前言 德国癌症研究中心 (DKFZ) 是德国最大的生物医学研究机构之一 DKFZ 基因组学和蛋白质组学核心实验室的高通量测序中心为国家癌症基因组项目提供测序服务, 满足多种应用需求 了解来样的质量对于测序实验的成功至关重要 高通量测序中心使用 Agilent 4200 TapeStation 系统在

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1 Agilent 4200 TapeStation 系统的 LIMS 集成 技术概述 作者 Florian Jostock Laura-Jane Behl 和 Stephan Wolf DKFZ 基因组学和蛋白质组学核心实验室高通量测序中心, 德国海德堡 摘要在德国癌症研究中心 (DKFZ) 的基因组学和蛋白质组学核心实验室中, Agilent 4200 TapeStation 系统作为一种成熟的质量控制 (QC) 工具, 用于在高通量测序的自动化文库制备工作流程中分析来样和中间体 本技术概述介绍了 4200 TapeStation 数据与实验室信息管理系统 (LIMS) 的集成 Elisa Viering 安捷伦科技公司德国瓦尔德布隆

2 前言 德国癌症研究中心 (DKFZ) 是德国最大的生物医学研究机构之一 DKFZ 基因组学和蛋白质组学核心实验室的高通量测序中心为国家癌症基因组项目提供测序服务, 满足多种应用需求 了解来样的质量对于测序实验的成功至关重要 高通量测序中心使用 Agilent 4200 TapeStation 系统在测序前对接收的 DNA 或 RNA 样品进行来样质量控制 (QC) 分析, 并执行其他 QC 步骤 1,2 利用实验室信息管理系统 (LIMS) 管理样品和测序数据 本技术概述介绍了 DKFZ 如何将 4200 TapeStation 数据集成到自己的 LIMS 系统中 结果与讨论 LIMS 在使用 4200 TapeStation 系统分析 RNA 或 DNA 样品时, 根据样品数量采 用两种略有不同的方法 ( 样品管和样品板工作流程 )( 图 1) 快速筛查样品并直接进行多重测序 LIMS 样品编号 板布局 / 编号 复制 / 粘贴 扫描板编号 Agilent 4200 TapeStation 控制器软件 图 1. DKFZ 中 Agilent 4200 TapeStation 系统与 LIMS 的集成 使用 LIMS, 客户能够在同一批次 ( 单次提交 ) 中提交最多 80 个样品, 并提供样品名称和浓度等信息 样品名称提供在自由文本字段中 ( 图 2) 运行 Agilent 4200 TapeStation 分析软件.xml 专用网络驱动器 技术详情 配备 Agilent 4200 TapeStation 软件版本 A (SR1) 以及 ScreenTape 胶条和试剂的 4200 TapeStation 系统 (G2991AA) 来自安捷伦科技公司 (Waldbronn, Germany) 条形码扫描器由 Conrad Electronics SE 提供 ( 型号 :LS6300E) 所述 LIMS 由 DKFZ 使用 Java 企业版进行编程, 采用 JavaServer Faces (JSF) 技术创建模板, 并以 PrimeFaces 作为 JSF 库 LIMS 将其数据存储在 Microsoft SQL 服务器数据库中 数据库抽象层 MyBatis 确保 LIMS 独立于数据库, 并且今后可以转移至另一个数据库 使用开源网络服务器 Apache Tomcat 作为应用程序服务器 图 2. 提交表格 : 用户输入样品名称和浓度等样品信息 2

