TITLE OF PRESENTATION New Reaxys 基础培训 Presented By Markus Bussen Date 爱思唯尔生命科学产品线客户顾问 Email: p.wu.1@elsevier.comp tel: (86)15021270371 吴鹏
TITLE OF PRESENTATION 2 提纲 New Reaxys 介绍 Elsevier 及 New-Reaxys 简介 New Reaxys 中的结果和检索方法 New Reaxys 中的文献检索技巧 ( 自然语言检索 ) New Reaxys 中的物质检索技巧 New Reaxys 中的反应筛选策略 New Reaxys 中的 Query Builder 使用介绍 New Reaxys 中检索小结
TITLE OF PRESENTATION 3 Elsevier 公司介绍 Elsevier 于 1880 年在荷兰成立, 成立之初致力于学术期刊杂志的发行和出版, 现已发展成为全球最大的科技文献出版社 Elsevier 是一家全球性公司, 总部在荷兰阿姆斯特丹, 在世界 25 多个国家雇有 7000 多名员工, 是励德爱思唯尔集团 (Reed Elsevier) 的成员
TITLE OF PRESENTATION 4 Reaxys+New Reaxys 简介发展历史 >3000 万生物活性数据 2015 Q1 2016 Q3
TITLE OF PRESENTATION 5 REAXYS 数据库涵盖内容 物质商业数据库 8,40 万 substances from emolecules 文摘数据库 >5400 万 records (from ~16,000 journal titles plus records from key patent organizations) 反应数据库 > 4300 万 single- and multi-step reactions Reaxys 物质数据库 > 4300 万 substances (total), 并且整合了 Emolecular 和 Pubchem 的物质信息, 总计达到 9000 万 + 的物质 理化性质数据库 > 500 亿 experimental properties in > 500 fields in > 130 subject areas 专利数据库 收录 7 大专利局的信息包括世界, 美国, 欧洲, 中国, 日本, 中国台湾, 韩国
TITLE OF PRESENTATION 6 Reaxys 收录的文献范围和涉及学科分类 Reaxys 总共收录 16,098 种期刊 涵盖与化学相关 16 个学科领域 农业及生命科学 生物化学, 分子生物学 化学工程 Chemical Engineering 化学 Chemistry 牙科学 Dentistry 宇宙科学 Earth and Planetary Science 能源 Energy 工程 Engineering 环境 Environmental Science 免疫学及微生物学 Immunology and Microbiology 材料科学 Materials Science 药学 Medicine 神经系统科学 Neuroscience 药理学 毒理学 Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics 物理学和天文学 Physics and Astronomy 其中包括化学最核心期刊 426 种 ( 其中收录 ACS 旗下化学最核心期刊 31 种 ) 化学相关专利 (76 年以来的世界, 美国, 欧洲 ),2010 年以来的所有日本, 韩国以及 2015 年以后所有的中国, 中国台湾 对于较早文献的收录比较好, 最早的一篇文章可以追溯到 1771 年 兽医学 Veterinary 6
TITLE OF PRESENTATION 7 更广泛的专利覆盖 New Reaxys 收录更多的亚太区域的专利 World US Europe Japan S. Korea China Taiwan 2014 2015 2016 2017 July 2016 September 2016 December 2016 2017 更多的源自亚洲专利中的物质将陆续添加到 New Reaxys 中
TITLE OF PRESENTATION 9 1. New Reaxys 的登录方式 https://new.reaxys.com/
