34 国 立 衛 研 報 第128号 2010 Bull. Natl. Inst. Health Sci., 128, Special Report 2 フラグメント分子軌道法による生体高分子の計算 中野達也 Application of fragment molecular

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1 34 国 立 衛 研 報 第8号 00 ull. atl. nst. ealth ci pecial Repot 中野達也 pplicati of fagment molecula obital FM method to biomacomolecules Tatsuya akano Kitaua et al. Chem. Phys. Lett have poposed an ab initio fagment molecula obital FM method by which lage molecules such as poteins can be easily teated with chemical accuacy. n the ab initio FM method a molecule o a molecula cluste is divided into fagments and the M calculatis the fagments momes and the fagment pais dimes ae pefomed to obtain the total enegy that is expessed as a summati of the fagment enegies and intefagment inteacti enegies Fs. n this pape we povide a bief descipti of the ab initio FM method and demstate ecent applicatis to the biomacomolecules. Keywods: FM F MP TMP FLM CF VC F Map iotati Viewe M 㪛㫀㫍㫀㫊㫀㫆㫅㩷㫆㪽㩷㫄㫆㫃㪼㪺㫌㫃㪼㩿㫊㪀㩷㫀㫅㫋㫆㩷㪥㪽㩷㪽㫉㪸㪾㫄㪼㫅㫋㫊㩷㩿㫄㫆㫅㫆㫄㪼㫉㫊㪀 chödinge はじめに 999年に北浦らにより提唱されたフラグメント分子軌 道 Fagment Molecula bital; FM 法は1 7 分 子系をフラグメントに分割し フラグメントのモノマ ー ダイマー 必要に応じてトリマー の計算から系全 体を計算する方法であり タンパク質やDのような 巨大分子系全体を量子論的に扱う計算方法として 近年 注目を集めていFM法は 量子力学に基づいて生 体分子の電子状態計算を行うことができるため 分極や 電荷移動を伴う分子認識や 酵素反応 さらには光合成 反応のようなタンパク質の励起状態にも適用可能な方法 であFM法は フラグメント間相互作用エネルギ ー ntefagment nteacti negy F を 定 量的に計算できるという従来の計算手法にはない大きな 特徴があり 製薬企業においても医薬品 候補 分子と 標的タンパク質との相互作用解析等に利用が広がってい る8 9 本稿では FM法の概要と FM法に基づい た解析方法 及びその生体高分子への応用について報告 し FM法の今後について展望す To whom coespdence should be addessed: Tatsuya