封面封底2

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嘉敏蔡
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1 T C A G 联系我们 : 服务热线 : 网址 : birth.bgi-health.com 邮箱 : birth-health@genomics.cn 地址 : 广东省深圳市盐田区北山工业区 11 栋 ( 邮编 :518083) 新浪微博华大健康本手册仅供客户学习交流和研究使用, 请勿用于商业用途, 违者必究版权声明 : 本手册版权属于深圳华大基因健康科技有限公司所有, 未经本公司书面许可, 任何其他个人或组织均不得以任何形式将本手册中的各项内容进行复制拷贝编辑或翻译为其他语言本手册中的所有商标或标志均属于深圳华大基因健康科技有限公司及其提供者所有 HEA-MON-ROP-BRA4C-C

2 背景介绍华大健康是依托华大基因全球领先的生物技术力量, 将人类基因组研究成果应用于健康领域而建立的临床医学平台, 全面覆盖个体化预测干预参与 4P 医学实践, 建立基因检测标准, 推动基因技术的临床应用, 致力于降低出生缺陷及重大疾病对人类健康的危害目前华大健康以高通量测序仪质谱仪高性能计算机为核心技术支撑, 已针对唐氏综合征等染色体疾病单基因病遗传性耳聋地中海贫血新生儿遗传代谢病白血病宫颈癌乙肝等多种疾病开发了先进的基因检测技术 ; 形成贯穿生命发生孕育出生与成长等过程的筛查与诊断技术体系, 在灵敏度准确性安全性等方面均比传统技术有明显优势华大健康致力于将前沿科研成果转化为拥有自主知识产权技术领先的基因检验项目, 并积极回馈社会, 为人民健康保驾护航华大基因 (BGI) 成立于 1999 年, 目前已发展成为全球最大的基因组研究中心之一华大基因总部位于中国深圳, 在京津沪杭汉穗港等全国主要城市均有分支机构, 并在欧美亚太设有多个海外中心十多年来, 华大基因先后完成了国际人类基因组计划中国部分 (1%) 国际人类单体型图计划 (10%) 首个亚洲人基因组图谱炎黄一号 (100%) 国际千人基因组计划等多项具有国际先进水平的科研工作 ; 还积极参与了抗 SARS 研究 2011 年德国大肠杆菌疫情研究等公共卫生项目, 为中国和全球基因组科学的发展作出了突出贡献我国是出生缺陷高发国家, 每年新增出生缺陷儿高达 90 万, 约占每年出生人口总数 5.6%, 其中染色体异常是导致出生缺陷的主要原因之一患者通常表现为生长发育迟缓智力低下特殊面容肢体及内脏器官畸形等多种症状染色体异常, 反映为一条或多条染色体上存在数目或结构异常, 是由细胞有丝分裂或减数分裂过程中出错所致染色体结构异常包括染色体片段重复缺失易位和倒位等目前已有记载余种, 几乎涉及到每号染色体的每个区带其中致病性明确的综合征有 145 种 ( 华大数据库, 持续扩大更新中 ), 发病率 1/4,000 ~ 1/50,000 不等,85 ~ 95% 的患者是由新发突变所导致, 家族性遗传占 5 ~ 10% 技术简介华大健康通过采集血液或组织等提取全基因组 DNA, 并进行新一代高通量测序与生物信息分析, 能提供包括染色体非整倍体 ( 全部 23 对染色体 ) 及 1Mb 以上染色体片段微缺失 / 重复的检测服务, 以辅助临床进行病因诊断, 为后续干预治疗提供科学依据