TITLE OF PRESENTATION 10 提纲 New Reaxys 介绍 Elsevier 及 New-Reaxys 简介 New Reaxys 中的结果和检索方法 New Reaxys 中的文献检索技巧 ( 自然语言检索 ) New Reaxys 中的物质检索技巧 New Reaxys 中的反应筛选策略 New Reaxys 中的 Query Builder 使用介绍 New Reaxys 中检索小结
2. 简洁界面让初次使用者快速获得最权威信息 TITLE OF PRESENTATION 11
TITLE OF PRESENTATION 12 New Reaxys 中 Quick search 检索 自然语言检索 杂志名 + 出版年 + 卷号 Science,2016,vol 351 化合物名 :Ibrutinib 性质描述 :melting point of xylitol( 木糖醇的熔点 ) 反应 :Suzuki coupling (Suzuki 偶联 ) Preparation of porphyrin ( 卟啉的制备 ) 分子式 :Pd(PPh3)4 CAS 号等 结构编辑器检索
TITLE OF PRESENTATION New Reaxys 检索案例 1 文献检索 自然语言检索材料化学文献 Presented By Date
TITLE OF PRESENTATION 14 文献的自然语言快速检索策略 ( 文献名检索 ) New-RX 支持, 直接输入杂志名, 出版年, 卷号, 作者等简单单词来直接检索文献
TITLE OF PRESENTATION 15 文献的自然语言快速检索策略 ( 短句 ) 短句检索精准定位 经典版中各个文献检索的模块都被集中在了一个查询栏中
TITLE OF PRESENTATION 16 文献的自然语言快速策略 ( 词组 + 分子式 ) 自动识别词组和分子式, 给出不同组合结果, 一步到位可供参考
TITLE OF PRESENTATION 17 文献的自然语言快速策略 ( 词组 + 分子式 ) 通配符 * 锁定分子式检索 检索的文献结果相关度更高
TITLE OF PRESENTATION 18 文献的自然语言快速检索策略 ( 结构集界面介绍 ) 在浏览结果集之前还有预览栏, 可以预览 top3 的结果
TITLE OF PRESENTATION 19 文献的自然语言快速检索策略 ( 结构集界面介绍 ) 结果集概况 文献排序方式 筛选分析工具 文献被引次数 Index term 是 RX 的科学家对于文献阅读后的一种总结与归纳, 能够帮助大家快速理解文献讲解的内容
TITLE OF PRESENTATION 20 文献的自然语言快速检索策略 ( 筛选和分析界面介绍 ) 筛选历史导航栏, 方便回退之前的历史纪录, 节约数据读取时间 选择其中一个选项后, 可以在其他选项中看到这个选项在其他选项中所占有的比例 更多选择或者更细致的分类
TITLE OF PRESENTATION 21 文献的自然语言快速检索策略 ( 筛选和分析界面介绍 ) New Reaxys 文献筛选工具 1 2 3 4 5 1 7 8 9 1. Index term(list): 基于索引词的分析 2. Index term(reaxys Tree): 按领域分类物化性质, 化学变化, 物理化学分析法, 量子化学计算法 3. Publication Year: 基于出版年限的分析 4. Document Type: 基于文献类型的分析 5. Authors: 基于作者的分析 6. Patent Assignee: 基于专利权人的分析 7. Journal Title: 基于期刊名称的分析 8. Substance Classes: 基于反应中心结构的分析 9. Reaction Classes: 基于反应类型的分析
TITLE OF PRESENTATION 22 文献的自然语言快速检索策略 ( 筛选 ) 筛选跟单晶结构鉴定相关的文献 文献关键词并没有 单晶 相关信息但是 RX 索引词条认为这篇文献里有相关内容 New-RX 在 filter 上最大的改变就是细致化
TITLE OF PRESENTATION 23 提纲 New Reaxys 介绍 Elsevier 及 New-Reaxys 简介 New Reaxys 中的结果和检索方法 New Reaxys 中的文献检索技巧 ( 自然语言检索 ) New Reaxys 中的物质检索技巧 New Reaxys 中的反应筛选策略 New Reaxys 中的 Query Builder 使用介绍 New Reaxys 中检索小结
