578 学报 JournalofChinaPharmaceuticalUniversity2017,48(5): 第 48 卷 Keywords aspirin 牷 pyrosequencing 牷 singlenucleotidepolymorphism 牷 personalized

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1 学报 JournalofChinaPharmaceuticalUniversity 2017,48(5): 焦磷酸测序技术对阿司匹林个体化用药相关 SNP 位点分型 1, 邢晓清, 卜修民, 初亚男, 邹秉杰, 宋沁馨, 周国华 ( 1 中国药科大学药物质量与安全预警教育部重点实验室, 南京 ; 2 河北省人民医院药学部, 石家庄 ; 3 南京军区南京总医院药理科, 南京 ) 摘 要 阿司匹林的抗血小板作用在临床存在显著的个体差异, 而 rs5918 rs 和 rs 个单核苷酸多态性位点与 阿司匹林的药效和不良反应有着密切的联系 本文基于 PCR 结合焦磷酸测序技术, 建立了阿司匹林相关 SNP 位点的基因分 型方法 自主设计扩增引物和测序引物 ; 优化 PCR 扩增条件, 使 3 个位点能够在相同的条件下扩增并通过梯度稀释基因组 DNA 检测方法的灵敏度 ; 最后, 分别基于本文建立的新方法和 Sanger 测序技术对 20 例临床样本进行 3 个位点的基因分型, 验 证该方法的准确性 结果显示, 本文成功建立了阿司匹林个体化用药相关 SNP 位点的基因分型方法, 检测下限低至 0 4ng 基 因组 DNA, 用两种方法对 20 例临床样本进行 3 个位点的基因分型, 结果完全一致, 说明该方法有较高的准确性 关键词 阿司匹林 ; 焦磷酸测序技术 ; 单核苷酸多态性 ; 个体化用药 中图分类号 Q819 文献标志码 A 文章编号 (2017) doi: /j.isn 引用本文邢晓清, 卜修民, 初亚男, 等 焦磷酸测序技术对阿司匹林个体化用药相关 SNP 位点分型 [J]. 中国药科大学学报,2017,48 (5): Citethisarticleas:XINGXiaoqing,BUXiumin,CHUYanan,etal GenotypemethodforSNPsrelatedtoindividualizedaspirintreatmentbasedon pyrosequencingtechnology[j].jchinapharmuniv,2017,48(5): GenotypemethodforSNPsrelatedtoindividualizedaspirintreatmentbased onpyrosequencingtechnology XINGXiaoqing 1 牞 2 牞 BUXiumin 1 牞 CHUYanan 3 牞 ZOUBingjie 3 牞 SONGQinxin 1 牞 ZHOUGuohua 3 1 KeyLaboratoryofDrugQualityControlandPharmacovigilanceofMinistryofEducation 牞 ChinaPharmaceuticalUniversity 牞 Nanjing 牷 2 DepartmentofPharmacy 牞 HebeiGeneralHospital 牞 Shijiazhuang 牷 3 DepartmentofPharmacology 牞 NanjingGeneralHos pital 牞 Nanjing 牞 China Abstract Therearesignificantindividualdiferencesintheantiplateletefectsofaspirin.Threesinglenucleotide polymorphisms 牗 SNPs 牘牞 rs5918 牞 rs andrs 牞 arereportedtosignificantlycorelatewiththeeficacy andsideefectsofaspirin.inthepresentstudy 牞 thegenotypingmethodofthethreesnpswasestablishedbasedon thecombinationofpolymerasechainreactionandpyrosequencingtechnology Amplificationandsequencingprim ersweredesignedindependently 牷 theamplificationconditionswereoptimizedtoamplifythethreesnpsinthe samecondition ThesensitivityofthemethodwasdetectedusingoriginalgenomeDNA atdiferentconcentra