中 国 畜 牧 兽 医 卷 白 对机体能量代谢 静止代谢率和饲料转化率等有 一定的影响 牛的解偶联蛋白 &&#0#$ "8 基因定位于 号染色体 至少包括 个外显子和 个内含子 8 主要通过改变活性 氧种类控制脂毒性和氧化损害 '1 等采用 $2"$ 法分析了 8 在小鼠不同组织中的表达 发现 8

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1 中国畜牧兽医! " # 宁夏西门塔尔杂种牛 基因多态性及其与生长性状的关联性分析 蒋秋斐 罗晓瑜 洪 龙 李 欣 封 元 巫 亮 韩丽云 顾亚玲 宁夏大学农学院 银川 宁夏畜牧工作站 银川 宁夏农林科学院 银川 摘 要 本研究利用 <,, 技术结合 )- 测序确定 -$ 基因, 位点 检测其在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的多态性 并分析其与生长性状的关联性 结果表明 -$ 基因第 外显子存在 个,' 位点 分别为 -+ 和 - 结合 <,, 结果分析后 分为 --- 种基因型 不同月龄体高 体重 胸围 体斜长 总体呈 基因型个体在不同月龄体高 胸围显著或极显著高于 基因型 $ $ 与 - 基因型之间存在差异 但差异不显著 $ 可以确定 位点发生的碱基突变对宁夏西门塔尔杂种牛的体重性状选育存在显著意义 -- 基因型个体可作为后期选育方向 关键词 -$ 基因 西门塔尔杂种牛 多态性 生长性状中图分类号, 文献标识码 - 文章编号 "!"#)#(!*,#1##$1",24!!#!#!!*!$!# :*-+5&" (84A!1& 74+( (*A =+;&! B8(! 7-(1& +8 ;!0 E#'''&#! 2-!5#E2!'!!'5#E,#!'&#!##5# )*'"1#"2!'$2$!"'!2$,"!0!0"2""" %!$!-$"""$""""1<,,"2!)-'"&"2"!!01" -$""#01$#2'$"0!"2'"$2$!'2"$"'&0''2"2!2"$""$" 2$"",'-+!- -$"""22%"--! -"1#"'1<,,"2*%&!0'2"$""1#"'"$"2'!"1"212"22"'$&"$""!10"2"$"-----" 1#""$"!"12"2!2"'$&"$"""$"'!01"$"2! "1#"$$!"$"'!"$""2-"1#"$ 2"$"'&0'"'$!"2!0&'2!'!"!$#$% "2$! $""!2$,"!0!0"--"1#"&0"2"$"""1#" +(,"$-$""2$,"!0!0"#01$#2'$2$!' 解耦联家族 &&#0#$"'8' 是在特定组织中特异性表达的一类线粒体内膜蛋白 作为转运质子的载体 8' 对氧化磷酸化反应具有 决定作用 8' 由 88 个成员组成 它们分布在各类生物中 包括植物 动物 鱼类 真菌和原生动物 8' 作为能量调控的靶蛋 收稿日期 基金项目 宁夏科技厅重大专项 优质高档肉牛新品系选育 6) 作者简介 蒋秋斐 女 宁夏银川人 博士生 研究方向 动物遗传育种与繁殖!0!&" 通信作者 顾亚玲 女 教授 博士生导师 研究方向 动物遗传育种!0&1!0'!

