第 25 卷第 5 期 2016 年 10 月 激光生物学报 ACTA LASER BIOLOGY SINICA Vol.25No.5 Oct.2016 doi: /j.isn 甘肃地区回族人群 18 个 STR 基因座的遗传多态性 张建, 莫

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1 第 25 卷第 5 期 2016 年 10 月 激光生物学报 ACTA LASER BIOLOGY SINICA Vol.25No.5 Oct.2016 doi: /j.isn 甘肃地区回族人群 18 个 STR 基因座的遗传多态性 张建, 莫晓婷, 马温华, 江丽, 孙敬, 孙辉, 李万水, 赵兴春, 叶健 ( 公安部物证鉴定中心, 北京 ) 摘要 : 研究了 D5S818 D8S1179 D7S820 CSF1PO D2S1338 D3S1358 vwa D21S11 D16S539 PentaE TPOX TH01 D19S433 D18S51 FGA D6S1043 D13S317 D12S391 等 18 个短串联重复序列 (shorttandem repeats,str) 基因座在甘肃地区回族人群的遗传多态性 采用荧光标记复合扩增及毛细管电泳技术对 1038 名甘肃地区回族无关个体 18 个 STR 基因座进行分析 研究结果显示,1038 名甘肃地区回族个体在 18 个 STR 基因座上, 共检出 223 种等位基因,982 种基因型, 其分布均符合 Hardy Weinberg 平衡 (P>0.05),18 个基因座的杂合度 (H) 介于 0.601~0.929 之间, 匹配概率 (Pm) 介于 0.012~0.213 之间, 个体识别概率 (DP) 介于 0.787~0.988 之间, 多态信息含量 (PIC) 介于 0.550~0.920 之间, 非父排除概率 (PE) 值介于 0.292~0.854 之间 本文研究结果对甘肃地区回族人群群体遗传学及法医学后续研究应用具有参考价值 关键词 : 群体遗传学 ;DNATyper TM 19;STR 多态性 ; 甘肃回族中图分类号 :R394 文献标志码 :A 文章编号 : (2016) Polymorphism of18shorttandem RepeatLociofHuiPopulation from GansuRegion ZHANGJian,MOXiaoting,MAWenhua,JIANGLi,SUNJing, SUNHui,LIWanshui,ZHAOXingchun,YEJian (InstituteofForensicScience,MinistryofPublicSecurity,Beijing100038,China) Abstract:ThisstudywastodeterminethefrequenciesandparametersofHuipopulation18shorttandem repeatloci (D5S818 D8S1179 D7S820 CSF1PO D2S1338 D3S1358 vwa D21S11 D16S539 PentaE TPOX TH01 D19S433 D18S51 FGA D6S1043 D13S317 D12S391)inGansuregion.PCRamplificationandcapilaryelectropho resistechnologieswereemployedtodeterminethegenetypeof18strlocifor1038unrelatedhuiindividuals.results showthat223alelesand982genotypesarerecognizedinhuipopulationfrom Gansuregion.Theresultsdemonstrated thatallociarefoundtohavenodeviationfrom Hardy Weinbergequilibrium(P>0.05).Heterozygosity(H)ranged from0.601to0.929,matchingprobability(pm)rangedfrom0.012to0.213,powerofdiscrimination(dp)ranged from0.787to0.988,polymorphisminformationcontent(pic)rangedfrom0.550to0.920,powerofexclusion(pe) rangedfrom0.292to0.854.theresearchresultsofthisworkhavereferencevaluefortheresearchandapplicationof thepopulationgeneticsandforensicdnaofhuipopulationfromgansuregion. Keywords:populationgenetics;DNATyper TM 19;STRpolymorphism;GansuHuipopulation 收稿日期 : ; 修回日期 : 基金项目 : 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目 (2015JB016); 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目 (2015JB023); 中央级公益性科研院所基本科研业务费发展支撑项目 (2016JB040) 作者简介 : 张建 (1982-), 男, 安徽蒙城人, 副主任法医师, 硕士, 主要从事法医遗传学研究工作 ( 电子邮箱 )j_ zhang@yeah.net

