SZDB/Z XXXXX-XXXX

ICS 07.080 C 04 SZDB/Z 深 圳 市 标 准 化 指 导 性 技 术 文 件 SZDB /Z 92 2014 生 物 基 因 信 息 数 据 库 建 设 与 管 理 规 范 2014-01 -23 发 布 2014-02- 01 实 施 深 圳 市 市 场 监 督 管 理 局 发 布

目 次 前 言... Ⅱ 引 言... Ⅲ 1 范 围... 1 2 规 范 性 引 用 文 件... 1 3 术 语 与 定 义... 1 4 缩 略 语... 4 5 生 物 基 因 信 息 数 据 库 建 设 规 划... 4 6 数 据 库 机 构... 5 7 数 据 库 管 理... 5 8 硬 件 设 备 要 求... 11 I

前 言 本 标 准 按 照 GB/T1.1 2009 给 出 的 规 则 起 草 本 标 准 由 深 圳 市 经 济 贸 易 和 信 息 化 委 员 会 归 口 本 标 准 负 责 起 草 单 位 : 深 圳 华 大 基 因 研 究 院 深 圳 市 标 准 技 术 研 究 院 本 标 准 主 要 起 草 人 : 张 勇 严 志 祥 操 利 超 陈 凤 珍 肖 萍 袁 翠 红 陈 欢 本 标 准 为 首 次 发 布 II

引 言 生 物 基 因 信 息 数 据 是 21 世 纪 的 重 要 战 略 资 源, 生 物 基 因 信 息 数 据 库 是 促 进 生 物 基 因 数 据 共 享 和 利 用 的 重 要 基 础 平 台, 也 是 保 护 重 要 基 因 数 据 资 源 的 有 效 手 段 随 着 人 类 基 因 组 测 序 计 划 的 完 成, 基 因 测 序 技 术 得 到 快 速 发 展, 特 别 是 第 二 代 高 通 量 测 序 技 术 的 出 现, 产 生 了 大 量 的 生 物 基 因 信 息 数 据 西 方 发 达 国 家 一 般 都 拥 有 具 有 代 表 性 的 生 物 基 因 信 息 数 据 库, 如 美 国 国 家 生 物 技 术 信 息 中 心 管 理 的 核 酸 序 列 数 据 库 欧 洲 生 物 信 息 学 研 究 所 管 理 的 核 酸 序 列 数 据 库 及 日 本 国 家 遗 传 学 研 究 所 管 理 的 核 酸 序 列 数 据 库 在 我 国, 虽 然 生 物 基 因 信 息 数 据 库 的 建 设 在 快 速 发 展, 但 是 大 多 数 生 物 基 因 信 息 数 据 库 的 数 据 量 属 于 中 小 规 模 水 平 目 前 国 内 还 没 有 针 对 性 的 国 家 标 准 行 业 标 准 和 地 方 标 准, 导 致 在 搜 集 和 整 理 基 因 数 据 资 源 时 缺 乏 依 据, 在 建 设 生 物 基 因 信 息 数 据 库 时 难 以 保 证 数 据 的 准 确 性 完 整 性 和 安 全 性 因 此, 利 用 标 准 化 手 段, 制 定 生 物 基 因 信 息 数 据 库 建 设 规 范, 可 更 好 的 指 导 基 因 信 息 数 据 库 规 范 化 建 设, 促 进 基 因 数 据 资 源 的 共 享 和 利 用, 助 推 我 国 生 物 产 业 快 速 健 康 发 展 III

生 物 基 因 信 息 数 据 库 建 设 与 管 理 规 范 1 范 围 本 标 准 规 定 了 与 生 物 基 因 信 息 数 据 库 建 设 相 关 的 设 备 环 境 的 基 本 要 求 以 及 生 物 信 息 数 据 的 处 理 方 法 和 原 则 本 标 准 适 用 于 生 物 基 因 信 息 数 据 库 的 建 设, 以 及 生 物 基 因 信 息 数 据 的 采 集 处 理 存 储 备 份 和 使 用 2 规 范 性 引 用 文 件 下 列 文 件 对 于 本 文 件 的 应 用 是 必 不 可 少 的 凡 是 注 日 期 的 引 用 文 件, 仅 所 注 日 期 的 版 本 适 用 于 本 文 件 凡 是 不 注 日 期 的 引 用 文 件, 其 最 新 版 本 ( 包 括 所 有 的 修 改 单 ) 适 用 于 本 文 件 GB 50052-2009 供 配 电 系 统 设 计 规 范 GB 50054-2011 低 压 配 电 设 计 规 范 GB 50057-2010 建 筑 物 防 雷 设 计 规 范 GB 50116-1998 火 灾 自 动 报 警 系 统 设 计 规 范 GB 50174-2008 电 子 信 息 系 统 机 房 设 计 规 范 GB 50189-2005 公 共 建 筑 节 能 设 计 标 准 GB 50222-1995 建 筑 内 部 装 修 设 计 防 火 规 范 GB 50243-2002 通 风 与 空 调 工 程 施 工 质 量 验 收 规 范 GB 50254-1996 电 气 装 置 安 装 工 程 低 压 电 器 施 工 及 验 收 规 范 GB 50311-2007 综 合 布 线 系 统 工 程 设 计 规 范 GB/T 50314-2006 智 能 建 筑 设 计 标 准 GB 50370-2005 气 体 灭 火 系 统 设 计 规 范 SJ/T 10796-2001 防 静 电 活 动 地 板 通 用 规 范 YD/T 1095-2008 通 信 用 不 间 断 电 源 (UPS) 3 术 语 与 定 义 下 列 术 语 和 定 义 适 用 于 本 文 件 3.1 比 对 alignment 指 将 两 个 或 多 个 序 列 排 列 在 一 起, 标 明 其 相 似 之 处 序 列 中 可 以 插 入 间 隔 ( 通 常 用 短 线 - 表 示 ) 对 应 相 同 或 相 似 的 符 号 ( 在 核 酸 中 是 A T( 或 U) C 和 G, 在 蛋 白 质 中 是 氨 基 酸 残 基 的 单 字 母 表 示 ) 排 列 在 同 一 列 上 3.2 期 望 值 E-value 1

