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1 第五章 DNA 复制 Chapter 5 DNA Replication

2 本章主要内容 DNA 复制概述 细菌 DNA 复制的过程 真核生物 DNA 的复制 原核生物 DNA 复制的调节控制 真核生物 DNA 复制的调控

3 一 DNA 复制的一些基本概念 1 DNA 复制 亲代双链 DNA 分子在 DNA 聚合酶的作用下, 分别以各单链 DNA 分子为模板, 聚合与自身碱基可以互补配对的游离的 dntp, 合成出两条与亲代 DNA 分子完全相同的子代 DNA 分子的过程 复制 (DDDP) 转录 (DDRP) 翻译 DNA RNA 蛋白质 RNA 复制 (RDRP) 反转录 (RDDP)

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5 2 复制子 (repicon) 基因组内能够独立进行复制的单位称为复制子或者复制单位 A unit of the genome in which DNA contain a region from origin to terminator. Repicon:origin... terminator 原核生物为 1 个复制子, 真核生物为多个复制子

6 真核生物的多复制子

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8 3 复制起点 (origin) 以大肠杆菌为例 : 复制起始片段 OriC. 长 245bp 全部富含 AT, 利于 DNA 双链解开

9 酵母 : 自主复制序列 (ARS )

10 4 复制终点 ( terminator ) 以大肠杆菌为例 : 复制终点在 OriC 的 180 位置上 5 复制叉 在复制起点形成的一个特殊的叉形结构 此位置是装配复制相关的酶和蛋白质 ( 拓扑异构酶或解旋酶 ) 的部位 多种酶和蛋白质结合在复制叉位置, 形成复杂的复制体结构

11 复制叉相遇 terd,tera 叉 1 终止 terc,terb 叉 2 终止 E.Coli 染色体 DNA 属于双向复制 复制叉 2 起始点 复制叉 1 复制叉

12 6 复制方向 单双向复制取决于起点处有一个还是两个复制叉 单向复制 双向复制

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14 相向复制 双向复制 单向复制

15 复制的多模式 单起点 单方向 ( 原核 ) 多起点 单方向 ( 真核 ) 单起点 双方向 ( 原核 ) 多起点 双方向 ( 真核 )

16 7 复制的方式 1) 比较形象的 --θ 复制 双链环状 DNA 的复制眼可以形成一种 θ 结构, 形状像希腊字母 θ, 因而叫. 在复制过程中涉及到双链解旋产生相反方向的正超螺旋旋转, 因此 DNA 的主链骨架要切断产生切口, 利于 DNA 解旋, 复制叉前移

17 A replication eye forms a theta structure in circular DNA. 形如眼或泡的结构

18 单向复制 单 双向 θ 复制模式图 双向复制

19 2) 共价延伸方式 (covalence elongation) 或滚环式复制 (rolling circle replication): 由于复制时产生的滚环形状象 σ, 又称 σ 复制 病毒 细菌因子 例如产生单链环状 φⅹ174 的过程是一个典型例子

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21 gpa 蛋白

22 The A protein is cis-acting Phage φx174 The replication by rolling cycle structure

23 3) 置换式 (Displace ment form ) 又称 D 环复制如线粒体和叶绿体 DNA 的复制方式

24 二 DNA 复制酶体系 (Enzymology of DNA Replication) 与 DNA 聚合反应有关的酶包括多种 DNA 聚合酶和 DNA 连接酶 聚合反应 : 底物 dntp Poly( 核苷酸 )n-3 -OH + dntp Poly( 核苷酸 )n+1-3 -OH + 2Pi

25 5 聚合酶催化的反应特点 : 以 4 种 dntp 作为底物 链的合成方向 反应接受模板指导 链延伸需要有引物 3 - 羟基存在 3 核苷酸加到引物 3 链延伸的方向为 5-3 产物 DNA 的极性与模板相对 模板链 3 5 引物链

26 大肠杆菌 DNA 聚合酶的种类及其功能

27 大肠杆菌 DNA 聚合酶 I II III 的性质比较 性 质 聚合酶 I 聚合酶 II 聚合酶 III 3` 5` 外切 ` 3` 外切 新生链的合成 生物学活性 生物学功能 切除引物 修复 DNA 修复 DNA 复制

28 1 DNApolⅠ 结构和功能 1)5-3 的聚合酶活性 主要用于 DNA 的修复和 RNA 引物的替换 2) 3-5 外切核酸酶活性 校对功能 (proofreading)

29 3)5-3 外切核酸酶活性 DNApolⅠ 的 5-3 外切活性有以下三个特点 : 必须有 5 - 磷酸末端 被除去的核苷酸必须是已经配对的 被除去的可以是脱氧核糖核苷酸, 也可以是核糖核苷酸 ( 切口平移 )