2 第 5 期张建等 : 甘肃地区回族人群 18 个 STR 基因座的遗传多态性 419 短串联重复序列 (shorttandem repeats,str) 具有多态性好 易于复合扩增 灵敏 突变率低 自动化检测程度高等诸多优点, 是法医 DNA 鉴定领域重要的遗传标记, 广泛应用于人类个体识别 亲子鉴定及绘制遗传进化树 [1] 许多专门机构致力于 DNA 检测基因座的群体遗传学研究 [2 6], 以寻找到适合于不同民族 不同群体个人识别和亲权鉴定的基因座 本文采用 FAM( 蓝色 ) HEX( 绿色 ) TAMRA( 黄色 ) ROX( 红色 ) 标记的荧光复合扩增试剂盒 DNA Typer TM 19 对甘肃地区 1038 名回族无关个体进行检验, 获得了该地区回族群体 18 个 STR 基因座 (D5S818 D8S1179 D7S820 CSF1PO D2S1338 D3S1358 vwa D21S11 D16S539 PentaE TPOX TH01 D19S433 D18S51 FGA D6S1043 D13S317 和 D12S391) 的遗传学调查数据, 为该地区人群群体遗传学和法医 DNA 的研究实践提供了基础数据 1 材料与方法 1.1 实验样本从本实验室 DNA 数据库建设所积累血样中筛选甘肃地区回族个体血样共 1038 份, 通过对户籍地及 STR 分型的比对, 排除样品间存在同户 同卵双生及单亲遗传关系 1.2 扩增及检验采用 DNATyper TM 19 直扩试剂盒 ( 公安部物证鉴定中心 ) 在天隆科技 DTC 4C 型基因扩增仪上进行直接扩增 [7,8], 扩增产物经 3730xl 型遗传分析仪 ( 美国 ThermoFisher 公司 ) 检测,GeneMapperv3.2.1 软 件分型 1.3 统计学分析根据基因分型结果计算 18 个 STR 基因座的基因频率, 用 SPSS17.0 软件对所得群体遗传学参数进行 Hardy Weinberg 平衡检验 应用 PowerStars 分析软件统计各基因座的等位基因频率 杂合度 (H) 个体识别概率 (DP) 匹配概率 (Pm) 非父排除概率 (PE) 和多态性信息含量 (PIC) 等法医遗传学参数, 并计算累积个体识别率 (TDP) 和累积非父排除率 (CPE) [9] 2 结果 1038 名甘肃地区回族个体在 18 个 STR 基因座上, 共检出 223 种等位基因,982 种基因型, 基因频率介于 ~ 之间, 具体见表 1 经 2 检验, 所有基因座型频率均符合 Hardy Weinberg 平衡 (P>0.05), 表明该群体调查数据科学 可靠 各 STR 基因座的等位基因数 基因型数目 H 值 Pm 值 DP 值 PE 值和 PIC 值等法医遗传学应用参数见表 2 由表 2 可知, 甘肃地区回族人群 18 个 STR 基因座的杂合度 (H) 介于 0.601~0.929 之间, 匹配概率 (Pm) 介于 0.012~0.213 之间,DP 值介于 0.787~ 之间,PIC 值介于 0.550~0.920 之间,PE 值介于 0.292~0.854 之间 按照文献公式计算 [9],18 个 STR 基因座的累积匹配概率为 , 累积个体识别率大于 , 累积非父排除概率为 表 1 甘肃地区回族群体 18 个 STR 基因座等位基因频率 (n=1038) Tab.1 GansuHuipopulationalelicfrequenciesof18STRloci(n=1038) D5S818 D7S820 D2S1338 D3S1358 D16S539 D19S433 D18S51 A F A F A F A F A F A F A F vwa

3 420 激光生物学报第 25 卷 D5S818 D7S820 D2S1338 D3S1358 D16S539 D19S433 D18S51 A F A F A F A F A F A F A F A F D8S TPOX A F PentaE A F A F FGA A F D6S A F D21S11 TH D12S A F A F A F CSF1PO A F D13S A F A: 等位基因 ;F: 等位基因频率