akano: 8 Kamiyoga etagayaku Tokyo apan; Tel: ; Fax: ; mail: nakano@nihs.go.jp 1 7 1 フラグメント分子軌道法 㪜㫊㫋㫀㫄㪸㫋㫀㫆㫅㩷㫆㪽㩷㫀㫅㫀㫋㫀㪸㫃㩷㪼㫃㪼㪺㫋㫉㫆㫅㩷㪻㪼㫅㫊㫀㫋㫀㪼㫊㩷㫆㪽㩷㫄㫆㫅㫆㫄㪼㫉㫊 FM法では 分子を f 個のフラグメント モノマー ᵄ 㑐 ᢙ 䊝䊉䊙䊷䈱 に分割したときの モノマー のハミルトニアンを 㪤㫆㫅㫆㫄㪼㫉㩷㪪㪚㪝㪑㩷㪺㫆㫄㫇㫌㫋㪸㫋㫀㫆㫅㩷㫆㪽㩷㫄㫆㫅㫆㫄㪼㫉㩷㪼㫃㪼㪺㫋㫉㫆㫅㩷㪻㪼㫅㫊㫀㫋㫀㪼㫊㩷 chödinge として次のchödinge方程式を解く 䊈 䊦䉩 䊷䈪chödinge 䈅 䉎䋮 ࡂ chödinge ⑴ f 㪥㫆 は モノマーの波動関数 ߆㕒 ࡖ 㕒 㪪㪼㫃㪽㪄㪚㫆㫅㫊㫀㫊㫋㪼㫅㫋㩷㪚㪿㪸㫉㪾㪼㩷 ここで はモノマ 㩿㪪㪚㪚㪀㩷㫃㫆㫆㫇 ᵄ 㑐 ᢙ 䊝䊉䊙䊷䈱 ーの電子エネルギーであモノマーのハミルトニアン ᵄ 㑐 ᢙ 䊝䊉䊙䊷䈱 ᵄ 㑐 䊈 䊦 䉩 䊷 䈪 䈅 䉎 䋮 ࡂ には周囲の f 1個のモノマーからの環境静電ポテン 䊈䊦䉩 ή᠓ csistent 䊷ࡂ 䈪 䈅䉎 䊷Ꮣ䈪 䈅 䉎Ꮖ 䋮 䊈 䊦 䉩 䋮 ࡂ シャル 静電相互作用 が含まれていこのため 全 f ߆ 㕒 ࡖ 㕒 て の モ に つ い て 電 子 分 布csistent が自己無撞 着 ノf マ ー mome ߆ 㕒 chage ߆ ࡖ f csistent に な る ま で 繰 り 返 し 計 算 mome CC ⴕ csistent chage計算 モノマー CC計算 を行う Ꮣ Ꮖ ή ᠓ csistent 次に 全てのフラグメントペア ダイマー の組み ᠓ Ꮣ Ꮖ ή ᠓ ห se 䈱 䉂 Ꮣ 䉒䈞 Ꮖή csistent mome csistent chage 合わせについても モノマーと同様に 次のchödinge chödinge mome csistent mome chage csi 方程式を解く CC ⴕ CC ⑵ ⴕ CC ⴕ 䈱 䉂 䉒䈞 ห Flowchat of the FM scheme ダイマーのハミルトニアンは環境静電ポテンシャルが 䉒䈞 ห ࡖ ࡂ 䈱 䉂 䈱 㕒 䉂 䉒䈞 f 2個のモノマーからの寄与となる以外 モノマーの chödinge f chödinge にFM法の計算手順を示し ߆ነਈએᄖ ものと同じであ chödinge ࡀ ࡀ た FM ᚻ 㗅 ห ߓ 核 核反発エネルギーを含めた分子の全エネルギー ࡀ ࡂ 㕒 ࡖ ࡀ は モノマーエネルギー ࡂ㕒 ࡖ ࡂ 及びダイマーエネルギー f ㄭ ߆ ነ ਈ એᄖ を用いて 近似的に次のように計算でき ߆ነ ਈ એ ᄖ ߆ ነ ਈ f หf ߓ FM ᚻ 㗅 3 ⑶ ห ߓ ߓ ᚻ 㗅 FM หFM

2 㩿㪪㪚㪚㪀㩷㫃㫆㫆㫇 㩿㪪㪚㪚㪀㩷㫃㫆㫆㫇 35 R3 R のフラグメントに割り当てるかを示してい 㪜㫊㫋㫀㫄㪸㫋㫀㫆㫅㩷㫆㪽㩷㫀㫅㫀㫋㫀㪸㫃㩷㪼㫃㪼㪺㫋㫉㫆㫅㩷㪻㪼㫅㫊㫀㫋㫀㪼㫊㩷㫆㪽㩷㫄㫆㫅㫆㫄㪼㫉㫊 R3 R R5 R 㪛㫀㫍㫀㫊㫀㫆㫅㩷㫆㪽㩷㫄㫆㫃㪼㪺㫌㫃㪼㩿㫊㪀㩷㫀㫅㫋㫆㩷㪥㪽㩷㪽㫉㪸㪾㫄㪼㫅㫋㫊㩷㩿㫄㫆㫅㫆㫄㪼㫉㫊㪀 㪤㫆㫅㫆㫄㪼㫉㩷㪪㪚㪝㪑㩷㪺㫆㫄㫇㫌㫋㪸㫋㫀㫆㫅㩷㫆㪽㩷㫄㫆㫅㫆㫄㪼㫉㩷㪼㫃㪼㪺㫋㫉㫆㫅㩷㪻㪼㫅㫊㫀㫋㫀㪼㫊㩷 R5 R4 of polypeptide Fagmentati R R4 Fagmentati of polypeptide 㩿㪪㪚㪚㪀㩷㫃㫆㫆㫇 Flowchat