52 海洋学报 38 卷 (Kohlanta) 等地 ; 另外, 还有数十次非致命的蜇伤 [6 7] 事件 有毒水母的出现严重威胁泰国沿海当地居民和游客的生命财产安全, 引起了泰国政府部门的高度重视 然而, 识别和鉴定不同的有毒水母种类存在一定的困难 目前初步调查研究表明泰国海域存在的有毒水母有 1

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1 第 38 卷第 6 期海洋学报 Vol.38,No 年 6 月 HaiyangXuebao June2016 刘瑞娟, 肖洁, 张学雷, 等. 泰国近海习见有毒立方水母和钵水母的遗传分析 [J]. 海洋学报,2016,38(6):51 61,doi: /j. issn LiuRuijuan,XiaoJie,ZhangXuelei,etal.GeneticanalysisofcommonvenomousCubozoaandScyphozoainThailandwaters [J]. HaiyangXuebao,2016,38(6):51 61,doi: /j.issn 泰国近海习见有毒立方水母和钵水母的遗传分析 刘瑞娟 1,2, 肖洁 1,2, 张学雷 1,2,CharatseeAungtonya 3 (1. 国家海洋局第一海洋研究所, 山东青岛 ;2. 海洋生态环境科学与工程国家海洋局重点实验室, 山东青岛 ;3.PhuketMarineBiologicalCenter,ThailandPhuket83000) 摘要 : 本研究利用线粒体 16SrDNA 和核基因 18SrDNA 片段, 对泰国沿海常见的有毒水母进行遗传分析, 并比较了 2 个基因片段作为通用分子标记, 在研究水母类多个纲的遗传多样性中的应用 研究发现, 泰国近海的有毒水母存在较高的遗传多样性, 所获得的 32 个样品可以分为 9 个种, 包括 4 种钵水母 4 种立方水母和 1 种水螅水母 然而, 完全确定各种的分类地位, 还需要更多的形态 生活史等方面信息 两个基因片段均能明确区分各种类, 但核基因 18S 序列比线粒体基因片段更为保守 根据 16S 基因片段序列计算水母种内和种间的 K2P(Kimura2 parameter) 遗传距离, 发现所研究的 9 个水母种类, 种内遗传距离在 0~0.050 之间, 其中 94% 的种内遗传距离小于 0.040, 同纲种间的遗传距离为 0.204~0.474, 其中 91% 的种间遗传距离大于 0.250; 而利用 18S 基因, 种内距离在 0~0.002 之间, 同纲种间距离为 0.008~0.066( 平均为 0.038,SE=0.006) 16S 的 AT 碱基含量明显高于核基因 18S, 且 16S 的碱基含量在不同纲之间有显著差异, 进一步表明水母线粒体 16S 基因的突变率相对较高, 适合研究水母较低分类阶元以及种下的遗传差异 关键词 : 钵水母 ; 立方水母 ; 遗传差异 ; 核糖体基因 ; 泰国中图分类号 :Q953;Q958.8 文献标志码 :A 文章编号 : (2016) 引言 水母种类多 数量大 分布广, 在浮游生物群落中占有很重要的地位 近年来, 受人类活动和气候环境变化的影响, 一些海域水母数量剧增, 乃至暴发的事 [1] 件频繁发生, 从而改变了当地海洋生态系统的结构和功能, 严重影响了海洋渔业资源以及海洋渔业生 [2] 产 另外, 尽管一些水母种类 ( 例如 : 海蜇犚犺狅狆犻犾犲 犿犪犲狊犮狌犾犲狀狋狌犿 ) 具有重要的经济和药用价值, 但是许多水母种类 ( 例如 : 立方水母 Cubozoa) 的刺丝囊含有 毒素, 人被蜇伤后可出现皮肤划痕 红肿 腹痛 痉挛 麻痹 心脏及呼吸衰竭甚至死亡等症状, 严重危害沿 [3 4] 海居民和游客的健康安全 因此, 鉴别水母种类并掌握其种群动态具有重要意义 近年来, 在泰国沿海, 游客被剧毒立方水母蜇伤致死的事故频繁出现 例如 :1999 年, 一位 26 岁英国男性游客在泰国湾南部苏梅岛 (KohSamui) 查汶海滩 (ChawengBeach) 游泳时被蜇伤, 并于数分钟 [5] 后死亡 ; 年和 2008 年, 又有数次类似事故发生在帕安岛 (KohPhaNganIsland) 和兰塔岛 收稿日期 : ; 修订日期 : 基金项目 : 中国 - 东盟海上合作基金项目 濒危海洋物种合作研究 ; 国家自然科学基金 ( ) 作者简介 : 刘瑞娟 (1989 ), 女, 山东省安丘市人, 海洋生物学专业, 主要从事水母分子生态学研究 E mail:liurj1224@fio.org.cn 通信作者 : 张学雷, 男, 研究员, 从事海洋生物 环境科学和生态学研究 E mail:zhangxl@fio.org.cn

2 52 海洋学报 38 卷 (Kohlanta) 等地 ; 另外, 还有数十次非致命的蜇伤 [6 7] 事件 有毒水母的出现严重威胁泰国沿海当地居民和游客的生命财产安全, 引起了泰国政府部门的高度重视 然而, 识别和鉴定不同的有毒水母种类存在一定的困难 目前初步调查研究表明泰国海域存在的有毒水母有 10 多种 (AungtonyaandChanachon, 泰国普吉生物研究中心, 未发表数据 ), 大多属于立方水母和钵水母两纲, 然而准确鉴定并区分种类存在诸多困难 首先, 一些种类的系统分类学地位仍存在争议 例如 : 犆犺犻狉狅狆狊狅犻犱犲狊是泰国海域常见的一类水母, 然而其形态上 ( 尤其是基板 pedalia) 与该属的已知种类犆. 狇狌犪犱狉犻犵犪狋狌狊 (Haeckel,1880) 和犆. 