TITLE OF PRESENTATION New Reaxys 检索案例 2 物质检索 Presented By Date 1. 新药分子 Apatinib 的检索 2. 物质检索策略 - 扩环 3. 物质检索策略 - 金属有机物
TITLE OF PRESENTATION 25 Marvin JS 结构编辑器使用 选择工具, 橡皮, 健定义, 链, 正负电子 元素周期表以及常用原子 重复基团, R 基团,R 基团链接端, 反应定义工具 A: 原子属性定义工具 常见的环, 官能团,Reaxys 的 Generic Group 定义, 还有官能团缩写编辑器 如果使用 Chemdraw 画图, 快捷键 Ctrl+Alt+C 复制,Ctrl+V 黏贴
TITLE OF PRESENTATION 26 1. 物质的检索及结果集界面介绍 检索小分子药 apatinib 化合物名直接导出结构 注意检索结果的描述 : 如图所画, 但是包含了盐类, 混合物, 同位素等多种异构体
1. 物质的检索及结果集界面介绍 TITLE OF PRESENTATION 27
TITLE OF PRESENTATION 28 1. 物质的检索及结果集界面介绍 筛选分析工具 结果导出放大缩小排序方式 相关商业数据库 为产物 为反应物
TITLE OF PRESENTATION 29 1. 物质的检索及结果集界面介绍 当物质数据有直观的结果在文献中呈现时,RX 科学家都会把他逐一编辑出来供大家参考, 减少大家必须通读全文的时间, 比如,Apatinib 的生物数据信息
TITLE OF PRESENTATION 30 1. 物质的检索及结果集界面介绍 鼠标在结构式上悬停, 出现两个重要的功能选项 Markush 检索是对专利进行跟踪检索, 搜集新药情报的一个重要方式 快速获得商业信息 览博 网提供很多物质的商业信息
TITLE OF PRESENTATION 31 1. 物质的检索及结果集界面介绍 1 2 3 4 5 1. 合成计划数量 2. 可选分支数量 3. 反应步数 4. 原料可购买时就停止检索 5. 每步反应默认收率设定
TITLE OF PRESENTATION 32 1. 物质的检索及结果集界面介绍 Apatinib 阿帕替尼 Ibrutinib 依鲁替尼 合成计划的自动建立时基于文献多少的基础上的
TITLE OF PRESENTATION 33 2. 物质检索策略扩环检索 1. 注意 环设定 功能键和 原子属性 功能键的应用 2. 注意 as drawn 和 as substructure 选择 s4 表示 1-4 个非氢取代
TITLE OF PRESENTATION 34 2. 物质检索策略扩环检索 预浏览一下 top3 的结果 第一个结构是我们想要的吗? 如果不是该怎么除去?
TITLE OF PRESENTATION 35 2. 物质检索策略扩环检索 默认检索条件中有 额外闭合环 选项
TITLE OF PRESENTATION 36 2. 物质检索策略扩环检索 筛选这些结构中的格式试剂 1 2 3 4 5 1. 结构筛选器 2. 物质分类 : 按官能团分类, 里氏分类 ( 方向性相关分类 ), 按环大小分类 4. 可用信息分类 : 主要涉及是否可购买 5. 可用数据分类 : 主要涉及物化性质直接筛选, 作为反应物, 产物等筛选 3. 分子量分类
TITLE OF PRESENTATION 37 2. 物质检索策略扩环检索 筛选这些结构中的格式试剂 官能团筛选 官能团中包含碱土金属 物质分类各选项适用于所有的检索结果集
TITLE OF PRESENTATION 38 3. 物质检索策略金属有机化合物 单键或双键 检索 二戊茂铁 只需要画出部分结构即可
TITLE OF PRESENTATION 39 3. 物质检索策略金属有机化合物 筛选与磷配体配位的化合物
TITLE OF PRESENTATION 40 3. 物质检索策略金属有机化合物 来看看实例中的一个金属有机化合物的检索, 怎么能够定义到某个特殊的化合物 检索这个化合物的难点是, 不知道怎么用结构编辑器把结构表征出来
TITLE OF PRESENTATION 41 3. 物质检索策略金属有机化合物需要用亚结构检索, 扩大检索结果
3. 物质检索策略金属有机化合物 TITLE OF PRESENTATION 42
TITLE OF PRESENTATION 43 3. 物质检索策略金属有机化合物 用结构筛选器筛选, 注意筛选时使用 亚结构 其实第二个已经命中目标, 但是目标物质会只有一个吗?
