生命科学与技术领域的科技信息检索

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1 生命科学与技术领域的科技信息检索 上常江

2 科研的流程是什么? 获得课题 /Idea 立即实验研究

3 同行引用 发展延伸 发表论文 想法? 问题? 实验研究 信息检索分析 开题 科研的流程

4 信息检索分析为什么重要? 据美国科学基金会 (National Science Foundation, NSF) 统计, 一个科研人员花费在查找和消化科技资料上的时间需占全部科研时间的 51%, 计划思考占 8%, 实验研究占 32%, 书面总结占 9% 由上述统计数字可以看出, 科研人员花费在科技出版物上的时间为全部科研时间的 60%

5 有事找度娘??? 翻墙上谷哥???

6 资源类别 你要检索啥? 期刊论文? 学位论文? 实验方法? 数值数据? 会议信息? 专利信息? 项目信息? 基金支持? 全文数据库? 文摘数据库?

7 学术信息传播交流的谱段

8 期刊全文检索 检索依据 : 标题 作者 机构 地址 贡献 期刊, 卷 期 页数 摘要 关键词 致谢 通讯作者 参考文献 中文期刊论文

9 英文期刊论文 检索依据 : Title 标题 Author 作者 Affiliation Address 机构 地址 Contribution 贡献 Journal, Issue Page 期刊, 卷 期 页数 Abstract 摘要 Key Words 关键词 Corresponding Author 通讯作者 Acknowledgement 致谢 Reference 参考文献

10 全文获取方式 全文数据库 集成发现系统 Endnote 其它 CNKI, Springer Nature, Cell Press, Annual Reviews, Science Direct, Wiley, ACS, Cold Spring Harbor Lab Press, Elesvier, PLoS 其它网络途径查找全文

11 中文期刊全文获取 CNKI 知网是国家知识基础设施 (National Knowledge Infrastructure,NKI), 由世界银行于 1998 年提出 China National Knowledge Infrastructure(CNKI) 工程是以实现全社会知识资源传播共享与增值利用为目标的信息化建设项目, 由清华大学 清华同方发起, 始建于 1999 年 6 月 CNKI 是被广泛使用的中文文献数据库, 资源包括 : 1. 中国期刊全文 2. 中国优秀硕博论文全文 3. 中国重要会议论文 4. 中国重要报纸全文 5. 中国年鉴全文 6. 中国工具书

12 CNKI 检索步骤 CNKI 首页基本检索 : 键入标题 关键词 作者等检索 ; 选择高级检索 : 通过多个字段组合进行精确查询 例 :CRISPR/Cas9 技术的发展及在基因组编辑中的应用 [J]. 张凯丽, 李瑞, 胡桐桐, 徐永杰. 生物技术通报. 2016(05). 基本检索

13 高级检索 下载按钮点击打开阅读全文, 请提前在 CNKI 首页下载 CAJViewer 浏览器

14 从学科 年份 作者 机构等角度精炼结果 从资源类型 文献来源 关键词等方面筛选

15 外文期刊全文获取 Nature 1. 若只有一个文章标题或作者姓名或模糊的题目, 可在数据库自带的检索框中进行模糊检索, 如在框中键入 Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporters GLUT1 4

16 2. 若有详细的文献信息, 可通过卷 期 页数的方式查找 : Yan N, Chai J, Lee ES, Gu L, Liu Q, He J, Wu JW, Kokel D, Li H, Hao Q, Xue D, Shi Y. Structure of the CED-4-CED-9 complex provides insights into programmed cell death in Caenorhabditis elegans. Nature. 2005; 437(7060):831-7.