比 对 软 件 中 使 用 的 统 计 值, 表 示 因 为 随 机 性 而 获 得 等 于 或 优 于 当 前 比 对 结 果 的 可 能 次 数 E 值 越 小, 随 机 发 生 这 一 事 件 的 可 能 性 越 小, 比 对 结 果 越 显 著 3.3 P 值 P-value 比 对 软 件 中 使 用 的 统 计 值, 表 示 因 为 随 机 性 而 获 得 等 于 或 优 于 当 前 比 对 结 果 的 可 能 性 P 值 越 小, 比 对 结 果 的 可 信 度 越 大,P 值 越 大, 比 对 结 果 来 自 随 机 匹 配 的 可 能 性 越 大 3.4 读 长 read length 高 通 量 测 序 仪 产 生 的 序 列 标 签 的 长 度 3.5 重 叠 群 contig 基 因 组 测 序 过 程 中 将 多 个 短 的 序 列 片 段 拼 接 成 较 长 的 连 续 片 段 3.6 支 架 scaffold 基 因 组 测 序 过 程 中, 基 于 构 建 文 库 获 得 的 一 定 大 小 片 段 两 端 的 序 列 确 定 一 些 重 叠 群 之 间 的 顺 序 关 系, 将 先 后 顺 序 已 知 的 重 叠 群 拼 接 得 到 的 更 长 的 连 续 片 段 3.7 间 隙 gap 基 因 组 测 序 时, 有 些 序 列 不 能 被 测 定, 在 组 装 和 拼 接 时 两 序 列 不 能 连 接 形 成 的 空 隙 3.8 数 据 抽 象 化 data abstraction 将 数 据 以 它 的 语 义 来 呈 现 出 它 的 外 观, 但 是 隐 藏 起 它 的 实 现 细 节, 用 来 减 少 数 据 的 复 杂 度, 使 得 工 作 人 员 只 需 要 关 注 数 据 少 数 重 要 的 部 分 3.9 基 因 组 genome 单 倍 体 细 胞 中 的 全 套 染 色 体 或 全 部 基 因 3.10 转 录 组 transcriptome 在 某 一 生 理 条 件 下, 细 胞 内 所 有 转 录 产 物 的 集 合, 包 括 信 使 RNA 核 糖 体 RNA 转 运 RNA 及 非 编 码 RNA 3.11 生 物 信 息 分 析 数 据 biological information analysis data 2

应 用 数 学 信 息 学 统 计 学 和 计 算 机 科 学 的 方 法 对 生 物 测 序 数 据 进 行 归 纳 和 注 释 等 分 析 后 得 到 的 数 据 3.12 键 值 对 key-value pair 一 对 属 性 名 和 属 性 值, 属 性 名 和 属 性 值 中 间 用 等 号 连 接 的 数 据 结 构 3.13 生 物 数 据 存 储 biological data storage 将 生 物 测 序 数 据 和 生 物 信 息 分 析 数 据 以 某 种 格 式 记 录 在 计 算 机 内 部 或 外 部 存 储 介 质 上 的 过 程 3.14 直 接 附 加 存 储 direct-attached storage 将 存 储 设 备 直 接 连 接 在 服 务 器 内 部 总 线 上, 数 据 存 储 设 备 作 为 整 个 服 务 器 结 构 的 一 部 分 3.15 网 络 附 加 存 储 network-attached storage 存 储 系 统 直 接 通 过 网 络 接 口 与 网 络 直 接 相 连, 由 用 户 通 过 网 络 访 问 的 存 储 方 式, 而 不 是 附 属 于 某 个 特 定 的 服 务 器 3.16 存 储 区 域 网 络 storage area network 一 种 通 过 光 纤 集 线 器 光 纤 路 由 器 光 纤 交 换 机 等 连 接 设 备 将 磁 盘 阵 列 和 磁 带 等 存 储 设 备 与 相 关 服 务 器 连 接 起 来 的 高 速 专 用 子 网 3.17 完 全 备 份 full backup 指 对 某 一 个 时 间 点 上 的 所 有 数 据 或 应 用 进 行 的 一 个 完 全 拷 贝 3.18 增 量 备 份 incremental backup 备 份 上 一 次 备 份 ( 包 含 完 全 备 份 差 异 备 份 和 增 量 备 份 ) 后 数 据 发 生 的 所 有 变 化 3.19 差 分 备 份 differential backup 备 份 上 一 次 的 完 全 备 份 后 发 生 变 化 的 所 有 数 据 3.20 局 域 网 络 备 份 local area network backup 在 局 部 区 域 网 络 中 配 置 一 台 中 央 备 份 服 务 器, 数 据 全 部 通 过 网 络 传 输 到 本 地 备 份 服 务 器 上 进 行 备 份 3.21 3