3 服务流程技术优势检测全面一次性覆盖全部 23 对染色体分辨率高实现 1Mb 以上缺失 / 重复的定位 1M 以下的区域定制检测准确率高阳性样本验证检出率大于 99% 成功率高无需细胞培养制片等常规繁琐技术操作检测成功率高检测周期自收到合格样本后 20 个工作日出具报告拓展性强全基因组扫描可发现新的缺失 / 重复片段和基因遗传多态样本类型快速高效同时进行多样本多位点检测过程自动化适用范围新生儿儿童生长发育迟缓智力发育缓慢或低下样本类型体积 / 数量保存 / 送样条件外周血 5mL 新生儿至少 1mL EDTA 抗凝管充分颠倒混匀避免凝血或溶血脐带血 2mL 冷冻保存干冰或冰袋运输基因组 DNA 5μg 无菌 Ep 管 ; 冷冻保存干冰或冰袋运输特定生长异常如身材矮小头小畸形面部异常如五官不协调耳鼻眼异常前额突出先天畸形如心脏缺陷肾脏畸形唇腭裂尿道下裂手脚异常注意事项神经及行为异常如癫痫共济失调自闭症其他类型样本需协定后取样禁止将样本在室温状态下放置寄送前短期保存温度为 -20 长期保存温度为 -80 运输过程中容器应包装完好箱内放入足量冰袋或干冰避免挤压跌落以免容器破裂样品污引产胎儿染和变质发育异常或 B 超显示畸形引产胎儿疑似患者具有染色体疾病家族史的夫妇不孕不育查找原因的夫妇有不明原因流产史夫妇 3 出生缺陷染色体异常册子1.indd /9/4 16:20:11

4 典型案例案例一患儿, 男,3 岁, 因智力发育低下行为异常就诊医院 FISH 检查无异常, 后推荐华大健康做染色体异常检测, 结果显示患儿第 17 号染色体短臂部分 ( ) 存在长约 1.22Mbp 片段缺失 OMIM 和华大数据库报道该异常与疾病 Smith-Magenis Syndrome( 相关疾病表型 : 自我伤害行为异常生长发育迟缓智力发育迟缓面部异常内脏畸形和其它神经行为改变等 ) 相关, 影响基因 RAI1 测序分析数字核型图如下 : 案例三胎儿, 女,18 孕周, 因小脑畸形引产华大健康对胎儿组织取样, 利用染色体异常检测技术, 发现胎儿第 2 号染色体长臂 (2q) 存在 9.42Mbp 的片段缺失 OMIM 数据库和华大数据库报道该缺失与 2q37 单体征 ( 主要有面目发育畸形, 手指短小和不同程度的智力低下行为异常等 ) 相关辅助临床确诊胎儿小脑发育畸形是由于 2 号染色体长臂 9.42Mbp 的片段缺失所致检测报告结果如下 : 检测结果 46 XX,del(2)(q23-q24) 该区域已知综合征 OMIM 数据库查询号该区域影响基因结果说明 2q37 单体征 HDAC4 送检样本的常染色体第 2 号染色体长臂部分 ( ) 位置缺失, 长约 9.42Mbp 综合征临床表现主要包括面部发育畸形 ( 眼深陷, 薄上唇 ), 手指短小和不同程度的智力低下, 行为异常等已申请专利案例二患儿, 男, 出生 14 天, 临床发现其前额和下颚小, 双上肢肌张力弱, 哭声弱, 头颅 B 超显示双侧脑室增宽反应迟钝, 伴随感染头颅血肿右侧臂丛神经麻痹医院染色体核型分析无异常华大健康利用染色体异常检测技术, 发现患儿常染色体第 15 号染色体长臂部分 ( ) 位置缺失, 长约 5.18Mbp 辅助临床确诊为 Prader-Willi/Angelman Syndrome, 并从饮食物理疗法及药物调理等多方面进行治疗和定期监控, 有效降低患儿发病程度测序分析数字核型图如下 : 发明名称 : 一种细胞染色体分析方法, 专利号 : X 发明名称 : 一种拷贝数变异检测方法和系统, 专利号 :PCT/CN2012/ 发明名称 : 一种检测染色体微缺失和微重复的方法, 专利号 :PCT/CN2011/ 发明名称 : 一种遗传变异检测方法, 专利号 :PCT/CN2011/ 华大已发表文献 WW Xie, et al. Rapid detection of aneuploidies on a benchtop sequencing platform. Prenatal Diagnosis Dan S, Chen F, Choy KW, Jiang F, Lin J, et al. (2012) Prenatal Detection of Aneuploidy and Imbalanced Chromosomal Arrangements by Massively Parallel Sequencing. PLoS ONE. Lau, T. K., F. Chen, et al. (2012) Noninvasive prenatal diagnosis of common fetal chromosomal aneuploidies by maternal plasma DNA sequencing. J Matern Fetal Neonatal Med. Chunlei Zhang, Chunsheng Zhang, Shengpei Chen, et al. A Single Cell Level Based Method for Copy Number Variation Analysis by Low Coverage Massively Parallel Sequencing. PLoS ONE. 5 6

