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1 新 生 儿 多 发 畸 形 分 子 诊 断 复 旦 大 学 儿 科 医 院 新 生 儿 科 周 文 浩
2 Genetic and Genomic Medicine (Personalized Medicine) Disease 新 生 儿 天 时, 地 利, 人 和 Pre-symptomatic( 症 状 前 ) Preventive( 预 防 ) Predictive( 预 测 ) Birth Prenatal and Pre-implantation } genetic liability environmental factors
3 新 生 儿 常 见 综 合 征
4 背 景 先 天 畸 形 (Congenital abnormality,ca) NICU: 美 国,~2 万 新 生 儿 死 亡 / 年, 其 中 CA 30% 中 国 :2005,15 个 地 区 数 据, 发 生 率 美 国 : 新 生 儿 中 所 占 比 例 ~3%; 欧 洲 :2~4% March of Dimes: 我 国 出 生 缺 陷 发 生 率 51.2 (2006) 诊 断 方 法 : 既 往 根 据 特 征 性 临 床 表 现 诊 断 特 定 的 综 合 征 遗 传 学 检 测 技 术 发 展 : 染 色 体 G 带 技 术 明 确 许 多 MCA 的 染 色 体 数 目 和 结 构 异 常, 但 其 诊 断 率 仍 小 于 5% 苏 秀 娟. 中 国 公 关 卫 生.2008;24(12): Dolk H. Circulation,2011,123(8): Bernier P L. Semin Thorac Cardiovasc Surg Pediatr Card Surg Annu,2010,13(1):26-34.
5 基 因 诊 断 - 未 来 的 趋 势 遗 传 基 础 细 胞 => 核 => 染 色 体 => gene 基 因 组 (Genome) = 整 个 chromosomes/genes 基 因 结 构 : coding, promoter 突 变 :rare variant <1% 影 响 基 因 功 能
6 NICUs 尤 其 适 合 开 展 WGS 新 生 儿 期 3500 余 种 单 基 因 病 可 以 发 病
7 Number of Entries in OMIM (Updated ) Prefix Autosomal X Linked Y Linked Mitochondrial Totals * Gene description 13, ,196 + Gene and phenotype, combined # Phenotype description, molecular basis known 3, ,738 % Phenotype description or locus, molecular basis unknown 1, ,765 Other, mainly phenotypes with suspected mendelian basis 1, ,883 Totals 20,400 1, ,712
8 遗 传 相 关 疾 病 分 子 检 测 技 术 染 色 体 病 数 量 和 / 或 结 构 异 常 拷 贝 数 变 异 (Copy number variations,cnvs) CNVs 广 泛 存 在 于 人 类 基 因 组 采 用 多 重 探 针 扩 增 技 术 MLPA 核 型 分 析 FISH MLPA acgh 单 基 因 病 一 对 等 位 基 因 控 制 而 发 生 孟 德 尔 规 律, 称 孟 德 尔 遗 传 病 多 基 因 病 表 型 由 多 个 基 因 协 同 决 定 数 量 性 状 遗 传 多 因 子 遗 传 Sanger 测 序 二 代 测 序
9 染 色 体 - 基 因 - 全 基 因 组 检 测 遗 传 变 异 Microarrays 平 台 技 术 Agilent CGH 芯 片 工 作 站