无 局 域 网 备 份 local area network free backup 在 存 储 区 域 网 络 环 境 下, 利 用 存 储 区 域 网 络 对 数 据 进 行 传 输 和 备 份, 而 不 用 占 用 局 部 区 域 网 络 资 源 3.22 存 储 区 域 网 无 服 务 器 备 份 storage area network server-free backup 备 份 过 程 在 存 储 区 域 网 络 内 部 完 成, 大 量 数 据 流 无 需 流 过 服 务 器, 可 极 大 降 低 备 份 操 作 对 生 产 系 统 的 影 响 3.23 恢 复 点 目 标 recovery point objective 衡 量 灾 备 系 统 的 重 要 指 标 之 一 当 灾 难 或 紧 急 事 件 发 生 时, 数 据 可 以 恢 复 到 的 时 间 点 3.24 恢 复 时 间 点 recovery time objective 衡 量 灾 备 系 统 的 重 要 指 标 之 一 将 信 息 系 统 从 灾 难 造 成 的 故 障 或 瘫 痪 状 态 恢 复 到 可 正 常 运 行 状 态, 并 将 其 支 持 的 业 务 功 能 从 灾 难 造 成 的 不 正 常 状 态 恢 复 到 可 接 受 状 态 所 需 时 间 3.25 持 续 数 据 保 护 continuous data protection 一 种 在 不 影 响 主 要 数 据 运 行 的 前 提 下, 可 以 实 现 持 续 捕 捉 或 跟 踪 目 标 数 据 所 发 生 的 任 何 改 变, 并 且 能 够 恢 复 到 此 前 任 意 时 间 点 的 方 法 4 缩 略 语 下 列 缩 略 语 适 合 于 本 文 件 CDP: 持 续 数 据 保 护 (Continuous Data Protection) CDS: 编 码 序 列 (Coding Sequence) DAS: 直 接 附 加 存 储 (Direct-Attached Storage) DNA: 脱 氧 核 糖 核 酸 (Deoxyribonucleic Acid) FTP: 文 件 传 输 协 议 (File Transfer Protocol) IT: 信 息 技 术 (Information Technology) LAN: 局 部 区 域 网 络 (Local Area Network) NAS: 网 络 附 加 存 储 (Network-Attached Storage) PUE: 电 源 使 用 效 率 (Power Usage Effectiveness) RNA: 核 糖 核 酸 (Ribonucleic Acid) RPO: 恢 复 点 目 标 (Recovery Point Objective) RTO: 恢 复 时 间 目 标 (Recovery Time Objective) SAN: 存 储 区 域 网 络 (Storage Area Network) 5 生 物 基 因 信 息 数 据 库 建 设 规 划 5.1 建 库 目 标 4

