应用与环境生物学报 2011,17 ( 1 ): 012~017 Chin J Appl Environ Biol=ISSN X DOI: /SP.J 籽粒苋苹果酸酶 (NAD-ME) 基因密码子偏好性分析 * 李平

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麻喻
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1 应用与环境生物学报 2011,17 ( 1 ): 012~017 Chin J Appl Environ Biol=ISSN X DOI: /SP.J 籽粒苋苹果酸酶 (NAD-ME) 基因密码子偏好性分析 * 李平 1 白云凤 2** 冯瑞云 2 王原媛 3 张维锋 2 ( 1 山西大学生物工程学院太原 ) ( 2 山西省农业科学院作物遗传研究所太原 ) ( 3 山西农业大学研究生院太谷 ) 摘要遗传密码子是生命信息的基本遗传单位, 每种氨基酸对应 1~6 个同义密码子. 特定物种在长期进化中形成了适应自身基因组环境的密码子使用偏性. 运用 CHIPS CUSP 和 CodonW 程序分析自主克隆的籽粒苋 NAD-ME 基因的密码子偏好性, 并与马铃薯等 7 种植物的 ME 基因密码子偏好性进行比较, 以期为该基因在作物遗传改良中选择合适的受体植物提供依据. 结果表明, 籽粒苋 NAD-ME 基因偏好于以 A 或 T 结尾的密码子, 其它几种被比较作物的 ME 基因也有同样的趋势, 但双子叶植物的偏好性更强. 基于 NAD-ME 基因的密码子使用偏性的系统聚类分析表明, 籽粒苋与马铃薯拟南芥葡萄蓖麻毛果杨等双子叶植物聚为 1 类, 玉米和高粱这 2 个单子叶植物聚为 1 类, 预示籽粒苋 NAD-ME 基因更适合导入马铃薯等双子叶植物. 对籽粒苋 NAD-ME 基因的密码子偏好性与大肠杆菌和酵母的基因组密码子偏好性进行比较, 发现均存在差异, 与大肠杆菌的差异高于酵母, 表明酵母表达系统要优于大肠杆菌表达系统. 若要进一步提高籽粒苋 NAD-ME 基因在大肠杆菌或酵母中的表达水平, 尚需对其密码子进行优化. 图 1 表 6 参 13 关键词籽粒苋 ; 苹果酸酶基因 ; 密码子偏好性 ; 聚类分析 ; 基因表达 CLC S503 : Q786 Analysis of Codon Bias of NAD-ME Gene in Amaranthus hypochondriacus * Li Ping 1, BAI Yunfeng 2**, FENG Ruiyun 2,WANG Yuanyuan 3 & ZHANG Weifeng 2 ( 1 College of Biological Engineering, Shanxi University, Taiyuan , China) ( 2 Crop Genetics Research Institute, Shanxi Academy of Agricultural Sciences, Taiyuan , China) ( 3 Graduate School of Shanxi Agricultural University, Taigu , Shanxi, China) Abstract Due to the degeneracy of genetic codon, most amino acids are coded by more than one codon (synonymous codons). Nucleotide coding sequences of many organisms exhibit significant codon bias, that is, unequal usage of synonymous codons. In this paper, coding sequence of NAD-dependent malic enzyme (NAD-ME) gene of Amaranthus hypochondriacus was analyzed by Codon W, CHIPS (Condon heterozygosity in a protein coding sequence) and CUSP (Create a codon usage table) programs for identifying codon bias and selecting appropriate expression systems. The results showed that NAD-ME gene of A. hypochondriacus was bias toward the synonymous codons with A and T at the third codon position. The phylogenic analysis suggested that NAD-ME gene of