of the FM scheme Flowchat of the FM scheme Fagmentati of polypeptide ジスルフィド結合で結合した二つのシステイン残基は 3 3に示したように分割す ࡀ ࡀ Fig ࡀࡀ ࡀ ࡀ 3 ࡀ ࡀ ㄭ ㄭ Flowchat of the FM scheme Flowchat of the FM scheme Fagmentati of disulfide bdof disulfide bd 3 Fagmentati ࡀ ⑷ 3 ߘ ࡀ ࡀ ࡀ Dについては 4に示したように分割す of disulfide bd ࡀ 5 FM 3のように塩基をフラグメントに分けると計算精度 Fagmentati 4 b D 4 3 ߘ # 5 ⑸ f ㄭ # 5 は低下するが 塩基間の相互作用を解析する場合に有用 f 3 ߘ Ⴎߌ 3 ࡀ ߘ 5 FM ここで A Bは原子核の座標 3 ߘ 3 であ は核電荷で M D 4 b ᐳ ߘ 䈫䉻䉟䊙䊷䈱 5 䈎䉌ห 䈮 4 あり 式⑶ ⑷の第2項が それぞれモノマー ダイマ FM Ⴎ႐ ࡀ ࡀ ᐳ FM 5 ࡀ 5 FM Ⴎ ૐਅ ߌ ーの核 核反発エネルギー項とな式⑸がFM法の 5 FM 䈮 䈫䉻䉟䊙䊷䈱 䈎䉌ห 基 本 と 度 な# ま 分 子 電 6 る 式 であ の 全 子密 fた 䈎䉌ห 䈮 Ⴎ႐ 䈫䉻䉟䊙䊷䈱 䈮 䈎䉌ห 䈫䉻䉟䊙䊷䈱 䈎䉌ห 䈮 も モノマーの電子密度 とダイマーの電子密度 䈫䉻䉟䊙䊷䈱 䈎䉌ห 䈮 # 6 䈱 FM 䈎䉌ห から同様に計算でき f 䈮 ࡀ 5 ᄌ ᒻ 6 # f 5 f 6 6 f# 558 # ⑹ P P # 8 6 ࡀ f ࡀ 5 ᄌᒻ ࡀ FM f 6 ᐳ ᄌ ᒻ FM法による全エネルギー の式⑸を変形すると 全 ntefagment nteacti negy; F 㕒 ᄌ 5 FM ᄌ ᒻ ࡀ 5 ᒻ ࡀ ࡀ FM ࡀ FM ࡀ 5 ᄌ ᒻ エネルギーを フラグメント間相互作用エネルギー ࡀ 5 ᄌ ᒻ ࡀ ߆ ࡀ ነ ਈ 㒰 ࡀ P P ࡀ ࡖ ࡀ ࡀ ntefagment nteacti negy F と環 nteacti negy; F 㕒 ntefagment ࡀࡀ 㕒 境静電ポテンシャルからの寄与を除いたモノマーのエネ ࡀ 㕒 ntefagment nteacti negy; F ntefagment nteacti negy; F 㕒 ࡖ ntefagment ߆ነਈ㒰 F ࡀ 㕒 nteacti negy; P P ルギー の和 acti ࡀ F 5 8 negy; 㕒 㩷 ࡀ ࡖ߆ ነਈࡖ㒰߆ነਈ㒰ࡀ 7 ࡀ ࡖ ߆ ነ ਈ 㒰 ⑺ a b ነ ਈ 㒰 ࡀ 4 Fagmentati of D 4 Fagmentati of D で表すことができFを用いることで 例えば受 7 F 7 容体タンパク質の各アミノ酸残基とリガンドとの相互作 ቯ ࡄ 用を定量的に解析することができ タンパク質のような生体系分子においては 水素結合 F 7 分子のフラグメントへの分割方法は FM法の計算 ࡄ ߅ や de相互作用が重要であchödinge方 ㊂ F F ࡄ ቯ 8 精度に影響す一般論としてフラグメントサイズを大 程式の解法として最も基本的なateeFock F 法 F ㊀ 7 de chödinge F ቯ FM きくすることで計算精度は向上するが 計算時間も増大 レベルでも 水素結合については半定量的に記述するこ ࡄ ࡄ ቯ ቯ ㊂ ࡄ ᦨ ቯ ateefock