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1 2017 年 5 月第 27 卷第 5 期 中国比较医学杂志 CHINESE JOURNAL OF COMPARATIVE MEDICINE May, 2017 Vol. 27 No. 5 金黄色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌多重 PCR 方法的建立与初步应用 技术方法 祝岩波 1, 郑龙 1, 尤红煜 1, 王璇 2, 梁晓亮 1, 刘健敏 1, 张东明 1, 连伟光 1, 栗彦宁 1 1, 王俊霞 (1 河北省实验动物重点实验室, 河北医科大学实验动物学部, 石家庄 ; 2 河北医科大学第二医院, 石家庄 ) 摘要 目的建立金黄色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌多重 PCR 检测方法, 为实验动物细菌检测提供快速 灵敏 简便的方法 方法根据金黄色葡萄球菌 nuc 基因 绿脓杆菌 LasI 基因 肺炎克雷伯杆菌 PhoE 基因和细菌通用 16S rrna 基因设计出特异性引物 ; 经过多重 PCR 引物浓度和退火温度的优化, 特异性和敏感性的检测, 建立多重 PCR 体系 应用该 PCR 体系对人工感染标本 实验动物粪便样本进行验证检测, 与传统检测方法对比 结果多重 PCR 分别扩增出金黄色葡萄球菌 (153 bp) 绿脓杆菌(600 bp) 肺炎克雷伯杆菌 (368 bp) 和通用 (520 bp) 的目的条带 多重敏感性为 10 pg, 特异性检测未从其他细菌中检测出目的条带 应用建立的多重 PCR 体系检测出不同组合的人工感染标本, 从 76 只粪便检测出绿脓杆菌阳性 1 例, 与传统检测方法结果一致 结论本文建立的多重 PCR 方法具有特异 灵敏 简便 快速等优点, 为实验动物微生物的快速检测提供了可靠的方法 关键词 金黄色葡萄球菌 ; 绿脓杆菌 ; 肺炎克雷伯杆菌 ; 多重 PCR 中图分类号 R 33 文献标识码 A 文章编号 (2017) doi: j. issn Establishment and application of a multiplex PCR method in Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae ZHU Yan bo 1,ZHENG Long 1,YOU Hong yu 1,WANG Xuan 2,LIANG Xiao liang 1,LIU Jian min 1, ZHANG Dong ming 1,LIAN Wei guang 1,LI Yan ning 1,WANG Jun xia 1 (1 Department of key laboratory Animal Hebei Province, laboratory Animal Hebei Medical University, Shijiazhuang ,China; 2 The Second Hospital of Hebei Medical University,Shijiazhuang ,China) Abstract Objective Aiming at detecting Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae in laboratory animals,the paper provides a rapid,sensitive and simple test method. Methods According to Staphylococcus aureus nuc gene,pseudomonas aeruginosa LasI gene,klebsiella pneumonia PhoE gene and general 16S rrna gene, designed specific primers ; Through the optimization of multiplex PCR primer concentrations and annealing temperature, the specificity and sensitivity of detection, establishing multiplex PCR system. Application of the PCR system test specimens of artificial infections and experiment animal feces is compared with traditional test method. Results Multiplex PCR