4 第 5 期张建等 : 甘肃地区回族人群 18 个 STR 基因座的遗传多态性 421 表 2 甘肃地区回族人群 18 个 STR 基因座法医遗传学参数 (n=1038) Tab.2 GansuHuipopulationgeneticsparametersof18STRloci(n=1038) 基因座 等位基因杂合度匹配概率多态信息个人识别率非父排除典型父权指数基因数型数 (H) (Pm) 含量 (PIC) (DP) 概率 (PE) (TPI) D5S D8S D7S CSF1PO D2S D3S vwa D21S D16S PentaE TPOX TH D19S D18S FGA D6S D13S D12S 讨论 STR 基因座的群体遗传多态性可以反映群体分化的过程, 群体之间和群体内部的异质性水平较高, 并且在不同群体以及亲缘关系相近的群体之间的等位基因和基因型频率分布有明显的地理差异, 地理因素在遗传学多样性形成中的作用比语言因素要更显著 [10,11] 甘肃是一个多民族聚居的地区, 现有 54 个少数民族成分, 该地区回族的形成在历史上经历了多次迁徙 聚居等过程, 所以在将 STR 用于该地区人类群体学研究 法医个体识别和亲权鉴定时, 对该群体进行多态性研究有重要意义 本文使用荧光复合扩增试剂盒 DNATyper TM 19 调查研究了甘肃地区回族个体 18 个 STR 基因座的遗传多态性, 研究数据显示,D5S818 D8S1179 D7S820 D2S1338 vwa D21S11 D16S539 PentaE D19S433 D18S51 FGA D6S1043 D13S317 D12S391 等 14 个 STR 基因座的 H 值均大于 0.7,DP 值均大于 0.9,PE 值均大于 0.5,PIC 值均大于 0.7, 属于高识别力 高杂合度 高信息量的遗传标记 [12], 其中 Pen tae 基因座鉴别能力最高, 发现的等位基因数最多, 有 154 个之多 ;CSF1PO D3S1358 TH01 TPOX 等 4 个 STR 基因座与其他基因座相比,H DP PE 和 PIC 各值均偏低, 其中多态性最差的是 TPOX 基因座 实验结果同时表明, 这 18 个 STR 基因座联合应用具有高度的个体识别和亲权鉴定能力, 适用于作为甘肃地区回族群体的个体识别 亲子鉴定的科学依据 另外, 我们调查参考了近年来甘肃地区少数民族人群 STR 基因座遗传多态性的相关文献, 发现研究者们大多采用 Identifiler 扩增试剂盒 ( 美国 AB 公司 ) 对临夏撒拉族 (n=245) 甘肃裕固族 (n=243) 甘肃回族 (n=500) 等人群的 D5S818 D8S1179 D7S820 CSF1PO D2S1338 D3S1358 vwa D21S11 D16S539 TPOX TH01 D19S433 D18S51 FGA D13S317 等 15 个 STR 基因座进行相关研究, 而本文所采用的 DNATyper TM 19 试剂盒不仅包含其所具有

