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twistdx.co.uk 我 如 何 配 置 冻 干 探 针? 请 参 照 寡 核 苷 酸 生 产 商 关 于 探 针 配 置 和 贮 存 的 说 明 通 常, 将 装 有 冻 干 寡 核 苷 酸 的 小 管 短 暂 离 心 以 使 DNA 沉 降 于 小 管 的 底 部, 加 入 适 量 的 T0.1E 缓 冲 液 (10mM Tris-HCI ph 8,0.1mM EDTA) 来 制 备 100μM 的 贮 备 溶 液 将 溶 液 在 室 温 下 静 置 10 分 钟, 并 混 合 ( 震 荡 )10 秒 钟 配 置 好 的 寡 核 苷 酸 探 针 通 常 可 在 -20 C 下 长 期 贮 存 我 需 要 使 用 多 少 探 针? 反 应 中 探 针 的 推 荐 浓 度 为 120nM 不 过, 略 微 改 变 探 针 的 浓 度 有 时 会 促 进 TwistAmp 反 应 对 不 同 的 探 针 浓 度 ( 从 50nM 到 150nM) 进 行 测 试 将 优 化 基 于 探 针 的 特 定 检 测 的 性 能 RPA 引 物 需 要 多 长? 为 了 充 分 利 用 RPA 的 检 测 速 度 和 灵 敏 度, 我 们 建 议 客 户 使 用 至 少 30 个 核 苷 酸 长 度 的 引 物 通 常 情 况 下, 引 物 长 度 在 32 至 35 个 核 苷 酸 之 间 可 使 用 较 短 的 PCR 长 度 引 物, 但 是 这 类 引 物 的 检 测 速 度 和 灵 敏 度 可 能 不 及 较 长 的 引 物 RPA 引 物 应 当 相 距 多 远? 这 取 决 于 具 体 应 用 和 需 求 一 般 而 言, 我 们 建 议 在 标 准 TwistAmp 试 剂 盒 检 测 条 件 下, 两 个 RPA 引 物 产 生 的 扩 增 子 长 度 通 常 不 应 超 过 大 约 500bp RPA 扩 增 产 物 的 大 小 或 许 没 有 下 限, 不 过 根 据 RPA 引 物 的 最 小 长 度, 扩 增 子 长 度 最 小 大 约 80bp 为 了 获 得 最 快 速 的 实 时 反 应 动 力 学, 最 终 扩 增 子 的 理 想 长 度 应 为 100-200bp 在 特 别 优 化 的 情 况 下, 生 成 的 扩 增 产 物 长 达 2kb 但 是, 标 准 的 TwistAmp 试 剂 盒 不 容 易 产 生 这 么 长 的 扩 增 子 请 参 阅 附 录 ( 网 址 为 twistdx.co.uk) 了 解 有 关 引 物 设 计 和 获 2

得 更 长 扩 增 子 方 法 的 详 细 信 息 我 需 要 筛 选 多 少 引 物? 这 取 决 于 您 对 检 测 灵 敏 度 的 要 求 举 例 来 说, 如 果 您 只 需 要 每 个 反 应 检 测 1000 个 分 子 或 以 上, 那 么 绝 大 多 数 引 物 对 都 够 用 了 对 于 极 高 灵 敏 度 的 检 测, 最 好 是 进 行 系 统 性 的 引 物 筛 选 以 找 到 好 的 RPA 引 物 最 初 筛 选 时, 测 试 的 引 物 对 数 量 通 常 在 10 到 20 对 之 间 测 试 的 寡 核 苷 酸 越 多, 找 到 能 够 在 快 速 动 力 学 下 检 测 单 个 分 子 的 好 引 物 对 的 几 率 也 就 越 大 我 可 以 在 哪 里 获 得 有 关 引 物 设 计 的 更 多 详 细 信 息? 