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1 第二章 计算生物学的 生物学基础 2.1 What Is Life? 从 Schrödinger 的思考到 双螺旋 的发现

2 复杂性 : 生命最显著的特征 生命复杂性 生命的客观复杂性 人类认识的有限性 对生命的不同认识

3 生命的结构层次和多样性 生命的组成因素具有复杂的相互作用, 是非线性关系, 由此产生一系列经典科学无法解决的问题 生物大分子 细胞 组织 器官 系统 受精卵细胞 -> 分裂 分化 发育 生长 衰老 死亡 生命最突出的特征 几乎无限的多样性 Infinite in All Directions( 全方位的无限 ) Freeman Dyson, 三联书店 空间 : 地球的生态圈时间 : 从 35 亿年前至今大小 : 病毒 鲸鱼生存环境 : 空气 陆地 海洋生活方式 : 独立生活与寄生 世界上没有完全相同的两片树叶 有性繁殖基因组存储的遗传信息量 : 达到天文数字 生命的非线性和有序性 ( 一 ) 耗散结构理论 (Prigogine,1970s) 孤立系统 : 热力学第二定律 -- 熵增加, 系统趋向紊乱开放系统 : 系统远离平衡态, 熵减少, 出现有序结构 仙女座大星云 卷积云的鳞片结构 雪花晶体结构

4 生命的非线性和有序性 ( 二 ) 生命的各种表现形式均为开放性耗散系统生命之所以存在, 在于从环境中不断吸收负熵 ( 新陈代谢 ) 生命有序的原因 : 适度非线性 远离平衡态生命复杂系统通过各种途径来克服和减少过强的非线性作用, 过弱的非线性作用也不合适 适度的非线性 混沌的边缘 ( 生态系统 生物个体 ) 蝴蝶的花纹 HIV 病毒结构 参与光合作用的膜蛋白晶体结构 生命的非线性和有序性 ( 三 ) 生命的本质与人类社会的本质相似 : 生理平衡比复制重要 ; 复杂比简单重要 ; 细胞的适应力比基因的独裁重要 ; 整体容忍误差的能力比每部分的精确重要 Infinite in All Directions( 全方位的无限 ) Freeman Dyson

5 生命的生物性和社会性 生物的个体行为表现形式是生物性, 但更多时候是受外界影响的, 即社会性 有性繁殖生物的性行为人类 蚂蚁 蜜蜂的组织社会微生物的共生低等生物的寄生 生物的许多行为同时具有两种属性 事物复杂性的特征之一 男性与女性的行为 思维差异 趴在蝴蝶翅上的蚂蚁 ( 蚂蚁社会组织有序也会偷懒也搞裙带 ) 生命中的涌现性 涌现 (emergency): 整体大于部分之和 整体必然会出现在部分中没有的属性和特征元素或子系统的性质 整体或系统的性质 生物系统的每个层次都有有其本身的复杂性, 均存在这种部分与整体的关系, 因此有涌现性的发生 细胞 组织 器官 系统 个体 群体 生态系统 社会 癌细胞动物细胞蜜蜂的个体与群体

6 生命的随机性 生物学对事实和现象的概括几乎完全是概率性的 源于生命个体的差异性和随机性, 也是生命复杂性的表现 生物学的 唯一 定律 : 一切生物学定律都有例外 数学 物理学 : 常数生物学 : 平均数 生物系统中的不确定性 绝大多数生命过程具有不可预测性 DNA 突变 精子与卵细胞融合 树叶飘落 遗传信息的复杂性生命活动三要素 : 物质 能量 信息遗传信息是生物复杂性的信息基础生物大分子是遗传信息的物质载体, 但生物大分子本身并不表示遗传信息, 必须通过一定的组织 ( 序列 结构 ) 来实现 ; 遗传信息以基因组形式 蛋白质组形式存储, 是抽象的遗传信息的复杂性是生命复杂性的突出特征, 是研究生命复杂性的关键问题之一

7 复杂系统的生物学范畴 System Nodes Edges 蛋白质三维结构生物体脑 ( 人脑 ) 生态系统社会文明 原子分子细胞生物体人 原子相互作用分子相互作用细胞相互作用生物体相互作用人相互作用 生命的定义 根据生命形态的表面特征定义生命 生命是一个具有与环境进行物质和能量交换即新陈代谢 生长繁殖 遗传变异和对刺激作出反应的特性的物质系统 显然这是从生命形态的表面特征来揭示生命内涵的 随着分子级水平上的研究的深入, 上述定义出现了种种局限性

8 根据生物微观构成的共性定义生命 在千差万别的生命形态背后有着一个共同的特点, 那就是一切生命都是由 DNA RNA 及蛋白质等大分子为骨架构成的 人们在了解到 DNA 的复制 通过转录和翻译决定 RNA 和蛋白质的结构等方面给出生命这样一个定义 : 生命是由核酸和蛋白质特别是酶的相互作用产生的 可以不断繁殖的物质反馈循环系统 例外 : 没有蛋白质外壳的类病毒和没有核酸的朊病毒 生态学的生命定义 在生物圈中, 生物分为自养生物 异养生物, 异养生物中有相当一部分营腐生生活, 因此便形成了生物圈中的不可逆性或单向流动的物质循环运动 因此从生态的角度我们给生命作出这样的定义 : 生命是能通过自养或异养进行新陈代谢 通过能量转换进行物质循环的能繁殖的物质系统

