acute myocardial infarction 急性心肌梗塞 AMI
PubMed 检索
概 况 PubMed(http://www.pubmed.gov) 是由美国国立医学图书馆 (National Library of Medicine,NLM) 的国家生 物技术信息中心 (National Center for Biotech-nology Information,NCBI) 开 发的一个以网络为基础的医学文献检索系统, 是 NCBI 庞大的检索体系 Entrez 的一部分
概 况 收录从 1948 年至今 80 多个国家和地区 37 种文字的 5400 多种生物医学期刊上的文献 2000 多万条 每日更新 ( 周二到周六 ), 每天增加 2000-4000 条完整记录 PUBMED 引文 90% 为英文文献,79% 有英文摘要
概 况 PUBMED 收录的文献包括 4 个数据库 : 1. Medline 2. In Process Citations 3.Publisher-Supplied Citations 4. OldMedline
概 况 Medline 是 NLM 最主要的文献数据库, 覆盖了医学 护理 口腔 兽医 卫生等各个学科 收录 1948 年以来生物医学期刊上的文献 该数据库文献的标识为 : [PubMed-indexed for MEDLINE ] 这部分文献的一个明显标志就是其数据都标引有主题词 文献类型 GeneBank 获取号以及其他的一些标引数据
概 况 In Process Citations 中的记录提供基本的题录信息和文摘, 没有标引主题词 其标识为 :[PubMed-in process], PubMed 每天 ( 周二至周六 ) 添加新文献到 In Process Citations 中 In Process Citations 中的数据经标引部门标引主题词 文献类型 GenBank 获取号等标引数据后加入到 Medline 数据库之中 标识改为 : [ PubMed-indexed for MEDLINE]
概 况 Publisher-Supplied Citations 中记录由出版商以电子版形式直接传送到 P u b M e d, 标识为 :[ P u b M e d - as supplied by publisher], 大部分出版商提供的文献处于正在加工状态, 经标引后加入到 MEDLINE 中 此外, 还有少部分出版商提供的文献不进行标引, 保持 [PubMedas supplied by publisher] 标识或 [PubMed] 标识 出版商在印刷版期刊出版之前向 PUBMED 传送的电子版内容将显示 [Epub ahead of print] 标识
概 况 OldMedline: 收录部分 1966 年以前出版且未被 Medline 收录的文献记录, 标识为 [PubMed-OldMedline]
概 况 PubMed 在不断增加新数据的同时, 还会向数据库中追加更早的数据, 目前 (2011.9.5) 通过 PubMed 可查到的最早文献为 1809 年出版的 Medico-chirurgical transactions 上的文献, 且为免费全文 需要注意的是 :In Process Citations 和 Publisher-supplied Citations 数据未标引主题词, 因此使用主题词检索只能查到 Medline 中的数据
检索字段及标识符 AD(Address): 第一作者所属单位和地址 ALL(All Fields): 全部字段 AU(Author): 作者姓名 DP(Publication Date): 出版时间 EDAT(Entrez Date): 录入时间 1AU(First Author Name): 第一作者姓名 FAU(Full Author Name): 作者姓名全称 (02 年以后 ) LASTAU(Last Author) 最后一个作者 ( 通讯作者 ) IP(Issue): 期号 部分号 增刊号 IS(ISSN): 国际标准刊号 LA(Language): 原文语种
检索字段及标识符 MH(Mesh Terms): 主题词 MAJR(Mesh Major Topic): 主要主题词 PG(Pagination): 页码 ( 起页 ) PT(Publication Type): 出版类型 SB(Subset): 文献子集 SH(Mesh Subheadings): 副主题词 TA(Journal Title Abbreviation): 刊名缩写 TI(Title): 文章题名 TIAB(Title/Abstract): 题名摘要 TW(Text Words): 文本词 VI(Volume): 卷号
基本检索 自动词语匹配检索 著者检索期刊检索词组检索截词检索布尔逻辑检索
基本检索 自动词语匹配检索 著者检索期刊检索词组检索截词检索布尔逻辑检索
自动匹配检索 对于输入检索框中未加标识的检索词, PubMed 依次在下列词表中查找匹配的内容 : 1.MeSH translation table 2.Journals translation table 3.Full Author translation table 4.Author index 5.Full Investigator (Collaborator) translation table 6.Investigator (Collaborator) index
自动匹配检索 Mesh 转换表 Keyword(s) 期刊名转换表 作者索引表 作者姓名转换表 经过转换后的检索式 Pubmed 系统进行检索 Details 分析 19