F ࡌ するため バランスのとれた分割方法が必要となポ とが可能であるが 分散力に基づいた de 相 ᓇ㗀 ቯ ࠨ ㊂ ㊂ FM リペプチドの場合 デフォルトでは ㊂ に示したよう 互作用を記述するためには 電子同士が避けあう電子相 ඨቯ㊂ ㅀน FM Ⴧ にa炭素の位置で 1残基単位で分割すまた 関という効果を考慮することが必須であこのような FM FM ᓇ 㗀 ࠨ FM ߠ de ㅀ ࠨ 計算には 化学反応の計算によく用いられる密度汎関数 中の二個の点は 切断した共有結合の電子対を どちら ࡃ FM ᔅ ࡊ ᓇ 㗀 ᓇ 㗀 ࠨ ࠨ ᓇ㗀 Ⴧ ࠨ ห ㆱ ߌ 㑐 ല ᨐ ᘦ Ⴧ ࠨ ႐ D Ⴧ Ⴧ ࡃ ᔅ ᔅ 㗇 ൻ ᔕ ࡊ Ⴧ ࡊ න Ⴧ ਛ ὐ ࡃ ᔅ ࡊ ࡃ ᔅ ࡊ ႐ ࡃ ᔅ D ࡊ 㑐 ᢙ ㆡ ㅀ D ᔅ ᢿ ࡊኻ ߤ ߜ

3 ห ㆱߌ㑐ലᨐ ᘦ ᔅ㗇ൻ ᔕ ᔅ㗇ൻ ᔕ 㑐ᢙㆡ ㅀ 36 㑐 ᢙ ㆡ 国 ㅀ 立 衛 研 報 第8号 00 ᔅߕㆡ߅ߕ ᔅߕㆡ߅ߕ 㑐 ਛ MøllePlesset ៨ ߠ 法は 分散力を適切に記述することができないため 必 ਛ MøllePlesset ៨ ߠ ずしも適しておらず 電子相関の計算法の中では 2次 望 月 に㕙 よ߆ り 開 発 さㆬ れた nalysis fo MP ᛯ Cfiguati FM 7 Fagment nteacti CF は 生体系あるいは MP のMøllePlesset摂動論に基づいたMP法が計算コスト 㕙 ߆ ㆬ ᛯ FM MP 㑐 ࡀ ߘ の面から第一選択となFM法では モノマー及び 溶液系で重要な水素結合に伴う電荷移動 CT に注目 MP 㑐 ࡀ ߘ MP MP MP MP して フラグメント間の水素結合ネットワークのトポロ MP 㑐 ࡀ ダイマーのMP相関エネルギーを それぞれ MP MP MP MP とすると 系全体のMP相関エネルギー MP 㑐 ࡀ ジーを定量的 可視的に解析する手法である 5 は MP MP MP MP MP f f MP MP MP f MP 8 8 MP MP ⑻ 8 f MP 8 8 F MP MP F MP ᱜ ᱜ MP Vacant pace MP Vacant pace で計算されしたがって FのMP法による補正 ᱜ MP 8 8F MP ᱜ MP F MP Chage Tansfe ᱜ は 8 8 MP MP MP MP MP MP MP nduced ⑼ 9 9 MP MP MP MP MP MP MP MP MP Polaizati 9 MP MP 9 䈎䉌䋬䊐䊤䉫䊜䊮䊃 䈱 9となこの から フラグメント間の dede 䈎䉌䋬䊐䊤䉫䊜䊮䊃 䈱 de MP MP 0 3 de 䈎䉌䋬䊐䊤䉫䊜䊮䊃 䈱 de 䈎䉌䋬䊐䊤䉫䊜䊮䊃 䈱 相互作用エネルギーを見積もることができる n de ࡀ ࡀ ccupied pace ccupied pace FM法が使用できるプログラムとしては 産業技術 0 ࡀ ized ࡀ ized 0 3 Pe䋭Polaized FM 総合研究所のFedoovらによるGMへの実装 FM ࡊ ࡊ ࡓ ࡓ 4 ᛛ ⴚᛛ ⴚ 現 in FM FM P ࡓ ᛛ ⴚ FM ࡊ ࡓ ᛛ ⴚ ࡊ by 在文部科学省次世代T基盤構築のための研究開発 イ 4 4 Fedoov GM ᛛ ⴚ ᚲ ᚲFedoov GM ⵝ ⵝ ᢥ ㇱᢥ ㇱ Fagment Fagment 4 ノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究 ᚲⵝ Fedoov ㇱ GM ⵝ 4 ᢥ ㇱ ᚲ Fedoov GM ᢥ 4 ⑼ ઍ T ޟ ࡌ ⵝ ⑼ ᢥ ㇱ ઍ T ࡌ ޟ 5 Cceptual scheme of CF 開発 プロジェクトを中心に開発が進められている 5Cceptual scheme of CF ⑼ ޟ ઍࡌT ࡌ ޟ 6 ⑼ ઍ T TMPなどがある TMPの公開版は東 ࡌ ޟ ࡘ ࡘ ޠ ࡊ ޠ ࡊ 京大学生産技術研究所の革新的シミュレーション研究セ CFをTMPへ実装することにより 生体系 ࡊ ࡊ ޠ ࡘ ࡘ ޠ CF TMP TMP ⵝ ߅ ޠ ࡊ ਛ ᔃਛ ᔃ ㅴ ㅴ TMP において重要な水素結合について 相互作用の大きさだ ߤ ߤ ン タ ー の ホ ー ム ペ ージ ਛ ᔃ ㅴ TMP ߌߤ ㊀ ߛ 6 ߤ 6 ਛ ᔃ ㅴ TMP ac.jpdlindex.php から無償でダウンロードでき けでなく 電荷移動の向きや移動量についても解析する TMP TMP ߤ TMP ੩ ੩ ᛛ ⴚᛛ ⴚ ᚲ ᚲ 6 ⒖ ⒖ ㊂น ことが可能となった また TMP用の可視化 TMP 6 TMP ੩ ᛛⴚ ᚲ ੩ ᛛ ⴚ ᚲ 㕟 ᣂ ࡘ ࡎ ࡓ ᛛ ⴚ 㕟 ᚲ ᣂ ࡘ ࡎ ࡓ 解析ソフトウェアであるiotati TMP นVieweに CFの ⷞ ൻ 2 フラグメント分子軌道法に基づいた解析手法 MP 3 㕟 ᣂ ࡎ ࡘ ࡎࡓ ࡓ 㕟 ᣂ น ࡘ 9 可視化機能を組み込み グラフィカルな解析を可能にし iotati Viewe CF น ⷞ ൻ ᯏ ఘ ࡎ ࡓ FM法は フラグメント間の相互作用エネルギー ߆ ߆ή ఘή ߠ 3特 F る こ と が 大 き な 徴 で あ た 析 が 行 ㊀え de ఘ ߺ ㄟ ߺ 9 MP߆ ή น ߆ ή ఘ 解 น php ߆ ή ఘ TMPには 望月により開発された高速なMP計 甘利らにより開発されたVisualized Cluste nalysis Visualized Cluste nalysis of 3 C ߠMP น ㊀ 9 de 算エンジンが実装されており FMMP計算がPCクラ of PoteinLigand nteacti VC は 受容体 PoteinLigand nteacti VC ࡄ 3 9 㘃 ᐢ 8 スタでも実用的な計算時間で可能になっている タンパク質に対して複数のリガンドとのF解析を行 ડ C ߠ L ㊀ 㘃 de L ኻ ⶄ ᢙ F ⴕ ᓧ. ߠ ᚻ. ߠ ᚻ MP 3 㢮 L ࡋ ࢢ 㸦 で見積もられる 生体系で重要な分散力 い 得られたFに基づいたクラスター解析により 式⑼の 9 ภ ᚻ F 8 9 ߠ ᚻ. fagment inteacti analysis. C Ꮉ ߠ ᐢ ડ F ߠ ภ F ߅ ߌ に基づく de 相互作用やCp相互作用をル 受容体結合におけるリガンドの類似性を抽出する手法で ᚻ 㓟 ṧ ᇶ 㸧 F せ ߠ de 5 6 MP MP FLM ᕈ 㘃 ᚻ 8 ーチン的に解析できるようになり 製薬企業を含めた産 ある 解析するリガンドの種類を... ડ Ꮉ ᐢ fagment inteacti analysis FM F FM ࡀ ࡀ F ᐜయ㸫 స ࢡࢫ ḟ 8 9 業界での利用も広がってきている L とし各フラグメント アミノ酸残基 の番号を... MP 6 FM ࡀ F MP FM fagment LMP 5 ࡀanalysis F Ꮉ inteacti MP FLM TMP anal y とするとFを要素とする受容体 リガンド相互作 ࡀ 