A. hypochondriacus was evolutionarily closer to dicotyledons (Arabidopsis thaliana, Solanum, tuberosum, Vitis vinifera, Ricinus communis and Populus trichocarpa) than to monocotyledons (Zea mays and Sorghum bicolor). There are 24 codons showing distinct usage differences between NAD-ME gene of A. hypochondriacus and genome of Escherichia coli, 17 between NAD-ME gene of A. hypochondriacus and genome of yeast. Therefore, the yeast expression system may be more suitable for the expression of NAD-ME gene of A. hypochondriacus. Fig 1, Tab 6, Ref 13 Keywords Amaranthus hypochondriacus; NAD-dependent malic enzyme; codon bias; cluster analysis; gene expression CLC S503 : Q786 NAD(P)- 苹果酸酶 [NAD(P)-ME] 催化苹果酸氧化脱羧, 产生丙酮酸和 CO 2, 以及伴随 NAD(P) 的还原反应, 广泛存在于细菌真菌以及植物和动物中. 在 C 4 植物中,NAD(P)-ME 参与 C 4 光合途径, 其催化脱羧反应生成的 CO 2 被 Rubisco 酶重新固定而进入 Calvin 循环. 克隆 C 4 植物的 NAD(NADP)-ME 基因, 将其转移到 C 3 作物中, 以提高 C 3 作物的光合效率, 可能成为 C 3 作物高产育种的一个突破口. 籽粒苋 (Amaranthus 收稿日期 : 接受日期 : * 国家自然科学基金项目 (No ) 山西省科技攻关项目 (No ) 和山西省回国留学人员基金项目 (No ) 资助 Supported by the National Natural Science Foundation of China (No ), the Key Sci-tech Project of Shanxi, China (No ) and the Project for Returned Overseas Students of Shanxi, China (No ) ** 通讯作者 Corresponding author ( byfok@126.com) hypochondriacus) 属双子叶 C 4 植物, 其光合效率高,CO 2 固定能力强, 耐逆性好 [1], 是一种高产优质的粮饲兼用型作物, 一直以来受到世界各国的重视. 克隆籽粒苋 NAD-ME 基因, 探明该基因的特征特性, 对植物高光效育种具有一定意义. 核酸是蛋白质合成的模板, 编码天然蛋白质 20 种氨基酸的密码子共 61 种, 每种氨基酸可由 1 个至多个密码子 ( 最多的有 6 个 ) 编码, 这些密码子称为同义密码子. 在已经研究过的所有物种中, 基因对同义密码子的使用不是随机的, 而是优先使用其中的一些密码子, 即存在密码子使用偏好. 在同一物种中, 不同基因的密码子偏好也不同, 与基因组的碱基组成蛋白质二级结构基因表达水平等有关 [2~4]. 分析密码子的偏好性对于外源基因选择合适的宿主表达系统, 进行基因体外表达具有重要意义. 如果外源基因含有大量宿主表达

2 1 期李平等 : 籽粒苋苹果酸酶 (NAD-ME) 基因密码子偏好性分析 13 系统的稀有密码子, 尤其是这些稀有密码子呈连续分布时, 就会造成表达量降低或翻译提前终止, 阻碍基因工程和酶工程的发展 [5~6]. 通过密码子偏好性分析, 可选择合适的表达系统或通过改造密码子来提高外源基因的表达. 本研究利用 RT-PCR 技术克隆了籽粒苋 NAD-ME 基因的 cdna 序列 [7], 通过 EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite) 和 CodonW 在线程序, 分析了该基因的密码子偏好性, 并与马铃薯等 7 种植物的 ME 基因密码子偏好性进行比较, 以期为该基因在作物遗传改良中选择合适的受体植物提供依据. 进而将籽粒苋 NAD-ME 基因的密码子偏好性与大肠杆菌及酵母的基因组密码子偏好性进行比较, 以期为选择合适的原核或真核表达系统提供参考, 为进一步研究 NAD-ME 蛋白质的结构和功能奠定基础. 1 材料与方法 1.1 序列来源和分析软件克隆的籽粒苋 NAD-ME 基因的 cdna 序列全长 bp, 编码 623 个氨基酸 [7]. 