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- 鹤 惠
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1 DOI: /j.cnki.bingduxuebao CHINESEJOURNALOF VIROLOGY Vol.34 No.1 January 2018 RT-PCR *,,,,,, (, ) : (ZIKV virus,zikv) (Denguevirus,DENV) (Chikungunyavirus,CHIKV) ZIKV NS1 DENV NS5 CHIKV E1 RT-PCR ZIKV DENV CHIKV RNA, : RT-PCR 90%, RNA 15 /PCR, 10PFU/ ml, 2% 95% RT-PCR, : RT-PCR; (ZIKV); (DENV); (CHIKV) :R392 :A : (2018) , (Chikungunyavirus,CHIKV) [2] ,, RNA, * : (1966),,,Tel:010-, 85, (Zikavirus,ZIKV) (Den- guevirus,denv), RNA, 11kb,,, [4,5] ( ), RT-PCR WHO RT-PCR,,, [1],,, 1 : : ; : : ( 2016) 273 ), : : (1991),,, fenfeisining@sina.com , wangshiwencdc@163.com [3] ; NS1 E1 NS5 FAM HEX TEXAS- [6] RED : MR766
2 1,. RT-PCR 53 Ⅰ Ⅱ Ⅲ Ⅳ GD113 ( ; ; ; ; ) DENV ZIKA CHIKV 1 RT-PCR [7,8] 20 Figure1 SpecificityanalysisforTriplexReal-time 2 RNA RT-PCRassayswithdiferentvirus RiboMAX TM LargeScale RNA Produc- tionsystems SP6andT7 2 PCR, RNA Nano- (Ⅰ Ⅱ Ⅲ Ⅳ ) drop RNA RNA, 4, / μ L / μ L QIAamp RNA ViralKit AVE RNA,-80 4 RT-PCR AgPath-ID OneStepRT-PCR Kit(Ambi- on) PCR, : 12.5μl 2μl PFU/mL PFU/mL PFU/mL, 0.2μM PFU/mL 0.1μM dntp0.1mm MgCl 21 mm RNA 5μl, 25μl BIO-RADCFX96 PCR, 90% :50,30min,95 10min;95 15s, s, 45 RNA 3 (Ⅰ Ⅱ Ⅲ Ⅳ ) 9.05 / / μ L / μ L / μ L / (QiagenGmbH,Heiden,Germany) μ L RNA 10, / 140μl, 40μl μ L / μ L 9 3, RNA, C T PFU/mL Ⅰ Ⅱ Ⅲ Ⅳ PFU/mL , 7,, C T PCR 9.47 /PCR 8.63 /PCR 4.21 / PCR /PCR 2.91 /PCR; 1 RT-PCR, 5.51PFU/mL 1.91PFU/ ml, Ⅰ Ⅱ Ⅲ Ⅳ 1.7 PFU/mL 9.1 PFU/mL 0.4 PFU/mL 3.7PFU/mL RT-PCR,, DENV ( 1) ZIKV CHIKV
3 54 病 毒 学 报 34 卷 图 2 DENV 体外转录 RNA 对三重荧光定量 RT PCR 灵敏性评价 注 A 登革病毒 Ⅰ 型 B 登革病毒 Ⅱ 型 C 登革病毒 Ⅲ 型 D 登革病毒 Ⅳ 型 2 Sn v T mrt PCR w hu d o n bdrnao DENV A DENV Ⅰ B DENV Ⅱ C DENV Ⅲ D DENV Ⅳ 图 3 ZKV CHKV 体外转录 RNA 对三重荧光定量 RT PCR 灵敏性评价 注 A 寨卡病毒 B 基孔肯雅病毒 3 Sn v T mrt PCR w hu d o n bdrnao ZKVndCHKV A ZKA B CHKV 表 1 病毒培养物和体外转录参考品对三重检测和单重检测方法灵敏度比较 Tb 1 Sn v ht xnd m x w h h v u ndu d o n bdrna PCR o n bdrna Co LOD T x RT PCR M x RT PCR CHKV ZKV 2 91 4 24 V u PU ml DENV CHKV ZKV 4 21 1 91 25 80 419 V 14 75 9 05 9 47 8 63 22 49 21 08 11 97 22 3 DENV V 5 51 1 7 9 1 4 3 7 8 54 2 52 2 18 79 43
4 1期 龚雪蕊 等 寨卡病毒 登革病毒 基孔肯雅病毒三重荧光定量 RT PCR 检测方法的建立及评价 55 图 4 DENV 病毒核酸对三重荧光定量 RT PCR 灵敏性评价 注 A 登革病毒 Ⅰ 型 B 登革病毒 Ⅱ 型 C 登革病毒 Ⅲ 型 D 登革病毒 Ⅳ 型 4 S T mrt PCR w hdnv u A DENV Ⅰ B DENV Ⅱ C DENV Ⅲ D DENV Ⅳ 图 5 ZKV CHKV 病毒核酸对三重荧光定量 RT PCR 灵敏性评价 注 A 寨卡病毒 B 基孔肯雅病毒 5 S T mrt PCR w hz kv undch kunnv u A ZKA B CHKV 3 重复性 4 临床样本验证 取寨卡病毒 基孔肯雅 登革病毒高 中 低三个 采用单重 和 三 重 实 时 荧 光 定 量 RT PCR 对 来 浓度的核 酸 