10 拷 贝 数 变 异 ( CNVs) 检 查 染 色 体 技 术 分 辨 率 基 因 组 覆 盖 核 型 分 析 荧 光 原 位 杂 交 (FISH) Metaphase) Whole or gross regions > 5 10 Mb N/A Whole genome Probe specific 染 色 体 涂 布 (M-FISH/SKY ) 比 较 基 因 组 杂 交 芯 片 (acgh) >2 Mb Whole genome 35 to 6 Kb - <??? Whole genome
11 微 阵 列 芯 片 技 术 能 发 现 约 20% 发 育 障 碍 或 孤 独 症 遗 传 学 变 异, 比 核 型 分 析 检 测 结 果 显 著 高 出 5%
12 染 色 体 微 阵 列 芯 片 分 析 (CMA) 和 新 一 代 测 序 分 析 (NGS) 染 色 体 微 阵 列 芯 片 分 析 / DNA 核 型 分 析 (CMA) 用 于 检 测 微 缺 失 和 微 扩 增 综 合 征 用 于 检 测 染 色 体 重 排 和 异 常 用 于 检 测 先 天 性 畸 形 和 出 生 缺 陷 新 一 代 高 通 量 测 序 分 析 (NGS) 用 于 检 测 目 标 基 因 和 目 标 区 域 (ASD/ID/DD Panel) 用 于 检 测 临 床 相 关 的 外 显 子 (Clinical Exome) 用 于 整 个 外 显 子 组 研 究 用 于 整 个 基 因 组 研 究
13 染 色 体 微 阵 列 芯 片 分 析 和 新 一 代 测 序 的 技 术 平 台
14 复 旦 儿 科 转 化 中 心 200m 2 in area
15 QIAcube 全 自 动 DNA 抽 提 仪 ABI 3100 Sequencing QIA xtractor 全 自 动 高 通 量 DNA 抽 提 仪 15 ABI 3500XLSequencing
16 AB Step ONEPlus 定 量 PCR 仪 2 台 双 384 孔 ABI 9700 PCR 仪 AB Veriti 96 孔 PCR 仪 2 台 96 孔 ABI 9700 PCR 仪 2 台 Bio-Rad C1000 PCR 仪 16 QIA xcel DNA 凝 胶 电 泳 分 离 仪
17 新 生 儿 样 本 库 截 止 至 2013/1/30, 共 入 库 样 本 779 例
18 出 生 缺 陷 分 子 诊 断 基 本 思 路 常 见 综 合 征 : 疑 似 诊 断, 实 验 室 验 证 ( 细 胞 - 分 子 ) 染 色 体 病 微 缺 失 / 重 复 单 基 因 病 新 生 儿 IEM 的 筛 查 与 诊 断 ( 质 谱 -Sanger) 常 见 表 型 : 发 现 诊 断 (acgh + DNA panel) 神 经 肌 肉 心 血 管 系 统 消 化 系 统 颌 面 头 颅 畸 形 皮 肤
19 多 发 畸 形 的 检 测 流 程
20 拷 贝 数 变 异 检 测 方 法 - MLPA 多 重 探 针 扩 增 技 术 (multiplex ligationdependent probe amplification, MLPA) 一 次 针 对 40 个 序 列 高 分 辨 率 高 灵 敏 度
21 MLPA 筛 查 自 行 设 计 的 多 发 畸 形 MLPA 筛 查 试 剂 盒, 包 含 临 床 常 见 的 多 发 畸 形 综 合 征 Target genes Cytoband Associated diseases GABRD, SKI, TP73 1p36.3 1p36 deletion syndrome CTNND2, TERT 5p15.2 cri du chat CLIP2, ELN, LIMK1 7q11.23 Williams-Beuren syndrome (WBS) RAI1, MFAP4 17p11 Smith-Magenis TBX1, ZNF74, SNAP29 22q11.21 DiGeorge Syndrome 1 (DGS1/VCFS) OCA2, UBE3A, GABRB3 15q11q13 Prader-Willi syndrome (PWS) NSD1 5q35.3 Sotos KCNJ6-1, DYRK1A, RCAN1 21q Down EDNRB, CENPJ, ERCC5, FREM2 13q trisomy 13 MC2R 18p trisomy 18 DTNA, TCF4 18q trisomy 18