拟南芥马铃薯葡萄玉米和高粱等植物的 NAD(P)-ME 基因的序列来源于 GenBank, 序列登录号见表 1. 本文所采用的大肠埃希菌酵母基因组的密码子偏好性数据来源于 Codon Usage Database( or.jp/codon). 密码子使用频率分别采用 EMBOSS 在线程序 ( 中的 CHIPS(Codon heterozygosity in a protein coding sequence) 和 CUSP(Create a codon usage table) 以及 CodonW 在线程序 ( pasteur.fr/data/jobs/codonw) 进行分析. 对基因密码子使用偏好性的聚类采用 SPSS 11.5 系统多元分析软件. 1.2 方法运用软件 CHIPS 对籽粒苋 NAD-ME 基因进行有效密码子数 (Enc) 统计, 然后运用 CodonW 和 CUSP 计算 CDS 区的 GC 含量密码子中第 3 位碱基的 GC 含量 (GC3s) 相对同义密码子使用度 (Relatively synonymous codon usage,rscu) 和密码子使用频率, 利用 SPSS 11.5 对 8 条 ME 基因基于密码子使用偏好性进行聚类. 表 1 ME 基因的完整编码区序列来源 Table 1 Sources of coding sequences of ME genes 序列登录号 Accession number 物种 Species ay 拟南芥 Arabidopsis thaliana z 马铃薯 Solanum tuberosum xm_ 葡萄 Vitis vinifera xm_ 蓖麻 Ricinus communis xm_ 毛果杨 Populus trichocarpa bt 玉米 Zea mays xm_ 高粱 Sorghum bicolor 2 结果与分析 2.1 有效密码子数 (ENc) 和 GC 含量分析 ENc 值 (Effective number of codons) 为基因的密码子偏好性程度提供了一个客观的评判标准, 代表着特定基因中同义密码子非均衡使用的偏好程度. 该值的范围在 20( 每个氨基酸只使用一个密码子的极端情况 ) 到 61( 各个密码子均被平均使用 ) 之间, 越靠近 20 偏好性越强. GC3s 则表示密码子的第 3 位碱基中 G+C 的含量在第 3 位碱基总量中所占的比率. 本研究应用 CHIPS 和 CodonW 在线程序计算籽粒苋 NAD- ME 基因的 ENc 值 GC 含量和 GC3s 值分别为和 0.338, 可见 ENc 值偏大, 表明籽粒苋 NAD-ME 基因各密码子在编码氨基酸时出现的频率比较一致 ; 籽粒苋 NAD-ME 基因编码区 GC 含量较低, 而 GC3s 值则更低, 表明籽粒苋偏好使表 2 CUSP 和 CodonW 程序分析籽粒苋 NAD-ME 基因的密码子偏好性 Table 2 Condon bias of NAD-ME gene analyzed by CUSP and CodonW program 密码子 Codon 氨基酸 Amino acid 比例 Fraction 频率 (f/ ) Frequency 个数 Number 相对密码子使用度 RSCU GCA A (Ala) GCC A GCG A GCT A TGC C (Cys) TGT C GAC D (Asp) GAT D GAA E (Glu) GAG E TTC F (Phe) TTT F GGA G (Gly) GGC G GGG G GGT G CAC H (His) CAT H ATA I (Ile) ATC I ATT I AAA K (Lys) AAG K CTA L (Leu) CTC L CTG L CTT L TTA L TTG L ATG M (Met) AAC N (Asn) AAT N CCA P(Pro) CCC P CCG P CCT P CAA Q (Gln) CAG Q AGA R (Arg) AGG R CGA R CGC R CGG R CGT R AGC S (Ser) AGT S TCA S TCC S TCG S TCT S ACA T (Thr) ACC T ACG T ACT T GTA V (Val) GTC V GTG V GTT V TGG W (Trp) TAC Y (Tyr) TAT Y TAA * * TAG * * TGA * * 大于 1 的 RSCU 值用下划线表示 The data with underline mean that the value The data with underline mean that the value of RSCU > 1