犫狌犻狋犲狀犱犻犼犽犻 (Horst, [8] 1907) 存在明显区别 另外, 泰国西南沿海和安达曼海沿岸存在 3 种不同形态的金黄水母 ( 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 spp.;aungtonyaandchanachon, 泰国普吉生物研究中心, 未发表数据 ), 其是否为不同种类抑或同种的不同变型, 还有待于进一步研究 其次, 水母不同时期的形态特征变异较大 ; 形态可塑性高, 不同海域的地理群体可能存在形态差 [9] 异 ; 另外, 水母含水量多, 部分组织器官采集过程中容易被破坏, 样品采集固定后容易变形失真等 这些因素都加大了实际调查中对水母形态学鉴定的难度 利用分子生物学手段, 对有毒水母的基因型进行鉴定识别, 可以克服上述困难, 检测水母从浮浪幼体虫到成体的全生活阶段, 并为一些疑难种类的系统分类地 [10 11] 位提供帮助 本研究利用线粒体 16S 和核基因 18S 核糖体基因片段, 对泰国海域常见有毒水母的系统分类地位进行分析研究, 并评估这两个基因片段作为常用分子标记鉴定这些常见水母种类的可行性 灵敏度, 及存在问题, 以期为后续有毒水母种类的生活史 监测和生态学等方面的研究提供有效的手段 2 材料与方法 2.1 样品的采集与保存本研究所用的样本于 年在泰国安达曼海沿岸采集, 其中 8 个样本采自拉廊府 (Ranong), 其余 24 个样本采于攀牙府 (Phangnga), 详细信息见表 1 水母样品清洗干净后, 取小块伞部组织,95% 酒精固定,4 保存 其余用终浓度 5% 的甲醛固定保存, 用于形态鉴定 2.2 基因组犇犖犃的提取及目标片段扩增 切取约 3mg 固定的组织样本, 用蒸馏水冲洗 3 次, 并用无菌滤纸汲取多余的水分和固定液 然后用手术刀片将组织切碎, 按照 E.Z.N.A. TM 动物组织 DNA 提取试剂盒 (OmegaBio Tek,USA) 说明步骤提取样本基因组 DNA 16S 反应体系为 25μL, 包括 2.5μL10 bufer, 1.5μL Mg 2+ (25 mmol/l),0.5μldntp(10 mmol/ L),0.04μL 每条引物 (100umol/L),1U Taq 酶 (Taka ra),0.25μlbsa(10mg/ml, 牛血清白蛋白 ), 其余用超纯水补足 ;18S 反应体系为 25μL, 包括 2.5μL10 bufer,3 μl Mg 2+ (25 mmol/l),0.5 μl dntp(10 mmol/l),0.0625μl 每条引物 (100umol/L),1U Taq 酶 (Takara),0.25μLBSA, 其余用超纯水补足 反应引物见下表 ( 表 2) PCR 扩增在 PCR 仪 (Biore, 杭州 ) 上进行,16S 18S 反应程序均为 :94 预变性 2min, 然后 38 个循环包括 94 变性 45s,48 退火 60s,72 延伸 2min, 最后 72 延伸 10min 2.3 犘犆犚产物纯化及测序 扩增产物经电泳检测后, 用 E.Z.N.A. TM 割胶回收试剂盒 (OmegaBio Tek,USA) 进行回收纯化, 具体操作参照厂家说明 纯化产物直接送上海美吉生物医药科技有限公司使用 PCR 引物双向测序 部分测序困难的样品采用 pmd TM 19 T(Taka ra, 中国大连 ) 连接, 并转化至感受态大肠杆菌 DH5α, 采用麦康凯选择性培养基筛选阳性克隆, 经 PCR 检测后, 送往上海美吉生物医药科技有限公司进行测序 2.4 数据处理 首先使用 DNAstar 软件包 (DNAstarInc., 美国 ) 中的 Seqman 程序处理原始测序峰图文件, 进行序列拼接, 最后进行人工校正, 将引物和两端测序质量差的序列删除 将得到的序列利用 Sequin 软件处理后批量提交到 NCBI 中, 获得序列注册号 使用 MEGA6.0 [14] 内置的 ClustalW 在默认参数下对核苷酸序列进行比对 本研究共获得水母类 16S 和 18S 片段各 32 条 ( 表 1), 结合从 GenBank 数据库中下载的相关代表性序列 ( 表 3), 包括 18 条 16S 片段和 17 条 18S 序列, 对所得样品进行系统发育研究 根据最大似然距离构建 NJ(Neighbor joining) 树 [15] 和 ML(MaximumLikelihood) 树, 用 bootstrap 方法检验系统发育树各节点的可信度, 各设 1000 次重复

3 6 期刘瑞娟等 : 泰国近海习见有毒立方水母和钵水母的遗传分析 53 表 1 水母样品信息 : 包括种类 样本编号 采集地点 序列注册号和形态鉴定 犜犪犫.1 犐狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀狅犳犼犲犾狔犳犻狊犺狊犪犿狆犾犲狊狌狊犲犱犻狀狋犺犲狊狋狌犱狔犻狀犮犾狌犱犻狀犵狊狆犲犮犻犲狊, 狊犪犿狆犾犲犮狅犱犲, 犮狅犾犲犮狋犻狀犵犾狅犮犪狋犻狅狀, 犌犲狀犅犪狀犽犪犮犮犲狊犻狅狀狀狌犿犫犲狉狊犪狀犱犿狅狉狆犺狅狋狔狆犲狊 序列注册号种类采样地点样本编号形态鉴定 16S 18S 钵水母纲 (Scyphozoa) 金黄水母 ( 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp.) SaiDamIsland,Ranong NO KT KT 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp. 金黄水母 ( 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp.) AoKuey,Phangnga NO KT KT 犔狔犮犺狀狅狉犺犻狕犪 sp., 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp. 金黄水母 ( 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp.) Nam Kem Vilage,Phangnga NO KT KT 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp. 金黄水母 ( 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp.) NaiRaiVilage,Phangnga NO.9 23 KT KT 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp. 海月水母 ( 犃狌狉犲犾犻犪 sp.) Nam Kem Vilage,Phangnga NO KT KT 犔狔犮犺狀狅狉犺犻狕犪 sp. 珍珠水母 ( 犘犺狔犾狅狉犺犻狕犪狆狌狀犮犪狋犪狋犲 ) Nam Kem Vilage,Phangnga NO.5 KT KT 犕犪狊狋犻犵犻犪狊 sp. 犆犪狋狅狊狋狔犾狌狊 sp. Nam Kem Vilage,Phangnga NO KT KT 犔狔犮犺狀狅狉犺犻狕犪 sp. 犆犪狋狅狊狋狔犾狌狊 sp. NaiRaiVilage,Phangnga NO.8 KT KT 犔狔犮犺狀狅狉犺犻狕犪 sp. 