自动匹配检索 如果在 6 个词表的任何一个中找到匹配的内容, 则匹配结束 例如 : 如果输入的检索词在主题词转换表中找到与其相匹配的主题词, 则使用该主题词进行检索并结束匹配, 不会在其他词表中进行匹配 如果输入的单个词在 6 个词表中都未找到匹配的内容, 其将被在 all fields 中进行检索 ; 如果输入的词组未找到匹配的内容, 该词组将被拆成单词并分别对其进行匹配后将匹配结果以 AND 连接 输入的检索词被自动匹配后的具体检索式可通过 Advanced search 页面中的 details 选项查看或在检索结果页面右侧的 Search details 栏中查看
Heart attack
自动匹配检索 "myocardial infarction"[mesh Terms] OR "myocardial ("myocardial"[all infarction"[mesh Fields] AND Terms] "infarction"[all OR ("myocardial"[all Fields]) OR "myocardial Fields] AND infarction"[all "infarction"[all Fields]) OR "myocardial Fields] OR infarction"[all ("heart"[all Fields] Fields] OR AND ("heart"[all "attack"[all Fields] Fields]) AND OR "attack"[all "heart attack"[all Fields]) OR "heart Fields] attack"[all Fields]
基本检索 自动词语匹配检索 著者检索期刊检索词组检索截词检索布尔逻辑检索
作者检索 两种方式 : 1. 以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名, PubMed 通过自动匹配自动在作者字段进行检索 作者检索有自动截词功能, 可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识 [au] 关闭该功能, 如 : Smith J [au] 3. 通过 Advanced Search 页面中的 Search Builder 下拉列表选择 Author 字段, 在字段后的检索框中输入作者姓名, 姓名的输入具有自动完成属性
作者检索 两种方式 : 1. 以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名, PubMed 通过自动匹配自动在作者字段进行检索 作者检索有自动截词功能, 可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识 [au] 关闭该功能, 如 : Smith J [au] 2. 通过 Advanced Search 页面中的 Search Builder 下拉列表选择 Author 字段, 在字段后的检索框中输入作者姓名, 姓名的输入具有自动完成属性
作者检索 两种方式 : 1. 以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名, PubMed 通过自动匹配自动在作者字段进行检索 作者检索有自动截词功能, 可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识 [au] 关闭该功能, 如 : Smith J [au] 2. 通过 Advanced Search 页面中的 Search Builder 下拉列表选择 Author 字段, 在字段后的检索框中输入作者姓名, 姓名的输入具有自动完成属性
作者检索 如果只输入作者的姓, 则 PubMed 会在所有字段中对其进行检索, 如只想将其作为作者检索, 需加作者字段标识 [au] 2002 年以后的论文, 如果提供作者全名, 可使用作者全名进行检索 作者姓名可正序或倒序, 如 :juila s wong 或 wong julia s 为了区分姓名全称与首字缩写, 需加标全名字段标识 [fau], 如 : peterson do[fau]
基本检索 自动词语匹配检索 著者检索期刊检索词组检索截词检索布尔逻辑检索
期刊检索 三种方式 : 1. 使用 PubMed 资源的 Journals Database 查询特定期刊上的文章 2. 通过 Advanced Search 页面中的 Search Builder 下拉列表选择 Journal 字段, 在字段后的检索框中输入刊名全称 Medline 缩写及 ISSN 3. 直接在检索框中输入刊名全称 Medline 缩写及 ISSN,PubMed 通过自动匹配自动在刊名字段进行检索
期刊检索 三种方式 : 1. 使用 PubMed 资源的 Journals Database 查询特定期刊上的文章 2. 通过 Advanced Search 页面中的 Search Builder 下拉列表选择 Journal 字段, 在字段后的检索框中输入刊名全称 Medline 缩写及 ISSN 3. 直接在检索框中输入刊名全称 Medline 缩写及 ISSN,PubMed 通过自动匹配自动在刊名字段进行检索
期刊检索 三种方式 : 1. 使用 PubMed 资源的 Journals Database 查询特定期刊上的文章 2. 通过 Advanced Search 页面中的 Search Builder 下拉列表选择 Journal 字段, 在字段后的检索框中输入刊名全称 Medline 缩写及 ISSN 3. 直接在检索框中输入刊名全称 Medline 缩写及 ISSN,PubMed 通过自动匹配自动在刊名字段进行检索