5 Shengpei Chen1, Tze Kin Lau, Chunlei Zhang, et al. A method for noninvasive detection of fetal large deletions/duplications by low coverage massively parallel sequencing. Prenatal Diagnosis Huijuan Ge, Xuan Huang, Xuchao Li, et al. Noninvasive Prenatal Detection for Pathogenic CNVs: the application in α-thalassemia. PLoS ONE. 出生缺陷染色体微缺失微重复综合征列表 Cornelia de Lange syndrome (CDLS) Familial Adenomatous Polyposis Adult-onset autosomal dominant leukodystrophy (ADLD) Sotos syndrome Microcephaly, congenital heart disease Treacher Collins-Franceschetti syndrome 8q21.11 Microdeletion Syndrome Trichorhinophalangeal syndrome 1 (TRPS1) Langer-Giedion syndrome (LGS) 9 号染色体相关疾病 Monosomy 9p syndrome Basal cell nevus syndrome (BCNS) 1 号染色体相关疾病 1p36 microdeletion syndrome 1q21.1 recurrent microdeletion 1q21.1 recurrent microduplication 1q21.1 susceptibility locus for Thrombocytopenia-Absent Radius (TAR) syndrome Van der Woude syndrome (VWS) 1q41-q42 microdeletion 2 号染色体相关疾病 Feingold syndrome 2p21 Microdeletion Syndrome Holoprosencephaly 2 (HPE2) 2p microdeletion syndrome 2q33.1 deletion syndrome 2q37 monosomy Holoprosencephaly 6 (HPE6) 3 号染色体相关疾病 Forebrain defects WS2A Waardenburg syndrome, Type IIA (WS2A) Blepharophimosis, ptosis, epicanthus inversus (BPES) Dandy-Walker syndrome (DWS) Microphthalmia syndrome 3 3q29 microdeletion syndrome 3q29 microduplication syndrome (TCOF) 6 号染色体相关疾病 Cleidocranial dysplasia (CCD) Prader-Willi-like phenotype Sacral/anorectal malformation syndrome 7 号染色体相关疾病 Saethre-Chotzen syndrome (SCS) Greig cephalo-polysyndactyly syndrome (GCPS) 7q11.23 duplication syndrome Williams-Beuren Syndrome (WBS) Split hand/foot malformation 1 (SHFM1) Holoprosencephaly 3 (HPE3) Holoprosencephaly 7 (HPE7) Nail-patella syndrome (NPS) 1 9q subtelomeric deletion syndrome 10 号染色体相关疾病 DiGeorge syndrome 2 (DGS2) Chromosome 10q22.3-q23.31 microdeletion Bannayan-Riley-Ruvalcaba syndrome (BRRS) Cowden syndrome (CD) Split-hand/foot malformation-3 (SHFM3) 11 号染色体相关疾病 Bechwith-Wiedemann syndrome (BWS) Aniridia II & WAGR syndrome Wilms tumor 1 (WT1) Nephronophthisis 1 (NPH1)/2q13 duplication 2 Holosencephaly 9 Mowat-Wilson syndrome 2q22.3 deletion syndrome 4 号染色体相关疾病 WHS Wolf-Hirschhorn Syndrome Rieger syndrome, type 1 (RIEG1) 8 号染色体相关疾病 8p23.1 deletion syndrome 8p23.1 duplication syndrome WAGR 11p13 deletion syndrome Potocki-Shaffer syndrome 11q11-q13.3 duplication Jacobsen syndrome Split-hand/foot malformation (SHFM5) Synpolydactyly (SPD1) 5 号染色体相关疾病 Cri du Chat Syndrome (5p deletion) CHARGE syndrome Branchlootorenal dysplasia syndrome (BOR)/ Melnick-Frazer Syndrome 7 8