立方水母纲 (Cubozoa) Carukidae 科 NaiRaiVilage,Phangnga NO.7 KT KT 犕狅狉犫犪犽犽犪犳犲狀狀犲狉犻 Carukidae 科 SaiDamIsland,Ranong NO KT KT 犕狅狉犫犪犽犽犪犳犲狀狀犲狉犻 犆犺犻狉狅狀犲狓 sp. Nam Kem Vilage,Phangnga NO.29 KT KT 犆犺犻狉狅狆狊犲犾犪 sp. 犆犺犻狉狅狀犲狓 sp. NaiRaiVilage,Phangnga NO.22 KT KT 犆犺犻狉狅狆狊犲犾犪 sp. 四束水母目 ( 犆犺犻狉狅犱狉狅狆犻犱犪 ) SaiDamIsland,Ranong NO.27 KT KT 犆犺犻狉狅狆狊狅犻犱犲狊犫狌犻狋犲狀犱犻犼犽犻 四束水母目 ( 犆犺犻狉狅犱狉狅狆犻犱犪 ) AoKuey,Phangnga NO KT KT 犆犺犻狉狅狆狊狅犻犱犲狊犫狌犻狋犲狀犱犻犼犽犻 四束水母目 ( 犆犺犻狉狅犱狉狅狆犻犱犪 ) Nam Kem Vilage,Phangnga NO KT KT 犆犺犻狉狅狆狊狅犻犱犲狊犫狌犻狋犲狀犱犻犼犽犻 四束水母目 ( 犆犺犻狉狅犱狉狅狆犻犱犪 ) NaiRaiVilage,Phangnga NO.6 KT KT 犆犺犻狉狅狆狊狅犻犱犲狊犫狌犻狋犲狀犱犻犼犽犻 水螅水母纲 (Hydrozoa) 多管水母 ( 犃犲狇狌狅狉犲犪 sp.) SaiDamIsland,Ranong NO.14 KT KT 犃犲狇狌狅狉犲犪 sp.

4 54 海洋学报 38 卷 表 2 本研究所用引物序列及参考文献 犜犪犫.2 犛犲狇狌犲狀犮犲狊犪狀犱狉犲犳犲狉犲狀犮犲狊狅犳狋犺犲狆狉犻犿犲狉狊狌狊犲犱犻狀狋犺犲狊狋狌犱狔 扩增片段引物名称及序列 (5-3 ) 参考文献 16S BRDGP 1:TCGACTGTTTACCAAAAACATAGC BRDGP 2:ACGGAATGAACTCAAATCATGTAAG Bayha [12] 16S 16S F:GCGGTAACYYTGACCGTGMT 16S R:GGTCGAACAGACCWACCYTY 本研究 18S L18S:CGGAAGGGCACCACCAGGAG 18Sb:GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC Bayha 等 [13] 表 3 从犌犲狀犲犫犪狀犽下载的序列信息, 包括序列所属基因 序列号 种类和参考文献 犜犪犫.3 犐狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀狅犳狋犺犲狊犲狇狌犲狀犮犲狊狉犲狋狉犻犲狏犲犱犳狉狅犿狋犺犲犌犲狀犲犫犪狀犽犱犪狋犪犫犪狊犲, 犻狀犮犾狌犱犻狀犵犵犲狀犲狀犪犿犲, 犪犮犮犲狊犻狅狀狀狌犿犫犲狉狊, 狊狆犲犮犻犲狊犪狀犱狋犺犲狉犲犳犲狉犲狀犮犲狊 纲 种名 序列号 基因 参考文献 Scyphozoa 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp. JN S Maghsoudlou 和 SitiAzizah, 未发表 Scyphozoa 犃狌狉犲犾犻犪犪狌狉犻狋犪 KC S [16] Fuchs 等 Scyphozoa 犃狌狉犲犾犻犪 sp. LC S Funahashi 和 Hanzawa, 未发表 Scyphozoa 犘犺狔犾狅狉犺犻狕犪狆狌狀犮狋犪狋犪 JX S Sparmann 等, 未发表 Scyphozoa 犘犺狔犾狅狉犺犻狕犪 sp. JN S Maghsoudlou 和 SitiAzizah, 未发表 Scyphozoa 犆狔犪狀犲犪犮犪狆犻犾犪狋犪 KM S Neretina 和 Konovalova, 未发表 Scyphozoa 犆狔犪狀犲犪狀狅狕犪犽犻 JX S [17] 王建艳等 Scyphozoa 犆犪狋狅狊狋狔犾狌狊 sp. KF S He 等, 未发表 Scyphozoa 犕犪狊狋犻犵犻犪狊狆犪狆狌犪 AB S Gotoh 等, 未发表 Scyphozoa 犚犺狅狆犻犾犲犿犪犲狊犮狌犾犲狀狋狌犿 JX S [17] 王建艳等 Cubozoa 犃犾犪狋犻狀犪犿狅狊犲狉犻 GQ S Cubozoa 犆犺犻狉狅狆狊犪犾犿狌狊狇狌犪犱狉狌犿犪狀狌狊 GQ S Cubozoa unknown JN S Maghsoudlou 和 SitiAzizah, 未发表 Cubozoa 犕狅狉犫犪犽犽犪狏犻狉狌犾犲狀狋犪 GQ S Cubozoa unknown GQ S Cubozoa 犆犺犻狉狅狀犲狓犳犾犲犮犽犲狉犻 GQ S Hydrozoa 犃犲狇狌狅狉犲犪犪犲狇狌狅狉犲犪 AY S [19] Colins 等 Hydrozoa 犗犮狋狅狆犺犻犪犾狌犮犻狌犿犻狀犱犻犮狌犿 AY S Cunningham, 未发表 Scyphozoa 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp. HM S [13] Bayha 等 Scyphozoa 犃狌狉犲犾犻犪 sp. EU S [20] Ki 等 Scyphozoa 犆犪狋狅狊狋狔犾狌狊犿狅狊犪犻犮狌狊 HM S [13] Bayha 等 Scyphozoa 犆狔犪狀犲犪犮犪狆犻犾犪狋犪 JX S Holst 和 Laakmann [21] Scyphozoa 犆狔犪狀犲犪狀狅狕犪犽犻 JX S [17] 王建艳等 Scyphozoa 犘犺狔犾狅狉犺犻狕犪狆狌狀犮狋犪狋犪 HG S Mizrahi, 未发表 Scyphozoa 犛狋狅犿狅犾狅狆犺狌狊犿犲犾犲犪犵狉犻狊 AF S [22] Colins 等 Scyphozoa 犕犪狊狋犻犵犻犪狊狆犪狆狌犪 HM S [13] Bayha 等 Scyphozoa 犚犺狅狆犻犾犲犿犪犲狊犮狌犾犲狀狋狌犿 HM S [13] Bayha 等 Cubozoa 犃犾犪狋犻狀犪犿狅狉犱犲狀狊 GQ S