9 2.1.2 Schrödinger 的思考及 DNA 双螺旋结构的发现 20 世下半叶分子生物学革命的先驱 物理学大师看生命 : 存在是永恒的 ; 因为有许多法则保存了生命的宝藏 ; 而宇宙从这些宝藏中汲取了美 歌德 Schrödinger, Erwin ( ) 分子生物学上的 汤姆叔叔的小屋 生命是什么? 活细胞的物理学观 (1944)

10 序 ( 节选 ) 言 为了目前写这本书, 如果我有什么科学家的高位的话, 那我恳请放弃它, 并且从而免去随之而来的重任 我的理由是 : 我们从祖先那里继承了对于统一的 无所不包的知识的强烈渴望 可是, 最近一百多年来, 知识的各种各样的分支在广度和深度上的展开, 却使我们陷入了一种奇异的困境 除非我们中间有些人敢于去着手综合这些事实和理论, 即使它们有的是第二手的和不完备的知识, 而且还要敢于承担使我们成为蠢人的风险, 除此之外, 我看不到再有摆脱这种困境的其他办法了 E. 薛定谔都柏林 1944 年 9 月 自由的人绝少思虑到死 ; 他的智慧, 不是死的默念, 而是生的沉思 ( 斯宾诺莎 : 伦理学, 第四部分, 命题 67) 这个重大的和讨论得很多的问题是 : 在一个生命有机体的空间范围内, 在空间上和时间上发生的事件, 如何用物理学和化学来解释? 这本小册子力求阐明和确立的初步答案概括如下 : 一个有机体的最要害部分的原子排列, 以及这些排列的相互作用的方式, 跟迄今被物理学家和化学家作为实验和理论对象的所有原子排列是根本不同的 其实, 有机化学家在研究越来越复杂的分子时, 已经十分接近于那种 非周期性晶体 了, 依我看来, 那正是生命的物质载体 因此, 在我们的系统和别人的系统之间的物理学上的相互作用, 一般来说, 它们本身是具有某种程度的物理学秩序, 就是说, 它们也必须遵循严格的物理学定律并达到一定程度的准确性 突变实际上是由于基因分子中的量子跃迁所引起的 遗传的机制是同量子论的基础密切相关的, 不, 是建立在量子论的基础之上的

11 生命的分子基础 遗传物质的概念 ( 非周期晶体 ) 遗传密码的概念 理论分子生物学 生命的热力学基础 生命是非平衡开放系统 生命依赖负熵 耗散结构理论 生命的物理规律 生命以量子规律为基础 生命物质结构的有序性 量子生物学 现代生物学的里程碑 DNA 双螺旋结构的发现 DNA: 遗传物质 经典遗传学实验及其经典遗传学规律 (1865 年 ) 基因学说 (1915 年 ) 肺炎双球菌转化实验 (1928 年 ) 噬菌体标记实验 :DNA 是遗传信息的载体 (1944~ 1951 年 ) DNA 的结构?

12 1953 年,James Watson 与 Francis Crick 提出 DNA 双螺旋结构模型 James Watson 1946 年毕业于芝加哥大学动物学系, 进入印第安那大学读研究生, 最终获得博士学位 ; 1946 年, 选学卢里亚的有关病毒的课程 ; 1948 年, 科尔德 哈博研究所 1951 年, 剑桥 Cavendish 实验室做博士后 Francis Crick 1938 年毕业于伦敦大学, 主修物理 数学 ; 1940 年, 读博士生二年级, 因二战被征英国海军, 研究武器操作系统 ; 战后转入分子生物学研究 ; 1949 年进入剑桥 Cavendish 实验室 1 多学科协作 : 综合利用物理学的数据和化学规律 2 基于前人和他人的实验数据 失败教训 年 3 月 18 日, 提出 DNA 双螺旋结构模型 1962 年诺贝尔生理医学奖

13 3.4nm DNA 分子的一级结构 : A, C, G, T 四种核苷酸的线性多聚体 ; DNA 分子由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成 ; DNA 分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接, 排在外侧, 碱基排列在内侧 ; 2nm 两条链上的碱基通过氢键想结合, 形成碱基对 DNA 双螺旋结构模型的意义 为合理解释遗传物质的各种功能 解释生物的遗传和变异 揭示自然界色彩纷纭的生命现象奠定了理论基础 ; 揭示了生命世界多样性和生命本质的一致性的辨正统一 ; 现代生命科学的里程碑

14 Watson 和 Crick 探索科学真理的兴趣 多学科协作的成功 ( 物理学与生物学合作的典范 ) 吸取他人与前人研究的成果 卡文迪许实验室 (Cavendish Lab) 的成功 杰出的领导者 : 布拉格 不赶时髦 不试图恢复过去的荣誉 不怕理论家们的轻蔑 Rose of England -- Rosalind Franklin Maurice Wilkins James Watson and Francis Crick

15 2.2 生命的演化和分类 地球上的自然史与生命史 不断演化的地球系统 : 地球本身一直经历着由简单到复杂 由低级到高级不可逆的演化过程, 由此逐渐形成了大气圈 水圈 岩石圈 生物圈及地球内部的圈层 不断演化的地球生物 : 生物是地球系统在特定条件下演化的结果, 并仍处于不断的演化之中 宇宙的起源 : 始于 120 亿年前的宇宙大爆炸 (Big Bang) 太阳系的起源 : 大约 49 亿年前, 诞生太阳系 地球的起源 : 大约 45 亿年前, 宇宙中的尘埃在引力作用下逐渐集聚形成地球