2 中 国 畜 牧 兽 医 卷 白 对机体能量代谢 静止代谢率和饲料转化率等有 一定的影响 牛的解偶联蛋白 &&#0#$ "8 基因定位于 号染色体 至少包括 个外显子和 个内含子 8 主要通过改变活性 氧种类控制脂毒性和氧化损害 '1 等采用 $2"$ 法分析了 8 在小鼠不同组织中的表达 发现 8 在小肠 肺脏 脾脏 白脂肪中表达量较大 这也说明 8 在能量平衡 体质量和热量调节过程中产生作用 研究发现 肥胖与 -$ 基因中的碱基突变有关 陈翠等 对 -$ 基因第 内含子基因多态性与西门塔尔牛生长性状的关联性研究显示 -$ 基因 # 处 的突变与肉牛的饲料转化率 平均日增重 胸围 腹围显著相关 纯合子 基因型可以作为候选分子标记 对提高肉牛生长性状有一定作用 目前 牛 -$ 基因多态性与体尺等生长性状的相关性鲜有报道 宁夏作为全国唯一的回族自治区 发展肉牛产业具有独特的优势 年 宁夏肉牛饲养量 万头 出栏 E 万头 同比分别增长 E 和 E 宁夏本地以安格斯 秦川 西杂牛为主要肉牛饲养品种 其中 西门塔尔改良牛占 E 秦川母牛占 E 近年来 由于牛肉市场需求的急剧增长 国内肉牛不论从品质上 还是数量上都落后国外的肉牛品种 因此 提高本土肉牛品质和数量势在必行 本研究以 -$ 为候选基因 利用 <,, 技术结合 )- 测序技术确定, 位点 检测其在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的多态性 并分析其与生长性状的关联性 旨在找到对宁夏西门塔尔杂种牛生长性状影响显著的,' 并筛选出有利基因型直接选育生长速度快的个体 为丰富宁夏地区西门塔尔杂种牛群体生长性状分子辅助标记数据 加快宁夏肉牛产业发展提供理论基础 材料与方法 : 样品采集 自宁夏地区肉牛养殖场选取在同等饲养条件下饲养的西门塔尔杂种牛 头 每头颈静脉采血 (-) 抗凝 血液 -) 轻微振荡摇匀?> 保存备用 分别在初生及 月龄测量供试牛体重 体高 体斜长 胸围等体尺指标 : 主要试剂及仪器 $' 饱和酚 苯酚 氯仿 三羟甲基氨基甲烷 $' 十二烷基磺酸钠,),)- 丙烯酰胺 -$ 亚甲基双丙烯酰氨 ' 溴化乙锭 二甲苯氰均购自宁夏银川市为民生物服务有限公司 去离子甲酰氨 蛋白酶 琼脂糖 <!'"$ 均购自上海生工生物工程技术服务有限公司 )-!$"$ 购自!!<! 公司 < 仪为德国 ##"$-+ 型 <,, 电泳仪 电泳槽为北京六一仪器厂的 )A;); 6 型 数码凝胶成像系统为英国 8*, 型 : 方法 EE 牛全血 )- 提取 采用常规苯酚? 氯仿抽提方法提取血液基因组 )- E 引物设计与合成 根据 +"! 公布的牛 -$ 登录号 - 基因第 外显子序列 利用 $"$$""$ 软件设计引物 引物序列为 = < 预计扩增片段长度为 # 引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成 < 扩增 采用 ( 反应体系 高压灭菌水 (<!'"$( 上 下游引物各 ()- 模板 (< 反应条件 > 预变性 > 变性 ' > 退火 ' > 延伸 共 个循环 > 延伸 < 产物经 琼脂糖凝胶电泳检测 <,, 分析 取 ( 的 < 产物加入 ( 的变性上样缓冲液 然后 > 变性 后 立即冰浴 后上样于聚丙烯酰胺凝胶上 试验中根据不同的扩增片段 采用 聚丙烯酰胺 和 聚丙烯酰胺 配成 的聚丙烯酰胺凝胶 然后以 电泳 2 - 统计分析利用 )--2$!' 4+ E$) 软件分析基因型 计算基因型频率和多态信息含量 利用,-, 统计软件 +( 程序对各个基因型与生长性状 体重 体高 体斜长 胸围 进行关联性分析 基因型与等位基因频率 计算公式为 式中 基因型频率 基因型个体数 群体的总个数 ! -! -! "" -!

