使用 Reaxys 精準搜尋關鍵數據, 節省查找時間
目次 1. Reaxys 介紹 2. Reaxys 查詢頁面介紹 3. Quick Search: 反應查詢 4. Synthesis Planner 5. Quick Search : 化合物 物性查詢 6. 查詢結果的輸出 儲存及通知 7. Query Builder 8. Query Builder 查詢範例 - 多條件查詢 ( 天然物 抗菌活性 分子式 ) - 排除雜訊 - 多條件查詢 ( 用途 )
Reaxys 介紹
What in Reaxys? 化學研究不可缺少之 數據 資料庫 從化學相關論文及專利萃取有用取必要的 數據 >105 Million 有機 無機及有機金屬物質 >500 Million 公開實驗數據 ( 物性 光譜 生物活性等 ) >42 Million 化學反應 ( 反應條件 溶劑 催化劑及產率等 ) >54 M 文獻記錄 >16,000 期刊, 專利涉及有機化學, 材料化學, 生物醫藥, 地球科學, 工程等多種領域 Chemistry fundamentals Uses across disciplines 4
What in Reaxys? 從研究人員最常關注 450 種期刊 專利, 萃取實用的實驗數據 有機化學 1771 年 ~ 無機化學 有機金屬 1772 年 ~ 來自超過 15,000 種期刊的全文資料, 使用自然語言處理技術抽出資料 化合物名稱 反應分類 ( 氧化 還原 縮合...) 人名反應 物性... 收錄專利報告相關內容 5
Reaxys 的資料結構 從多個資料來源將化合物及反應彙整到 1 筆紀錄 並且保留資料來源的連結 6
Reaxys 為使用者設計最簡明的搜尋入口 Quick Search 許多研究人員使用的, 簡單直觀的界面與結構搜索和關鍵字搜索兼容 文字查詢不僅考慮關鍵字, 透過自然語言處理還能同步考慮句子中的上下文 7
Reaxys 為使用者顯示最相關的查詢結果 查詢範例 :esterification of benzoic acid 1 自然語言處理 除了搜尋目標的結果外, 也同步提出更多搜尋結果 2 由 esterification 確認, 優先顯示查詢反應結果 3 其他相關的查詢結果則依序排列 8
Reaxys 提供進階的查詢方式 Query Builder 4 條件設定完成開始查詢 藉由組合物性 結構 關鍵字及查詢歷史等進行查詢 1 篩選條件列表 3 配合運算子使用 2 透過拖曳增加查詢條件 只選擇所需必要條件 9
Reaxys 透過單筆查詢紀錄提供大量數據 顯示文章相關化合物 被引用情形一覽 (Scopus) 反應資訊 化合物資訊 相關反應 購買資訊 參考文獻一覽 反應條件 相關物理性質 10
Reaxys 提供篩選條件快速縮小查詢範圍 條列各種篩選條件 預先顯示篩選結果數量 11
Reaxys 查詢頁面介紹
Reaxys Quick search page URL: new.reaxys.com 1 2 3 4 5 關鍵字輸入 結構 反應繪製 1 2 3 4 5 Quick search: 關鍵字查詢 結構查詢 Query builder: 多條件組合查詢 Results: 查詢結果顯示, 優先顯示最相關結果 Synthesis planner: 逆合成分析 History: 歷史紀錄查詢 13
Reaxys Query builder page 搜尋條件列表 可直接以關鍵字搜尋查詢條件 Reaxys Fields Basic Indexes Identification Physical Properties Spectra MedChem Other Reactions Bibliography Reaxys Forms Documents Nature Product Physical data Reactions Spectra Substances
Quick Search: 反應查詢
反應條件設定 (1/3) 検索例 :Esomeprazole 之衍生物合成方式查詢 Esomeprazole 為一種稱為 氫離子幫浦阻斷劑 類的藥物 此類藥物具有顯著及長效 降低 胃酸分泌 的作用 1 點擊 Create Structure or Reaction Drawing, 移至繪圖畫面 2 點擊 Create structure template from name 16
反應條件設定 (2/3) 名稱輸入畫面 : 輸入 esomeprazole, 點擊放大鏡圖案 還可選擇以下條件 - 完全一致 (is) - 前方一致 (starts with) - 後方一致 (ends with) - 部分一致 (contains) 可能同時有多種名稱可供選擇 編輯構造式 : 依名稱自動產生結構 為了以 esomeprazole 的主結構進行查詢, 透過 Structure editor 進行編輯, 將環上的取代基全部刪除 17