进 行 20 次 独 立 的 三 重 荧 光 定 量 RT 自云南的 20 份 DENV NS1 抗原检测阳性的急性期 PCR 检测的重复实验 评 价 三 重 体 系 的 稳 定 性 结 病人血清进行检测 其中 19 份样 本 为 阳 性 C值 介 果显示 表 2 CHKV ZKV 和 DENV 病毒核 酸 高 于 14 22 到 37 79 之间 1 份 样 本 为 阴 性 ZKA 临 中低三个浓度所对 应 的 C 值 的 标 准 差 均 在 5以 床模拟 标 本 20 份 阳 性 C 值 介 于 2 56 至 35 89 内 变异系数均在 2 以下 可见 三 重 体 系 对 于 三 种 之间 与已报道文献检测值相似 对 CHKV 模拟标 病毒核酸均具有良好的稳定性 本进行 检 测 其 中 19 份 阳 性 C 值 介 于 18 71 至
5 ,1 ; 50, 2 PCR Table2 StabilityevaluationofTriplexReal-timeRT-PCRassayswiththreeviruses. DENV ZIKV CHIKV high medium low high medium low high medium low Ctmean SD CV 1.9% 0.4% 1.5% 0.7% 0.3% 0.6% 0.95% 1.1% 0.9% detectionrate (n/20) [10], [11-13] RT- PCR,,,,,, [9], RT-PCR, PCR,, PCR,, :, [1]SantiagoG A,VergneE,QuilesY,CosmeJ,Vazquez J,MedinaJF,MedinaF,ColonC,MargolisH,Mu-, noz-jordanjl.analyticalandclinicalperformanceof, thecdcrealtimert-pcrassayfordetectionandtyp- ingofdenguevirus[j/ol].plos Negl Trop Dis., 2013,11;7(7):e2311. PCR [2]SahadeoN,Mohammed H,AlicockO M,AugusteA RNA 2~15 J,WidenSG,BadalK,PulchanK,FosterJE,Weaver /PCR, 10PFU/ S C, Carrington C V.Molecular characterisation of ml,, Ct chikungunyavirusinfectionsintrinidadandcomparison 2% ofclinicalandlaboratoryfeatureswithdengueandother acutefebrilecases[j/ol].plosnegltropdis,2015,9,95%, (12):e RT-PCR, [3],,. [J].,,2008,24(2): [4]Teng T S,Kam Y W,Lee B,Hapuarachchi H C, WimalA,NgLC,NgLF.Asystematicmeta-analysis
6 1,. RT-PCR 57 ofimmunesignaturesinpatientswithacutechikungunya virusinfection[j].jinfectdis,2015,211(12): [5]FayeO,FayeO,DialoD,Weidmann M,SalA A. Quantitativereal-timePCRdetectionofZikavirusande- valuation with field-caught mosquitoes[j]. VirolJ, 2013,22;10: ,10:311. [6]PangZ,LiA,LiJ,QuJ,HeC,ZhangS,LiC,Zhang Q,Liang M,LiD.Comprehensive multiplexone-step real-time TaqMan qrt-pcr assaysfordetection and quantificationofhemorrhagicfeverviruses[j/ol].plos One,2014,9(4):e [7]FayeO,FayeO,Dialo D,Dialo M,Weidmann M, SalA A.Quantitativereal-timePCR detectionofzika virusandevaluation withfield-caught Mosquitoes[J], VirolJ,2013,10:311 [8]WaggonerJJ,GreshL,Mohamed-HadleyA,Bal- esterosg,davila MJ,TelezY,Sahoo M K,Balmase- daa,harrise,pinskyb A.Single-reaction multiplex reversetranscriptionpcrfordetectionofzika,chikun- gunya,anddengueviruses[j].emerginfectdis,2016, 22(7): [9]SchogginsJ W,WilsonSJ,Panis M,Murphy M Y, JonesC T,BieniaszP,RiceC M.A diverserangeof geneproductsareefectorsofthetypeiinterferonanti- viralresponse.