期刊检索 如果刊名是 Mesh 词 ( 如 :Gene Therapy Science Cell), 或刊名是单个单词 (Scanning), 如只想将其作为刊名检索, 需加刊名字段标识 [ta] 推荐使用刊名全称或缩写查找, 因为有些过早的文献没有 ISSN
science
Science[ta]
基本检索 自动词语匹配检索 著者检索期刊检索截词检索词组检索布尔逻辑检索
截词检索和禁用词 截词检索 : 可通过在词干后加 * 检索以该词干开头的所有词的文献 需要注意的是 : 截词检索将关闭 PubMed 的自动单词匹配功能以及 Mesh 主题词的扩展检索功能 如 : 输入 heart attack*, 不会启动自动匹配功能检索与之匹配的 Mesh 主题词 Myocardial Infarction 及其下位更专指的主题词的相关文献 截词功能最多可使用 600 个词形变化 超过 600 个会显示如下图的提示信息
截词检索和禁用词
截词检索和禁用词 PubMed 在检索时忽略一些常用的英语词汇, 下表为禁用词列表
基本检索 自动词语匹配检索 著者检索期刊检索截词检索词组检索布尔逻辑检索
词组检索 对于输入 PubMed 的多词词组,PubMed 会查询词组索引, 如果查到相应词组则将其作为一个检索词来检索 如果未查到相应词组, 则将其拆分成单个词, 分别进行检索并以逻辑和 (AND) 进行组配, 如 :single cell 相当于检索 single AND cell 可通过如下方式强制将其作为一个词组进行检索 : 1. 加双引号, 如 : single cell 2. 加标段标识 [tw]: single cell[tw] 3. 使用短横线 - 将两词连接起来 :single-cell 4. 使用截词符 *:single cell*
词组检索
基本检索 自动词语匹配检索 著者检索期刊检索词组检索截词检索布尔逻辑检索
布尔逻辑检索 在检索框中输入一个或多个检索词, 单击 Search 执行检索 在多个检索词间可使用布尔逻辑运算符 AND OR NOT 逻辑运算符须用大写字母
布尔逻辑检索 在检索框中输入一个或多个检索词, 单击 Search 执行检索 在多个检索词间可使用布尔逻辑运算符 AND OR NOT 逻辑运算符须用大写字母 逻辑运算符的优先顺序为从左向右的顺序, 可通过加括号提高运算的优先级 检索词可以是主题 作者名或期刊名等
高级检索 PUBMED 的 Advanced Search 页面整合了多种对检索有用的辅助功能, 可实现如下操作 : Searching by a specific field Browsing the index of terms Combining searches using history Displaying the search details
Searching by a specific field 通过高级检索页面的 Search Builder 可以进行特定字段的限定检索 首先在下拉列表中选择要检索的字段, 然后在检索框中输入检索词, 再选择 AND OR NOT 三种逻辑关系之一, 即可将输入的检索词在所选字段中检索的策略以相应的逻辑关系加入到检索框中
nature Searching by a specific field
Searching by a specific field
Index-Browsing the index of terms 通过 Search Builder 检索框下面的 Show Index 选项可查询在所有字段或某一特定字段中的索引, 可以从索引中选择一个或几个词来完善检索策略
chronic proctitis
History-Combining searches using history 检索史按检索式运行的顺序列出各检索式, 包括检索式序号 检索策略 检索时间 检索到的文献条数 检索史最多保存 100 条检索式, 检索史将在离开 PubMed 或其他 Entrez 数据库 8 小时后消失 单击检索式后的文献数链接可显示该检索式的检索结果 可通过检索策式的序号对检索策略进行组配, 如 : #2 AND #6, #3 AND (drug therapy OR diet therapy) 单击检索史窗口下方的 Clear History 按钮可将所有检索式删除
History-Combining searches using history 点击检索式序号将弹出一选项菜单, 提供的选项包括布尔逻辑操作符 AND,OR,NOT, 点击相应的操作符菜单, 将把该条检索策略加入到检索框中, 并与检索框中现有的检索式进行选中的逻辑组配
Delete from history: 从检索史中删除该条检索式 Show search results: 查看该条检索策略的检索结果 Show search details: 显示该条检索策略的具体执行情况 Save in My NCBI: 在 My NCBI 中保存该条检索策略
Details- Displaying the search details Details ( 细节 ) 可实现如下功能 : 1. 查看检索策略被 PubMed 的自动单词匹配功能 检索规则和句法转换后的形式 2. 存储和编辑检索策略并重新发送出该项策略 3. 提示出错信息和说明
