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1 古磨粉去糠打碎古埃及人用麥粉醱酵製造啤酒麥芽萌發浸潤 成酒醱酵裝瓶 Basic Enzymology 壹 基本酵素學原理貳 酵素催化的化學本質參 酵素反應的化學機制 I 酵素印象 II 酵素的構成 III 酵素活性區 1~10 酵素催化原理十則 I 基礎化學反應 II 酵素催化機制 III 確認酵素催化區 Discovering Enzyme (1991) p.22

2 酵素很早就為人類所利用 埃及壁畫 收穀 磨粉 浸泡 醱酵 啤酒 神奇轉化力量? 醣解作用產生酒精 1926 Sumner 結晶出 urease 可分解尿素 酵素是一種蛋白質 Juang RH (2007) BCbasics

3 Discovering Enzyme (1991) p.82 Sumner 對酵素的發現有重大貢獻 進行酵素反應的試管 Sumner 溫度 Urease crystal 時間

4 I 酵素印象 催化專一性反應 增加反應速率降低活化能 反應可調節控制 大多為蛋白質 Juang RH (2007) BCbasics

5 酵素的催化效果 2H 2 O 2 2H 2 O + O 2 1 雙氧水裂解 FeCl 3 Hemoglobin Catalase 1,000 1,000,000 1,000,000,000 S E P 反應速率 Juang RH (2007) BCbasics

6 酵素參與細胞所有代謝路徑 A B Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.107

7 Adapted from Buchanan et al. (2000) Biochemistry & Molecular Biology of Plants p.661 酵素活性可調節控制 Animals Plants 上游反應物 + F6P F6P A B C F1,6bP ATP-dependent phosphofructokinase F1,6bP X Y - Glycolysis Z 下游生成物 PEP PEP Pyruvate kinase Pyruvate Pyruvate

8 蛋白質四級構造的意義 一級構造 ( 胺基酸序列 ) 有形体? 序列 二級構造 (α helix, β sheet) 構形 Domain ( 區塊 ααββ) 三級構造 (monomer) 四級構造 (dimer) 構形 有生命? 有智慧? 活性 調節 Juang RH (2007) BCbasics

9 Ribozyme - 具有催化能力的核酸 Altman, Cech (1989) 有些 RNA 具有催化能力 Tetrahymena (ciliated protozoan) 四膜虫 rrna 含有 intron 其 intron 可自行催化切除 (no protein!) 切下來的 intron 可再進行催化反應 ( 要認定專一性序列 )??? WHY??? 因為 RNA 分子也可能有特定構形 ( 為何 DNA 不能?) 以 WC pair 以外的鍵結 ( 何種鍵結?) 幫助塑成特定構形 Juang RH (2007) BCbasics; Wikipedia (Tetrahymena)

10 Ribozyme 會辨識專一性序列 辨認專一性鹼基對 Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.369

11 Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.304, 347 有固定構形攜帶正確胺基酸並辨認密碼 核糖體催化蛋白質合RNA 具rRNA 成tRNA

12 酵素的命名 Trypsin Pepsin Renin Lysozyme 催化反應 -ase EC Main Class Lyase Enzyme Commission Histidine 基質 carboxylase 反應 1 Subclass C-C lyase 1 Sub-subclass carboxylase 22 Series number 第 22 個 Juang RH (2007) BCbasics

13 II 酵素的構成 Holoenzyme 全脢 輔脢 多元體 Apoenzyme 輔 Cofactor Coenzyme 金屬 維生素 Juang RH (2007) BCbasics

14 許多酵素要先經裂解後才有活性 Chymotrypsinogen (inactive) 245 π-chymotrypsin (active) R15-I16 S14-R15 L13 I16 α-chymotrypsin (active) Trypsin π-chymotrypsin T147-N148 Y146 A149 Disulfide bonds Adapted from Campbell (1999) Biochemistry (3d) p.179

15 肝糖磷解脢是同質二元體 Glycogenbinding site AMP site Phosphorylation site 4 nm Active site A P Pyridoxal phosphate site A P Glycogen phosphorylase 各種對稱形態 Adapted from Stryer (1995) Biochemistry (4e) p.592