17 外文期刊全文获取 Annual Reviews Waters, M. T., Gutjahr, C, Bennett, T, & Nelson, D.C Strigolactone Signaling and Evolution, Annual Review of Plant Biology, 68,

18 Annual Reviews 生命科学领域 29 种期刊 : Annual Review of Analytical Chemistry Animal Biosciences Biochemistry Biomedical Data Science (new in 2018) Biomedical Engineering Biophysics Cancer Biology (new in 2017) Cell and Developmental Biology Chemical and Biomolecular Engineering Clinical Psychology Ecology, Evolution, and Systematics Entomology Food Science and Technology Genetics Genomics and Human Genetics Immunology Medicine Microbiology Neuroscience Nutrition Pathology: Mechanisms of Disease Pharmacology and Toxicology Physical Chemistry Physiology Phytopathology Plant Biology Public Health Virology

19 期刊全文获取 : 上科大集成发现系统 Waters, M. T., Gutjahr, C, Bennett, T, & Nelson, D.C Strigolactone Signaling and Evolution, Annual Review of Plant Biology, 68,

20 期刊全文获取 :Endnote Endnote 对导入的文献资料具有 Find Full Text( 发现全文 ) 功能, 通过选此功能, 可一键发现大量的全文 PDF 并自动下载

21 通过 Find Full Text 发现全文前, 需要先确认发现通道是否打开! 确认所有资源通道是否已勾选, 及 OpenURL 是否填好 OpenURL:

22 期刊论文 全文数据库检索 已订购资源, 直接下载即可 ; 未订购的, 可申请文献传递 : /1.html 学院 / 研究所 文献传递联络人 邮箱 生命学院杨静 yangjing@shanghaitech.edu.cn ihuman 展望 zhanwang@shanghaitech.edu.cn 免疫化学所王玮 wangwei@shanghaitech.edu.cn 文摘数据库检索

23 文摘检索 什么是文摘型数据库? 索引 (Index) 是将某种信息集合 ( 如目录 题录 文摘 ) 中的一组相关信息, 按照某种顺序组织并指引给用户的一种指南 ; 文摘 (Abstract) 是对一篇文献 ( 如期刊论文 ) 的内容所做的简略准确的描述 ; 文摘数据库不能直接提供论文的全文 ; 文摘库提供文献回溯, 标引规范等

24 生命科学领域常见的文摘数据库 Web of Science SCI 自然科学 SCI 收录及引用 每周更新 检索规范 学科分定题及引文跟踪 统计分析 可用可视化软件分析 PubMed 生物医学领域 每天更新 定题跟踪 MESH 词表 与 NCBI 等库连接 需外包软件统计

25 文摘数据库 Web of Science WoS 是一个文摘数据平台, 核心合集包含多个数据库, 如 SCI,SSCI,AHCI 等 目前学校订购了 SCI-E (Science Citation Index Expanded) 被 SCI 收录, 说明期刊的质量比较高 SCI 数据库详细记录了 参考文献 信息, 并可提供文献回溯 基于这一特征, 可做多种分析 衍生产物 :IF(Impact Factor),Endnote,ESI 等

26 Web of Science 检索步骤 1. 数据库选择 2. 选择检索字段 输入检索式 3. 时间设置及选择子数据库 4. 点击检索

27 精炼检索结果 5. 检索结果 7. 根据学科 国家机构 文献类型等方面精炼检索结果 8. 从时间 被引频次等角度排序 9. 检索结果小于 时创建引文报告 10. 分析检索结果 6. 查看单篇文章信息

28 单篇详情 摘要 关键词 作者 期刊名称 标题 作者 基金信息

29 单篇详情 出版商 入藏号等 研究方向

30 引文报告 某个主题 / 研究人员的引文分析报告每年出版的文献数 被引次数 H-index: 发表的 N 篇文章中有 h 篇被引至少 h 次

31 分析检索结果 通过分析能发现? 领域内的重点作者 ( 专家 ); 发现 牛 的研究机构, 寻求合作机会 ; 发现出版物, 寻找投稿方向 ; 等等等等 下载用 Excel 处理绘图 勾选记录, 继续查看或进一步分析 : 筛选需要的记录 ; 排除不需要的记录

32 定题跟踪 注册并创建跟踪服务后,WoS 每周会将检索式相关的新的 SCI 记录发送到邮箱中

33 引文跟踪 创建引文跟踪服务,WoS 每周会将跟踪文章的最新被引用情况发送到邮箱中

34 从一篇文献引伸出的引文网络

35 查看 SCI 期刊及影响因子 通过 JCR 查找 SCI 期刊列表以及相应的影响因子 官方网站权威发布, 最准确

36 利用 Web of Science 的数据还能做什么? 导入 Endnote, 对文献进行管理, 方便写作 :