反應條件設定 (3/3) 1 傳送結構至查詢頁面 1 2 選擇 As Substructure 點擊 Transfer to query 進入查詢頁面 2 開始進行查詢 當結構顯示在畫面上後, 點擊 Find 開始查詢 18
查詢選項 1 1 結構查詢選項 - As Drawn: 完全相同 - As Substructure: 衍生物查詢 - on all atoms: 所有原子取代 - on heteroatoms: 雜原子取代 - Similarity: 相似性查詢 2 2 其他查詢選項 - Tautomers - Stereo - Additional ring closure - Related Markush - Salts - Mixtures - Isotopes - Charges 19
查詢結果顯示 Reaxys 會先顯示分類結果, 如以結構查詢, 會同時顯示化合物結果及反應結果 為了查詢 Esomeprazole 及其衍生物的合成方法, 點擊 Reaction 之中的 View Results 按鈕 顯示化合物及反應的查詢結果 <Preview Results> Preview Results 會顯示 Top3 的查詢結果 20
查詢結果畫面 (1/7) Esomeprazole 及其衍生物合成方法的搜索結果, 可使用各種篩選條件縮小查詢範圍, 並可從搜索結果中連結全文頁面及還檢視引用情形 項目 1 2 3 逐項顯示查詢結果 購買原料資訊 實驗步驟 5 4 1 7 6 4 篩選條件 : - 各種反應條件 書目資訊可做為篩選條件 2 5 篩選軌跡 6 查詢結果排序方式 - 預設為 Reaxys ranking, 亦可自行切換其他方式 3 - 可進行升序或降序排序 7 輸出結果 21
查詢結果畫面 (2/7) 3 實驗步驟 6切換結果排序方式 排序類型 - Reaxys ranking - No of references - Reactant availability - Product availability - MW of product - Yield - Publication year 22
查詢結果畫面 (3/7) 反應查詢之篩選條件 4篩選條件 結構 產率 試劑 催化劑 使用篩選功能, 除了縮小查詢結果範圍外, 還可以作為瞭解趨勢的簡單工具 溶劑 催化劑分類 溶劑分類 作為產物的可用性 作為反應物的可用性 反應類型 文獻類型 出版年 1 步反應 23
查詢結果畫面 (4/7) 第 1 筆紀錄的詳細內容 : Experimental Procedure - 實驗步驟詳細顯示 Show Reference - 文獻來源顯示 24
查詢結果畫面 (5/7) 點擊 Full Text 後, 會連結至文獻出處 25
查詢結果畫面 (6/7) 點擊 Details 後, 會顯示文獻的 Abstract Index Term, 另外點擊 Substance 及 Reactions 會顯示文獻中所有相關的化合物及反應, 而 Full Text 則是文獻出處連結 26
查詢結果畫面 (7/7) 點擊作者名稱時, 可連結至 Scopus 顯示該作者的相關著作及引用情形 Scopus 是什麼 Scopus 是 Elsevier 所建構全球最大的書目和引用信息數據庫可以檢視 Reaxys 中文獻的被引用情形 27
查詢練習 検索例 :Benzoic acid( 苯甲香酸 ) 的酯化反應 (esterification of benzoic acid) 28
Quick Search: 化合物 物性查詢
30 查詢條件設定 検索例 :Gefitinib ( 吉非替尼 ) 之溶解度查詢 Gefitinib 為表皮生長因子接受體 (epidermal growth factor receptor,egfr) 酪胺酸激酶酵素 (tyrosine kinase) 之專一性抑制劑, 通常表現於上皮細胞源頭之人類實體腫瘤 抑制 EGFR 酪胺酸激酶酵素之活性, 便抑制了腫瘤之生長 轉移及血管增生, 並促進癌細胞之脫離 在畫面中央輸入 Solubility of geftinib, 再按下左上角的 Find
31 查詢結果顯示 查詢結果分類 :Substances Documents Preview Results 展開後, 可預覽 top 3 查詢結果 <Preview Results>
32 查詢結果畫面 (1/5) Hit Data 實驗及