3 14 应用与环境生物学报 Chin J Appl Environ Biol 17 卷用以 A T 结尾的密码子, 且在整个编码区序列中 A+T 含量大于 G+C. 2.2 密码子偏好性分析相对同义密码子使用度 (RSCU) 是指对于某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子中的相对概率. RSCU 值与氨基酸的使用及密码子的丰度无关, 它能直观地反映出密码子使用的偏好性程度 [8]. 如果密码子的使用没有偏好, 则该密码子的 RSCU 值等于 1. 当某一密码子的 RSCU 值大于 l, 则表明该密码子的使用频率相对较高, 反之亦然. Fraction 表示各个密码子在编码该氨基酸的密码子中所占的比例 ( 各个比例相加总和 =1). Frequency 代表该密码子在编码基因总密码子中出现的频率, 即在个密码子中出现的次数. CUSP 和 CodonW 在线程序计算结果 ( 表 2) 表明, 在籽粒苋 NAD-ME 基因的密码子中,26 个密码子的 RSCU 值大于 l, 其中,GCA GCT GAT GAA TTT GGA CAT ATT CTT TTA AAT CCA CCT CAA AGA CGT AGT TCA ACA ACT GTT TAT 共 22 个密码子是以 A 或 T 碱基结尾的, 且 Fraction 值也较大, 为籽粒苋 NAD-ME 基因的偏好密码子. 大多数 C 或 G 碱基结尾的密码子的 RSCU 值和 Fraction 值均较低, 表明这些密码子在该基因中的使用频率较低 ; 其终止密码子使用了 TGA. 2.3 与其它植物 NAD(P)-ME 基因密码子偏好性的比较 ENc RSCU 及 GC 含量分析各物种 NAD(P)-ME 基因的 ENc 值 GC 和 GC3s 含量计算结果见表 3. 结果显示, 拟南芥马铃薯葡萄蓖麻和毛果杨在密码子使用上与籽粒苋相似, 其 ENc 值均小于 55; 而单子叶植物玉米高粱的 ENc 值分别为和 , 大于 55. 一般来说,ENc 值越小表明该基因的表达水平越高,ENc 值小于 30 和大于 55 的基因可被预测为高表达和低表达基因 [8]. 从数据看, 籽粒苋拟南芥马铃薯葡萄蓖麻和毛果杨等 6 个双子叶植物的 NAD(P)-ME 基因表达水平一般, 玉米高粱这 2 个单子叶植物表达水平偏低. 8 种植物 NAD(P)-ME 基因的 GC 含量和 GC3s 均低于 0.5, 预示不论是单子叶植物或双子叶植物的 NAD(P)-ME 基因均对 AT 有一定的偏好性, 但籽粒苋等 6 种双子叶植物的 GC 和 GC3s 含量明显低于玉米和高粱这 2 个单子叶植物, 表明双子叶植物比单子叶植物对 A 或 T 的偏好性更强. 表 3 8 个物种 NAD(P)-ME 的 ENC GC 和 GC3s Table 3 The ENc values and contents of GC and GC3s for NAD(P)-ME in eight species 物种 Species ENc GC GC3s 籽粒苋 A. hypochondriacus 拟南芥 A. thaliana 马铃薯 S. tuberosum 葡萄 V. vinifera 蓖麻 R. communis 毛果杨 P. trichocarpa 玉米 Z. mays 高粱 S. bicolor 为了解这几个物种 NAD(P)-ME 基因密码子使用的具体情况, 表 4 列出了 59 个密码子 [ 去除编码蛋氨酸 (M) 的起始密码子 ATG 编码色氨酸 (W) 的密码子 TGG 以及 3 个终止密码子 ] 的相对使用度. 从表 4 可知, 几个物种中, 不论单子叶植物还是双子叶植物, 与籽粒苋 NAD-ME 基因都存在类似的密码子使用情况 : 双子叶植物拟南芥有 25 个 RSCU 值均大于 l 的密码子, 马铃薯有 27 个, 葡萄有 22 个, 蓖麻有 27 个, 毛果杨有 24 个, 其中以 A 或 T 碱基结尾 RSCU 值大于 1 的密码子, 拟南芥有 20 个, 马铃薯有 21 个, 葡萄有 20 个, 蓖麻有 23 个, 毛果杨有 18 个, 占大多数. 单子叶植物玉米和高粱分别有 26 和 24 个密码子的 RSCU 值大于 l, 其中以 A 或 T 碱基结尾的分别有 15 个和 14 个, 也占多数基于密码子使用偏性的系统聚类为进一步了解几个物种 NAD(P)-ME 基因密码子使用差异的大小, 根据表 4 中各密码子的相对使用度 (RSCU), 计算各物种之间的欧氏距离系数 ( 表 5). 各物种间的欧氏平方距离系数越大, 则表示它们在密码子的使用上差异越大. 由表 5 可知, 玉米和高粱这 2 个单子叶植物距离较近, 与其它 6 个双子叶植物距离较远, 而双子叶植物之间的距离均大于玉米和高粱之间的距离. 在传统的系统分类上, 玉米和高粱均属单子叶禾本科, 而其它双子叶植物却属不同的科. 密码子使用偏性与植物传统分类相一致. 对基于植物密码子使用偏性的欧氏平方距离系数进行聚类分析. 在聚类过程中, 以每条基因作为一个对象, 将密码子的相对使用度作为变量. 采用 59 个密码子的 RSCU 值对其密码子使用偏性进行分析. 