[j].nature,2011,472(7344): [10],. [J]., 2011,26(3): getingns1gene[j].jclinvirol,2015,65: [12]KimJ,ChongC,Sinniah M,SinnaduraiJ,SongH O, Park H.Clinicaldiagnosisofearlydengueinfectionby novelone-step multiplexreal-time RT-PCR targeting NS1gene[J].JClinVirol,2015,65: [11]KimJH,ChongC K,Sinniah M,SinnaduraiJ,Song H O,Park H.Clinicaldiagnosisofearlydengueinfec- tionbynovelone-stepmultiplexreal-timert-pcrtar- [13]SimmonsM,MyersT,GuevaraC,JungkindD,Wil- liamsm,houngh S.Developmentandvalidationofa quantitative,one-step, multiplex,real-time reverse transcriptasepcr assayfordetection ofdengueand chikungunyaviruses[j].jclin Microbiol,2016,54(7):
7 58 34 PCRAssaysforZika,ChikungunyaandDengueViruses GONG Xuerui,LIAqian,LIU Yang,LIChuan,ZHANG Quanfu,LIDexin, LIANG Mifang,WANGShiwen * (ChineseCenterfor DiseaseControland Prevention,NationalInstituteof Viral DiseaseControland Prevention,Key Laboratoryof Medicaland Viral Diseasesofthe Ministryof Health,Beijing102206,China) DevelopmentandEvaluationoftheDetection MethodofTriplexReal-timeRT- Abstract:ToachieverapidnucleicaciddetectionanddiagnosisofZikavirus(ZIKA),Denguevirus(DENV) andchikungunyavirus(chikv)infection,theprimersandprobestargetingthezikv NS1gene,DENV NS5geneandCHIKV E1geneweredesigned,andthenatriplexReal-timeRT-PCRassaywasdeveloped. Thespecificity,sensitivityandstabilitywereevaluatedusinginvitrotranscribedRNAandvirusisolateof ZIKV,DENVandCHIKV,folowedbyclinicalspecimenverification.Asresultsshowed,forthethreevi- rusesdetection,theamplificationeficiencyofthetriplexassaywerealabove90%.thelimitofdetection (LOD)ofinvitrotranscribedRNAswerelessthan15Copies/PCR,andtheLODofthreevirusisolates werelowerthan10pfu/ml.comparedwithrelatedmonoplexassays,therewasnosignificantdiference. Therewasnocrossreactionwithothervirus,andvariablecoeficientofCTvaluewereallessthan2%. In20serum samplesofdengueacute-phasepatients,19 weredetectedpositive.alof50healthyserum samplesweredetectednegative.inconclusion,atriplexreal-timert-pcrassayforzikv,denvand CHIKVdetectionwasestablished,andprovedtobespecificandsensitive.Sothistestmethodcanbeused forlaboratorydetectionofsuspectedzikavirusdiseaseandotherrelatedcases. Keywords:TriplexReal-timeRT-PCRassay;ZIKVvirus(ZIKV);Denguevirus(DENV);Chikungunya virus(chikv) Funding:Thepresent work wassupportedby Reform and developmentofthe ministryofscienceandtechnology *Corresponding author:wang Shiwen, wangshiwencdc@163.com
124 河南农业科学第 42 卷, (HPS) ;PRRSV PCV2, [4] PRRSV CSFV ;20, PRRSV,CSFV [5-9],, 1.2 主要试剂和仪器 Real-timePCR PRRSV CSFV PCV2, 3 RotorGene, RG-3000; ND-1000 Na
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