5 6 期刘瑞娟等 : 泰国近海习见有毒立方水母和钵水母的遗传分析 55 续表 3 纲 种名 序列号 基因 参考文献 Cubozoa 犆犪狉狌犽犻犪犫犪狉狀犲狊犻 AF S Colins [22] Cubozoa 犆犺犻狉狅狆狊犪犾犿狌狊狇狌犪犱狉狌犿犪狀狌狊 GQ S Cubozoa unknown GQ S Cubozoa 犆犺犻狉狅狆狊犪犾犿狌狊 sp. AF S Colins [22] Hydrozoa 犃犲狇狌狅狉犲犪犪狌狊狋狉犪犾犻狊 KF S He 等, 未发表 Hydrozoa 犃犲狇狌狅狉犲犪犪犲狇狌狅狉犲犪 AF S Colins [22] Hydrozoa 犗犮狋狅狆犺犻犪犾狌犮犻狌犿犻狀犱犻犮狌犿 EU S [23] Evans 等 根据上述系统发育树, 将 32 个样品按其种属归类, 使用 MEGA6.0 软件包计算样品 ( 不包括下载序列片段 ) 间相对遗传距离 K2P(Kimura2 parameter), 并按各样品的分类组别分别统计和比较种内 种间和 [24] 纲间遗传距离的变化 2.5 统计方法利用 SPSS16.0(SPSSInc.) 统计软件对所得序列的碱基含量差异进行检验, 并作图 先用配对狋检验 (pairedt test) 分析所有样品的 16S 和 18S 基因 AT 碱基含量之间是否有明显差异, 然后用单因素方差分析 (one wayanova) 检验钵水母和立方水母纲之间各基因的碱基含量是否有显著区别, 并用事后多重比较 (posthocturkey HSD) 两两检验各组之间的差异 由于水螅水母纲只有一个样本, 未参加多重比较 和 73.6%, 差异显著 (one way ANOVA,F=32.2, 犘 <0.01);18S 序列的 AT% 分别为 52.0% (SE= 0.07) 50.5%(SE=0.10) 和 54.2% 多重检验立方水母纲和钵水母纲的 16S 18S 基因 AT 碱基含量, 发现钵水母纲 16S 基因 AT 含量明显高于立方水母, 两者又明显高于 18S 基因的 AT 碱基含量, 而两个纲的 18S 碱基含量差异不明显 ( 图 1) 水螅水母的两个基因片段 AT 碱基含量是否高于其他两纲, 还有待于进一步研究 3 结果与分析 3.1 序列特征使用 16S 特异引物 BRDGP 1 BRDGP 2 的 PCR 反应扩增片段长度约为 610bp( 不包括引物 ), 使用 16S 特异引物 16S F 16S R 的 PCR 反应扩增片段长度约为 500bp, 联合来自 GenBank 的其他 18 条序列比对后共获得长为 495bp 的共有序列进行分析 ; 使 用 18S 特异引物的 PCR 反应扩增片段长度约为 620 bp, 联合来自 GenBank 的其他 17 条序列比对后共获得长为 608bp 的共有序列进行分析 所有样品线粒体基因 16S 序列的 AT 碱基含量在 57.9%~73.6% 之间, 明显高于核基因的 18S 序列 (50.1%~54.2%, pairedt test, 犘 <0.01), 符合后生动物的线粒体基因 [25] 组 AT 含量普遍偏高的特点 进一步分析来自于不同纲的 16S 和 18S 序列, 发现 3 个纲 ( 钵水母 立方水母 水螅水母 ) 的样品间, 其序列碱基组成差异较大 如图 1 所示 :3 个纲 16S 序列的 AT 碱基含量 (%) 分别为 59.5%(SE=0.56) 66.5%(SE=0.65) 图 1 水母 16S 18S 序列的 AT 碱基含量 Fig.1 TheAandTnucleotidecompositionof16Sand 18Sgenesforthesamplessequencedinthisstudy 字母 a b c 代表显著性差异, 犘 <0.05 Letersa,b,crepresentsignificantdiference, 犘 < 基于 16 犛和 18 犛序列的系统树 S 和 18S 序列的相似度分析将本研究所得的 32 个样品序列进行 BLAST 比对, 结果表明, 所有样品分别属于刺胞动物门的 3 个纲 ( 钵水母纲, 立方水母纲和水螅水母纲 ) 钵水母纲

6 56 海洋学报 38 卷 中, 样品 No.1~ 这 12 个样品的序列差异不大,18S 基因相似度为 100%,16S 基因只有 2 个单碱基的突变, 相似度为 99.8%, 应为同一种, 属于金黄水母属 ( 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 ) 样品 NO 的 18S 基因相似度为 99.8%,16S 基因完全相同 (100%), 属于海月水母属 ( 犃狌狉犲犾犻犪 ) 样品 NO.5 的两个基因片段序列与珍珠水母 ( 犘犺狔犾狅狉犺犻狕犪狆狌狀犮狋犪狋犪 ) 的序列一致 (100%) 样品 NO 的两个基因序列 100% 相同,18S 基因与犛狋狅犿狅犾狅狆犺狌狊犿犲犾犲犪犵狉犻狊的相关序列 (AF358101) [22] 相差一个碱基, 16S 基因与中国近海发现的犆犪狋狅狊狋狔犾狌狊 sp. 样本 (KF962416, 未发表数据 )100% 一致 由于缺少犛狋狅 犿狅犾狅狆犺狌狊犿犲犾犲犪犵狉犻狊的 16S 基因, 无法明确这 3 个样品属于哪个属 ; 然而进一步比较 COI 基因 ( 数据未显示 ), 发现这 3 个样品与中国近海发现的犆犪狋狅狊狋狔犾狌狊 sp. 相近, 应为同种 立方水母纲中, 样品 NO 的 18S 基因 100% 一致, 与立方水母犆犪狉狌犽犻犪犫犪狉狀犲狊犻 (AF358107) [22] 的相似度为 98.5%;NO.24 和 25 的 16S 基因相同, 而与 NO.7 的相似度仅为 95.1% 样品 NO.22 和 29 的 16S 基因片段存在 6 个碱基的差异, 相似度为 98.7%,18S 基因片段完全相同, 与其最相近的为一采自于帕劳 (Palau) 的未知立方水母 种,16S 基因 (GQ849104) 的相似度仅为约 93.0%, 而 18S 基因 (GQ849077) 与 NO.22 和 29 一致 结合立方水母纲其他所有序列分析, 样品 NO.22 和 29 可能为犆犺犻狉狅狀犲狓属一未知新种 NO 和 27 的 18S 基因相似度在 99.8%~100% 之间,16S 基因相似度为 96.0%~100%, 其在立方水母纲的四束水母科 (Chirodropidae) 中形成单系源分支 水螅水母纲中的一个样品 NO.14 的 16S 基因与印度八拟杯水母 ( 犗犮狋狅狆犺犻犪犾狌犮犻狌犿犻狀犱犻犮狌犿, AY787897,Cunningham 未发表数据 ) 比较相近, 但相似度仅为 92.6%; 而 18S 基因与多管水母 ( 犃犲狇狌狅狉犲犪 sp.,af358076) [22] 相近, 相似度为 99.0%, 结合 COⅠ 基因信息等确定 NO.14 为一种多管水母 32 个样本的种属地位见表 1, 其中 20 个属于钵水母纲,11 个属于立方水母,1 个属于水螅水母 钵水母中,12 个 (NO ) 为金黄水母 ( 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 sp.),4 个 (NO ) 为海月水母 ( 犃狌狉犲犾犻犪 sp.),1 个 (NO.5) 为珍珠水母 ( 犘犺狔犾狅狉犺犻狕犪狆狌狀犮犪狋犪狋犲 ) 11 个立方水母分别为一种未知犆犺犻狉狅狀犲狓 sp.