基因间的距离规定为基因相对密码子使用度的欧氏平方距离 [9]. 对于基因 a 与基因 b, 其密码子使用距离 D 的计算公式为 : 59 D ab = ( RSCU ai RSCU bi ) i= 1 对于类与类间的距离, 采用了离差平方和法 (Wa rd 法 ), 以便使同类样品之间的离差平方和最小, 而类与类之间的离差平方和最大 [10]. 聚类分析结果见图 1. 亲缘关系较近的物种常表现出相似的密码子使用频率 [11]. 因此, 基于密码子使用频率的聚类树状图常可用于推测不同物种不同基因, 以及物种和基因之间在密码子使用方面的相似度或亲缘性, 也可推测不同物种之间的进化关系. 研究发现, 基于密码子使用频率的聚类树状图在一定程度上还优于基于基因组的系统发生进化树 [12]. 从本文聚类分析结果 ( 图 1) 看,6 个双子叶植物聚为一大类,2 个单子叶植物聚为一大类, 这一聚类结果与基于 NAD(P)-ME 核苷酸序列的聚类结果 [7] 趋势一致, 相关性分析显示两者呈显著相关. 2.4 与大肠杆菌酵母的基因组密码子偏好性比较大肠杆菌和酵母分别作为原核和真核表达系统, 广泛用于基因的表达研究. 为实现籽粒苋 NAD-ME 基因在这两类表达系统中的高效表达, 有必要进行密码子偏好性比较. 密码子使用频率的比值是衡量物种间密码子使用偏性差异的指标之一. 比值在 0.5~2.0 之间, 表示二者的密码子偏好性较为接近, 比值小于或等于 0.5 大于或等于 2.0, 表示偏好性差异较大. 表 6 列出了籽粒苋 NAD-ME 基因与大肠杆菌和酵母基因组中不同密码子出现的频率 ( 以 1/1000 表示 ) 以及它们的比值. 结果表明, 籽粒苋 NAD-ME 基因与大肠杆菌的基因组密码子使用频率差值较大的有 24 个, 与酵母基因组密码子使用频率差值较大的有 17 个, 表明酵母表达系统要优于大肠杆菌表达系统. 若要使籽粒苋 NAD-ME 基因在大肠杆菌或酵母 2

4 1 期李平等 : 籽粒苋苹果酸酶 (NAD-ME) 基因密码子偏好性分析 15 表 4 各物种 NAD(P)-ME 基因相对同义密码子使用度 (RSCU) Table 4 Relatively synonymous codon usage (RSCU) of NAD(P)-ME 密码子 Codon 氨基酸 Amino acid 籽粒苋 A. hypochondriacus 拟南芥 A. thaliana 马铃薯 S. tuberosum 葡萄 V. vinifera 蓖麻 R. communis 毛果杨 P. trichocarpa 玉米 Z. mays 高粱 S. bicolor GCA A (Ala) GCC A GCG A GCT A TGC C (Cys) TGT C GAC D (Asp) GAT D GAA E (Glu) GAG E TTC F (Phe) TTT F GGA G (Gly) GGC G GGG G GGT G CAC H (His) CAT H ATA I (Ile) ATC I ATT I AAA K (Lys) AAG K CTA L (Leu) CTC L CTG L CTT L TTA L TTG L AAC N (Asn) AAT N CCA P (Pro) CCC P CCG P CCT P CAA Q (Gln) CAG Q AGA R (Arg) AGG R CGA R CGC R CGG R CGT R AGC S (Ser) AGT S TCA S TCC S TCG S TCT S ACA T (Thr) ACC T ACG T ACT T GTA V (Val) GTC V GTG V GTT V TAC Y (Tyr) TAT Y 大于 1 的 RSCU 值用下划线表示 The data with underline mean that the value of RSCU > 1 表 5 各物种 NAD(P)-ME 基因间密码子使用偏性的欧氏平方距离系数 Table 5 Coefficient of abosolute squared euclidean distance of codon usage bias among the samples of NAD(P)-ME 物种 Species 籽粒苋 A. hypochondriacus 拟南芥 A. thaliana 马铃薯 S.tuberosum 葡萄 V. vinifera 蓖麻 R. communis 毛果杨 P. trichocarpa 玉米 Z. may 高粱 S. bicolor 籽粒苋 A. hypochondriacus - 拟南芥 A. thaliana 马铃薯 S. tuberosum 葡萄 V. vinifera 蓖麻 R. communis 毛果杨 P. trichocarpa 玉米 Z. may 高粱 S. bicolor