22 MLPA 筛 查 59 例 新 生 儿 多 发 畸 形 病 例 共 发 现 阳 性 病 例 13 例 阳 性 率 22.03% 21 三 体 7 例 5p15 缺 失 2 例 22q11 重 复 1 例 缺 失 1 例 5q35 缺 失 1 例 15q11-q13 缺 失 1 例 申 请 专 利 号 :
23 CHFU 已 经 开 展 的 项 目 Prader-Willi/Angelman 综 合 征 (PWS/AS) Beckwith-Wiedemann 综 合 征 (BWS) DiGeorge 综 合 征 Williams 综 合 征 假 肥 大 性 肌 营 养 不 良 (DMD) 脊 髓 性 肌 肉 萎 缩 症 (SMA) 常 见 多 发 畸 形 筛 查 Trisomy 21 Trisomy 18 Trisomy 13 DiGeorge Prader willi Sotos 1p36 Williams Smith Magenis 邢 丽 之 子 BWS 秦 刘 BWS 高 梓 豪 DiGeorge 韩 久 熠 PWS 林 丽 玉 之 子 PWS 胡 元 张 新 PWS 罗 依 PWS 李 泽 淇 PWS 王 以 蓝 PWS 雷 晓 敏 之 子 PWS 刘 云 之 子 PWS 朱 怡 亭 SMA 华 奕 晨 SMA 王 立 华 之 子 丁 智 思 多 发 畸 形 筛 查 多 发 畸 形 筛 查 - +
24 基 因 组 拷 贝 数 变 异 分 析 syn CHD 31 例 综 合 征 型 先 天 性 心 脏 病 全 基 因 组 拷 贝 数 变 异 分 析 CNVs 467 (dup>150 kb,del>50 kb) 不 包 含 基 因 的 区 段 128 个 ; 假 阳 性 和 X,Y 染 色 体 CNVs54 个 进 入 人 工 分 析 的 CNVs 285 正 常 人 拷 贝 数 变 异 220 个 (DGV) 罕 见 CNVs 65 (18/31 例 ) 大 小 从 50Kb-~77.9Mb 重 复 48 个, 缺 失 17 个
25 基 因 组 拷 贝 数 变 异 分 析 syn CHD File CN State Type Chromosom e Min Max Size (kbp) Cytoband Start Cytoband End 34 1 Loss q44 q Gain q31.2 q Gain p13.2 p Gain p15.33 p Gain p22.3 p Gain q31.1 q Gain p13 p Loss p12.3 p Gain p12 p12 已 知 综 合 征 表 型 - 基 因 型 比 较 对 比 DECIPHER 和 CHD-Wiki 数 据 库 表 型 - 基 因 型 比 较 临 床 意 义 不 明 功 能 验 证 67 3 Gain p12 p Gain p11.31 p11.23
26 8 号 染 色 体 短 臂 复 杂 重 组 2 例 病 例 1: 腭 裂 ; 单 心 室 二 尖 瓣 闭 锁 大 动 脉 转 位 肺 动 脉 狭 窄 及 房 缺 CNVs:8p23.3-8p23.1 缺 失 和 8p23.1-8p11.1 重 复 病 例 2: 小 下 颌 ; 永 存 左 上 腔 静 脉, 右 肺 动 脉 起 始 部 狭 窄, 卵 圆 孔 未 闭 ; 右 足 外 翻 CNVs:8p23.3-8p23.1 缺 失 和 8p23.1-8p11.2 重 复 与 DECIPHER 数 据 库 ISCA 数 据 库 比 对 : 具 有 与 区 段 1 缺 失 大 小 相 同 且 有 表 型 信 息 的 病 例 30 例, 其 中 3 例 均 具 有 心 脏 表 型 具 有 与 区 段 2 缺 失 大 小 相 同 且 有 表 型 信 息 的 病 例 22 例, 其 中 16 例 有 心 脏 表 型 重 合 区 段 为 位 于 8p23.1 上 748Kb 大 小, 包 含 基 因 MTMR9 FAM167A BLK 及 XKR6
27 5p15.3 microdeletion syndrome G2P1 G37 +1 BW 1875g 特 殊 面 容 : 右 侧 低 位 耳, 耳 前 坠 生 物, 左 右 鼻 唇 沟 不 对 称, 面 颊 横 裂, 小 下 颌 颅 顶 部 颅 骨 缺 损 ; 隐 睾 ; 头 颅 CT 示 脑 沟 回 浅, 双 侧 乳 突 积 液
28 5P 探 针 46,XY,r(5)(p15.2q35)[88]/45,XY,-5[5]/47,XY,r(5),+r(5)[3]/46,XY,dic 复 旦 大 学 附 属 儿 科 医 院 r(5;5)[3]/ 46,XY,r(5)(p15.2q31)[1]