Limits-Limit your search 限定功能可限定只检索那些提供全文或免费全文的文献, 也可将检索策略限定于特定的年龄组 性别 人类与动物研究 语种 文献类型 PubMed 的特定文献子集等 由于 in process citations 和 publisher supplied citaions 没有进行标引, 因此选择某些限定功能,PubMed 将仅在 Medline 中进行检索 选择了某种限定条件并进行检索后当前的限定条件显示于检索结果页面上方, 进行新的检索时需单击限定条件后的 Remove 选项清除当前的限定条件, 否则将使用相同的限定条件进行检索
Limits
Using Clinical Queries PubMed 在其临床查询页面为临床医生提供如下特殊的 PubMed 检索服务 : Search by Clinical Study Category Finding Systematic Reviews Medical Genetics Searches
Search by Clinical Study Category 1. 按临床研究类别检索文献 使用内建过滤器专门查询有关临床研究类别的文献, 提供 5 种研究类别 (etiology diagnosis therapy prognosis clinical prediction guides) 和 2 种强调类型 (narrow specific search broad sensitive search)
Search by Clinical Study Category Research Methodology Filters
Finding Systematic Reviews 2. 查询系统综述系统综述包括如下文献类型 : systematic reviews meta-analysis reviews of clinical trials evidence-based medicine consensus development conferences guidelines
Medical Genetic Researchs 3. 医学遗传学研究 用来查找医学遗传学相关的各主题的文献, 包括 : Diagnosis Differential Diagnosis Clinical Description Management Genetic Counseling Molecular Genetics Genetic Testing
More Resources
Using Clinical Queries
Using Clinical Queries
Using Clinical Queries
Mesh Database 通过主题词数据库可以查询 Mesh 词 副主题词 出版类型 物质名和药物作用等, 并生成检索策略 可以使用 Mesh 词 Mesh 款目词 副主题词 出版类型 物质名或 Mesh 范畴注释中的词检索 M e s h 数据库中的数据
Mesh Database
high blood pressure
Single Citation Matcher 以填空的方式填入已知的期刊信息, 查询一篇已知论文或指定期刊某一卷或期上的一批论文 期刊名和作者名有自动完成属性, 输入部分信息会提示以该信息开头的全部期刊名或作者名
Single Citation Matcher
检索结果处理 P u b M e d 的检索结果默认显示为 Summary 格式, 此外还提供 Abstact Medline XML Pmid list 等显示格式 选中想要的检索结果, 可将其保存为文本文件, 或通过 email 发送, 也可在线订阅全文 ( 需付费 ) 在检索结果页面右侧有对当前检索结果进行分组显示的标签 检索其他 NCBI 数据库的链接及当前检索的 Details 查看等内容
Display Results
Display Results 题名 (TI) 作者 (AU) 刊名 (TA) 出版时间 (DP) 卷 ( 期 ) (VI(IP)) 起止页码 (PG) 相关文献 免费全文标识
Abstract Display 格式 Results
Clipboard Clipboard 给我们提供一个临时存放所选文献的空间 Clipboard 中的文献将在离开 PubMed 或其他 Entrez 数据库 8 小时后消失 Clipboard 的最大容量为 500 篇文献 去重作用 : 对于已经存在于 Clipboard 中的文献将不能再存入 Clipboard 之中 Clipboard 中的文献默认的检索式序号为 #0, 可以此对其进行布尔逻辑检索操作, 如 : 检索剪贴板中的英文文献可使用检索式 :#0 AND english[la]
Send to File File: 按规定格式保存为本地文件 Collections: 在 My NCBI 的 collections 中永久保存所选文献, 一次最多 1000 条 E-mail: 将检索结果以所选格式发送给指定的 e-mail, 一次最多发送 200 条文献 Order: 定购所选文献全文, 需注册, 付费 My Bibliography: 将检索结果直接保存到 My NCBI 帐户中的 My Bibliography 中
My NCBI 注册 My NCBI 并登录后, 可以对 NCBI 网站的服务进行个性化设置, 可实现如下操作 : 保存检索策略 保存检索结果 设置在检索结果中高亮显示检索词 建立内容更新的 e-mail 提醒 ( 需确认 ) 在检索结果中显示网站资源的链接 选择过滤器对检索结果进行分组
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