PubMed 的使用与检索 上常江
PubMed 简介 PubMed 基本检索 PubMed 高级检索 MeSH 词表 主要内容 个性化订阅以及分析
美国国立卫生研究院 (National Institute of Health, NIH) 美国国立医学图书馆 (National Library of Medicine, NLM) 生物医学信息中心 (NCBI) Structure Nucleotide Protein Popset PubMed Genome ENTREZ 检索引擎 什么是 PubMed? 是一个生物医学方面的搜索引擎 ; 由美国国立医学图书馆 (NLM) 开发, 建立在国立生物医学信息中心 (NCBI) 平台上 ; 是文摘数据库, 提供全文链接 ; Pre-Medline Old-Medline Medline Supplied by publisher 数据来源
Medline 数据库 Medline: 是 NLM 生产的国际性综合生物医学信息书目数据库, 是当前国际上最权威的生物医学文献数据库, 内容涉及基础医学 临床医学 环境医学 营养卫生 职业病学 卫生管理 医疗保健 微生物 药学 社会医学等领域 收录了全世界 70 多个国家和地区的 5600 余种生物医学期刊, 时间起自 1966 年 标有 [Indexed for MEDLINE] 的标记 Old Medline: 收录了 1950-1965 年间的美国医学索引 (IM) 中的题录 In Process Citations : 是临时性的数据库, 收录准备进行标引的题录和文摘信息, 每天都在接受新的数据, 进行文献的标引和加工, 每周把加工好的数据加入到 Medline 中, 同时从 In Process Citations 库中删除 In Process Citations 中的记录标有 [In process] 的标记 Record supplied by publisher : 出版商将期刊文献信息电子版提供给 PubMed 后, 每条记录都标有 [As supplied by publisher] 的标记, 这些记录每天都在不停地向 In Process Citations 库中传送, 加入到 In Process Citations 后, 原有的标记将改为 [In process] 的标记
访问 PubMed 进入 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 或由上科大主页 图书馆 电子资源 PubMed
NCBI 平台其他数据库 ENTREZ 系统包含的数据库 : PubMed 生物医学文献 Nucleotide 核苷酸序列数据库 Protein 蛋白质序列数据库 Structure 大分子三维蛋白质结构 Genome 完整的基因组汇编 Popset 以 DNA 和 Pro. 分析生物间的进化关系 Taxonomy 分类学数据库 OMIM 孟德尔人类遗传学数据库 Books 生物医学网络版图书 Probeset 基因表达选集 3D Domain 特定功能域三维结构
PubMed 检索界面 高级检索 使用指南使用工具其他资源单篇文献匹配检索使用课程 基本检索 MeSH 词表检索
检索肿瘤领域的文献 ; 检索式 :cancer OR tumor; PubMed 基本检索 3,904,029 个记录
PubMed 检索规则 使用检索运算符 AND OR NOT 时必须大写! 如 :salmon AND virus,cancer OR tumor 短语检索要加引号 ; 如 : stem cell, breast cancer 截词符用 * 表示 ; 但对于词组无效 ; 如 :Bacteri*, fung* 通配符用? 表示 ; 如 :cardio?ascular 运算顺序从左至右, 括号除外 ;
检索结果过滤 过滤器
PubMed 过滤器 文献类型 可获取文本 PubMed 评论 发表年限 种类 语言 性别 学科类别 收录数据库 年龄 检索字段
检索结果过滤 4,871 个记录 文献类型 = Review; 发表日期 = 近 5 年 ; 种类 = 人类 ; 期刊种类 = Core Clinical Journals 结果排序
单篇记录匹配
PubMed 基本检索 1. 单一检索框里的可检索多种内容 : 主题检索 : 直接键入主题词或短语 如 :embryonic stem cell 作者检索 : 键入作者的姓氏全称及名字缩写或全称 如 :Smith J, Smith Joe, Zhang Yang, Zhang Y 期刊检索 : 键入期刊的名称 如 :molecular biology of the cell 日期检索 : 日期的录入格式为 YYYY/MM/DD 如 :2012/03/23, 2016 检索有文摘的记录 : 检索词 AND has abstract 如 :cancer AND has abstract
2. PubMed 也接受无运算符检索 例如 : 想检索作者 Zhang* 发表在 Nature 上发表的关于癌症的文章, 可在检索框中直接输入 Cancer OR tumor Zhang Nature; 但此方法也会产生噪音, 根据具体的词而定 ;
3. 词汇自动转换 (Automatic Term Mapping, ATM) 如果在检索框中没有用到引号 标签 星号,PubMed 即开启 ATM, 依次检索 : 主题 期刊 作者 涉及词表 : MeSH 转换表 (MeSH Translation Table); 刊名转换表 (Journal Translation Table); 短语表 (Phrase list);
Citation 题录 : 期刊信息 文章标题 作者姓名 作者地址 Abstract 摘要 文献类型及 MeSH 词表
PubMed Central PubMed Central (PMC) 提供期刊全文的存档, 包括生物医学, 生命科学科研文献, 是国立卫生研究院的智库 PMC 高级检索具有与 PubMed 相同的文献检索功能, 并且能够直接免费下载全文 PMC 中具有资金支持者的筛选
MeSH 词表 MeSH 是 Medical Subject Headings 的缩略词, 即医学主题词, 是用规范化的医学术语来描述生物医学概念 ; 是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表 ; MeSH 词表汇集了大约 18,000 个词, 仍可扩充的动态性叙词表 ; 智能检索,MeSH 根据实际的内涵意义进行检索 主题词 : 论述文献中心的主题词 ; 副主题词 : 论述主题某一方面的内容 ;