37 利用 WoS 数据做学科态势分析 : 利用工具软件让电脑 读 文章, 短时间内了解学科 / 课题的概况 ; 发现 / 预测热点子领域或研究方向 ; 跟踪课题的发展趋势, 实时掌握学科的变化 ; 发现 牛 人, 牛 校, 牛 刊 ;

38 文摘数据库 PubMed 由美国国立医学图书馆 (NLM) 开发, 建立在国立生物医学信息中心 (NCBI) 平台上 ; 是一个提供生物医学方面的搜索引擎 ; 可以检索文摘数据, 提供全文链接 ; 数据库来源有 :MEDLINE OLDMEDLINE Record in process Record supplied by publisher 等, 具有强大的链接功能及灵活多样的检索方式

39 美国国立卫生研究院 (National Institute of Health, NIH) 美国国立医学图书馆 (National Library of Medicine, NLM) Structure Nucleotide Protein ENTREZ 检索引擎 Popset PubMed Genome ENTREZ 检索引擎 Pre-Medline Old-Medline PubMed 简介 Not Medline Medline Data Collection

40 基本检索 高级检索 PubMed 检索步骤 PubMed 检索规则 : 短语检索加引号 ; 使用的逻辑运算符有 AND OR 和 NOT, 但必须大写 ; 截词符用 * 表示 ;

41 筛选精炼

42 Citation 题录 : 期刊信息 文章标题 作者姓名 作者地址 Abstract 摘要 文献类型及 MeSH 词表

43 ENTREZ 平台其他数据库 ENTREZ 系统包含的数据库 : PubMed 生物医学文献 Nucleotide 核苷酸序列数据库 Protein 蛋白质序列数据库 Structure 大分子三维蛋白质结构 Genome 完整的基因组汇编 Popset 以 DNA 和 Pro. 分析生物间的进化关系 Taxonomy 分类学数据库 OMIM 孟德尔人类遗传学数据库 Books 生物医学网络版图书 Probeset 基因表达选集 3D Domain 特定功能域三维结构

44 MESH 词表 医学主题词表 (Medical Subject Headings, 简称 MeSH), 是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表 它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表 智能检索,MeSH 根据实际的内涵意义进行检索 高血压 High blood pressure??? 高血压 Hypertension

45 主题词 副主题词 : 论述某一方面的内容

46 统计分析 : Gopubmed 以 PubMed 为数据源, 对数据进行分析, 结果可视化 ; 快速了解研究态势, 发掘核心作者 期刊 可视化关系网络图等

47 WoS-SCI 与 PubMed 的对比 WoS-SCI PubMed 学科领域 自然科学 生物医学 收录范围 SCI 收录 SCI 及非 SCI 更新速度 每周更新 每天更新 检索方式 字面检索 内涵检索 检索式设计 规范检索 复杂检索式 检索不完美 跟踪服务 定题跟踪 引文跟踪 定题跟踪 统计分析 多维度统计 年代统计, 其他依托外部工具 数据下载 单次最高 500 单次最高 200 态势分析 可用于各种分析软件 少量分析软件 其他 与多个数值数据库连接

48 学位论文检索 中国知网 (CNKI) 中国优秀博硕士学位论文全文 学位论文的主要检索途径 中科院学位论文知识发现系统 只能看部分论文前 16 页 ProQuest 博硕士论文全文数据库 主要国家硕博士论文全文 ( 部分 ) PQDT-B 硕博士论文文摘数据库 主要国家理工科硕博士论文文摘

49 CNKI 硕博士论文全文

50 中科院系统学位论文

51 国外学位论文全文 ProQuest 博硕士学位论文全文数据库 该数据库是在 PQDT 文摘库的基础上, 由 ProQuest 公司开发, 中国集团引进的电子版论文全文服务系统, 目前收录有 1998 年以来的授予学位的 63 万多篇博硕士论文全文, 每年仍以 1 万多篇的速度增长