5 16 应用与环境生物学报 Chin J Appl Environ Biol 17 卷图 1 基于 NAD-ME 基因的相对同义密码子使用度的聚类树状图 Fig. 1 Cluster analysis dendrogram of RSCU values of NAD-ME gene 表 6 籽粒苋 NAD-ME 基因与大肠杆菌基因组和酵母基因组的密码子出现频率 (f/ ) Table 6 Codon frequency of A. hypochondriacus NAD-ME gene, and E. coli genome and yeast genome(f/ ) 密码子 Codon 氨基酸 Amino acid Ah NAD-ME gene E. coli genome Yeast genome Ah NAD-ME gene/ E. coli genome Ah NAD-ME gene/ Yeast genome GCA A (Ala) GCC A GCG A GCT A TGC C (Cys) TGT C GAC D (Asp) GAT D GAA E (Glu) GAG E TTC F (Phe) TTT F GGA G (Gly) GGC G GGG G GGT G CAC H (His) CAT H ATA I (ILe) ATC I ATT I AAA K (Lys) AAG K CTA L (Leu) CTC L CTG L CTT L TTA L TTG L ATG M(Met) AAC N(Asn) AAT N CCA P(Pro) CCC P CCG P CCT P CAA Q (Gln) CAG Q AGA R (Arg) AGG R CGA R CGC R CGG R CGT R AGC S (Ser) AGT S TCA S TCC S TCG S TCT S ACA T (Thr) ACC T ACG T ACT T GTA V (Val) GTC V GTG V GTT V TGG W (Trp) TAC Y (Tyr) TAT Y TAA * TAG * TGA * Ah: 籽粒苋 ;*: 终止密码子 ; 下划线 : 表示两个物种密码子比较具有明显偏差 ( 0. 5, 2) 的分值 Ah: A. hypochondriacus; *: Terminate codons. Data with underline: There are obvious differences of values ( 0.5, 2) between the codons of two species

6 1 期李平等 : 籽粒苋苹果酸酶 (NAD-ME) 基因密码子偏好性分析 17 中得到较高水平的表达, 尚需对其密码子进行优化. 3 讨论核酸是生物遗传信息的载体, 蛋白质是发挥生物功能的主要分子, 密码子作为联系二者的纽带, 其使用情况具有重要的生物学意义, 所以密码子偏好性现象在许多生物学领域中受到关注. 不同物种或同一物种的不同基因对密码子的偏好性有所不同. 通过分析籽粒苋 NAD-ME 基因的密码子偏好性, 发现该基因主要偏好以 A 或 T 结尾的密码子, 较少使用以 C 或 G 结尾的密码子. 已有研究表明, 单子叶植物的密码子偏好性明 [13] 显不同于双子叶植物. 双子叶植物的 GC3 值通常小于 50%, 而单子叶植物往往具有较高的 GC3 值. 籽粒苋 NAD-ME 基因的密码子偏好性与前人研究的双子叶植物基因组密码子偏好性一致, 预示该基因可能更适合导入双子叶植物. 大肠杆菌作为原核表达系统, 酵母作为真核表达系统, 经常被用来表达外源蛋白, 广泛应用于基因表达研究中. 要实现目的基因在外源表达系统中的成功表达和尽可能地提高其表达量, 可以通过增加目的基因剂量, 目的基因密码子优化, 改善培养条件等方法实现, 其中目的基因密码子优化起到关键作用. 本研究表明, 籽粒苋 NAD-ME 基因的密码子偏好性与大肠杆菌和酵母的基因组密码子偏好性有较大差异, 似乎预示该基因在以上宿主中的高效表达, 尚需对部分密码子进行改造. References 1 Li NY ( 李凝玉 ), Lu HP ( 卢焕萍 ), Li ZA ( 李志安 ), Zhuang P ( 庄萍 ), Qiu J ( 丘静 ). Tolerance and accumulation of cadmium in soil by Amaranthus hypochondriacus L. Chin J Appl Environ Biol ( 应用与环境生物学报 ), 2010, 16 (1): 28~32 2 Shi XF ( 石秀凡 ), Huang JF ( 黄京飞 ), Liu SQ ( 柳树群 ), Liu CQ ( 刘次全 ). The feature of synonymous codon bias and GC-content relationship in human genes. Progr Biochem & Biophys ( 生物化学与生物物理进展 ), 2002, 29 (3): 411~414 3 Urrutia AO, Hurst