有 关 引 物 设 计 的 更 多 详 细 信 息, 请 参 阅 附 录 ( 网 址 为 twistdx. co.uk/support) twistdx.co.uk 我 需 要 使 用 探 针 筛 选 引 物 吗? 不 需 要 任 何 检 测 方 法 都 可 以 用 来 评 估 和 比 较 候 选 引 物 对 的 性 能 不 过, 就 筛 选 高 灵 敏 度 的 引 物 而 言, 用 检 测 探 针 对 扩 增 进 行 实 时 监 控 被 证 明 是 最 快 也 是 最 省 力 的 方 法 筛 选 引 物 时 我 应 该 使 用 什 么 样 的 条 件? 理 论 上, 引 物 筛 选 的 条 件 应 尽 可 能 接 近 地 模 拟 最 终 检 测 时 所 要 求 的 条 件 ( 近 似 的 模 板 拷 贝 数 样 本 纯 度 多 重 检 测 深 度 等 等 ) 可 以 提 高 给 定 引 物 的 性 能 吗? 稍 微 改 动 一 下 引 物 的 序 列 可 以 提 高 RPA 性 能 任 何 给 定 的 引 物 都 可 以 通 过 以 下 方 法 进 行 优 化 : 以 单 核 苷 酸 为 基 础 略 微 改 变 引 物 的 长 度 ; 以 及 保 持 引 物 长 度 不 变, 以 1bp 为 增 量 移 动 引 物 的 位 置 经 过 改 动 的 引 物, 需 要 重 新 进 行 扩 增 活 性 的 测 试 3

twistdx.co.uk 怎 样 才 算 是 好 引 物? 目 前 对 于 好 引 物 还 没 有 确 切 的 设 计 标 准, 所 以 需 要 进 行 筛 选 RPA 引 物 的 解 链 温 度 应 该 是 多 少? 由 于 RPA 反 应 是 在 恒 温 和 DNA 解 链 蛋 白 彻 底 改 变 DNA 的 解 链 行 为 的 条 件 下 进 行 的, 因 此 传 统 的 估 算 的 解 链 温 度 不 直 接 适 用 于 该 系 统 我 该 如 何 选 择 探 针? 如 果 使 用 适 用 于 探 针 的 其 中 一 种 TwistAmp 试 剂 盒, 请 参 照 附 录 ( 网 址 为 twistdx.co.uk) 中 描 述 的 有 关 检 测 探 针 的 设 计 指 南 需 要 注 意 的 是, 使 用 首 选 的 TwistAmp exo 探 针 系 统 在 标 靶 区 域 中 选 择 探 针 位 置 时, 有 一 些 序 列 限 制 如 果 存 在 不 合 理 的 限 制,TwistDx 可 帮 助 您 设 计 备 选 检 测 策 略 备 选 的 TwistAmp fpg 探 针 系 统 更 容 易 提 供 灵 活 的 探 针 设 计, 但 它 产 生 的 荧 光 信 号 有 时 不 如 TwistAmp exo 探 针 强 引 物 需 要 进 行 任 何 特 别 纯 化 吗? 在 进 行 引 物 筛 选 的 时 候, 通 常 不 需 要 使 用 特 别 纯 化 的 寡 核 苷 酸 但 与 用 于 其 他 技 术 时 一 样, 我 们 注 意 到 了 引 物 制 备 质 量 的 批 间 差 异 因 此, 对 于 一 致 性 要 求 比 较 严 格 的 应 用, 我 们 建 议 在 确 定 了 好 引 物 之 后 使 用 更 纯 的 引 物 经 过 一 种 TwistAmp 试 剂 盒 测 试 的 引 物, 能 直 接 用 于 其 他 TwistAmp 试 剂 盒 么? 不 一 定 如 果 您 已 使 用 TwistAmp Basic 试 剂 盒 设 计 了 引 物, 用 于 TwistAmp exo 或 nfo 试 剂 盒 时 您 还 需 要 引 入 探 针 这 个 和 其 他 因 素 意 味 着 跑 胶 检 测 荧 光 检 测 或 侧 流 层 析 检 测 对 引 物 的 最 佳 组 合 可 能 有 不 同 的 要 求 通 常 情 况 下, 我 们 发 现, 使 用 相 似 4