amplification of Staphylococcus aureus ( 153 bp), Pseudomonas aeruginosa ( 600 bp) with Klebsiella pneumoniae (368 bp) and general (520 bp). The multiplex sensitivity for the purpose of 10pg, specificity of detection was [ 基金项目 ] 国家科技支撑计划 (2015BAI07B02-05) [ 作者简介 ] 祝岩波 ( ), 女, 硕士研究生, 专业 : 动物学 E mail: @ qq. com [ 通讯作者 ] 王俊霞 ( ), 女, 教授, 研究方向 : 从事微生物检验 E mail: @ 163. com

2 中国比较医学杂志 2017 年 5 月第 27 卷第 5 期 Chin J Comp Med, May 2017,Vol. 27. No not detected from other pathogens. Application of establishing multiplex PCR system to detect the artificial positive samples, and detect 1 Pseudomonas aeruginosa positive case in 76 fecals. Conclusions This paper established the multiplex PCR method which has the advantages of specific, sensitive, simple and rapid, and provides a reliable way for rapid test in laboratory animals microbiology. Key words Staphylococcus aureus; Pseudomonas aeruginosa; Klebsiella pneumoniae; Multiplex PCR 金黄色葡萄球菌 ( Staphylococcus aureus, S. aureus ) 绿脓杆菌 ( Pseudomonas aeruginosa, P. aeruginosa ) 和肺炎克雷伯杆菌 ( Klebsiella pneumoniae,k. pneumoniae) 均为人畜共患病的条件致病菌, 是我国 SPF 级别实验动物大鼠 小鼠 豚鼠 地鼠 兔等必须排除的病原体 三种病原体在实验动物机体免疫功能低下 实验刺激等情况下, 可能导致呼吸道和消化道等疾病, 严重感染甚至造成动物死亡 [1] 近几年实验动物质量监测结果显示, 金黄色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌等条件致病菌阳性时有发生 [2-4] 目前我国实验动物微生物等级及监测标准 GB / T , GB / T ,GB / T , 针对上述三种条件致病菌采用的是传统的分离培养和生化鉴定方法进行检测, 此种方法费时费力, 而且实验人员需要具备较高的专业素质 目前分子生物学方法对于细菌 病毒的检测已得到广泛应用, 本研究探讨了多重 PCR 方法对上述三种细菌进行检测的方法, 为建立快速 准确和简便的检测方法提供实验依据 1 材料和方法 1 1 实验材料 菌株本实验所用菌种金黄色葡萄球菌 (ATCC6538) 由石家庄市疾控中心惠赠, 绿脓杆菌 (CMCC10110) 多杀巴氏杆菌 支气管败血性波氏杆菌由中国食品药品检定研究院惠赠, 肺炎克雷伯杆菌 ( CMCC46117) 购自广东省微生物菌种保藏中心 支原体分离 细菌 Bacteria 金黄色葡萄球菌 S. aureus 绿脓杆菌 P. aeruginosa 肺炎克雷伯杆菌 K. pneumoniaea 通用引物 Universal primer 基因 Genes nuc LasI PhoE 16S rrna 表 1 引物序列 Tab. 1 The primer sequences 株, 大肠杆菌, 志贺菌, 乙型溶血性链球菌本室保存 动物样本随机抽检来自河北省实验动物中心, 河北医科大学第三医院和河北医科大学第四医院动物实验室的共计 76 只清洁级活体动物粪便样本及回盲部内容物, 其中包含 21 只大鼠,36 只小鼠,6 只豚鼠,5 只地鼠,8 只兔 引物根据金黄色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌的特异性区域设计相应引物, 引物基因 引物序列 产物长度和文献出处见表 1 引物由生工生物工程 ( 上海 ) 股份有限公司合成 试剂普通营养琼脂培养基, 营养肉汤培养基, 甘露醇氯化钠琼脂培养基 ( SP),NAC 