MeSH 词表 例如 : 高血压 High blood pressure??? 高血压 Hypertension
文章里标引的 MeSH term 单篇文献记录中 MeSH terms 一栏中, 加 * 号的词就是主要主题词
主题词副主题词 : 论述某一方面的内容 Click
Click
上位词 限定主要主题词 不进行下列扩展 入口词 : 输入下列入口词均能查找到 Hypertension 肾动脉狭窄性高血压 恶性高血压 下位词 只检索主要主题词为 Hypertension 的记录, 不检索其下位词
PubMed 高级检索 共有 30 多个检索字段, 可自由组合 增加 / 减少检索字段自动提示
PubMed 高级检索
检索式中的字段 如检索式 :(("Nature cell biology"[journal]) AND adult liver cancer[mesh Terms]) AND ("2015/10/10"[Date - Publication] : "3000"[Date - Publication]) Abstract [AB] Filter [FILTER] Pagination [PG] Accession [ACCN] Full Author Name [FAU] PMC Live Date [PMCDAT] Acknowledgements [ACK] Grant Number [GR] Publication Date [PDAT] Affiliation [AD] Issue [IP] PubMed ID [PMID] All Fields [ALL] Journal Title [TA] Reference [REFR] Author [AU] MeSH Major Topic [MAJR] Reference Author [REFA] Article Body - All Words [ARTICLE] Article Body - Key Terms [KWD] MeSH Subheadings [SH] MeSH Terms [MH] Section title [SECT] Supplementary Concept [NM] DOI [DOI] Methods - Key Terms [METH] Text Words [TW] EC/RN Number [RN] Organism [ORGN] Title [TI] Electronic Publication Date [EPUBDAT] Figure/Table Caption [CAPT] Organism Unsynonymized [ORGN_NOSYN] Volume [VI]
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检索历史 在 PubMed 的高级检索中, 可调看检索历史, 并做编辑
关于高血压相关文献检索发现的噪音 : #25 NOT #22 = ((high blood pressure) AND Nature [Journal]) NOT ((hypertension[mesh Terms]) AND Nature [Journal]) z 56 条记录 1. 关键词出现在地址等非相关字段中 :Department of Clinical Sciences, Hypertension and Cardiovascular Disease, Lund University, Malmö, Sweden. 2. 关键词出现在其他短语中 ( 非本意相关 )pulmonary arterial hypertension 肺动脉高压 3. 关键词仅仅出现在举例中 such as hypertension
检索式翻译, 可以在此进行调整
词组检索 : 在初次检索得不到期望结果怎么办? 1. 尝试在词根后加上星号 (*) 表示任何字符 ; 如 :flavor*, 可以变形为 flavoured,flavorful,flavouring 等 PubMed 会检索前 600 个截词搜索 如果超过 600 个, 系统会提示增加词根以查找所有可能的后缀 使用截词检索, 就不能定位到 MeSH 词表及扩展 (ATM 失效 ) 2. 尝试标引号 (""), 支持精确检索 ; 如 :"Single cell" 可以检索 single cell 和 single-cell 的文献 3. 加上字段标签进行检索 ; 如 :cell[journal] PubMed 检索策略
课题检索步骤 例 1. 近 5 年白血病治疗药物的相关文献 白血病 :Leukemia Drug effects Drug therapy Click 1. 查找相关专业词 2. 在 MeSH 里检索相关词 3. 选择对应的副主题词 4. Search PubMed
4. 结果筛选 近 5 年 z 8,800 条记录
例 2. 维生素 C 对普通感冒的防治作用相关文献 1. 明确检索内容 : 课题关键词主要由 维生素 C 和 普通感冒 组成, 即 vitamin C" 和 common cold" 2. 分析检索词构成关系 : 根据经验, 可将两个词定义为 AND, 即键入 vitamin C AND common cold z 307 条记录
WoS-SCI 与 PubMed 的对比 WoS-SCI PubMed 学科领域 自然科学 生物医学 收录范围 SCI 收录 SCI 及非 SCI 更新速度 每周更新 每天更新 检索方式 字面检索 内涵检索 检索式设计 规范检索 复杂检索式 检索不完美 跟踪服务 定题跟踪 引文跟踪 定题跟踪 统计分析 多维度统计 年代统计, 其他依托外部工具 数据下载 单次最高 500 单次最高 200 态势分析 可用于各种分析软件 少量分析软件 其他 与多个数值数据库连接
PubMed 定题跟踪 选择定题跟踪提醒 课题名称 检索式发送时间
检索结果分析 PubMed PubReminer 外包分析软件, 能有效筛选统计文章记录, 掌握领域动态 如 : 检索 leukemia( 白血病 )2017 年前 6 个月的相关记录 每次最多分析 25,000 条记录
期刊列表作者统计关键词统计
小结 PubMed 及 NIH,NLM,NCBI 的关系 ; PubMed 基本检索, 检索内容,ATM; MeSH 词表的使用方法 ; PubMed 高级检索, 逻辑运算符 检索策略 ; 结果分析 :PubMed pubreminer
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