在 建 设 生 物 基 因 信 息 数 据 库 时 应 明 确 建 库 目 标, 包 括 数 据 类 型 可 能 使 用 该 数 据 库 的 人 群 及 流 量 等 信 息 数 据 库 应 具 有 较 好 的 灵 活 性 稳 定 性 和 可 移 植 性, 且 对 运 行 环 境 有 较 强 的 适 应 能 力 5.2 建 库 对 象 建 库 对 象 是 指 生 物 基 因 信 息 数 据, 包 括 DNA 和 RNA 数 据 6 数 据 库 机 构 6.1 伦 理 审 查 委 员 会 6.1.1 生 物 基 因 信 息 数 据 库 建 设 过 程 中 应 设 立 伦 理 审 查 委 员 会, 建 立 生 物 基 因 信 息 数 据 库 的 伦 理 准 则, 对 生 物 基 因 信 息 数 据 来 源 生 物 基 因 信 息 数 据 使 用 和 共 享 等 涉 及 到 伦 理 问 题 的 地 方 进 行 伦 理 审 查 6.1.2 伦 理 审 查 委 员 会 的 成 员 组 成 应 涉 及 多 学 科 和 多 部 门, 并 且 有 能 力 对 所 有 伦 理 问 题 进 行 审 查 和 评 价 6.2 科 学 审 查 委 员 会 6.2.1 科 学 审 查 委 员 会 应 由 生 物 信 息 分 析 领 域 和 生 物 科 学 领 域 的 专 家 组 成 6.2.2 科 学 审 查 委 员 会 负 责 对 生 物 基 因 数 据 的 完 整 性 正 确 性 及 可 用 性 进 行 审 查 6.3 设 备 管 理 机 构 6.3.1 设 备 管 理 机 构 应 由 计 算 机 硬 件 维 护 工 程 师 和 计 算 机 软 件 维 护 工 程 师 组 成 6.3.2 设 备 管 理 机 构 负 责 日 常 计 算 机 硬 件 系 统 和 计 算 机 软 件 系 统 的 搭 建 运 行 和 维 护 工 作 6.4 数 据 库 管 理 机 构 6.4.1 数 据 库 管 理 机 构 负 责 数 据 库 建 设 的 规 划 组 织 协 调 和 运 营 6.4.2 数 据 库 管 理 机 构 对 数 据 库 的 工 作 有 最 终 的 审 核 和 批 准 权 6.5 数 据 库 执 行 机 构 6.5.1 数 据 库 执 行 机 构 负 责 数 据 库 日 常 工 作 的 执 行 和 落 实 6.5.2 数 据 库 的 日 常 工 作 包 括 数 据 采 集 数 据 分 析 数 据 存 储 数 据 使 用 数 据 备 份 恢 复 管 理 日 常 行 政 和 财 务 工 作 7 数 据 库 管 理 7.1 数 据 采 集 7.1.1 采 集 的 数 据 包 括 从 已 有 的 生 物 基 因 信 息 数 据 库 FTP 下 载 的 数 据 通 过 试 验 终 端 产 生 的 原 始 数 据 和 对 原 始 数 据 进 行 生 物 信 息 分 析 得 到 的 数 据 从 已 有 生 物 基 因 信 息 数 据 库 下 载 的 数 据 要 求 标 明 数 据 来 源, 宜 保 持 跟 数 据 源 一 样 的 文 件 结 构 采 集 的 数 据 格 式 包 括 FASTQ FASTA GFF 和 其 它 特 殊 格 式 7.1.1.1 FASTQ 格 式 FASTQ 格 式 的 序 列 以 及 质 量 信 息 均 使 用 一 个 ASCII 字 符 表 示 FASTQ 文 件 中 每 个 序 列 应 有 四 行 : 第 一 行 是 序 列 标 识 以 及 相 关 的 描 述 信 息, 以 @ 开 头 ; 第 二 行 是 序 列 ; 5

第 三 行 由 + 开 头, 后 面 可 以 添 加 序 列 的 描 述 信 息 ; 第 四 行 是 序 列 的 测 序 质 量 值, 每 个 字 符 与 第 2 行 每 个 碱 基 对 应 示 例 : @SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT +!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 7.1.1.2 FASTA 格 式 FASTA 序 列 由 标 准 的 IUB/IUPAC 核 酸 代 码 表 示, 如 表 1 所 示 FASTA 文 件 每 行 不 应 超 过 80 个 字 符 一 个 文 件 可 以 有 多 条 序 列 FASTA 序 列 格 式 包 括 三 个 部 分 : 第 一 部 分 为 注 释 行, 以 > 开 头, 后 面 是 序 列 的 名 称 和 来 源 等 信 息 ; 第 二 部 分 是 标 准 的 单 字 符 标 记 的 序 列 ; 第 三 部 分 为 可 选 的 * 表 示 序 列 的 结 束, 此 符 号 也 可 不 出 现 示 例 : >gi 187608668 ref NM_001043364.2 Bombyx mori moricin (Mor), mrna AAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATATTTTAAAACTTTTCTTTGTTTTTA TTGTGGCAATGTCTCTGGTGTCATGTAGTACAGCCGCTCCAGCAAAAATACCT 表 1 IUB/IUPAC 核 苷 酸 代 码 表 代 码 碱 基 英 文 含 义 中 文 含 义 A Adenine 腺 嘌 呤 G Guanine 鸟 嘌 呤 C Cytosine 胞 嘧 啶 T Thymine 胸 腺 嘧 啶 U Uracil 尿 嘧 啶 R (A/G) purine 嘌 呤 Y (C/T/U) pyrimidine 嘧 啶 M (A/C) amino 腺 嘌 呤 或 胞 嘧 啶 K (G/T) Ketone 鸟 嘌 呤 或 胸 腺 嘧 啶 S (C/G) Strong interaction 强 相 互 作 用 碱 基 W (A/T) Weak interaction 弱 相 互 作 用 碱 基 H (A/C/T) Not-G (H after G) 非 鸟 嘌 呤 B (C/G/T) Not-A (B after A) 非 腺 嘌 呤 V (A/C/G) Not-T/U (V after U) 非 胸 腺 嘧 啶 D (A/G/T) Not-C (D after C) 非 胞 嘧 啶 N (A/C/G/T) any 不 确 定 碱 基 - gap of indeterminate length 不 确 定 长 度 的 间 隙 7.1.1.3 GFF 格 式 GFF 格 式 一 般 用 于 基 因 序 列 注 释, 由 Tab 键 隔 开 的 9 列 组 成 : 第 一 列 为 序 列 的 编 号, 编 号 的 有 效 字 符 为 大 小 写 字 母 (a-z 和 A-Z) 数 字 (0-9) 和 一 些 特 殊 6