液体培养基,NAC 琼脂培养基,DHL 琼脂平皿, 血琼脂平皿, 均购自北京三药科技开发公司 ; 细菌基因组 DNA 提取试剂盒, 粪便基因组 DNA 提取试剂盒购自天根生化科技有限公司 细菌生化鉴定管购自杭州天和微生物试剂有限公司 ; Mix 购自康为世纪 ; Tris 购自 Solarbio 公司 ;DNA Ladder 购自南京诺唯赞生物科技有限公司 ; 琼脂糖 Agarose 购自 BIOWEST 公司 ; 核酸染料 ExRed 购自北京庄盟国际生物基因科技有限公司 仪器所用微量分光光度计为 NanoDrop 为基因公司 ; PCR 仪为美国 ABI 9700; 凝胶成像系统为美国 UVPGDS 8000 引物序列 (5-3 ) Primer sequences nuc1 1:CACCTGAAACAAAGCATCCTAA nuc1 2:TATACGCTAAGCCACGTCCAT LasI F :ATGATCGTACAAATTGGTCGG LasI R :GTCATGAAACCGCCAGTC KP1:TGGCCCGCGCCAGGGTTCGAAA KP2:GATGTCGTCATCGTTGATGCCCAG Uni16S1:AGAGTTTGATCCTGGCTCAG Uni16S2:GCGGCTGCTGCACG 产物长度 (bp) Product size 文献出处 Reference 153 bp [4] 600 bp [5] 368 bp [6] 520 bp [7]

3 96 1 2 实验方法 1 2 1 细菌 DNA 的提取 标准菌株复苏培养后 天根细菌基因组 DNA 提 取试剂盒提取基因组 DNA 操作根据试剂盒说明进 行 经紫外分光光度计检测 测取各菌株的浓度 1 2 2 粪便 DNA 的提取 收集活体动物粪便用天根粪便基因组 DNA 提 取试剂盒按照使用说明提取基因组 DNA 1 2 3 多重 PCR 反应体系和反应条件 PCR 反应体系为 50 μl 包括 Mix 25 μl 引物 6 5 μl 金黄色葡萄球菌 肺炎克雷伯杆菌和绿脓 杆菌反应 体 系 终 浓 度 分 别 0 2 μmol L 通 用 引 物 0 05 μmol L DNA 3 μl 反应条件为 94 5 min 94 30 s 60 30 s 72 30 s 共 30 个循环 72 7 min PCR 产物在 2 5 琼脂糖凝胶中 120 V 电泳 30 min 1 2 4 特异性检测 用所建立的多重 PCR 体系分别扩增多杀巴氏 杆菌 支气管败血性波氏杆菌 支原体分离株 大肠 杆菌 志贺菌 乙型溶血性链球菌来检测所建方法 的特异性 1 2 5 敏感性检测 将金黄色葡萄球菌 肺炎克雷伯杆和绿脓杆菌 的 DNA 按 照 1 1 1 混 合 并 做 10 倍 系 列 稀 释 至 10 5 倍浓度 每种浓度取 3 μl 作为 PCR 反应模板 不同稀释浓度病原体模板质量分别为 10 ng 1 ng 100 pg 10 pg 1 pg 100 fg 检验多重 PCR 的敏感性 1 2 6 应用 将金黄色葡萄球菌 肺炎克雷伯杆菌和绿脓杆 菌分别混入动物粪便中 提取粪便 DNA 使用三种 病原菌多重 PCR 方法扩增 收集 21 只大鼠 36 只小 鼠 6 只豚鼠 5 只地鼠 8 只兔共 76 份动物粪便 提 取粪便 DNA 使用三种病原菌多重 PCR 方法检测 将阳性扩增产物测序 测序结果与 Genebank 公布序 列进行比对 将回盲内容物根据国家标准的传统 检测方法分离培养鉴定 将其结果与多重 PCR 结果 进行比对 2 结果 2 1 PCR 引物浓度和退火温度的优化 分别对金黄色葡萄球菌 肺炎克雷伯杆菌和绿脓 杆菌进行单重 PCR 实验 结果显示金黄色葡萄球菌 扩增出 153 bp 产物 肺炎克雷伯杆菌扩增出368 bp产 物 绿脓杆菌扩增出 600 bp 产物 细菌通用引物扩增 出 520 bp 产物 多重 PCR 体系引物浓度优化 当 3 种病原菌引物浓度均为 0 2 μmol L 时 比较通用引 物浓度分别为 0 2 0 1 0 05 0 025 μmol L时扩增效 果 结果显示通用引物浓度 0 05 μmol L 时 四条扩 增条带较均一清晰 见图 1A 多重 PCR 扩增体系 退火温度优化 结果显示 60 退火温度时 四条扩增 条带较清晰均匀 见图 1B 2 2 特异性 用建立的多重 PCR 方法扩增多杀巴氏杆菌 支 气管败血性波氏杆菌 支原体 大肠杆菌志贺菌和 乙型溶血性链球菌 结果显示只出现一条细菌通用 引物扩增目的条带 无其他阳性产物 见图 2 2 3 敏感性 三种病原菌金黄色葡萄球菌 肺炎克雷伯杆菌 和绿脓杆菌多重 PCR 敏感性实验结果显示 每种病 原菌 DNA 最低检测质量均为 10 pg 见图 3 注 A M 100 bp DNA Ladder 1 4 金黄色葡萄球菌 