录 环 录结 统 资 查 环 设 设 环 变 库 问题 业 计 结 资 请 业 业查 WRF CESM

Transcription

1 绍 陈 锟 级计

2 录 环 录结 统 资 查 环 设 设 环 变 库 问题 业 计 结 资 请 业 业查 WRF CESM

3 环 户 结 结 ln (login node) cn ( compute node) trans-server 盘结 户 ln0~ln3 户 ln7~ln8 ln 过 ssh 进 cn 须 业 进./WORK NSFCGZ /app/toolshs/transserver.sh 进 trans-server

4 top 环 过 ssh 负载 ln 结 ls a.bashrc exit 对.ssh 动 删

5 环 WORKSPACE 连 100G 账户拥 2 盘 100G 户 /HOME/ 户 编译 /WORK/ 户 户 /HOME/ 户 /NSFCGZ/ 户 1T ( 扩 ) 业 /HOME/ 户 /WORKSPACE == /WORK/ 户

6 环 trans-server 盘 ln0 ln1 ln2 ln3 cn [xxx] HOME WORK 盘 trans-server /WORK/ 户 /disk_1 df h 查

7 环 yhi 查 资 $ yhi PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST work* up infinite 1110 down* cn[0-451, ] work* up infinite 1331 alloc cn[*****] work* up infinite 636 idle cn[*****] docker up infinite 7 alloc cn[*****] docker up infinite 27 idle cn[*****] work, docker, MIC 态 UP DOWN 运 时间 Infinite 结 结 态 down, alloc, idle 结

8 环 Q yhi 资 A 时 Q yhi A 帐 请 给应 Q 盘 间 1T A 样 给应

9 环 Q 时查询 A 录 VPN 浏览 ( IE ) 栏输

10 录 环 录结 统 资 查 环 设 设 环 变 库 问题 业 计 结 资 请 业 业查 WRF CESM

11 设 环 变 module 设 环 变 module avail 查 软 module load **** 应 软 载 环 变 module unload **** 应 软 环 变 module display **** 查 module files module clear 经 载 module list 显 经 载 软

12 编译 MPI 库 库 问题

13 库 问题 MPI 讯规 Intel Intel 编译 Gnu gcc 编译 MPI 实现 MPICH IMPI OPENMPI 编译 认编译 库 态库 -dyn 动态库 -dbg 带 debug -large 2G 页

14 编译 MPI 库 库 问题

15 编译 MPI 库 库 问题 intel-compilers/ MPI/Intel/MPICH/3.1-dyn 统 认 intel-compilers/ MPI/Intel/MPICH/3.1-icc15-dyn intel-compilers/ MPI/Intel/MPICH/3.1-icc13-dyn intel-compilers/11.1+ MPI/Intel/MPICH/3.1-icc13-dyn gcc/ MPI/Gnu/MPICH/

16 库 问题 Intel 编译 Gnu 编译 优 Intel 编译 Intel 调 Gnu 头 库 gcc/4.4.7

17 编译 库 库 问题

18 库 问题 编译 业 intel-13 则 业 请输 source /WORK/app/osenv/ln1/set-icc13.sh intel-14 则 业 请输 source /WORK/app/osenv/ln1/set2.sh intel-15 则 业 请输 source /WORK/app/osenv/ln1/set3.sh

19 录 环 录结 统 资 查 环 设 设 环 变 库 问题 业 计 结 资 请 业 业查 WRF CESM

20 计 结 docker_128 work* MIC GPU free VIS LIC ln0 ln1 ln2 ln3 运 业 cn [xxx] HOME WORK

21 计 结 docker work* MIC GPU free VIS LIC Linux 统 视 业软 优 Linux 统 结 优 Linux 统 带 3 块 MIC Linux 统 带 1 块 GPU 费试 视 结 业软

22 资 请 业 yhrun- 业调试 优 简单 过 ctrl+c 杀 业 终 连 视为 业 处 yhbatch- 业 优 业 结 终 态 较 琐 yhcancle 杀 业 yhalloc- 满 环 变 yhrun yhbatch 业 录结 设 环 变 带 计 结 yhalloc 环 变 带 计 结

23 -yhrun yhrun [ 选项 1] [ 1] [ 选项 2] [ 2] 选项 -N : 请结 -n : 给 业 进 -p : 认 work -x : 结 业 结 -w : 结 业 结 -c : 结 CPU yhrun N 1 n 4 p free -x cn9443 hostname