序 列 的 探 针 从 TwistAmp exo 荧 光 检 测 转 为 TwistAmp nfo 侧 流 层 析 检 测 能 够 获 得 相 当 可 靠 的 结 果 但 是 荧 光 检 测 的 最 佳 引 物 / 探 针 组 合 不 一 定 是 能 够 提 供 最 令 人 满 意 跑 胶 检 测 结 果 的 引 物 组 合, 反 之 亦 然 从 DNA 检 测 分 析 转 为 RNA 检 测 的 逆 转 录 分 析 的 情 况 更 为 复 杂, 因 为 逆 转 录 酶 和 聚 合 酶 对 引 物 有 着 不 同 的 偏 好 就 这 一 点 而 论, 我 们 建 议 使 用 逆 转 录 系 统 在 RNA 模 板 上 设 计 RNA 检 测, 而 不 是 在 使 用 DNA 试 剂 盒 优 化 后 尝 试 转 为 使 用 RT 试 剂 盒 twistdx.co.uk 能 直 接 用 标 记 的 引 物 和 TwistAmp Basic 剂 盒 进 行 侧 流 层 析 检 测 吗? 可 以 您 可 以 根 据 需 要 使 用 两 个 经 过 修 饰 的 引 物 来 进 行 侧 流 层 析 检 测, 但 我 们 推 荐 使 用 探 针 和 TwistAmp nfo 试 剂 盒 这 是 因 为 RPA 与 PCR 一 样, 会 受 到 引 物 二 聚 体 形 成 的 影 响 如 果 引 物 设 计 不 完 美, 引 物 很 容 易 发 生 交 叉 反 应, 生 成 假 阳 性 结 果 TwistAmp nfo 探 针 能 够 避 免 这 个 问 题, 因 为 它 们 被 封 闭, 所 以 无 法 延 伸 形 成 探 针 - 引 物 二 聚 体 nfo 酶 只 有 在 与 互 补 链 结 合 时 才 能 识 别 并 切 除 无 碱 基 位 点 (THF) 切 除 无 碱 基 位 点 意 味 着, 探 针 的 封 闭 端 可 以 脱 落, 探 针 可 以 充 当 引 物, 从 而 生 成 可 被 侧 流 层 析 试 纸 条 检 测 到 的 产 物 因 此, 只 有 获 得 所 需 的 扩 增 子, 探 针 才 能 结 合 被 切 割 并 延 伸 以 形 成 带 有 反 向 标 记 引 物 的 产 物 RPA 支 持 生 物 素 或 荧 光 标 记 的 寡 核 苷 酸 吗? 支 持 在 RPA 反 应 中, 连 有 生 物 素 或 荧 光 团 的 引 物 与 未 修 饰 的 引 物 表 现 差 不 多 我 们 还 没 有 发 现 任 何 差 异 5

twistdx.co.uk 多 重 检 测 TwistAmp 反 应 能 实 现 多 重 检 测 吗? 可 以 可 以 在 同 一 个 管 中 同 时 进 行 多 个 扩 增 反 应 不 过, 多 重 化 的 引 物 对 组 合 需 要 精 心 设 计, 以 便 每 个 引 物 对 都 能 同 样 有 效 地 工 作 需 要 注 意 的 是, 反 应 中 的 寡 核 苷 酸 总 量 (nmol) 不 要 明 显 超 出 实 验 方 案 中 规 定 的 量 ; 如 果 在 一 个 反 应 中 使 用 两 个 以 上 的 扩 增 引 物, 则 应 在 所 有 存 在 的 寡 核 苷 酸 之 间 分 配 不 同 引 物 的 最 大 用 量 另 外, 同 时 监 控 多 个 扩 增 事 件 也 需 要 不 同 的 探 针 ; 多 重 检 测 对 检 测 设 备 以 及 荧 光 团 兼 容 性 的 限 制 也 必 须 予 以 考 虑 定 量 可 以 利 用 TwistAmp 反 应 对 模 板 定 量 吗? 