字 符 (.:^*$@!+_?- ); 第 二 列 为 注 释 信 息 的 来 源, 比 如 Genescan 和 Genbank 等, 可 以 为 空, 或 用. 代 替 ; 第 三 列 为 注 释 信 息 的 类 型, 比 如 Gene cdna 和 mrna 等 ; 第 四 列 和 第 五 列 为 开 始 与 结 束 的 位 置, 计 数 由 1 开 始, 结 束 位 置 不 能 大 于 序 列 的 长 度 ; 第 六 列 为 得 分, 是 注 释 信 息 可 能 性 的 说 明, 可 以 是 序 列 相 似 性 比 对 时 的 E-value 值 或 基 因 预 测 的 P-value 值,. 表 示 为 空 ; 第 七 列 为 序 列 的 方 向, + 表 示 正 义 链, - 表 示 反 义 链,? 表 示 未 知 ; 第 八 列 为 起 始 编 码 的 位 置, 仅 对 注 释 类 型 为 CDS 有 效, 有 效 值 为 0 1 和 2; 第 九 列 为 序 列 的 属 性, 以 多 个 键 值 对 组 成 的 注 释 信 息 描 述, 键 与 值 之 间 用 =, 不 同 的 键 值 用 ; 隔 开, 一 个 键 可 以 有 多 个 值, 不 同 值 用, 分 隔 示 例 : NC_015866.1 RefSeq region 1 12781. +. ID=id0;Dbxref=taxon:1032845sylvarum;strain=054; NC_015866.1 RefSeq gene 396 1217. +. ID=gene0;Name=Rh054_00005;Dbxref=GeneID:11014636; NC_015866.1 RefSeq CDS 396 1217. + 0 ID=cds0;Name=YP_004763714.1;Parent=gene0; NC_015866.1 RefSeq gene 132 1641. +. ID=gene1;Name=Rh054_00010;Dbxref=GeneID:11013311; 7.1.1.4 其 它 特 殊 序 列 格 式 在 进 行 数 据 处 理 过 程 中, 不 同 的 生 物 信 息 分 析 软 件 得 到 的 数 据 格 式 各 不 相 同 这 些 数 据 分 析 结 果 也 是 重 要 的 数 据 采 集 对 象, 如 bed wig 和 sam 等 格 式 文 件 7.1.2 不 同 数 据 格 式 之 间 可 以 用 特 定 的 软 件 进 行 相 互 转 换 在 数 据 采 集 过 程 中, 可 采 集 其 中 一 种 或 多 种 格 式 的 数 据 7.1.3 在 数 据 采 集 过 程 中, 应 对 数 据 进 行 严 格 的 科 学 性 审 查 对 于 涉 及 人 的 基 因 信 息 数 据, 应 进 行 伦 理 审 查 7.2 数 据 处 理 7.2.1 数 据 处 理 对 象 为 采 集 的 生 物 信 息 数 据, 主 要 为 DNA 和 RNA 数 据 7.2.2 数 据 处 理 过 程 主 要 包 括 核 酸 序 列 数 据 格 式 转 换 和 生 物 基 因 信 息 原 始 数 据 分 析 7.2.3 不 同 的 数 据 类 型 采 用 不 同 的 分 析 流 程 和 分 析 软 件, 基 因 信 息 分 析 流 程 见 图 1 7

