Galaxy NGS タ解析 Pitagora Galaxy 第 5 回生命医薬情報学連合大会 IIBMP 2016
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- 盈竣 黄
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1 Galaxy NGS タ解析 Pitagora Galaxy
2 予定 13:30-15:00 タ解析環境 Galaxy 今 使え Galaxy VM 10 min 10 min Galaxy 活用 例 2 x 7 min Galaxy 七転び八起 4 x 7 min Meet the Experts 14:30-15 min 5 min 2
3 タ解析環境 Galaxy 慶應義塾大学鈴木治
4 Galaxy CAGTTGCTCACGCCTGTAATCCTATCAC AGACACTACCACAGCGACCAAGCCCG AGACACTACCACAGCGACCAAGCCCG Short Reads... Next Generation Sequencing 4
5 Galaxy 5
6 Galaxy 6
7 : P G 7
8 今 使え Galaxy VM 配布 日 山中遼
9 Galaxy Users in Greater Tokyo 9
10 Workflow Management System? 10
11 Reproducible? Reusable? 11
12 Distribution of Virtual Machine Virtual Machine 仮想 ン : OS そ 上 全 タ 固 え 12
13 Monthly Meetup Since Nov
14 Get VM, Use Public Servers, and Learn! GET LEARN USE 14
15 Use: Public Servers 15
16 Learn: Wiki 16
17 Learn: Workshop 17
18 Galaxy 活用 例 (1) 産業技術総合研究所新海典
19 19
20 20
21 21
22 22
23 Galaxy 活用 例 (2) 国立遺伝学研究所望 孝子
24 DD J : DD J P DDBJ Sequence Read Archive (DDBJ SRA) タ DDBJ pipeline 基礎処理部 ( Quality Value Read ン ン de novo ン 高次処理部 (galaxy) DNA 多型 ノ ン (DNApod) ン ノ ン Pitagora-Galaxy 移植 24
25 DDBJ pipeline: 利用統計年変動 (JOB 数, 録者数 ) JOB 数 数 年 25
26 DNApod ワ 処理 タ DDBJ pipeline 基礎処理部 ( Quality Value Read ン ン (bwa: ver r104) 高次処理部 (pitagora-galaxy) DNA 多型 検出 (SAMtools: ver , bcftools: ver ) ノ 上 DNA 多型 布 描画既知遺伝子 ノ ン (SnpEff: ver. 3.6c) タ結果 26
27 今後 計画 ワ 充実 い Genotype Imputation De novo ノ ノ ン De novo ン ノ ン 非 生物 RNA-seq タ ン 遺伝子 ノ ン タ 構築 27 Galaxy Workshop Tokyo 2016
28 Galaxy 七転び八起 (1) Percipere, LLC. 池田誠
29 Galaxy 利用 ン ン 利用 活用 機能 確認等 割 容易 実行 複数 う 処理 比較 等 思う 任 い時 割 役 立 "chr" 無等 困 い 実験者 意外 多い 29
30 Galaxy 利用 困 Galaxy そ 必要 Unix 環境 慣 い い そ そ ン 困難 外部 利用 場合 処理 大 い タ 転送 時間 30
31 そ Pitagora Galaxy Virtual Machine ン 簡単 Windows Mac Linux 動 日 語 ソ ( ぶ 充実 期待 ) 近... 31
32 必要 組 込 ン (Tool shed 無い時...) チ ン ンソ 適 権限 ン 適 展開 path 通 実行環境 整え そ 簡単? 32
33 録機能 録 タ 単純 録 思 tar 固 タ gzip タ 内部 展開 行 処理 自動的 実行 ( そ 御蔭 Windows/Mac/Linux キ 取扱 困 い ) 実行形式 タ 単純 録 い そ uuencode キ 変え 録 内部 再度 復元 33
34 定義 作成 実行 ンタ 必要 xml ンタ 実行 ン 定義 細 処理 記述 xml 色々遷移状態 記述 必要 実行 ン 部 <command>![cdata[ ]]</command> 記述 決 容易 言え い 34
35 定義 作成 支援 Planemo ン ン形式 定義 作成 $ planemo tool_init --force \ --id 'gatk_35 \ --name 'GenomeAnalysisTK' \ --requirement xxx \ --example_command ' ' \ --example_input sample.bam \ --example_output sample.vcf \ xml 雛形 作成 後 適宜編集 lint 構文チ 実行可能 手間 そ 程減 わ い 35
36 再び起 上 録 姑息 手立 無いわ 無い 今後 docker 望? 定義 記述 java 世界 maven gradle 移 い xml 定義 記述 大変 そ... ンタ 機能 割 Do one thing and do it well! 36
37 Galaxy 七転び八起 (2) 国立遺伝学研究所小笠原理
38 Galaxy 七転び八起 (3) ASCADE, Inc. 那須野淳
39 Galaxy 実運用 留意点 い Galaxy 実運用 想定 場合 SIer 的 視点 考え い 問題 Shared Storage 権限管理 既存 Lustre や NFS mount 際 厳密 権限管理 行い い Cluster System 実行 設定 既存 Grid Engine (e.g. UGE) 利用 際 submit UID 適 設定 い 現在 Galaxy う 対応? 39
40 submit job to UGE via DRMAA (Distributed Resouce Management Application API) DRMAA I/F 持 Job Scheduler 対応 (Univa Grid Engine, PBS Professional, HTCondor, SLURM, ) wrapper script 用い submit 実在 ン (real user) setuid, setgid 可能 - config/galaxy.ini (drmaa_external_runjob_script) - scripts/drmaa_external_*.py c.f.) Submitting Jobs as the Real User real user 否 定 Galaxy(logged in) 見 getpwnam(username) Shared Storage 入出力 対 仕組 適正 UID/GID 設定 40