16 生命起源30 地球生命简史 生命诞生 细胞的形成 35~38 亿年前, 海洋孕育原始生物 ( 主要以蓝藻的形式 ) 单细胞生物在地球上繁衍 原始生态系统的建立原核生物占主体的阶段 (35~20 亿年前 ) 真核生物占主体的阶段 (20~6 亿年前 ) 多细胞生物出现和多样化表达 生物圈覆盖整个地球多细胞植物 多细胞动物的诞生 (6~5.5 亿年前 ) 寒武纪大爆发 ( 约 5.3~5.5 亿年前 ) 物种 爆发 志留纪大爆发 ( 约 4.3 亿年前 ) 生命从海洋扩展到陆地 人类诞生 文明的发展约 400~1000 万年前, 人类诞生文化史 :100 万年 46 地球形成 地核与地幔分异 最早的沉积记录化学进化生命起源 35 最早的叠层石和微生物化石记录 光合作用起源 时间 ( 亿年前 )

17 单细胞生物繁衍及原始生态系统建细胞生物进化 立冠族真核细胞起源大气圈自由氧开始积累 多细胞叶状体植物适应辐射性分化时间 ( 亿年前 ) 多 寒武纪大爆发 骨骼化 后生动物适应辐射性分化 志留纪大爆发 陆生维管植物诞生 两栖动物出现 爬行动物出现 哺乳动物起源恐龙成为地球霸主鸟类出现 被子植物起源 恐龙绝灭人类起源 文化系统建立 0 时间 ( 亿年前 )

18 2.2.2 生物的分类 生物多样性 (Biodiversity) The degree of variation of life forms within a given species, ecosystem, biome, or an entire planet: the totality of genes, species, and ecosystems of a region 物种的多样性 遗传 ( 基因 ) 的多样性 生态系统的多样性 保护生物多样性的重要性 1992 年, 联合国环境与发展大会 : 生物多样性公约 Measure of the health of ecosystems 生物分类体系 Carolus Linnaeus( ) 瑞典博物学家 Linnaeus 在 Systema Naturae 中创立生物分类体系 双命名法 (binomial nomenclature) 每个物种的科学名称由两部分组成 : 属名加种名, 属名在前, 第一个字母大写 ; 种名在后, 小写 ; 其后还可标注发现的地名或发现者的名字 ; 采用拉丁文

19 生物分类体系 界 (kingdom) 动物界 (Animalia) 门 (phylum) 脊索动物门 (Chordata) 脊椎动物亚门 (Vertebtata) 纲 (class) 哺乳动物纲 (Mammalia) 真兽亚纲 (Eutheria) 目 (order) 灵长目 (Primates) 类人猿亚目 (Anthropoidea) 科 (family) 人科 (Hominidae) 属 (genus) 人属 (Homo) 种 (species) 人种 (sapiens) 超 -(super-); 亚 -(sub-) 生物系统树 Phylogenetic tree: 把物种按亲缘关系远近用图形表达而成的树状系统

20 生物 界 的划分 三界说 五界说 六界说 八界说 三主干六界说 : 真细菌古细菌原生生物真菌植物动物 原核生物 真核生物 原核生物 ( 真细菌 古细菌 ) 原核生物 (prokaryote): 由原核细胞构成的单细胞生物 DNA 分子无核膜包裹, 遗传信息量小 ; 细胞小, 直径为 0.2~10 m, 有细胞壁 ; 细胞内无细胞器 真核生物 ( 原生生物 真菌 植物 动物 ) 真核生物 (eukaryote): 由真核细胞构成的单细胞 多细胞生物有核膜包裹的完整细胞核, 核内 DNA 借助组蛋白形成多个染色体 ; 细胞体积较大, 直径为 10~100 m; 细胞内有功能专一的细胞器

21 模式生物 (Model Organisms) 模式生物基因组计划是人类基因组计划的一个重要组成部分 为人类基因组研究做方法学和组织工作的准备 (1) 将从模式生物中得到的数据和资料与人类基因组比较, 通过不同生物基因序列的同源性来阐明人类相应基因的功能 ; (2) 通过研究小而简单的模式生物的基因组, 积累经验, 发展技术 ; (3) 对模式生物的研究亦具有重要的经济价值 模式生物的基因组结构相对于人类基因组来说, 比较简单, 在基因组测序时可以为人类基因组计划提供借鉴, 更重要的是对这些模式生物体的功能基因的认识可以为认识人类基因组的功能提供更多的帮助 四大 模式生物 : 酵母 线虫 果蝇 小鼠

22 噬菌体 (Bacteriophage) 感染细菌 真菌 放线菌或螺旋体等微生物的病毒如 : 大肠杆菌噬菌体 (coliphages) 基因组大小 ~50kbp 遗传物质 : 单链 / 双链 环状 / 线状 DNA/RNA 电镜下的蝌蚪形噬菌体 病毒 (Virus) 不具有细胞形态结构, 仅由核酸和蛋白质构成 ; 如 : 人艾滋病毒 HIV SARS 冠状病毒体积小,10~300nm; 基因组小,10 0~2 kbp 严格的专性细胞内寄生 ; 对抗生素不敏感 电子显微镜下的 SARS 冠状病毒 100nm 放大了 15 万倍的 H5N1 型禽流感病毒