52 国外学位论文全文 PQDT-B(ProQuest 数字化博硕士论文文摘数据库 ) 它收录全球 2,000 余所大学文 理 工 农 医等领域的 380 多万篇博士 硕士论文的摘要及索引, 内容覆盖理工和人文社科等广泛领域, 是学术研究中十分重要的参考信息源 每年约增加 10 万篇论文摘要 其中博士论文摘要 350 字左右, 硕士论文摘要为 150 字左右, 并可看到 1997 年以来论文的前 24 页 该数据库是检索世界各大学学位论文及挑选全文的首选途径

53 实验方法 Protocols 实验步骤 / 方法的检索 ( 文献 视频资源 ) CSHL Wiley Springer JOVE

54 Cold Spring Harbor Protocols Cold Spring Harbor Protocols 提供了细胞学 发展与分子生物学 遗传学 生物信息学 蛋白质学 计算机生物学 免疫学 神经学等学科的实验方法 ; 我校合作单位已订购, 可直接访问

55 Springer Protocols SpringerProtocols 实验室指南是全球最大的经同行评议的在线实验室指南库, 学科包括 : 生物化学 生物信息学 肿瘤学 细胞生物学 遗传学 免疫学 传染病学 微生物学 神经系统科学 毒物学 植物科学 蛋白质学等 ; 我校已订购此数据库 Current Protocols Current Protocols 由 Wiley 出版, 被 PubMed 和 Scopus 收录 ; 我校目前没有订购, 但可通过其他数据库访问部分 Current Protocols 的资源

56 Journal of Visualized Experiments (JoVE) JoVE 视频实验期刊是全球首个视频实验期刊, 以视频方式展现生物学 医学 化学 物理等学科研究过程和成果的期刊 ;JoVE 经同行评审, 被 PubMed Scopus SciFinder 等收录 访问 JoVE 需用上科大邮箱注册 ; 我校购买了其中 5 个数据包

57 数值型数据检索 Blast Search NCBI 平台上的 Basic local alignment search tool (Blast) 局部序列比对基本检索工具, 包括核苷酸序列比对 蛋白比对检索及 primer Blast 等 ; BLAST 是用测得的核苷酸 蛋白质序列与已知数据的比对, 找出相似的序列, 用于蛋白质和核酸的功能结构预测分析 GenBank 由 NCBI 建立的 DNA 数据库 ; 可通过 Entrez 系统查询动植物 真菌 细菌 病毒等序列 ;

58 EMBL (The European Molecular Biology Laboratory) 欧洲生物信息学研究所创建的一个核酸序列数据库 ; 数据来源包括科研人员或某些基因组测序机构直接提交, 及部分来自科技文献或专利 ;EMBL 与 GenBank 有合作 DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 信息来源主要是日本的研究机构, 亦接受其他国家呈递的序列.

59 学科 / 项目基因组数据库 酵母基因组 拟南芥基因组 人类基因组 老鼠基因组 斑马鱼基因组 果蝇基因组 肿瘤基因组学数据库 guide/human/ genome/guide/zebrafish/

60 专利检索 专利是专利权的简称, 指在一定时期内, 法律给予专利权人对该项发明创造所享有的专有权 ; 发明专利 (Invention Patent) 实用新型 (Utility Model Patent) 外观设计 (Design)

61 专利语言具有特殊性 : 专利申请人为了有效地保护其发明创造, 经常刻意避开常用关键词, 在专利文献中往往会用一些繁复晦涩 意义含混的专用术语 ( 或法律术语 ), 与一般科技论文中的通用技术用词不同 通用词 : 三只小猪专利用词 : 复数个年幼的偶蹄目哺乳动物

62 专利数据库综合性专利数据库 Lens 专利数据库德温特专利数据库 国家知识产权局 (SIPO) 美国专利局 (USPTO) 日本专利局 (JPO) 英国专利局 (IPO) 法国专利局 (INPI) 德国专利局 (DPMA) 瑞士专利局 (SPO) 欧洲专利局 (EPO) 世界知识产权组织 (WIPO)