6 12 号染色体相关疾病 16p13.11 recurrent microdeletion 21 号染色体相关疾病 Cutis laxa, X-linked 12p13.33 Microdeletion Syndrome (neurocognitive disorder susceptibility locus) Early-onset Alzheimer disease with cerebral XIST deficiency XIST Pallister-Killian syndrome 16p13.11 recurrent microduplication amyloid angiopathy Bruton agammaglobulinemia 12q14 microdeletion syndrome (neurocognitive disorder susceptibility locus) Down syndrome critical regions (DSCR) Pelizaeus-Merzbacher disease Noonan syndrome (NS1) Recurrent 16p12.1 microdeletion Holoprosencephaly 1 (HPE1) Alport syndrome, X-linked (ATS) (neurodevelopmental susceptibility locus) Leukodystrophy with 11q14.2-q 号染色体相关疾病 16p11.2 microduplication syndrome 22 号染色体相关疾病 X-linked lymphoproliferative syndrome (XLP) Holoprosencephaly 5 (HPE5) 16p11.2-p12.2 microdeletion syndrome 22q11 deletion syndrome Lesch-Nyhan syndrome (LNS) Chromosome 16p11.2 deletion syndrome Cat-Eye Syndrome (Type I) X-linked heterotaxy (HTX) 14 号染色体相关疾病 Microphthalmia syndrome 6, pituitary hypoplasia 17 号染色体相关疾病 Miller-Dieker syndrome (MDS) Cystinosis, Nephropathic (CTNS) 22q11 duplication syndrome 22q11.2 distal deletion syndrome 22q13 deletion syndrome Fragile-X mental retardation syndrome (FMR1) MECP2 male duplication syndrome Mucopolysaccharidosis, type II (MPS2) RETT SYNDROME; RTT 15 号染色体相关疾病 Angelman syndrome (Type 1) Angelman syndrome (Type 2) Prader-Willi Syndrome (Type 2) Prader-Willi syndrome (Type 1) 15q13.3 microdeletion syndrome 15q24 recurrent microdeletion syndrome Hereditary Liability to Pressure Palsies (HNPP) 17p11.2 duplication syndrome Smith-Magenis Syndrome NF1-microdeletion syndrome RCAD (renal cysts and diabetes) 17q21.31 recurrent microdeletion syndrome Campomelic dysplasia (CMPD) X 染色体相关疾病 Leri-Weill dyschondrostosis (LWD) - SHOX deletion Kallman syndrome (KAL1) Steroid sulphatase deficiency (STS) XLI Microphthalmia with linear skin defects Opitz syndrome 3 Xq28 Microduplication Y 染色体相关疾病 AZFa AZFb AZFb+AZFc AZFc 15q26 overgrowth syndrome Diaphragmatic hernia, congenital (HCD/DIH1) 18 号染色体相关疾病 HOLOPROSENCEPHALY 4; HPE4 Orofaciodigital syndrome Infantile spasm syndrome, X-linked (ISSX) Infantile spasm syndrome, X-linked (ISSX) 16 号染色体相关疾病 Chromosome 18p deletion syndrome Dyggve-Melchior-Clausen syndrome (DMC) Glycerol kinase deficiency (GKD) Duchenne muscular dystrophy (DMD) Alpha Thalassemia, Mental Retardation Chromosome 18q deletion syndrome Xp11.3 deletion with mental retardation 3 syndrome Xp11.22-p11.23 Microduplication ATR-16 syndrome Rubinstein-Taybi Syndrome 20 号染色体相关疾病 Alagille syndrome (AGS) Xp11.22-linked intellectual disability Androgen insensitivity syndrome (AIS) 9 10

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<A4A4A4E5AF65AF66B24DB3E628BAF4ADB6A5CE292E786C73> Chr.1 1 604841 1p21.1 Stickler syndrome, type II (STL2) 史蒂克勒氏症候群第 2 型 1 274270 1p21.3 Dihydropyrimidine dehydrogenase deficiency N/A 1 607872 1p36 Chromosome 1p36 deletion syndrome 1p36 缺失症候群 1 612474