Reaxys 化學資料庫的最新功能及應用 Reaxys 資料庫的架構及未來更新方向, 並舉實例說明重要功能 Presented By Olivia Liang 梁成芝 Date 2015/5/14
Reaxys 的過去與現在 承襲 Gmelin, Beilstein, 與 CrossFire 資料庫 1771 年開始 1771 1817 1881 1988 1993 2007 Gmelin Online Beilstein Online Beilstein on STN 涵蓋有機 無機 有機金屬領域 400 種核心期刊 CrossFire 1.0 資料來自超過 16000 種期刊經實驗驗證的數據 CrossFire Commander 2009 2013 三大專利資料庫 : USTPO, EPO, WIPO
Reaxys 的過去與現在 -- 持續創新與改良的精神 60 40 20 0 Total Unique Substances (millions) 40 35 30 Total Reactions (millions) 60 40 20 0 Total Bibliographic Records (millions) 20000 15000 10000 5000 0 Total Journal Titles 15 10 5 0 Major Functions REAXYS 2014 REAXYS 2012 2009 2010 2011 2012 2013 2014 Experimental procedures Synthesis planner Markush viewer Similarity searching Reaxys Structure Flat File Reaxys APIs ELN interoperability emolecules integration PubChem integration Content Expansion & Indexing Anaylsis and reporting Reaxys Tree Ask Reaxys smart search Molecular Formula Builder
Reaxys 2015 文獻資料 A Bibliographic Database >46 million records (from ~16,000 journal titles plus records from key patent organisations) Reaxys 2015 A Substance Database ~ 90 million substances (total) ~ 57 million substances (unique) 化合物 物化特性 實驗數據 化學反應 反應式 反應條件 合成路徑 A Chemical Reaction Database > 36 million single- and multi-step reactions A Property Database > 500 million experimental properties in > 500 fields in > 130 subject areas > 500 個欄位可獨立或合併搜尋 4
REAXYS 資料擷取方式 從文獻中分別擷取出化學結構 物理化學特性 藥理資訊以及化學合成反應式等資訊, 再整理 SUBSTANCES REACTIONS 及 CITATIONS 三類, 共超過 500 個欄位 > 500 個欄位可獨立或合併搜尋
PRESENTER NAME DATE TITLE 6 結構 多元化搜尋管道 分子式 合金 Reaxys Tree > 500 個欄位 自動辨識關鍵字屬性 搜尋結果 化合物 (Substance) 反應 (Reaction) 文獻 (Literature)
提供 Ask Reaxys 搜尋範例 EASY OF USE Ask Reaxys A set of examples have been implemented providing users with an overview about Ask Reaxys capabilities, helping them to get the most out of this feature.
2015 新功能 Ask Reaxys 可預覽搜尋結果 DISCOVERABILITY 2014 2015 可預覽搜尋結果, 協助判斷採用何種辨識方式 支援 Bioactivity
2015 新功能 Ask Reaxys 支援 RMC (Reaxys 藥物化學資料庫 ) DISCOVERABILITY Ask Reaxys: Support RMC searches using taxonomies and provide an heatmap view of the results instead of a citation view. 2014 搜尋到文獻資料
2015 新功能 Ask Reaxys 支援 RMC (Reaxys 藥物化學資料庫 ) DISCOVERABILITY Ask Reaxys: Support RMC searches using taxonomies and provide an heatmap view of the results instead of a citation view. 2015 5-HT1a inhibitors px > 6 displayed in an Heatmap
一 Reaxys 搜尋架構 選擇合適的搜尋管道 結構 多元化搜尋管道分子式合金 Reaxys Tree 布林邏輯 使用指令結合各種搜尋條件 最完整 批次搜尋 結合多種搜尋條件 > 500 個欄位 搜尋結果 化合物 (Substance) 反應 (Reaction) 文獻 (Literature) 自動辨識關鍵字屬性
範例 CAS No. 批次搜尋 1. 選擇 IMPORT 上傳搜尋指令 (XML 或 TXT 檔案 )
範例 CAS No. 批次搜尋 檢視搜尋結果 LOG FILE
合併搜尋條件 -- History 結合多個搜尋條件 萊克多巴胺 + 毒性 (Ractopamine + Toxicity)
二 Reaxys 搜尋結果與分析 精準篩選搜尋結果 搜尋結果 化合物 (Substance) 反應 (Reaction) 文獻 (Literature) 合成路徑規畫 連結外部資料庫 小分子資料 供應商資料 篩選功能 :Analysis View 及 28 種 Filter 子結構篩選 Substructure
化合物搜尋結果 輸出化合物資料 調整結構大小 排序 自動合成路徑規畫 61 種合成方法 1094 種相關反應 引用文獻 各種相關資訊及實驗數據連結 儲存至 Report
化合物搜尋結果 儲存特定數據, 或整張表格
PubChem 搜尋結果 切換至 PubChem 資料庫
反應搜尋結果 查看實驗步驟 儲存反應方法
反應搜尋結果 2 儲存勾選的反應資料 排序 查看包裝價格
Analysis View 視覺化分析系統 範例 : 使用環保溶劑, 合成反應的產率分布
文獻搜尋結果 連結至 Scopus ( 世界大學排名採用系統 ) COLLABORATION Citations Author names, which can also be found in Scopus are now hyperlinks, so that information about affiliation and publications can be immediately looked up in Scopus.