tions Inordertotestifytheaccuracyofthemethod 牞 theproposedmethodandsangersequencingtechnologywere bothusedtogenotypethethreesnpsin20bloodsamples Theresultsdemonstratedthatthegenotypingmethodof aspirin relatedsnpswassuccesfulyestablished 牞 withthedetectionlimitbeingaslow as0 4nggenome DNA Thegenotyperesultsof20samplesbytheproposedmethodwereexactlythesameasthatofSangersequen cing Itisevidentthattheproposedmethodissensitiveandaccurate 收稿日期 通信作者 Tel: E mail:songqinxin@cpu edu cn 基金项目国家自然科学基金资助项目 (No ); 江苏省重点研发计划资助项目 (No BE ); 江苏省自然科学基金资助项目 (No BK ); 药物质量与安全预警教育部重点实验室资助项目 (No DQCP2015MS02); 中国药科大学药学基地科研训练及科研能力提高资助项目 (No J ); 江苏省 青蓝工程 资助项目

2 578 学报 JournalofChinaPharmaceuticalUniversity2017,48(5): 第 48 卷 Keywords aspirin 牷 pyrosequencing 牷 singlenucleotidepolymorphism 牷 personalizedmedicine ThisstudywassupportedbytheNationalNaturalScienceFoundationofChina 牗 No 牘牷 thekeyresearchanddevelopment ProgramofJiangsuProvince 牗 No BE 牘牷 thenaturalsciencefoundationofjiangsuprovince 牗 No BK 牘牷 theopen ProjectProgramofMOEKeyLaboratoryofDrugQualityControlandPharmacovigilance 牗 No DQCP2015MS02 牘牷 thecolegestudents InnovationProjectfortheR&DofNovelDrugs 牗 No J 牘牷 the Qing Lan ProjectofJiangsuProvince 阿司匹林在临床中的应用非常广泛, 是常用的非甾体抗炎药, 而小剂量阿司匹林可以抑制血小板和动脉血栓的形成, 发挥抗凝作用 研究证实, 阿司匹林的抗凝疗效存在较大的个体差异, 接受冠状动脉搭桥手术的患者 心肌梗死幸存者甚至健康的年轻志愿者中都存在阿司匹林抵抗的现象 [1-2], 30% ~40% 的脑卒中或外周血管疾病患者存在阿司匹林抵抗, 并且与非阿司匹林抵抗患者相比, 这些患者在 2 年内再次发生心血管事件的风险高达 80% [3-5] 目前, 尚不能完全解释造成这种个体差异的原因, 但基因多态性是其中一个非常重要的影响因素 [6] 糖蛋白 Ⅱb/Ⅲa 受体复合物 (GPⅢ) 的遗传多态性 (Pl A1 /Pl A2 ) 是阿司匹林抵抗的重要因子,GP Ⅲ 受体为血小板聚集最终通路上的关键受体, 故 GPⅢ 受体的任何变化均会引起包括阿司匹林在内的各类抗血小板药物反应性的变化 [7-8] 目前, 已发现多个 GPⅢ 受体多态性位点, 较为常见的是 rs5918(leu33pro), 编码 Leu 的位点称为 Pl A1, 编码 Pro 的位点称为 Pl A2[9-10] 研究表明, 携带有 Pl A2 等位基因的患者血小板的生成能力增强同时活化, 颗粒释放和纤维蛋白原结合的阈值降低, 需要服用更大剂量的阿司匹林才能够有效发挥抗凝作用 [11] 并且,Pl A2 /Pl A2 基因型携带者比 Pl A1 /Pl A1 和 Pl A1 /Pl A2 患者发生缺血性心脏病的风险高 4 倍 血小板内皮聚集受体 1(PEAR1) 的基因多态性 rs 与患者的抗血小板治疗反应性密切相关 其中, 与 GG 纯合子相比, 无论是单用阿司匹林还是阿司匹林联合氯吡格雷双抗治疗,A 等位基因携带者的心血管事件风险及死亡率均明显升高 [12] 荨麻疹是服用阿司匹林常见的不良反应, 研究证实, 白三烯 C4 合成酶 (LTC4S) 基因多态性 rs730012( 444A>C) 可以作为阿司匹林诱发荨麻疹的生物标记物 [13],C 等位基因携带者服用阿司匹林发生超敏反应的患者显著高于 A 等位基因携带者 [14-15] 