41 Docker-containerized tools Docker ン 内 Galaxy Tool 実行可能 (since Aug 2014) ン 起動時 UID job_conf.xml 設定 docker run -u ン 相当 Galaxy 全体 固定 点 注意 job_conf.xml: <param id="docker_set_user">1001</param> DRMAA job runner 場合 様 Galaxy 動的 設定 ほう 望 い 各 job runner 側 対応? 41
42 Aurora / Mesos Cluster 利用 Docker-containerized tools Mesos Cluster 実行 job runner 実装 Apache Aurora, Mesos
43 Aurora / Mesos Cluster 利用 投入時 UID Aurora Job Config 設定 Mesos Docker Containerizer そ 引 渡 仕様 DRMAA 様 動的 UID 解決 可能 ( 今後 実装予定 ) 43
44 今後 開 予定 (Galaxy 1 ) 基 開 - Application 毎 最適化 仮想 環境 ン ン 構築 基 技術 確立 - SINET5 VPLS 活用 来年度 試行運用予定 計算資源 動的再構成 - Application 実行状況 変化 合わ 計算資源 再構成 行う 技術開 各タ 進行率 ン 待 状況 CPU/RAM 使用状況 視 Auto Scaling や Public 新 資源確保 行う - 特殊 制約 持 計算資源 対応 個人情報 保存 ン タ 資源制約 関 要件 考慮 44
45 Galaxy 七転び八起 (4) 理化学研究所石井学
46 実際 七転び う bayes linux 開 中そ 中 Galaxy Galaxy 開 規模 そ 大 い 実際 使 問題 見 思 機能 い 実際 七転び い う わ 試 46
47 実際 七転び う 途中経過 欲 い機能 含 7 ( 以上 ) PR Galaxy 体や docker 版 47
48 そ キ ン 修正 start_lite いう 使 docker 版 最小限構成 実行 いう記述 README 見 実際 そ ン 打 動 原因 尾.sh い い Pull Request 送 fix typo 48
49 そ docker 関連 修正 Docker 使う 初回 投入 必 失敗 回目 問題 動 Pull Request 送 Fix docker command_list 壊 人 乗 出 誠実 壊 い ン backport 49
50 そ docker 関連 修正 Docker 使う時 依存 動 Pull Request 送 tool run in docker derived from All-in-one-Galaxy-container そ 取 込 素晴 い解決策 作 い嬉 い 50
51 そ GridEngine 関連 追加 Docker 使 Galaxy GridEngine 関連 入 slurm ン い condor 入 い Pull Request 送 Add GridEngine client and it's DRMAA 細 い い チ 51
52 そ GridEngine 関 README GridEngine 実際 使う キ ン 書い 欲 い 言わ い 手伝う 書い う 実際 書い About how to use Grid Engine environment 丁寧 英語 直!! 52
53 実際 七転び 結果 予定 Galaxy 関連 PullRequest 送 う 思 い ほ 敷居 高 褒 親 対応 travis SGE 用 書 予定 日 優 typo 教え 53
54 う い Galaxy hacktoberfest 参加中 PR 送 開 参加 う 54
55 Meet the Experts
56 What is Valid / Invalid Tool? Some tools become invalid after retrieving and installing from Tool Shed, and those tools are not shown in the tool panel. What is the reason and how we can check why? 56
57 Tool Dependency Package or Docker? As tools requirement, we can prepare dependency packages (on Tool Shed) or docker images. Which is prefarable? 57
58 Tools Version and Revision? Tool Shed manages revisions which are different from versions written by developers. The revisions seem necessary since updated tools can have the same versions as the old ones. At the same time, for each history, revisions of the tools executed are not saved. Should it be recorded for tracability and reproducibility? How about when we use Docker images? 58
59 The Best Method to Test Tools? Test Tools using Planemo? using Docker? Test workflows end-to-end testing CasperJS, Selenium, Jenkins? related issue 59
60 Improvement of User Interface? Galaxy UI seems not very popular for the biologists (at least in Japan. One reason may be because it is in English). For example, input/output file name is basic point but still improving. related issue Do you have a plan to renovate UI? Do you have such an internal discussion? Is there any project to develop simplified UI which wrap Galaxy UI? 60
61 Q & A 61
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