3 LIMS 为每个样品生成唯一的编号 (ASID), 将提交的样品自动排列在板布局中, 并创建唯一的板编号 客户提供排列于样品板中的样品 对于需要立即分析并可直接多重测序的特定快速筛查样品作为例外情况处理 A Agilent 4200 TapeStation 控制器软件 / 样品管工作流程每次 TapeStation 运行,LIMS 会创建一个样品编号 为提交编号和 ASID 分配自由文本字段中的样品名称来创建样品编号 ( 提交编号 _ASID_ 样品名称 ) 样品名称是样品编号的一部分, 使客户能够在其之后收到的最终报告中轻松识别出他们的样品 LIMS 集成仅要求提交编号和 ASID 可以从 LIMS 系统中复制样品编号 ( 图 3, 在 LIMS 中称为标签 BA/TS), 并将其粘贴到 4200 TapeStation 控制器软件中 ( 图 1 中样品管工作流程 ) Agilent 4200 TapeStation 控制器软件 / 样品板工作流程每次提交的样品数量有所不同 为实现高通量能力, 将不同提交编号的样品排列到一个样品板中, 可进行自动化文库制备等 因此, 先在 LIMS 中创建板布局, 然后 LIMS 生成板编号 ( 图 3B) B 图 3. LIMS 中的样品视图 A) 表格视图包括孔位置提交编号 ASID 和样品编号 ( 标签 BA/TS) B) 板布局视图 ; 顶部为板编号, 底部为提交编号 孔位置处所示为 ASID 和样品名称 3

4 利用手持式条形码扫描器将板编号扫描到 4200 TapeStation 控制器软件的用户字段中 根据板编号和孔位置来识别样品 ( 图 1 中样品板工作流程和图 4) 此外, 可通过复制和粘贴来插入样品编号 这种情况下,LIMS 将再次检查 ASID 是否对应于适当的提交编号和板中的孔位置 后续的工作流程保持相同, 无论根据样品编号还是板编号都能够进行样品识别 将胶条和试剂的批号扫描到 注释 字段 ( 图 4) 中 接下来, 开始运行 4200 TapeStation 控制器软件 图 4. Agilent 4200 TapeStation 控制器软件, 包括扫描的板编号以及试剂批号和复制的样品编号 Agilent 4200 TapeStation 分析软件 在 4200 TapeStation 系统完成对所有样品的处理后,4200 TapeStation 分析软件将自动打开, 用户可进行审核以及处理结果 创建报告文件 (.doc 或.pdf 格式 ) 然后将数据导出为.xml 文件并保存到专用网络驱动器上 在 4200 TapeStation 分析软件中, 必须使用浏览功能将包含各个仪器文件夹的专用网络驱动器选择为存储位置 ( 图 5) 将数据专用的网络驱动器用作 4200 TapeStation 输出文件的存储数据库 LIMS 会扫描该文件夹, 并导入新的数据 图 5. Agilent 4200 TapeStation 分析软件显示如何创建.xml 文件并在专用网络驱动器中选择存 储位置 4

5 .XML 文件.xml 文件的第一部分包含了基本信息, 例如文件名称 存储位置 检测方法 运行日期和时间以及注释 ( 扫描的批号 ) 此外, 还包括了有关所用的 ScreenTape 胶条和系统环境的详细信息 系统环境包括由 < 实验人员 > 扫描的板编号, 以及仪器类型和软件版本等信息 ( 图 6) 其中还包括浓度 摩尔浓度和样品量的单位 此外如图 7 所示,.xml 文件中包含所有的样品结果, 包括孔编号 样品编号 ( 复制的样品编号 ) 浓度, 以及根据检测不同所获得的 gdna 的 DNA 完整值 (DIN) RNA 的 RNA 完整值 (RIN e ) 图 6. Agilent 4200 TapeStation 软件生成的.xml 文件的第一部分包含的基本信息, 包括文件名称 存储位置 运行时间以及有关 ScreenTape 胶条和系统环境的详细信息 在 4200 TapeStation 控制器软件中扫描的信息标记为绿色 图 7. Agilent 4200 TapeStation 分析软件生成的.xml 文件中包含的特定样品信息, 例如孔编号 样品名称 浓度和 DIN 或 RIN e 在 4200 TapeStation 控制器软件中复制的信息 ( 样品编号 ) 标记为绿色 5

6 每个样品的峰信息也包括在 4200 TapeStation 软件生成的.xml 文件中 数据按照峰大小升序排列 列出了包括检测标记物在内的每个峰的峰面积 峰高 峰摩尔浓度和结果 ( 图 8) 如果在 4200 TapeStation 分析软件中使用了区域功能, 则相关信息也包括在.xml 文件中 图 8. Agilent 4200 TapeStation 软件生成的.xml 文件中包括的峰信息的示例 6