23 大肠杆菌 (Escherichia coli) 人类研究得最为详尽的模式生物 : 结构简单, 基因组小, 无内含子, 无性繁殖, 可人工培养 因此, 作为分子生物学及相关基础生物学研究的材料, 是一种良好的模式生物 K12 菌株, 全基因组于 1997 年测定, 长 460Mbp 长度 1.6 m, 单细胞原核生物, 繁殖快 大肠杆菌及其全基因组 酵母 (Saccharomyces cerevisiae, yeast) 属于真菌界的单细胞真核生物 ; 有 16 条染色体,~12Mbp, 全基因组于 1996 年测定 : 遗传学上的里程碑 Sixteen Chromosomes of S. cerevisiae 合成生物学的理想载体

24 秀丽线虫 (Caenorhabitidis elegans, worm) 细胞数目一定 : 成虫细胞数目只有 959 个, 其中包括 302 个神经元 ; 有 6 条染色体, 全基因组于 1998 年测定, 长 9.7Mb 荧光显微镜下的秀丽线虫 果蝇 (Drosophila melanogaster) 生活周期短 容易饲养 繁殖力强 染色体数目少 易于观察 容易诱发变异等特点 ; 全基因组长约 1.8 亿 bp 果蝇 : 遗传学和分子发育生物学的国王 果蝇的 4 对染色体照片

25 拟南芥 (Arabidopsis thaliana) 十字花科草本, 生活周期为 6 周, 是理想的模式植物 ; 5 条染色体, 全基因组长约 bp 植物中的 果蝇 拟南芥 小鼠 (Mus musculus) 基因组大小与人类相近, 约 30 亿个核苷酸对, 有 19 条染色体 ; 1999 年小鼠基因组测序项目启动 2002 年 8 月完成小鼠基因组物理图谱 2002 年 12 月完成小鼠基因组序列草图

26 2.3 生命的分子组成 生命形态千差万别 生命的分子骨架 生命本质的一致性 生命组成及生物大分子的构筑 : 以非生命界的材料和化学规律为基础 生物大分子化学结构 : 高度有序化 个性化

27 约 60 种元素参与生命的组成 : 构成生命的化学元素 最重要的元素 ( 占体重 96% 以上 ): C H O N 常量元素 ( 占体重 99.35%) : C H O N Ca P K S Na Cl Mg 等微量元素 ( 含量低于 0.01%) : Fe Cu Zn Mn Co Mo V Cr Ni Sn Si Se F I 等 人体中存在的元素 常量元素 O C H N Ca P K S Na Cl Mg 重量百分比 (%) 微量元素 (<0.01%) Ni Cr Cu Co F I Fe Mn Mo Se Si Sn V Zn

28 C H O N 是能形成共价键的最轻元素 C N O 都具有形成多键的倾向, 使分子具有极强的稳定性 C 原子的特点 : 与其它原子形成强的共价键 ; 碳原子彼此连接成链状或环状大分子 一致性 : 链状或环状碳架是构成生物分子的基本骨架 生物大分子的碳链骨架 生物大分子 从化学成分看, 生物体内除了水 无机盐类 离子, 主要有 4 类分子, 其中 3 类可以形成大分子 小分子单糖 双糖脂肪酸核苷酸氨基酸 大分子多糖 淀粉 糖原 纤维素核糖核酸 RNA 脱氧核糖核酸 DNA 蛋白质

29 碳水化合物, 含 C H O 三种元素, 比例一般为 1:2:1 小分子 : 单糖 双糖 三糖大分子 ( 由单糖构成的多糖 ): 淀粉 糖原 纤维素 糖的生物功能 作为燃料 ( 是生命活动所需的能源 ) 重要的中间代谢物 参与生物大分子组成 作为信号分子 1. 糖类 (carbohydrates) 分子式 :(CH 2 O) n,n>=3 单糖 (monosaccharides) 葡萄糖 (glucose): (CH 2 O) 6

30 双糖 (disaccharides) 由 2 个单糖缩合而成麦芽糖 (maltose): 淀粉的基本结构单位,C 12 H 24 O 12 多糖 (polysaccharides) 由很多单糖分子缩合脱水而成的长链大分子淀粉 (starch): 植物细胞中以贮藏状态存在,(C 6 H 10 O 5 ) n 糖原 (glycogen): 动物细胞中贮存的糖纤维素 (cellulose): 高等植物细胞壁的主要成分

31 碳水化合物, 含 C H O 三种元素,H:O 远大于 2, 某些脂类含有 P N; 不溶于水, 但溶于非极性溶剂 ; 中性脂肪 磷脂 类固醇 萜类 构成生物膜的骨架 脂类的生物功能 储存能量 ( 效率是糖的 2 倍左右 ) 构成生物表面的保护层 保温层 重要的生物学活性物质 2. 脂类 (lipids) 中性脂肪 (fat) 油 (oil) 甘油和脂肪酸结合生成的三酰甘油酯, 高度疏水植物脂肪含大量不饱和脂肪酸, 液态, 称为油动物脂肪富含饱和脂肪酸, 可呈固态 蜡 (wax) 长链醇和长链脂肪酸结合生成的酯, 比三酰甘油酯更疏水蜂蜡的重要成分植物果实 叶片的天然覆盖层动物表皮 羽毛的覆盖层