16 S S 有大有小 有正有負 有極性非極性 形形色色的胺基酸側基都沒有強烈的反應基團Bio-Lab 廣告 Cell 83 (4), 1995

17 為何需要用輔脢 胺基酸官能基的強度不足酵素反應所需! 1. 改變蛋白質構形 : Coenzyme [Cofactor] Carboxypeptidase Zn Hexokinase 2. 基團轉移暫存區 : Dehydrogenase 找幫手 ATP NADH 3. 提供強力反應基團 : Pyruvate Vit. B1 Zn decarboxylase (thiamine) Juang RH (2007) BCbasics

18 NH2 N C C N C C = H 3 C = = CH 2 N + = H 3 CC C C S - = O - OPOPOCH 2 CH 2 = O - O = O - 酵素 輔脢 Thiazolium ring N + = H 3 CC C C S OH CCH 3 H = Adapted from Alberts et al (1994) Molecular Biology of the Cell (3e) p.130 醛基轉移輔脢可提供強力反應基團

19 Juang RH (2007) BCbasics Stryer (1995) Biochemistry (4e) p.592 金屬離子可維持蛋白質分子構形 Carboxypeptidase A 金屬離子 鋅銅鐵錳鈷鎳鉬釩硒 Glu 2+ His Cys 那些胺基酸可與金屬離子結合? 部份蛋白質結構要再加上某些金屬離子

20 維生素含有輔脢具重要生理功能 Todd (1957) B2 Riboflavin (FADH) 氧化還原反應 H - B3 Niacin (NADH, NADPH) 氧化還原反應 H - B1 B5 B6 B12 Thiamine (thiamine pyrophosphate) Pantothenic acid (coenzyme A) Pyridoxine (pyridoxal phosphate) Biotin Lipoic acid (lipoamine) Folic acid (tetrahydrofolate) Cobalamin 醛基活化及轉移乙醯基活化及轉移胺基酸活化 CO 2 活化及轉移醯基活化氧化還原單碳的活化及轉移異構化及甲基轉移 其他.. ATP 轉移磷酸根 ; UDP-Glc 轉移葡萄糖 Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.170

21 許多酵素要加上輔脢才有活性 NADH binding domain NADH See also: Lehninger Principles of Biochemistry (4e) p.514, F13-16 Gly-3-P Substrate binding domain Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Kleinsmith & Kish (1995) Principles of Cell and Molecular Biology (2e) p.25

22 Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.86 Nicotinamide Adenine Dinucleotide (Phosphate) NADP + 氧化型 NADPH 還原型 H H H P O Ribose + N CONH 2 Nicotinamide H P O Ribose N CONH 2 Adenine Adenine P O Ribose P O Ribose O O P P

23 氫離子 hydride 氫原子 hydrogen 質子 proton hydride - 1s - - 質子 氫離子 氫原子 H1.008 Juang RH (2007) BCbasics

24 III 酵素活性區 棒棒脢 Stickase 基質 中間過渡狀態 生成物 X 若只是與基質互補結合則無催化反應 T 酵素不但能基質結合還會誘導過渡狀態生成 Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252

25 酵素的催化反應 酵素分子提供一個空間或表面 此空間可穩定過渡狀態的生成 過渡狀態可很快轉變成生成物 A B A B 酵素活性區表面 Juang RH (2007) BCbasics

26 反應能量變化無酵素時所需能量酵素可降低所催化反應的活化能 S T ES T S ES EP P 有酵素時所需能量較低差別在那裡? T = Transition state 反應進行方向 Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.166

27 酵素活性區是一個凹陷的口袋 酵素活性區為何可降低活化能? 是一個魔術口袋 輔 (4) - (3) + (1) (2) (1) 可穩定過渡狀態 (2) 防止水分子干擾 (3) 具高反應性基團 (4) 有輔脢幫助反應 Juang RH (2007) BCbasics

28 Hexokinase 的兩個功能區塊形成結合區 Alberts et al (1994) Molecular Biology of the Cell (3e) p.196

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