石川らにより開発されたfagment inteacti F ⴕ ⴕ ᓽ ᓽ TMP 8 9 ࡀ 㸬 ᐢ MP TMP ⴕ ᓽ ࡌ น LMP FLM ⴕ ᓽ MP FLM は で見積 用マトリクスは次のように表すことができ sis MP FLM MP TMP MP ㅦMP ⵝ TMP ㅦ ⵝ analysis fagment inteacti 8 もられる分散力を MP LMP 法を用いるこ LMP ㅦ MP ߅ ㅦ ⵝ น MP LMP MP ࡌ ⵝ FLM FMMP PC ⵝ ߅ FMMP PC MP 5とで 軌道レベルで解析することを可能にするツールで 6߅ FLM LMP ዪ ൻ น j pai coelati FMMP 0PC 0 FMMP PC ߅ enegy 0 ࡌ FLM あFLMでは フラグメント間の分散力 を ⑾ ߅ ߅ i L L L P LMPフラグメント および に局在化した軌道 i j 間の ¹ L L L ¹ ዪ ൻ j pai coelati ߅ enegy ilmp L L L ¹ pai coelati enegy e の和で表す น VC FLM ߘ ޘ K ዪLMP VCでは 個々の を 一つのセルで表示 VC ޘ K LMP ൻ i j pai coelati enegy 0 ߘ ⑽ VC 㸪 ಶ ࠎ K 㸪 ࡘ ࢭ ࡋ 㸪 ߅ i j し その大きさによって色分けすることで受容体 リガ ߌ LMP ߌ 0 この を相互作用に重要な官能基に属する局在化軌 ンド相互作用マトリクスを可視化してい例えば リ e ࡉ 9ࡗ i j pai coelati enegy 8 Ⰽ ศ ࡅ ࡇ ᐜ య 㸫 9 8 นቭ ⷞ ൻ ዻ ዪ ൻ i j ㊀ ガンドとアミノ酸残基が結合的に相互作用している นⷞൻ LMP 道について足し合わせることで 官能基単位の de 0 ࢡࢫ ど ࡋ 㸬 㸪 స 相互作用やCp相互作用の見積もりが可能とな 場合はセルの色を赤色で表示し 反発 ႐ i j ࠊ ߖ ቭ න K ㊀ ቭ ዻ de ዪ ൻ 0 K 0 ႐ 㓟 ṧ ᇶ ࡀ స ࡋ 㸦 K 0 㸧 ሙ ㊀ ዪ 0 น ቭ ዻ C ࠊ ߖ ቭ න ൻ de ࢭ Ⰽ Ⰽ ࡋ 㸪 స ࡋ 0 K ႐ nalysis 㕍 Cfiguati fo K ቭ න ࠊ ߖ C de น K 0 ႐ 㕍 K 㸦 K 0 㸧ሙ 㟷 Ⰽ ࡋ 㸬 ࡓ 㸪 K ㊀ቭዻዪ ൻ 7 ୯ CF Fagment ኻ nteacti Ớ ᄌ ṁ ᶧ

4 ߌ K 0 น ⷞ ൻ ႐ ⷞൻ K 0 ႐ K 0 ႐ K 㕍 K 0 ႐ 37 ኻ ୯ 場合は青色で表 Ớ㕍 ᄌ 的に相互作用している る これによりタンパク質内部相互作用 D 内部 K K 0 ႐ 相互作用 Dタンパク質間相互作用が網羅的に可視 K 㕍 示していまた ߘ ⷞ の絶対値の大きさに比例する ߆ Ớ ᄌ ኻ ୯ 化でき F がタンパク質の2次構造やDの二重ら ように色の濃さを変えることで その大きさが視覚的に Ớ ᄌ ߘ ⷞ ⴕ 㔌 㕖 㘃 d ߆ せん構造を反映している様子などを解析することができ 分かるようにしてい受容体 リガンド相互作用マト ߆ リクスの各行間の距離 非類似度 を ユークリッ ᐔ 㔌d ⴕ 㔌 㕖 㘃 d ド平方距離 ⴕ 㔌 㕖 㘃 d ᐔ 㔌 㔌 d 6 K K K 3 フラグメント分子軌道法の応用事例と今後の展開 ⑿ ダイマーまで考慮したFM法の場合 離れたモノマ ーからなるダイマーの計算にdime近似を適用する で定義すると d を用いて階層的クラスター解析を行 