32 磷脂 (phospholipids) 主要存在于细胞膜系统中 ; 卵磷脂 脑磷脂是构成生物膜磷脂双分子层的主要成分 类固醇 (steroids) 芳香族结构, 理化性质与脂类相近, 不溶于水, 溶于有机溶剂胆固醇 (cholesterol): 动物细胞膜和神经髓鞘的重要成分, 与膜的透性有关 重要的生物活性物质 : 性激素 维生素 D 肾上腺皮质激素 3. 蛋白质 (protein) 和氨基酸 (amino acid) 蛋白质是细胞的重要组成成分 除含有 C H O N 外, 还有 S 蛋白质的基本结构单位为氨基酸 (amino acid) 蛋白质种类繁多, 估计有 ~10 12 种 蛋白质的生物功能 是遗传信息转化成生物结构和功能的表达者 ; 参与基因表达的调节, 以及细胞中氧化还原反应 电子传递 神经传递 学习记忆等重要生命过程 ; 酶 ( 一类重要的蛋白质 ) 在细胞和生物体内各种生化反应中起催化作用 ; 某些蛋白质为生物生长提供营养 ; 某些蛋白质是动物的攻防武器 ( 蛇毒 蜂毒 )

33 氨基酸 (amino acid) 是蛋白质的结构单体 ; 天然存在于蛋白质中的氨基酸只有 20 种 ; 结构特点 : 在与羧基 -COOH 相连的 - 碳原子上都连着氨基, 侧链 R 的不同决定了氨基酸的特性 氨基酸通式 氨基酸序列标准符号 符号 意义 符号 意义 A(Ala) 丙氨酸 N(Asn) 天冬酰胺 B 天冬氨酸 / 天冬酰胺 P(Pro) 脯氨酸 C(Cys) 半胱氨酸 Q(Gln) 谷氨酰胺 D(Asp) 天冬氨酸 R(Arg) 精氨酸 E(Glu) 谷氨酸 S(Ser) 丝氨酸 F(Phe) 本丙氨酸 T(Thr) 苏氨酸 G(Gly) 甘氨酸 U 硒代半胱氨酸 H(His) 组氨酸 V(Val) 缬氨酸 I(Ile) 异亮氨酸 W(Trp) 色氨酸 K(Lys) 赖氨酸 Y(Tyr) 酪氨酸 L(Leu) 亮氨酸 Z 谷氨酸 / 谷氨酰胺 M(Met) 甲硫氨酸

34 除甘氨酸外都有疏水的侧链, 所以称为疏水氨基酸 都带有环状侧链, 基本上也都是疏水氨基酸

35 含硫氨基酸 碱性氨基酸, 又是亲水氨基酸 含羟基的氨基酸, 也是亲水氨基酸

36 天冬氨酸和谷氨酸是两个酸性氨基酸, 天冬酰胺和谷氨酰胺则为中性氨基酸 肽键 (peptide bond) 多肽 (polypeptide) 2 个氨基酸分子的相邻氨基和羧基脱水缩合, 形成肽键 ; 多个氨基酸分子以肽键顺序相连得到的链状分子, 就是多肽, 多肽是蛋白质分子的亚单位 ; 1 个蛋白质分子由 1 条或多条多肽链组成 ; 蛋白质是有方向的一维链, 氨基端记为 N 端 (N ), 羧基端记为 C 端 (C )

37 蛋白质的空间结构 一级结构 (primary structure) 多肽链中氨基酸数目 种类和线性排列顺序 二级结构 (secondary structure) 氢键形成 - 螺旋 ( -helix) 链间形成 - 折叠 ( -sheet) 三级结构 (tertiary structure) 肽链进一步沿多方向盘绕成紧密的近似球状结构 四级结构 (quaternary structure) 具有特定构象的肽链进一步结合, 并在空间相互作用 蛋白质的空间结构层次

38 蛋白质结构与功能的关系 蛋白质的生物学功能是蛋白质分子的天然构象所具有的性质, 功能与结构密切相关 只有当蛋白质以特定的适当空间构象存在时才具有生物活性 不同的蛋白质, 由于结构不同而具有不同的生物学功能 基本假设 (Anfinsen,1961): 序列决定构象, 即折叠 (folding) 所需信息完全包含在氨基酸排列的一维序列中 一级结构与功能的关系蛋白质的一级结构与蛋白质功能有相适应性和统一性 : (1) 一级结构的变异与分子疾病 (2) 一级结构与生物进化 (3) 蛋白质的激活作用 蛋白质空间结构与功能的关系蛋白质的空间结构与功能之间有密切相关性, 其特定的空间结构是行使生物功能的基础 : (1) 核糖核酸酶的变性与复性及其功能的丧失与恢复 (2) 血红蛋白的变构现象

39 4. 核酸 (nucleic acid) 及核苷酸 (nucleotides) 核酸是最重要的一类生物大分子 1870 年,F. Miescher 从脓细胞的核中分离, 由于呈酸性, 故命名为核酸 核酸 (nucleic acid) 脱氧核糖核酸 (DNA,deoxyribonucleic acid) 存在于细胞核内的染色质中, 以及线粒体和叶绿体中 DNA 是遗传信息的携带者 核糖核酸 (RNA,ribonucleic acid) 在细胞核内产生, 再进入细胞质中 RNA 在蛋白质合成中起重要作用 核苷酸 (nucleotides) 是 DNA 和 RNA 的结构单体, 核苷酸排列组成 DNA 和 RNA 大分子 ; 每一核苷酸分子含有一个核糖 ( 或脱氧核糖 ) 分子 一个磷酸分子 一个含氮的碱基 (base); 碱基分为两类 : 嘌呤 (purine): 双环分子, 包括腺嘌呤 (adenine, A) 鸟嘌呤 (guanine, G) 两种 ; 嘧啶 (pyrimidine): 单环分子, 包括胸腺嘧啶 (thymine,t) 胞嘧啶 (cytosine, C) 尿嘧啶 (uracil, U) 三种

