TITLE OF PRESENTATION Reaxys 结构面板详解 Presented By Date
TITLE OF PRESENTATION 2 提纲 Reaxys 结构检索模式介绍 Reaxys 结构面板详解 面板中简单功能介绍 Part A, 选择, 橡皮, 键, 链工具 Part B, 常见原子, 元素周期表中功能 Part C, 重复基团,R 基团, 原子匹配 Part D, 常见环, 官能团, Generic Group Part E, 通用官能团, 原子属性定义 Part F, 右键的应用
TITLE OF PRESENTATION 3 Reaxys 结构检索模式介绍 As Draw 检索到的结构完全和所绘制结构一样 As Substructure 对结构中没有绘制出来或者延展出来的 H 进行任意取代, 但是核心结构必须和所绘制的一样 思考 : 用两种方式检索上述结构, 可以获得的结果有? 1 2 3 4
TITLE OF PRESENTATION 4 提纲 Reaxys 结构检索模式介绍 Reaxys 结构面板详解 面板中简单功能介绍 Part A, 选择, 橡皮, 键, 链工具 Part B, 常见原子, 元素周期表中功能 Part C, 重复基团,R 基团, 原子匹配 Part D, 常见环, 官能团, Generic Group Part E, 通用官能团, 原子属性定义 Part F, 右键的应用
TITLE OF PRESENTATION 5 面板中简单功能介绍 Tips 1. 打开, 保存结构 2. 复制, 剪切, 黏贴结构 3. 放大, 缩小结构 4. Chemdraw 中, 复制结构的方式 Ctrl+Alt+C 通过化学品名转化结构
TITLE OF PRESENTATION 6 Reaxys 的结构面板概览 Part A: 选择, 橡皮, 键, 链, 电子 Part B: 常见原子, 元素周期表定义 Part C: 重复基团定义,R 基团自定义, 反应定义, 原子匹配 Part E: 通用官能团, 原子属性定义 Part D: 常见的环, 官能团,Reaxys 的 Generic Group 定义
TITLE OF PRESENTATION 7 Part A: 选择, 橡皮, 键, 链, 电子 方型是矩形选择, 圆形是自由选择工具 铅笔单键双键三键 芳香键 单键上 单键下 单键上 或下 双键顺或反 顺反或未定义 单键或双键 单键或芳香键 双键或芳香键 不确定键 配位键 不定位取代
TITLE OF PRESENTATION 8 不定位取代键的使用 不定位取代键 : 在选定的原子上进行基团的链接 可以使用在链上, 也可以使用在环上 3 2 1 绘制要求 : 希望 1,2,3C 上存在一个 NH2 绘制步骤 : 1. 用选择工具选择 1,2,3 号 C 原子, 2. 添加不定位取代, 系统默认添加 CH3 3. 将 CH3 换成 NH2
TITLE OF PRESENTATION 9 Part B: 常见原子, 元素周期表定义 1. Atom List: 绘制允许取代的原子列表 2. Not List: 绘制不允许发生取代的原子列表
TITLE OF PRESENTATION 10 Atom List/Not List 画法 Atom List/Not List 的应用 Atom List: 定义允许取代的原子 Not List: 定义不允许发生取代的原子
TITLE OF PRESENTATION 11 Not List/Atom List 定义 Tips Atom List 和 Not List 定义的是原子列表 使用 As Draw, 只接 1 个原子, 且该原子会处于 Block 状态 使用 As Substructure, 相当于基团的允许 / 不允许, 该原子默认开放 Not List 默认表示该位点是有取代的 Not List 默认表示该位点是有取代的, 即 Not Cl 和 Not Cl H 等效
TITLE OF PRESENTATION 12 随堂小练习 3 A 1 2 思考 : 分别用 As Draw 和 As Substructure 检索结构 A, 哪些结构可以被检索出来 4 5 6
TITLE OF PRESENTATION 13 Part C: 重复基团,R 基团定义工具, 原子匹配工具 重复基团定义工具, 允许用在环和链上 R 基团定义工具 R 基团末端定义工具, 和 R 基团定义工具一起用 反应箭头, 原子匹配工具