d 6 K K ቯ d K 㓏ጀ ⴕ と 計算量はオーダー となるが タンパク質の構造 うことができ階層的クラスター解析には色々な手法 ゆらぎを統計的に解析したり 自由エネルギーの評価を があるが VCでは クラスターの分離能に優れ 㓏 ጀቯ d ޘ 㓏ጀᚻ ⴕ 行うためには複数構造のサンプリングを行う必要があ 㓏 ጀていた最長距離法をデフォルトにしていクラスター ⴕ VC 㓏 ጀ 㔌 ఝ ޘ ᚻ り さらなる高速化が必要とな計算コストの中で 解析の結果を 樹形図を用いて可視化することは一般的 ޘ ᚻ は 2電子反発積分の生成と縮約処理が大きな比重を占 に行われているが VCでは 受容体 リガンド ᦨ 㐳 㔌 VC 㔌 ఝ めているため 精度を保持したまま如何に効率よく近似 相互作用マトリクスの行を樹形図と一対一に対応するよ 㔌ఝ ᦨ 㐳 㔌 的に扱うかがポイントとな今回 Mと呼ぶコ うに並び替え クラスター解析の結果とF解析の結 果を一つの図として可視化した点に大きな特徴があ レスキー分解を用いて 応用計算上重要なMP計算を VCもiotati Vieweに実装されていま 劇的に加速することに成功した 0 7は Vプ た 受容体 リガンド相互作用マトリクスが定義できれ ロテアーゼとロピナビルの複合体をFMMP63G計 ば 例えば分子力場に基づく相互作用解析にも適用でき 算で行った場合のタイミングで 0倍以上も処理時間が 8 8速くなっていることが分か今後は F計算やエネ 8 F解析の一つの方法として iotati Vieweに ルギー微分計算にもMを導入していく予定であ は 栗崎らにより開発された全てのFを網羅的に可 また FM法に関する研究を継続して行っていく 視化する2次元マップ Fマップ の表示機能が実 と共に 重症薬疹の発症メカニズムについて分子レベル 9 装されている 6にDタンパク質相互作用の の知見を得ることを目標に 副作用に関連する遺伝子マ Fマップの例を示した ーカー産物と原因薬物の分子間相互作用について FM計算に基づいた解析を行って行きたい 7 peedup of FMMP calculati by M 7 peedup of FMMP calculati by M 6 xample of F Map 6 xample of F Map 各軸はフラグメント番号を表し 対角線の上側に引力 参考文献 ᢥ₂ 1 Fedoov D. G. Kitaua K.: Moden methods fo theoetical physical chemisty of biopolymes 的な相互作用 赤色 下側に斥力的な相互作用 青色 taikov. Kitaua. Lewis. P.methods Tanaka. ds. Fedoov D. G. K.: Moden fo theoetical が表示されていまた 色の濃さが相互作用の強さを lsevie 006 pp taikov.. Lewis. P. physical chemisty of biopolymes ゲ ภኻ ᒁ ਅ ᢺ 㕍 表している 赤青を分けずに一緒に表示することもでき Ớᒝ 㕍 ߌ ߕ ࡄ ㇱ D ㇱ D ࡄ น ⷞ ൻ F 2 akano T. Mochizuki Y. Fukuzawa K. mai Tanaka. ds. lsevie 006 pp akano T. Mochizuki Y. Fukuzawa K. mai. Tanaka.: Moden methods fo theoetical physical chemisty of biopolymes taikov.. Lewis. P. Tanaka. ds.