阿司匹林给药方便, 价格便宜, 且在低剂量下几乎没有不良反应, 因此作为一线抗血小板聚集药, 阿司匹林难以被取代 阿司匹林临床应用广泛, 提高阿司匹林用药的安全性和有效性, 避免阿司匹林抵抗的发生, 降低荨麻疹不良反应的发生率具有非常重要的临床意义 本研究基于实验室已有的焦磷酸测序技术, 建立阿司匹林相关单核苷酸多态性位点的检测方法 自主设计扩增引物和测序引物, 建立能够同时扩增 rs5918 rs 和 rs 个位点的 PCR 方法并对方法灵敏度进行考察 ; 本文利用已建立的方法检测了 20 例临床样本, 并与 Sanger 测序的结果相比较, 结果完全一致, 说明本文成功建立了基于焦磷酸测序技术检测阿司匹林相关 SNP 位点的方法, 对指导临床阿司匹林的个体化给药有重要意义 材料 1 1 仪 器 A200 基因扩增仪 ( 杭州郎基科技仪器有限公司 ); 微量紫外分光光度计 ( 南京伍仪科技有限公司 ); 数码凝胶成像系统和水平电泳槽 ( 上海天能科技有限公司 );PyroMarkQ24 焦磷酸测序仪 ( 德国 Qiagen 公司 ) 1 2 试 剂 PCR 扩增试剂盒 ( 日本 Takara 公司 ); 焦磷酸测序试剂盒和结合缓冲液 ( 德国 Qiagen 公司 ); 其他试剂均为分析纯 ; 实验用水均为灭菌蒸馏水 所有引物由上海 Invitrogen 公司合成, 具体引物名称 [16] 及序列见表 1, 引物 G F2/R2 参考文献而引物 L F2/R2 根据 PPI 理论设计 [17], 其余引物均由 Pyromark 软件设计 方法 2 1 血液基因组 DNA 的抽提 本研究采用经典的酚 氯仿法抽提基因组

3 第 48 卷第 5 期 邢晓清, 等 : 焦磷酸测序技术对阿司匹林个体化用药相关 SNP 位点分型 579 DNA [18] 取静脉血 300μL 进行核酸抽提, 最后用 1 TE 缓冲液 30μL 洗脱 应用微量紫外分光光度计对 DNA 洗脱产物进行浓度测定, 质量浓度应大于 30ng/μL,A 260 /A 280 在 1 8~2 0 之间 2 2 PCR 反应条件 PCR 总反应体积为 50μL, 包括 PCR Mix 12μL, 上下游引物各 2μL,rTaq 酶 0 25μL, 无菌蒸馏水 32 75μL, 基因组 DNA1μL PCR 扩增条件为 :94 预变性 3min;94 变性 30s,65 退火 30s,72 延伸 30s, 共 35 个循环 ; 循环结束后 72 延伸 5min PCR 反应结束后, 利用 2% 的葡聚糖凝胶电泳进行产物分析,PCR 产物 3μL 和上样缓冲液 3μL 混合后加入胶孔,110V 电泳 10min 鉴定产物 2 3 焦磷酸测序分型检测 [19] 焦磷酸测序实验操作步骤与之前报道相一 致 (1) 单链的制备 : 取扩增产物 20μL 和亲和素修饰的微球 2μL, 与蒸馏水 18μL 结合缓冲液 40μL 混合, 振荡孵育 7min, 以制备所需单链 ;(2) 测序 : 加入测序引物 (10μmol/L)1μL 和退火缓冲液 24μL, 85 解链 1min, 室温退火, 放入焦磷酸测序仪中固定 ;(3) 测序碱基顺序 :1rs5918 位点 :CCCAGAC ( 下划线碱基为相关 SNP 碱基 ), 第 2 个碱基 A 为正常信号参考值, 根据第 1 个 A 碱基 ( 野生型 ) 和 G 碱基 ( 突变型 ) 的比例确定基因型 ;2rs 位点 :TCCGATC( 下划线碱基为相关 SNP 碱基 ), T 碱基为为正常信号参考值, 根据 G 碱基和 A 碱基的信号值比例确定基因型 ;rs 位点 : GACAGGG( 下划线碱基为相关 SNP 碱基 ), 第 1 个 G 碱基和第 1 个 A 碱基为正常信号参考值, 根据 C 碱基和第 2 个 A 碱基的信号值比例确定基因型 Table1 Sequencesofprimersforrs5918,rs andrs SNP Primers Sequenceofprimer(5 3 ) T m / C Lengthofproduct/bp GPⅢPlA(T>C)rs5918 G F1 Bio GAGAGTCGCCATAGCTCTGATT G R1 ATTCTGGGGCACAGTTATCCT 63 8 G F2 Bio GCTATTGGGAAGTGGTAGGGC G R2 TGTCTCCAGAGCCCTTGTCG 65 7 G Seq GTCACAGCGAGGTGAG 56 4 PEAR1(G>A)rs P F1 GTGCAGAGGTGAGGGGTTAT P R1 Bio GGTGGGGGGGATTAGAGTT 63 2 P F2 ATTCACACCCAGGCTTGAACTTG P R2 Bio GGTGGACAAGAGGATCCATTTCTA 64 0 P Seq 5 CCTTCTGCTGTCTCACT LTC4S(A>C)rs L F1 CGCTGGGACTCCATTCTGAAG