三 Reaxys 搜尋結果分析及輸出 輸出報告與同儕分享討論 搜尋結果 化合物 (Substance) 反應 (Reaction) 文獻 (Literature) 合成路徑規畫 資料庫連結 篩選功能 :Analysis View 及 28 種 Filter 多元資料儲存或輸出方式 檔案格式 :E-mail HTML 網頁 PDF 可儲存 : 搜尋條件 化合物 反應 文獻 合成路徑優點 : 適合儲存少量資料 操作簡便 格式簡明 保留超連結 檔案格式 :PDF XML Word Excel 電子實驗記錄本 書目資料 可儲存 : 化合物 反應 文獻 合成路徑優點 : 可大量輸出搜尋結果 多種檔案格式可與進階分析軟體相容
多樣化結果輸出功能 -- REPORT 搜尋紀錄輸出 輸出結果 反應搜尋結果輸出 化合物搜尋結果輸出 文獻搜尋結果輸出
輸出搜尋結果 https://www.reaxys.com/reaxys/printing/reaxy s_anonymous_20150513_102021_206.pdf
分享搜尋結果 PDF EXPORT RESULT
Reaxys 2015 的轉變與未來 更快更好的搜尋平台 新增日本 韓國專利 新增中國專利 Feb June Sep 2016 Feb 13 th 更新 增強 Ask Reaxys 功能 預覽搜尋結果 提供搜尋範例 支援 Bioactivity 及 RMC 持續優化 Ask Reaxys 自動辨識功能 優化藥化資料庫 (RMC) Heatmap 功能及呈現方式 Marvin JS 繪圖軟體 優化資料輸出功能 連結至 Scopus 結果畫面加入相似結構搜尋 部分欄位的 lookup 選項由列表改為樹狀排列 提升資料輸出相容性 其他使用介面優化
部分欄位的 lookup 選項由列表改為樹狀排列 28 DISCOVERABILITY Greater number of search fields are now taxonomy supported: - target names, biological species, cell lines, bioassay animal model and organs/tissues will present a hierarchical tree view when using lookup. - Terms selected will be searched with all subnodes and synonyms relieving users from the burden of considering various search terms when creating a query. 2014 2015
部分欄位的 lookup 選項由列表改為樹狀排列 HDAC: Histone Deacetylase 輸入關鍵字搜尋 搜尋結果 ( 樹狀排列 ) 可自行調整 預覽輸出關鍵字
結果畫面加入相似結構搜尋 DISCOVERABILITY 結構相似性排序 Similarity sorting - 結果畫面可直接點 Find similar 做相似結構搜尋 - 相似搜尋結果可依照相似性排序
縮短檔案輸出時間, 並提高相容性 ( 如 Spotfire) PERFORMANCE Performance: We improved the display performance of Reaxys such that results are now much quicker than before ( up to 3 times faster results display) Performance: Export Output has been renamed to Export the Excel output format has changed to a tab-separated list of data points. While this change introduced some improvements in terms of performance and the ability to import Reaxys data into external tools, the side effect was that chemical structures are not presented as bitmaps any more, but as SMILES strings.
其他使用介面優化 EASY OF USE Ease of Use: 首頁上方, 不定期提供產品最新消息, 如資料庫更新 線上講座訊息等 Ease of Use: 使用 HELP 時, 系統自動辨認使用者權限, 並提供對應的說明
全新的 MarvinSketch 繪圖軟體 不需再為 JAVA 版本問題困擾 無須 Java 支援
線上資源 臺灣官網 http://taiwan.elsevier.com
Thank you for your attention! 相關網頁 WWW.REAXYS.COM ( 首頁 ) TAIWAN.ELSEVIER.COM ( 台灣官網 ) WWW.FACEBOOK.COM/REAXYSCLUB (FB 粉絲團 )