33 查詢結果畫面 (2/5) Reaxys 直接將物性分類, 並直接顯示相關數據
34 查詢結果畫面 (3/5) Reaxys NMR, 標註
35 查詢結果畫面 (4/5) Reaxys 的文獻整理, 讓閱讀文獻更加快速
36 查詢結果畫面 (5/5) Reaxys 通過 Index Term Reaxys Tree 的方式, 將文獻進行分類, 幫助大家快速查找所需文獻 chemical transformations physico chemical properties physico chemical analysis methods quantum chemical calculation methods
查詢練習 検索例 :Xylitol 的熔點 (melting point of xylitol) 37
Synthesis Planner
建構合成路徑 (1/3) Synthesis Planner: 可透過逆合成分析建構合成路徑 - 畫面上可同時提供多種合成方式, 便利比較評估 - 也可於化合物查詢結果頁面進入 Synthesis Planner 查詢範例 :Omeprazole 的合成 從反應查詢結果進入 Synthesis Planner 1 點擊, 將該化合物作為起始點 2 可選擇使用 Manually 或 Autoplan 啟動 Synthesis Planner - Manually: 手動逐步建立合成路徑 - Autoplan: 顯示 Reaxys 建議合成路徑 39
建構合成路徑 (2/3) Autoplan 自動規劃 5 種合成路徑 反應產率顯示於路徑上, 點擊可顯示實驗步驟 40
建構合成路徑 (3/3) Manually 選擇要加入的反應, 按下 Syn-Plan 反應直接加入於合成路徑 41
查詢結果的輸出 儲存及通知
輸出查詢結果 (1/3) 查詢結果可以導出的格式包含 PDF XML Word Excel 在查詢結果畫面上方, 點擊 Export, Export 設定畫面 : 設定輸出格式 輸出範圍 輸出內容完成後, 點擊右下角 Export 可以從查詢結果選擇任意記錄導出 43
輸出查詢結果 (2/3) Export 會顯示目前的導出狀態, 完成後會顯示 Download, 點擊即可儲存, 下載完成後, 點擊 Cancel 已關閉畫面, 如果沒有關閉下載畫面, 無法開始下一次的輸出 44
輸出查詢結果 (3/3) 輸出詳細設定說明 : Choose a format: 格式選擇 - PDF/Print - XML - Microsoft Word - Microsoft Excel - Electronic Lab Netbook - RD File - SD/Molfile - Smiles Range: 結果輸出範圍選擇 - 上限為 5,000 筆數據 Export: 輸出數據類型選擇 - All available data - Identification data only - Hit data only - Choose sepcific data Additional option: - Include structure - Include a description in the document 45
儲存查詢歷史 每次使用完 Reaxys 後, 查詢紀錄會自動清除, 但登入帳號可以儲存查詢紀錄, 下次可以再度回顧先前查詢紀錄, 點擊畫面上方的 History, 在 Recent 頁面中, 確認要儲存的查詢紀錄, 按下 Save, 在跳出的視窗輸入自訂名稱, 再按下 Save, 即完成儲存, 下次登入時, 進入 History-Saved 頁面, 即可檢視上次儲存的查詢紀錄 46
Alert 功能 Alert 需於登入後才能使用, 透過設定查詢結果,Reaxys 會自動通知是否有最新研究 - 獲取相同查詢條件的反應及化合物最新資訊 - 可選定通知時間 (Monthly / after each update) - 訊息將會發送到註冊的 e-mail, 也可以寄送給其他人 Alert 功能設定 : 1 進入 History 頁面, 將滑鼠移至要設定 Alert 的查詢紀錄, 2 點擊畫面右方出現的 Alert, 即可進入設定畫面 47
Alert 功能的設定及管理 Alert 的設定 : Alert name: 名稱 Send alerts to: 可同時輸入多組 e-mail Frequency: 通知頻率 - After each update - Monthly - Deactivate From databases: 來源資料庫選擇 點擊 Create Alert 即可完成設定 Alert 的管理 : 點擊畫面右上角的, 即可進入 Alert 管理畫面, 將滑鼠移至每筆紀錄旁邊, 會顯示 Edit 及 Delete, 即可編輯該筆紀錄的通知狀態 48