29 NICUs 尤 其 适 合 开 展 WGS 新 生 儿 期 3500 余 种 单 基 因 病 可 以 发 病
30 检 测 方 法 -Sanger 测 序
31 1.Congenital Adrenal Hyperplasia 21-hydroxylase deficiency (21-OHD) is the most common cause Autosomal recessive disorders Clinical Diagnosis Females : Virilization affects maturation, growth (leading to tall stature), and sex hormone-sensitive areas (external genitalia, skin, and hair) Males with virilization in childhood (i.e., pseudoprecocious puberty) Any infant with a salt-losing crisis in the first four weeks of life Testing 17-hydroxyprogesterone (17-OHP) Classic 21-OHD CAH. >20,000 ng/dl Non-classic 21-OHD CAH. 2,000 to 15,000 ng/dl Plasma renin. Plasma renin activity (PRA): ACTH stimulation test Electrolytes
32 Congenital Adrenal Hyperplasia
33
34 Congenital Adrenal Hyperplasia 编 号 住 院 号 姓 名 年 龄 临 床 诊 断 检 测 项 目 12F 冯 歆 一 6 天 CAH CYP21A2 12F 舒 艳 艳 之 子 17 天 CAH CYP21A2 12F 王 坤 琪 16 天 CAH CYP21A2 12F778 Exon 变 异 SNP 号 Exon7 c.833dupt,p.l278ffsx5 杂 合 Exon4 c.518t>a,p.i173n 杂 合 rs6475 Exon1 c.29_31deltgc,p.l10p 杂 合 rs Exon2-intron c.289+9c>t 杂 合 rs6462 Exon7 c.806g>c,p.s269t 杂 合 rs6472 Exon10 c.1473g>a,p.p491p 杂 合 rs6446 Exon10 c.1481g>a,p.s494n 杂 合 rs6473 c.833dupt,p.l278ffsx5: 终 止 杂 合 突 变, 导 致 蛋 白 短 截 为 严 重 突 变 c.518t>a,p.i173n 杂 合 突 变 已 知 CAH 的 严 重 致 病 突 变 已 经 报 道 与 CAH 有 关 的 位 点 c.806g>c,p.s269t c.1481g>a,p.s494n
35 2.UGT1A1 与 新 生 儿 黄 疸
36 3. 最 新 开 发 的 新 生 儿 相 关 检 测 项 目 疾 病 性 质 基 因 外 显 子 数 GCK 10 新 生 儿 高 胰 岛 素 血 症 AR 多 见 KCNJ11 1 ABCC8 39 INS 3 X-LINK OTC 10 AR ASL 16 先 天 性 高 氨 血 症 AR ASS1 16 AR NAGS 7 AR CPS1 40 AR ARG1 8 色 素 失 禁 症 XD NEMO 10
37 Sanger 测 序 NGS : 一 次 对 几 十 万 到 几 百 万 条 DNA 分 子 进 行 测 序 二 代 测 序 Ion Torrent 平 台
38 新 一 代 测 序 技 术 用 于 NICU 的 研 究 目 标 捕 获 靶 基 因 : 捕 获, 富 集, 多 重 标 签, 新 一 代 测 序, 数 据 分 析
39 NGS 数 据 产 生 和 分 析 流 程 由 测 序 中 心 产 生 海 量 的 数 据 采 用 NextGENe, GenomeQuest, DNANexus 等 软 件 联 合 进 行 数 据 分 析 Image modified from DNANexus Website