图 1 基 因 信 息 分 析 流 程 图 注 1: 高 通 量 测 序 仪 的 下 机 原 始 数 据, 应 去 接 头, 去 除 不 符 合 要 求 的 数 据 注 2: 序 列 比 对, 比 较 测 序 序 列 和 参 考 序 列 的 相 似 性 或 不 相 似 性, 寻 找 核 苷 酸 的 连 续 产 生 模 式, 找 出 基 因 序 列 中 的 信 息 成 分 注 3: 突 变 和 变 异 检 测, 利 用 生 物 信 息 分 析 软 件 分 析 插 入 缺 失 倒 位 或 转 位 和 拷 贝 数 变 异 等 注 4: 含 有 参 考 基 因 组 的 RNA 测 序, 应 进 行 可 变 剪 切 及 融 合 基 因 检 测 注 5: 序 列 拼 接 和 组 装, 利 用 拼 接 组 装 软 件 将 测 序 得 到 的 读 长 拼 接 为 重 叠 群, 把 重 叠 群 拼 接 成 支 架 注 6: 基 因 组 注 释, 利 用 生 物 信 息 学 方 法 和 工 具, 对 基 因 组 所 有 基 因 的 生 物 学 功 能 进 行 注 释, 包 括 序 列 的 重 复 性 分 析 基 因 预 测 和 基 因 注 释 7.3 数 据 存 储 7.3.1 存 储 方 式 7.3.1.1 数 据 存 储 之 前, 应 先 对 将 要 存 储 的 数 据 进 行 抽 象 化, 再 进 行 分 类 宜 按 下 列 几 种 方 式 分 类 : a) 按 照 数 据 对 象, 可 分 为 基 因 组 学 数 据 转 录 组 学 数 据 表 观 组 学 数 据 和 小 RNA 数 据 等 ; b) 按 数 据 类 别, 可 分 为 生 物 测 序 数 据 和 生 物 信 息 分 析 数 据 ; c) 按 数 据 的 物 种 来 源, 可 分 为 原 生 生 物 界 植 物 界 动 物 界 和 真 菌 界, 也 可 进 一 步 细 分 为 门 纲 目 科 属 和 种 ; d) 按 数 据 重 要 性, 分 为 保 密 数 据 和 可 公 开 数 据 保 密 数 据 是 指 数 据 所 有 者 要 求 进 行 保 密 的 和 重 要 的 不 能 公 开 给 公 众 的 数 据 ; 可 公 开 数 据 是 除 保 密 数 据 外 可 以 对 外 公 开 的 数 据 7.3.1.2 在 存 储 中, 所 有 存 储 内 容 应 层 次 分 明, 条 理 清 晰, 可 以 综 合 运 用 7.3.1.1 提 到 的 几 种 方 法 7.3.1.3 存 储 数 据 时, 应 建 立 数 据 间 的 逻 辑 与 物 理 对 应 关 系 可 用 DAS NAS 和 SAN 三 种 存 储 方 式 中 的 一 种 或 多 种 针 对 保 密 数 据 要 求 采 用 SAN 或 者 NAS 存 储 方 式, 确 保 可 靠 性 7.3.2 存 储 管 理 原 则 存 储 管 理 原 则 包 括 : 8

a) 应 根 据 存 储 内 容 的 数 据 对 象 和 重 要 性 进 行 分 类 存 储 并 做 好 记 录, 针 对 不 同 的 对 象 和 数 据 制 定 不 同 的 数 据 保 护 策 略 实 现 不 同 的 RPO 和 RTO: 对 于 重 要 数 据 和 对 象 采 用 可 实 现 CDP 效 果 的 存 储 方 式, 对 于 一 般 数 据 和 对 象 采 用 备 份 或 容 灾 存 储 技 术, 实 现 双 份 数 据 冗 余 ; b) 确 定 存 放 在 当 前 数 据 库 系 统 中 的 在 线 数 据 的 有 效 性, 及 时 清 理 过 时 和 冗 余 数 据, 暂 时 不 用 的 数 据 转 移 到 备 份 专 用 存 储 介 质 中 ; c) 应 妥 善 保 管 存 储 有 数 据 的 备 份 专 用 存 储 介 质, 保 证 存 放 的 物 理 环 境, 避 免 对 备 份 数 据 的 非 授 权 访 问 ; d) 同 一 数 据 应 有 两 个 以 上 的 副 本, 且 存 放 在 不 同 位 置 ; e) 硬 件 和 软 件 更 新 换 代 时, 应 明 确 每 一 项 数 据 的 去 留, 做 好 转 移 或 清 理 工 作, 针 对 存 储 介 质 的 升 级 要 实 现 无 缝 操 作, 跨 代 兼 容 ; f) 对 于 存 储 在 备 份 专 用 存 储 介 质 中 的 数 据, 应 保 证 能 正 常 使 用 ; g) 对 于 需 要 归 档 的 历 史 数 据, 应 进 行 归 档 ; h) 所 有 存 储 事 件 均 应 做 好 存 储 日 志 并 填 写 存 储 日 志 表 数 据 存 储 日 志 应 包 含 数 据 类 别 数 据 存 放 介 质 数 据 时 效 性 数 据 完 整 性 数 据 更 新 情 况 和 数 据 管 理 人 员 等 7.4 数 据 使 用 管 理 7.4.1 应 按 存 储 文 件 的 用 户 分 组 和 重 要 性 设 置 相 应 的 使 用 权 限 文 件 的 用 户 分 组 可 分 为 文 件 属 主 同 组 用 户 和 其 他 用 户, 使 用 权 限 分 为 可 读 可 写 可 执 行 和 无 权 限, 具 体 说 明 见 表 2, 可 将 不 同 的 权 限 分 给 不 同 的 分 组 用 户 表 2 使 用 权 限 及 相 应 说 明 权 限 符 号 权 限 说 明 ( 在 linux 或 unix 系 统 下 适 用 ) 可 读 r 文 件 可 以 被 显 示 或 者 拷 贝, 只 有 读 权 限 不 能 够 删 除 或 移 动 文 件 可 写 w 文 件 可 以 被 修 改 移 动 和 删 除 可 执 行 x 文 件 可 以 被 执 行 无 权 限 - 权 限 被 拒 绝 7.4.2 应 由 数 据 库 管 理 机 构 任 命 系 统 管 理 员 操 作 管 理 员 和 一 般 管 理 员, 其 职 责 说 明 见 表 3 表 3 数 据 库 管 理 机 构 岗 位 及 相 应 职 责 说 明 岗 位 系 统 管 理 员 操 作 管 理 员 一 般 管 理 员 职 责 说 明 隶 属 于 数 据 库 管 理 机 构, 具 有 存 储 系 统 最 高 管 理 权 限, 负 责 存 储 系 统 的 日 常 管 理 和 运 营 工 作 隶 属 于 数 据 库 执 行 机 构, 负 责 存 储 系 统 的 日 常 维 护 和 运 行 工 作 隶 属 于 数 据 库 执 行 机 构, 负 责 数 据 使 用 账 号 审 核 和 发 放 7.4.3 除 管 理 员 账 户 外, 一 般 账 户 通 过 向 一 般 管 理 员 提 供 申 请 表 获 得 账 号 申 请 表 应 包 含 申 请 人 申 请 时 间 申 请 权 限 申 请 说 明 批 准 人 和 批 准 日 期 等 7.5 数 据 备 份 管 理 7.5.1 数 据 备 份 前, 应 确 定 备 份 策 略 备 份 策 略 包 括 完 全 备 份 增 量 备 份 和 差 分 备 份 7.5.2 首 次 备 份 宜 采 用 完 全 备 份 的 方 式, 以 后 定 期 进 行 完 全 备 份 增 量 备 份 或 差 分 备 份 7.5.3 数 据 备 份 应 填 写 数 据 备 份 申 请 表 数 据 申 请 表 应 包 括 备 份 的 内 容 描 述 申 请 人 申 请 时 间 使 用 介 质 的 标 识 数 据 需 要 备 份 的 原 因 和 管 理 员 审 批 意 见 等 9