30 缺刻平移 ( Nick translation) 去除引物 切口 : 一条链上断裂一个磷酸二脂键 缺口 : 失去一段单链

31 用蛋白水解酶将 DNApolⅠ 有限水解, 可得到大小 两个片段, 大片度称为 Klenow 片段 小片段蛋白酶分子质量 35000Da N 5-3 外切核酸酶 大片段分子质量 68000Da 3-5 外切核酸酶 聚合酶 C

32 2 DNApolⅢ 结构和功能 DNApolⅢ 由十种亚基组成, 其中 α 亚基具有 5 3 聚合 DNA 的酶活性, 因而具有复制 DNA 的功能 ; ε 亚基具有 3 5 外切酶的活性, 因而与 DNA 复制的校正功能有关 β 亚基的功能如同夹子, 两个 β 亚基可夹住 DNA 分子相对滑动, 使聚合酶在完成复制前不脱离模板 DNA 而持续聚合

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34 β β

35 DNApol Ⅱ 和 DNApol Ⅲ 的共同功能 : 多亚基酶 5-3 聚合活性 3-5 的外切核酸酶活性 DNApol Ⅱ 在体内功能尚不清楚, 可能参与 DNA 修复

36 3 DNA 连接酶 所需条件 : a 切刻的 3 -OH 和 5 -P 相邻 b 切刻各自碱基处于配对状态 c 需要能量原核 (ATP NAD) 真核 (ATP) 用途 : 复制过程中,5 端 RNA 引物被置换后切刻的连接修复 重组

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39 三 与 DNA 几何学性质相关的酶 1 解螺旋酶 (helicase): 又称解旋酶 单链结合蛋白 (SSB single-strand binding protein) 2 DNA 旋转酶 : 消除复制叉前进过程中产生的正超螺旋, 产生负超螺旋

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43 DNA 复制的保真性 : 为了保证遗传的稳定,DNA 的复制必须具有高保真性 DNA 复制时的保真性主要与下列因素有关 : 1. 遵守严格的碱基配对规律 ; 2.DNA 聚合酶在复制时对碱基的正确选择 ; 3. 对复制过程中出现的错误及时进行校正

44 DNA 复制的拓扑性质 DNA 复制的拓扑性质是通过拓扑异构酶实现的, 将共价闭环的超螺旋 DNA 变成松弛态 Ⅰ 型拓扑异构酶 (TopoⅠ) 主要消除负超螺旋, 先切开双链 DNA 中的一条链, 使链末端沿螺旋方向转动, 然后封闭切口

45 Ⅱ 型拓扑异构酶 (TopoⅡ) 利用水解 ATP 提供的能量, 连续向同一个双链闭环 DNA 分子中引入负超螺旋, 从而抵消 DNA 复制中产生的正超螺旋

46 原核拓扑异构酶 Ⅰ 作用机制 : 1 酶与 DNA 结合使双链解旋 ; 2 使一条链切开, 但酶与切口的两端结合阻止了螺旋的旋转 ; 3 酶使另一条链经过缺口, 然后再将两断端连接起来 ; 4 酶从 DNA 上脱落, 两条链复原, 得到的 DNA 比原来少一个负超螺旋

47 Replication machinery replication Positive supercoil Break DNA Topoisomerase II pass DNA through the break negative supercoil

48 DNA 的半不连续复制 (Semi-Discontinuous Replication) 复制叉移动方向 由 DNA 连接酶连接 冈崎片段 没有发现 DNA 能按 3 5 合成的证据

49 细菌 DNA 复制过程 1 E.Coli 复制的起始 :

50 DnaA 蛋白功能 : 只与处于负超螺旋的 DNA 分子结合, 在 ATP 参与下, 结合在 OriC 中 4 个 9bp 重复序列形成起始复合物 促使 OriC 中 3 个富含 AT 的 13bp 重复序列解旋形成解链复合物, 需要 ATP 参与,HU 对此过程有促进作用 引导 DnaB-DnaC 复合物进入局部解链区, 形成引发前体复合物 ( 前引发体 )

51 DnaB 蛋白功能 : 解旋酶的功能, 解开 DNA 双螺旋 活化引物合成酶, 促使其合成 RNA 引物 DnaB 和 DnaC 形成前引发体, 后促进 DnaG 蛋白结合, 完成引发体组装 引发体组装后, 引发合成 RNA 引物

52 2 复制的延伸 ( E.Coli ) 在延伸阶段, 包括前导链和后随链的合成, 前导链持续合成, 后随链分段合成, 伴随着亲代链的解旋,SSB 稳定形成复制叉