5 38 国立衛研報第 8 号 00. Tanaka.: Moden methods fo theoetical physical chemisty of biopolymes taikov.. Lewis. P. Tanaka. ds. lsevie 006pp Fedoov D. G. Kitaua K.:. Phys. Chem 中野達也 望月祐志 甘利真司 小林将人 福澤薫 田中成典 :. Comput. Chem. pn 福澤薫 中野達也 加藤昭史 望月祐志 田中成典 :. Comput. Chem. pn 佐藤文俊 中野達也 望月祐志編著 : 生体分子量子化学計算 森北出版 東京 Fedoov D. G. Kitaua K. ds.: The Fagment Molecula bital Method: Pactical pplicatis to Lage Molecula ystems CRC Pess oca Rat zawa T. kazaki K.:. Comput. Chem zawa T. Tsuji. zawa M. anda C. Mukayama. ishimua T. Kobayashi. kazaki K.: ioog. Med. Chem Fedoov D. G. Kitaua K.:. Chem. Phys Mochizuki Y. akano T. Koikegami. Tanimoi. be Y. agashima. Kitaua K.: Theo. Chem. cc Mochizuki Y. Koikegami. akano T. mai. Kitaua K.: Chem. Phys. Lett Mochizuki Y. Yamashita K. Muase T. akano T. Fukuzawa K. Takematsu K. Watanabe. Tanaka.: Chem. Phys. Lett Fedoov D. G. ls R. M. Kitaua K. God M.. Koseki.:. Comput. Chem shikawa T. Mochizuki Y. mai. akano T. Tokiwa. Tanaka. Tanaka K.: Theo. Chem. cc shikawa T. Mochizuki Y. mai. akano T. Tanaka. Tanaka K.: Chem. Phys. Lett Mochizuki Y. Fukuzawa K. Kato. Tanaka. Kitaua K. akano T.: Chem. Phys. Lett mai. izawa M. hang. Fukuzawa K. Mochizuki Y. wasawa Y. akata K. Chuman. akano T.:. Chem. nf. Model Kuisaki. Fukuzawa K. Komei Y. Mochizuki Y. akano T. mada. Chmielewski. Rothstein. M. Watanabe. Tanaka.: iophys. Chem kiyama Y. akano T. Yamashita K. Mochizuki Y. Taguchi. Tanaka.: Chem. Phys. Lett

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