(no ),Carukidae 科的 两个相近种 (NO.7 和 NO.24 25), 和四束水母目中的一种 (NO 和 27) 另外,NO.14 为水螅水母纲的一种多管水母 ( 犃犲狇狌狅狉犲犪 sp.) S 和 18S 系统进化树分析用 NJ 法和 ML 法对本研究所得 32 条 16S 序列 (KT ) 及 18 条 GenBank 数据库中与所得序列最相近的 16S 序列 ( 表 3) 构建系统进化树, 发现两种方法所构建的系统进化树分支结果基本一致 ( 图中分支上括号内的数字代表 ML 法所得的可信度 ), 结果显示 ( 图 2):50 条序列可以分为 3 大组, 序列 KT 与下载序列 AY 及 AY 成为一支, 属于水螅水母纲 (Hydrozoa); 另有 11 条序列与 6 条立方水母纲下载序列 (JN GQ GQ GQ GQ GQ849111) 组成一支 ( 立方水母纲,Cubozoa); 而其余 20 条本研究所得序列和 10 条下载序列聚合在一起, 属于钵水母纲 (Scyphozoa) 其中, 钵水母纲中 20 条本研究所得序列可进一步分为 4 个独立分支 ( 图 2), 立方水母包含的本研究所得 11 条序列亦可分成 4 个分支 对本研究所得 32 条 18S 序列 (KT ) 及 17 条 GenBank 数据库下载序列 ( 表 3) 进行分析, 所构建的系统进化树 ( 图 3) 结构与 16S 基因 ( 图 2) 基本一致 3.3 遗传差异 16S 序列不同分类阶元水平的序列差异分布如图 4 所示 在种内,16S 序列的差异在 0~0.050 之间, 均值为 0.009(SE=0.003), 其中 94% 的个体种内差异小于 同纲种间, 序列差异在 至 之间, 平均为 0.306(SE=0.030), 其中 91% 的同纲遗传差异大于 不同的纲间遗传差异在 到 之间, 平均值为 0.540(SE=0.046), 其中 85% 的个体纲间遗传差异大于 S 序列不同分类阶元水平的遗传差异分布如图 5 所示 水母 18S 的种内差异在 0~0.002 之间, 均值为 ,(SE=0.003) 同纲种间的遗传差异从 至 0.066( 平均为 0.038,SE=0.006) 不同的纲间遗传差异在 到 之间, 平均值为 0.106(SE=0.010) 其中 53% 的纲间遗传差异大于 显而易见,16S 序列的遗传差异远高于 18S 基因, 约为 18S 的 5 倍 4 讨论 本研究利用线粒体基因 16S 和核基因 18SrDNA

7 6 期刘瑞娟等 : 泰国近海习见有毒立方水母和钵水母的遗传分析 57 对泰国沿海常见的钵水母和立方水母进行遗传分析研究 基于 16S 和 18S 基因片段构建的系统发育树, 所有同种序列都能形成具有较高支持度的单分支, 说明两个片段均能很好地区分这些物种 ( 图 2, 图 3) 然而,16S 基因片段在检测种或种下水平的遗传差异显示出更高的灵敏度 本研究中,16SrDNA 在不同分类阶元的遗传差异相差较大 (32 个样品遗传距离范围在 0~0.644 之间 ), 而相同样品的 18SrDNA 不同分类阶元的遗传距离则相对较小 (0~0.174); 这可能是因为线粒体 16S 基因在物种演化过程中, 积累了 较多变异而形成的 该结果与其他关于水母类系统 [12,26] 进化的研究一致 另外, 不同纲之间,16S 基因的 AT 碱基含量出现了明显的差异 ( 图 1), 而 18S 基因没有明显差异, 进一步说明该门类 ( 刺胞动物门 ) 的物种线粒体 16S 基因相对具有较高的进化速率 一般认为, 核 rdna 的小亚基序列 (18SrDNA) 相对比 [27] 较保守, 适合研究较高阶元的系统发生 ; 而与核 DNA 相比, 线粒体 DNA 具有结构简单 一级结构的碱基突变率高 进化速度快等特点, 更适于较低水平 [28] 的进化关系和遗传差异分析研究 图 2 基于 16S 序列的系统树 Fig.2 Phylogenetictreebasedon16SrDNAsequences 水母的分类始终是一难点 由于水母组织含水量多, 样品易碎 固定后易变形, 且生活史复杂 不同生活时期形态变异较大, 使得单纯靠形态学进行水母种类 [28 29] 鉴定十分困难 分子生物学方法以较为稳定的遗传物质为研究对象可以较好地克服上述缺点, 从而 [11,30] 成为水母分类学研究中的有力辅助工具 本研究对泰国近海常见的钵水母和立方水母种类进行分析研究, 发现泰国沿海水母多样性较高, 涉及 3 个纲 8 科 9 种, 其中有毒立方水母 4 种, 钵水母 4 种, 水螅水母 1 种 一些水母样本的形态学和分子生物学鉴定结果出现分歧 ( 表 1), 例如 : 样品 NO 与 NO 被鉴定为同一种 ( 犔狔犮犺狀狅狉犺犻狕犪 sp.), 然而, 该样品 16S 和 18S 的基因序列具有明显区别, 可分为两种, 分别为海月水母 ( 犃狌狉犲犾犻犪 sp.) 和犆犪狋狅狊狋狔犾狌狊 sp. 立方水母纲中,NO.7 24 和 25 鉴定为犕狅狉犫犪犽犽犪犳犲狀狀犲狉犻, 但其基因序列与犕狅狉犫犪犽犽犪属的已知种犕. 狏犻狉狌犾犲狀狋犪相去

8 海洋学报 38 卷 58 图 3 基于 18S 序列的系统树 F 3 Phy l og t ct r b dot h 18SrDNA c g qu 图 4 水母 16S 序列不同分类阶元水平的遗传差异分布 F 4 Fr c fp rw dg t cd t c tt h l v l o f t r t r c dmogc l b do16srdna g qu yo p 甚远 而在 C r uk d 科中形成独立分支 同样 样品 NO 2 2和2 9的相关基因也与 犆犺 犻 狉 狅狆 狊 犲 犾 犾 犪 属中的已知