7 使用 LIMS 的导入功能能够自动将所有新数据文件从网络驱动器导入 LIMS 中 ( 图 9) 样品分配根据唯一的样品编号或板编号和孔位置执行 之前确定的.xml 文件中的数据 ( 表 1 也会集成到 LIMS 中 此外, 电泳图和胶图 (.png 文件 ) 亦会导入 为成功实现 LIMS 与 4200 TapeStation 系统的集成, 需要考虑不同的浓度单位 ( 表 1), 因为浓度和单位是分别读取的 高灵敏度 DNA 和 RNA 检测与其他检测使用不同的浓度单位 (pg/µl) ( 表 1) 每次检测的浓度单位可见于以下.xml 路径中 :/ 文件 / 检测 / 单位 / 浓度单位 ( 图 6) 通过 4200 TapeStation 系统的高灵敏度检测确定的 pg/µl 的浓度单位将由 LIMS 转化为 ng/µl 图 9. LIMS 的导入功能 表 1. ScreenTape 检测以及导入 LIMS 中的相关类型数据的概述 级别 数据 gdna D1000 HS D1000 RNA HS RNA 样品 名称 X X X X X 孔编号 X X X X X 注释 X X X X X 浓度 X 1 X 1 X 2 X 1 X 2 DIN X RINe X X 区域 平均分子量 (bp) X X X 区域浓度 X 1 X 1 X 2 峰 峰面积 X X X X X 峰高 X X X X X 摩尔浓度 (nmol/l) X X X X X 分子量 X 3 X 3 X 3 X 4 X 4 观察结果 X X X X X 单位为 ng/µl 单位为 pg/µl 单位为 bp 单位为 nt 7

8 导出为.png 文件的每个样品的单个电泳图按照.xml 文件的名称和孔位置 ( 例如,Genomic DNA_B1) 进行分配 依据使用.xml 文件的检测名称获得的.xml 文件名称和检测正确分配胶图 (/ 文件 / 文件信息 / 检测 ) 执行下列修改以生成凝胶后缀 : 移除开始和结尾的空格 移除开始或结尾的高灵敏度, 并将开始处的替换为 HS 将基因组 DNA 更改为 gdna 这是强制要求, 因为不同检测类型的语法在.xml 和文件名称的上 下标以及空格方面有所不同 采用这一方法, 能够在 LIMS 中将样品信息和胶图关联起来 结论 本技术概述介绍了将 Agilent 4200 TapeStation 系统成功集成到 LIMS 中, 用作 DKFZ 基因组学和蛋白质组学核心实验室中的测序工作流程的 QC 工具 使用 4200 TapeStation 系统作为 QC 工具的优势在于完全自动化, 缩短了手动操作时间 此外,LIMS 与 4200 TapeStation 系统的集成还减少了手动数据输入步骤, 从而提高了效率, 并消除了潜在的误差来源 参考文献 1. Evaluating the Agilent 4200 TapeStation System for High Throughput Sequencing Quality Control( 对用于高通量测序质量控制的 Agilent 4200 TapeStation 系统进行评估 ), 安捷伦科技公司, 出版号 EN, Use of the Agilent 4200 TapeStation System for Sample Quality Control in the Whole Exome Sequencing workflow at the German Cancer Research Center (DKFZ)( 在德国癌症研究中心 (DKFZ) 的全外显子组测序工作流程中利用 Agilent 4200 TapeStation 系统进行样品质量控制 ), 安捷伦科技公司, 出版号 EN,2016 查找当地的安捷伦客户中心 : 免费专线 : , ( 手机用户 ) 联系我们 : LSCA-China_800@agilent.com 在线询价 : 仅限研究使用 不可用于诊断目的 本文中的信息 说明和指标如有变更, 恕不另行通知 安捷伦科技 ( 中国 ) 有限公司, 年 5 月 17 日, 中国出版 ZHCN

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