L R1 Bio TGCAGACCCCCACATCATG 64 5 L F2 AAGGGCTTCCGCAGAGGAG L R2 Bio GCAGACCCCCACATCATGC 65 4 L Seq AGGAACAGCCTGGAT 50 5 F:forwardamplificationprimer;R:reverseamplificationprimer;Seq:sequencingprimer 结果与讨论 3 1 扩增引物的筛选本文根据每个位点的基因序列设计了两对扩增引物 ( 表 1), 从中筛选结果较好的引物序列 首先, 初步考察 6 对引物的扩增特性, 退火温度为 55 进行 PCR 反应, 扩增产物经电泳分析, 如图 1 所示 对于 rs5918 位点来说,G F1/R1 的扩增产物为单一而明亮的条带, 非特异性扩增产物较少, 优于 G F2/R2; 而扩增 rs 位点的 P F2/R2 引物优于 P F1/R1; 而 rs 位点的扩增引物, L F1/R1 和 L F2/R2 都存在非特异性扩增产物, 相对来说 L F1/R1 的非特异性扩增产物较少 因此, 本文通过退火温度的梯度考察, 对 L F1/R1 和 L F2/R2 进一步评价 3 2 退火温度的优化在 55~65 范围内考察 L F1/R1 和 L F2/R2 的扩增特异性, 共设置了 6 个温度梯度 :55,57, 59 4,60 6,63 和 65, 扩增产物电泳结果见图 2 图 2 A 是 L F1/R1 在不同退火温度的扩增产物电

4 学报 J C P m U 第 卷 泳图结果表明当退火温度设置为 以上时 B是 L F R 电泳可见的非特异性产物消失 图 在不同退火温度的扩增产物电泳图当退火温度不 断升高时非特异性扩增产物逐渐减少但当退火 温度高达 时仍存在非特异性产物 因此本 文最终以 L F R引物对扩增 位点 L F R引物对的退火温度可选择 和 而理 论上退火温度越高非特异性扩增产物越少 并且 G F R和 P F R引物对在 退火温度条件 下都能够扩增出目的产物 本文最终选择 为 个位点的共同退火温度 综上所述本文筛选 9 位点的扩 出了扩增引物并优化了退火温度 F R 位点的扩增引物为 增引物为 G P F R而 的 扩 增 引 物 为 L F R 个位点的 PCR退火温度均为 F E PCR x m SNP F P q SNPb m DNA T b m k b SNP b w q 临床实际样本的检测结果 为了验证方法的准确性本研究同时采用建立 测序技术对 例临 的焦磷酸测序方法和 S 床样本的上述 个 SNP位点进行 分 型 检 测 各 SNP位点结果判读依据是根据模版碱基序列和信 号峰比例 个位点各基因型的典型测序结果见图 F E PCR L F R A L F R B m 例样本的 个 SNP位点分型结果见表 检 起始 DNA浓度对测序信号的影响 突变纯和型 例而中国人群该位点野生型 杂合 测到 位点野生型 例杂合型 例和 稀释基因组 DNA至质量浓 度 为 和 9 和 型和 突 变 型 的 比 率 分 别 为 焦磷酸测序分型 μl基于已建立的 PCR 9 本文检测到的突变比例与已报道的频率 方法对 个位点进行基因分型并且每个浓度平行 相近 位点野生型 例而杂合型 例 做 次考察方法的重复性 结果证实随着加入 9位点杂合子 例其余为野生纯和型 在中 基因组 DNA的浓度越来越大PCR产物浓度越来 位 点 杂 合 型 的 基 因 频 率 为 国人 群 中 越高焦测序碱基信号值也越来越高当加入的基 9 位 点 杂 合 型 的 基 因 频 率 为 因组 DNA质量浓度为 μl时仍然可以对 本文检测各位点的基因频率与已报道数据 个 SNP位点进行基因分型即本方法可检测质量 相接近 综上所述两种方法的基因分型结果完全 浓度低至 μl 图 一致本方法具有较高的准确度

5 第 卷第 期 邢晓清等 焦磷酸测序技术对阿司匹林个体化用药相关 S NP位点分型 阿司匹林个体化给药的指导建议对提高该药的安 全性和有效性具有非常重要的意义 参考文献 G J C CP A C C P J MW J CB BS P b m A P L bm 9 9 G m KH E k E b T mbr 9 9 9 D m j PAM w SS L ms A w m k B C F b B ADKz NL GY V w E J C 9 99 Wü zmn PHG EL G m PEAR PL SONE 9 F CN F A T P A A m m m w BJC P m m F CNM AF A T P A A m m k m m PL SONE 9 9 V MC ES A P F T m 9 m m A P q B S q Tb G S NP m P q 9 T C G A A C W H z M R L P m m m P V MC ES A R b w m m A 9 9 M ADF m M G m C m P P GP P A m m C 9 L w J PR KO C J R G % 结 论 焦磷酸测序技术具有操作简便 灵敏度高和无 需荧光标记等优势 本文基于焦磷酸测序技术 成功建立了阿司匹林相关 SNP位点的检测方法 PEAR w C C G 9 m Sá z B MA NV C T A C m m k C J A C mm w 9 9 方法具有较高的灵敏度的准确性能够实现对临床 K mshyyml S K G m m 样本的阿司匹林相关位点进行基因分型从而提供 m C O A C mm