40 DNA 和 RNA 多个核苷酸通过两个核苷酸之间的唯一连键 3,5 即磷酸二酯键顺序相连而成长链的多核苷酸分子, 即成核酸的基本结构 ; DNA: 含脱氧核糖, 分为 A C G T 四种 DNA 分子是双链结构, 由两条脱氧核糖核苷酸长链以碱基配对 (A-T,G-C) 相连形成螺旋状双链大分子 RNA: 含核糖, 分为 A C G U 四种 RNA 分子一般为单链, 一般比 DNA 分子小 所有生物细胞都含有这两类核酸 但病毒不同,DNA 病毒只含有 DNA,RNA 病毒只含 RNA 核酸序列数据库中的核苷酸代码 核苷酸 代码 核苷酸 代码 A( 腺嘌呤 ) A U( 尿嘧啶 ) U C( 胞嘧啶 ) C C 或 T(U) Y G( 鸟嘌呤 ) G G 或 T(U) K T( 胸腺嘧啶 ) T A 或 T(U) W 非 A B A 或 G R 非 C D A 或 C M 非 G H G 或 C S 非 T V A 或 C 或 G 或 T(U) N

41 3 5 DNA 的双螺旋结构与碱基配对 3 5

42 RNA 的单链可形成局部的碱基配对 不同类型的 RNA 分子可自身回折形成发卡 局部双螺旋区, 形成二级结构, 并折叠产生三级结构 RNA 二级结构和三级结构在 RNA 分子的功能实现中具有重要作用 核酸的生物学意义 核酸的特殊意义 : 存储大量被压缩的生物信息 核苷酸可以作为化学能量的携带者 ATP( 腺苷三磷酸 ) 在细胞反应中参与能量的转移 核苷酸链及其方向 1 个核苷酸的 3 位 -OH 与相邻的核苷酸 5 位磷酸基形成磷酸二酯键, 实现 2 个核苷酸连接 若干个核苷酸通过磷酸二酯键连接成的多聚核苷酸链, 形成 5 ->3 的方向

43 核苷酸分子 - 核苷酸的用途 : (1) 调味料 ; (2) 食品添加剂 ; (3) 药用 - 单个的核苷酸分子只具有化学上的意义 腺嘌呤 胸腺嘧啶 鸟嘌呤 胞嘧啶 DNA/RNA 分子 : 核苷酸分子的线性多聚体 - 核苷酸 : 构成 DNA/RNA 的基本单元 - DNA/RNA 分子的生物学意义 ( 长期化学进化的结果 )

44 小分子 大分子怎样组成原始生命? 原始汤 (primordial soup) 理论小分子有机化合物 ( 氨基酸 核苷酸 单糖 脂肪酸等 ) 汇集在原始海洋中, 怎样形成复杂的大分子? 复杂的有机物质 : 蛋白质 核酸 多糖 类脂等大分子物质 其中蛋白质和核酸的形成对于生命现象具有非常重要的作用 生物大分子并不能独立表现生命现象, 只有形成了众多的 乃至成百万的以蛋白质 核酸为基础的多分子体系时, 才能表现生命萌芽 而生物大分子在溶液中自动聚集, 从而形成各种独立的多分子体系, 出现团聚体或微球体 由于多分子体系可以起到有机表面的催化作用, 而反过来作用于各类单体的聚合, 促使产生更高级的蛋白质和核酸, 然后通过有序性逐渐提高的长期过程, 其结构 机能便愈益复杂和完善, 由此产生出原始生命 人造生命离我们还有多远? 第五项奇迹 生命起源之探索 (The fifth miracle) P. Davis, 译林出版社,2004 年 2.4 遗传的分子基础

45 2.4.1 What is gene? Mendel 的 遗传因子 遗传学之父 G. Mendel Gregor Mendel ( ) 奥地利植物学家 1851~1854 年在 Vienna 大学学习物理 数学和自然科学 此后连续 8 年 (1857~1865) 以豌豆为实验材料进行单因子杂交和双因子杂交实验,1865 年提出遗传学的两个基本定律 : 分离定律和自由组合定律 并开始提出 遗传因子 的概念 35 年后, 其研究成果开始引起科学界重视

46 遗传因子 生物的每一个性状, 从亲代到子代, 是由颗粒性的 遗传因子 决定的, 并由颗粒性的 遗传因子 负责传递遗传信息 ; 体细胞中的 遗传因子 成双存在, 配子中只含有其中之一 ; 亲代杂交时, 遗传因子 保持独立性, 互不融合, 在形成子代时, 配子的结合是随机的 基因 (gene) 1909 年, 丹麦遗传学家 Johansen 提出 gene 一词代替 遗传因子 从 Mendel 直到 20 世纪初, 遗传因子 或 基因 还只是逻辑推理的概念, 是作为一种遗传性状的符号, 无任何物质的内容 Morgan 的 基因学说 Thomas Morgan ( ) American geneticist whose maternal great grandfather was Francis Scott Key, author of the words to the American national anthem, "The Star-Spangled Banner." Morgan pioneered the entire field of genetics with his study of Drosophila, the fruit fly. He collaborated at Caltech with Bridges and Sturtevant. In 1915, Morgan collaborated with Sturtevant, Hermann Muller and Bridges in writing the landmark textbook The Mechanism of Mendelian Heredity. In 1933, Morgan was awarded the Nobel Prize for the discovery of the chromosomal mechanism by which traits are passed to offspring through interaction of genes.