3 期 蒋秋斐等 宁夏西门塔尔杂种牛 -$ 基因多态性及其与生长性状的关联性分析 "" -! 式中 - 等位基因 - 的频率 基因型个体数量 -! -! 基因型个体数量!! 等位基因 - 的 个不同复等位基因 群体遗传平衡卡方检验 假设一个基因位点上有 - 和 两种等位基因 基因频率为 # 和 则 ( 适合性 检验为 : ; : 式中 第 个基因型个体实际个体数 第 个基因型个体理论个体数 品种 群体 之间的基因型分布采用 独立性 检验 : 0 ; 0 0 : 0: & : ;; 0 : ; 0 式中 0 第 个品种的第 0 个基因型个体实际个体数 0 第 个品种的第 0 个基因型个体理论个体数 第 个品种个体数 0 第 0 个基因型个体 数 两品种个体总数 自由度 多态信息含量 $) 计算公式为 ; $) :; $ ; $ $ 0 : : 0: 式中 110 第 和第 0 个等位基因频率 等位基因数 统计分析模型 模型为 :1 式中 生长性状指标的记录值 体重 体高 体斜长 胸围和腹围 群体平均值 1 基因型效应 随机残差效应 在数据处理中 不考虑品种效应 牛场效应 性别效应 年龄效应 种公畜效应 种公畜内母畜之间的效应 基因型效应及不同因素之间的互作效应 结果与分析 - 基因 5 扩增结果 经 琼脂糖凝胶电泳检测 扩增片段产物大小为 # 电泳条带清晰 图 )-!$"$-$ 基因 < 产物 )-!$"$<#$&'-$"" 图 基因第 外显子 5 扩增检测!-'!"#"&5"$'"&#"# - 基因 基因型判定与分析 -$ 基因第 外显子扩增片段大小为 # 利用 <,, 技术对 个样本进行分类 将 < 产物片段进行纯化后回收测序 通过分析测序峰图发现 -$ 基因第 外显子的 -+- 个位点发生突变 图 结合 <,, 结果 将 -+- 型定为 - 基因 型 ---- 型定为 基因型 ---- 型定为 -- 基因型 图 分析原因 一种可能是 的空间构象并不表现 -+- 两个位点突变所造成的空间构象的改变 另一种可能是 -+- 两个位点的突变并不改变 位点突变所造成的空间构象

4 %1)( 中!国!畜!牧!兽!医 )* 卷! 图!!F?"! 基因第 # 外显子 & 个位点不同基因型测序图谱 K!!RP = U< 5 5LP 4M M=4 82 P 2 P? 4 8 4M L 54 2 =4 8F?"!L 5 N45# LE 图 &!F?"! 基因第 # 外显子 & 个位点 -:SH >>:- 图 K &!RP -:SH >>:-151? = =4 82 P? 4 4 8F?"!L 5 N45# &! 基因型频率和基因频率分析 本研究从群体遗传学角度对西门塔尔杂种牛 E!60 基因第 % 外 显 子 基 因 型 频 率(等 位 基 因 频 率 和多态信息含量" 6A!#进 行 了 分 析!发 现 E 等 位 基 因为优势等位基 因' 由 表 % 可 知!卡 方 检 测 的 位 点 在所检 测 的 西 门 塔 尔 杂 种 牛 群 体 中 处 于 U 6 "I! 不平 衡 状 态& 由 多 态 信 息 含 量 " # 可 f4 $ -\4 6 6 A! I 知!该位点处于中度多态" &' 0K'6A!'&' K#'