9 6 期刘瑞娟等 : 泰国近海习见有毒立方水母和钵水母的遗传分析 59 图 5 水母 18S 序列不同分类阶元水平的遗传差异分布 Fig.5 Frequencyofpairwisedgeneticdistancesatthelevelsofintra,inter speciesandamongclassesbasedon18srdna 种犆. 犫狉狅狀狕犻犲不同, 却与犆犺犻狉狅狀犲狓 spp. [18,31] 聚成一支 ; 其他基因 ( 如 COⅠ) 也不支持 NO.22 和 29 属于犆犺犻 狉狅狆狊犲犾犪属, 而应属于犆犺犻狉狅狀犲狓属中的一种 ( 刘瑞娟等, 未发表 ) 另外, 目前可利用的基因数据还不够完整, 使得相当一部分样本仅依赖于基因数据不能确定其种属分类地位 相较于形态学所描述的众多钵水母和立方水母物种, 基因数据库 ( 如 htp://ncbi.nlm.nih. gov) 中有基因数据的物种数量远少于这些, 许多种类仅有形态描述, 而没有基因数据 以刺胞动物门中最小的纲 立方水母纲为例, 目前有形态描述的有效 [32] 种约有 36 种, 而 NCBI 数据库中有基因数据的只 [32] 有约 20 种 ; 而钵水母纲, 已知有约 200 多种, 而目前最为完整的关于该纲系统发育进化关系的研究, 收录有基因数据的物种数量只占总数的 14%, 属的覆盖率也只有 21% [33] 这使得利用基因小片段, 对这些纲内的种类进行基因条形码研究十分困难 为了便于比较, 本研究下载并比对了 NCBI 基因数据库中与我们所测得的序列比较相近的基因序列, 然而仍有相当部分样本, 其基因序列与已知种的的序列差异较大, 例如 :No 和 31 的基因数据与四束水母目中的其他种属存在较大差异,16S 基因与 犆犺犻狉狅狆狊犪犾犿狌狊狇狌犪犱狉狌犿犪狀狌狊 犆犺犻狉狅狆狊犲犾犪犫狉狅狀狕犻犲 犆犺犻 狉狅狀犲狓犳犾犲犮犽犲狉犻的相似度仅为 73.9%~76.7%, 与这 3 个属间的相似度相当 (73.6%~77.7%), 其是未知属抑或是尚未进行分子生物学研究的已知种类, 还需要结合其完整的形态结构 生活史以及其他种属的标本描述, 进行系统的研究 如前所述, 不同形态的金黄水母 ( 犆犺狉狔狊犪狅狉犪 spp.) 在泰国和马来西亚沿海都有发现, 一直困扰着当地的分类学家 (Aungtonya 和 Chanachon, 泰国普吉生物研究中心 ;Maghsoudlou 和 SitiAzizah,Uni versitisainsmalaysia, 未发表数据 ) 本研究对 12 个泰国沿海的金黄水母样本进行分析研究, 发现这些样本的 18S 基因完全一致, 仅 NO.4 的 16S 基因有单碱基突变 结合 Maghsoudlou 等提供的 4 种金黄水母形态型 (Morphotype) 的 16S 序列 (JN JN184787) 进一步分析, 发现共有 4 种基因型, 相似度在 99.4%~99.8% 之间 ; 然而, 这 4 种基因型与形态型并没有呈现一一对应的关系 因此, 这些金黄水母的不同表型形态, 是否由不同的环境条件, 抑或不同生活史引起, 还值得进一步深入研究 本研究从分子生物学角度揭示了泰国沿海有毒水母的多样性, 初步描述了一些有毒立方水母和钵水母的分类地位, 这对泰国沿海有毒水母的预警和后续生态学等的研究有着重要意义 然而, 由于本研究采样范围和物种数的局限性, 未能明确这些有毒种类的分布范围, 以及是否存在种下的隐种分化等 而且,

10 60 海洋学报 38 卷 东南亚沿海地区关于水母的研究起步较晚, 分子生物学方面的研究更是比较匮乏, 加之基因数据库的不完善等, 使得一些疑难种未能完全明确其分类地位 加 强和加深与当地以及世界水母分类学家的合作, 通过传统形态学与分子系统学相结合的方法, 对钵水母和立方水母纲展开系统的研究, 有望解决上述问题 参考文献 : [1] 张芳, 孙松, 李超伦. 海洋水母类生态学研究进展 [J]. 自然科学进展,2009,19(2): ZhangFang,SunSong,LiChaolun.Researchadvancesinmarinejelyfishecology[J].ProcessinNaturalScience,2009,19(2): [2] 吴颖, 李惠玉, 李圣法, 等. 大型水母的研究现状及展望 [J]. 海洋渔业,2008,30(1): WuYing,LiHuiyu,LiShengfa,etal.Reviewonthecurrentsituationofmacro jelyfishresearchandexpectations[j].marinefisheries,2008, 30(1): [3] 于华华, 刘希光, 刘松, 等. 水母毒素的研究现状 [J]. 海洋科学,2003,27(11): YuHuahua,LiuXiguang,LiuSong,etal.Theresearchstatusofjelyfishtoxin[J].MarineSciences,2003,27(11): [4] 肖良, 张黎明. 水母毒素的研究进展 [J]. 中国海洋药物,2008,26(6): XiaoLiang,ZhangLiming.Theresearchprogressofjelyfishtoxins[J].ChineseJournalofMarineDrugs,2008,26(6): [5] SuntrarachunS,RoseliebM,WildeH,etal.AfataljelyfishencounterintheGulfofSiam[J].JournalofTravelMedicine,2001,8(3): [6] DePenderA M G,WinkelKD,LigthelmRJ.AprobablecaseofIrukandjiSyndromeinThailand[J].JournalofTravelMedicine,2006,13(4): [7] FennerPJ,LippmannJ,GershwinLA.FatalandnonfatalseverejelyfishstingsinThaiwaters[J].JournalofTravel Medicine,2010,17(2): [8] GershwinLA.Commentson 犆犺犻狉狅狆狊犪犾犿狌狊 (Cnidaria:Cubozoa:Chirodropida):apreliminaryrevisionoftheChiropsalmidae,withdescriptionsof twonewgeneraandtwonewspecies[j].zootaxa,2006,1231:1-42. [9] CorneliusPFS.European 犗犫犲犾犻犪 (Cnidaria,Hydroida):systematicsandidentification[J].JournalofNaturalHistory,1990,24(3): [10] 王仁诚. 