TITLE OF PRESENTATION 14 重复基团定义工具的使用 1. 使用重复基团工具 2. 选择需要重复的结构 3. 输入范围, 确定 4. 重复的阈值, 可以写 成 :2,4-6
TITLE OF PRESENTATION 15 R 基团定义及 R 基团末端定义工具 R 基团定义和 R 基团末端定义是一组功能 定义要求 : 1. 定义一个结构 A 2. R1 分别是下面的这些结构, 结构中绿色原子与 A 结构相连接 A
TITLE OF PRESENTATION 16 绘制方法 定义步骤 : 使用 R 基团末端定义工具定义绿色原子 使用 R 基团定义工具, 选择全部片段, 即可完成 R1 的定义
TITLE OF PRESENTATION 17 R 基团定义的延展 如下结构 R1 可以出现在 4 个不同的位点, 但是, 需要 R1 基团只能出现 1-3 次 1. 当 R 基团有多个位点, 且 R 的个数可变的时候, 需要用 R-Logic 定义 R 的阈值 2. 右键 R, 打开 R-Logic 3. 输入 R 的阈值 右键点击 R1
TITLE OF PRESENTATION 18 R 基团定义和不定位与 R 联用时 1. 当不定位工具和 R 基团联用时, 默认是 R 接在所有原子上, 即左图是必须接有 4 个 R 2. 需要用到 R-Logic 去定义 R 的个数
TITLE OF PRESENTATION 19 反应原子标记工具 1. 定义反应前后必须匹配的原子 2. 建议将官能团展开后进行匹配
TITLE OF PRESENTATION 20 Part D: 常见环, 官能团,Reaxys 的 Generic Group 定义 1. Abbreviated Group: 提供一些缩写的基团, 直接键盘输入即可 2. Reaxys Generic Group: 提供一些通用官能团
TITLE OF PRESENTATION 21 Generic Group 定义 链的定义 ACY: 任意的链 ABC: 任意 C 链 ( 只含 C 原子 ) AYL: 含有炔基取代的链 ALK: 含有烷基取代的链 ( 饱和链 ) AEL: 含有烯基取代的链 AHC: AOX: 含有杂原子的链烷氧基 其他带 H 的分别是, 前面对应基团或 H
TITLE OF PRESENTATION 22 Generic Group 定义 环的定义 CYC: 任意的环 CBC: 任意 C 环 ( 只含 C 原子 ) ARY: 芳香基 ( 只含 C 原子 ) CAL: 环烷基 ( 饱和 C 环 ) CEL: 环烯基 ( 不饱和 C 环 ) CHC: HAR: CXX: 任意杂环含杂原子的芳香环不含 C 原子的环 其他带 H 的分别是, 前面对应基团或 H
TITLE OF PRESENTATION 23 Generic Group 定义 G/G* 1. G 代表的是任意基团,GH 表示的是任意基团或 H 2. G* 和 G 的区别是,G* 所连接的基团允许和母体成环,G 不允许成环 1 2 思考 : As Substructure 检索这个结构, 哪些结构可以被检索出来, 如果不是 G*, 而是 G 呢? 3 4
TITLE OF PRESENTATION 24 Part E: 通用官能团, 原子属性定义 A: 任意非 H 原子 Q: 任意非 C,H 原子 M: 任意金属 X: 卤素 AH: 任意原子 ( 含 H) QH: 任意非 C 原子 ( 含 H) MH: 任意金属和 H XH: 任意卤素和 H Query prop: 原子属性列表
TITLE OF PRESENTATION 25 Atom Properties 全图 1. 有颜色标记的键目前 RX 中不起任何作用 2. h+/h-: 定义确定 H 的个数 3. v+/v-: 定义原子价位 4. rb+/rb-: 定义原子上环键个数 5. s+/s-: 定义原子上取代基个数 6. u: 定义原子取代基类型 7. rb*: 封环 8. s*: 封原子 所有功能使用时, 需要配合 As Draw,As Substructure
TITLE OF PRESENTATION 26 h+/h- 功能 定义 : 确定的 H 的取代个数 亚结构检索下面的结构 1. 一定要亚结构才有效用 2. 标记 h2 的 C, 通过亚结构检索后的结果中, 该 C 上一定存在 2 个 H,