5 期 蒋秋斐等 宁夏西门塔尔杂种牛 -$ 基因多态性及其与生长性状的关联性分析 表 基因型频率 等位基因频率及多态信息含量 4*1#"(!'!'&7#'!#$ 基因基因型频率 +"1#"$"&"1 等位基因频率 -0"0$"&"1 卡方 $) +"" ( -$ - 基因变异位点与生长性状相关性分析运用,-,E 软件对 头有体尺性状记录的西门塔尔杂种牛 -$ 基因不同基因型与不同月龄体重 体高 胸围 体斜长等指标进行关联性分析 结果见表 由表 可知 -$ 基因第 外显子 --- 基因型个体初生体高 胸围均显著高于 基因型个体 $E 体重 体斜长不同基因型个体间差异不显著 $E 在 月龄 -- 及 - 基因型个体体重 体高 胸围均显著高于 基因型个体 $E-- 与 - 基因型间差异不显 著 $E 月龄个体体重呈 --- 趋势 -- 基因型个体体重极显著高于 基因型 $E 显著高于 - 基因型 $E 月龄 --- 基因型个体胸围和体高均极显著高于 基因型个体 $E-- 基因型优于 - 基因型 但差异不显著 $E 月龄个体体重呈 --- 趋势 月龄 -- 基因型个体体高极显著高于 基因型 $E-- 基因型个体胸围显著高于 基因型 $E 与 - 基因型个体相比 差异均不显著 $E 表 基因第 外显子不同基因型生长性状的最小二乘均值及其标准误 4*8#$&"$!&#!"&#"# 基因型 +"1#"' 项目 -- - 初生 体重 $22 体高!! 体斜长 胸围!! 月龄 体重!! 2' 体高!! 体斜长 胸围!! 月龄 体重 -! - 2' 体高 -! -! 体斜长 胸围 -! -! 月龄 体重 -! 2' 体高 -! -! 体斜长 胸围 -! -! 月龄 体重 -! 2' 体高 -! -! 体斜长 胸围!! 同行数据肩标不同小写字母表示差异显著 $ 肩标不同大写字母表示差异极显著 $ 肩标相同字母或无字母 标注表示差异不显著 $ *2"'!"$%!0&"'2"$"'!00""$'&#"$'$#'"!'!"$""$B2"$"!#!00" "$'&#"$'$#'"!"$""01'!"$""$B20"22"'!"$0""$'&#"$'$#'"!'!"$""$

6 中 国 畜 牧 兽 医 卷 因型 体重和胸围是直接反映牛生长情况的重要体 讨 论 体尺性状作为衡量个体生长发育的重要指标 在家畜育种中发挥着重要作用 将基因多态性与体尺指标综合考虑 选育出生长速度快的个体 对肉牛选种选育具有重要的意义 对于 -$ 基因 目前研究较为成熟的是人 -$ 基因与疾病的关系 研究结果表明 -$ 基因 调控区?+- 突变与人肥胖和糖尿病有关 ++ 基因型个体可以导 致糖尿病的发生 大量研究证实 8 系统对机体的生长发育和脂肪沉积有一定的影响 但 -$ 基因多态性的研究在家畜方面鲜有报道,2"$! 等 研究发现 -$ 基因第 外显子 # 处 + 的突变对 =< 和 -)+ 值有显著效果 其中 ++ 基因型具有较低的 =< 值和较高的 -)+ 值 对肉牛育肥性状选择有利 陈翠等 对西门塔尔牛 -$ 基因进行研究 发现 +- + 处突变 其中 # 的突变与肉牛的饲料转化率 平均日增重 胸围和腹围呈显著相关 个位点中 基因型为优势基因型 料重比较低 日增重较高 同时具有较好 的胸围和腹围性状 7!""! 等利用辐射性杂交制图技术 研究发现 -$ 基因与牛的肉质和胴体性状有关 本研究在 -$ 基因第 外显子处共发现 处突变 分别为 # 处 # 处 -+ # 处 - 但均未引起氨基酸的改变 # 处 的突变表现为 种基因型 而 # 处 - + # 处 - 的突变都仅表现为 种基因型 原因是 和 # 处同时发生突变 将不表现或不改变 )- 空间构象 对 # 处 的突变在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的平衡状态分析 该位点处于 7!$1B""$ 不平衡状态 分析原因可能是该群体受到环境选择 人工选育等因素的影响 致使群体遗传结构发生改变 也有可能是抽 样误差或样本数量有限所致 对 -$ 基因多态性与宁夏西门塔尔杂种牛生长性状相关性进行了分析 结果发现 不同月龄体高 体重 胸围 体斜长 总体呈 --- 趋势 月龄 -- 基因型个体体重极显著高于 基因型 显著高于 - 基因型 月龄 --- 基因型个体胸围和体高均极显著高于 基因型 月龄 -- 基因型个体体重极显著高于 - 基因型 月龄 -- 基因型个体体高极显著高于 基 尺指标 胸围越大 代表着牛生长潜力越高 不包括坏境和饲养因素 而体重是最直接反映生长速度的重要指标 综上所述 # 位 的突变与各月龄体重 胸围呈显著或极显著相关 就增重性状 建议选择 -- 基因型个体 如果考虑肉质性状 需要扩大样本量 并结合其他位点的检测结果和肉品质分析 寻找到既可以用于提高增重的分子标记 又可以提高肉质品质的分子标记 因此 -$ 基因第 外显子 # 处 突变对宁夏西门塔尔杂种牛的体重性状选育具有重要意义 -- 基因型可以作为后期育种筛选的目的基因型 参考文献 屈金亭 解偶联蛋白研究进展 : 湖北体育科技 李艳华 郦汉杰 赵兴波 等 猪 -$ 基因 调控区和外显子 的遗传变异研究 : 生物化学与生物物理进展 "$!,:!'' -,#' "!0" 0! 2$!0 &&#0 #$"!$" 0 '"%"&"'":! +&!$8&#0#$"'#$%""0&"" '1'!&'"' :## <"&"$)&0!& =2" 2$!0&&# 0#$"'$&&$!0!""'&"':## #"'' )!"0<=$"$'2"&&#0#$"20 ""'88:'#! '1-(":"$',"!0*0&"" "1#"2""$"!0"1&&#0 #$"!'&&!"&'!#'"''&"! &'0""!!0#':'# '1-(":"$',"!0*0&"" '"!$22""$"#$0"'!"#$"'' &&#0#$"''&&!"&'!#'"' '&"0&!&'0""!!0#':$* ' )! '1 $' &2"7B"'8"!0,$&&$!0$!!!&!!0!!01''2"2&!&&#0 #$" 78"":## 陈 翠 张立敏 陈晓杰 等 -$ 基因遗传多态性