肺炎克雷伯杆菌和绿脓杆菌引物浓度均为 0 2 μmol L 通用引物浓度分别为 0 2 μmol L 0 1 μmol L 0 05 μmol L 0 025 μmol L B M 100 bp DNA Ladder 1 4 退火温度分别 56 58 60 62 图1 多重 PCR 引物浓度和退火温度的优化 Note A M 100 bp DNA Ladder 1 4 Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa Klebsiella pneumoniae primer concentrations is 0 2 μmol L universal primer concentration is 0 2 μmol L 0 1 μmol L 0 05 μmol L 0 025 μmol L B M 100 bp DNA Ladder 1 4 annealing temperature is 56 58 60 62 Fig 1 Optimization of multiplex PCR in primer concentrations and annealing temperature

4 97 注 M 100 bp DNA Ladder 1 阳性对照 2 多杀巴氏杆菌 3 支气管败血性波氏杆菌 4 支原体 5 大肠杆菌 6 志贺菌 7 乙型溶血性链球菌 图2 多重 PCR 特异性 Note M 100 bp DNA Ladder 1 Positive control 2 Pasteurellamultocida 3 Bordetella bronchiseptica 4 Mycoplasma pneumoniae 5 Escherichia coli 6 Shigella 7 β hemolytic streptococcus Fig 2 2 4 Specificity results of multiplex PCR 应用 使用多重 PCR 方法对人工感染的粪便 DNA 样 本进行扩增 结果显示与预期结果一致 并无非特 异性产物扩增 见图 4 用多重 PCR 体系对收集的 76 份动物粪便 DNA 检测 结果显示有一例样本在 约 600 bp 处有一条扩增条带 与绿脓杆菌扩增产物 条带 大 小 相 似 见 图 5 送 测 序 测 序 结 果 与 Genebank 绿脓杆菌 DNA 序列一致 3 讨论 金黄色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌 属于人畜共患病的病原菌 均属我国 SPF 级实验动 物必须排除的病原菌 目前我国实验动物的金黄 色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌的检测仍 采用国家标准推荐的传统的分离培养方法和生化 鉴定 该方法经典 准确 但操作繁琐 费时 实验 条件限定和检测人员的主观判定使得该方法各检 注 M 100 bp DNA Ladder 1 6 质量分别为 10 ng 1 ng 100 pg 10 pg 1 pg 100 fg 图3 多重 PCR 敏感性 Note M 100 bp DNA Ladder 1 6 The quality is 10 ng 1 ng 100 pg 10 pg 1 pg 100 fg Fig 3 Sensitivity results of multiplex PCR 测室之间易出现结果的差异 2 3 因此急需建立一 种快速 准确的新检测方法 金黄色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌 PCR 方法早已在微生物检测中应用 但之前方法每 次只能检测一种细菌 检测效率低 工作量大 影响 了广泛的应用 8 本文根据金黄色葡萄球菌 nuc 基 因 绿脓杆菌 LasI 基因 肺炎克雷伯杆菌 PhoE 基因 和细菌通用 16S rrna 基因设计出特异性引物建立 了可以同时检测三种实验动物条件致病菌的三重 PCR 方法 并在反应体系中加入由 16S rrna 基因 设计的细菌通用引物 作为内质控 在病原菌检测 中可以根据通用引物扩增条带的情况判定反应体 系是否完好及评估体系中加入的模板质量 在多重 PCR 条件的优化过程中 金黄色葡萄球 菌 肺炎克雷伯杆菌和绿脓杆菌引物浓度均为 0 2 μmol L 通 用 引 物 浓 度 为 0 2 0 1 0 05 0 025 μmol L 时 均可获得四条带 但在通用引物浓度为 注 M 100 bp DNA Ladder 1 阳性对照 2 阴性对照 3 8 正常粪便 4 9 加金黄色葡萄球菌 5 10 加绿脓杆菌 6 11 加肺炎克 雷伯杆菌 7 12 加金黄色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌 图4 多重 PCR 的人工感染标本检测结果 Note M 100 bp DNA Ladder 1 Positive control 2 Negative control 3 8 Normal feces 4 9 Staphylococcus aureus 5 10 Pseudomonas aeruginosa 6 11 Klebsiella pneumoniae 7 12 Three bacteria Fig 4 multiplex PCR detection results of artificial positive samples