47 染色体假说 1902 年, 德国 Bover 和美国 Sutton 同时提出 : 细胞核的染色体是基因的物质载体 Morgan 的果蝇伴性遗传实验 验证假说 : 控制果蝇白眼性状的基因位于 X 染色体上 ; 科学意义 : 首次把 1 个特定的基因与 1 个特定的染色体联系起来, 建立了遗传的染色体学说 果蝇 : 遗传学和分子发育生物学的国王

48 基因的本质 :DNA / RNA 肺炎双球菌转化实验 1928 年, 英国 Griffith;1944 年, 美国 Avery 等 DNA 是遗传物质基础的第一个和最重要的证据, 明确了 DNA 是遗传信息的载体 噬菌体感染实验 1952 年, 美国 Hershey 和 Chase 进一步为证明 DNA 是遗传物质提供了更直接的证据 烟草 TMV 的重建实验 1956 年, 德国 Fraenkel-Conrot 证明在不具有 DNA 的病毒中,RNA 是遗传物质 基因的定义 基因是携有遗传信息的 DNA 序列, 它能够表达一个完整的遗传信息 它是遗传物质的最小单位 一个基因是编码一条多肽链或功能 RNA 所必需的全部核苷酸序列 基因 :DNA 分子链上的特定区域

49 2.4.2 DNA 的复制 DNA 复制 生物遗传信息的横向传递 DNA 在细胞分裂之前以自身为模板进行自我复制, 复制的结果是双链之一变成两条一样的双链, 每条双链都与原来的双链一样, 分配到两个子细胞中 DNA 的双螺旋结构 复制的结构基础维持遗传物质的稳定性 ; 保证遗传信息复制的准确性 ; DNA 复制过程涉及 30 多种蛋白质 ( 包括酶 ) 的协同参与 ; 不同的生物中存在多种复制方式 DNA 复制的特点复制精确 遗传信息稳定 具有连续性 ; 速度快 效率高 DNA 的半保留复制 (Semi-conservative Replication) 机制 DNA 分子双链的碱基互补 导致一条链上核苷酸排列顺序决定了其互补链上的核苷酸排列顺序 所以, 每一链都含有合成其互补链所需的全部信息 Semi-conservative Replication 猜测 (Watson & Crick) DNA 复制过程中, 碱基的氢键首先断裂, 双螺旋解旋分开, 每条链分别作模板合成新链, 每个子代 DNA 都有一条链来自亲代, 另一条为新合成

50 Meselson & Stahl (1958) 的实验对半保留复制机制的验证 DNA 复制的起点 方向和速度 DNA 复制的起点双链解旋, 复制起点呈叉子状, 被称为复制叉 (replication forks) 复制起点是固定的, 一个 DNA 分子可以有多个复制起点 DNA 复制的方向沿着复制叉移动方向, 以 3 5 走向的链 ( 前导链,leading strand) 为模板, 可向前以 5 3 方向连续合成互补链 ; 沿着与复制叉移动方向相反的方向, 以 5 3 走向的链 ( 后随链, lagging strand) 为模板, 也以 5 3 方向合成互补链, 但先合成许多不连续的短片 冈崎片段 (Okazaki fragments), 最后再连成一条完整的 DNA 链 DNA 复制的速度复制从固定的起始点以双向等速方式进行, 复制叉以 DNA 分子上某一特定位置为起始点, 向两个方向等速生长前进

51 复制叉 冈崎片段 冈崎片段 DNA 复制示意图

52 DNA 复制的基本过程 起始阶段解旋酶使 DNA 分子的双螺旋结构展开, 引物酶辨认起始位点, 以解开的一段 DNA 为模板, 按照 5 到 3 方向合成 RNA 短链 形成 RNA 引物 DNA 片段的合成 DNA 的两条链同时进行复制过程, 由于复制过程只能由 5 ->3 方向合成, 因此一条链能够连续合成, 另一条链分段 ( 冈崎片段 ) 合成 RNA 引物的水解当 DNA 合成一定长度后,DNA 聚合酶水解 RNA 引物, 补填缺口 RNA 连接酶将 DNA 片段连接起来, 形成完整的 DNA 分子 旋转酶形成新的双螺旋结构最后 DNA 新合成的片段在旋转酶的帮助下重新形成螺旋状 参与 DNA 复制的关键酶 DNA 聚合酶 (DNA polymerase) 使核苷酸准确与模板上的互补碱基结合, 并连接成链 ; 不能起始新的 DNA 链, 只能使原有链延长 ; 合成方向只能是 5 到 3 引物酶 (primase) 一种依赖 DNA 的 RNA 聚合酶, 专门合成 RNA 引物 (RNA primer) DNA 连接酶 (DNA ligase) 一种连接 DNA 缺口的酶, 对 DNA 的复制 修复和重组具有重要作用 DNA 拓扑异构酶 (DNA topoisomerase) 催化拓扑异构体互相转变的酶, 具有多种生物学功能 DNA 螺旋酶 (DNA helicase) 结合在复制叉上, 通过水解 ATP 获得能量, 把 DNA 双链解开成单链的酶 单链 DNA 结合蛋白 (single-stranded DNA binding protein) (SSB protein): 保证解螺旋解开的单链在复制完成前能保持单链结构

53 2.4.3 从 DNA 到蛋白质 The Central Dogma of Molecular Biology (Crick, 1957) 蛋白质的生物合成过程 DNA 到 mrna 的转录 (transcription) DNA 的排列顺序决定蛋白质氨基酸的排列顺序, 但 DNA 中遗传信息的表达须依赖中介, 即通过转录合成 mrna 转录是在 RNA 聚合酶的催化下, 以 DNA 为模板, 按照碱基互补原则 (G-C, A-U) 沿 5 3 方向合成 RNA 的过程 转录过程需多种蛋白 ( 酶 ) 参与 RNA 聚合酶 (RNA polymerase): 从 DNA 合成 RNA 转录因子 (Transcription factor) 全保留式转录转录的结果是一条单链 RNA,DNA 仍保留原来的双链结构