6 582 学报 JournalofChinaPharmaceuticalUniversity2017,48(5): 第 48 卷 nol,2006,6(4): [15] ParkSM,ParkJS,ParkHS,etal.Unravelingthegeneticbasisof aspirinhypersensitivityinasthmabeyondarachidonatepathways [J].AlergyAsthmaImmunolRes,2013,5(5): [16]JakubowskaA,RozkrutD,AntoniouA,etal.TheLeu33Propoly morphismintheitgb3genedoesnotmodifybrca1/2 asociat edbreastorovariancancerrisks:resultsfromamulticenterstudy among15,542brca1andbrca2mutationcariers[j].breast CancerResTreat,2009,121(3): [17]PanW,Byrne SteeleM,WangC,etal.DNApolymeraseprefer encedeterminespcr primingeficiency[j].bmcbiotechnol, 2014,14:10 [18] LiXX,ZhaoHY,YangYT,etal.Comparingthethreemethodsto extracthumangenomicdna from wholeblood[j].progmod Biomed( 现代生物医学进展 ),2013,13(27): [19] ChuYN,ZhangJY,FengLY,etal.Establishmentofarapidand inexpensiveidentificationmethodforhla B 58:01genotype [J].ChinJAnalChem( 分析化学 ),2016,44(5): [20]ZhouG,SongQ.AdvancesandClinicalPracticeinPyrosequenc ing[m].newyork:springer,2016:14 新药信息 2017 年 1~9 月美国 FDA 批准新药 (1) 截止 2017 年 9 月 30 日, 美国 FDA 共批准 34 个原创新药 ( 表 1), 已远超过 2016 年全年 FDA 批准的 22 个新药 序号药品名活性成分批准日期适应证 1 Trulance plecanatide 成人慢性特发性便秘 (CIC) 2 Parsabiv etelcalcetide 成人慢性肾脏疾病透析引起的继发性甲状旁腺功能 亢进 3 Emflaza deflazacort 杜氏肌营养不良 (DMD) 4 Siliq brodalumab 成人中重度斑块性银屑病 5 Xermelo telotristatethyl 类癌综合征腹泻 6 Kisqali ribociclib 女性绝经后晚期乳腺癌细胞癌 7 Xadago safinamide 帕金森病 8 Bavencio avelumab 转移性默克尔 (Merkel) 9 Symproic naldemedine 阿片类药物引起的便秘 10 Zejula niraparib 用于先前接受过铂类化疗 并出现完全响应或部分响应 的复发性上皮卵巢癌 输卵管癌或原发性腹膜癌女性患 者的维持治疗 11 Dupixent dupilumab 成人中重度湿疹 12 Ocrevus ocrelizumab 复发和原发性多发性硬化症 13 Austedo deutetrabenazine 亨廷顿舞蹈病 14 Ingreza valbenazine 成人迟发性运动障碍 15 Brineura cerliponasealfa 罕见病巴藤病 ( 少年型家族性黑朦性痴呆 ) 16 Alunbrig brigatinib 对 crizotinib 耐药的间变性淋巴瘤激酶 (ALK) 阳性非小 细胞肺癌 (NSCLC) 17 Rydapt midostaurin 急性骨髓性白血病 ( 美国 FDA 网站 )

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