7.5.4 数 据 备 份 过 程 中, 应 为 文 件 和 文 件 夹 创 建 备 份 标 记, 备 份 时 只 需 选 中 那 些 有 标 记 的 文 件 和 文 件 夹, 备 份 完 成 后 应 立 即 清 除 备 份 标 记 7.5.5 数 据 备 份 宜 采 用 如 下 流 程 : a) 操 作 管 理 员 收 集 并 汇 总 备 份 需 求 ; b) 操 作 管 理 员 根 据 备 份 需 求 制 定 备 份 方 案 ; c) 操 作 管 理 员 提 交 备 份 方 案 给 系 统 管 理 员 审 核, 经 系 统 管 理 员 审 批 后, 操 作 管 理 员 方 可 进 行 数 据 备 份 ; d) 操 作 管 理 员 在 进 行 数 据 备 份 过 程 中, 应 填 写 备 份 日 志 并 存 档 数 据 备 份 日 志 应 包 括 备 份 内 容 备 份 时 间 备 份 情 况 介 质 标 识 备 份 操 作 人 员 签 名 和 管 理 员 签 收 介 质 等 7.5.6 备 份 管 理 应 遵 循 以 下 原 则 : a) 数 据 备 份 介 质 应 采 用 性 能 可 靠 和 不 宜 损 坏 的 介 质 ; b) 数 据 备 份 应 及 时, 并 对 数 据 进 行 异 地 备 份 ; c) 存 放 备 份 数 据 的 介 质 应 有 明 确 的 标 识 ; d) 备 份 介 质 应 由 操 作 管 理 员 保 管, 任 何 人 不 得 擅 自 取 用, 应 填 写 介 质 管 理 日 志 管 理 介 质 日 志 应 包 括 介 质 标 识 是 否 新 介 质 借 出 时 间 归 还 时 间 借 用 人 员 签 字 和 归 还 确 认 等 ; e) 应 定 期 对 备 份 数 据 进 行 验 证 ; f) 针 对 海 量 数 据 备 份 需 要 采 用 重 复 数 据 删 除 和 压 缩 技 术, 减 少 备 份 窗 口 和 备 份 介 质 容 量 使 用 7.6 数 据 恢 复 管 理 7.6.1 数 据 恢 复 宜 采 用 如 下 流 程 : a) 发 现 数 据 损 坏 或 丢 失, 需 要 恢 复 数 据 时, 应 填 写 数 据 恢 复 申 请 表 并 向 操 作 管 理 员 提 交 申 请 数 据 恢 复 申 请 表 应 包 括 需 恢 复 的 内 容 申 请 人 申 请 时 间 使 用 介 质 的 标 识 数 据 需 要 恢 复 的 原 因 和 数 据 管 理 员 审 批 意 见 等 ; b) 操 作 管 理 员 收 集 数 据 恢 复 需 求 并 制 定 数 据 恢 复 方 案 ; c) 操 作 管 理 员 提 交 数 据 恢 复 方 案 给 系 统 管 理 员 审 核, 经 系 统 管 理 员 审 批 并 签 字 同 意 后, 操 作 管 理 员 开 始 进 行 数 据 恢 复 ; d) 操 作 管 理 员 完 成 数 据 恢 复 后, 应 填 写 数 据 恢 复 日 志 并 存 档 数 据 恢 复 日 志 应 包 括 恢 复 内 容 恢 复 时 间 恢 复 操 作 人 员 恢 复 情 况 介 质 标 识 和 操 作 人 员 签 名 7.6.2 应 妥 善 保 存 备 份 恢 复 的 审 批 文 档 及 备 份 恢 复 工 作 的 日 志 7.7 数 据 库 搭 建 7.7.1 数 据 库 设 计 原 则 7.7.1.1 数 据 库 设 计 应 具 有 良 好 的 性 能, 具 有 可 移 植 性 和 可 扩 展 性 7.7.1.2 数 据 库 中 各 种 对 象 的 命 名 和 程 序 代 码 的 编 写 应 规 范, 数 据 库 应 用 系 统 应 能 够 适 应 不 同 的 数 据 库 平 台 7.7.1.3 合 理 设 计 表 间 关 联, 尽 可 能 的 降 低 数 据 的 冗 余, 保 证 数 据 的 一 致 性 和 完 整 性 7.7.1.4 根 据 计 算 机 硬 件 和 网 络 设 计 确 定 情 况 对 数 据 库 进 行 逻 辑 设 计 和 物 理 设 计, 根 据 应 用 系 统 的 事 物 大 小 和 服 务 器 的 性 能 调 整 数 据 库 服 务 器 的 系 统 参 数, 选 择 合 适 的 数 据 类 型, 尽 可 能 使 数 据 库 性 能 达 到 最 佳 7.7.2 数 据 库 搭 建 流 程 10