可 以 特 定 检 测 的 扩 增 子 达 到 可 检 出 水 平 的 时 间, 取 决 于 反 应 起 始 时 的 模 板 量 : 初 始 模 板 的 拷 贝 越 多, 扩 增 子 就 越 快 达 到 可 检 出 水 平 不 过, 利 用 这 种 基 于 时 间 的 定 量 需 要 精 心 的 实 验 设 计, 确 保 对 照 反 应 是 同 时 开 始 的 ( 例 如, 可 以 通 过 镁 离 子 的 添 加 进 行 控 制 ) 相 对 较 慢 的 扩 增 反 应 有 助 于 更 精 确 的 定 量 减 慢 扩 增 反 应 速 度 的 策 略 ( 包 括 合 适 引 物 的 设 计 ) 在 附 录 ( 网 址 为 twistdx.co.uk) 中 讨 论 Twista 兼 容 性 可 以 在 Windows 8 设 备 上 运 行 Twista 吗? Twista 与 Windows 8 系 统 不 兼 容, 因 此 您 必 须 安 装 Windows 早 期 版 本 (XP Vista 或 7) 的 仿 真 程 序 才 能 运 行 Twista 6

设 置 试 剂 盒 在 运 输 时 处 于 常 温, 它 还 能 使 用 吗? 可 以, 试 剂 盒 处 于 常 温 下 2-3 周 不 会 有 问 题, 仍 然 可 以 使 用 如 果 您 不 确 定, 请 运 行 对 照 测 试 并 将 结 果 发 送 给 我 们, 我 们 将 能 确 定 实 际 情 况 是 不 是 这 样 对 于 长 期 贮 存, 我 们 建 议 贮 存 在 -20 C 下 twistdx.co.uk 可 以 将 再 水 化 溶 液 的 每 一 种 成 分 直 接 依 次 添 加 到 冻 干 的 反 应 球 团 中 吗? 不 可 以 将 一 种 引 物 或 探 针 先 于 另 一 种 加 入 体 系 将 会 导 致 重 组 复 合 物 的 形 成 偏 向 先 添 加 的 寡 核 苷 酸 这 就 是 引 物 和 探 针 必 须 同 时 添 加 的 原 因 可 以 将 醋 酸 镁 添 加 到 重 悬 缓 冲 液 中 吗? 如 果 您 在 使 用 TwistAmp Basic nfo 或 fpg 反 应 体 系, 是 可 以 添 加 的 不 过 一 旦 加 入 镁 离 子, 反 应 组 分 就 被 激 活 在 最 后 用 移 液 器 将 醋 酸 镁 移 取 至 反 应 中 时, 我 们 建 议 可 将 醋 酸 镁 添 加 到 联 排 反 应 管 的 盖 子 上 并 将 其 离 心 旋 转 至 反 应 体 系 中, 如 此 您 便 可 确 保 反 应 同 时 开 始, 并 将 交 叉 污 染 或 移 液 枪 头 上 残 留 的 任 何 反 应 残 液 生 成 RPA 产 物 的 风 险 降 至 最 低 如 果 您 在 使 用 TwistAmp exo 或 TwistAmp exo RT 反 应 体 系, 则 不 可 以 添 加 在 有 镁 离 子 存 在 时, 引 物 和 探 针 在 受 到 重 组 酶 和 单 链 结 合 蛋 白 保 护 之 前 可 能 被 核 酸 外 切 酶 破 坏 这 可 能 会 导 致 反 应 中 出 现 很 高 的 荧 光 基 线 7