中国近海常见水母类和虫戎类的 DNA 条形码分析及系统发生研究 [D]. 青岛 : 中国科学院海洋研究所,2010. WangRencheng.DNAbarcodingandphylogeneticofMedusaandHyperidinChineseCostalRegion[D].Qingdao:InstituteofOceanology,Chi neseacademyofsciences,2010. [11] 程方平, 王敏晓, 王彦涛, 等. 中国北方习见水母类的 DNA 条形码分析 [J]. 海洋与湖沼,2012,43(3): ChengFangping,WangMinxiao,WangYantao,etal.DNAbarcodingofcommonMedusozoainNorthernChinabasedonmtCOIsequence[J]. OceanologiaetLimnologiaSinica,2012,43(3): [12] BayhaK M.ThemolecularsystematicsandpopulationgeneticsoffourcoastalctenophoresandscyphozoanjelyfishoftheUSAtlanticandGulfof Mexico[D].Newark:TheUniversityofDelaware,2005. [13] BayhaK M,DawsonM N,ColinsAG,etal.Evolutionaryrelationshipsamongscyphozoanjelyfishfamiliesbasedoncompletetaxonsampling andphylogeneticanalysesof18sand28sribosomaldna[j].integrativeandcomparativebiology,2010,50(3): [14] TamuraK,StecherG,PetersonD,etal.MEGA6:molecularevolutionarygeneticsanalysisversion6.0[J].MolecularBiologyandEvolution, 2013,30(12): [15] TamuraK,DudleyJ,NeiM,etal.MEGA4:molecularevolutionarygeneticsanalysis(MEGA)softwareversion4.0[J].MolecularBiologyand Evolution,2007,24(8): [16] FuchsB,WangWei,GraspeuntnerS,etal.Regulationofpolyp to jelyfishtransitionin 犃狌狉犲犾犻犪犪狌狉犻狋犪 [J].CurentBiology,2014,24(3): [17] 王建艳, 甄毓, 王国善, 等. 基于 mt 16SrDNA 和 mt COI 基因的海月水母分子生物学鉴定方法和检测技术 [J]. 应用生态学报,2013,24 (3): WangJianyan,ZhenYu,WangGuoshan,etal.Molecularidentificationanddetectionofmoonjelyfish(Aureliasp.)basedonpartialsequencing ofmitochondrial16srdnaandcoi[j].chinesejournalofappliedecology,2013,24(3): BentlageB,CartwrightP,YanagiharaAA,etal.Evolutionofboxjelyfish(Cnidaria:Cubozoa),agroupofhighlytoxicinvertebrates[J].Pro ceedingsoftheroyalsocietyoflondonseriesb,2010,277(1680): [19] ColinsAG,WinkelmannS,HadrysH,etal.PhylogenyofCapitataandCorynidae(Cnidaria,Hydrozoa)inlightofmitochondrial16SrDNA data[j].zoologicascripta,2005,34(1): [20] KiJS,HwangDS,ShinK,etal.Recentmoonjely( 犃狌狉犲犾犻犪 sp.1)bloomsinkoreancoastalwaterssuggestglobalexpansion:examplesin ferredfrom mitochondrialcoiandnuclearits-5.8srdnasequences[j].icesjournalofmarinescience,2008,65(3): [21] HolstS,LaakmannS.Morphologicalandmoleculardiscriminationoftwocloselyrelatedjelyfishspecies, 犆狔犪狀犲犪犮犪狆犻犾犪狋犪 and 犆. 犾犪犿犪狉犮犽犻 (Cnidaria,Scyphozoa),fromthenortheastAtlantic[J].JournalofPlanktonResearch,2013,36(1): [22] ColinsAG.PhylogenyofMedusozoaandtheevolutionofcnidarianlifecycles[J].JournalofEvolutionaryBiology,2002,15(3): [23] EvansN M,LindnerA,RaikovaEV,etal.Phylogeneticplacementoftheenigmaticparasite, 犘狅犾狔狆狅犱犻狌犿犺狔犱狉犻犳狅狉犿犲,withinthePhylumCni daria[j].bmcevolutionarybiology,2008,8(1):139.