24 资 请细节 设 结 -N 进 -n 细节 结 24 进 1 结 *24 进 样

25 资 请细节 设 结 (-N) 进 (-n) 细节 结 结 64G 带宽 带宽 竞 赖 软 VASP ROMS 线 时 openmp CPU 线 ( 闭 线 ) 结 进 * 进 线 < 24

26 处 - yhbatch yhrun 势 须 长时间 终 连 处 yhbatch 编 业 业 业 队 资 执 结 释 资 运 结 记录

27 处 - yhbatch 编 业 #! 头 释 #!/bin/bash yhrun -n 16 hostname csh 为 #!/WORK/app/osenv/ln1/usr/bin/csh yhrun -n 16 hostname qsub slurm 业 统 qsub

28 业 处 - yhbatch $ yhbatch N 1 p work job.sh Submitted batch job 56 $ yhq JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 56 work job.sh test605 PD 0:00 1 (Priority) 55 work test.sh test605 R 7:04: cn[ ] 运 输 slurm. jobid.out $ ls hpl-2.0 iotest job.sh NPB3.3-MPI slurm-56.out test.sh

29 处 - yhbatch 编 业 - 进阶 单结 运 业 #!/bin/bash yhrun -n 6 joba.exe & yhrun -n 6 jobb.exe & yhrun -n 6 jobc.exe & yhrun -n 6 jobd.exe wait $ yhbatch N 1 p work job.sh

30 处 - yhbatch 编 业 - 进阶 业 #!/bin/bash yhrun -N 2 -n 48 joba.exe & yhrun -N 2 -n 48 jobb.exe & yhrun -N 2 -n 48 jobc.exe & yhrun -N 2 -n 48 jobd.exe wait 1. 运 时间 2. 过 150 线 $ yhbatch N 8 p work job.sh

31 处 - yhbatch 编 业 - 进阶 业 #!/bin/bash yhrun -N 2 -n 48 joba.exe yhrun -N 2 -n 48 jobb.exe yhrun -N 2 -n 48 jobc.exe yhrun -N 2 -n 48 jobd.exe $ yhbatch N 2 p work job.sh

32 处 - yhbatch 编 业 - 进阶 yhbatch 传递 #!/bin/bash yhrun -N $SLURM_NNODES -n $SLURM_NPROCS joba.exe $ yhbatch N 8 -n 192 p work job.sh 让输 slurm.out #!/bin/bash yhrun -N 2 -n 48 joba.exe > log

33 处 - yhbatch 编 业 - 进阶 mpirun #!/bin/bash mpirun np 24 joba.exe: -np 12 jobb.exe: -np 12 jobc.exe $ yhbatch N 2 -c 24 p work job.sh

34 业 态简 $ yhq JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 56 work job.sh test605 PD 0:00 16 (Priority) 55 work test.sh test605 R 7:04: cn[ ] 业 CG 资 PD R S 结 进 队 CA CD

35 - yhalloc 请 资 规 yhrun yhbatch 业 队 经 结 业 释 结 动 yhcancle exit 态 时 场 结 测试 规 业 队

36 业 见问题 Q: libldap-2.4.so.2 统库 A: source /WORK/app/osenv/ln1/set2.sh Q: slurm_reveive_msg: Socket timed out on send/recv operation A: slurm 统 时 钟 Q: User's group not permitted to use this partition A: 查 设 yhi 资

37 业 见问题 Q: 应 A: 错误 办 补 实 虑 错结 yhbatch -x cn***** Q: segmentation fault A: 错误 ( 错误 ) ( 录 cn 结 top ( 组访问 查 )

38 录 环 录结 统 资 查 环 设 设 环 变 库 问题 业 计 结 资 请 业 业查 WRF CESM

39 WRF 编译 WRF module avail WRF 2 WRF module display WRF/**** 查 录 赖库 module display WPS 编译 WRF

40 CESM 经 CESM/1.2.2 module load cesm/1.2.2 动 载 intel-13 环 变 create_newcase ******** -mach Tianhe2 source /WORK/app/osenv/ln1/set-icc13.sh yhbatch case.run

41 linux 图 调 GPU 处 传 图 软 专 图 请 应 请 带 说

42

43

44 天河星光

45

46

47 总结 录时 录结 态 HOME 编译 WORKSPACE module 环 统 编译 编 业 问题 邮 问题 slurm.out 问题

48 谢谢