twistdx.co.uk 可 以 制 备 预 混 液 吗? 可 以 如 果 您 想 建 立 多 个 反 应, 可 以 制 备 预 混 液 在 筛 选 不 同 的 DNA 时, 可 以 将 重 悬 缓 冲 液 引 物 和 探 针 ( 如 使 用 ) 混 合 在 一 起, 并 加 入 到 冻 干 的 反 应 物 中 进 行 重 悬 然 后 将 不 同 DNA 加 入 反 应 体 系, 最 后 照 常 用 MgAc 起 始 反 应 在 进 行 引 物 筛 选 时, 可 以 用 重 悬 缓 冲 液 模 板 DNA 探 针 ( 如 果 使 用 ) 和 一 个 引 物 制 成 预 混 液, 并 将 其 分 装 到 1.5 ml 小 管 之 后 再 分 别 加 入 不 同 的 引 物 只 有 当 两 个 引 物 都 存 在 时, 才 能 重 悬 冻 干 的 反 应 物, 否 则 会 使 重 组 复 合 物 的 形 成 偏 向 先 添 加 的 寡 核 苷 酸 运 行 RPA 反 应 TwistAmp 试 剂 盒 应 在 怎 样 的 温 度 下 使 用? 标 准 的 TwistAmp 试 剂 盒 经 过 配 置 可 在 37 C-42 C 的 温 度 范 围 内 操 作 过 高 的 温 度 会 对 反 应 体 系 产 生 不 利 的 影 响, 因 为 酶 会 逐 渐 地 失 去 全 部 活 性 在 适 当 的 条 件 下,RPA 过 程 本 身 可 以 在 较 低 的 温 度 下 进 行, 但 所 提 供 的 TwistAmp 试 剂 盒 的 制 剂 已 针 对 高 反 应 动 力 学 速 度 进 行 了 优 化, 通 常 不 兼 容 使 用 低 于 推 荐 范 围 的 温 度 条 件 的 检 测 方 案 对 于 RT 试 剂 盒, 我 们 建 议 用 户 在 40 C 下 运 行 反 应, 因 为 逆 转 录 酶 在 稍 高 的 温 度 下 具 有 更 高 的 活 性 如 果 要 运 行 TwistAmp 反 应, 必 须 使 用 Twista 吗? 不 需 要 TwistAmp Basic 和 nfo 试 剂 盒 适 用 于 任 何 能 够 保 持 37-42 C 的 稳 定 温 度 的 设 备 对 于 使 用 TwistAmp exo 试 剂 盒 进 行 的 实 时 反 应, 可 使 用 能 激 发 并 检 测 所 用 荧 光 发 色 团 并 能 保 持 37-42 C 稳 定 温 度 的 任 何 孔 板 检 测 仪 或 实 时 热 循 环 仪 注 意, 在 运 行 RPA 反 应 时, 盖 加 热 功 能 应 关 闭 8

可 以 使 用 TwistAmp Basic 反 应 的 扩 增 子 进 行 TA 克 隆 吗? TwistAmp Basic 反 应 中 使 用 的 聚 合 酶 不 具 有 编 辑 功 能, 扩 增 子 应 该 是 可 以 用 于 TA 克 隆 的 不 过, 我 们 尚 未 对 此 进 行 过 测 试 twistdx.co.uk 可 以 在 反 应 体 系 中 加 入 更 多 / 更 少 的 再 水 化 缓 冲 液 吗? 不 可 以 加 入 比 建 议 量 更 多 或 更 少 的 再 水 化 缓 冲 液 会 对 RPA 反 应 的 进 行 方 式 产 生 不 利 影 响 缓 冲 液 中 包 含 RPA 反 应 所 需 的 成 分, 因 此 加 入 更 多 或 更 少 的 缓 冲 液 将 会 改 变 其 在 重 悬 球 团 中 的 最 终 浓 度 检 测 可 以 对 扩 增 反 应 进 行 荧 光 终 点 分 析 吗? 可 以, 但 不 包 括 使 用 TwistAmp exo 试 剂 盒 或 exo RT 试 剂 盒 的 情 况 因 为 在 扩 增 停 止 后, 反 应 混 合 物 中 的 核 酸 外 切 酶 会 消 化 掉 大 部 分 的 扩 增 产 物 要 分 析 扩 增 子, 请 使 用 TwistAmp Basic 试 剂 盒 也 可 以 对 使 用 TwistAmp nfo 和 TwistAmp fpg 试 剂 盒 生 成 的 产 物 跑 胶 分 析 注 意, 如 果 您 想 对 这 些 产 物 进 行 跑 胶 分 析, 可 将 TwistAmp nfo 试 剂 盒 与 TwistAmp exo 探 针 结 合 使 用, 但 反 应 动 力 学 速 度 会 变 慢 可 以 使 用 插 入 性 染 色 剂 实 时 监 控 TwistAmp 吗? 