11 6 期刘瑞娟等 : 泰国近海习见有毒立方水母和钵水母的遗传分析 61 [24] 张 妮, 郑连明, 何劲儒, 等. 基于线粒体 COI 和 16S 片段序列的北部湾北部水螅水母 DNA 条形码分析 [J]. 生物多样性,2015,23(1): ZhangDangni,ZhengLianming,HeJinru,etal.DNAbarcodingofHydromedusaeinnorthernBeibuGulfforspeciesidentification[J].Biodiver sityscience,2015,23(1): [25] BeardCB,HammD,ColinsFH.Themitochondrialgenomeofthemosquito 犃狀狅狆犺犲犾犲狊犵犪犿犫犻犪犲 :DNAsequence,genomeorganization,and comparisonswithmitochondrialsequencesofotherinsects[j].insectmolecularbiology,1993,2(2): [26] CartwrightP,EvansN M,DunnC W,etal.PhylogeneticsofHydroidolina(Hydrozoa:Cnidaria)[J].JournaloftheMarineBiologicalAssocia tionoftheunitedkingdom2008,88(8): [27] HwangU W,Kim W.GeneralpropertiesandphylogeneticutilitiesofnuclearribosomalDNAandmitochondrialDNAcommonlyusedinmolecu larsystematics[j].thekoreanjournalofparasitology,1999,37(4): [28] 张芳. 黄东海胶质浮游动物水母类研究 [D]. 青岛 : 中国科学院海洋研究所,2008. ZhangFang.Zooplanktivorousgelatinoustaxa:medusasintheYelowSeaandEastChinaSea[D].Qingdao:InstituteofOceanology,ChineseA cademyofsciences,2008. [29] MyersAG.Medusaeoftheworld:theScyphomedusae[M].WashingtonDC:CarnegieInst.,1910. [30] OrtmanBD,BucklinA,PagèsF,etal.DNAbarcodingthemedusozoausingmtCOI[J].Deep SeaResearchⅡ:TopicalStudiesinOceanogra phy,2010,57(24/26): [31] LewisC,BentlageB.ClarifyingtheidentityoftheJapaneseHabu kurage, 犆犺犻狉狅狀犲狓狔犪犿犪犵狌犮犺犻,sp.nov.(Cnidaria:Cubozoa:Chirodropida) [J].Zootaxa,2009,2030: [32] DalyM,BruglerM R,CartwrightP,etal.ThephylumCnidaria:areviewofphylogeneticpaternsanddiversity300yearsafterLinnaeus[J]. Zootaxa,2007,1668: [33] DawsonM N.Someimplicationsofmolecularphylogeneticsforunderstandingbiodiversityinjelyfishes,withemphasisonScyphozoa[J].Hydro biologia,2004,530(1): 犌犲狀犲狋犻犮犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳犮狅犿犿狅狀狏犲狀狅犿狅狌狊犆狌犫狅狕狅犪犪狀犱犛犮狔狆犺狅狕狅犪犻狀犜犺犪犻犾犪狀犱狑犪狋犲狉狊 LiuRuijuan 1,2,XiaoJie 1,2,ZhangXuelei 1,2,CharatseeAungtonya 3 (1. 犜犺犲犉犻狉狊狋犐狀狊狋犻狋狌狋犲狅犳犗犮犲犪狀狅犵狉犪狆犺狔, 犛狋犪狋犲犗犮犲犪狀犻犮犃犱犿犻狀犻狊狋狉犪狋犻狅狀, 犙犻狀犵犱犪狅 , 犆犺犻狀犪 ;2. 犓犲狔犔犪犫狅狉犪狋狅狉狔狅犳犛犮犻犲狀犮犲犪狀犱犈狀犵犻狀犲狉犻狀犵犳狅狉犕犪狉犻狀犲犈犮狅犾狅犵狔犪狀犱犈狀狏犻狉狅狀犿犲狀狋, 犛狋犪狋犲犗犮犲犪狀犻犮犃犱犿犻狀犻狊狋狉犪狋犻狅狀, 犙犻狀犵犱犪狅 , 犆犺犻狀犪 ;3. 犘犺狌犽犲狋犕犪狉犻狀犲犅犻狅 犾狅犵犻犮犪犾犆犲狀狋犲狉, 犘犺狌犽犲狋 83000, 犜犺犪犻犾犪狀犱 ) 犃犫狊狋狉犪犮狋 :ThegeneticdiversityofcommonvenomousCubozoaandScyphozoajelyfishinthecoastalwatersofThai landwasinvestigatedusingthenuclear18sandmitochondrial16srdnagenes.itwasalsocomparedabouttheca pabilityofthesetwomolecularmarkerstodiscriminatethosecommonjelyfishspecies.therewere9geneticaly distinctivespeciesamongthe32samplescolectedfrom Thaiwaters,including4Cubozoaspecies,4Scyphozoans and1hydrozoan.however,itneedsfurtherinformationonthemorphologyandlifecycletodeterminethetrue taxonomicstatusofmostspeciesinthisresearch.thek2p (Kimura2 parameter)geneticdistancewasevaluated withinandamongthespeciesbasedonthesequencesofthesetwogenes.theresultsshowedmuchhighergenetic divergencebasedon16sgene( and forintra andinter speciesgeneticdistances,respec tively)comparedwiththoseusing18sgene( and forintra andinter speciesgeneticdis tances,respectively).atthesametime,theaandtnucleotidecompositionof16sgenewasobviouslyhigher than18sgene.andsignificantvariationofnucleotidecompositionwasdetectedbetweentwojelyfishclassesusing 16Sgene,butnot18Sgene.Theseresultsfurtherindicatedtherelativelyhighermutationrateof16Sgene,which couldbeappliedforthegeneticdiversitystudiesamongjelyfishspecieswithclosegeneticrelationshipandthein tra speciesgeneticpopulationstudies. 犓犲狔狑狅狉犱狊 :Scyphozoa;Cubozoa;geneticdiversity;ribosomalRNAgene(rDNA);Thailand

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