TITLE OF PRESENTATION 44 3. 物质检索策略金属有机化合物 检索思路 :1. 检索核心结构,2. 用结构筛选器, 对不同取代基进行多步筛选
TITLE OF PRESENTATION 45 提纲 New Reaxys 介绍 Elsevier 及 New-Reaxys 简介 New Reaxys 中的结果和检索方法 New Reaxys 中的文献检索技巧 ( 自然语言检索 ) New Reaxys 中的物质检索技巧 New Reaxys 中的反应筛选策略 New Reaxys 中的 Query Builder 使用介绍 New Reaxys 中检索小结
TITLE OF PRESENTATION New Reaxys 检索案例 3 反应检索策略 Presented By Date 1. 自然语言检索反应 2. 原子映射 3. 反应碎片的合并 4. 反应中心的确定 5. 聚合反应检索 6. 键的拓扑 7. 不定位的应用 8. 新分子合成策略
TITLE OF PRESENTATION 47 1. 反应的自然语言快速检索策略 (Suzuki coupling) 自然语言检索, 能够自动判断词组是否与反应有关, 给出相应的结果
TITLE OF PRESENTATION 48 1. 反应的自然语言快速检索策略 ( 结果界面展示 ) 1 2 3 1. 展示 top3 的反应 2. 展示所有反应 3. 展示相似反应 详细操作步骤
TITLE OF PRESENTATION 49 1. 反应的自然语言快速检索策略 ( 结果界面展示 ) 导出结果 反应排序
TITLE OF PRESENTATION 50 1. 反应的自然语言快速检索策略 ( 筛选与分析工具 ) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1. 结构筛选 2. 产率 3. 确切试剂 / 催化剂 4. 溶剂 5. 催化剂分类 6. 溶剂分类 7. 产物可获得 8. 反应物可获得 9. 反应分类 10. 文献分类 11. 出版年 12. 单步反应限定 11 12
TITLE OF PRESENTATION 51 1. 反应的自然语言快速检索策略 ( 筛选与分析工具 ) 筛选以 Ni 金属为催化剂反应中心的 Suzuki coupling
TITLE OF PRESENTATION 52 2. 检索策略原子映射 为什么要作原子映射 画了一个精确结果, 进行精确检索的时候能检出来的结果都是直接相关的 但是对于研发来讲, 有时候精确检索是不足够的
TITLE OF PRESENTATION 53 2. 检索策略原子映射 官能团缩写编辑器, 还可以展开官能团 反应分类 快速筛选出符合想法的检索结果 扩大检索范围, 有可能出现相同原子, 会有无法识别原子的对应关系的结果出现
TITLE OF PRESENTATION 54 2. 检索策略原子映射 有了原子映射以后, 就表明产物中 氨基氮原子 在原料中是 硝基氮原子 对比前面没有原子映射的检索结果, 已经有 200 反应被排除
TITLE OF PRESENTATION 55 3. 检索策略碎片的合并与分离 分子中同时存在伯醇和仲醇, 如何选择性氧化仲醇 选择 s+ 并且点击同个原子四次出现 s4 标记, 表示该原子有 1-4 个非氢取代 s* 表示该原子只有氢取代, 很多时候被用来锁定原子 New-RX 不作定义时, 无论碎片在不在同一分子中都会检索出来
TITLE OF PRESENTATION 56 3. 检索策略碎片的合并与分离 展开碎片管理选项, 选择碎片合并, 检索结果就减少了 碎片的融合与分离, 在选择性反应中运用最为广泛
TITLE OF PRESENTATION 57 4. 检索策略反应中心的锁定 通过构建环的方式来合成吲哚 直接预览, 就发现第一个反应就不符合 构建环 反应的要求
TITLE OF PRESENTATION 58 4. 检索策略反应中心的锁定 鼠标右键点击 键 弹出菜单, 选择 键属性 进行反应中心的限定 可以仅仅是 反应中心 也可以限定 生成, 断裂 等等变化 选择 生成或断裂 结果进一步缩小
