse : Nature, 458, (2009) Permeate large molecules Multiple gating mechanisms by voltage, calcium ion, phosphorylation, ph autonomously 10 Å JMB, 428, (2016) Innexin Quality of analyzed maps GJ channel structure onnexinn by X-ray 3.5 Secondary structure of Innexin Hemi-channel D class average by RELION New structure: de novo chain tracing Permeate large molecules onnexin onnexin: Hexamer Innexin: Octamer Nature omms (2016) Nature, 458, (2009)
9 Structures of Leucine dehydrogenase (LDH) of Geobacillus stearothermophilus Analysed map Apo & NAD + bound Maps of LDH and NAD + :nicotinamide adenine dinucleotide espia JSB 205, (2019) 18 a new strategy of SGDD: drug rescuing Structure determination service ollaborators: ryo-em; Y. Aoki, T Kaneko, I Ishikawa; JEOL AQP1; K Murata, K Mitsuoka, T Hirai, T Walz, A Engel, P Agre, AQP4; A Kamegawa, Y Hiroaki, K Tani, Y Tanimura, K Nishikawa, H Suzuki, x26; A Oshima, K Tani, Y Hiroaki, S Maeda, T Tsukihara Inx6; A Oshima, Oshima s group members LDH; H Yamaguchi, A Kamegawa, K Nakata, T Kashiwagi, T Mizukoshi, K Tani, Ajinomoto, espia Yoshi Fujiyoshi
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