可 以 插 入 性 染 色 剂 可 以 在 TwistAmp 反 应 中 进 行 定 量 和 监 控 不 过, 就 像 PCR 一 样, 这 种 染 料 通 常 可 以 结 合 到 任 何 双 链 DNA 上, 因 此 引 物 噪 音 会 产 生 假 阳 性 信 号 引 物 噪 音 在 较 低 的 温 度 下 会 更 严 重 一 些, 而 在 PCR 检 测 中, 测 量 插 入 性 染 料 时 的 温 度 通 常 是 引 物 二 聚 体 熔 解 时 的 温 度 此 外,TwistAmp exo 试 剂 盒 中 的 核 酸 外 切 酶 会 在 反 应 过 程 中 消 化 大 部 分 的 扩 增 产 物, 因 此 不 推 荐 将 插 入 性 染 料 用 于 这 类 试 剂 盒 9

twistdx.co.uk 跑 胶 之 前 需 要 回 收 RPA 产 物 吗? 需 要 RPA 反 应 体 系 里 的 集 聚 试 剂 和 蛋 白 会 干 扰 正 常 的 琼 脂 糖 凝 胶 电 泳, 如 果 不 进 行 反 应 产 物 回 收, 跑 出 来 的 可 能 是 弥 散 条 带 而 不 是 干 净 的 条 带 在 用 侧 流 层 析 试 纸 进 行 检 测 之 前 需 要 稀 释 RPA 产 物 吗? 需 要 RPA 反 应 体 系 里 的 集 聚 试 剂 和 蛋 白 会 干 扰 侧 流 层 析 试 纸 上 的 抗 体, 如 果 不 进 行 充 分 稀 释 就 会 出 现 非 特 异 性 结 合 和 假 阳 性 信 号 在 TwistAmp exo (RT) 反 应 即 将 结 束 时, 有 时 会 看 到 荧 光 急 剧 增 强, 这 正 常 吗? 正 常 在 TwistAmp exo 反 应 中, 聚 合 酶 和 核 酸 外 切 酶 III 处 于 竞 争 关 系 随 着 反 应 的 能 量 逐 渐 耗 尽, 核 酸 外 切 酶 III 开 始 占 据 优 势, 结 果 导 致 探 针 更 快 速 地 裂 解 和 荧 光 信 号 出 现 剧 增 可 以 保 存 TwistAmp 反 应 产 生 的 扩 增 子 吗? 可 以,TwistAmp Basic 或 nfo 反 应 体 系 的 扩 增 子 短 期 可 以 保 存 在 4 C 下, 长 期 保 存 在 -20 C 下 TwistAmp exo (RT) 反 应 的 扩 增 子 不 能 保 存 如 果 在 反 应 停 止 后 未 经 迅 速 的 失 活 处 理, 核 酸 外 切 酶 III 很 可 能 会 消 化 扩 增 子 10

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Revolutionary DNA Detection 订 购 信 息 和 技 术 服 务 TwistDx Ltd Babraham Research Campus Cambridge CB22 3AT United Kingdom orders@twistdx.co.uk techsupport@twistdx.co.uk twistdx.co.uk 2015 TwistDx. 保 留 所 有 权 利. TWISTA, TWIRLA, TWISTFLOW, TWISTGLOW 是 TWISTAMP 的 商 标