TITLE OF PRESENTATION 59 5. 检索策略聚合反应检索 如何检索一个基础的聚合反应呢 结构比较特殊时可以展开亚结构检索, 多大结果集 在首页面的自然语言检索框中输入 polymerization, 及聚合反应
5. 检索策略聚合反应检索 TITLE OF PRESENTATION 60
TITLE OF PRESENTATION 61 6. 检索策略环的拓扑 - 广义环检索 这时候就要考虑开环, 定义环的拓扑来扩大检索范围提供参考的文献
TITLE OF PRESENTATION 62 6. 检索策略环的拓扑 - 广义环检索 先拓扑检索硝基的部分 鼠标右键的 bond properties 设置键的属性, 把键设定到环中 复习 S+ 的作用 1-4 个 非氢取代
TITLE OF PRESENTATION 63 6. 检索策略环的拓扑 - 广义环检索 再拓扑检索氰基的部分 含有氰基生成其他官能团 生成氰基 这样就能提供参考思路
TITLE OF PRESENTATION 64 7. 检索策略不定位取代 检索吡啶环上有硝基的 sonogashira 偶联 1. 不限定取代位置 有两个不定位取代时, 重复操作两次即可 在吡啶上有任意位置取代的硝基和卤素, 反应以后卤素位置发生偶联反应
TITLE OF PRESENTATION 65 7. 检索策略不定位取代 如果我们想检索两个取代基一定是相邻取代
TITLE OF PRESENTATION 66 7. 检索策略不定位取代 使用原子列表来限定
7. 检索策略不定位取代 TITLE OF PRESENTATION 67
TITLE OF PRESENTATION 68 8. 检索策略新分子的合成策略 真实案例 1: 脑垂体糖皮激素有作用的某类药物 通常情况下, 我们会在按照不同的环结构进行拆分合肢解 由于这个结构本分并不复杂, 所以可以直接检索左边结构 策略, 从已有的核心结构出发, 把取代基模糊, 看看核心结构能有什么检索结果
TITLE OF PRESENTATION 69 8. 检索策略新分子的合成策略 手动建立合成计划时, 系统会提供尽可能多的反应供选择 策略, 如果需要一系列的修饰, 记得保存合成计划, 以供参考 悬浮弹出合成条件
TITLE OF PRESENTATION 70 8. 检索策略新分子的合成策略 策略, 注意每一步细节, 认真筛选工艺和条件, 必要时还需结合反应机理筛选 不同条件可以筛选合成工艺
TITLE OF PRESENTATION 71 8. 检索策略新分子的合成策略 搜索结果为零, 进一步扩大检索范围
TITLE OF PRESENTATION 72 8. 检索策略新分子的合成策略 策略, 必要时放弃一些取代基团, 先合成核心结构, 再想办法合成取代基
TITLE OF PRESENTATION 73 8. 检索策略新分子的合成策略 现在需要引入 羧基 策略,New-RX 中会智能给出一定相似度的结果, 这里我们看看会不会得到启发
TITLE OF PRESENTATION 74 8. 检索策略新分子的合成策略 反应位点确时相似 来源影响因子还是比较高 合成计划创建 策略, 一个条件会不会太少, 扩展一下
TITLE OF PRESENTATION 75 8. 检索策略新分子合成策略 卤素和 s4 取代的限定了整体结构的相似性 原子映射, 找准碳原子的对应关系 策略, 发挥想象力, 注意使用各种功能键来, 限定或者开发特定的取代
TITLE OF PRESENTATION 76 8. 检索策略新分子的合成策略 插羰 水解 氧化 众多条件可供参考
TITLE OF PRESENTATION 77 8. 检索策略新分子的合成策略 画图标出 确定氢 转换为 氰基 策略, 最终选择何总合成反式, 归根结底还是要在以学习到的知识为基础, 还有就是每种实验条件的尝试, 数据库只是辅助
TITLE OF PRESENTATION 78 8. 检索策略新分子的合成策略 经历了一步步的推敲, 最终建立了合成路线 但是很可惜, 最后在氰基水解时, 得到了是 脱羧的产物 策略, 这个化合物, 最终通过小环出发合成大环, 最终解决, 解决的思路还是这样一步步推敲出来