7.7.2.1 建 库 前 应 进 行 全 面 的 需 求 分 析, 全 面 考 虑 可 能 的 扩 充 和 修 改, 并 设 计 远 程 数 据 接 口 7.7.2.2 概 念 结 构 设 计 要 求 设 计 出 能 真 实 反 映 客 观 事 物 的 模 型, 同 时 让 设 计 的 模 型 能 易 于 理 解 7.7.2.3 逻 辑 结 构 和 物 理 结 构 设 计 应 对 数 据 进 行 规 范 化 并 进 行 数 据 流 分 析, 使 数 据 库 的 存 储 结 构 和 配 置 达 到 最 佳 7.7.2.4 数 据 库 实 施 阶 段 要 求 定 义 数 据 库 的 结 构, 对 数 据 库 进 行 试 运 行 7.7.2.5 数 据 库 的 使 用 和 维 护 阶 段 要 求 注 意 数 据 的 转 存 和 恢 复, 对 数 据 库 进 行 安 全 性 和 完 整 性 控 制 ; 对 数 据 库 进 行 性 能 监 督, 分 析 和 改 造 数 据 库 8 硬 件 设 备 要 求 8.1 电 子 信 息 系 统 电 子 信 息 系 统 设 备 应 满 足 基 因 信 息 数 据 采 集 存 储 运 行 和 管 理 等 要 求, 包 括 基 础 设 施 设 备 IT 设 备 系 统 与 数 据 设 备 和 管 理 工 具 等 电 子 信 息 系 统 机 房 系 统 应 符 合 GB 501748 的 规 定 8.2 不 间 断 电 源 系 统 不 间 断 电 源 系 统 应 符 合 YD/T 1095 的 规 定 8.3 供 配 电 系 统 和 照 明 系 统 机 房 供 配 电 系 统 和 照 明 系 统 应 符 合 GB 50052 GB50054 和 GB 50254 的 规 定 8.4 防 震 和 防 雷 保 护 系 统 机 房 应 配 防 震 和 防 雷 保 护 系 统 防 雷 保 护 系 统 应 符 合 GB 50057 的 规 定 8.5 空 调 系 统 新 风 和 排 风 系 统 机 房 应 安 装 单 独 空 调 系 统 空 调 系 统 可 靠 性 等 级 应 符 合 GB50174 的 A 级 标 准 空 调 系 统 新 风 和 排 风 系 统 还 应 符 合 GB50243 的 规 定 8.6 给 排 水 系 统 机 房 应 设 给 排 水 系 统 给 排 水 系 统 管 道 铺 设 应 符 合 GB 50174 的 规 定 8.7 智 能 化 系 统 机 房 应 设 基 础 设 施 环 境 监 控 安 保 监 控 能 源 监 测 和 综 合 显 示 控 制 系 统 等 智 能 化 系 统, 智 能 化 系 统 应 符 合 GB/T 50314 的 规 定 8.8 消 防 系 统 机 房 应 设 由 消 防 中 心 统 一 控 制 的 自 动 火 灾 报 警 器, 应 采 用 气 体 灭 火, 不 可 使 用 液 态 或 固 态 灭 火 消 防 系 统 应 符 合 GB 50116 GB 50222 和 GB 50370 的 规 定 8.9 综 合 布 线 系 统 机 房 综 合 布 线 系 统 应 符 合 GB 50311 的 规 定 11