Multiple gene mutations identified in patients infected with influenza A (H7N9) virus 1 Cuicui Chen*, 2 Mingbang Wang*, 3 Zhaoqin Zhu*, 4 Jieming Qu*,

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1 Multiple gene mutations identified in patients infected with influenza (HN9) virus uicui hen*, 2 Mingbang Wang*, 3 Zhaoqin Zhu*, Jieming Qu*, Xiangda Lao*, 5 Eric Seeley*, 3 Xiuhong Xi*, Xinjun ang*, 3 ao Li, Xiaomei Fan, hunling Du, Qin Wang, 2 Lin Yang, 3 Yunwen Hu, hunxue Bai, Zhiyong Zhang, 3 Shuihua Lu #,,3, Yuanlin Song #, 2 Wenhao Zhou # Department of Pulmonary Medicine, Zhongshan Hospital, Fudan University; 2 Key Laboratory of Birth Defects, hildren's Hospital of Fudan University, Shanghai, hina; Division of Neonatology, hildren's Hospital of Fudan University, hina; 3 Department of uberculosis, Shanghai Public Health lial enter,fudan University; Department of Pulmonary Medicine, Shanghai Jiaoong University School of Medicine; 5 Division of Pulmonary and ritical are Medicine, University of alifornia, San Francisco; BItech, BIShenzhen, Shenzhen, hina. Department of Pulmonary Medicine, Qingpu entral Hospital, Fudan University. *hose authors contributed equally to this work. # correspondence to: Shuihua Lu, M.D. Department of uberculosis; Shanghai Public Health lial enter lushuihua@2.com Yuanlin Song, M.D. Department of Pulmonary Medicine, Zhongshan Hospital, Fudan University 80 Fenglin Road, Shanghai, , PRhina el: ylsong0@3.com Wenhao Zhou, M.D., Ph.D. Key Laboratory of Birth Defects, hildren's Hospital of Fudan University, Shanghai, hina; Division of Neonatology, hildren's Hospital of Fudan University, hina zwhchfu@2.com

2 able S. he 89 s and their mutation rate in various groups. Fisher ene hr Pos Ref lt Fun Exo Func 000 enome Inhouse dbsnp P P2 P3 P P5 P P P8 case Ref case lt con Ref con lt Exact est Pvalue P , LEP rs8 050 het:, DNM rs 50 9, ILB rs3 3 0, LR rs , ES rs , ILB rs ,

3 ZNF3 5 0 ES HL DQB HL DQB HL DQ PPR 3 HL DQB HL DQ rs89 het: , rs5 het: , 928 rs , 802 rs , 802 rs , rs ,22 rs , 5 rs , 9 HL rs

4 DQB 2 HL DQB HL DQB LEPR HL DQB HL DQB HL DQB ES B B , 02 rs ,0 02 rs , 3 rs ,29 rs ,2 532 rs ,8 2 rs , 09 rs , rs2032 het: , 5825

5 HL DQB rs , RP rs800 9,5 het:, P rs99 822, 9, HL DQB rs , HL DQ rs , IL rs5 0,2 het:,2 0, HL DQB rs , MX rs9 0 9, ES rs ,

6 HL DQB MBL2 0 P2 HL DQB HL DQ HL DQB HL DQB HL DQB rs ,2 2 rs rs rs 288 rs29 3 rs09 08 rs30 38 rs ,8,3,23 het: het: 8,20 9,22 0,5 0, 0, ,2, , , IFI rs55 het:

7 M3 9 HL DQ HL DQB HL DQ HL DQ HL DQ HL DQ PPR 3 IFI M , 55 rs ,3 8 rs , 8 rs ,3 53 rs ,32 53 rs , rs , rs rs ,3 5,33 3,22 39 het: ,9 0, 0,99,0 5,5 90

8 HL DRB rs , MX rs ,83,80 0,8 3, LR rs ,8 2,20 0,3, 0,50, HL DQB rs , 0, HL DQB rs , 0, HR L rs92 0,, LR rs ,33,28 3, DNM rs ,3 3,30 2,53 het: 5, HL DQ rs920 0, 0,

9 KLR 2 2 LR2 MX 2 LR2 B B FR 2 KLR 2 2 NOS rs 5 rs rs93 90 rs rs rs80 2 rs rs25 5 0,2 0,209 9,8 0,93 3,32 0,9 het: 8, het: 5,3 0,3 0,2 0,25,9 het:,5 het: het:,0, 9, , , , 0,2 2, 5, ,28 3,23 9, , het: , ,2,33 2,20, B rs2032 het: het: het:

10 B 08 MX 2 IFN R 2 DNM 9 RPI N LEPR DNM 9 MBL2 0 B B ,,5 8,0 3,2 5,39 5, 5592 rs050 het:8 het: het: het: ,85,, 8,5 82 rs225 het: ,80 9,5,5, rs rs2 rs rs2228 rs rs05 2 het: ,2 8,2 0,22 2,20,3 0,2 0,2 0,2 het: 3,0 0,3 0,20 het: het: 0,0 2,3 3,38 0,05 0,0,38 8,2 0,0 8,30 2,3 0,58 0,2 het: het: 0,85 0,88, 0,5 5,55 0,0 het: het: 8,3 5,39 9,39 8,52,30 0,25 0,22 0,2 0,9 het: 2, , , , 2 33 het: , ,3 832

11 P rs ,38 0,35,22 0,2 het:,2 0,39 0,9 0, NOS rs ,8 0,0 0, 0, LEPR rs3 0 0,53 0, 5,25 0,0 0,2 5,2 0,50 0, DNM rs2 8 0,39 0,32 0,38 0,32 0,3 0,23 0, 0, LEPR rs3 00 0,3 0,5 het: 8,3 het: 2,29 0,82 het: 3,35 0,, IL0R B rs283 0,3 0,59 3,8,20 het: 9,2 0, 0,8 0, ZNF rs , het: 9,5 het:8 8,5,0 0,9 0,98 0, NOS rs ,52 0,9 het:,3 0,3 0,5 0,32 0, 0, ZNF rs0 5 0,59 0,0 0,58 0, 0,5 0,8 0,5,

12 DNM het: 8, DNM rs03 80 het: 5, PPR , ES het:9, LR ,

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