7 期 蒋秋斐等 宁夏西门塔尔杂种牛 -$ 基因多态性及其与生长性状的关联性分析 与西门塔尔牛生长相关性状的遗传效应分析 : 畜牧兽医学杂志 蒋秋斐 顾亚玲 罗晓瑜 等 肉牛生长速度功能基因研究进展 : 中国畜牧兽医 7"!$:-$!, 7"'2!<"!0-''! '&12" +- -$""#$"$#01 $#2' 21#"!""'!"'1!"2 $!##&0!-!'"$0'&1:#) " -"$'"+)!0!!$( :&'$"'": "!02" $"&"8?+ - #01$#2' #$"'!!''&0$"''!"!'!''!"2"' 1- '&1 "'1!$"0!" "!0$!'! )!"':)! 2&0&!$""-0"1)2!,"!08&#0 #$" +-!&&#0#$"? #01$#2''1&,&2-$!*!$!$1!$"$1'"!'"#!"': 胡 刚 线粒体解偶联蛋白 基因启动子 +- 突变与二型糖尿病脑卒中遗传易感相关性的研究 ) 南京 南京大学,2"$!($&!2:)&$ "!001 $#2''!2!#01#"'2"%""&$#"#" ;$2 2$"$""#$+7 $"0'&00" $2!$! &&#0 #$"'! ""'! 2"$!''!' 2 "!'&$"' $2#"$$!"""""1!!$!''"$ ""!0":# 7!""! -B0!':((! -"!0!##!,!!01''%"!!"""'$"!!!$!''&!01:! 李 芬 中国地方黄牛 $$ 家族基因突变检测 甲基化及其与牛肉用生长性状的关联研究 ) 兰州 西北民族大学 责任编辑 晋大鹏

第 卷 第 期 年 月 水 生 生 物 学 报 肠 丫 搔蒸霎 原 位杂 交 和 原 位 技 术在 鱼 类基 因 定位 中 的 应 用 黄 袁仕 取 梅 朱作言 中 国科 学 院 水 生 生 物 研 究 所 淡 水 生 态 与 生 物 技 术 国 家 重 点 实验 室 武 汉 陕 西 师 范 大学 生 命 科 学 院 西 安 # 万 尸 了夭 如 趾 郑 人 扭寿 卿 关 键词 艺 只 妙 毛山知

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