5 98 注 A M 100 bp DNA Ladder 1 阳性对照 2 阴性对照 3 12 小鼠粪便样本 B M 100 bp DNA Ladder 1 阳性对照 2 阴 性对照 3 12 小鼠粪便样本 13 17 大鼠粪便样本 图5 多重 PCR 粪便样本检测结果 Note A M 100 bp DNA Ladder 1 Positive control 2 Negative control 3 12 Fecal sample of mice B M 100 bp DNA Ladder 1 Positive control 2 Negative control 3 12 Fecal sample of mice 13 17 Fecal sample of rats Fig 5 Feces samples test results of multiplex PCR 0 05 μmol L 时可获得更明亮均一的条带 在此引 物浓度基础上 对退火温度优化 四个温度均可扩 增出目的片段 但 60 最优 同时 其特异性和敏感 性良好 因此可以达到一个比较满意的效果 因三种病原体均存在于动物粪便中 考虑粪便 DNA 提取物可能影响多重 PCR 反应特异性 本研究 将金黄色葡萄球菌 绿脓杆菌和肺炎克雷伯杆菌三 种病原菌分别混入到动物粪便中 提取总 DNA 多 重 PCR 方法扩增结果与预期结果一致 能够准确的 检测出不同的菌株组合 并且没有非特异性扩增 为了验证本方法在实际实验动物病原菌检测中应 用性 在多家实验动物单位取材 取回盲内容物应 用传统分离培养的检测方法 结果为一例绿脓杆菌 感染阳性 同时取相应的实验动物的活体粪便 提 取粪便 DNA 使用多重 PCR 方法检测三种病原菌 结果显示在 76 份活体动物粪便中均可以扩增出通 用条带 检测到一例绿脓杆菌感染阳性 与传统方 法获得一样的结果 初步验证本方法的可行性 本 文建立的多重 PCR 方法旨在活体检测 便于对活体 动物进行长期的微生物监测 达到质量控制标准 总之 在下面工作中 将进一步扩大检测样本量验 证本方法的准确性和实用性 本方法有良好的重复性 操作简单 快速 成本 较低 可以在实验动物微生物检测中进一步应用 参考文献 1 田克恭 贺争鸣 刘群 等 实验动物疫病学 M 北京 中国 2 邢进 高正琴 冯育芳 等 北京地区 2008 2011 年实验动物 3 农业出版社 2015 绿脓杆菌检测结果与分析 J 实验动物科学 2012 29 3 24 26 冯育芳 邢进 付瑞 等 实验动物金黄色葡萄球菌的实验室 检测能力 验 证 结 果 评 价 J 中 国 实 验 动 物 学 报 2016 24 2 195 198 4 胡瑜 金黄色葡萄球菌耐热核酸酶的功能鉴定及表达调控 5 Aghamollaei H Moghaddam MM Kooshki H et al Detection of D 上海交通大学 2013 Pseudomonas aeruginosa bya triplex polymerase chain reaction assaybased on lasi R and gyrb genes J J Infect Public Health 2015 8 4 314 322 6 冯洁 谢建云 胡建华 等 3 种条件致病菌三重 PCR 检测方法的 7 Register KB DeJong KD Analytical verification of a multiplex 建立及初步应用 J 中国畜牧兽医 2015 42 6 1389 1395 PCR for identification of Bordetella bronchiseptica and Pasteurell amultocida from swine J Vet Microbiol 2006 117 2 4 8 201 210 冯洁 谢建云 冯丽萍 等 培养法和 PCR 法用于实验大 小鼠 细菌检测的比较分析 J 中国比较医学杂志 2015 25 8 23 26 收稿日期 2016 11 28

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