LD. Codon usage bias covaries with expression breadth and the rate of synonymous evolution in humans, but this is not evidence for selection. Genetics, 2001, 159 (3): 1191~ Sueoka N, Kawanishi Y. DNA G+C content of the third codon position and codon usage biases of human genes. Gene, 2000, 261 (1): 53~62 5 Wu XM ( 吴宪明 ), Wu SF ( 吴松锋 ), Ren DM ( 任大明 ), Zhu YP ( 朱云平 ), He FC ( 贺福初 ). The analysis method and progress in the study of codon bias. Hereditas ( 遗传 ), 2007, 29 (4): 420~426 6 Li J ( 李娟 ), Xue QZ ( 薛庆中 ). Comparison of MADS transcriptional factor on codon bias in arabidopsis and rice. J Zhejiang Univ Agric & Life Sci ( 浙江大学学报农业与生命科学版 ), 2005, 31 (5): 513~517 7 Li P ( 李平 ), Bai YF ( 白云凤 ), Zhang WF ( 张维锋 ). Cloning and analysis of NAD-ME gene of Amaranthus hypochondriacus. Acta Bot Bor-Occid Sin ( 西北植物学报 ), 2010, 30 (2): 229~236 8 Sharp PM, Li WH. An evolutionary perspective on synonymous codon usage in unicellular organisms. J Mol Evol, 1986, 24 (1~2): 28~38 9 Sau K, Gupta SK, Sau S, Ghosh TC. Synonymous codon usage bias in 16 Staphylococcus aureus phages: Implication in phage therapy. Virus Res, 2005, 113 (2): 123~ Gu WJ ( 顾万君 ), Ma JM ( 马建民 ), Tong Z ( 周童 ), Sun X ( 孙啸 ), Lu ZG ( 陆祖宏 ). Codon usage in genes coding for proteins with different tertiary structures. Acta Biophys Sin ( 生物物理学报 ), 2002, 18 (1): 81~86 11 Sharp PM, Cowe E, Higgins DG, Shields DC, Wolfe KH, Wright F. Codon usage patterns in Escherichia coli, Bacillus subtilis, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Drosophila melanogaster and Homo sapiens: A review of the considerable within species diversity. Nucl Acids Res, 1988, 16 (17): 8207~ Zhou H, Wang H, Huang LF, Naylor M, Clifford P. Heterogeneity in codon usages of sobemovirus genes. Arch Virol, 2005, 150 (8): 1591~ Murray EE, Lotzer J, Eberle M. Codon usage in plant genes. Nucl Acids Res, 1989, 17 (2): 477~498

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分子生物学实验专题手册.ai >> 2002 Piscataway CRO OptimumGene TM CloneEZ ONE-HOUR Western TM THE TM Epitope Tag 36 36 39 40 41 41 41 45........................ 47 47 47 47 48............... 19 19 20 21 22............... 23 23 24