5 422 激光生物学报第 25 卷 的 15 个 STR 基因座, 还在此基础上增加了 D6S1043 D12S391 PentaE 这 3 个基因座, 并且发现 PentaE 基因座适于对甘肃回族人群进行人类个体识别分析 ; 虽有平凉回族 (n=226)19 个 STR 基因座的报道, 其群体遗传学参数与本文略有差异, 但研究区域不同, 并且本研究样本数达到了 1038, 具有一定的代表性, 这些都为甘肃地区群体 STR 数据资料的完善, 人类学和遗传学的有关研究提供了基础数据 参考文献 [1] BUCKLETONJS,TRIGGSCM,WALSH SJ.( 唐晖, 焦章平, 等译 ). 法庭科学 DNA 证据的解释 [M]. 北京 : 科学出版社,2010:2 12. BUCKLETONJS,TRIGGSCM,WALSH SJ.(TANGHui, JIAOZhangping,etal).InterpretationofDNAevidenceinfo rensicscience[m].beijing:sciencepres,2010:2 12. [2] 叶健, 姜成涛, 裴黎, 等.DNATyper TM 15 基因座的研究与选择 [J]. 刑事技术,2007(3):9 12. YEJian,JIANGChengtao,PEILi,etal.Studyandselectionof STRlociforDNATyper TM 15kit[J].ForensicScienceandTech nology,2007(3):9 12. [3] 杨幸怡, 刘宏, 陈玲, 等.17 个 Y STR 基因座遗传结构及用于姓氏推断的价值 [J]. 中国法医学杂志,2016(2): YANGXingyi,LIUHong,CHENLing,etal.Ypolymorphism andgeneticstructureof17y STRlociin10mainfamilysurname groupsofchina[j].chinjforensicmed,2016(2): [4] 陈洵, 胡盛平. 潮汕汉族人群 SE33 D1S1656 D2S441 和 D10S1248 基因座遗传多态性研究 [J]. 汕头大学医学院学报,2016(2): CHENXun,HU Shengping.Geneticpolymorphism ofse33, D1S1656,D2S441andD10S1248inChaoshanHanpopulation [J].JournalofShantouUniversityMedicalColege,2016(2): [5] 董妍, 林双双, 曹禹, 等.15 个常染色体和 10 个 Y STR 基因座复合扩增试剂盒的研发 [J]. 法医学杂志,2015(5): ,380. DONGYan,LINShuangshuang,CAOYu,etal.Development ofaforensicmultiplexamplificationstrkitfor15autosomalstr lociand10y STRloci[J].JournalofForensicMedicine,2015 (5): ,380. [6] 封宇, 张建, 张金辉, 等. 重庆地区汉族人群 18 个 STR 基因座遗传多态性 [J]. 中国法医学杂志,2015(6): FENGYu,ZHANGJian,ZHANGJinhui,etal.Polymorphism of18shorttandemrepeatlociofhanpopulationfromchongqing [J].ChinJForensicMed,2015(6): [7] 张建, 姜成涛, 赵兴春, 等.DNATyper TM 15 试剂盒直接扩增检验纸质样本的研究 [J]. 刑事技术,2011(4): ZHANGJian,JIANGChengtao,ZHAOXingchun,etal.Study ondnatyper TM 15directPCR amplificationkitforpapertype samples[j]. ForensicScienceandTechnology,2011(4): [8] 白雪, 姜成涛, 赵兴春, 等.DNATyper TM 15plus 直扩试剂盒在 DNA 数据库建设中的应用 [J]. 中国法医学杂志,2012, 27(5): BAIXue,JIANGChengtao,ZHAOXingchun,etal.Theappli cationofdnatyper TM 15plusdirectkitinDNAdatabase[J]. ChinJForensicMed,2012,27(5): [9] 侯一平, 王保捷, 郭大玮. 法医物证学 [M]. 第三版. 北京 : 人民卫生出版社,2010: HOU Yiping,WANG Baojie,GUO Dawei.Forensicscience [M]. ThirdEdition. Beijing: People smedicalpublishing House,2010: [10] MITCHELLRJ,SCIENCESSOM.Y chromosomaldiversity ineuropeisclinicalandinfluencedprimarilybygeography, ratherthanbylanguage[j].americanjournalofhumange netics,2000,67: [11] SILVANM,PEREIRAL,POLONIES,etal.Humanneu tralgeneticvariationandforensicstrdata[j].plosone, 2012,7(11):e [12] GILLP.AnewmethodofSTRinterpretationusinginferential logicdevelopmentofacriminalinteligencedatabase[j].intj LegMed,1996,109:14. [13] 陈蓉, 赵鹏, 罗春学, 等. 临夏回族自治州撒拉族人群 15 个 STR 基因座遗传多态性 [J]. 法医学杂志,2015,31 (4): CHENRong,ZHAO Peng,LUO Chunxue,etal.Genetic Polymorphismof15STRLociinSalarpopulationfrom Linxia HuiAutonomousPrefecture[J].JournalofForensicMedicine, 2015,31(4): [14] 陶晓岚, 刘贤海, 臧丽丽, 等. 甘肃裕固族人群 15 个 STR 基因座遗传多态性 [J]. 中国法医学杂志,2015,30(2): TAOXiaolan,LIUXianhai,ZANGLili,etal.GeneticPoly morphismof15strlociinyugurpopulationofgansuregion [J].JournalofForensicMedicine,2015,30(2): [15] SUNHongbing,YANGXin,HAFei,etal.Geneticpolymor phismsof15strlociingansuhuipopulation[j].journalof ForensicMedicine,2013,29(6): ,471. [16] 胡松翠, 赵文博, 王涛. 甘肃平凉回族群体 19 个 STR 基因座遗传多态性 [J]. 中国法医学杂志,2015,30(6): HUSongcui,ZHAO Wenbo,WANG Tao.Geneticpolymor phismof19strlociinpingliangcityhuipopulationofgansu Region[J].JournalofForensicMedicine,2015,30(6):

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带 者 诊 断, 现 将 结 果 报 道 如 下 资 料 与 方 法. 研 究 对 象 0 个 无 血 缘 关 系 的 血 友 病 A 家 系 纳 入 本 研 究, 各 家 系 成 员 资 料 见 表 个 体 3 代 均 为 广 西 人 群, 民 族 为 汉 族 或 壮 族 静 脉 血 标 本 采 论 著 临 床 研 究 STR 遗 传 标 记 在 广 西 地 区 血 友 病 A 携 带 者 诊 断 中 的 应 用 周 峻 荔 韦 红 英 2 吴 华 2 胡 艳 玲 梁 伟 玲 (. 广 西 医 科 大 学 第 一 附 属 医 院 儿 科, 广 西 南 宁 53002;2. 广 西 医 科 大 学 医 学 科 学 实 验 中 心, 广 西 南 宁 53002) 方 法 [ 摘 要 ] 目 的

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