Query Builder
Query Builder(1/2) 點擊上方 Query Builder 即可進入進階查詢頁面 2 3 1 1 查詢條件顯示區域 2 查詢條件 ( 結構 分子式 CAS registry number Document Basic Index) 3 查詢條件 ( 物性 光譜 反應條件 等 ) 50
Query Builder(2/2) 可以在右方清單找尋需要的查詢條件, 或直接以文字在 Find search and fields and forms 搜尋所需查詢條件 2 3 1 可從 Forms 代入物性或天然產物的預設篩選條件格式 查詢紀錄可進行組合查詢 51
Query Builder: 查詢範例 1 多條件查詢 ( 天然物 抗菌活性 分子式 ) 2 排除雜訊 3 多條件查詢 ( 用途 )
Query Builder 查詢範例 1(1/4) 查詢範例 : 是從天然物中萃取出來的化合物, 分子式帶有 30 個碳並具有抗菌效果 Molecular formular/natural product/substance basic index 1 點擊右方的 Identification>Molecular Formula 2 因為不知道其他成分, 選擇 is `, 再輸入 C30* 53
Query Builder 查詢範例 1(2/4) * 可使用關鍵字查詢篩選條件 3 在右上方 Find search and fields and form 輸入 Natural, 點擊 Isolation from Natural Product 4 在左方的運算子選擇 AND, 內容可不輸入 54
Query Builder 查詢範例 1(3/4) 5 點擊右方 Basic Indexes> Substance Basic Index 6 輸入 antimicrobi* 7 因為要找化合物, 所以在右上的 Search 選擇 Substance 55
Query Builder 查詢範例 1(4/4) 查詢結果畫面 : 分子式, 化學名, 測試項目, 合成方法, 衍生物的合成方法等都可以得到確認, 如果有其他條件, 可透過左方的篩選功能縮小範圍 56
Query Builder 查詢範例 2(1/3) 查詢範例 : ( 去除不需要資訊的查詢方式 ) 查詢以 Isoquinoline 作為主結構及產物的反應, 但需去除以 Isoquinoline 做為反應物的反應 History 1 先從 Quick search 開始, 1 2 將 Isoquinoline 作為主結構及產物進行反應查詢 將 Isoquinoline 作為反應物進行反應查詢 * 查詢的過程中, 須選擇 As substructure 2 查詢結果出現後, 點擊 View Result 進入查詢結果畫面 57
Query Builder 查詢範例 2(2/3) 完成 2 個反應查詢後, 回到 Query Builder 並開啟右側的 History History 會顯示 2 次的查詢紀錄 1 Isoquinoline 作為主結構的產物的反應 2 Isoquinoline 作為主結構的反應物的反應 2 1 * 雖然也可以直接查詢 Isoquinoline 的製備, 但其中將會包含許多取代反應, 透過加入其他搜尋條件或查詢紀錄的比對, 就可以減少查詢, 差到所需要的資料 58
Query Builder 查詢範例 2(3/3) 1 2 3 4 先選擇以 Isoquinoline 作為主結構及產物進行反應的查詢紀錄 再選擇以 Isoquinoline 作為主結構及反應物進行反應的查詢紀錄 將運算子設定為 NOT 在右上角選擇 Reaction, 然後點擊 Search 即可進行以 Isoquinoline 作為主結構及產物但不包含以 Isoquinoline 作為主結構及反應物為條件的查詢 結果例 59
Query Builder 查詢範例 3 查詢範例 : 可做為食物及補充劑的化合物 (Food Supplement) Use 在右上方 Find search and fields and form 輸入 Use, 再分別於 Use Pattren 中輸入 Food 及 Supplement, 運算子選擇 AND, 最後在右上方點擊 Search Substances 即可完成 可應用於食物及補充劑 60
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