TITLE OF PRESENTATION 27 v+/v- 功能 定义 : 键的个数, 通常来说指的是原子效价 亚结构检索带有 S,N 的物质中会经常遇到, 如 1. 一定在亚结构检索有效 2. 不使用 v+/v-, 可以拿到上述结构中 S 的 所有效价的化合物, 如右图 3. 如果标记 V
TITLE OF PRESENTATION 28 v+/v- 功能 --- 续 1. S 标记 V4 后, 2. 检索出来的结果,S 都是 4 价的, 如亚砜 3. 同样如果标记 V6,S 都是 6 价的, 会出现砜的结构
TITLE OF PRESENTATION 29 rb+/rb- 功能 定义 : 原子上存在的, 确定的, 环键的个数 最主要的作用是控制原子是否在环上面 1. 一定要在亚结构中才有效用 2. 如上图, 如果不用任何标记, 亚结构检索可以获得右图, 末端 C 可以在链中, 也可以在环中 3. 如果添加 rb+/rb-
TITLE OF PRESENTATION 30 rb+/rb- 功能 续 1. 末端 C 原子定义上 rb 后, 末端 C 都是在 C 上的, 如右图 2. 一般来说,r0,r2,r3 表示确切的个数,r4 表示 4 跟环键或 者更多环键
TITLE OF PRESENTATION 31 rb* 功能 定义, 在环上的原子, 定义 rb* 后, 在进行亚结构检索时, 只能是链取代, 不能在发生环融合 1. 只能使用在环原子上, 亚结构检索有效, 使用在链原子上无效 2. 如对上述结构进行亚结构检索, 可以检索到右侧结构 3. 如果添加 rb*
TITLE OF PRESENTATION 32 rb* 功能 续 所有在标记位点上在融合成环结构全部去掉
TITLE OF PRESENTATION 33 S+/S- 功能 定义 : 原子上最大取代基个数,S0-S5, 最大取代基个数, S6, 开放所有取代 1. As Draw 中有效, 亚结构无效 2. 这是用 As Draw 做的检索, 可以看到标记 S2 的原子在进行检索时都最多存在 2 个取代基 ( 苯并吡啶算一个 )
TITLE OF PRESENTATION 34 S* 功能 定义 : 在进行亚结构检索的时候, 被标记的原子处于封闭状态 1. 亚结构中有效 2. 这是用 Substructure 做的检索, 可以看到标记的 4 个 C 原子在进行检索时都没有取代发生
TITLE OF PRESENTATION 35 U 功能 定义 : 在检索时, 被标记的原子一定会存在双键, 三键或者在芳环中 1. 亚结构中有效 2. 亚结构检索上述物质, 可以发现 C 原子上可以接的键所 有可能性都存在, 饱和, 不饱和 3. 使用 U 定义苯并吡啶的 CH3
TITLE OF PRESENTATION 36 U 功能 续 1. 标记上 U 后, 这个 CH3 上的取代,C 上必须存在不饱和键
TITLE OF PRESENTATION 37 Part F: 右键的使用 原子右键的重要功能 原子右键的使用, 定义同位素
TITLE OF PRESENTATION 38 Part F: 右键的使用 化学键右键的重要功能 化学键右键的使用, 定义反应中心 1. 对于这个化合物的合成, 可以将结构拆成 2 个部分, 理论上可以从红色和绿色两个部分进行拆分 2. 如果一定要是从红色部分拆分, 如何定义
TITLE OF PRESENTATION 39 反应中心的定义 Center: Make or Break: Change: Make and Change: Not Center: 反应中心生成或断裂变化生成和变化不是反应中心
TITLE OF PRESENTATION 40 Part F: 右键的使用 化学键右键的重要功能 化学键右键的使用, 键的拓扑 2 1 3 4 A 思考 : 1. 使用 As Substructure 检索吡啶氯可以获得右侧所有结构 2. 但是如何实现,3,4 位点上不发生稠环的检索, 即 A 结构不允许检索到, 但其他 3 个结构可以
TITLE OF PRESENTATION 41 键的属性定义 1. 用 AH 定义吡啶上的可能的取代原子 2. 右键绿色的键, 3. 利用 Topology 功能定义这根键在环上, 还是在 链上
TITLE OF PRESENTATION Thank you! 刘佳 Elsevier 生命科学解决方案经理 M: 86-133 0107 0662 e.liu.1@elsevier.com