TITLE OF PRESENTATION 79 提纲 New Reaxys 介绍 Elsevier 及 New-Reaxys 简介 New Reaxys 中的结果和检索方法 New Reaxys 中的文献检索技巧 ( 自然语言检索 ) New Reaxys 中的物质检索技巧 New Reaxys 中的反应筛选策略 New Reaxys 中的 Query Builder 使用介绍 New Reaxys 中检索小结
TITLE OF PRESENTATION New Reaxys 检索案例 4 Query Biulder Presented By Date 1. 怎么通过自定义检索把思路检索出来 2. 自定义检索的简单应用, 排除反应
TITLE OF PRESENTATION 81 New Reaxys 的 Query Builder 检索案例 1 检索以下物质 天然存在的 30 个 C 原子 有抗菌效应的 光学旋光度在 75-80 Reaxys 的 Query Builder 可以将科研人员的想法付诸实践
TITLE OF PRESENTATION 82 检索需求分析 需求涉及 4 个方面 分子式, 理化性质,Key Word, 源自天然产物 Step 1: 添加分子式条件,C30*
TITLE OF PRESENTATION 83 条件的添加 Step 2: 添加天然产物的条件, 在右侧 Forms 里面选择天然产物, 拖动至左侧, 并选择 Find Any
TITLE OF PRESENTATION 84 条件的添加 Step 3: 添加 Key Word,antimicrobi*, 用 * 通配符表示任意字符
TITLE OF PRESENTATION 85 条件的添加 Step 4: 添加 Physical Data, 其中找到旋光度, 输入数值 75-80
TITLE OF PRESENTATION 86 执行检索 Step5: 选择物质检索
最后的检索结果 TITLE OF PRESENTATION 87
TITLE OF PRESENTATION 88 案例的衍生 刚才的案例说 30 个 C, 如果我要求是 28 或者 30 个 C 该如何检索 在分子式检索下面, 添加一个分子式的条件, 需要注意的是, 要和之前的分子式条件成为一个组别,Group, 然后添加 C28*, 并将两个分子式之间的逻辑关系换成 OR
TITLE OF PRESENTATION 89 最终的结果 可以同时检索到 C28,C30 的天然产物
TITLE OF PRESENTATION 90 New Reaxys 的 Query Builder 检索案例 2 如何用 Query Builder 排除反应
TITLE OF PRESENTATION 91 New Reaxys 的 Query Builder 检索案例 2 如何用 Query Builder 排除反应 可以直接找到之前检索过的历史纪录, 关闭网页后打开就不再保留 注意选择 not 扩展一下, 排除法也可以对检索结果进行快速筛选 这里用排除法验证了前面 原子映射 的检索逻辑
TITLE OF PRESENTATION 92 提纲 New Reaxys 介绍 Elsevier 及 New-Reaxys 简介 New Reaxys 中的结果和检索方法 New Reaxys 中的文献检索技巧 ( 自然语言检索 ) New Reaxys 中的物质检索技巧 New Reaxys 中的反应筛选策略 New Reaxys 中的 Query Builder 使用介绍 New Reaxys 中检索小结
TITLE OF PRESENTATION 93 New Reaxys 检索小结 New Reaxys 从大量文献中摘取和物质性质相关的所有数据, 帮助科研人员获得标准化, 规范化, 格式化的物性数据列表及参考文献 New Reaxys 中的 Query Builder 检索帮助科研人员通过简便的方式, 获得精准, 跨学科的精确答案 New Reaxys 中的结构面板, 能实现科研人员绝大部分的结构绘制要求, 帮助科研人员用最直接的方式获得相应的物质和反应
TITLE OF PRESENTATION 谢谢观看! 如有任何问题请来函咨询 爱思唯尔生命科学产品线客户顾问 Email: p.wu.1@elsevier.com tel: (86)15021270371 吴鹏