40 NICUs 尤 其 合 适 开 展 WGS 在 生 后 28 内,3528 种 单 基 因 病 可 以 发 病 在 美 国,>20% 婴 儿 死 亡 由 CA 所 致 DNA 诊 断 项 目 有 限, 认 识 不 足, 近 20 年 突 破 甚 少 新 生 儿 筛 查 项 目 限 于 代 谢 为 主 早 期 的 发 现 有 助 于 早 期 干 预
41 WGS 在 NICU 应 用 的 实 践 Male, 33 weeks, Family history - Cultures and herpesvirus PCR - Sci Transl Med 4, 154ra135 (2012)
42 CMH064 CMH064 The phenotype of baby was atypical for KIDS, de novo GJB2 mutations Severe neonatal lethal disorders of the skin, keratitis-ichthyosisdeafness syndrome ( 角 膜 炎, 鱼 鳞 病 耳 聋 综 合 征, KIDS,OMIM number ) Sci Transl Med 4, 154ra135 (2012)
43 二 代 测 序 Ion Torrent 平 台 的 建 立 CH Boston CH Fudan
44 Ion Torrent 平 台 结 果 验 证 ( 一 代 测 序 ) AMACR CYP7B1 CYP27A1 HSD3B7 JAG1 AGL LIPA MUT c.25g>ga rs c.524g>ga rs c.829g>ga rs c.602t>tc rs c.635t>ta normal c.45_46het_delag c.262g>gc c.585a>g rs c t>t/c rs (c.765c>c/t,p.y255y) c.2026t>t/g c dupa rs (c.3417t>c,p.y1139y) rs (c.3528c>c/t,p.y1176y) c.3343 G>G/A(rs ) c.46a>c(rs ) c.796g>a c instt rs8589 Mutation call 93.75% (15/16)
45 复 旦 儿 科 转 化 中 心 项 目 性 发 育 异 常 (SRY 基 因 ) 先 天 性 肾 上 腺 皮 质 增 生 症 (21 羟 化 酶 基 因 ) X 连 锁 慢 性 肉 芽 肿 病 (CYBB 基 因 ) X 连 锁 无 丙 种 球 蛋 白 血 症 (BTK 基 因 ) 先 天 性 胸 腺 发 育 不 全 综 合 征 (DiGeorge) 遗 传 性 耳 聋 (GJB2 基 因 ) 遗 传 性 耳 聋 (SLC26A4 基 因 ) 遗 传 性 耳 聋 ( 氨 基 糖 甙 类 耳 毒 性 12srRNA 基 因 ) 遗 传 性 肝 内 胆 汁 淤 积 征 (ABCB4 基 因 ) 遗 传 性 肝 内 胆 汁 淤 积 征 (ABCB11 基 因 ) 家 族 性 肝 内 胆 汁 淤 积 PFIC1 型 (ATP8B1 基 因 ) 先 天 性 胆 汁 酸 合 成 障 碍 1 型 (HSD3B7 基 因 ) 先 天 性 胆 汁 酸 合 成 障 碍 2 型 (AKR1D1 基 因 ) 先 天 性 胆 汁 酸 合 成 障 碍 3 型 (CYP7B1 基 因 ) 先 天 性 胆 汁 酸 合 成 障 碍 4 型 (AMACR 基 因 ) 固 醇 27 羟 化 酶 缺 陷 ( 轻 度 胆 汁 淤 积 )(CYP27A1) Alagille 综 合 征 (JAG1 基 因 ) Citrin 缺 陷 病 (SLC25A13 基 因 ) 非 结 合 胆 红 素 血 症 (UGT1A1 基 因 ) 肝 豆 状 核 变 性 (ATP7B 基 因 ) 糖 原 累 积 症 1a 型 (G6PC1 基 因 ) 糖 原 累 积 症 1b 型 (SLC37A4 基 因 ) 糖 原 累 积 症 II 型 (GAA 基 因 ) 糖 原 累 积 症 III 型 (AGL 基 因 ) 糖 原 累 积 症 IV 型 (GBE1 基 因 ) 甲 基 丙 二 酸 血 症 合 并 高 胱 胺 酸 尿 症 (MMACHC) 甲 基 丙 二 酸 血 症 (MUT 基 因 ) 