53 引发体组装

54 延伸过程归纳 : 1 前导链的合成: 全酶异二聚体的一个亚单位与前导链模板结合, 在引物 RNA 合成的基础上, 连续的合成 DNA, 其行进方向与复制叉一致 2 后随链的合成 : 回环模型

55 在断链的 3 端以另一条链为模板连续合成 延伸 断裂的 5 端从环上不断解开, 并作为模板指导新链的不连续合成

56 1 后随链的模板形成回环, 聚合酶异二聚体中的一个亚单位和引发体都与后随链模板结合, 准备开始合成引物 2 引物行进 5-3 方向合成, 由于模板呈环状, 引物行进方向与复制叉方向一致 3 模板链的环不断扩大, 在引物 3 -OH 端开始合成 DNA 片段, 合成方向为 当 DNA 新片段合成到距离前一片段的 5 端仅剩一小空隙时, 酶的行进受阻, 模板链解环, 新合成的片段随机移动到与复制叉行进相反的方向, 至此一个冈崎片段合成 以上过程周而复始,DNApolyⅠ 切除 RNA 引物, 填补空虚,DNA 连接酶连接

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58 回环模型 后滞链模板形成了一个回环, 使环中 RNA 引物和冈崎片段的合成方向与前导链一致, 以适应双链在同一复制体上进行复制

59 3 复制的终止 ( E.Coli ) ter Tus-ter 复合物 在正常情况下, 两个复制叉前进速度相等, 到达终止区后停止复制, 然而如果其中一个复制叉前移受阻, 另一个复制叉复制过半后, 则受到对侧 Tus-ter 复合物的阻挡, 等待前一复制叉的汇合

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61 简要回顾原核生物 ( 以 E.Coli 为例 ) DNA 复制的全过程, 起始 延伸及终止 视频

62 真核生物 DNA 的复制 真核生物的 DNA 聚合酶 :α β δ ε γ 五种 α β δ ε γ 位置核内核内核内核内线粒体 合成 与引发 修复 合成 合成, 修复 复制 功能 酶结合 前导链 后随链 3-5 校 NO NO Yes Yes Yes 正活性

63 真核生物染色体端粒的复制 真核生物不同于原核生物, 能够填补 5 端空缺 真核生物能够通过形成端粒结构以及具有逆转录酶活性的端粒酶防止 DNA 复制时后随链缩短而产生的染色体短缺 端粒酶可以外加重复单位到 5 端, 维持端粒一定的长度 后随链的模板链被不完整复制, 子代 DNA5 端序列逐步缩短, 导致后随链合成的子代单体 DNA 都要短一截

64 真核生物线性染色体的两个末端具有特殊的端粒结构 富含 G 的 3 OH 端具有长为 12-16nt 的一条单链突出末端 5 TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGG 3 ( 富含 G 链 ) 3 AACCCC AACCCC AACCCC 5 ( 富含 C 链 ) 端粒 DNA(Telomer) 结构特点

65 人的端粒 DNA 序列 :(TTAGGG)n 端粒 DNA : 含数百个短的正向重复序列, 富含 GC

66 补齐过程 通过 TG 链的回折形成发夹结构, 成为引物, 复制后随链的 5 G G 氢键 : 非碱基配对有利于 DNA-RNA 杂交链之间的相对滑动 )

67 实验表明 -- 人体细胞通过监测失去的端粒的重复数而计数细胞分裂次数, 当端粒长度下降到某一临界值时, 细胞终止分裂 --- 衰老 死亡 多莉 的衰老 研究端粒丢失的速率, 预测人类的寿命 研究推测端粒酶与肿瘤的关系

68 DNA 复制的调节控制 原核细胞复制的调节控制 : 细胞内复制叉的多少决定了复制起始频率高低 Ecoli 复制起始 :DnaA 浓度的高低 GATC 上的 A 是否被完全甲基化

69 真核生物 DNA 复制的调控 细胞生活周期水平上的调控 G1 S 检验点 ( 限制点 ) 细胞环境 营养条件等 染色体水平上的调控不同染色体或同一染色体的不同部位, 复制子按照怎样的顺序起始复制, 机制不清... 复制子水平上的调控决定复制的起始与否

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71 本章习题 解释名词概念半保留复制 复制子 ARS OriC RF SSB Klenow 片段 冈崎片段 回环模型 简述 φχ174 噬菌体复制过程? 大肠杆菌染色体 DNA 的复制起点如何? 什么是双 向复制? 列出原核生物 DNA 复制的酶和蛋白质因子体系? 与 DNA 复制的忠实性有关的因素是什么? 真核细胞中 DNA 复制有哪 3 个水平的调控?

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