63 基金信息 检索基金信息可以发掘最前沿 最热点的项目, 从而了解研究人员的研究动向 NSF WoS 国家科学基金 ( 美国 ) NSFC 通过 Web of Science 检索 分析检索结果 基金资助机构 ( 资助号 ) NIH 国家自然科学基金 ( 中国 ) 国立卫生研究院 ( 美国 )

64 WoS 基金资助机构 近两年肿瘤研究主要的基金资助机构 : 国家自然科学基金 ( 中国 ) 美国国立卫生研究院 国立癌症研究所 中央高校基本科研专项资金 德国科学基金会

65 国家科学基金 ( 美国 ) 按学科分类 关键词检索

66 国立卫生研究院 ( 美国 ) 研究机构 研究内容 项目信息

67 例如 : 查找哈佛大学医学院获得的所有来着 NIH 的资助, 通过输入 Harvard Medical School, 点击 submit query 获得下面的信息 :

68 国家自然科学基金 ( 中国 ) 医学科学部 生命科学部 项目申请情况 项目资助情况 学部动态 科研进展

69 图书信息检索 使用集成发现系统, 查找上科大购买的电子书及馆藏图书资源 :

70 电子资源 馆藏纸质资源

71 其他图书资源 中文图书检索中国国家图书馆 外文图书检索 CALIS 目录

72 向图书馆荐购图书

73 开放获取平台 开放获取 (Open Access,OA) 是学术界 出版界 情报界为推动科研成果自由传播而采取的行动 目的是促进科学信息的交流与出版, 提升信息的利用和保存以及科研效率 开放获取平台 1. 开放获取期刊 (Open Access Journals) 2. 开放存取仓储 (Open Access Repository) 机构知识库 (Open IR) 预印本平台 (Preprint)

74 开放获取期刊 (Open Access Journals) OA 期刊类型 完全 OA 期刊 部分 OA 期刊 延时 OA 期刊 描述 开放获取期刊列表 作者支付费用 读者免费访问 作者免费出版 读者免费访问 免费访问作者支付出版费用的论文 对部分国家或地区实施免费访问 免费访问部分论文全文 在出版一段时间后可以免费访问 由瑞典隆德大学图书馆创建和维护, 内容涉及了所有学科, 提供可存取的经质量控制的开放存取期刊

75 生物医学中心 (BMC) 生物医学中心 ( BioMed Central, BMC) 主要提供网上开放存取 经过同行评议的生物医学领域的研究论文

76 HighWirePress High Wire Press 由斯坦福大学建立, 是免费提供全文的 全球最大的学术文献出版商之一, 提供高质量 经同行评议的网络期刊

77 开放存取仓储 (Open Access Repository) Base 学术搜索 ( 德国 ) BASE 是世界级海量内容的搜索引擎之一, 由比菲尔德大学图书馆负责 BASE 营运专注于学术开放获取网络资源

78 机构知识库 机构知识库是支撑各科研机构学术研究的基础设施, 收集并保存本机构科研人员的学术成果及相关信息 ; 为机构科研人员的研究和交流提供信息

79 预印本平台 预印本 (Preprint) 是指科研工作者的研究成果还未在正式出版物上发表, 而出于和同行交流目的自愿先在学术会议上或通过互联网发布的科研论文 科技报告等文章 arxiv.org 由康奈尔大学图书馆及其赞助机构提供 arxiv 的开放存取服务, 提供 91 年以来的物理 数学 计算机科学 量化生物学 量化财经与统计领域的电子预印本文献

80 新兴信息源 社区门户 热门文章的评论 学科领域时事新闻及热点 会议信息及通知发布 市场分析 & 行业报告 求职信息 微信公众号 微博 吾家睿见 解螺旋 知识分子 自然中文网

81 小结 获取期刊论文全文的方法 ; 文摘数据库的使用 (Web of Science 和 PubMed) 及作用 ; 学位论文的获取方法 ; 数值型数据及实验方法的获取途径 ; 专利的基本信息查询 ; 基金信息查询及作用 ; 图书的查询和获取 ; 开放获取平台获得资源 ; 社区门户及微信公众号等

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