酪 氨 酸 血 症 1 型 (FAH 基 因 ) 丙 酸 血 症 (PCCA PCCB 基 因 ) 高 乳 糜 微 粒 血 症 (LPL 基 因 ) α1 抗 胰 蛋 白 酶 缺 乏 症 (AAT 基 因 ) 囊 性 纤 维 化 (CFTR 基 因 ) 尼 曼 皮 克 氏 病 A/B 型 (SMPD1 基 因 ) 尼 曼 皮 克 氏 病 C 型 (NPC1 NPC2 基 因 ) 肾 病 综 合 征 激 素 抵 抗 相 关 基 因 假 肥 大 性 肌 营 养 不 良 (DMD) 脊 髓 性 肌 肉 萎 缩 症 (SMA) 婴 儿 痉 挛 (Rett 综 合 征 )(CDKL5 基 因 ) Rett 综 合 征 (MECP2 基 因 ) 婴 儿 痉 挛 / 癫 痫 (ARX 基 因 ) 结 节 性 硬 化 (TSC1 TSC2 基 因 ) 神 经 纤 维 瘤 病 (NF1 NF2 基 因 ) 神 经 精 神 发 育 障 碍 相 关 基 因 筛 查 (NRXN1 CDKL5 PTEN MECP2 SHANK3) 孤 独 症 / 错 构 瘤 (PTEN 基 因 ) 孤 独 症 谱 系 障 碍 (NRXN 基 因 ) 神 经 纤 维 瘤 1 型 样 综 合 征 (SPRED1) 视 网 膜 母 细 胞 瘤 基 因 (RB1 基 因 ) 中 性 粒 细 胞 减 少 症 (HAX1 基 因 ) 范 可 尼 贫 血 (FANCA FANCC FANCG 基 因 ) Prader-Willi/Angelman 综 合 征 (PWS/AS) Beckwith-Wiedemann 综 合 征 (BWS) Williams 综 合 征 Wolman Disease(LIPA 基 因 ) 常 见 多 发 畸 形 筛 查 (10 种 遗 传 综 合 征 )
46 二 代 测 序 平 台 panel 设 计 (EA/TEF) OMIM Gene Tests Review Literatures Our data - CNV MGI ZFIN CHD7 NM_ SOX2 NM_ MYCN NM_ RFX6 NM_ HOXD13 NM_ SEMA3E NM_ ZIC3 NM_ ITGA6 NM_ ITGB4 NM_ RMRP ENST (misc_RNA) OMIM FGFR2 NM_ PTEN NM_ CHX10, VSX2 NM_ FGFR3 NM_ GLI, GLI1 NM_ CTNND2 NM_ SLC17A5 NM_ FANCA NM_ RECQL4 NM_ COL3A1 NM_ FBN2 NM_ SALL1 NM_ GLI3 NM_ Gene Review DST NM_ MID1 NM_ FANCB NM_ CHRD NM_ NOG NM_ CTNNB1 NM_ DYNC2H1 NM_ EFNB2 NM_ FOXP4 NM_ FUZ NM_ GLI2 NM_ GLI3 NM_ MGI pheno MEOX2 NM_ PCSK5 NM_ NKX2-1 NM_ RARA NM_ RARB NM_ SHH NM_ SOX2 NM_ SOX4 NM_ IFT172 NM_ RAB25 NM_ RIPK4 NM_ MTRNR2L6 NM_ Region-7q34 PRSS1 NM_ PRSS2 NM_ TRY6 non-coding RNA 17q21.33 COL1A1 NM_ q11 WNT7B NM_ FBLN1 NM_001996
47 总 结 Ion Torrent PGM + panel 快 速 高 通 量 降 低 数 据 分 析 难 度 MLPA + acgh 作 为 染 色 体 的 微 缺 失 / 微 重 复 的 检 测 方 法 通 过 上 述 方 法 技 术 的 建 立 single gene /region - whole genome 适 合 自 身 特 点 及 发 展 方 向 的 遗 传 相 关 疾 病 筛 查 检 测 诊 断 体 系
48
49 NICU, Ion Torrent 测 序 被 用 来 研 究 一 个 假 定 的 多 药 耐 药 大 肠 杆 菌 爆 发 四 个 疑 似 爆 发 菌 株 测 序, 超 广 谱 β- 内 酰 胺 酶 的 bla(ctx-m-15) J Clin Microbiol
未命名 -1
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