54 转录的主要过程 RNA 聚合酶与启动子 (promotor) 结合并解开 DNA 双链启动子 :DNA 链上包含转录起点的特定序列 RNA 聚合酶必须通过转录因子识别启动子 进行转录 RNA 聚合酶沿模板 DNA 的 3 到 5 移动, 一边打开双链, 一边连接互补的 RNA 注意 : 打开的双链中只有 3 到 5 方向的链可作模板! 转录终止 RNA 聚合酶移到转录终止位点, 转录结束 转录的结果是一条单链 RNA, DNA 仍保留原来的双链结构 RNA 链完全脱离模板 DNA, 得到 mrna 的前体 (pre mrna) RNA 的加工 Pre mrna 经过加工 ( 切除内含子, 拼接外显子, 头尾加工, ), 得到 mrna 转录产生的主要功能 RNA( 非编码 RNA) 核糖体 RNA(ribosomal RNA, rrna) 组成核糖体, 核糖体是蛋白质合成的场所转运 RNA(transfer RNA, trna) 将氨基酸激活, 并转运至核糖体, 并保证将这些氨基酸按照 mrna 规定的顺序连接成肽链 核小 RNA(small nuclear RNA, snrna) 在真核生物中参与 pre mrna 分子加工 ( 内含子剪接 ) 过程

55 真核生物与原核生物 DNA 到 mrna 转录过程的比较 mrna 翻译为蛋白质 翻译 (translation) 是由 trna 把相应的氨基酸带到核糖体 -mrna 复合物上, 按 mrna 上的遗传信息装配成特定肽链的过程

56 翻译的主要过程 ( 以 E. coli 为例 ) 翻译的起始形成翻译起始复合物 :rrna mrna 以及 trna 在起始因子协助下组装成 70S 起始复合物 肽链的延伸在 70S 起始复合物 氨基酸 trna 延伸因子 肽基转移酶等共同作用下, 肽链按照 mrna 的密码子顺序不断延伸 蛋白质合成的终止释放因子识别终止密码子 UUA UAG 或 UGA, 新生肽链和 trna 从核糖体上释放, 多肽链合成终止 中心法则的全景

57 蛋白质的空间结构 一级结构 (primary structure) 多肽链中氨基酸数目 种类和线性排列顺序 二级结构 (secondary structure) 氢键形成 - 螺旋 ( -helix) 链间形成 - 折叠 ( -sheet) 三级结构 (tertiary structure) 肽链进一步沿多方向盘绕成紧密的近似球状结构 四级结构 (quaternary structure) 具有特定构象的肽链进一步结合, 并在空间相互作用 mrna 的反转录与 cdna 反转录病毒的侵染和复制过程 在反转录酶的作用下, 可将 RNA 反转录成 DNA( 如 RNA 病毒 ) 人类对中心法则认识的扩展 在实验环境下, 通过反转录酶的作用, 将 mrna 反转录得到的 DNA 称为互补 DNA(complementary DNA, cdna),cdna 不含内含子

58 遗传密码 (genetic code) 遗传密码的提出 G. Gamow(1954),4 种核苷酸 20 种氨基酸 : 二联码 氨基酸?4 2 =16<20 三联码 氨基酸?4 3 =64>20 四联码 氨基酸? 寻找确定每种氨基酸的具体密码遗传密码的破译 1960~1964: 三个重要实验确定出每种氨基酸的具体密码 DNA 的编码序列首先通过转录合成 mrna(message RNA); 在 mrna 中, 每 3 个核苷酸翻译成蛋白质中的 1 个氨基酸 把这 3 个核苷酸称为遗传密码或三联体密码 (triplet code), 每个三联码称为密码子 (codon) 大自然做任何事情, 都是采用最简单的形式 mrna 三联码 氨基酸的遗传密码

59 遗传密码的性质 遗传密码的简并性 (degeneracy) 64 codons 20 amino acids: 同一个氨基酸有 1 个或 1 个以上密码子 3 种氨基酸 6 codons (Leu, Ser, Arg) 5 种氨基酸 4 codons (Val, Pro, Ala, Gly, Thr) 1 种氨基酸 3 codons (Ile, STOP) 9 种氨基酸 2 codons (Phe, Tyr, His, Gln, Asn, Lys, Asp, Glu, Cys) 2 种氨基酸 1 codons (Met, Trp) 同义密码子 (synonymous codon): 对应于同一氨基酸的密码子

60 遗传密码的普遍性与特殊性 1 普遍性 : 对大多数病毒 原核生物 真菌 植物 动物都适用 ; 2 特殊性 : 支原体 :UGA 色氨酸 (Trp) 嗜热四膜虫 :UAA 谷氨酰胺 (Gln) 线粒体 : 与核 DNA 编码的氨基酸有部分差异 线粒体 DNA 与核 DNA 密码差异 物种 密码 线粒体 DNA 编码的氨基酸 核 DNA 编码的氨基酸 所有 UGA Trp STOP 酵母 CUA Thr Leu 果蝇 AGA Ser Arg 哺乳类 AGA/AGG STOP Arg AUA Met Ile 总结 : 核酸的世界 基因组结构

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